이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.6.12. 경기도 A시 OOO(이하 “A사업장”이라 한다)를 등기부상 본점으로 하여 부동산매매 및 임대·전대업을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2023.7.19. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 뒤 과세표준 OOO원에 대도시 외 법인이 취득하는 부동산으로 보아 표준세율(4%)을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인의 사실상의 본점을 등기부상 주소지가 아닌 청구법인의 대표이사 a가 운영하는 ‘B’의 사업장 소재지인 서울특별시 OOO(이하 “서울사업장”이라 한다)로 보고, 쟁점부동산 취득은 「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내 취득하는 일체의 부동산에 해당하는 것으로 보아 중과세를 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 2024.11.11. 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 쟁점부동산은 취득세 중과대상이 아니다.

(가) 법인이 취득한 부동산에 대해서 취득세를 중과하는 이유는 대도시에 집중을 방지하기 위한 정책적인 목적이다. 이러한 입법 취지를 반영하여 다수의 심판례 등에서 임대 목적 부동산은 중과 대상이 아닌 것으로 판단하고 있다. 또한, 「지방세법 시행규칙」 제6조에서는 사무소란 “「부가가치세법」 등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”를 의미하는데, 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 인적 및 물적 설비를 갖추었다고 보기 어려우므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(나) 판례에서는 중과세되는 부동산의 범위를 ‘당해 법인 또는 지점의 업무에 사용되는 것이어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것’이라고 해석하고 있는바(대법원1995.4.28. 선고 94누11804 판결), 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산에 해당하므로 이 건 과세는 취소되어야 한다.

(다) 또한 감사원 심판례에서는 부동산 취득이 취득세 중과 대상이 되기 위해서는 지점이 대도시 내에 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하고 있는 지점의 설치·전입에 해당하고, 지점의 설치·전입 이후 5년 이내 취득하는 부동산으로서 지점과 관계되어 있어야 한다는 2가지 요건을 모두 충족하여야 중과세할 수 있다고 판단하였다(감심 2018-421, 2019.12.19. 결정).

(라) 청구법인의 임원을 살펴보면, 대표이사 a, 감사 b로 구성되어 있고, 감사 b은 a의 부친이며, 현재 청구법인이 수행하는 부동산 관련 업무를 총괄하고 있고, 부동산임대업의 특성상 부동산 매매 및 임차가 확정되면 계약기간 중에는 부동산을 임대한 장소에서 업무를 수행하는 것이 일반적인 상황인바, 인적·물적 설비를 갖출 필요가 없으므로, 이러한 이유로 A사업장을 지점으로 볼 수 없으므로 과세는 취소되어야 한다.

(마) 조세심판원에서도 지점 용도가 아닌 임대용으로 사용하는 부동산은 취득세 중과 대상 부동산으로 판단하지 않고 있다(조심 2019지2574, 2020.7.21. 등 다수, 같은 뜻임).

(2) (예비적 청구) 청구법인이 제출한 소명 자료를 검토하지 않고 과세한 것이 부작위에 따른 조사권 남용 및 납세자권리 침해로 보아 절차상 중대한 하자 사유에 해당하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

처분청은 소명 과정에서 질의를 서면으로 요청하여 대표이사가 이를 작성해서 제출하였고, 제출 과정에서 사건의 사실관계를 확인할 수 있는 공인중개사의 확인서를 제출하였다. 청구법인의 자금집행업무, 임대차계약, 물건확인 등 모든 실무적인 업무는 감사가 진행하였으므로 이 사건의 본질을 보기 위해서는 공인중개사와 감사(b)에 대한 사실확인이 필수적인 절차임에도 불구하고, 처분청은 업무를 진행한 감사와 공인중개사에 대한 조사 없이 처음부터 결론을 정해놓고 질의서라는 요식행위로 소명절차를 종료하고 과세하였다. 이는 처분청의 부실조사로 질문·조사권을 남용한 사례이고, 청구법인은 납세자의 권리를 침해받은 절차적 하자가 있다고 볼 수 있다.

(3) 청구법인은 처분청의 답변에 대하여 다음과 같이 항변하는 바이다.

처분청은 대표자의 개인 사업장(서울사업장)이 본점이라 주장하나, 청구법인의 대표자 a는 치과의사로서 진료시간에는 부동산 관련 업무를 보는 것이 불가능하고, 이미 임대차계약이 이루어져서 부동산임대소득이 법인에 귀속되는 만큼 별도로 부동산 관련 업무를 볼 필요도 없었으며, 대표자의 개인사업장은 치과로서 부동산과 관련된 인력도 없고, 물적 설비도 없으며, 처분청은 부동산 임대업에 있어서 인적·물적 설비가 어떤 것인지 구체적으로 밝히지 못하면서 대표자의 개인사업장을 본점으로 보고 있다.

또한 처분청은 대표자가 의사결정을 하였다고 하는데 청구법인의 중추적 의사결정은 감사가 진행하였고, 청구법인은 이에 대한 근거로 공인중개사가 작성한 확인서를 제출하였으나, 처분청은 중요 증거인 확인서에 대하여 내용을 확인하지 않았다. 처분청은 A사업장의 지출이 없다고 하나, 부동산 임대업 특성상 경비가 적은 것이 당연하고, 오히려 지출 경비가 많은 것은 업무무관비용일 가능성이 높다고 할 것이다. 처분청은 청구법인이 소명 단계에서 제출하지 않은 자료인 매입세금계산서를 국세청에 요청하여 확인하였고, 청구법인이 제출한 공인중개사 확인서에 대한 사실관계는 중요한 증거임에도 확인하지 않은 채 자의적으로 해석하여 처분하였다.

이 건의 쟁점은 대표자의 개인사업장을 본점으로 볼 수 있는지 여부이나, 대표자의 개인사업장에서는 물리적으로 부동산임대업 업무 진행이 불가능하고, 부동산 구입에 대한 의사결정이 대표자의 개인사업장에서 이루어진 증거가 없으며, 사전통지 없이 이루어진 조사이므로 처분청의 이 건 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 쟁점부동산에 대하여 대도시 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 적법하다.

(가) 「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정한 법인의 설립은 「상법」과 동일하게 해석함이 타당하고(대법원 2009.5.14. 선고 2008두14067 판결 등 참조), 법인의 본점은 그 당연한 전제로 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소여야 하며(대법원 2016.2.18. 선고 2015두55462 판결 등 참조), 대표자 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적 사업을 수행하고 있는 영리법인의 주된 사무소로서 법인의 중추적인 의사결정 등이 이루어지는 장소를 의미한다(조심 2022지1588, 2023.10.31. 등 참조) 할 것이다.

(나) 청구법인의 A사업장에 대한 처분청의 현장 출장 당시, 청구법인의 상호, 명패 등이 확인되지 않았고, 그 내부는 청구법인이 특정하여 사용할 수 있는 공간 없이 다수의 법인들이 공용으로 사용하는 것으로 보이며, 청구법인이 해당 사업장에 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소로 보기는 어려운 점, a의 부친 감사 b이 A 소재 부동산을 투자 목적으로 조사했다는 공인중개사 확인서 외에 청구법인이 해당 사업장에서 목적사업에 기한 영업활동을 하였다는 증빙을 제시하고 있지 못한 점 등을 종합할 때, A사업장에서 청구법인의 실질적인 본점 업무가 수행되었다고 보기 어렵다.

(다) 반면 서울사업장을 사업장으로 둔 B의 경우 대표이사 a가 운영하는 개인 사업에 해당하고, 처분청의 서울사업장에 대한 현장 출장 당시 a와의 면담에서 A사업장은 사실상 사용하지 않는다고 진술하였으며, 실제로 a가 서울사업장으로 출·퇴근하는 점, 청구법인의 사업 관련 중요 서류는 서울사업장 내에 보관 중이고, 청구법인의 주요 매입처 및 법인카드 사용처가 서울사업장 소재지인 서울특별시 광진구인 점 등을 고려하면, 청구법인의 주요 목적사업 수행이 서울사업장에서 이루어졌을 것이라 추단되는바, 처분청이 청구법인의 서울사업장을 사실상 본점으로 보아 쟁점부동산을 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로 보아 취득세를 중과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) (예비적 청구) 이 건 처분과 관련하여 처분청의 중대한 절차상 하자가 있다는 청구주장은 이유없다.

처분청은 청구법인이 대도시 외 법인으로서 쟁점부동산 취득 시 일반세율로 신고한 사실을 바탕으로 중과 제외 사후 점검을 위해 사실상 본점 여부를 확인한 것으로, 이는 「지방세기본법」제2조 제1항 제36호에 열거되어 있는 ‘부과·징수를 위하여 질문을 하거나 장부등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는’ 일반적인 세무조사에 해당하지 아니하고, 처분청이 추가로 소명자료 제출을 요청한 것은 납세자에게 충분한 소명 기회를 제공해 보다 객관적인 판단을 하며, 불필요한 불복 절차를 줄여 납세자 편의를 높이기 위한 조치이므로, 청구법인이 소명자료를 제출했음에도 처분청의 판단이 변경되지 않았다거나, 추가 확인이 이루어지지 않아 처분청에 절차상 하자가 있다는 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 취득한 임대목적의 쟁점부동산이 취득세 중과 대상인지 여부

② 이 건 처분에 절차적 하자가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2023.6.2. A사업장을 2023.6.2.부터 2026.6.1.까지 OOO원(보증금 없음)에 이용하기로 하는 임대차계약을 체결하였고, 2023.6.12. 부동산매매 및 임대·전대업 등을 영위할 목적으로 대표자 및 사내이사를 a, 감사를 b(청구인의 부친)로 하여 설립되었으며, 2023년 말 주주현황은 대표이사인 a가 주식수 OOO주(60%), a의 자녀 c이 OOO주(40%)를 보유하고 있는 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2023.7.19. 쟁점부동산을 매매로 취득하고, 과세표준 OOO원에 대도시 외 법인이 취득하는 부동산으로 보아 표준세율(4%)을 적용한 취득세 등OOO원을 신고·납부하였으며, 2024.4.17. 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 보증금 2억원, 월 OOO원에 체결한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인의 대표자 a가 운영하는 B은 2016.4.30. 서울특별시 OOO에 사업장을 두고 설립되어 보건업(치과의원)을 현재까지 영위하고 있다.

(라) 처분청이 2024.9.4. A사업장에 현장 출장하여 작성한 복명조사서의 내용 일부는 다음과 같다.

○○○

(마) 처분청이 2024.10.17. 서울사업장에 현장 출장을 다녀온 뒤 작성한 복명조사서의 내용 일부는 다음과 같다.

○○○

(바) 처분청과 2024.10.31. 청구법인의 대표이사 a와의 문답내용 일부는 다음과 같다.

○○○

(사) 청구법인의 법인카드 사용 내역에 따르면, 전체 3건(서울특별시 광진구 소재 카페·디저트 2건, 주유소 1건)이 확인되고, A사업장이 소재한 ‘경기도 A시’에서의 사용 내역은 확인되지 않았으며, 아래 ＜표＞와 같은 청구법인의 매입세금계산서 발급 내역에 따르면, 주요 매입처의 사업장은 서울특별시 광진구 및 강남구에 소재하는 것으로 확인된다.

＜표＞ 청구법인의 매입세금계산서 발급내역 일부(2023.6.12.∼2024.12.31.)

○○○

(아) 청구법인이 제출한 공인중개사의 확인서는 다음과 같다.

○○○

(자) 처분청은 2024.11.7. 청구법인의 실질 본점 소재지를 대표이사의 개인 사업장으로 보아 2023.7.19. 쟁점부동산 취득 당시 과세표준에 중과세율을 적용하고 기납부세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 2024.11.7. 과세예고 통지하였고, 청구법인은 2024.11.11. 이 건 과세예고 통지서를 수령하고 조기결정 신청서를 제출하였으며, 처분청은 2024.11.11. 청구법인에게 취득세 등 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.4. 심판청구를 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 서울사업장에서 청구법인의 본점 업무를 하였다고 보기 어려우므로 청구법인의 사실상 본점을 서울사업장으로 보아 쟁점부동산에 대하여 취득세를 중과한 처분이 부당하다고 주장하나, 법인의 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적 사업을 수행하고 있는 영리법인의 주된 사무소로서 법인의 중추적인 의사결정 등이 이루어지는 장소를 의미한다 할 것인바, 청구법인이 본점으로 등록한 A사업장은 1평 정도의 공유 오피스로 상주하는 직원 등이 전혀 없고, 청구법인의 업무를 영위할 별도의 회의실이나 업무공간 등이 확인되지 않으며, 청구법인의 대표이사 a는 청구법인의 중요서류를 서울사업장에 보관중이라고 답변하였고, A사업장 주변에서의 물품구매, 식사비 등의 지출이나, 차량운행기록 등 일체의 증빙이 제출되지 않은 점 등에 비추어 A사업장을 청구법인의 실질적인 본점으로 보기 어려운 점, 청구법인의 법인카드의 주요 사용처는 A사업장과는 떨어져 있고, 청구법인의 매입처 사업장은 서울사업장 인근의 서울특별시 광진구 및 강남구로 나타나며, 임대업이라는 청구법인이 영위하는 업종의 특성상 청구법인의 대표이사가 근무하는 서울사업장이 청구법인의 본사로 사용된다고 보는 것이 무리가 아니며, 실질적인 업무를 청구법인의 감사인 b이 수행하였다고 하더라도 대표이사의 위임 등을 받아 활동한 것인 이상 청구법인의 중추적인 의사결정은 대표이사가 상주하는 서울사업장에서 이루어진 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 서울사업장을 청구법인의 본점으로 보아 「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 실질적 업무를 감사인 b이 하였다고 주장하며 확인서를 제출하였으므로 이를 충분히 검토하지 않은 것은 절차상 하자가 있다고 주장하나, 공인중개사의 확인서는 임의적으로 작성이 가능한 확인서로서, 처분청이 확인서 작성자에게 전화나 추가소명 등을 하지 않았다고 하여 이 건 처분에 절차가 하자가 있다고 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

(4) 상법

제169조(회사의 의의) 이 법에서 “회사”란 상행위나 그 밖의 영리를 목적으로 하여 설립한 법인을 말한다.

제171조(회사의 주소) 회사의 주소는 본점소재지에 있는 것으로 한다.

제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

제396조(이관 등의 비치, 공시의무) ① 이사는 회사의 정관, 주주총회의 의사록을 본점과 지점에, 주주명부, 사채원부를 본점에 비치하여야 한다. 이 경우 명의개서대리인을 둔 때에는 주주명부나 사채원부 또는 그 복본을 명의개서대리인의 영업소에 비치할 수 있다.

② 주주와 회사채권자는 영업시간 내에 언제든지 제1항의 서류의 열람 또는 등사를 청구할 수 있다.

(5) 지방세기본법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

36. “세무조사”란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.