이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.4.20. 서울특별시 서초구 OOO 토지 201.9㎡ 및 같은 동 OOO 토지 323.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상 위 건물 751.96㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하였다.

나. 처분청은 2024년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 쟁점건물을 철거·멸실한 후 건축공사에 착수하지 않은 사실을 확인하고, 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상으로 구분하고 「지방세법」 제111조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용하여, 2024.9.11. 2024년도 재산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세①”이라 한다)을 부과·고지(이하 “①부과고지”라 한다)하였고, 2024.12.9. 2022년도 재산세 등 합계 OOO원 및 2023년도 재산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세②”라 하고, 이 건 재산세①과 함께 “이 건 재산세”라 한다)을 부과·고지(이하 “②부과고지”라 한다)하였다.

＜이 건 재산세 과세내역＞

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.17. 이의신청을 거쳐 2025.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 정상적인 노력을 다하였음에도 외부적인 사유로 인하여 쟁점부동산에 대한 공사가 중단된 것이므로, 이 건 재산세①은 별도합산과세대상으로 구분되어 경정되어야 한다.

청구법인은 주유소 부지였던 쟁점건물을 철거하는 과정에서 인접 건물의 노후화와 약한 지반이 문제가 되어 해당 건축허가를 자동차관련시설(세차장)로 변경하였고, 세차장으로 운영하기 위해서는 쟁점토지의 오염토 정화작업을 거쳐야 한다는 사실을 인지한 후 오염토를 제거하려고 하였으나, 오염토 제거를 위해서는 일반 건물의 신축공사와 같은 공법으로 지하 깊이(10m) 내외의 굴토 등 토목공사가 필요하여 다시 건축허가를 변경 받아야 하였기에 부득이 착공이 지연되었다.

따라서 청구법인은 인접 건물의 노후화 및 지반 약화로 인한 붕괴 위험, 쟁점토지의 오염토 제거 등의 외부적인 사유로 인하여 공사를 재개하지 못한 것이라 할 수 있다.

(2) 이 건 재산세②의 부과는 기존 처분에 반하는 것으로 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다.

처분청은 당초 2022년도 및 2023년도 재산세 부과고지 시 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 처분하였고, 이는 청구법인에게 공적인 견해표명을 한 것이라 할 수 있으며, 청구법인은 이러한 처분청을 믿고 이를 납부한 것이므로 청구법인의 귀책사유가 없다.

따라서 납세자의 이익을 침해하는 결과를 초래한 이 건 재산세②의 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 정상적인 노력을 다하였음에도 외부적인 사유로 인하여 쟁점부동산에 대한 공사가 중단된 것이므로, 별도합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세①은 경정되어야 한다고 주장한다.

그러나 「지방세기본법」 제90조에 따르면, 이의신청은 처분이 있은 날 또는 통지를 받은 날부터 90일 이내 제기해야 하나, 청구법인은 이 건 재산세①의 처분의 통지를 받은 날인 2024.9.11. 이후 2025.2.17.에 이의신청을 제기하여 90일을 초과(160일 경과)하여 ‘기간 도과’에 해당하고, 전심절차인 이의신청이 기간을 넘겨 적법하게 진행되지 않아 그 다음 단계의 심판청구 또한 ‘기간 경과’로 ‘각하’ 대상이다.

(2) 이 건 재산세②에 대한 처분과 관련하여, 청구법인은 처분청이 이미 공적 견해를 표명하였음에도 이에 반하는 처분을 다시 하는 것은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 위배되는 것이라 주장한다.

그러나, 「지방세법」 제115조에서 과세 누락·위법·착오 등이 있으면 부과제척기간 내 수시부과를 허용하고 있고, 이 건의 경우 당초 부과가 공적 견해표명으로 보기도 어렵고, 과세기준일 현재 사실상 현황 착오를 바로잡은 정정 부과에 해당하며, 잘못 부과된 세액을 정당한 세액으로 바로잡은 것이어서 납세자 이익 침해가 인정되기 어려운바(조심 2015지143, 2015.3.31., 같은 뜻임), 이 건 재산세②에 대한 재부과는 ‘신의성실의 원칙’에 반하지 않는다.

결론적으로, 이 건 재산세①에 대한 이의신청 및 심판청구는 해당 신청 기간을 도과하여 ‘각하’ 대상이고, ②부과고지는 ‘신의성실의 원칙’에 위배되지 않는 적법한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지는 건축중인 건축물의 부속토지이므로 이 건 재산세①은 별도합산과세대상으로 구분하여 경정되어야 한다는 청구주장의 당부

② 이 건 재산세②는 기존 처분에 반하는 것으로 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 등기사항일부증명서(법인)에 의하면, 청구법인은 1993.12.10. 인천광역시 부평구 OOO을 본점으로 하고, 고압가스 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2021.4.20. 쟁점토지 및 쟁점건물을 신축 목적으로 취득하였고, 취득 당시 쟁점토지의 지목은 주유소 용지이며, 쟁점건물의 주용도는 ‘위험물저장 및 처리시설’인 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2021.9.15. 쟁점건물(지하 1층~지상 6층)을 철거·멸실하였고, 말소된 건축물대장의 내용은 아래와 같다.

○○○

(라) 청구법인은 2021.12.2. 처분청으로부터 쟁점토지 위 건물을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 2023.8.21. 그 중 일부사항을 변경하여 건축허가를 다시 받았다.

(마) 처분청은 2022.9.13. 쟁점토지를 별도합산과세대상 토지로 구분하여 2022년도분 재산세 OOO원, 도시지역분 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

(바) 처분청은 2023.9.13. 쟁점토지를 별도합산과세대상 토지로 구분하여 2023년분 재산세 OOO원, 도시지역분 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

(사) 처분청의 담당공무원은 2024.5.31. 쟁점토지에 출장하여 청구법인이 쟁점건물을 멸실한 후 건축공사를 착수하지 않은 사실을 확인하였고, 출장결과보고서의 현장사진은 아래와 같다.

○○○

(아) 처분청은 2024.9.11. 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 그 구분을 변경하고, 「지방세법 시행령」 제109조에 따라 OOO원을 과세표준으로 하여 이 건 재산세①인 2024년분 재산세 OOO원, 도시지역분 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

(자) 처분청은 2024.10.10. 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 「지방세법」제111조 제1항 제1호에 따라 산출한 세액에서 기납부세액을 차감하여 이 건 재산세②를 과세예고하였고, 2024.12.9. 이 건 재산세②를 부과·고지하였다.

(차) 청구법인은 2021.12.2. 건축허가를 받았고, 2023.12.29. ‘착공연기신청서’를 제출하였으며, 해당 신청서상 착공예정일은 2024.12.2.로 기재되어 있으나, 현재까지 터파기·규준틀 설치 등의 공사 착공을 하지는 않은 것으로 확인된다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세기본법」 제89조 제1항에서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제90조에 따르면, “이의신청을 하려면 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 시장·군수·구청장에게 이의신청을 하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제91조 제1항에 따르면, “이의신청을 거친 후에 심판청구를 할 때에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제100조에서 이 장에서 규정한 사항을 제외한 이의신청 및 심사청구와 심판청구에 관하여는 「국세기본법」 제7장을 준용한다고 하고, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항에서 심판청구가 청구기간(90일)이 지난 후에 청구되었을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 이 건 재산세①의 처분의 통지를 받은 날(2024.9.11.)부터 90일 이상이 경과한 날(처분을 안 날부터 154일 경과)인 2025.2.17. 이의신청을 제기하여 2025.6.4. ‘각하’ 결정을 받았다.

그 후 청구인은 이의신청 결정통지를 받은 날(2025.6.4.)부터 90일 이내인 2025.8.18. 심판청구를 제기하였으나, 이는 부적법한 이의신청에 터잡아 제기된 것인바, 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거치지 아니한 것이므로 부적법하다고 판단된다(조심 2019지3801, 2020.4.2., 같은 뜻임).

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제115조 제1항 및 제2항에서 재산세(토지)의 납기는 매년 9월 16일부터 9월 30일까지임에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과·징수할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 처분청이 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분하고 재산세를 부과한 당초 처분은 공적인 견해표명에 해당하므로, 이미 부과한 세액을 변경하여 이 건 재산세②를 다시 부과한 것은 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다고 주장한다.

그러나, ‘신의성실의 원칙’이란 과세 관청이 공적인 견해표명을 한 후에 그에 반하는 처분 등을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 것을 의미하는 것인바, 처분청이 현황 착오로 인한 과세대상 토지 구분을 바로잡고 잘못 부과한 세액을 정당한 세액으로 변경하여 부과제척기간 내에 재산세를 수시부과하는 것은 「지방세법」 제115조 제1항 및 제2항에 따라 적법한 처분에 해당하는 점,

또한 처분청이 당초 부과처분을 하면서 이에 대한 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵고, 이 건 재산세②를 정당한 세액으로 바로잡기 위하여 부과한 것이 청구법인의 이익을 침해하였다고 보기도 어렵다(조심 2015지143, 2015.4.23., 같은 뜻임)고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 부적법한 심판청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법

제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

8. 재산세: 과세기준일

제35조(납세의무의 확정) ① 지방세는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 세액이 확정된다.

3. 제1호 외의 지방세: 해당 지방세의 과세표준과 세액을 해당 지방자치단체가 결정하는 때

제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

3. 그 밖의 경우에는 5년

(2) 지방세법

제114조(과세기준일) 재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

제115조(납기) ① 재산세의 납기는 다음 각 호와 같다.

1. 토지: 매년 9월 16일부터 9월 30일까지

② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.

(3) 지방세법 시행령

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

2. 건축허가를 받았으나 「건축법」 제18조에 따라 착공이 제한된 건축물

3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세 기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.

(4) 건축법

제18조(건축허가 제한 등) ① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 「국가유산기본법」 제3조에 따른 국가유산의 보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 지역계획이나 도시ㆍ군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

③ 국토교통부장관이나 시ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축허가를 받은 건축물의 착공을 제한하려는 경우에는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따라 주민의견을 청취한 후 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한기간은 2년 이내로 한다. 다만, 1회에 한하여 1년 이내의 범위에서 제한기간을 연장할 수 있다.

⑤ 국토교통부장관이나 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한 목적ㆍ기간, 대상 건축물의 용도와 대상 구역의 위치ㆍ면적ㆍ경계 등을 상세하게 정하여 허가권자에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 허가권자는 지체 없이 이를 공고하여야 한다.

⑥ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제2항에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 건축물의 착공을 제한한 경우 즉시 국토교통부장관에게 보고하여야 하며, 보고를 받은 국토교통부장관은 제한 내용이 지나치다고 인정하면 해제를 명할 수 있다.