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예규·판례
①쟁점부동산을 취득일(21.6.2.)...
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심판청구
①쟁점부동산을 취득일(21.6.2.)로부터 유예기간(3년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부②특수관계인(청구법인 대표의 친족)의 사용을 청구법인이 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부③쟁점부동산이 최소납부세제 적용 대상에서 제외되는지 여부
조심 2025지1493생산일자 2026-02-06
AI 요약
요지
①청구법인은 대표자의 건강 문제, 낙뢰 피해, 코로나19로 인한 경제 둔화 등에 의해 3년 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 감면 받은 후 해당 용도로 직접 사용한 사실이 없는 상태에서 임대하였으므로 정당한 사유 없음②지특§2에 따라 직접 사용의 주체는 부동산 등의 소유자로서 청구법인 대표자의 특수관계인(청구법인 대표의 이모)이 사용한 것을 청구법인이 직접 사용한 것으로 볼 만한 근거가 없는 점③지특§177조의2에 따라 최소납부세제 적용 대상에 해당되고 3년 내 미사용으로 감면 대상에 해당하지 아니하는바, 그 구분의 실익이 없음
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.6.2. 충청남도 부여군 OOO, 토지(9041㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물(3278.08㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산” 이라 한다)을 경매로 취득하고, 「충청남도 도세감면 조례」제7조(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 농공단지 대체입주자가 취득하는 부동산에 대한 감면을 적용하여 취득세 등을 경감받았다.

나. 이후, 처분청은 지방세 세무조사 결과 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 2025.4.3. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.29. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 이후 공장 설비의 확충, 자금조달 등의 다양한 노력을 기울였으나, 청구법인 대표자의 건강 문제 및 낙뢰 피해, 코로나19 발생 등으로 인하여 불가피하게 공장 가동을 연기할 수 밖에 없었다.

이에 따라 청구법인은 금융비용(차입금의 이자 등) 부담을 덜기 위하여 청구법인 대표자와 친족(이모·조카) 관계에 있고 쟁점부동산의 전 소유자이자 주식회사 AAA(이라 “AAA”이라 한다)의 대표인 BBB가 쟁점부동산을 사용할 수 있도록 하였다.

(2) 청구법인의 대표자와 BBB는 친족 관계이므로 「지방세기본법」상 특수관계인에 해당한다 할 수 있고, BBB는 AAA이 보유한 염장식품 관련 특허권 및 생산 노하우를 바탕으로 정상적인 공장 운영 준비 등을 하였으므로, 특수관계인인 BBB의 사용을 청구법인의 직접 사용으로 볼 수 있다.

(3) 당초 이 건 취득세는 감면이 아닌 취득세 면제 대상에 해당하므로, 이 건 취득세 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인 대표자의 건강 문제, 낙뢰 피해로 인한 공장설비(수전설비) 수리, 경기침체(코로나 팬데믹) 등은 쟁점부동산을 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하지 않고, 처분청의 출장보고서 상 현장사진을 보아도 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하고 있다고 보기 어렵다.

또한, 청구법인이 제출한 계량증명서, ‘절임 무’ 출하에 대한 예금거래내역서 등의 매출 증빙자료는 청구법인이 아닌 타 법인(AAA)으로 되어 있어 청구법인의 매출로 보기 어렵다.

(2) 청구법인의 주장인 특수관계인의 공장용도 사용을 소유자의 직접사용으로 해석하여야 한다는 부분에 대하여 적용할 수 있는 명시적 관련 법령은 찾을 수 없고, 특수관계인에 대한 적용은 지방세법상 특수관계인에 대한 제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 및 거짓계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위 등에 대한 부분에서 적용할 수 있는 사항이다.

(3) 청구법인의 최초 취득신고 당시 세액을 살펴보면, 이 건 감면규정에서 농공단지 대체입주자에 대한 감면으로 취득세를 면제 적용하였고, 본세의 경우 산출세액인 OOO원 중 OOO원을 감면하여 납부할 세액이 OOO원이 적용되었으며, 여기에 「지방세특례제한법 」제177조의2에 따라 취득세가 OOO원을 초과하는 경우 취득세가 전액 면제되는 경우 85% 감면율이 적용되어, 면제되는 세액의 15%는 납부하여야 하는 최소납부세제가 적용된 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산을 취득일부터 유예기간(3년) 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

② 특수관계인의 사용을 청구법인의 직접 사용으로 볼 수 있는지 여부

③ 쟁점부동산이 최소납부세제 적용 대상에서 제외되는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 등기사항전부증명서 및 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 2017.2.28. OOO을 본점으로 하여 설립되었고, 2021.5.31. 제조업·도소매를 업태로 하고 수산물가공업 등을 종목으로 하여 사업자등록을 완료한 법인인 것으로 확인된다.

(나) 쟁점부동산의 주소지는 충청남도 부여군이며, BBB의 현주소 또한 충청남도 부여군인 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 유예기간내 사용하지 못한 정당한 사유에 대한 증빙자료로 계량증명서, 사실확인서 등을 제출하였고, 계량증명서의 거래처 란에는 청구법인이 아닌 ‘CCC’으로 기재되어 있으며, 사실확인서에는 거래처 담당자의 실수로 인한 오기라는 내용이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

< 계량증명서, 사실확인서>

○○○

(라) 처분청이 2024.12.10., 2024.12.17. 쟁점부동산의 현장을 2차례에 걸쳐 방문한 후 작성한 출장결과보고서에 의하면, 쟁점부동산의 물적·인적 설비 현황 상 통상적인 공장으로 운영되지 않는다고 기재되어 있는 것으로 확인되고, 관련 사진은 아래와 같다.

<처분청 출장 현장사진>

○○○

(마) 청구법인은 청구법인과 ‘AAA’이 2021.6.11. 체결한 위탁계약서와 BBB 및 청구법인 대표자의 건강진단서를 제출하며 ‘건강상의 사유’로 직접 사용을 하지 못하였다고 주장한다.

<청구법인의 위탁계약서>

○○○

(바) 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용하였다는 증빙으로 청구법인명이 기재된 전기요금 수납내역서 및 납부실적증명서(한국전력공사), 출하확인서 및 계량증명서 일부, 낙뢰피해 수리비용 입금명세서 등의 자료를 추가로 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다

(가) 이 건 감면규정에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 농공단지에서 휴업 중이거나 폐업된 공장을 취득하여 입주하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 2026년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 공장 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 농공단지 관리기관 또는 해당 농공단지 관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

또한 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 의하면, “직접 사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산을 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나, 이 건 감면규정에서 취득일부터 3년 내 정당한 사유없이 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우와 관련하여, ‘직접 사용’이란 취득물건을 소유하는 자가 취득하는 목적상의 고유업무에 현실적으로 사용하는 경우로 보아야 하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는 점,

청구법인은 2021.6.2. 농공단지 내에 소재한 쟁점부동산을 취득하고 취득세 등을 감면받은 후, 이를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용한 사실이 없는 상태에서 청구법인이 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보이고, 그 행위자체로서 농공단지 내 공장 등의 장려라는 취득세 감면의 입법목적을 달성할 수 없는 것으로 보이며(헌법재판소 2018.2.22. 선고 2016헌바420 결정, 같은 뜻임), 이는 이 건 감면규정에 따라 감면된 취득세 등을 추징하는 것이 지방세 감면 및 추징에 관한 규정의 체계와 문언, 법률적 취지 등에 부합하는 것으로 보이는 점(대법원 2018.1.31. 선고 2017두64903 판결, 같은 뜻임),

대법원 판례(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결)에 의하면, ‘정당한 사유’에 대하여 부동산을 사업에 사용하지 못한 법률상 또는 사실상 장애로 ① 공법상 제한 또는 관련 법령상 인허가가 요구되는 경우, ②부동산을 점유하는 임차인들의 인도거부로 부동산을 인도받지 못한 경우 등을 들고 있으나, 청구법인의 경우 청구법인 대표자 의 건강 상태, 쟁점부동산에 대한 낙뢰 피해, 코로나19 발생 등은 여기서 말하는 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보기 어려운 점,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세를 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 특수관계인의 사용을 청구법인의 직접 사용으로 보아야 한다고 주장한다.

그러나, 당초 취득세의 부과와 감면은 청구법인 즉 법인에 대해 과세한 것이지 법인의 대표에게 과세된 것이 아니고, 대표자와 청구법인이 설립한 법인은 각각 별개의 권리 주체이므로 개인과 법인을 동일시하여 법인의 쟁점부동산에 대한 사용을 청구법인의 직접 사용으로 보기는 어려우며, 청구법인의 대표와 특수관계에 있는 친족이 대표로 있는 다른 법인이 청구법인 소유의 쟁점부동산을 사용하는 경우 또한 청구법인이 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다.

(4) 그렇다면 쟁점부동산은 이 건 감면규정에 따른 감면대상이 아니라고 할 것인바, 쟁점③은 별도로 심리할 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 충청남도 도세감면 조례

제7조(농공단지 대체입주자에 대한 감면) 「산업 입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 농공단지에서 휴업 중이거나 폐업된 공장을 취득하여 입주하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 2023년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 공장 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 농공단지 관리기관 또는 해당 농공단지 관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우에도 제1항을 따른다. 다만, 「조세특례제한법」의 위임에 따른 감면은 그러하지 아니하다.

(3) 지방세기본법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계