이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.4.4. 대전광역시 동구 OOO 토지 802㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 129.32㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 취득하며, 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2024.10.4. 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제87조 제2항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에서 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 감면 대상에 해당하므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.26. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.21. 이의신청을 거쳐 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산 취득과 관련하여 「지방세특례제한법」 제87조(새마을금고 등에 대한 감면)를 적용하여 취득세 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 취득일로부터 1년 이내 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다고 이를 거부하였다.

그러나, 청구법인은 쟁점부동산의 취득 이전부터 건축물 설계·감리 등의 준비를 사전에 충분히 하였고, 쟁점부동산 취득 직후 철거·허가를 신속히 진행하였으며, 청구법인의 내부 규정에 따른 입찰절차로 시공사를 선정하였고, 「철도안전법」상 강제 절차인 행위 신고를 정상적으로 이행하여 그 취득 후 약 5개월 만에 착공하였으며, 동절기 한파, 인근 주민 민원 등이 발생하였음에도 불구하고 공사 착공을 위한 모든 노력을 다하였다고 할 수 있다.

그럼에도 청구법인이 유예기간을 넘긴 것은 단순 태만이 아니라 정상적 노력에도 불구하고 시간적 여유가 부족했던 사정 및 외부적 장애요인이 결합된 사항이고, 법령상 장애, 계절적 요인 등으로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 존재하므로 취득세 감면 대상에 해당한다.

청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 계획대로 신축 관련 건축허가를 받고 공사에 착공하였으나, 쟁점부동산이 「철도안전법」상 철도보호지구내 행위신고가 필요함에 따라 이에 대한 승인을 받고 다시 공사에 착공하여야 하였고, 이후 동절기 기온 급강하로 2022년 12월 27일부터 2023년 2월 4일까지 공사를 중단하게 되었으며, 인근 담벼락 훼손으로 인한 민원 등의 불가피한 사유로 공사가 늦어질 수 밖에 없었으나, 이후 공사를 최대한 신속히 재개하여 2023.6.5. 사용승인을 받았다.

대법원은 ‘정당한 사유’에 대해 외부적 사유(법령상 금지·제한 등) 뿐만 아니라 정상적 노력을 다했으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유까지 포함하는 개념으로 보며, 취득 목적, 준비기간, 장애사유, 법령상 제한, 진지한 노력 여부 등을 종합적으로 고려하여야 한다고 판단하였다. 또한 대법원 판례에서 종합병원 건축과 관련하여 취득 후 1년 6개월 만에 건축허가를 받았으나 정당한 사유로 인정한 사례가 있다.

따라서 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 유예기간 내 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였고, 유예기간을 경과한 데에는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였고, 이를 직접 사용하지 못한 것에는 ‘정당한 사유’가 없다.

조세감면 등 특정 납세자에게 특혜를 주는 규정은 다른 규정 보다 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에 부합하고, 청구법인은 쟁점부동산을 그 유예기간 내에 건축물의 착공 등을 해야 한다는 사실을 충분히 인지하고 있었으므로, 쟁점부동산을 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

청구법인이 주장하는 장애요인은 정상적인 주의를 기울였다면 사전에 충분히 예측가능했던 통상적인 행정절차이고, 일반적이고 경미한 사항으로 진지한 노력으로 극복할 수 없는 불가항력인 사유에 해당하지 않는다. 따라서 유예기간 내 건축물의 신축공사를 충분히 착공할 수 있었음에도 그 기간을 경과한 후 공사를 완료한 것으로 보아, 이는 청구법인의 귀책사유에 해당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 취득일부터 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1979.5.30. 신용사업, 회원으로부터의 예탁금, 적금의 수납 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인이 쟁점토지 취득 후 그 지상에 신축한 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)과 관련된 주요일정은 아래와 같다.

＜이 건 건축물의 신축 관련 주요일정＞

○○○

1) 청구법인은 2022.4.4. 쟁점부동산을 취득하고(과세표준 OOO원) 처분청에 이 건 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

2) 처분청이 2022.8.29. 청구법인에게 교부한 착공신고필증에 따르면, 청구법인은 2022.4.18. 이 건 건축물 신축을 위한 건축허가를 신청하였고, 2022.5.17. 쟁점건물을 철거하고 건축허가를 받았으며, 착공신고필증상 착공예정일자는 2022.9.1.로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

＜이 건 건축물 착공신고필증＞

○○○

3) 청구법인은 2022.6.21. 입찰공고를 통해, 2022.7.15. AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)와 공사 도급계약을 체결하였고, 해당 도급계약서에는 준공예정일이 2023.3.31.로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

＜이 건 건축물 신축공사 도급계약서＞

○○○

4) 청구법인은 이 건 건축물(건축면적 316.26㎡, 지하 1층~지상 5층 연면적 1,469.97㎡)의 신축 후, 2023.6.5. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 공사 착공이 늦어진 데에 정당한 사유가 존재한다고 주장하며, 철도보호지구에서의 행위신고서, 한파 및 인근 민원 발생 등의 관련 증빙자료를 아래와 같이 제출하였다.

1) 청구법인은 도급계약서상 2022.8.12.에 공사를 시작할 예정이었으나, 쟁점부동산이 「철도안전법」 상 철도보호지구 관련 행위 신고·승인 대상이었기에, 대전교통공사에 안전관리계획서, 안정성 검토서, 행위신고서 등을 접수하여야 했고, 실제 20일 정도 지난 2022.8.26. 행위신고에 대한 승인을 받았으며, 2022.8.29. 착공신고필증을 받은 후 2022.9.1. 공사 착공을 하였다고 주장한다.

＜철도보호지구에서의 행위신고서＞

○○○

＜행위신고 처리 절차(철도시설공단 홈페이지)＞

○○○

2) 청구법인은 공사 진행 중 동절기 한파에 따른 콘크리트 양생시간 부족 및 품질저하 우려가 있어, 2022.12.27.부터 2023.2.4.까지 약 40일간 공사를 중단하였다가 재개하였고, 이로 인하여 2023.1.31. 공사일정변경에 대한 공사변경합의서를 작성하였으며, 해당 공사변경합의서 및 감리의견서를 아래와 같이 제출하였다.

＜공사변경합의서＞

○○○

＜공사 중단에 대한 감리의견서＞

○○○

3) 청구법인은 공사 진행 중 공사현장 인접에서 담벼락의 훼손 가능성으로 민원이 발생하여 2023.5.15. 공사를 중단하였고, 민원인과의 합의 및 담벼락 보수공사를 통해 2023.5.27. 공사를 재개(12일 중단)하였다고 주장하였으며, 사건경과 관련 주요내용은 아래와 같다.

＜이 건 건축물 관련 사건경과 주요내용＞

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다

(가) 이 건 감면규정에서 새마을금고가 「새마을금고법」제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 본문 및 제1호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징하나, 이에 “정당한 사유”가 존재한다면 감면 세액의 추징에서 제외된다고 규정하고 있다.

대법원 판례(대법원 1997.6.27. 선고 96누16810 판결)에 의하면, 「지방세특례제한법」제178조 제1항에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유’라 함은 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나, 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말한다고 판시한바 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 없다는 의견이다.

그러나, 이 건 감면규정에서 유예기간 내 정당한 사유없이 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우와 관련하여, ‘직접 사용’이란 취득물건을 소유하는 자가 취득하는 목적상의 고유업무에 현실적으로 사용하는 경우로 보아야 하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2017.8.18., 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임),

청구법인은 ① 쟁점부동산의 취득(2022.4.4.) 직후 쟁점건물 철거, 신축허가 신청 등을 하여 약 43일 만에 건축허가(2022.5.17.)를 득하였고, ② ‘새마을금고 사무처리규정’에 따른 입찰공고를 통하여 정상적으로 공사업체를 선정하였으며, ③ 쟁점부동산 취득 후 약 5개월 만에 건축공사에 착공(2022.9.1.)한 점,

일단 착공이 이루어지면 그 이후부터는 시공사가 도급계약에 따라 시공하여 사용승인까지 받는 것이라서 착공 이후부터는 자금 사정에 따른 공사지연 등 청구법인의 귀책사유로 귀결되는 특별한 사정이 없는 이상 청구법인은 유예기간 내에 착공함으로써 직접 사용을 위한 노력을 다하였다고 보는 것이 타당한 점(조심 2023지1637, 2024.1.15., 같은 뜻임),

청구법인의 경우 쟁점부동산 취득 이후 유예기간 종료일(2023.4.3.)에서 61일이 경과한 약 1년 2개월만에 이 건 건축물의 사용승인(2023.6.5.)을 받은 것은 정상적인 노력에도 불구하고 시간이 부족하여 유예기간이 경과한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 유예기간 내 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제87조(새마을금고 등에 대한 감면) ② 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고(중앙회는 제외하며, 이하 제1호 및 제2호에서 “새마을금고”라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 각각 감면한다.

1. 새마을금고가 「새마을금고법」 제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

2. 새마을금고가 「새마을금고법」 제28조 제1항 제2호부터 제4호까지의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 새마을금고법

제28조(사업의 종류 등) ① 금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.

1. 신용사업

가. 회원으로부터 예탁금과 적금 수납

나. 회원을 대상으로 한 자금의 대출

다. 내국환(內國換)과 「외국환거래법」에 따른 환전 업무

라. 국가, 공공단체 및 금융기관의 업무 대리

마. 회원을 위한 보호예수(保護預受)

2. 문화 복지 후생사업

3. 회원에 대한 교육사업

4. 지역사회 개발사업

5. 회원을 위한 공제사업

6. 중앙회가 위탁하는 사업

7. 국가나 공공단체가 위탁하거나 다른 법령으로 금고의 사업으로 정하는 사업

8. 그 밖에 목적 달성에 필요한 사업으로서 행정안전부장관(이하 “주무부장관”이라 한다)의 승인을 받은 사업

(3) 철도안전법

제45조(철도보호지구에서의 행위제한 등) ① 철도경계선(가장 바깥쪽 궤도의 끝선을 말한다)으로부터 30미터 이내[「도시철도법」 제2조제2호에 따른 도시철도 중 노면전차(이하 “노면전차”라 한다)의 경우에는 10미터 이내]의 지역(이하 “철도보호지구”라 한다)에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다.

1. 토지의 형질변경 및 굴착(掘鑿)

2. 토석, 자갈 및 모래의 채취

3. 건축물의 신축ㆍ개축(改築)ㆍ증축 또는 인공구조물의 설치

4. 나무의 식재(대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)

5. 그 밖에 철도시설을 파손하거나 철도차량의 안전운행을 방해할 우려가 있는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위

③ 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 철도차량의 안전운행 및 철도 보호를 위하여 필요하다고 인정할 때에는 제1항 또는 제2항의 행위를 하는 자에게 그 행위의 금지 또는 제한을 명령하거나 대통령령으로 정하는 필요한 조치를 하도록 명령할 수 있다.

(4) 철도안전법 시행령

① 법 제45조 제1항에 따라 신고하려는 자는 해당 행위의 목적, 공사기간 등이 기재된 신고서에 설계도서(필요한 경우에 한정한다) 등을 첨부하여 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 신고한 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 신고나 변경신고를 받은 경우에는 신고인에게 법 제45조 제3항에 따른 행위의 금지 또는 제한을 명령하거나 제49조에 따른 안전조치(이하 “안전조치등”이라 한다)를 명령할 필요성이 있는지를 검토하여야 한다.

③ 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 제2항에 따른 검토 결과 안전조치등을 명령할 필요가 있는 경우에는 제1항에 따른 신고를 받은 날부터 30일 이내에 신고인에게 그 이유를 분명히 밝히고 안전조치등을 명하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 철도보호지구에서의 행위에 대한 신고와 안전조치등에 관하여 필요한 세부적인 사항은 국토교통부장관이 정하여 고시한다.