이유
1. 처분개요

가.청구인은 아래 매매계약 등의 절차로 대전광역시 중구 OOO 토지 및 그 지상 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고 관련한 양도소득세 신고를 하였다.

(1)청구인은 2021.8.23. 주식회사 A(이하 “A” 또는 “변경전양수인”이라 한다)과 사이에 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 내용의 매매계약서[이하 “쟁점선행계약(서)”이라 한다]를 작성하였고, 쟁점선행계약상 같은 날 변경전양수인으로부터 계약금 OOO원을 받고 잔금 OOO원은 쟁점선행계약상 2022.2.23.까지 받기로 하되, 특약에 건물에 대한 부가가치세는 변경전양수인이 지불한다는 내용을 두었다.

(2)변경전양수인은 2021.8.23. 청구인으로부터 OOO원(이하 “쟁점금액1”이라 한다)을 차용하여 보관하였다가 2022.2.23. 청구인에게 반환할 것을 확약한다는 내용의 현금보관증(이하 “쟁점현금보관증”이라 한다)을 작성하여 청구인에게 교부하였다.

(3)청구인은 2022.4.1. B 주식회사(이하 “B” 또는 “쟁점양수인”이라 한다)와 사이에 B로부터 2022.4.7. 잔금 OOO원을 받고 쟁점양수인에게 쟁점부동산을 양도하는 내용의 매매계약서[이하 “쟁점매매계약(서)1”이라 한다]를 작성하면서, 특약에 변경전양수인이 쟁점매매계약1에 동의한다는 내용을 기재하였다.

(4)청구인은 2022.5.11. 쟁점양수인과 사이에 쟁점매매계약1 중 잔금 OOO원의 지급시기를 2022.5.13.로 하는 내용의 매매계약서[이하 “쟁점매매계약(서)2”, 쟁점매매계약(서)1과 합하여 “쟁점매매계약(서)”이라 한다]를 작성하였다.

(5)쟁점양수인은 2022.5.13. 청구인에게 미지급 잔금지급금 OOO원(이하 “쟁점금액2”라 한다)을 2022.5.27.까지 지급한다는 내용의 현금지불확약서(이하 “쟁점현금지불확약서”라 한다)를 작성하여 청구인에게 교부하였다.

(6)청구인은 2022.5.13. 쟁점양수인으로부터 쟁점매매계약상의 잔금을 지급받고 소유권이전등기를 마쳐주었으나, 쟁점양수인으로부터 쟁점금액2를 지급받지 못하자, 쟁점양수인을 상대로 민사소송(사건번호가 ‘대전지방법원 OOO’이고 이하 “쟁점외민사소송1”이라 한다)을 제기하여 2024.4.25. 승소 판결을 받았다.

(7)청구인은 쟁점매매계약상의 매매대금인 OOO원을 쟁점부동산의 양도가액으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

나.처분청은 2025.4.15.∼2025.4.25. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점금액1은 쟁점현금지불확약서에 따라 청구인이 쟁점부동산의 양도에 대하여 부담할 양도소득세를 쟁점양수인이 부담하기로 한 금전으로 쟁점부동산의 양도가액에 포함된다고 보아, 2025.7.18. 쟁점금액 상당액만큼 양도가액을 증액하여 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점금액1은 쟁점부동산의 양도가액에 포함되지 않는다.

「소득세법」 제88조 제5호에서 실지거래가액을 ‘자산의 양도 당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액’으로 규정하고 있고, 선결정례(조심 2010부423, 2010.6.29.), 국세청 해석사례(재산세과-1918, 2008.7.25. 등) 등에 따르면 ‘양수인이 부담하기로 한 양도소득세 상당액이 양도가액에 포함’되기 위해서는 ①매매계약에 양수인이 양도인의 양도소득세를 부담하기로 한다는 내용의 특약이 존재하고, ②매매대금을 청산한 날까지 실제로 그 지급이 이루어져야 한다. 그러나 이 건의 경우 ①쟁점매매계약서 어디에도 쟁점양수인이 청구인의 양도소득세 상당액을 지급한다는 특약이 없는 점(쟁점선행계약서의 특약에 적힌 ‘변경전양수인의 쟁점부동산 중 건물에 대한 부가가치세 부담’에 양도소득세가 포함된다고 볼 수 없다), ②청구인은 비록 쟁점외민사소송1의 승소로 쟁점금액2(쟁점금액1과 잔금 지연이자)를 지급받을 권원을 보유하게 되었으나 쟁점부동산의 잔금청산일(2022.5.13.)을 지나 현재까지 그 지급을 받지 못한 점(청구인이 그 지급을 받고자 쟁점양수인의 재산에 대한 강제집행을 시도했으나 그 재산을 발견하지 못하였고 쟁점양수인의 자본잠식을 감안할 때 회수불능으로 청구인의 소득으로의 실현가능성이 없다고 보아야 한다), ③쟁점금액1 지급과 무관하게 쟁점부동산의 소유권이 이전된 점 등을 감안할 때, 쟁점금액1은 쟁점부동산의 양도가액에 포함된다고 볼 수 없다.

한편 처분청은 청구인과 쟁점양수인의 진술을 근거로 쟁점금액1을 ‘쟁점양수인이 부담하기로 한 청구인의 양도소득세’로서 쟁점부동산의 양도가액으로 보았으나, 쟁점금액1은 앞서 제시하였듯이 쟁점매매계약과 별개로 변경전양수인의 쟁점현금보관증 및 이를 승계한 쟁점양수인의 쟁점현금지불확약서를 지급근거로 할 뿐인 점[이러한 사실은 쟁점외민사소송1과 쟁점부동산을 수탁한 신탁회사가 청구인등을 상대로 제기한 쟁점부동산의 인도에 관한 민사소송(이하 “쟁점외민사소송2”라 한다)에도 기재되어 있다], ②부동산의 매매계약을 체결한 후 그 계약대금을 증액한 경우 그 증액의 원인이 해당 부동산의 가치상승이 있을 경우에만 양도소득세 과세대상이라 할 것인바(광주지방법원 2022.1.28. 선고 2020고합258 판결, 같은 뜻임), 쟁점금액1은 ‘원활한 계약진행을 위한 지원금 및 손해배상금’이 혼재된 것으로 볼 수 있을 뿐, 쟁점부동산의 가치상승과 무관한 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산의 객관적인 양도가액은 쟁점매매계약서에 기재된 계약금액인 31억원일 뿐, 쟁점매매계약과 무관한 쟁점금액1을 쟁점부동산의 양도가액에 포함할 할 수 없다.

또한 처분청은 「소득세법」상 권리의무확정주의에 따라 쟁점금액1을 청구인의 쟁점부동산에 대한 양도소득 계산시 양도가액에 포함할 수 있다는 의견이나, 권리의무확정주의는 소득의 귀속연도를 임의로 조절하는 것을 방지하기 위한 것일 뿐, 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부·범위에 관한 다툼이 있어서 소송으로 나아간 경우에는 그 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 하고 그 판결 전과 같이 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되지 않은 때에는 해당 권리가 확정되었다고 보기 어렵다 할 것인바(대법원 1997.4.8. 선고 96누2200 판결, 같은 뜻임), 청구인이 현재까지 쟁점금액2를 지급받지 못하였고 그 회수가능성이 없는 상황에서 쟁점금액1이라는 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 볼 수 없다.

(2) (예비적으로) 청구인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있다.

청구인은 ①법원이 쟁점외민사소송1·2에서 ‘쟁점금액1이 쟁점부동산에 관한 쟁점매매계약과 별도로 작성된 쟁점현금보관증 및 쟁점현금지불확약서에 따라 쟁점양수인이 청구인에게 지급의무가 발생한 것’이라는 취지로 한 판결, ②쟁점양수인이 현재까지 쟁점금액1을 포함한 쟁점금액2를 지급하지 않은 사실, ③설령 양수인이 양도인의 양도소득세를 부담하는 약정을 체결하였더라도 양도인의 신고·납부 지연에 따른 가산세까지 부담하기로 한 것으로 볼 수 없다는 판례(대구지방법원 2021.9.9. 선고 2020가합52102 판결) 등을 감안하여 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고시 쟁점금액1을 양도가액에 포함하지 않았는바, 청구인에게 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 의무를 다할 것을 기대하기 어렵다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액1은 쟁점부동산의 양도가액에 포함된다.

실지거래가액으로 양도차익을 계산함에 있어서 부동산의 매매거래시 양수자가 양도인의 양도소득세를 부담하기로 약정하고 부담한 양도소득세 상당액은 해당 부동산의 양도가액에 합산되는바(국세청 재산세과-1918, 2008.7.25., 서면-2023-법규재산-2048, 2023.12.27. 등), 처분청의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사 당시 청구인과 쟁점양수인(A의 대표이사이자 B의 공동대표이사인 C)이 처분청에 출석하여 ‘쟁점금액1은 청구인이 쟁점부동산의 양도시 양도소득세가 많이 나와서 양도할 수 없다고 하여 해당 양도소득세를 변경전양수인과 그 지위를 이어받은 쟁점양수인이 부담하는 조건으로 쟁점현금보관증 및 쟁점현금지불확약서를 작성하였고, 현재는 쟁점양수인이 자금사정상 청구인에게 쟁점금액1을 지급하지 못하나 쟁점외민사소송1의 판결대로 지급할 예정’이라고 진술하면서, 이에 관한 확인서를 작성한 점 등을 감안하면, 쟁점금액1은 현재 청구인의 지급받았는지 여부와 무관하게 청구인의 쟁점부동산의 양도가액에 포함되는 것으로 봄이 타당하다.

한편 쟁점부동산의 객관적인 양도가액은 쟁점매매계약서에 기재된 게약금액인 OOO원일 뿐, 쟁점금액1은 쟁점매매계약과 무관하다고 주장하나, 「소득세법」 제88조 제5호에 따르면 실지거래가액은 자산의 양도 당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 의미하는바, ①청구인과 쟁점양수인은 쟁점매매계약상 쟁점부동산의 매매가액 31억원 외에도 쟁점현금지불확약서(쟁점현금보관증 포함)의 작성을 통해 쟁점금액1(OOO원)을 ‘쟁점부동산 매매와 관련하여 청구인이 신고·납부할 양도소득세 상당액’으로 하여 추가로 수수하기로 약정한 점, ②설령 청구인이 쟁점부동산의 양도시기(잔금청산일인 2022.5.13.)까지 쟁점금액1을 지급받지 못하였고 쟁점현금보관증과 쟁점현금지불확약서에 쟁점금액1이 ‘쟁점양수인이 부담할 청구인의 양도소득세 상당액’임이 명시적으로 기재되어 있지 않았다 하더라도, 쟁점외민사소송1의 증거로 제출된 ‘잔금 미지급에 대한 지연안내문’에 따르면 쟁점금액1을 포함한 쟁점금액2가 ‘미지급 잔금’으로 기재되어 있고, 앞서 제시하였듯이 쟁점양도인이 조사청에 출석하여 “쟁점금액1이 ‘쟁점양수인이 부담할 청구인의 양도소득세 상당액’이고 청구인에게 지급할 것‘임을 확인하였음 등을 감안하면 쟁점금액1은 쟁점부동산의 양도와 객관적인 대가관계가 있는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 위 청구주장은 이유 없다.

또한 청구인은 쟁점양수인의 자본잠식 등을 사유로 쟁점금액1의 회수가능성이 없으므로 쟁점금액1을 쟁점부동산 양도가액에 포함할 수 없다고 주장하나, ①앞서 제시하였듯이 쟁점양수인이 처분청에 출석하여 한 “청구인에게 쟁점금액1을 지급할 것”임을 확인한 점, ②쟁점양수인은 쟁점부동산 등 주택재개발에 관한 부동산을 다수 소유하고 있는 점, ③쟁점금액1의 회수가능성이 없다는 청구주장이 구체적·객관적으로 입증되지 않은 점 등을 감안할 때, 위 청구주장도 이유 없다.

(2) 청구인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 없다.

「소득세법」은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보아 과세소득을 계산하는 ‘권리의무확정주의’를 채택하고 있고, 실지거래가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 따라 실제로 받았거나 받기로 한 금액의 합계라 할 것인바, ①앞서 제시하였듯이 쟁점양수인(변경전양수인 포함)은 청구인에게 쟁점금액1을 지급하겠다는 취지의 쟁점현금지불확약서(쟁점현금보관증 포함) 및 ‘잔금 미지급에 대한 지연안내문’을 작성·교부한 점, ②쟁점외민사소송1의 판결문에 따르면 법원은 쟁점양수인이 청구인에게 쟁점금액2(쟁점금액1과 잔금지체상금 상당액의 합계)를 지급하고 이에 대한 가집행이 가능하다는 내용의 판결을 하였음이 확인되는 점, ③달리 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 만한 객관적인 근거를 찾기 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점금액1에 대한 이 건 양도소득세를 부과할 때 가산세도 부과한 것이 부당하다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①양수인이 쟁점부동산의 매매계약과 별도의 문서로 청구인에게 지급하기로 약정한 쟁점금액1을 ‘청구인의 양도소득세를 대납한 금액’으로 본 처분과 관련하여, 쟁점금액1은 매매계약과 무관하게 지원금 등 명목으로 지급되었고 그 지급을 받지도 못하였으므로 쟁점부동산의 양도가액에 포함할 수 없다는 청구주장의 당부

②(예비적으로) 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률

(1) 소득세법

제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 위약금

나. 배상금

제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5.“실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

(2) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

(가)쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 보면 청구인은 2007.7.22. 쟁점부동산의 소유권을 취득하였다가 2022.5.13. 쟁점양수인에게 그 소유권을 이전한 것으로 기재되어 있다.

(나)변경전양수인은 2021.4.29. 설립되어 부동산개발업을 영위하고 있고 2021.4.29.∼2023.1.18. D이 대표이사로 재직하였으며, 쟁점양수인은 2021.11.4. 설립되어 부동산개발업을 영위하고 있고 2021.11.4.∼2023.4.12. E과 D이 공동대표이사로 재직하다가 2023.4.13.부터 E이 대표이사로 재직하고 있다.

(다)2021.8.23. 청구인과 변경전양수인 간에 작성된 쟁점선행계약서를 보면 매매목적물인 쟁점부동산의 매매대금인 OOO원 중 계약금으로 OOO원을 계약일인 2021.8.23.에 지급하고 잔금 OOO원을 2022.2.23. 지급하는 것으로 기재되어 있고, 특약사항에 수기로 “건물에 대한 부가가치세는 변경전양수인이 지불한다”는 내용이 기재되어 있다.

(라)2021.8.23. 변경전양수인이 작성한 쟁점현금보관증을 보면 수기로 “쟁점금액1(OOO원)을 2021.8.23. 청구인으로부터 현금으로 차용하여 보관하였다가 2022.2.23. 청구인에게 반환할 것을 확약한다”라는 내용이 기재되어 있다.

(마)2022.4.1. 청구인과 쟁점양수인 간에 작성된 쟁점매매계약서1을 보면 매매목적물인 쟁점부동산의 매매대금인 OOO원 중 계약금으로 OOO원을 ‘계약시 지불하고 양수’한 것으로, 잔금 OOO원을 2022.4.7. 지급하는 것으로 각 기재되어 있고, 특약에 “변경전양수인은 쟁점매매계약1에 대해 동의한다”라는 취지의 내용이, 수기로 “양수인의 잔금지급 지연으로 양도인이 기일에 맞게 계약된 부동산이 해약된 계약금 OOO원을 추가지급한다”라는 내용이 각 기재되어 있다.

(바)2022.5.11. 청구인과 쟁점양수인 간에 작성된 쟁점매매계약서2를 보면 매매목적물, 계약금액, 계약금에 대해서는 쟁점매매계약서1과 같고, 잔금 OOO원을 2022.5.13. 지급하는 것으로 기재되어 있다.

(사)2022.5.13. 쟁점양수인이 작성한 쟁점현금보관증을 “미지급된 쟁점금액2(OOO원)에 대해 정해진 날짜(2022.5.27.)에 지급하며 2022.5.27.까지 위 잔금에 대해 연리 15%의 금액을 추가로 정산할 것을 확약한다”라는 내용이 기재되어 있다.

(아)청구인(원고)이 쟁점양수인(피고)을 상대로 제기한 쟁점외민사소송1의 판결문을 보면 아래와 같은 사실관계 등이 기재되어 있다.

1)‘주문’에 “쟁점양수인은 청구인에게 쟁점금액2 및 이에 대하여 2022.5.14.부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하고, 이를 가집행할 수 있다”라는 내용이 기재되어 있다.

2)‘인정사실’에 위 1. 가. 기재와 같은 내용과 더불어, “E(쟁점양수인의 공동대표이사 중 1인)이 2022.5.26. 쟁점양수인 명의로 지연안내문을 작성하여 청구인 등 토지소유자들에게 발송하였다”라고 기재되어 있고, 그림으로 게재된 해당 안내문의 내용에는 “현재 토지를 담보로 여러 금융권에 추가 2순위 대출을 적극적으로 진행하고 있으나 토지대금의 과다책정으로 인해 (중략) 소요시간이 다소 필요한 상황이며, 최대한 조속히 자금을 마련하여 약속된 기일 이내에 미지급 잔금을 지급하도록 하겠다”라고 기재되어 있으며, ‘미지급 내용’에 청구인의 쟁점금액2가 포함되어 있다.

3)‘청구원인에 관한 판단’에 “청구인과 변경전양수인 사이의 쟁점선행계약서에는 ‘건물에 대한 부가가치세금은 매수인이 지불한다’는 특약사항이 있고 이에 대한 변경전양수인의 대표이사이기도 한 D은 이 법정에서 ‘건물을 이전받았을 때 청구인이 부담해야 할 부가가치세를 변경전양수인이 부담하는 것으로 적시한 것이다’라고 진술하였으며, 변경전양수인은 2021.8.23. 청구인에게 쟁점선행계약에서 정한 매매대금과 별도로 쟁점금액1을 지급한다는 취지의 쟁점현금보관증을 작성·교부하였다. 이후 변경전양수인은 잔금지급기일이 지난 2022년 3월까지 매매대금 잔금을 지급하지 못했고, 2022.4.1. 청구인, 변경전양수인, 쟁점양수인 3자간에 쟁점양수인이 최종 매수인으로서 쟁점부동산을 매수하기로 하는 쟁점매매계약1이 체결되었으며, 이에 따라 쟁점양수인은 (중략) 2022.4.7.까지 잔금 OOO원을 지급하기로 약정했으나, 그 지급기일을 지난 2022년 5월 초순경까지 청구인에게 잔금을 지급하지 못하였다. 이에 청구인은 매매대금 잔금 OOO원과 함께 변경전양수인이 종전에 쟁점현금보관증에 의해 지급하기로 한 약정금을 지급해달라고 요구했고, 변경전양수인의 매수인 지위를 승계한 쟁점양수인은 청구인으로부터 소유권이전등기서류를 제공받기 위해 쟁점현금지불확약서를 작성한 것으로 보인다”라는 내용이 기재되어 있다.

(자)청구인이 처분청의 조사 당시인 2025.4.25. 처분청에 작성·제출한 것으로 보이는 확인서를 보면, 청구인은 “쟁점부동산을 양도함에 있어서 변경전양수인과 사이에 양도가액 OOO원으로 하여 쟁점선행계약을 체결하면서 양도소득세와 부가가치세를 변경전양수인이 부담하는 조건으로 쟁점현금보관증의 쟁점금액1을 지급받기로 하였고, 이후 쟁점양수인과 사이에 쟁점매매계약서를 작성하고 쟁점부동산의 소유권을 이전하였는데, 변경전양수인과 같이 당 거래에서 발생하는 양도소득세와 부가가치세를 쟁점양수인이 부담하는 조건으로 쟁점매매계약을 하였으며 이를 입증하기 위해 쟁점현금지불확약서를 작성하였다. 이와 관련하여 쟁점외민사소송1의 관할 법원이 청구인에게 쟁점금액2를 지급하라는 판결을 하였으나 조사일 현재 쟁점양수인으로부터 쟁점현금지불확약서의 쟁점금액2를 지급받지 못하였다”라는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(차)D(쟁점양수인의 공동대표이사 중 1인이었다)이 처분청의 조사 당시인 2025.4.17. 처분청에 작성·제출한 것으로 보이는 확인서를 보면, D은 “변경전양수인의 대표이사이자 쟁점양수인의 공동대표이고, 변경전양수인은 쟁점종전계약서와 같이 청구인으로부터 쟁점부동산을 OOO원 매매하기로 하였으나, 양도소득세 및 부가가치세가 많이 나와 양도할 수 없다는 청구인의 말에 따라 양도소득세를 보존하는 조건으로 쟁점금액1에 관한 쟁점현금보관증을 작성해 주었고, 이후 청구인과 쟁점양수인이 쟁점매매계약서를 작성하면서 쟁점현금지불확약서를 작성하였다”라는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(2)청구인은 쟁점금액1에 대하여 변경전양수인의 쟁점현금보관증 및 이를 승계한 쟁점양수인의 쟁점현금지불확약서를 지급근거로 할 뿐 쟁점매매계약과는 별개라고 주장하고 있고, 쟁점외민사소송1의 판결문을 제시하면서 “쟁점매매계약과 별도의 쟁점현금보관증이 작성되어 쟁점금액1의 수수가 약정되었다”라는 청구주장이, 쟁점외민사소송2의 판결문을 제시하면서 “쟁점금액2는 설령 쟁점양수인이 청구인에게 쟁점현금지불확약서에 따라 쟁점금액2의 지급의무가 있다 하더라도 해당 채무는 쟁점매매계약2와는 별개의 약정을 원인으로 하는 것”이라는 청구주장이 각 뒷받침된다고 주장한다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 매매에 관한 계약(쟁점선행계약 및 쟁점매매계약), 쟁점금액의 지급에 관한 쟁점현금보관증 또는 쟁점현금지불확약서, 청구인이 쟁점양수인을 상대로 제기한 쟁점금액의 지급에 관한 쟁점외민사소송1, 쟁점부동산을 수탁한 신탁회사가 청구인 등을 상대로 제기한 쟁점부동산의 인도에 관한 쟁점외민사소송2 등의 어디에도 쟁점금액1을 ‘쟁점양수인이 청구인의 쟁점부동산의 양도소득세를 대납하기 위한 금전’임이 기재되어 있지 않는 점, 청구인이 쟁점양수인으로부터 쟁점금액1을 회수할 가능성이 없는 점 등을 이유로 쟁점금액1을 청구인의 쟁점부동산 양도에 따른 양도가액에 포함할 수 없다고 주장한다.

그러나 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 거래 내용에 관한 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 관한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다 할 것인바(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560, 같은 뜻임), 쟁점양수인이 쟁점부동산의 매매와 관련하여 청구인에게 쟁점금액1을 지급할 의무가 있다는 사실은 쟁점현금보관증과 쟁점현금지불확약서, 쟁점외민사소송1의 판결문 등으로 입증되고, 2025.4.25. 및 2025.4.17. 청구인과 쟁점양수인의 공동대표자이었던 D이 각 작성하여 처분청에 제출한 확인서에 따르면 “쟁점양수인이 청구인의 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세를 대납하기 위하여 쟁점금액1의 지급을 약정하였다”라는 사실이 확인되고, 달리 해당 사실에 반하는 지급목적 등에 관하여 구체적·객관적으로 입증되지 않은 점, D이 위 확인서의 작성 당시 처분청에게 “현재는 쟁점양수인이 자금사정상 청구인에게 쟁점금액1을 지급하지 못하나 쟁점외민사소송1의 판결대로 지급할 예정”이라고 진술하였고, 청구인은 쟁점양수인의 자본잠식 등으로 쟁점금액1의 회수가능성이 없다고 주장할 뿐 이에 관한 구체적·객관적인 자료를 제출하지 못하였음을 감안하면 청구인이 쟁점금액1을 회수할 가능성이 없다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점금액1을 쟁점부동산의 양도가액에 포함하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점외민사소송1·2의 판결 내용(쟁점금액1이 쟁점부동산에 관한 쟁점매매계약과 별도로 작성된 쟁점현금보관증 및 쟁점현금지불확약서에 따라 쟁점양수인이 청구인에게 지급의무가 발생하였다는 것), 쟁점양수인이 현재까지 쟁점금액1을 포함한 쟁점금액2를 지급하지 않은 사실 등을 감안할 때 청구인이 쟁점부동산에 대한 2022년 귀속 양도소득세의 신고·납부시 쟁점금액1을 포함하여 신고할 것을 기대하기 어려운 등 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 이유로, 이 건 과세처분시 부과된 가산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 앞서 쟁점①에서 살펴보았듯이 청구인과 쟁점양수인이 처분청의 조사 당시 처분청에게 쟁점금액1에 대하여 “쟁점양수인이 청구인의 쟁점부동산 양도시 양도소득세를 대납할 목적의 금전이었다”라는 취지의 확인서를 각 제출하였음을 감안하면 청구인은 쟁점부동산의 양도 당시 쟁점금액1이 쟁점부동산의 양도가액에 포함되는 ‘양수인이 양도인의 양도소득세를 대납한 금액’으로 인식할 수 있었을 것으로 보이는 점(청구인이 쟁점매매계약서 등 쟁점부동산의 매매에 관한 문서에 이러한 쟁점금액1의 지급 목적을 기재하지 않은 이유는 양도소득세의 부담을 회피하고자 한 것으로 봄이 타당해 보인다), 달리 청구인이 쟁점부동산의 양도 당시 쟁점금액1이 쟁점부동산의 양도가액에 포함되지 않아서 이에 관한 납세의무를 소홀히 한 것을 탓할 수 없는 특별한 사정[납세의무자와 과세관청 간의 세법상 의의(疑意)가 있었던 사정 등]이 제시되지 않은 점 등에 비추어, 위 청구인의 주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.