이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2007.3.30. 경상남도 김해시 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 2007.8.27. 해당 토지 위에 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 ‘A’라는 상호의 자동차정비업체 등을 운영하다가, 2025.2.28. 쟁점토지와 쟁점건물(합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도한 후, 2025.4.30. 2025년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 이후 청구인은 2025.8.8. 청구인이 「소득세법」상 복식부기의무자에 해당하므로 쟁점부동산의 재무제표상 장부가액을 취득가액으로 인정하여 양도소득세OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구인의 쟁점건물에 대한 경정청구는 이유 있고 쟁점토지에 대한 경정청구는 이유 없다고 보아, 청구인에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하고 2025.10.17. 나머지 경정청구에 대하여 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 제출한 쟁점토지의 장부가액과 실제 증빙을 통해 확인되는 금액이 차이가 있는 것은 사실이나, 청구인이 복식부기의무자로서 외부에 기장을 의뢰하여 성실하게 증빙서류에 근거하여 작성하였음을 전제로 제출한 재무제표상 장부가액을 명백한 근거 없이 일부 금액의 증빙서류가 없다는 사정만으로 불합리하다고 보는 것은 부당하다(조심 2024중2338, 2025.6.30. 참고).

(가) 다수의 심판례에서 확인할 수 있듯이 재무제표상 장부가액이 있음에도 불구하고 환산취득가액을 적용하는 경우 장부가액이 명백하게 불합리한 경우가 아니라면 이를 부인하고 장부가액을 양도자산의 필요경비로 보는 것이고, 재무제표상 장부가액 전액이 증빙서류를 통해 확인될 것을 요하는 것은 아니다.

(나) 처분청은 청구인이 주장한 장부가액 중 증빙을 통해 확인되는 금액만을 필요경비로 인정하였는데, 이러한 경우 납세자는 필요경비로 인정되는 금액을 예측하기 어려워 향후 추징에 따른 가산세 등의 위험을 회피하기 위하여 장부가액, 취득금액 증빙으로 확인되는 금액, 환산취득가액 중 양도소득세가 많이 산정되는 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 신고해야 하는 부담을 지게 된다.

(다) 재무제표상 취득가액에 대해 증빙이 일부 없거나 부족한 경우 증빙이 있는 금액에 대해서만 필요경비로 인정하는 것이 아니라, 재무제표상 취득금액이 얼마나 신뢰성이 있는지 종합적으로 고려하여 취득가액을 결정하여야 하는 것(이의-대구청-2022-0073, 2022.11.22. 참고)인바, 쟁점토지의 장부가액 전액에 대한 증빙이 제시되지 않더라도 장부가액의 신뢰성을 바탕으로 장부가액 전액을 필요경비로 인정하여야 한다.

(라) 청구인이 쟁점토지를 취득한 시기는 2007년으로 이렇게 오래 전의 증빙서류 전체를 정확하게 보유하도록 기대하는 것은 무리가 있고, 일반적으로 토지나 건물을 취득하는 과정에서 충분히 발생 가능할 것으로 예상되는 비용(예 : 정착물 철거비용, 철거 후 건물 착공 전 토지 정리 비용, 중개수수료 등)이 있는데, 이렇게 기본적으로 발생하는 추가 비용을 고려한다면 쟁점토지의 장부가액은 충분히 쟁점토지의 취득가액으로 인정될 수 있다.

(2) 처분청은 청구인 사업장(A)의 2007년 고정자산 매입금액 중 쟁점건물 관련 매입으로 볼 수 있는 금액을 OOO원으로 추정하여(쟁점건물 취득가액 OOO원과 합산하면 OOO원임) 쟁점건물의 장부가액(OOO원)을 취득가액으로 인정하였는데, 이는 곧 처분청이 장부가액의 신뢰성을 인정하였다고 볼 수 있는바 쟁점토지의 장부가액도 필요경비로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 장부가액 중 적격 증빙이 확인되지 아니하는 금액은 취득가액으로 인정할 수 없다.

(가) 「소득세법」 제97조 및 같은 법 시행령 제163조는 열거주의를 바탕으로 양도자산의 필요경비를 규정하고 있는바, 어떤 사실이 양도자산의 필요경비가 되려면 증빙에 의하여 그 내용이 법령에서 규정하는 바와 부합하여야 비로소 필요경비로 인정된다고 할 것이고 양도자와 양수자 간 실제로 거래한 가액을 의미하는 실지거래가액이 필요경비로 부합하는지 여부는 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청과 납세자 중 납세자에게 입증의 필요성이 더 크다고 할 것이다(대법원 2017.1.18. 선고 2016두57212 판결 참고).

(나) 청구인은 경정청구 당시 장부가액을 취득가액으로 인정해달라고 하면서 매매계약서 등을 증빙자료로 제출하였고, 장부가액과 실제 증빙이 확인되는 금액과의 차이에 대하여 정착물 철거비용, 토지 정리비용 등이 추가적으로 발생하였을 것이라고 주장하였는데,

장부가액과 실제 증빙이 확인되는 금액과의 차이는 취득 이후 쟁점토지에 대한 자본적 지출액에 해당할 가능성이 높다고 할 것이고, 양도소득세 계산 시 인정되는 자본적 지출액은 「소득세법」 제160조의2 제2항에 따른 증빙서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의해서 확인되는 경우에 한하여 인정되는 것이나, 청구인은 이에 부합하는 증빙서류를 제출하지 아니하였으므로, 쟁점토지의 장부가액 전액을 취득가액으로 인정할 수는 없다.

(다) 또한 청구인은 쟁점토지의 장부가액이 어떻게 산정되었는지를 계정별원장 등 재무제표 기초자료를 통해 소명한 사실이 없으므로 처분청은 이러한 장부가액이 「소득세법」상 열거된 필요경비의 각 항목에 부합하는지 여부를 판단할 수 없고, 2007년의 쟁점토지 계정금액과 2008년 쟁점토지 계정금액은 차이가 있는데, 이 차이가 발생한 이유도 확인할 수 없으므로, 청구인이 제출한 쟁점토지 관련 재무제표는 그 비교가능성, 검증가능성 등이 신뢰할 만한 수준에 이르지 못했다고 보인다.

(2) 처분청은 청구인 사업장(A)의 2007년분 매입세금계산서 공급가액 합계 OOO원 중 2006년 매입세금계산서 발급업체와 중복되는 공급가액을 제외한 OOO원이 청구인 사업장의 2007년 고정자산 매입금액이 될 수 있다고 보고, 해당 금액에서 이미 세금계산서 합계표상 매입금액에 반영된 주식회사 E의 세금계산서 공급가액 OOO원 및 감가상각자산 취득명세서상 기계장치 금액 합계 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점건물 관련 매입금액으로 볼 수 있다고 판단하였고, 쟁점건물 취득가액 OOO원과 합산하면 OOO원으로 장부가액 OOO원과 정확히 일치하지는 않지만 청구인이 지속적으로 본인은 복식부기의무자로서 장기간 쟁점부동산을 보유하였고, 장부금액이 양도물건 관련 실제 취득원가라고 주장한바 청구인의 주장을 최대한 인정하여 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 인정하였다.

청구인은 처분청이 이러한 유추를 통해 쟁점건물 관련 장부가액을 취득가액으로 인정한 것이 곧 장부가액의 신뢰성을 인정한 것이라고 주장하나, 계정과목별로 금액을 산정하는 재무제표의 특성상 특정 계정과목에 대한 금액의 적정여부는 서로 독립적이라 할 것이어서 각 계정별로 그 신뢰 여부를 고려하는 것이고, 재무제표상 장부가액 그 자체가 실지거래가액을 확정하거나 과세관청이 반드시 실지거래가액이라고 추정하여야 한다는 기속력을 가지는 것은 아닌바(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 참고), 청구인이 부가가치세 신고 시 제출한 건물·구축물 매입금액 등에 근거하여 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 인정한 것과 쟁점토지의 장부가액의 신뢰성 여부는 별개로 판단할 사안이고, 청구인은 부가가치세 신고 당시 쟁점토지 관련 지출금액을 부가가치세 매입세액 불공제 대상 금액으로 신고한 사실도 없으므로 청구주장을 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재무제표상 장부가액을 토지의 취득가액으로 보아 양도자산의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. ＜후 략＞

제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 「법인세법」제121조에 따른 계산서

2. 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서

3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다)

(2) 소득세법 시행령

제89조【자산의 취득가액등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 운영한 자동차정비업체 등의 사업자 기본사항은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인 사업자 기본사항

○○○

(2) 청구인의 경정청구 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 경정청구 내역

○○○

(3) 처분청의 경정청구 검토서 및 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인이 양도소득세 신고 시 신고한 쟁점부동산의 취득가액과 경정청구 시 제출한 재무제표상 장부가액은 아래 ＜표3＞과 같고, 청구인은 장부가액과 양도소득세 신고 시 신고한 취득가액과의 차액(쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원)에 대하여 쟁점토지의 경우 취득 시 쟁점토지 지상의 정착물 철거 및 토지정리 비용 등이 추가로 지출되었을 것이고, 쟁점건물의 경우 건축 이후 인테리어 공사, 취득 관련 수수료 비용이 지출되었을 것이라고 설명하였으나 관련 증빙은 제출하지 못한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점부동산의 취득가액(양도소득세 신고)과 장부가액

○○○

(나) 처분청은 다음과 같은 내용을 확인하여 쟁점건물에 대해 장부가액 OOO원을 취득가액으로 인정하여 청구인에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하고 2025.10.17. 나머지 경정청구를 거부통지한 것으로 나타난다.

1) 청구인 사업장(B)의 2007년 제1기·제2기 부가가치세 신고 시 제출된 건물 등 감가상각자산 취득명세서의 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같고, 건물·구축물 취득금액 합계는 OOO원, 기계장치 취득금액 합계는 OOO원으로 나타난다.

＜표4＞ 청구인의 2007년 제1기·제2기 감가상각자산 취득명세

○○○

2) 청구인 사업장(B)의 세금계산서 합계표에 따르면, 청구인이 주식회사 E(대표이사 C)으로부터 수취한 매입세금계산서의 공급가액은 OOO원으로 확인된다.

3) 청구인은 시설공사도급계약서를 제출하여 D(대표이사 F)에게 지출한 시설공사비 OOO원을 필요경비로 인정받았으나, 청구인 사업장의 세금계산서 합계표에서 해당 매입내역은 확인되지 아니한다.

4) 청구인 사업장(B)의 2017년 제1기·제2기 부가가치세 예정·확정신고내역에 따르면 청구인이 공제받지 못할 매입세액(쟁점토지 관련 매입)을 신고한 내역은 나타나지 아니한다.

5) 청구인 사업장(B)의 2007년 및 2008년 표준대차대조표상 쟁점토지의 2007년말 장부가액은 OOO원이고, 2008년말의 장부가액은 OOO원으로 나타난다.

(4) 처분청이 경정청구 검토결과에 따라 청구인에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급한 내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 처분청은 청구인 사업장(A)의 2007년분 매입세금계산서 공급가액 합계 OOO원 중 2006년 매입세금계산서 발급업체와 중복되는 공급가액을 제외한 OOO원이 청구인 사업장의 2007년 고정자산 매입금액이 될 수 있다고 보아, 해당 금액에서 이미 세금계산서 합계표상 매입금액에 반영된 주식회사 E의 세금계산서 공급가액 OOO원 및 감가상각자산 취득명세서상 기계장치 매입금액 합계 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점건물 관련 매입금액으로 볼 수 있다고 판단하여, 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 인정한 것으로 나타난다.

＜표5＞ 청구인의 2025년 귀속 양도소득세 환급결의내역

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 장부가액을 취득가액으로 보아 양도자산의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나,

「소득세법」 제88조 제5호에 따르면, “실지 거래가액”이란 “자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액”을 말한다고 규정하고 있고, 실지거래가액으로 취득가액을 계산할 때, 납세자가 장부를 기장한 경우에도 증빙서류 등에 의하여 그 기재가 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우에 한하여 장부가액(취득가액)을 실지거래가액으로 인정하는 것이 원칙이나(조심 2008서872, 2008.10.7. 등, 같은 뜻임),

청구인은 쟁점토지의 매입 관련 계약서나 대금지급증빙 등 장부가액이 실지와 부합함을 증명하는 서류를 제시하지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구인이 부가가치세 신고 시 쟁점토지 관련 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 사실도 확인되지 아니하는 점, 처분청이 청구인 사업장의 고정자산 매입금액 등을 고려하여 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 인정하였다 하더라도 이로써 쟁점토지의 장부가액의 신뢰성이 당연히 인정된다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.