이유
1. 처분개요

가.청구법인은 2001.3.20. 설립되어 부동산 수탁업 등을 영위하고 있고, 2018.12.7. 주식회사 A(이하 “위탁법인”이라 한다)와 사이에, 위탁법인이 소유한 OOO도 OOO시 OOO토지(지목이 대지, 면적이 23,140㎡이고, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 관한 관리신탁 계약을 체결하고, 2018.12.10. 신탁을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 이전받았다.

나.한편 위탁법인은 2016.5.20. OOO도 및 B와 사이에 쟁점토지를 포함한 OOO도 OOO시 일대에 문화교류 공간의 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 관한 기본협약(이하 “쟁점기본협약”이라 한다)을 체결하였고, 2016.7.7. B로부터 쟁점토지 등을 공급받는 내용의 계약을 체결한 후, 2016.7.27. C 주식회사와 사이에 2016년 7월∼2018년 12월 쟁점사업에 필요한 시설 등을 건설하는 내용의 도급계약를 체결하였고, 2016년 8월 해당 건설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)가 착수되었다.

다.처분청은 2020.11.29. 쟁점토지가 「종합부동산세법」 제11조 및 「지방세법」 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상에 해당되는 것으로 보아 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 고지하였으나, 청구법인은 2020.12.18. 같은 내용으로 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고·납부하였다.

라.OOO도 OOO시 OOO청장은 2022년 5월 위탁법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2019년 무렵 쟁점공사가 중단되어 「지방세법」 제114조에 따른 과세기준일인 2020.6.1. 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우에 해당된다는 이유로 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당되는 것으로 보아 2022년 7월 재산세를 증액경정하는 처분을 하고 관련한 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 쟁점토지가 「종합부동산세법」 제3조에 따른 과세기준일 현재 종합합산과세대상에 해당함을 전제로 과세표준과 세액을 증액하여 2023.6.26. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 2024.11.4. 과세기준일인 2020.6.1. 현재 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 있으므로 쟁점토지가 별도합산과세대상에 해당된다는 이유로 이 건 과세처분의 납부세액을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 2025.1.2. 처분청은 경정청구의 기한이 경과하였다는 이유로 이 건 경청청구를 거부(각하)하였다.

바.청구법인은 이에 불복하여 2025.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 2020년 귀속 종합부동산세 납부기한의 종료일부터 5년 이내에 당초 신고세액을 한도로 이 건 경정청구를 통하여 이 건 과세처분의 사유에 대해 다툴 수 있다.

「국세기본법」 제45조의2 제1항 본문에서 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서 과세기준일이 속한 연도에 종합부동산세를 부과·고지받은 자도 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있도록 특례를 두고 있다. 한편 같은 항 단서에서 증액경정처분에 대해서는 3개월에 경정청구를 하도록 제한하고 있으나, 납세자가 그 기간 내에 경정청구를 하지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다 할 것이고(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결, 같은 뜻임), 과세처분 취소소송의 심판 대상(소송물)은 ‘과세표준 및 세액의 객관적인 존부’이므로 납세자로서는 당초 부과 사유든 증액경정 사유든 구분 없이 모든 위법사유를 주장하여 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구할 수 있다 할 것이다(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 5년의 경정청구기간 내에서, 이 건 과세처분의 사유, 즉 ‘쟁점토지를 종합합산과세대상로 구분’하여 당초 신고된 과세표준과 세액을 이 건 과세처분의 과세표준과 세액만큼 증액한 것이 위법함을 주장하되 당초 신고세액의 한도 내에서 그 취소를 구할 수 있다 할 것이므로, 이 건 경정청구는 적법하고 그 거부처분에 대한 이 건 심판청구도 적법하다.

(2)쟁점토지에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 납세기준일 현재 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다(쟁점토지는 별도합산과세대상이다).

(가)정당한 사유에 관한 법리는 다음과 같다.

①법원은 법령에 의한 건축의 금지나 제한 등과 같이 법인(납세의무자)이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 법인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 부득이 건축공사를 중단할 수 밖에 없게 된 내부적 사유가 모두 포함되고, ‘정당한 사유’의 유무는 해당 법인이 영리법인인지 여부, 건축공사의 규모, 건축공사의 완공에 걸리는 기간의 장단, 건축공사를 진행할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 건축공사를 진행하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다 보았다(대법원 2002.12.6. 선고 2002두8398 판결).

조세심판원은 ②건설사가 호텔 및 아파트 등의 건축허가를 받고 공사에 착수하였다가 관할 지방자체단체의 요청으로 제출한 지구단위계획변경 주민제안의 승인 지연 등의 사정으로 6개월 이상 공사를 중단한 사안에서, 지구단위계획 변경과 관련하여 건설사는 구청의 요구를 수용하기 위해 구청과 수 차례 협의하고 그 과정에서 기술적이고 전문적인 사항의 보완요구에도 성실하게 응한 점, 지구단위계획이 변경되면 건축공사의 중요한 부분에 변경이 발생하므로 건설사로서는 구청의 최종 변경결정이 있기 전까지는 기존 계획대로 공사를 진행할 수 없었던 점 등을 근거로 공사 중단의 정당한 사유가 인정된다고 보았고(조심 2023지323, 2023.5.17.), ③유사한 사안에서 구청에 건축관계자 변경신고의 조속한 수리요구를 두 차례에 걸쳐 촉구하였으나 구청이 이를 받아들이지 아니하였으며, 결국 구청은 2020년 재산세 과세기준일이 경과한 2020.7.2. 당초 납세자가 제출한 서류에 기해 청구법인의 건축설계변경 허가를 하였는바, 납세자가 공사재개를 위하여 노력을 다한 사실이 인정되고, 납세자에게 2020년 재산세 과세기준일 현재 6개월 이상 공사가 중단된 데에 ‘정당한 사유’가 있었던 것으로 보았다(조심 2021인1885, 2021.11.11.).

한편 「지방세법」상 건축물의 부속토지를 별도합산과세대상으로 규정한 입법취지와 관련하여, 헌법재판소는 “건축물의 부속토지는 경제활동에 사용되고 있다는 유력한 징표로 볼 수 있고, 어떤 토지가 경제활동에 사용되는 경우에는 투기목적으로 보유할 개연성이 낮으며, 따라서 세금을 중과하여 토지의 과다보유를 억제할 필요성도 크지 않다는 점을 고려하여 종합합산과세대상과 달리 취급한다는 의미로 이해된다”라고 보았다(헌법재판소 2010.12.18. 선고 2008헌가27·2010헌바153·365 결정).

(나)이러한 법리 및 아래의 사실관계 등을 감안할 때 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

1)위탁법인이 고의로 쟁점공사를 중단할 이유가 없다.

위탁법인은 건설도급공사 계약체결일로부터 불과 3주만에 쟁점사업에 따른 호텔 및 중형공연장을 건축하기 위한 공사에 착수하였는데, 쟁점토지에서는 터파기나 구조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사가 이루어졌고, 처분청도 이를 인정하여 ‘공사에 착수한 건축물의 부속토지’로서 별도합산과세대상으로 구분한 것이다. 위탁법인으로서는 쟁점공사의 완성이 지연되는 경우 1일당 약 OOO원의 지체상금을 부담하므로(쟁점기본협약 제10조) 오히려 쟁점공사를 하루라도 빨리 진행하여 완성시키고자 하는 유인이 있을 뿐이었다.

2)쟁점공사의 중단은 OOO도의회 행정사무조사, 행정청의 사업계획변경승인 지연 등 행정관청으로부터 비롯된 사정으로 인한 것이다.

가)11개월(2016년 10월∼2017년 9월)간 OOO도의회의 행정사무조사로 쟁점공사를 진행할 수 없었다.

위탁법인은 2016년 8월 쟁점공사의 착수 및 2016년 9월 사업계획서의 제출과 2016년 1월 그 승인으로 쟁점사업 및 쟁점공사를 순조롭게 진행할 것으로 기대했으나, 2016년 10월 OOO도의회가 갑자기 사업자 선정에 관한 행정사무조사에 착수하여 2017년 9월까지 11개월 동안 진행되었는바, 그 기간 중에는 쟁점사업의 지속 가능성이 불투명하여 사업을 진행할 수 없었다. 더욱이 사업계획상 ‘부지 합필’ 등의 행정절차도 진행할 수 없었다(위탁법인은 위 행정사무조사 종료 직후인 2017년 10월 2차 사업계획서의 제출시 위 부지 합필의 내용을 포함하여 2018년 1월경 승인을 받았다). 위탁법인은 전사적인 역량을 다 발휘하여 위 행정사무조사를 마쳤으나 그 기간 동안에는 쟁점공사를 진행할 수 없었다(OOO 언론기사를 보면 위 행정사무조사가 위탁법인에게 억울한 측면이 있음이 나타난다).

나)2차례에 걸친 OOO도의 무리한 사업계획 변경 요청 및 장기간의 검토(2017년 10월∼2020년 6월)로 쟁점공사를 진행할 수 없었다.

앞서 제시하였듯이 위탁법인은 지체상금의 부담을 피하고자 신속히 쟁점공사를 진행할 유인이 있었고 이를 위해서는 사업환경 변화에 대응하기 위해 수 차례 사업계획의 변경이 불가피했는데, 그 변경은 모두 OOO도 및 B의 요구 또는 동의에 따른 것이었다(쟁점기본협약 제11에 따르면 위탁법인이 스스로 사업계획을 변경할 수 없고 OOO도 및 B의 요구 또는 동의가 필요하였고, 위 행정사무조사의 내용을 보면 OOO도가 쟁점공사의 경미한 사업계획의 변경조차 승인을 받도록 한 사실이 확인된다). 그러나 위탁법인의 기대와 다르게 매 사업계획의 변경시마다 수 개월 또는 수 년의 협의가 진행되었고(2차 변경은 17개월, 3차 변경은 13개월이 소요되었다), 위탁법인으로서는 OOO도의 각 사업계획의 변경에 대한 승인이 있은 후에야 쟁점공사를 진행할 수 있었다. 특히 이 건 과세처분에 관한 종합부동산세 과세기준일(2020.6.1.) 전후의 3차 사업계획 변경 승인의 지연은 쟁점공사가 해당 과세기준일 당시 6개월 이상 중단될 수밖에 없도록 한 직접적인 사유였다. 위탁법인은 2019년 4월 OOO도에 대규모 전문공연장(아레나) 도입 등을 골자로 한 3차 사업계획 변경안을 제출하였고, 해당 변경안은 쟁점사업의 핵심 내용을 변경하는 것이어서 쟁점토지의 활용 계획에 직접적인 영향을 미쳤다.

한편 OOO도는 3차 사업계획 변경안에 대해 3회에 걸쳐 보완 요구를 하면서 OOO도의 승인 없이 쟁점사업을 진행하거나 쟁점토지가 활용되면 안 됨을 분명히 하였는데, 이중 3차 보완 요구시 쟁점토지의 활용 계획상 숙박시설의 객실수를 대폭 상향OOO하도록 하였는바, 쟁점공사로 신축할 건물의 객실 수의 변경은 경미한 건물 내 공간의 재배치 수준이 아니라 구조 자체를 바꾸는 중요한 사안이었다. OOO도는 위탁법인의 3차 사업계획 변경안의 제출 후 13개월이 지난 OOO 도시관리계획(변경) 등 후속 제반절차의 이행을 조건으로 그 승인을 하였는데 위탁법인으로서는 쟁점공사의 밑바탕인 사업계획의 확정 전에 쟁점공사를 진행할 수 없는 상황이었고 이는 위탁법인이 쟁점공사를 진행할 수 없었던 외부적 장애 사유에 해당한다(위탁법인이 사업계획의 확정 없이 쟁점공사를 진행하였다가 건축된 건물을 철거할 경우 막대한 손실을 부담해야 했고, 2021년 11월 제출된 4차 사업계획 변경안에서 앞서 3차 사업계획에 포함된 대형 공연장의 신축을 이유로 종전 사업계회에 포함되었던 중형 공연장 건립 계획이 취소되었으며, 쟁점공사로 신설될 숙박시설의 객실 수도 여전히 확정되지 않았다). 요컨대 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 위탁법인은 이 건 과세처분에 관한 종합부동산세 과세기준일인 2020.6.1. 현재 쟁점공사의 수행 의사를 가지고 모든 노력을 기울였음(앞서 제시하였듯이 OOO도의 사업계획 수정 요구에 성실히 대응하였고 위 중형 공연장의 건립 계획의 취소 후 그 자리에 오피스 및 랜드마크 시설을 건립하는 등의 내용을 4차 사업계획 변경안에 반영하는 등 쟁점공사를 재개하고자 하였다)에도 도저히 극복할 수 없는 외부적 사유로 인하여 쟁점공사가 6개월 이상 중단되어 있었다 할 것이므로, 이를 ‘공사 중단에 대한 정당한 사유’로 인정하여야 한다.

＜표1＞ 쟁점공사 등의 진행 현황

○○○

3)관련 규정의 입법취지를 감안하여야 한다.

「지방세법」상 건축물의 부속토지를 별도합산과세대상으로 규정한 입법취지에 따르면, 정당한 사유가 없음에도 공사가 6개월 이상 중단된 경우에는 이를 ‘경제활동에 제공되는 듯한 외관을 가장하여 실제로는 투기 목적으로 보유하는 경우’로 볼 수 있으므로 외관상으로는 공사에 착수한 건축물의 부속토지라고 하더라도 별도합산과세대상에서 제외된다 할 것인데, 위탁법인은 쟁점기본협약에 따라 쟁점토지를 취득하였을 뿐만 아니라 쟁점기본협약이 유효한 이상 쟁점토지를 개발할 의무를 부담하는바 쟁점토지를 임의로 매각할 수도 없었으므로 위탁법인이 쟁점토지를 투기목적으로 보유하고 있다고 볼 수 없고, 오히려 앞서 제시하였듯이 쟁점토지는 취득 이후 일관되게 쟁점공사의 부지로서의 목적과 용도를 유지하면서 경제활동에 사용되고 있다고 보아야 한다.

나. 처분청 등 의견

(1)처분청이 제시한 의견은 아래와 같다.

(가)청구법인은 이 건 과세처분 후 90일 이후에 이 건 경정청구를 하였으므로 이 건 과세처분의 대상세액 전부에 대해 다툴 수 없다.

납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있으나 증액경정처분에 대한 경정청구기간이 경과한 경우 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에 따라 경정으로 인하여 증가된 과세표준과 세액에 관한 취소를 구할 수 없음(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 같은 뜻임)에도, 청구법인은 이 건 경정청구 및 이 건 심판청구시 위 단서 조항에 따라 경정청구기간이 경과한 이 건 과세처분의 과세표준과 세액 전부의 취소를 구하였으므로, 부적법한 이 건 경정청구의 거부(단순한 민원회신)에 기초한 이 건 심판청구는 청구대상이 부적법하다.

(나)쟁점토지에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 납세기준일 현재 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 없는 것으로 보아야 한다(쟁점토지는 종합합산과세대상이다).

청구법인은 이 건 과세처분의 대상인 2020년 귀속 종합부동산세의 과세기준일(2020.6.1.) 당시 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 있으므로 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아야 한다고 주장하나, 종합부동산세는 재산세의 후행 세목이고 쟁점토지에 대한 재산세의 부과를 관할하는 OOO도 OOO시에서 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 재산세를 부과하고 관련한 과세자료를 처분청에게 통보한 이상 청구주장을 받아들일 수 없다.

(2)쟁점토지와 관련한 재산세의 관할 지방자치단체의 의견은 아래와 같다.

(가) 「지방세법」 제106조 제1항은 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하고, 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지 등을 별도합산과세대상으로, 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지 등을 분리과세대상으로 각 규정하면서 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 종합합산과세대상으로 규정하고 있으며, 「지방세법 시행령」 제101조 제1항은 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목의 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”를 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(읍·면지역, 산업단지, 공업지역 등은 제외)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지 등에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제103조 제1항 제3호에서 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물을 포함하나, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다고 규정하고 있다.

(나) 위의 규정에서 ‘정당한 사유’란 사업주체 내부사정이 아닌 사업주체 외부의 불가항력적인 사정 즉 천재지변이나 건축의 금지나 제한, 건축공사를 진행할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 행정관청의 중지명령 등 외부적 사유에 의하여 불가피하게 공사를 진행할 수 없는 불가피한 사유를 말하는 것(행정안전부 2008.12.22. 지방세운영과-2636 해석, 같은 뜻임)이고, 법원도 공사 중단의 ‘정당한 사유’란 공사를 중단한 사유가 행정관청의 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 공사를 진행하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이하게 공사를 진행하지 못한 경우를 말하는 것이며, 납세의무자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공사를 중단하거나 방치한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 이에 해당하지 아니할 것(대법원 2015.7.23. 선고 2015두39248 판결, 같은 뜻임)이라고 판시하고 있다.

(다) 청구법인은 OOO도의회 행정사무조사 및 여러 차례의 사업계획 변경 과정에서 OOO도의 승인 지연으로 쟁점토지에서 쟁점공사를 진행할 수 없었다고 주장하나, 사업계획 변경의 승인 지연은 청구법인의 일방적 주장일 뿐 사업계획 변경 신청으로 인해 행정관청에서 쟁점사업에 대한 쟁점공사를 규제하거나 법령상 제한하였다고 볼 만한 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있으므로 단지 사업계획변경을 신청하고 승인하기까지의 기간이 길다는 것을 정당한 사유로 인정하기는 어렵다.

청구법인이 제시한 기본협약서 제11조(사업계획의 이행)에는 사업계획 내용에 대한 조정이 있을 수 있고, 청구법인은 이를 수인하여야 한다는 내용을 명시하고 있으므로 청구법인은 사업계획 변경과 승인에 대해 충분히 예측할 수 있었던 일이라 할 것이며, 재산세는 매년 과세기준일(6.1.) 현재 현황 및 이용상황에 따라 독립적으로 납세의무가 성립하는 것(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결)으로 이 건 심판청구의 대상이 되는 2024년 과세기준일 현재를 기준으로 하여 쟁점토지의 현황에 따라 쟁점공사 중단의 정당한 사유를 판단하여야 한다.

청구법인도 인정하였듯이 쟁점토지에서는 2019년 1월부터 쟁점공사가 중단되었고, 2022년 항공사진과 2024년 5월 처분청의 출장복명 사진에서 보듯이 쟁점공사가 진행되었다고 할 만한 변화도 거의 없으며, 청구법인에서 2023.7.11. 신청한 행위자 변경 신고 시 제출한 서류에서는 공사중단에 관한 서류가 첨부되어 있다. 청구법인은 공사중단의 이유로 사업계획 변경신청시 OOO도의 승인지연을 제시하고 있지만 청구법인이 제시한 기간별 사유발생 내역을 살펴보면 2022년 1월 4차 사업계획서 승인이 완료되었으므로 청구법인이 주장하는 공사중단의 정당한 사유는 2024년 재산세 부과 시 고려할 사항이 아니다.

(라) 청구법인은 장애사유만 해소된다면 언제든지 쟁점공사를 재개할 수 있도록 진지한 노력을 다하였다고 주장하나, 쟁점토지의 건축 사업계획이 취소된 것은 청구법인이 제시한 자료에 따르면 2022년 1월 4차 사업계획이 승인이 난 이후 실제로 쟁점공사를 위한 작업을 재개할 수 있음에도 그 재개를 하지 않았다는 것은 쟁점공사의 재개 의지가 없는 것으로 보이고, 업무시설 조성을 위한 협의를 진행하였으며, 2023.6.30.까지 도급 계약 기간을 연장하고 이후 2025.6.30.까지 현장유지·관리를 위한 도급계약을 맺은 내용으로는 쟁점공사의 진행을 위한 진지한 노력을 하였다고 볼 수 없다. 청구법인이 쟁점공사를 중단한 것은 사업상의 필요에 따라 선택한 것으로 청구법인의 내부적 사정에서 기인한다 할 것이고 정상적 노력을 다하였음에도 부득이 하게 건축공사를 중단할 수밖에 없는 경우라 할 수 없다.

(마) 청구법인이 쟁점공사 등을 위해 진지한 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 쟁점공사를 진행하지 못하였다고 볼 만한 특별한 사정이 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 법령상의 장애 또는 행정관청의 귀책 등 불가항력적인 외부적 사유가 있다고 보이지 않으므로 6개월 이상 쟁점토지에서 쟁점공사를 중단할 수밖에 없었던 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 적법한 심판청구인지 여부

②과세기준일 현재 6개월 이상 공사가 중단한 데에 정당된 사유가 있으므로 쟁점토지를 ‘건축물 부속토지(재산세 별도합산과세대상)’로 보아 종합부동산세를 감액해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

(가)청구법인은 2018.12.7. 위탁법인과 사이에, 위탁법인이 소유한 쟁점토지에 관한 관리신탁 계약을 체결하고, 2018.12.10. 신탁을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 이전받았으며, 위탁법인은 2016.5.20. OOO도 및 B와 사이에 쟁점사업에 관한 쟁점기본협약을 체결하였고, 2016년 7월 B로부터 쟁점토지등을 공급받은 후, 2016.7.27. C 주식회사와 사이에 쟁점사업에 필요한 시설 등을 건설하는 내용의 도급계약를 체결하였으며, 2016년 8월 쟁점공사가 착수되었다.

(나)처분청은 2020.11.29. 쟁점토지가 별도합산과세대상에 해당되는 것으로 보아 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 고지하였으나, 청구법인은 2020.12.18. 같은 내용으로 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고·납부하였다(당초 고지는 결정취소되었다).

(라)청구법인은 2024.11.4. 2020.6.1. 현재 쟁점공사가 6개월 이상 중단된 데에 정당한 사유가 있으므로 쟁점토지가 별도합산과세대상에 해당된다는 이유로 이 건 과세처분의 납부세액을 환급해 달라는 취지로 이 건 경정청구를 하였으나, 2025.1.2. 처분청은 경정청구의 기한이 경과하였다는 이유로 이 건 경청청구를 거부(각하)하였다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.

(가)쟁점토지와 관련한 건축허가 이력은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지 관련 건축허가 이력

(나) 청구법인이 제출한 “쟁점기본협약서”에 따르면 2016.5.20. 위탁법인과 OOO도 및 B가 쟁점기본협약을 체결한 것으로 나타나고, 이에 따른 공급토지 현황 및 기본협약의 기본 내용은 아래 각 ＜표3＞ 및 ＜표4＞ 기재와 같다.

＜표3＞ 공급토지 현황

＜표4＞ 쟁점기본협약의 주요 내용

○○○

(다)청구법인이 제출한 도급계약서에 따르면, 쟁점토지에 대 2016.7.27. 도급인을 위탁법인 및 수급인 C 주식회사로 하여 호텔·공연장 건축을 위한 도급계약이 체결되었고, 이에 따르면 공사기간을 2016.7.27.∼2018.12.31.로 하여 계약금액 OOO원(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)으로 계약이 체결되었으며, 이후 2019.12.31., 2020.12.31., 2021.12.31., 2023.6.30.으로 계약기간이 각 연장된 것으로 나타난다.

(라)위탁법인은 2023.6.30. 주식회사 D과 사이에, 쟁점토지에서의 호텔·공연장 신축에 관한 도급계약을 체결하였고, 공사기간은 2023.7.1.∼2025.6.30.이며, 계약금액은 OOO원으로 확인된다.

(마)청구법인이 쟁점사업과 관련하여 제시한 언론기사는 아래와 같다.

1)OOO 언론기사에 따르면, 위탁법인은 OOO 국토교통부가 건설투자사업(PF) 부실화를 막기 위해 만든 민관합동 PF조정위원회에 조정신청을 하였고, 민관합동 PF조정위원회는 2023.12.27. 위탁법인 및 OOO도와 OOO시에 ‘OOO 완공기한 연장 및 지체상금 감면 및 미착공 사업부지 공공용 활용 제안’ 등을 권고하는 내용의 조정안을 통보한 것으로 나타난다.

2)OOO 언론보도자료에 따르면, 2024년 6월 말 OOO도-위탁법인 간의 쟁점사업에 관한 쟁점기본협약이 해지되었고, OOO 언론보도자료에 따르면 2024년 9월 위탁법인도 해제를 인정한 것으로 나타난다.

3)청구법인은 2016년 10월∼2017년 9월의 11개월 동안 OOO도의회가 쟁점사업과 관련하여 진행한 행정사무조사가 위탁법인의 입장에서 납득하기 어려운 것이었다고 주장하면서 OOO 언론기사를 제출하였다.

(바)청구법인은 위탁법인이 쟁점기본협약 제11조에 따라 스스로 사업계획을 변경할 수 없고 OOO도 및 B의 요구 또는 동의가 필요하였고, OOO도가 쟁점공사의 경미한 사업계획의 변경조차 승인을 받도록 하였다고 주장하면서, 해당 내용이 기재된 OOO도의회의 회의록을 제출하였다.

(사)청구법인은 OOO도가 쟁점사업에 관한 3차 사업계획 변경과 관련하여 3차 보완 요구시 쟁점토지의 활용 계획상 숙박시설의 객실수를 대폭 상향OOO하도록 하였는바 쟁점공사로 신축할 건물의 객실 수의 변경은 경미한 건물 내 공간의 재배치 수준이 아니라 구조 자체를 바꾸는 중요한 사안이었다고 주장하면서, 관련한 OOO도의 공문을 제출하였다.

(3) OOO도 OOO시 OOO청장이 2024.6.9. 출장을 통해 촬영한 쟁점토지 및 인근 토지의 사진은 아래 ＜표5＞ 기재와 같다.

＜표5＞ 2024.6.9. 현재 쟁점토지 등을 촬영한 사진

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 2023.6.26. 청구법인에 이 건 과세처분의 납부고지서가 도달된 후 90일이 경과하여 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 부적법하여 각하되어야 한다는 의견이나,

과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없고(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결, 같은 뜻임), 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있으며, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여 취소를 구할 수 있다 할 것인바(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 같은 뜻임),

청구법인은 2020.12.18. 처분청에 2020년 귀속 종합부동산세(관련한 농어촌특별세 포함)를 신고하였음이 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인은 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 경정청구할 수 있다 할 것이므로, 처분청의 경정청구 거부처분에 대하여 청구법인이 제기한 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단된다(조심 2025인3111, 2025.11.18., 같은 뜻임).

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 아래와 같은 이유 등에 비추어, 쟁점토지는 쟁점토지에 대한 2020년 귀속 재산세 납세기준일(2020.6.1.) 현재 재산세 별도합산과세대상으로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지를 재산세 종합합산과세대상으로 보아 이 건 과세처분의 과세표준과 세액의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다[다만 위 (가)에서 살펴보았듯이 이 건 과세처분의 종합부동산세와 농어촌특별세에서 청구법인이 신고·납부한 2020년 귀속 종합부동산세액 및 농어촌특별세액만큼 감액경정하는 것이 타당하다 하겠다].

1)「지방세법」 제106조 제1항 제2호는 별도합산과세대상 토지를 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 대통령령으로 정하는 일정한 토지로 규정하면서, 그 가목에서 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’를 포함하고 있고, 같은 법 시행령 제101조 제1항은 위 규정에 따른 건축물의 부속토지를 일정한 요건을 충족하는 건축물의 부속토지로 정의하며, 그 제2호에서는 일정한 부속토지를 제외한 후 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지를 규정하고 있고, 같은 영 제103조 제1항 제3호는 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에 「건축법」에 따라 건축허가를 받거나 건축신고를 하고 공사계획을 신고한 후 실제 공사에 착수한 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외된다고 규정하고 있다.

한편 「지방세법 시행령」 제103조 제1항 제3호 단서에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우’라는 문언 중 ‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 건축공사에 착공하여 공사진행을 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 장기간 공사를 중단한 내부적인 사유도 포함되며, 정당한 사유의 유무는 건축 중인 건축물의 공사기간의 장단, 건축공사를 중단할 수밖에 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 정도, 납세의무자가 건축공사를 진행하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다 할 것이다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임).

2)이 건의 경우 위탁법인이 2016년 8월 쟁점토지에서 중형공연장 설립을 위한 공사에 착공한 뒤 1∼3차에 걸친 사업계획의 변경과 승인, 행정사무조사 및 건축허가 승인을 위한 기간까지 총 46개월이 소요(2020년 재산세 과세기준일인 2020.6.1.을 지나 2020.6.28. 그 승인이 되었고, 이후에도 1차례 사업계획 변경·승인이 있었다)되는 등 쟁점토지에서 진지한 노력을 다하였음에도 공사를 계속할 수 없었던 사실상의 장애사유가 있어서 2020년 귀속 재산세의 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점공사를 진행할 수 없었던 것으로 보이는 점, 반면에 위탁법인이 2016.5.20. OOO도, B 등과 체결한 “쟁점기본협약서”에 따르면 제11조에서 위탁법인이 사업계획을 변경하기 위해서는 OOO도 및 B의 요구 또는 동의가 필요한 것으로 확인되고, 위탁법인은 매 사업계획 변경시마다 협의를 진행하면서 변경된 사업계획서를 제출하고 OOO도와 OOO밸리의 성공적 조성을 위한 협약’ 등을 체결하는 등 쟁점토지에서 공사를 계속하기 위한 진지한 노력을 꾸준히 해왔던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 2020년 귀속 재산세의 과세기준일 현재 쟁점공사가 중단된 데에는 정당한 사유가 있었던 것으로 봄이 타당하다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제22조의3(경정 등의 효력) ①세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제45조의2(경정 등의 청구) ①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

⑥「종합부동산세법」 제7조 및 제12조에 따른 납세의무자로서 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자” 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”는 “과세기준일이 속한 연도에 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자”로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “종합부동산세의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “납부고지서에 기재된 과세표준 및 세액”으로 본다.

부칙 ＜법률 제19189호, 2022.12.31.＞

제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제5조(경정 등의 청구에 관한 적용례) ③ 제45조의2 제6항의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 경우부터 적용한다.

1.제45조의2 제1항이 준용되는 경우 : 이 법 시행 전에 종합부동산세 납세의무가 성립한 자로서 이 법 시행 당시 종합부동산세 납부기한이 지난 날부터 5년이 경과 하지 아니한 경우

2.제45조의2 제2항이 준용되는 경우 : 이 법 시행 당시 종합부동산세 납부기한이 지난 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우로서 이 법 시행 이후 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우

(2) 종합부동산세법

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2.별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ①종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

②별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제17조(결정과 경정) ①관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

③관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.

④관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

제21조(과세자료의 제공) ①시장ㆍ군수는 「지방세법」에 따른 해당 연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 행정안전부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수는 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 반기별로 해당 반기의 종료일부터 10일 이내에 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.

③행정안전부장관은 제12조에 규정된 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 10월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

④행정안전부장관은 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 재산세 납세의무자별로 재산세 과세대상이 되는 주택 또는 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세표준과 세액을 재계산하여 매 반기별로 해당 반기의 종료일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

(3) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1.종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2.별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가.공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

제115조(납기) ② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.

(4) 지방세법 시행령

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. (단서 생략)

1.특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지

가. 읍ㆍ면지역

나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역

2.건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가.법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나.건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

제103조(건축물의 범위 등) ①제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

3.「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조제1항제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.