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심판청구
청구법인은 매도법인으로부터 사업권을 양도받는 대가로 쟁점사업권비용을 지급하였으므로 이를 이 건 토지 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
조심 2025지2482생산일자 2026-03-19
AI 요약
요지
사업권이라 함은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 의미하는바, 매도법인은 이 건 토지에 대한 건축허가 및 경관심의를 마친 후에 이 건 토지와 더불어 허가받은 사업권까지 청구법인에게 이전한 것이므로, 청구법인이 사업권양수도계약에 따라 지급한 쟁점사업권비용은 토지의 취득가격에서 제외하는 것이 타당함
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.12. OOO주식회사(이하 “매도법인”이라 한다)와 경기도 OOO토지 15,580㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 복합시설 신축공사 사업 일체를 포괄적으로 양수도하는 사업권양수도계약(이하 “이 건 포괄양도계약”이라 한다)을 체결한 후, 같은 날 이 건 토지를 취득(매매)하였고, 그 취득가액OOO원을 취득세 과세표준으로 하고「지방세법」(2021.1.1., 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함된 사업권 양수도 대금OOO원(이하 “쟁점사업권비용”이라 한다)는「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에서 규정한 이 건 토지의 취득과는 무관한 사업권에 대한 대금으로 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하면서, 2025.7.3. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.19. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 쟁점사업권비용은 이 건 토지와는 별개의 자산으로 그 대금은 토지 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에 따르면 “이주비, 지장물, 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용”은 사실상 취득가격에 포함하지 않는다고 규정하고 있으며, 대법 2013두3641에서도 “원고가 OOO산업 주식회사와 주식회사 OO건설로부터 양수한 각 사업권은 그들이 OOOO구역 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등으로서 취득세의 과세대상인 토지와는 별도의 권리이므로 그 각 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가격에 산입하여서는 아니된다”고 판시하고 있다.

따라서, 쟁점사업권비용은 취득세 과세물건과 별개의 권리에 관한 자산인 경우 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.

(2) 매도법인은 2년 이상 신축사업을 추진하여 각종 노하우 및 사업적 지위를 축적함으로써 배타적인 사업권(영업권)을 보유하고 있었다.

조세심판원 선결정례(조심2011지680)에서 “부동산의 전 소유자인 OOO는 주상복합 건축물의 건축허가를 받지 아니한 상태였고, 청구법인이 건축허가를 받은 사실이 확인되므로 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산의 전 소유주가 사업권을 가지고 있었다고 보기 어려움”이라고 판시하고 있으며, 이외에도 조심2018지18 등 다수의 선결정례에서도 주로 전 소유자의 인허가 여부를 통해 사업권 유무를 판단하고 있다.

매도법인은 2018.5.9. 이 건 토지를 취득한 후, 2019.4.4. 처분청으로부터 지식산업센터시설 승인을 통보받았고, 2019.7.1. 건축허가 승인을 통보받았으며, 2020.11.17. 건축 및 경관 통합심의도 통과하였는데, 이러한 일련의 인허가 절차는 상당한 준비가 필요하여 많은 시간과 비용이 소요된다.

즉, 매도법인은 2년 이상 이 건 토지 개발사업 관련하여 인허가 절차를 선행적으로 이행함에 따라 사업에 필요한 실질적인 노하우, 사업기반 및 지위를 축적하여 사업권을 보유하고 있었음을 알 수 있다.

또한, 청구법인은 사업권 양수도 계약을 통해 매도법인이 축적한 사업기반 및 지위를 승계함으로써 이 건 토지 취득일로부터 6일만에 건축허가 변경 승인을 받았으며, 이후 착공신고수리통보까지 약 3달이 채 되지 않는 단기간 내 행정절차를 완료할 수 있었는데, 이는 매도법인이 가지고 있던 사업시행 등에 관한 지위를 그대로 이어받았기 때문이다.

이와 같이, 매도법인은 단순히 이 건 토지만을 보유하고 있었던 것이 아니라 2년 이상 사업을 추진하면서 각종 인허가를 취득하는 등 배타적으로 신축사업을 추진할 수 있는 권리(사업권)을 보유하고 있었고, 청구법인은 이 건 토지 매매와 별도로 이에 대한 대가를 지급한 것이다.

(3) 쟁점사업권비용은 사업권에 대한 대가로 지급한 것이지 이 건 토지를 취득하기 위한 목적에서 지급한 것이 아니다.

조세심판원 선결정례(조심2023지4243)에서 “청구법인이 매도법인으로부터 사업권을 인수하지 못했다면, 이 건 사업부자에서 주택건설사업을 시행하기는 어렵다 할 것이므로, 애당초 쟁점 부동산을 매수할 이유도 없었다. 즉, 청구법인이 사업권을 인수하였기 때문에 쟁점부동산을 매수할 필요가 있었던 것이므로 처분청 의견과 같이 쟁점 부동산을 취득하기 위하여 쟁점사업권비용을 지급한 것으로 보기 어렵다”고 판시하고 있다.

청구법인 역시 주거용 및 비주거용건물 개발·공급업을 주업으로 영위하는 법인으로, 매도법인으로부터 사업권을 인수하지 못했다면 이 건 토지에서 복합시설 신축사업을 시행할 수 없고, 그에 따른 수익도 발생할 수 없으므로 이 건 토지를 취득할 이유가 없다.

즉, 청구법인은 매도법인으로부터 OOO 지원시설용지 OOO 복합시설 “신축사업권을 인수”받고자 한 것이고, 쟁점사업권비용은 그 사업권 자체에 대한 대가로 지급한 것으로 보아야 한다.

따라서, 처분청이 쟁점사업권비용을 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점사업권비용을 이 건 토지 취득과는 별개의 사업권에 대한 대가라고 주장하는 주된 이유는 매도법인이 2년 이상의 이 건 토지 개발 사업 관련 인허가 절차를 선행적으로 이행하였다는 점이다.

매도법인의 경우 2018.5.9. OOO주식회사로부터 이 건 토지 분양권을 취득하였고, 2019.4.4. 지식산업센터 신설에 대한 승인을 처분청으로부터 받았고, 2019.7.1. 건축허가 승인을 받았으나, 청구법인이 2021.3.12. 이 건 토지를 취득한 이후 단 6일 만에 신축 건물 용도를 지식산업센터에서 제 1·2종 근린생활시설 및 업무시설로 변경하는 건축변경허가 승인을 받았다.

지식산업센터는「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의거하여 설립되는 산업입지 활성화라는 특수목적의 건축물로서, 지식산업센터 승인 조건에서도 볼 수 있듯 교통영향평가, 수도 및 전력공급, 안전관리 등의 기준이 까다롭기 때문에 관계기관 협의 절차가 복잡하고, 산업용지로서의 적합성 여부 등도 심사하여야 하며, 입주가능한 업종도 제한하고 있다는 점에서 일반적인 근린생활시설의 건축 허가 절차와는 그 난이도에 차이가 있어 매도법인이 건축허가를 진행하며 수년간 쌓아온 신용, 명성, 거래선 등으로 지식산업센터 건축에 있어서는 건축업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치인 사업권이 있었다고 인정할 수 있을 것이다.

다만, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 일반 근린생활시설로 건축변경허가를 득하여 건축하게 되었는데 이는 지식산업센터 설립 허가를 위한 매도법인의 배타적인 사업권에 대하여 막대한 자금을 지불하고서 취득할 이유가 없어 보인다.

이는 단순히 매도법인이 이 건 토지를 취득하기 위한 과정에 소요된 비용 등을 보전해 주기 위한 취지로 청구법인이 매도법인에게 쟁점사업권비용을 지급한 것으로 보이고, 쟁점사업권비용을 지급하지 아니하였다면 이 건 토지를 취득할 수 없었을 것으로 보인다.

따라서, 쟁점사업권비용은 사업권의 대가가 아닌「지방세법 시행령」제18조 제1항 제4호에서 규정한 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료로 보아야 한다.

권리의무승계계약서 및 부동산신고필증 등의 서류에서 이 건 토지의 매매대금에 쟁점사업권비용이 포함되어 있지 않다는 사실만으로 쟁점사업권비용이 이 건 토지 취득과는 무관한 사업권이라고 볼 수 없고, 매도법인이 법인장부에 쟁점사업권비용과 관련하여 무형자산처분이익으로 계상하여 사업권으로 인식하였으나, 제출된 손익계산서는 당해연도 전체 무형자산의 처분·상각 등 여러 거래가 포괄적으로 반영되는 재무제표이므로 쟁점사업권비용 등 특정 항목에 대한 비용이라는 점을 직접적으로 입증하는 자료로 볼 수 없다.

한국부동산원에서 공시하고 있는 이 건 토지 개별공시지가의 변동률이 전국 및 수도권 평균보다도 낮은 수준이므로 2018년과 비교하여 청구법인이 이 건 토지를 취득한 2021년에 지가상승분이 쟁점비용에 반영되었을 수 없다고 주장하지만, 이는 개발지구 토지의 특성상 개별공시지가 산정 당시 이미 개발 기대이익 등의 시장가치가 선반영되어있기 때문에 단순히 공시지가만으로 보면 상승률은 평균보다 낮아보일 수 있으나, 사실상 거래되는 매매가에는 토지사용승낙 시점이 다가오는 개발 현실화 단계에서 그 가치가 폭등하는 성격이 있으므로, 청구법인이 지급한 쟁점사업권비용은 이 건 토지의 매매계약을 선점한 매도법인에 대한 일종의 프리미엄으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청이 쟁점사업권비용을 이 건 토지의 취득가액에 포함되는 것으로 보아 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 정당하다.

다. 처분청 의견에 대한 청구법인 항변

(1) 이 건 토지에 대한 부동산계약서 및 권리의무승계계약서에 사업권의 인수 대가를 명시하지 않은 점에 대하여,

청구법인과 매도법인은 이 건 토지 매매계약과는 별도로 사업권 양수도 계약을 체결하였고, 계약서상 목적물, 계약조건, 대금도 각각 분리되어 있고 각각의 대금 역시 명확히 구분하여 지급하였다.

처분청은 이 건 토지에 대한 부동산계약서 및 권리의무승계계약서에 사업권의 인수대가를 명시하지 않은 점을 사업권이 존재하지 않았다는 근거로 들고 있으나, 오히려 부동산계약서 등에 명시하지 않은 채 사업권 관련 별도의 계약을 체결한 것은 토지 취득과는 무관한 독립적인 무형자산에 대해 인식하고 있었음을 알 수 있다.

(2) 사업권 양수도 및 업무지원 계약서의 진위여부가 확실하지 않은 점에 대하여,

매도법인은 2021.3.12. 계약서상 아라비아 숫자와 일치하는 금액으로 세금계산서를 발급하였고, 청구법인은 같은 날 매도법인에게 같은 금액을 지급하였으므로 계약서상 금액이 아라비아 숫자와 한글 기재금액이 상이한 것은 기재 오류일 뿐 그것만을 가지고 계약서의 진위여부가 불확실하다고 볼 수 없다.

또한, 매도법인은 사업권 양도대금 관련하여 무형자산처분이익을 계상하였는바, 이는 사업권에 대해 인식하고 회계처리 하였음을 의미하므로 사업권 계약이 확실하게 존재하였음을 알 수 있다.

(3) 해당 사업권의 내용이 이 건 토지에 대한 매수자라면 일반적으로 가질 수 있는 권리에 대한 내용인 점에 대하여,

사업권 양수도 계약서상 양도목적물인 단순 소유권이 아닌 “복합시설 신축사업” 자체임을 알 수 있고, 토지를 매수하는 경우 일반적인 매수자의 권리는 취득한 토지의 단순 소유권에 불과하고, 인허가 관련 권리 승계나 사업시행에 필요한 지위까지 자동으로 취득할 수 없으므로 단순 소유권과 본 건 사업권은 본질적으로 다른 권리에 해당한다.

(4) 최초 매도법인이 계약할 당시와 4년의 시간적 간격이 있어 여기에는 지가 상승분이 있어 전부 사업권 인수금액으로 보기 어려운 점에 대하여,

한국부동산원 자료에 따르면 이 건 토지가 소재한 화성시의 2018년부터 2020년까지 연평균 지가변동률은 전국 및 수도권 평균에 비하여 일관되게 낮은 수치를 보이고 있고, 이는 화성시 토지 가격 상승폭이 제한적이었음을 의미한다.

더욱이 이 건 토지 위 건물이 실제로 준공된 2024년의 경우 화성시의 지가변동률은 3.305%로 전국 2.151% 및 수도권 2.769%보다 높은 수치를 기록하였는데, 이는 신축사업이 마무리된 이후 토지의 효용과 가치가 본격적으로 반영된 시점에서 지가가 상승하였음을 보여주고 있고, 이는 단순히 시간적 간격이 있었다는 사실만으로 쟁점사업권비용에 지가상승분이 포함되었을 것이라고 해석하는 것은 타당하지 않고, 쟁점사업권비용의 가격형성요인은 사업권이라는 무형자산의 경제적 가치로 보아야 한다.

따라서, 매도법인은 이 건 토지와는 별개의 독립적인 사업권을 가지고 있었고, 그 실질적 가치가 객관적으로 입증되었으며, 이 건 토지의 매매계약과는 별도로 계약을 체결하여 별개의 무형자산을 인식하고 있으므로 쟁점사업권비용는「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에서 규정하고 있는 이 건 토지의 취득과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급된 비용이므로 이를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 매도법인으로부터 사업권을 양도받는 대가로 쟁점사업권비용을 지급하였으므로 이를 이 건 토지 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지>기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.8.7. 주거용 및 비주거용 건물 개발·공급업 및 부동산컨설팅업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 이 건 토지와 관련한 권리의무승계계약 및 허가사항 승인 내역 등은 아래와 같다.

<이 건 토지 관련 권리의무승계계약 등 내용>

○○○

(다) 청구법인은OOO복합시설 신축사업을 영위하고 위하여 2021.3.12. 매도법인과 이 건 토지에 대한 매매계약과 별도로 사업권양수도계약을 체결하였다.

(라) 청구법인과 매도인이 체결한 권리의무승계계약에 의하면, 이 건 토지의 매매계약은 한국토지주택도시공사(이하 “원매도인”이라 한다) 공고문상 유의사항 등 공급조건을 포함하여 원매도인과 ㈜OOO간 원매매계약상 일체의 권리·의무를 그대로 승계하는 권리의무승계계약으로 나타난다.

(마) 청구법인은 이 건 토지 매매계약과 별개로 OOO개발지구 내 복합시설 신축 사업권양수도계약을 체결하였고, 사업권 양수도 대금으로 OOO원을 매도법인에게 지급하기로 한 것으로 나타난다.

<사업권 양수도 계약서 내용>

○○○

(바) 청구법인은 매도법인에게 쟁점사업권비용(사업권 양수도 대금)를 지급하였다고 주장하면서 전자세금계산서 및 청구법인의 출금내역을 증빙자료로 제출하였다.

<전자세금계산서 내역>

○○○

(사) 매도법인의 법인장부에 의하면, 쟁점사업권비용(사업권 양수도 대금)를 손익계산서상 무형자산처분이익으로 회계처리하였다.

<매도법인 손익계산서 내용>

○○○

(아) 한국부동산원 자료에 의하면, 이 건 토지가 소재한 화성시의 2018년부터 2020년까지 연평균 지가변동률은 전국 및 수도권 평균에 비하여 낮은 수치를 보이고 있는 것으로 나타난다.

<한국부동산원 지가변동률>

(단위 : 년, %)

○○○

(자) 청구법인은 이 건 토지를 매도법인으로부터 취득하고 당초 지식산업센터 등으로 허가받은 면적을 아래와 같이 업무시설 등으로 건축허가를 변경하였고, 이에 대하여 청구법인은 업무시설로 변경시 업무시설 면적을 약 30%(38,930→ 53,613) 증가할 수 있었기 때문에 건축허가를 변경한 것일 뿐, 지식산업센터와 업무시설은 모두 기업 활동을 위한 고도의 인허가 절차가 요구되는 시설로서, 용도변경 이후에도 매도법인의 인허가권의 실질적 가치는 청구법인에게 그대로 승계되었다고 주장하고 있다.

<건축허가 변경 내역>

○○○

(차) 청구법인은 당초 쟁점사업권비용에 대하여 이 건 토지금액으로 보아 부가가치세를 불공제하였으나, 해당비용이 토지취득과 무관한 사업권 대가로서 공통매입세액 안분대상에 해당한다고 보아 국세청에 경정청구를 제기하였고, 국세청은 2026.1.19. 청구법인의 주장을 받아들여 환급처분을 하였다.

(카) 이에 대하여, 청구법인은 국세청도 쟁점사업권비용이 이 건 토지의 취득과 무관한 별개의 사업권 대가라는 점을 객관적으로 인정한 결과이고, 만약 처분청의 주장처럼 해당 금액이 토지 취득 관련 용역비에 해당하였다면, 국세청이 환급 결정을 내리지 않았을 것이라고 주장하고 있다.

(타) 청구법인이 이 건 토지 거래 당시를 기준으로 실시한 감정평가서(OOO감정평가법인)에 의하면, 이 건 토지가격은 약 OOO원, 사업권은 약OOO원으로 산출되었고, 이는 청구법인과 매도법인이 체결한 토지매매계약서의 토지 취득가액(OOO원)과 비슷하고, 사업권양수도계약서의 사업권가액(OOO 원)보다는 높은 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 매도법인에게는 사업권이 존재하지 아니하므로 쟁점사업권비용은 사업권에 대한 대가가 아니라 이 건 토지를 취득하기 위하여 반드시 지급하여야 하는 비용에 해당하므로 이 건 토지 취득세 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이다.

(나)「지방세법 시행령」제18조 제1항은 취득가격의 범위에 관하여 “취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다”고 규정하면서, 같은 조 제2항 제3호에서는 “이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용”은 취득가격에 포함하지 아니한다고 규정하고 있는바, 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건의 가격에 해당한다고 볼 수 없다면, 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 2010.12.23. 선고 2009두12150 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다.

(다) 그런데, 다음과 같은 사정들을 고려하면 매도법인에게는 이 건 토지에서 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등에 해당하는 사업권이 있었다고 할 것이고, 청구법인이 매도법인에게 지급한 쟁점사업권비용은 이 건 토지와는 별개의 권리인 사업권에 대한 대가에 해당한다 할 것이므로, 쟁점사업권비용은 취득가격에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다.

1) 사업권이라 함은 매도법인이 이 건 토지에서 사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 의미하는바(대법원 2013.6.27. 선고 2013두3641 판결, 같은 뜻임), 매도법인은 2018.5.9. 이 건 토지를 취득한 후, 2019.4.4. 처분청으로부터 지식산업센터설립 승인을 받았고, 2019.7.1. 건축허가를 받았으며, 2020.11.17. 건축 및 경관 통합심의도 통과하였는데, 이러한 일련의 인허가 절차는 상당한 준비가 필요하여 많은 시간과 비용이 소요되는 등 매도법인은 2년 이상 이 건 토지 개발사업과 관련하여 인허가 절차를 선행적으로 이행함에 따라 사업에 필요한 실질적인 노하우 및 사업기반, 지위 등을 축적하여 사업권을 보유하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

2) 청구법인은 사업권양수도계약을 통해 매도법인이 축적한 사업기반 및 지위를 승계함으로써 이 건 토지 취득일로부터 6일만에 건축허가 변경 승인을 받았고, 착공신고수리통보까지 약 3달이 채 되지 않는 단기간 내 행정절차를 완료할 수 있었는데, 이는 매도법인이 가지고 있던 사업시행 등에 관한 지위를 그대로 이어받은 것으로 보인다.

3) 만약, 청구법인이 매도법인으로부터 사업권을 취득하지 않고 단지 이 건 토지만을 취득하였다고 한다면 처분청으로부터 단기간 내에 대규모의 업무시설에 대한 건축허가변경 및 착공신고수리를 득하기 사실상 어렵다고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 청구법인은 매도법인과 동일하게 주거용 및 비주거용건물 개발·공급업을 주업으로 영위하는 법인으로, 매도법인으로부터 사업권을 인수하지 못했다면 이 건 토지에서 복합시설 신축사업을 시행할 수 없고, 그에 따른 수익도 발생할 수 없으므로 이 건 토지를 취득할 이유가 없다 할 것이다.

4) 청구법인은 종전 지식산업센터 등의 건축허가를 업무시설 등의 허가로 변경하였는데, 업무시설 면적이 53,613㎡로 대규모 면적에 해당하여 일반 건축허가와 달리 여러 단계의 행정적 절차 등의 검토단계를 거쳐야 건축허가가 가능하여 지식산업센터 건축허가와 비교하여 동일한 수준의 건축허가 단계를 거쳐야 하는 것으로 보인다.

5) 청구법인과 매도법인은 이 건 토지와 관련한 매매계약과 사업권양수도계약을 별도로 체결하였고, 매도법인은 쟁점사업권비용에 대하여 청구법인에게 전자세금계사서를 발급하였으며, 청구법인은 매도법인에게 쟁점사업권비용을 송금(계좌이체)하였고, 매도법인은 이를 무형자산처분이익으로 장부상에 계상하였다.

6) 청구법인은 당초 쟁점사업권비용을 이 건 토지금액으로 보아 부가가치세를 불공제하였으나, 해당비용이 토지취득과 무관한 사업권 대가로서 공통매입세액 안분대상에 해당한다고 보아 국세청에 경정청구를 제기하였고, 국세청은 2026.1.19. 청구법인의 주장을 받아들여 환급처분을 하였다.

7) 결국, 매도법인에게는 이 건 토지에서 부동산개발 및 공급사업을 추진하기 위한 사업권이 있었다고 할 것이고, 청구법인은 이 건 포괄양도계약을 통해 쟁점사업권비용를 지급하고 매도법인으로부터 사업권을 양수한 것으로 봄이 타당하므로, 쟁점사업권비용은 이 건 토지가 아닌 사업권 즉 권리에 관한 것이어서 이 건 토지의 취득가격에 해당한다고 볼 수 없다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3.「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라고 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7.「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 제1호부터 제7호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상 취득가격에 포함하지 않는다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2.「전기사업법」,「도시가스사업법」,「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용