이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.3.16. 서울특별시 구로구 OOO 토지 734㎡ 및 건축물 425.98㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 매매계약(이하 “이 건 매매계약”이라 한다)을 체결하고, 2021.4.15. 쟁점부동산을 취득한 후「지방세특례제한법」제50조 제1항 본문(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 그 취득세 등 면제받았다.

나. 처분청은 2025.6.11. 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따라 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있고, 쟁점부동산 중 일부는 유예기간 내에 직접 사용한 사실이 있다.

구체적으로 보면, 청구법인은 이 건 매매계약을 체결하면서 해당 계약서에 “매도인이 임차인 전원에게 임대차계약이 완료될 시에는 본 건물이 낡고 노후가 되어 이를 철거하고 교회 교육관으로 신축할 것이라는 사실을 미리 통보해주기로 합니다”라는 내용을 포함시켰고, 매도인은 임차인들에게 해당 내용을 통보하였음에도 임차인들은 영업권 보상과 임대차기간의 연장을 요구하였다. 이에 청구법인은 임차인들을 상대로 명도소송을 진행하였고, 2024.3.26. 임차인들과 명도와 관련한 사항을 합의하기에 이르렀다. 청구법인은 쟁점부동산을 조속히 직접 사용하기 위해서 소송기간 중에 발생한 임차료를 받지 않았을 뿐만 아니라 이사비용까지 지급하는 등의 노력을 하였다.

이후, 청구법인은 쟁점부동산을 점유하였고, 쟁점부동산을 종교시설로 사용하는 데에, 법률상 별다른 문제가 없다는 사실을 확인하고, 그 일부를 예배 등에 사용하고 있다.

따라서 청구법인은 쟁점부동산을 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였을 뿐만 아니라 그 일부를 유예기간 내에 직접 사용하기도 하였음에도 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청은 2025.1.31. 쟁점부동산에 대한 현장조사를 실시하였으나, 당시에 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하고 있다고 볼만한 사정은 전혀 확인할 수 없었다. 한편, 청구법인은 쟁점부동산의 명도를 위해 진지한 노력을 다하였다거나 쟁점부동산 중 일부를 유예기간 내에 사용하였다고 주장하고 있으나, 이 부분을 구체적으로 확인할 수 있는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있으므로, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 정당한 사유 없이 유예기간 내에 쟁점부동산을 종교용으로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 쟁점부동산의 건축물대장에 따르면, 해당 건축물은 지상 3층으로, 그 연면적은 1,183.11㎡이고 용도는 제1·2종 근린생활시설로 되어 있다.

(나) 쟁점부동산의 등기부에 따르면, 해당 부동산은 매매를 원인으로 하여 2021.4.15. 청구법인 명의로 소유권이전등기 된 것으로 나타난다.

(다) 처분청이 제출한 복명서에는 처분청 담당공무원이 2025.1.31. 쟁점부동산의 사용현황을 조사하였는데, 해당 보고서에는 교회 교육관 신축과 관련한 진행사항이 확인되지 않는다고 되어 있고, 첨부된 현장사진에는 건물 외부에 ‘실용 음악 학원’, ‘한의원’, ‘OOO’ 등 임차인들이 부착한 상호가 그대로 남아 있으며, 건물의 출입구에 “이곳은 사유지로 무단 출입을 금함”이라는 게시물이 부착되어 있고, 1층 게시판에 예배 및 성경 관련 세미나에 대한 홍보물이 부착되어 있으며, 출입문에 “OOO 출입대상자 신원확인소”라는 안내문이 부착되어 있는 것으로 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산 중 일부를 유예기간 내에 직접 사용하였고, 직접 사용하지 못한 부분의 경우에도 추징처분을 면할 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나 쟁점부동산 외부에 부착된 청구법인 관련 게시물이나 외부 현황만으로 쟁점부동산 중 청구법인이 사용하고 있는 부분과 그 사용 시점을 특정할 수 없으므로, 청구법인이 쟁점부동산 중 일부를 유예기간 내에 직접 사용하였다고 인정하기는 어렵다.

또한, 청구법인이 유예기간 내에 쟁점부동산을 직접 사용하지 못하였다 하더라도, 직접 사용하기 어려운 현실적인 장애사유가 존재했었고, 이를 해소하기 위해 진지한 노력을 다하였음에도 시간이 부족하여 유예기간을 넘기게 된 것이라면, 그 추징처분을 면할 정당한 사유가 인정된다 할 것인데, 청구법인은 당초 임차인으로부터 쟁점부동산을 인도받기 위해 명도소송 등을 진행하였다는 주장만 하였을 뿐, 이를 입증할 수 있는 판결문 등을 제출하지 아니하였으므로, 임차인의 퇴거 거부와 같은 현실적 장애사유가 존재했다고 볼 근거가 없다. 설령, 그러한 사유가 있었다 하더라도 이를 해소하는 과정 및 향후 사용 계획 등과 관련한 자료가 확인되지 아니한 이상, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 평가할 수는 없다.

따라서 청구법인이 정당한 사유 없이 유예기간 내에 쟁점부동산을 직접 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

제178조(감면된 취득세의 추징) ② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

(2) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우