이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.7.10.부터 2019.10.29.까지 대전광역시 서구 OOO 외 20필지 및 그 지상 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 쟁점부동산의 취득가격(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제2호 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.6.26. 쟁점부동산의 취득이「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가 등 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.8.26. 이를 수용하였다.

다. 처분청은 2024.12.11. 청구법인이 무상양여로 쟁점부동산을 취득하여 국가 등에 기부채납하는 것에 반대급부 등이 있는 것이「지방세법」제9조 제2항 적용대상이 아닌 「지방세특례제한법」제73조의2 및 같은 법 제177조의2(최소납부세제) 적용대상에 해당한다고 보아 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세법」제9조 제2항에서는 국가의 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 쟁점부동산은 사업시행계획인가, 관리처분계획인가에 의해 새로이 설치할 정비기반시설로 기부채납될 예정으로, 위치와 면적이 특정되고 확정되었는바, 국가 등에 무상으로 기부채납되는 부동산이다.

따라서, 청구법인은 국가 등에 기부채납을 전제로 하여 쟁점부동산을 취득한 사실을 확인할 수 있고, 청구법인이 쟁점부동산을 사용하거나 수익하였다고 볼 수가 없으므로, 쟁점부동산은 취득세 부과 취지와 「지방세법」제9조 제2항의 비과세 취지에 비추어, 취득세 비과세 대상에 해당한다.

(2) 처분청은 청구법인의 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세법」제9조 제2항을 적용할 수 없다는 의견이나, 「지방세법」제9조 제2항 단서에서 반대급부로 무상양여를 받는 경우 그 해당 부분에 대해서 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 그 무상양여 받은 부동산에 대해서 「지방세특례제한법」 제73조의2의 감면규정을 적용하는 것이다.

따라서, 「지방세법」제9조 제2항 단서 부분의 그 해당 부분은 무상양여 받는 부동산으로, 그 해당 부분에 해당하지 않는 쟁점부동산은 비과세 대상으로 해석하여야 할 뿐, 쟁점부동산에 대하여 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산이라 볼 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 단서에서 “국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상 사용권을 제공받는 경우, 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다”고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항 제1호에서 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 중 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 2020.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

「지방세법」제9조 제2항의 취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해 비과세를 적용하되, 조건 없이 무상으로 소유권을 국가 등에 이전하는 경우에 한하여 세 부담을 완화하여 주고자 하는 것으로, 기부채납에 반대급부가 있는 경우 비과세 취지에 부합되지 않으므로 「지방세법」 제9조 제2항 단서에서 비과세대상에서 제외하고 있는 것이다.

「지방세특례제한법」 제73조의2의 신설 취지도 국가재산과 교환, 장기무상사용권 제공 등 반대급부를 조건으로 기부채납하는 경우까지 비과세하는 것은 「지방세법」제9조 제2항의 입법취지에 맞지 않아 반대급부가 있는 경우 비과세에서 제외하되, 「지방세특례제한법」에 감면규정을 신설하여 기부채납을 통한 정부의 민간투자 장려정책을 유지하기 위한 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 국가 등에 기부채납 조건으로 취득하였으나 국가 등으로부터 용도폐지 되는 도로 11,312.4㎡를 무상으로 양여받는 내용이 확인되므로, 쟁점부동산은 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득한 것에 해당한다. 따라서 쟁점부동산의 취득에 대하여 「지방세법」 제9조 제2항의 비과세가 아니라 「지방세특례제한법」 제73조의2의 감면을 적용한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

반대급부 등이 없이 국가 등에 기부채납을 조건으로 쟁점부동산을 취득하였으므로 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세 되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 대전광역시 서구 OOO 일원에서 AAA재건축사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 법인으로, 2007.9.20. 처분청으로부터 조합설립인가를 받고, 2008.6.4. 아래와 같이 사업시행인가를, 2011.1.12. 관리처분계획인가를 받았다.

○○○

(나) 청구법인은 2018.5.14. 및 2019.3.19. 처분청으로부터 아래와 같이 사업시행(변경)인가 및 관리처분계획(변경)인가를 받았고, 그 인가서를 보면 용도폐지되는 정비기반시설(쟁점부동산)과 새로이 설치할 정비기반시설이 포함되어 있으며, 새로이 설치할 정비기반시설은 청구법인이 설치·조성하여 처분청에 기부채납한다고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

○○○

(다) 청구법인은 2019.7.10.부터 2019.10.29.까지 쟁점부동산을 취득한 후, 쟁점부동산의 취득가격(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제2호 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부한 후, 2024.6.26. 쟁점부동산의 취득이「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가 등 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.8.26. 아래와 같이 이를 수용하였다.

「지방세법」제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있습니다.

취득전에 고시된 사업시행계획(변경)인가 및 관리처분계획 변경인가 내용에 정비기반시설(공원, 완충녹지, 도로)을 설치하여 해당 필지들을 관리청에 무상으로 기부채납한다는 내용이 확인되어 감면요건을 충족하였습니다.

하지만, 기부채납의 직접 대상이 아닌 건물에 관한 취득세는 경정을 하지 아니하고, 토지에 대한 취득세는 매매대금을 토지와 건물의 각 시가표준액 비율로 안분하여 토지세액을 산출한 후 정비기반시설 저촉부분(기부채납 부분)에 대해서만 경정합니다.

(라) 처분청은 2024.12.11. 청구법인이 무상양여로 쟁점부동산을 취득하여 국가 등에 기부채납하는 것에 반대급부 등이 있는 것이「지방세법」제9조 제2항 적용대상이 아닌 「지방세특례제한법」제73조의2 및 같은 법 제177조의2(최소납부세제) 적용대상에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과·고지하였다.

(마) 청구법인은 위 (다)의 사업시행(변경)인가 및 관리처분계획(변경)인가서상의 용도폐지되는 정비기반시설(쟁점부동산)을 취득할 당시 해당 부동산에 새로운 기반시설을 설치하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 있는 명확한 관련 자료를 제출하지 않았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

「지방세법」제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 하면서 그 제2호에서 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우라고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에서 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다고 하면서 그 제1호에서 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정하고 있다.

청구법인은 반대급부 등이 없이 국가 등에 기부채납을 조건으로 쟁점부동산을 취득하였으므로 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세 되어야 한다고 주장하나, 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제2항은 “정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다”라고 규정하고 있고, 청구법인은 위 규정에 따라 용도폐지 정비기반시설을 양여받을 것을 전제로 신설 정비기반시설용 토지 등인 쟁점부동산을 취득한 것으로 보이는바, 결국 양자 사이에 대가관계가 있어 쟁점부동산의 취득은 「지방세법」제9조 제2항 제2호에서 정한 ‘국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우’로서 취득세 등 비과세대상에서 제외되는 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 사업 사업시행(변경)인가 및 관리처분계획(변경)인가서상의 용도폐지되는 정비기반시설(쟁점부동산)을 취득할 당시 해당 부동산에 새로운 기반시설을 설치하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 있는 명확한 관련 자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어, 청구법인의 쟁점부동산 취득에는 반대급부 등이 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세특례제한법

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항ㆍ제4항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1항 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제36조의3 제1항 제1호, 제36조의5, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제44조 제2항ㆍ제5항, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조의2 제1항, 제76조 제2항ㆍ제3항, 제77조 제2항ㆍ제3항, 제82조, 제85조의2 제1항 제4호ㆍ제5호 및 제92조에 따른 감면

(3) 도시 및 주거환경정비법

제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.