이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2025.2.25. ‘AAA 공공주택지구 밖의 사업’(이하 “이 건 사업”이라 한다) 지구 내에 소재하고 있는 경기도 화성시 OOO 외 3필지 토지 4,324㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 건축물 292.014㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하고, 쟁점토지에 대한 지목변경(임야 → 대지) 및 쟁점건축물의 신축을 국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 제공받는 조건으로 이루어진 취득으로 보아「지방세특례제한법」제73조의2 제1항 제2호에 따른 감면율(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.5.26. 쟁점토지의 지목변경 및 쟁점건축물의 신축을 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 이루어진 취득에 해당하므로「지방세법」제9조 제2항(이하 “이 건 비과세 규정”이라 한다)을 적용하여 그 취득세 등을 면제해야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.25. 이를 거부(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세특례제한법」이 2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되면서 신설된 부칙 제11조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)에서 쟁점부동산과 같이 2019.1.1. 전에 실시계획의 승인을 받은 경우에는 그 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로, 이 건 거부처분은 쟁점부칙을 잘못 적용한 것이다.

구체적으로 보면, 이 건 비과세 규정은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산을 취득세 비과세 대상으로 삼는 것이 원칙이지만, 이에 대한 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 경우에는 그 해당 부분을 비과세 대상에서 제외한다고 명확히 규정하고 있다. 그리고「지방세특례제한법」제73조의2(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)는 이 건 비과세 규정에서 제외되는 반대급부가 있는 기부채납용 부동산을 감면 대상으로 규정하고 있다.

그런데 2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되면서 부칙 제11조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)가 신설되었는데, 쟁점부칙은 “이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 받는 것을 조건으로「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는「사회기반시설에 대한 민간투자법」제15조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다”고 규정하고 있다.

쟁점부동산의 경우, 이 건 사업지구 내에 소재하고 있고, 해당 사업은 2016.12.20. 그 사업실시계획이 승인된 것이라서, 쟁점부동산에 대한 취득세는 쟁점부칙에 따라 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점건축물의 신축에 대하여 이 건 비과세 규정을 적용하려면, 취득 전에 귀속 또는 기부채납이 확정되어야 할 것인데, 이 건 사업과 관련한 고시 등에는 쟁점건축물의 귀속 등과 관련하여 별다른 내용이 확인되지 않는다. 따라서 쟁점건축물에 대하여 이 건 비과세 규정을 적용할 수는 없다.

한편, 쟁점토지의 경우, 2016.12.20. 이 건 사업에 대한 실시계획의 승인이 이루어졌으므로, 쟁점부칙에 따라「지방세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제73조의2(이하 “종전 감면규정”이라 한다)를 적용하더라도 같은 법 제177조의2 제1항(이하 “최소납부규정”이라 한다)에서 규정하고 있는 ‘감면 특례의 제한’까지 배제되는 것은 아니므로, 쟁점토지의 지목변경에 대해서는 종전 감면규정에 최소납부규정을 반영한 감면율(85%)을 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 지목변경 및 쟁점건축물의 신축을「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 국토교통부장관은 2016.12.20. 이 건 사업에 대한 실시계획을 승인(국토교통부 고시 OOO)한 것으로 나타난다.

(나) 이 건 사업의 실시계획 승인 고시 등에 따르면, 이 건 사업은 OOO 공동주택지구 밖의 배수지 및 진입도로를 신설함으로써 급수역내 시간변동 조정용량 및 비상시 급수용량을 확보하고 간접적으로는 급수내역 내 적정수업 형성으로 누수를 줄이고 유수율을 높여 생활용수의 안정적인 공급을 위한 것으로 나타나고, 이 중 배수지(수도공급설비)의 면적은 4,324㎡으로 확인된다.

(다) 국토교통부장관은 2024.1.16. 이 건 사업에 대한 준공을 공고(국토교통부 공고 OOO)하였는데, 해당 공고문에는 공공시설용지의 면적이 도로 3,968㎡, 배수지 4,324㎡로 되었고, 그 관리처분사항에는 “본 시설물을 관리할 관리청에 무상귀속”이라고 되어 있다.

(라) 처분청은 2025.2.25. 청구법인에게 ‘행위허가 준공검사필증’을 교부하였는데, 해당 문서에는 위치가 쟁점토지로, 사업(행위)의 명칭이 ‘수도 및 하수도 시설 부지조성’으로, 면적은 4,324㎡로, 사업기간은 2022년 4월부터 2024년 12월까지로, 준공검사일자는 2025.2.25.로 되어 있다.

(마) 쟁점건축물의 건축물대장에는 그 연면적이 292.014㎡로, 층수가 지하 2층, 지상 1층으로, 용도는 기타 제1종근린생활시설로, 허가일은 2022.4.7.로, 사용승인일은 2025.2.25.로 되어 있다.

(바) 심리일 현재까지 처분청에 쟁점토지의 소유권이 귀속되었는지 여부는 확인되지 않는다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건축물의 건축과 이에 따른 쟁점토지의 지목변경이 2016.12.20. 승인된 이 건 사업계획에 포함되어 있다는 것을 전제로 쟁점건축물의 신축 및 쟁점토지의 지목변경에 대하여 쟁점부칙이 적용되어야 한다고 주장한다.

그러나 사업시행자가 승인받은 실시계획대로 사업을 완료하면 해당 사업에 대한 준공승인을 받게 되는 것이라서 당초 준공승인이 임시적이라는 등 특별한 사정이 없는 이상, 해당 사업은 준공승인을 받음으로써 완료되었다고 보아야 한다. 그런데 2016.12.20. 실시계획을 승인받은 이 건 사업의 경우, 2024.1.16.에 준공승인이 이루어졌는데, 쟁점건축물의 사용승인 등은 2025.2.25.에 된 점을 고려하면, 쟁점건축물의 건축과 쟁점토지의 지목변경이 당초 이 건 사업에 포함되어 있었다고 보기 어렵다.

따라서 쟁점건축물의 건축 등이 2016.12.20.에 승인된 이 건 사업계획에 포함되어있다는 것을 전제한 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 취득세를 부과한다.

(2) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것)

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(3) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ①「지방세법」제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조제1항, 제13조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

(4) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것)

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ①「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다.

제11조(기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 경감에 관한 경과조치) 이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 것을 조건으로「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제15조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 감면은 제73조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다.