이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.5.3. 경기도 포천시 OOO 외 1필지(공장용지 10,498.4㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면 조례」제6조 제1호 규정에 따라 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세의 100분의 75를 감면받았다.

나. 이후, 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하고, 2025.4.2. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.24. 이의신청을 거쳐 2025.9.1.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2021년 2월 초순경 산업용 건축물인 공장 등을 신축하기 위하여 쟁점토지를 분양받고, 2021.5.3. 분양잔금을 납부함으로써 같은 날 위 토지를 취득하였다.

이후 청구법인은 2024.7.17. 쟁점토지 지상에 공장 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 관한 사용승인을 받았으므로, 쟁점토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것은 사실이다.

그러나, 다음의 여러 사실 및 사정을 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점토지 위에 산업용 건축물인 공장을 신축하여 위 토지를 공장 부지로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 공장 건축이 지연되고, 공장 건축에 사용된 준불연 복합자재인 판넬의 제조사와 유통사가 그에 대한 시험성적서 교부를 거절하는 등의 사정으로 인하여 부득이하게 이 건 건축물에 대한 사용승인이 늦어진 것임을 알 수 있고, 따라서 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호 소정의 ‘정당한 사유’가 있다.

① 청구법인은 2021.5.3. 분양잔금을 납부하고 쟁점토지를 취득한 이래 오늘날까지 공장 부지 외 다른 용도로 사용한 적이 단 한 번도 없다. ② 청구법인은 쟁점토지 위에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 2021.5.17. OOO건축사사무소 건축사 AAA과 사이에 ‘건축물의 설계·감리 용역계약’을 체결하였다. ③ 청구법인은 2022.4.25. ㈜BBB종합건설(이하 “시공사”라 한다)의 현장소장이라는 CCC를 만나 시공사와 사이에 쟁점토지 위에 공장을 신축하기 위한 도급계약을 체결하고, 시공사에게 공장 신축을 의뢰하였다. 나중에 알고 봤더니 시공사가 CCC에게 면허대여를 하여 실질적으로는 CCC가 수급인의 지위에 있었다. ④ 실질적 수급인인 CCC는 이 건 공장 신축공사를 하면서 건설기술인을 구하지 못하였다거나 레미콘 구입자금이 없다는 등의 온갖 핑계를 대면서 계획된 공정대로 공사를 진행하지 아니하였고, 이로 인하여 신축 공사가 예정보다 늦어졌다.

⑤ 청구법인은 2022.7.22. 도급계약의 명의자인 시공사에게 공사이행 촉구 등을 요구하는 내용증명서를 발송하였고, CCC는 2022.7.25. ‘열심히 노력하여 공사기일을 준수하려고 무던히 노력하였으나 공사 자재비(철자재, 시멘트) 물류대란 및 가격폭등으로 자재수급이 어려웠으며, 장마철에 자주 내린 비로 공사가 지연될 수밖에 없었다. 어렵고 힘들지만 주야로 쉬지 않고 하자 없이 공장준공에 최선을 다하겠다’는 취지의 답변서를 보냈다. ⑥ 청구법인이 2022.7.22. 발송한 위 ‘공사이행 촉구 등’ 내용증명에 대하여 시공사 측이 명확한 답변을 하지 아니하자, 청구법인은 2022. 8.31. 시공사에게 이행보증보험증권 발행 및 공정보고 등 이행을 촉구하는 내용증명을 다시 발송하였다.

⑦ 시공사, CCC, 입회인 DDD가 2022.11.4. 청구법인에게 보낸 유치권포기각서에 ‘건설사인 시공사의 사정으로 인하여 공사지연이 계속 발생하여 준공일이 계속 늦어지고 있다’는 취지의 기재가 있다. ⑧ 청구법인은 2022.12.1.에도 시공사에게 공사이행을 촉구하는 내용증명서를 다시 보냈다. ⑨ CCC가 2023.2. 재차 청구법인에게 보낸 유치권포기각서에도 ‘공사 진행 중 자재비 폭등 및 자금부족으로 부득이 공사를 진행할 수가 없어 2023.2.까지 진행 중인 현장자재 납품 및 장비시공, 하도급업체 등의 미지급금을 CCC가 책임진다’고 기재되어 있다.

⑩ 청구법인은 시공사 측의 무책임한 행태와 납득하기 어려운 공사 지연으로 인하여 더 이상 위 업체와 도급계약을 유지할 수 없다고 판단하여, 이 건 공장 신축공사를 신속히 마무리하고자 2023.7.18. ㈜EEE종합건설과 사이에서도 민간건설공사 표준도급계약을 체결하였고, 2023.8.3. FFF건설안전기술(주)와 사이에 이 건 공장 신축공사의 기술지도위탁사업자를 ㈜EEE종합건설로, 건설재해예방전문지도기관을 GGG안전기술(주)로 하는 내용으로 기술지도계약을 체결하였다.

⑪ 건축사 AAA은 2023.8.16. 처분청에게 이 건 건축물에 대한 사용승인 신청서를 제출하였고, 처분청은 2023.8.21. 청구법인에게 4가지 사안을 보완(260T 복합자재 관련 자료 제출, 폐수처리 관련 자료 제출, 감리비 지불영수증 제출, 고용 및 산재보험 완납증명서 제출)할 것을 요구하였다. 한편, 이 건 건축물 신축공사에 사용된 판넬의 제조사인 ㈜HHH기업과 유통사인 ㈜III시스템은 하수급인인 JJJ산업(주)로부터 물품대금을 다 받지 못하였다는 이유로 JJJ산업(주) 내지 청구법인 측에게 판넬에 대한 시험성적서를 교부하는 것을 거부하였다. 이에 건축사 AAA은 처분청의 위 4가지의 보완요구 사항 중 ‘260T 복합자재 관련 자료 제출’을 이행하기가 어려워 2023.8.22. 일단 위 사용승인 신청을 취하할 수 밖에 없었다.

⑫ 이 건 건축물 신축공사에 사용된 판넬의 공급자 측인 ㈜HHH기업과 ㈜III시스템은 하수급인인 JJJ산업(주)로부터 물품 대금을 다 받지 못하였다는 이유로 JJJ산업(주) 내지 청구법인 측에게 판넬에 대한 시험성적서를 교부하는 것을 거부하였으나, 청구법인은 시공사 측에게 각 공정에 맞춰 공사대금 OOO원을 지급하였다.

⑬ 청구법인은 2023년 10월 경 시공사의 대표 KKK 등 10인을 「건설산업기본법」위반(무등록 건설업 영위, 건설업 면허 대여, 불법 하도급), 「건축법」위반(시험성적서·복합자재 품질관리서 미제출), 사문서위조 등의 혐의로 포천경찰서에 고소하였고, 관계 행정기관에 공익신고도 하였다. 형사 사건은 불복절차가 진행되는 등의 사유로 아직 최종적으로 확정되지 않았고, 공익신고와 관련해서는 경기도가 2024.8.5.경 시공사가 CCC에게 건설업등록증을 대여하였다는 사유로 「건설산업기본법」 제83조 제5호, 제21조에 근거하여 ㈜BBB종합건설의 건설업등록을 말소하였다.

⑭ 청구법인은 2023년 10월 OOO을 통하여 이 건 공장 신축공사 건축물에 대한 하자진단을 실시하였고, 2023.10. 11.이에 대한 비용 OOO원을 지급하였다.

⑮ 청구법인은 2024.1.24. JJJ산업(주), ㈜HHH기업, ㈜III시스템에게 이 건 건축물 신축공사에 사용된 판넬에 대한 시험성적서를 제출해줄 것을 요청하는 취지의 내용증명서를 발송하였다.

(16) 청구법인은 2023.8.21. 처분청으로부터 위 민원서류 보완/보정 요구서를 받은 이후부터 2024년 2월초순경까지 처분청 측 담당 공무원들을 수차례 찾아가거나 전화통화 하여 판넬 공급자 측으로부터 시험성적서를 제출받아 이 건 건축물 신축공사 건축물에 대한 사용승인을 받을 수 있는 방안에 관해 협의하였으나 해결책을 찾지 못하였고, 2023년 10월경부터 2024년 2월 초순경까지 기간 동안 OOO건축사무소 건축사 AAA, ㈜III시스템의 이사 LLL, JJJ산업(주)의 대표 MMM 등과 수차례 만나 협상을 하면서 판넬 시험성적서를 청구법인에게 교부해줄 경우 형사고소를 취하해 주겠다고 제안했음에도 불구하고, 끝내 ㈜HHH기업과 ㈜III시스템으로부터 판넬 시험성적서를 받지 못하였다.

(17) 청구법인은 이 건 건축물 신축공사에 사용된 판넬의 공급자 측으로부터 시험성적서를 교부받을 수 없다고 판단하여, 2024.2.15. 이 건 공장 신축공사 건축물에 시공된 3가지 규격의 판넬(100T, 225T, 260T)의 일부를 직접 절단하여 한국건설자재시험연구원(주)에 품질검사를 의뢰하였다. 그러나, 위 시험연구원이 2024년 2월 품질검사 당시 시행되던 기준인 ‘국토교통부 고시 제2023-24호’에 따른 시험기준으로만 시험할 수 있고 이 건 공장 신축공사 당시(2022년 8월경)의 기준인 ‘국토교통부 고시 제2020-1052호’에 따른 시험기준으로는 시험이 불가능하다고 하여, 청구법인은 어쩔 수 없이 품질검사 의뢰 접수를 취소하였다.

(18) 청구법인은 수소문 끝에 이 건 건축물 신축공사 당시(2022년 8월경)의 기준인 ‘국토교통부 고시 제2020-1052호’(건축물 마감재료의 준불연성능기준)에 따라 시험할 수 있는 연구원인 한국공인시험연구원(주)을 알게 되었고, 위 연구원에서 위 국토교통부 고시에 따라 시험한 결과, 2024.5.22. 비로소 위 3가지 규격의 판넬 모두에 대해 “적합”에 해당한다는 시험성적서를 발급받았다.

(19) 청구법인은 2024.6.10. ㈜NNN종합건설과 이 건 건축물 신축공사 건축물 사용승인을 위한 ‘민간건설공사 표준도급계약’을 체결하였고, 2024.7.2. 한국공인시험연구원(주)로부터 교부받은 위 판넬 시험성적서를 첨부하여 처분청에 건축물 사용승인 신청을 하여, 2024.7.17. 사용승인을 받았다.

이와 같이 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호 소정의 ‘정당한 사유’가 있고, 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 과세처분은 위법ㆍ부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시공사 문제 등의 사정으로 인하여 부득이하게 사용승인이 늦어진 것으로 쟁점토지를 유예기간(3년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당함에도 처분청이 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

“정당한 사유”라 함은 행정관청이나 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 사용할 수 없는 내부적인 사유도 포함하는 것으로, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득목적에 비추어 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 당해 부동산을 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 2021.5.3. 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물 등을 신축하는 등 감면받은 용도로 직접 사용하지 아니하여 기 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 점, 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 공장 신축공사 도급계약서상의 공사기간은 3개월에 불과함에도 2021.7.2. 건축허가를 받은 후 10개월이 지난 2022.5.24. 건축공사에 착공한 점, 시공업체와의 갈등 및 건축자재 납품업체의 시험성적서 제출 지연은 청구법인의 내부적인 사유에 불과한 점, 청구법인이 2024.7.17.에 비로소 쟁점토지상에 이 건 건축물 사용승인을 받은 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 감면 유예기간(3년) 내에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어려우며, 그 외 행정기관의 귀책사유나 법령상의 장애 등 외부요인이 있었다고 볼 수도 없는바, 처분청이 청구법인에게 기 감면한 취득세 등을 부과고지한 데에는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2021.5.17. OOO과 설계감리 용역계약을 체결(계약금액 OOO원, 부가가치세 포함)하였고, 2021.7.2. 건축허가를 받았다.

(나) 청구법인은 2022.4.25. 시공사와 아래와 같은 내용의 공장 신축공사 도급계약을 체결하였다.

○○○

(다) 청구법인은 2022.7.22. 시공사에게 공사이행 촉구 및 2022.7.29.까지 이행(계약)보증보험증권 및 하자보증보증권 발행과 공사계약서 제9조에 따라 착공신고 및 공정보고를 이행할 것을 요구하는 내용의 협조요청서를 아래와 같은 내용증명을 발송하였고, 시공사는 2022.7.25. “2022.7.14. 청구법인의 대표자, 시공사 대표자 등 6인이 OOO 소재 공구상가에서 만나 합의한 대로 공사진행할 예정임”을 회신하는 내용의 답변서를 내용증명으로 발송하였다.

＜청구법인이 시공사에게 발송한 내용증명＞

○○○

(라) 청구법인은 2차로 2022.12.1. 시공사에게 공사이행을 촉구하는 협조 요청서를 내용증명으로 발송하였다.

(마) 시공사, CCC(시공사의 현장소장), 입회인 DDD는 2022. 11.4. 청구법인에게 유치권 포기각서를 발송하였는데, “...(전략) 건설사인 시공사의 사정으로 인하여 공사지연이 계속 발생하여 준공일이 계속 늦어지고 있는바, 공사의 조속한 진행 등을 위하여 시공사는 향후 위 공사와 관련하여 유치권을 포기하기로 이에 각서합니다”라고 기재되어 있다.

(바) 청구법인은 2023.7.18. 주식회사 EEE종합건설과 아래와 같은 내용의 공장 신축공사 도급계약을 체결하였다.

○○○

(사) 청구법인은 2023.8.14. 처분청에 건축물 사용승인 신청서를 제출하였고, 처분청(허가담당관)은 2023.8.21. 아래와 같은 내용의 보완·보정요구서를 발송하였으며, 청구법인은 2023.8.22. 사용승인 신청을 취하하였다.

○○○

(아) 청구법인은 2023.10.18. 시공사 대표자 등 8인을 「건설산업기본법」 위반 등의 혐의로 포천경찰서장에 고소(무등록 건설업 영위, 면허대여, 불법하도급, 사문서 위조 등) 하였으며, 수원지방검찰청 안산지청은 2024.12.16. 위 고소와 관련 일부 사안에 대한 보완수사 요구를 결정하였다.

(자) 청구법인은 2024.1.24. JJJ산업 주식회사, ㈜HHH기업, ㈜III시스템에 건축물 신축공사에 사용된 판넬에 대한 시험성적서 제출을 요청하는 내용증명을 발송하였다.

(차) 청구법인은 2024.5.14. 한국공인시험연구원(주)에 건축물에 사용된 판넬에 대한 품질검사를 의뢰 후 수령한 시험성적서를 제출하였다.

(카) 쟁점토지에 2021.7.2. 공장용 건축물 1,980㎡에 대한 건축허가를 받은 후, 2022.5.24. 착공을 거쳐 2024.7.17. 사용승인된 사실이 경기도부동산포털에서 확인된다.

(파) 처분청이 제출한 출장보고서 내용은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항은 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 대해서는 취득세를 경감하도록 규정하면서, 같은 조 제5항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바,

여기에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 없다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 2021.5.3. 쟁점토지를 취득하고, 건축물의 설계 감리 및 시공사와 도급계약 등을 거쳐 1년 만에 이 건 건축물을 2022.5.24. 착공한 점,

청구법인이 제출한 일련의 자료와 사건흐름을 살펴보면, 청구법인은 시공사에게 공사대금을 정상적으로 지급하였음에도 시공사가 공사를 진행하지 않고 건설면허를 CCC에게 대여하는 등 시공사의 귀책사유로 이 건 건축물의 공사가 지연된 것으로 보이고 청구법인은 이에 따라 시공사에 여러 차례 내용증명을 발송하였으며, 시공사 등을 고발하는 등 쟁점토지를 직접 사용하기 위해서 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점,

또한, 일단 착공이 이루어지면 그 이후부터는 시공사가 도급계약에 따라 시공하여 사용승인까지 받는 것이라서 착공 이후부터는 청구법인이 직접 사용을 위한 별다른 노력이 필요하지 아니하므로 청구법인의 귀책에 따른 공사지연 등 특별한 사정이 없는 이상 청구법인은 유예기간 내에 착공함으로써 직접 사용을 위한 노력을 다하였다고 보는 것이 타당해 보이는 점(조심 2023지1637, 2024.1.15., 같은 뜻임),

청구법인은 쟁점토지 취득 이후 약 3년 2개월이 경과한 시점에 이 건 건축물의 준공을 받았으나, 그 과정에서 청구법인이 공사를 특별히 지연시키거나 해태한 사유를 찾기도 어려운 점 등에 비추어,

청구법인은 쟁점토지를 산업용 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 경우로서 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

(2) 경기도 도세 감면 조례

제6조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 25