①쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 산업단지 내에서 전기업 용도로 사용되고 있으므로 분리과세대상 토지로 분류하여야 한다는 청구주장의 당부②태양광모듈은 건축물의 부속시설이므로 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

예규·판례

①쟁점토지는 「지방세법 시행령」제10...

로그인하고 택스캔버스 AI에게 질문해보세요택스캔버스 AI에게 바로 물어보세요.

심판청구

조심 2025인2259

생산일자 2026-04-10

AI 요약

요지

개발사업시행자는 「기업도시개발특별법」제12조에 따라 문화체육관광부장관과 국토교통부장관으로부터 기업도시 개발사업의 실시계획 승인 및 변경승인을 득함으로써 청구법인이 위 사업시행자로부터 쟁점토지를 취득하기 이전에 이미 해당 사업시행자는 「기업도시개발특별법」제13조 제1항 제14호에서 규정한 산업단지개발사업 시행자 지정 및 산업단지개발 실시계획 승인을 얻은 것으로 의제되었다고 볼 수 있는 점, 지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 전기업에 해당하는 용도에 ‘직접 사용’ 되고 있는 토지로 규정하는바, ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 전기업에 사용하는 것이면 충분하고, 청구법인과 자회사 간에 작성된 임대차계약서에도 태양광발전사업 목적으로만 사용하도록 정하고 쟁점토지에 태양광발전시설을 설치한 점 등에 비추어 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1973.4.19. 설립되어 주택사업과 도시개발사업 등을 영위하는 종합건설법인으로 2019.1.31. A 주식회사로부터 전라남도 해남군 OOO㎡ 외 7필지(전체면적 OOO㎡, 8필지를 합하여 이하 “본건토지”라 한다)를 취득하고, 2020.2.21. B 주식회사(이하 “관련법인”이라 한다)에 이를 임대하였으며, 관련법인은 본건토지에 OOO 발전시설(OOO, 에너지저장장치, 변전소 등)을 설치하여 2020.3.23. 사용승인을 받았고, 청구법인은 2020.9.23. 「조세특례제한법」제104조의19 주택건설업자의 과세특례규정에 따라 종합부동산세 합산배제 신고하였다.

나. 전라남도 해남군수는 아래 ＜표1＞과 같이 본건토지 중 2번, 3번, 7번 토지(3필지, 면적 OOO㎡)를 「지방세법 시행령」제101조 제1항 제2호 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상으로, 나머지 1번, 5번, 6번 토지(3필지, 면적 OOO㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 종합합산과세대상으로 분류하여 2022～2023년도 재산세를 부과하였고, 이와 같은 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

＜표1＞ 본건토지 재산세 구분 내역

○○○

다. 이후 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9.25.～2024.12.23. 기간동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인은 본건토지를 직접 사용하지 않고, 관련법인에게 임대하였으며, 본건토지 취득일(2019.1.31.)로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 아니하였으므로 쟁점토지는 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 않다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고,

이에 따라 처분청은 2025.2.14. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 문화체육관광부와 국토해양부는 2010.1.13. 「기업도시개발 특별법」에 의하여 본건토지가 속한 전라남도 해남군 OOO 일원에 대한 ‘OOO’ 개발구역 지정 및 개발계획을 승인하여 고시하였고, 기업도시개발사업의 시행자는 A 주식회사인바, 청구법인은 OOO발전 등 재생에너지 분야로 사업을 확장하고자 2019.1.31. A 주식회사로부터 본건토지를 취득하였고, OOO발전사업을 영위하기 위해 자회사인 관련법인을 설립하여 2020.2.21. 관련법인과 본건토지에 관한 임대차계약을 체결하였다.

(2) (주위적 청구) 본건토지는 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 산업단지 내에서 전기업 용도로 사용되고 있는 토지로서 분리과세대상이므로 이 중 쟁점토지에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

(가) ‘OOO’의 당초 토지이용계획은 본건토지를 골프장으로 승인하였으나 이후 2018년에 골프장을 축소하고 OOO발전 등 OOO산업단지를 추가하는 것으로 사업계획을 변경하여 2018.12.28. 고시하였는바(문화체육관광부고시 제OOO호, 익산지방국토관리청고시 제OOO호), 본건토지를 산업시설용지로서 OOO산업단지로 지정하고, ‘OOO산업단지’로 기재되어 있으므로 쟁점토지는 산업단지에 해당한다.

(나) 또한 「기업도시개발 특별법」제13조 제1항 제14호는 국토교통부장관이 기업도시개발사업의 실시계획을 승인할 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지 개발실시계획의 승인을 의제하도록 규정하고 있으므로 본건토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 의제된다.

「기업도시개발 특별법」상 인·허가 의제 규정은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」과 「기업도시개발 특별법」의 입법취지가 일맥상통하는 점을 고려하여 기업도시개발사업의 실시계획을 승인받을 경우, 산업단지개발사업의 실시 요건을 충족하였다고 의제함으로써 행정 절차를 간소화하고 국민의 편의를 증진하기 위한 데에 그 의의가 있다.

‘OOO’ 개발계획이라는 주된 인허가 승인과 관련하여 관계 행정기관의 장인 국토해양부장관과 문화체육관광부 장관의 협의가 존재하고, 산업단지 의제와 관련하여 국토해양부장관의 명시적인 거부 의사도 없으며, 후속 공고(문화체육관광부 공고 제OOO호)에도 「기업도시개발 특별법」제13조에 따른 의제사항에 본건토지를 OOO산업단지로 구분하고 있으므로 본건토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 볼 수 있다.

(다) 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제8호에서 산업단지란 산업시설용지 및 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 같은 법 시행령 제2조에서 위 ‘산업시설용지’에는 신·재생에너지 설비의 용지가 포함된다고 규정하였는바,

‘OOO’의 개발구역은 주거용지, 상업/업무시설용지, 산업시설용지 등으로 구분되고, 개발계획 및 실시계획에 따라 개발되는 일단의 토지이므로 산업단지의 개념에 포함된다.

(라) 이와 유사한 ‘태안기업도시’에 관한 선결정례(조심 2016지107, 2017.5.31.)에서, 기업도시개발사업을 목적으로 조성 중인 태안 기업도시개발구역 내 토지가 재산세 분리과세 대상에 해당하는지에 관하여, 처분청이 「지방세법 시행령」제102조 제5항 제18호에서 「기업도시개발 특별법」에 따른 사업시행자가 소유하고 있는 토지는 분리과세대상으로 열거하고 있지 않다는 이유로 재산세를 분리과세할 수 없다고 주장하였으나, 「기업도시개발 특별법」제13조 제1항 제14호에서 산업단지개발사업에 관한 인허가 의제규정을 두고 있고, 쟁점토지가 주거용지, 산업용지, 업무시설 등으로 구분되므로 산업단지의 토지에 해당하는 점 등에 비추어 쟁점토지를 분리과세대상으로 분류하여야 한다고 결정하였다. 또한 법원은 기업도시에 속한 토지가 주거용지, 상업용지, 업무시설 등으로 구분된다면 산업단지에 해당한다고 판시하였다(대전지방법원 2019.8.22. 선고 2017구합104902 판결).

(마) 본건토지를 임차한 관련법인은 한국표준산업분류상 OOO 발전업을 영위하므로 본건토지는 전기업에 사용되는 토지에 해당한다.

처분청은 청구법인이 본건토지를 직접 전기업에 사용하여야 한다는 의견이나, 「지방세특례제한법」상 감면조항의 ‘직접 사용’에 관한 선결정례를 「지방세법」상 ‘직접 사용’에 관한 사안에 적용할 수 없다.

「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호는 산업단지에서 전기업에 사용되는 토지를 요건으로 규정하고 있을 뿐 소유자가 그 사업의 주체에 해당할 것을 요건으로 규정하고 있지 않고, 「지방세법」에는 ‘직접사용’에 대한 명시적인 정의가 없으며, 「지방세특례제한법」제2조에서 정의하는 ‘직접 사용’의 개념을 「지방세법」 해석시 적용하는 것은 확장해석 내지 유추적용에 해당하며, 법적 근거의 유보없이 감면 요건을 추가하는 것으로서 조세법률주의에 정면으로 위배되는 해석이다.

「지방세법」상 ‘직접 사용’에 관하여 법원은 「지방세법」상 ‘사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지’라고만 규정하고 있을 뿐 사업계획승인 신청자 소유의 토지인지 여부에 대하여는 규정하고 있지 아니하고, 주택건설사업자가 주택건설사업을 보다 효율적으로 수행할 수 있도록 하기 위하여 그 소유 여부에 관계없이 주택건설사업이라는 공익적인 목적으로 사용되는 토지를 종합합산과세표준에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는 데 그 입법취지가 있으므로, 쟁점토지가 분리과세 대상에 해당한다고 판시하였는바(대법원 2012.4.26. 선고 2010두28632 판결), 토지 소유자가 직접 사용하지 아니한 경우에도 분리과세를 적용할 수 있다.

또한 법원은 「지방세특례제한법」에서 규정하고 있는 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 물류사업에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하는지 여부는 가리지 아니한다고 봄이 타당하다고 판시하였다(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결).

(3) (예비적 청구) 본건토지에 설치된 OOO발전시설 중 에너지저장설비(ESS) 및 변전소는 대규모 OOO 발전에서 필수적인 시설이다. 일조량, 날씨 변화 등에 따라 발전량이 크게 변동하기 때문에 에너지저장설비(ESS)에 과잉 생산된 전력을 저장해두었다가 필요시 방출하여 전력 생산과 공급의 시간적 격차를 해소함으로써 안정적인 전력 공급을 가능하게 하고, 한국전력공사 송·배전용전기설비 이용 규정상 발전소 최대 송전용량이 40MW를 초과하고 500MW 이하인 경우에는 발전소 최초의 접속선로를 154kV 송전선로(송전능력이 계약전력 이상의 전력)로 적용해야 하기 때문에 변전소는 필수적인 시설이다.

또한 사업성 측면에서도 정부는 2012년 신재생에너지 의무할당제를 도입하여 발전사업자는 발전량에 비례하여 신재생에너지 공급인정서(REC)를 발급받게 되는데, 의무발전량을 충족하지 못한 경우 특정 설비를 구비하거나 일정한 조건을 충족할 경우 실제 발전량에 가중치를 적용하여 REC를 받을 수 있도록 하였는바, 관련법인은 이차전지 산업 활성화 정책에 따라 에너지저장설비장치(ESS)에 가중치를 적용받게 되었고 이를 통해 사업성을 확보하였다. 이에 따라 에너지저장설비장치(ESS)가 PF 대출 조달 또는 투자 유치에 결정적 요소가 되기도 하였다.

＜표2＞ 관련법인 OOO 매출 구조

(단위 : 백만원, %)

○○○

OOO은 대규모 OOO발전시설의 핵심시설인 에너지저장설비와 변전소에 물리적·기능적으로 일체되어야 하므로 건축물의 효용가치를 증진하는 시설물에 해당한다(조심 2020지656, 2023.11.1.).

따라서 에너지저장설비(ESS) 및 변전소는 「지방세법」제6조 제4호에 따른 에너지공급시설에 해당하고, 건축물대장에 발전시설로 등재되어 있으며, 건축물 연면적이 OOO㎡이고, OOO은 에너지저장설비(ESS) 및 변전소의 부속시설에 해당하므로 본건토지의 OOO발전시설의 전체 면적은 OOO㎡인바, 「지방세법 시행령」제101조 제1항 제2호에 따라 ‘준공업지역’에 대한 적용배율(4배)을 적용하면 본건토지 전체면적을 초과하므로 별도합산과세대상에 해당한다.

(4) 한편, 종합부동산세와 재산세는 과세편의 차원에서 상호 일부 규정을 준용하는 경우는 있으나, 엄연히 부과주체, 요건 등이 상이한 독립된 세목이므로 과세요건 판단시 독립적으로 이루어져야 하고, 재산세 부과처분의 효력이 확정되었다고 하여 종합부동산세 과세처분에 대하여도 불가쟁력이 발생한다고 볼 수 없으며(조심 2022서2016, 2022.10.20., 조세심판관 합동회의), 쟁점토지는 분리과세대상으로 분류되어야 함에도 이와 다른 전제에서 쟁점토지가 「지방세법」상 종합합산과세대상으로 분류되었다는 이유로 종합부동산세 합산대상에 해당한다고 본 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「종합부동산세법」제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 「지방세법」제106조에 따라 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있는바, 전라남도 해남군수는 본건토지 중 2번, 3번, 7번 토지를 건축물 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 과세자료를 통보한 점, 청구법인은 재산세에 대해 불복청구를 제기하지 않은 점, 청구법인도 쟁점토지를 종합합산과세대상이라 판단하여 2020.9.23. 종합부동산세 합산배제 신고서를 제출한 점, 「지방세법 시행령」상 본건토지가 속한 기업도시개발구역 내 토지는 분리과세 대상으로 열거되어 있지 않은 점 등에 비추어, 본건토지를 재산세 과세구분과 다르게 분리과세대상으로 취급할 특별한 사유가 없다.

종합부동산세는 재산세에 기반을 두고 원칙적으로 재산세와 과세대상을 동일하게 하되 과세기준금액 초과분에 대하여 중과하는 조세에 해당하며, 종합부동산세 토지의 과세대상 구분이 「지방세법」상 토지의 과세대상 구분을 원용하고 있는 것이 조세법률주의 및 포괄입법금지의 원칙에 위반되지 않는다(헌법재판소 2010.7.29. 선고 2010헌바153, 365 결정)

(2) 본건토지는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 지정되지 않았고, 관련 고시에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 의제한다는 내용이 없기 때문에 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호에서 분리과세대상으로 정하는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에 해당하지 않는다.

(가) 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제8호 각 목에 따르면 산업단지는 국가산업단지, 일반산업단지, 도시첨단산업단지, 농공단지로 구분되어 있으며, 산업단지는 국토교통부 장관, 시·도지사 또는 대도시 시장, 시장·군수·구청장이 지정하도록 규정하고 있다. 본건토지는 「기업도시개발 특별법」제5조 및 제11조에 의하여 ‘OOO’의 개발구역 내의 OOO산업단지로 지정되어 있을 뿐 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정권자에 의해 산업단지로 지정된 사실이 없다.

문화체육관광부는 산업단지 지정에 대한 결정을 할 수 없으며, 본건토지에 관한 고시에는 「기업도시개발 특별법」 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」이 근거 법률이고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 의제되는 사항을 확인할 수 없다. 고시에서 ‘OOO산업단지’라고 지정하였으나 이는 「기업도시개발 특별법」에 의한 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 하였다는 것이지 「산업입지 및 개발에 관한 법률」따른 산업단지로 지정하였다고 보기 어렵다.

(나) 「기업도시개발 특별법」제13조 제1항 제14호의 인·허가 의제규정은 기업도시개발사업의 실시계획 승인 과정에서 산업단지개발사업 시행자의 지정에 관해 관계행정기관의 장과 협의가 이루어진 경우 별도로 산업단지개발사업 시행자 지정 절차를 거치지 않아도 시행자로 지정된 것으로 본다는 규정이다. 기업도시개발사업 시행자가 개발사업 실시계획 승인 과정에서 산업단지 개발사업 시행자 지정 및 실시계획 승인에 관한 사항을 포함시켜 관계행정기관과 협의하면 별도의 「산업입지 및 개발에 관한 법률」상의 절차 없이 산업단지개발사업의 시행자의 지위를 갖게 하여 산업단지개발사업을 추진할 수 있는 효과가 발생하지만, 이와 같이 관계행정기관과의 협의 절차 없이 곧바로 「산업입지 및 개발에 관한 법률」상의 산업단지로 지정되도록 의제하는 것이 아니다.

본건토지에 관한 고시에서 A 주식회사는 기업도시개발사업의 시행자일 뿐 산업단지개발사업의 시행자로 기재되어 있지 않고, 관계행정기관의 장의 동의 절차를 거쳤어야 함에도 그와 같은 사실이 존재하지 않으며, 청구법인과 A 주식회사 사이의 매매계약서에도 산업단지 개발사업 시행자의 지위에 대해서는 기재되어 있지 않으므로 기업도시개발계획 사업자일뿐 산업단지 개발사업 시행자의 지위를 갖지 않는다.

또한 문화체육관광부고시 제OOO호(2018.12.28.)에서 「기업도시개발 특별법」 제13조 규정에 의한 사항은 OOO발전시설을 설치하기 위해 필요한 개발행위에 관한 인·허가 사항과 도시ㆍ군계획시설사업시행자의 지정 및 실시계획 인가를 의제하였고, 이는 같은 법 제13조 제1항 제8호(개발행위 허가)에 해당하고, 제14호를 의제하고 있지 않다.

(3) 청구법인은 본건토지를 전기업 용도로 직접 사용하고 있지 않고, 관련법인에게 단순히 임대하였다.

(가) 「지방세법」제106조 제1항 제3호에는 분리과세대상이란 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지라고 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제8항 제4호에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용도에 ‘직접 사용’되고 있을 것을 규정하고 있다. 즉 과세기준일 현재 쟁점토지 소유자가 직접 전기업의 용도로 사용하고 있는 경우이어야 분리과세대상으로 볼 수 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결) 할 것이며,

‘직접 사용’의 주체를 구분하지 않을 경우 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 감면혜택을 주는 불합리한 면을 해소하기 위한 것이므로 특별한 사정이 없는 한 제3자로 하여금 본건토지를 사용하도록 하는 것은 그 용도에 맞는 사용인지 여부에 관계없이 직접사용에 해당하지 않는다고 판단한 선결정례가 있다(조심 2018지508, 2018.9.3.).

(나) 청구법인이 인용한 ‘태안기업도시’에 관한 선결정례(조심 2016지107, 2017.5.31.)의 적용법령인 2015.6.1. 대통령령 제26290호로 개정된 「지방세법 시행령」제102조 제5항은 개발사업 실시계획을 승인받은 사업시행자가 소유하고 있는 토지로서 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지를 분리과세대상으로 규정하여 청구법인은 기업도시개발사업의 시행자로 지정된 자이었고, 청구법인을 산업단지개발사업의 시행자로 볼 수 있다는 취지인바, 이 건의 사실관계 및 적용법령이 다르므로 원용할 수 없다.

(4) 「지방세법」상 건축물은 「건축법」상 건축물과 레저시설, 저장시설 등 「지방세법 시행령」제5조에서 열거된 시설의 범위 중 에너지 공급시설에 OOO발전시설은 이에 해당한다고 보기 어렵다.

「건축법」상 건축물은 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물로 규정하고 있는바, 본건토지 위에 설치된 OOO발전시설 중「건축법」상 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 공작물로 볼 수 있는 건축물이 없기 때문에 OOO은 「건축법」상 부속시설로 볼 수 없다.

또한 OOO은 「신에너지 및 재생에너지개발·이용·보급 촉진법」, 「산지관리법」, 「전기안전관리법」 등에서 부속설비가 아니라 별도의 에너지 설비로 취급한다. OOO의 설치와 관리에 관하여 별도의 규정을 두고 있고 OOO은 건축물의 지붕 외에도 지면, 수면 등 다양한 장소에 단독으로 설치될 수 있는바, 건축물과 분리가능한 독립적으로 설치되는 설비이므로 건축물의 부속시설로 단정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 산업단지 내에서 전기업 용도로 사용되고 있으므로 분리과세대상 토지로 분류하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) OOO은 건축물의 부속시설이므로 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2021.12.7. 법률 제18547호로 개정된 것)

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(2) 종합부동산세법(2022.12.31. 법률 제19200호로 개정된 것)

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(3) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정된 것)

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

4. “건축물”이란 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

③ 재산세의 과세대상 물건이 토지대장, 건축물대장 등 공부상 등재되지 아니하였거나 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다. 다만, 재산세의 과세대상 물건을 공부상 등재현황과 달리 이용함으로써 재산세 부담이 낮아지는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 공부상 등재현황에 따라 재산세를 부과한다.

(4) 지방세법 시행령(2022.11.29. 대통령령 제33004호로 개정된 것)

제5조(시설의 범위) ① 법 제6조 제4호 및 같은 조 제6호 나목에 따른 레저시설, 저장시설, 독(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설 및 에너지 공급시설은 다음 각 호에서 정하는 시설로 한다.

1.～5. (생략)

6. 에너지 공급시설: 주유시설, 가스충전시설, 환경친화적 자동차 충전시설, 송전철탑(전압 20만 볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 「전기사업법」 제72조에 따라 이전ㆍ설치하는 것은 제외한다)

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. (단서 생략)

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지

가. 읍ㆍ면지역

나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

용도지역별

적용배율

도시지역

1. 전용주거지역

5배

2. 준주거지역·상업지역

3배

3. 일반주거지역·공업지역

4배

4. 녹지지역

7배

5. 미계획지역

4배

도시지역 외의 용도지역

7배

제102조(분리과세) ⑧ 법 제106조 제1항 제3호 아목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.

4. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용도에 직접 사용되고 있는 토지

나. (중략) 전기업, 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 토지

(5) 기업도시개발 특별법(2020.12.31. 법률 제17814호로 개정된 것)

제1조(목적) 이 법은 민간기업이 산업ㆍ연구ㆍ관광ㆍ레저 분야 등에 걸쳐 계획적ㆍ주도적으로 자족적인 도시를 개발ㆍ운영하는 데 필요한 사항을 규정하여 국토의 계획적인 개발과 민간기업의 투자를 촉진함으로써 공공복리를 증진하고 국민경제와 국가 균형발전에 이바지함을 목적으로 한다

제12조(실시계획의 승인 등) ① 제10조 제1항 및 제2항에 따른 개발사업의 시행자는 다음 각 호의 서류 및 도면을 첨부한 개발사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다. 승인된 실시계획을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 같다.

⑤ 국토교통부장관은 제1항에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사실을 관보에 고시하고 시행자와 해당 개발구역을 관할하는 시장ㆍ군수에게 관계 서류의 사본을 송부하여야 한다. 이 경우 관계 서류를 받은 시장ㆍ군수는 그 내용을 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제13조(관련 인ㆍ허가등의 의제) ① 국토교통부장관이 제12조 제1항에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인할 때 그 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제12조 제5항에 따라 실시계획이 고시된 경우에는 다음 각 호의 법률에 따른 인ㆍ허가 등이 고시되거나 공고된 것으로 본다.

8. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업시행자의 지정 및 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가

14. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업 시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 국가산업단지개발실시계획의 승인, 같은 법 제18조에 따른 일반산업단지개발실시계획의 승인, 같은 법 제18조의2에 따른 도시첨단산업단지개발실시계획의 승인 및 같은 법 제19조에 따른 농공단지개발실시계획의 승인

⑤ 제1항에 따른 인ㆍ허가등의 의제를 받으려는 경우 건축물의 건축 등이 수반되어 건축허가서ㆍ건축신고서 등의 서류를 제출하여야 할 때에는 제1항 제1호에 따른 건축허가 관련 서류에 첨부된 도면으로 그 서류를 갈음한다.

(6) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2021.8.10. 법률 제18390호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7의2. "산업시설용지"란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설(도시첨단산업단지에 한하여 첨단산업과 관련된 시설) 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다.

8. "산업단지"란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 국가산업단지: 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지

나. 일반산업단지: 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지

다. 도시첨단산업단지: 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발 촉진을 위하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지

라. 농공단지(農工團地): 대통령령으로 정하는 농어촌지역에 농어민의 소득 증대를 위한 산업을 유치ㆍ육성하기 위하여 제8조에 따라 지정된 산업단지

(7) 산업단지 및 개발에 관한 법률 시행령(2014.12.16. 대통령령 제25858호로 개정된 것)

제1조의2(산업시설용지)「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제7호의2에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 「에너지법」 제2조 제6호에 따른 에너지공급설비

2. 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조 제3호에 따른 신ㆍ재생에너지 설비

(8) 건축법

제2조 (정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “건축물”이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

(9) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18661호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다

(10) 전기사업법(2022.10.18. 법률 제19003호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “전기사업”이란 발전사업ㆍ송전사업ㆍ배전사업ㆍ전기판매사업 및 구역전기사업을 말한다.

2. “전기사업자”란 발전사업자ㆍ송전사업자ㆍ배전사업자ㆍ전기판매사업자 및 구역전기사업자를 말한다.

3. “발전사업”이란 전기를 생산하여 이를 전력시장을 통하여 전기판매사업자에게 공급하는 것을 주된 목적으로 하는 사업을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 본건토지는 「기업도시개발특별법」제5조 및 제11조에 의하여 ‘OOO’의 개발구역 내에 위치하고 있는바,

1) 문화체육관광부장관과 국토해양부장관은 2010.1.13. 「기업도시개발 특별법」제5조 및 제11조에 의하여 ‘OOO’의 개발구역 지정 및 개발계획을 승인하여 고시하였다(문화체육관광부고시 제OOO호, OOO호).

＜‘OOO’ 개발계획의 개요＞

○○○

2) 문화체육관광부장관과 국토해양부장관은 2012.12.27. 「기업도시개발 특별법」제5조, 제11조 및 제12조 규정에 의하여 관광레저형 기업도시의 개발구역 지정·개발계획 변경 및 실시계획을 승인하여 고시하였는바(문화체육관광부고시 제OOO호, 국토해양부고시 제OOO호), 개발구역으로 지정된 면적이 OOO㎡ 감소하고, 개발계획 중 주요기반시설 설치계획의 변경이 있었으며, 승인된 실시계획 중 토지이용계획에는 산업시설용지가 포함되어 있다.

3) 문화체육관광부(관광개발과)가 2018년 12월경 작성한 개발계획 및 실시계획 변경승인서에 따르면, 본건토지 일원의 토지이용계획이 골프장에서 OOO산업단지로 변경된 것으로 나타나고, 관련법인은 ‘OOO 발전사업’의 사업자로서 공사기간은 2018년 12월부터 2019년 11월까지, 운영기간은 2019년 11월부터 2039년 10월까지(20년간)로 하여 개발행위 허가신청을 한 것으로 나타난다.

＜토지이용계획도(2018년 12월)＞

○○○

4) 이후 문화체육관광부장관과 익산지방국토관리청장은 2018.12.28. ‘OOO’ 개발구역지정 변경, 개발계획 및 실시계획 변경을 승인하여 고시하였는바(문화체육관광부고시 제OOO호, 익산지방국토관리청고시 제OOO호), 개발구역의 면적이 OOO㎡ 감소하였고, 총 투자비, 연간 투자계획이 변경되었으며, 변경된 토지이용계획은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 변경된 토지이용계획

(단위 : ㎥, %)

○○○

또한, 해당 고시에 따르면, 「기업도시개발 특별법」제13조(관련 인ㆍ허가등의 의제) 규정에 의한 사항으로 ① 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시·군관리계획의 결정(변경), ② 같은 법 제56조에 따른 개발행위허가, ③ 같은 법 제86조에 따른 도시·군계획시설사업 시행자의 지정 및 같은 법 제88조에 따른 실시계획인가, ④ 같은 법 제56조에 따른 OOO발전소 건설을 위한 개발행위 허가가 기재되어 있으며,

OOO발전소 건설을 위한 개발행위 허가 내용에는 본건토지 일원(OOO㎡)에 공작물(철골조 및 OOO) 설치 및 본건토지 전체의 토지 형질 변경을 허가하고, 본건토지를 ‘OOO산업단지’로 기재하고 있다.

5) 2019.12.30. ‘OOO’ 개발사업(1-2단계) 공사완료 공고(문화체육관광부 공고 제OOO호)에는 「기업도시개발 특별법」제13조에 따른 OOO발전소 건설을 위한 개발행위(의제) 사항으로 OOO산업단지에 관하여 공작물 설치, 토지형질변경, 토지분할이 의제 내용이 기재되어 있다.

6) 토지이용계획 열람자료에 따르면, 본건토지는 「기업도시개발 특별법」에 의한 기업도시개발구역으로 지정되고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」상 산업단지로 지정되지 않은 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2019.1.31. ‘OOO’ 시행사인 A 주식회사로부터 본건토지(8필지)를 취득하였는바,

청구법인(매수인)과 A 주식회사(매도인)이 작성한 매매계약서에 따르면, 본건토지의 지정용도는 OOO산업단지, 토지 사용시기는 2019.1.31., 매매대금은 OOO원, 제3조에서 쟁점토지를 개발계획에 정해진 용도에 따라 사용하기로 하고, 조성사업을 위한 각종 영향평가 협의내용 및 지구단위계획 등을 포함한 실시계획상의 건축관련 사항을 준수하기로 하며, 특약에서 본건토지는 공유수면을 매립한 토지이며 대부분 연약지반이므로 매수인이 별도의 지반조사 및 기초공사를 시행하여야 한다고 기재되어 있다.

(다) 한국표준산업분류에 따르면, 관련법인의 업종은 태양력 발전업에 해당하고, 태양력 발전업은 그 소분류가 전기업으로 구분되는 것으로 나타난다.

＜표4＞ 한국표준산업분류

분류

코드

코드명

대분류

전기, 가스, 증기, 공기 조절 공급업

중분류

전기, 가스, 증기, 공기 조절 공급업

소분류

351

전기업

세분류

3511

발전업

세세분류

35114

태양력 발전업

(라) 청구법인(임대인)과 관련법인(임차인)은 2020.2.21. 기존 임대차계약을 대체하기 위한 임대차계약을 체결하였는바, 해당 임대차계약서에 의하면, 관련법인은 OOO산업단지에서 시행되는 OOO발전사업을 위하여 사업기간(20년) 동안 본건토지를 임차하고, OOO발전설비 및 ESS설비 설치용량을 OOO발전설비 98.39732MV, ESS설비 PCS 78MV, Battery 306.270MWh으로 정하였으며, 연간 임차료를 4분기(3개월 마다)로 나누어 지급하기로 기재되어 있다.

(마) 청구법인의 2019년 제1기 부동산임대공급가액명세서에 의하면, 월 임대료가 OOO원으로 나타난다.

＜표5＞ 연간 임대료

(단위 : 원)

○○○

(바) 본건토지의 위성사진 및 건축물대장에 의하면, 본건토지에 설치된 OOO발전시설의 현황은 아래 ＜표6＞과 같은바,

＜표6＞ 본건토지에 설치된 OOO발전시설 현황

○○○

건축물대장에는 본건토지 중 2번, 3번, 7번 토지 지상에 경량철골구조물인 발전시설 ESS 1～20동 및 부속건축물로 전기동, 관리동, 사무동 등이 신축되었고(사용승인일 2020.3.23.), 건축물 연면적이 OOO㎡으로 나타난다.

(사) 청구법인은 OOO의 수평투영면적이 OOO㎡으로, OOO 설비 전체 면적이 OOO㎡라고 주장한다.

＜표7＞ OOO발전시설 면적

(단위 : ㎡)

○○○

(아) 관련법인의 재산세 과세자료에 따르면, 2020～2024년 기간동안 본건토지에 설치된 시설에 대하여 건축물로서 재산세(OOO원 상당)를 납부한 것으로 나타난다.

(자) 청구법인의 2022～2023년도 토지 정기과세내역서에 의하면, 본건토지 중 종합합산과세대상 면적은 OOO㎡, 별도합산과세대상 면적은 OOO㎡로 기재되어 있다.

「지방세법 시행령」제101조 제1항의 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상의 요건 중 OOO발전설비의 건축물 해당 여부를 제외한 다른 요건인 고급오락장용 토지에 해당하지 않은 점, 본건토지는 ‘준공업지역’으로서 적용배율이 4배(본건토지는 2021년 6월경 재산세 도시지역분 적용대상 지역으로 고시됨)인 점, 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지에 해당하지 않은 점에 대해서는 청구법인과 처분청이 다투지 않는다.

＜표8＞ 시가표준액 미달 여부

(단위 : 원)

○○○

(차) 조사청은 2024.9.25.～2024.12.23. 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 본건토지는 공유수면 매립토지로 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제1호에 의해 2017.8.22.～2021.8.22. 4년간 분리과세대상 토지에 해당하였고, 전라남도 해남군수는 위 ＜표1＞과 같이 본건토지 중 3필지는 종합합산 과세대상으로, 나머지 쟁점토지(3필지)는 별도합산 과세대상으로 분류하여 2022～2023년도 재산세를 부과하였다.

청구법인은 2020.9.23. 「조세특례제한법」제104조의19 주택건설업자의 과세특례규정에 따라 종합부동산세 합산배제 신고하였으나, 전라남도 해남군수가 2024.11.5. 조사청에 회신한 공문에 의하면, 청구법인은 본건토지에 대하여 「주택법」제15조에 따른 사업계획의 승인을 받지 않은 것으로 확인되므로, 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 않는다고 보아 쟁점토지에 대하여 종합부동산세를 부과하는 이 건 처분을 하고, 본건토지 중 별도합산과세대상 토지는 종합부동산세 과세표준 산정시 적용되는 공제금액(OOO원)에 미달하여 이 건 처분에 포함되지 않은 것으로 나타난다.

(카) 청구법인은 전라남도 해남군수의 재산세 부과에 대하여 불복하지 않았고, 이후 2025.5.27. 대통령령 제35544호로 개정된 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제12호가 추가 신설되어 본건토지는 2025년부터는 분리과세대상인 것으로 나타난다.

「지방세법 시행령」제102조 제8항 제12호 : 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조 제12호에 따른 인구감소지역 중 「기업도시개발 특별법」 제2조 제2호에 따른 기업도시개발구역에서 이 항 제4호 가목 또는 나목의 어느 하나에 해당하는 용도에 직접 사용되고 있는 토지로서 2025년부터 2029년까지 재산세 납세의무가 성립하는 토지

(타) 관련법인의 감사보고서(2024.12.31.)에는 관련법인이 청구법인의 자회사(51%)이고, 관련법인의 PF대출금에 대하여 청구법인이 소유한 본건토지 및 주식을 담보로 제공한 것으로 나타나며, ‘OOO’의 재원조달계획 중 자기자본 조달계획에 OOO그룹의 계열사인 청구법인(16.8%)과 C 주식회사(61%)가 투자한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,

1) 처분청은 종합부동산세가 재산세의 후행세목으로 재산세 과세대상 구분과 달리 독립적으로 판단할 수 없다는 의견이나,

종합부동산세는 과세기술의 측면에서 재산세에 그 기반을 두고 있을 뿐, 지방세인 재산세의 부가세(sur-tax)가 아니라 별개의 독립한 국세의 하나에 해당하고, 부과주체ㆍ요건ㆍ절차 등도 서로 다르므로, 만약 과세처분에 어떠한 잘못이 있다면 재산세와 별도로 당연히 경정이 가능하며, 이때 그 경정에 순서가 정해져 있는 것도 아닌 점 등에 비추어, 관련 재산세의 경정 여부와 무관하게 이 건 종합부동산세 부과처분의 적법 여부에 대한 판단은 당연히 가능하다 할 것이다(조심 2022서2016, 2022.10.20. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).

2) 다음으로, 처분청은 본건토지가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지로 지정된 사실이 없어서 ‘산업단지’ 내 토지에 해당되지 않으므로 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 분리과세대상 토지로 볼 수 없다는 의견이나,

「기업도시개발 특별법」제13조 제1항 제14호에서 국토교통부장관이 기업도시개발사업의 시행자에게 기업도시개발사업 실시계획을 승인 또는 변경승인하거나 해당 인·허가 등을 고시하는 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발사업 시행자의 지정 및 산업단지개발실시계획의 승인을 받거나 고시된 것으로 보도록 규정하고 있으며,

본건토지가 포함된 OOO 개발사업과 관련하여, 문화체육관광부장관과 국토교통부장관은 2010.1.13. 「기업도시개발 특별법」제5조 및 제11조에 따라 기업도시 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 고시(문화체육관광부고시 제OOO호, 국토교통부고시 제OOO호)하였고, 2012.12.27. 「기업도시개발 특별법」제5조, 제11조 및 제12조에 의하여 기업도시의 개발구역 지정·개발계획 변경 및 실시계획 승인을 고시(문화체육관광부고시 제OOO호, 국토교통부고시 제OOO호)하였으며, 이후 2018.12.28. 개발계획 및 실시계획 변경승인을 통하여 본건토지를 골프장에서 ‘재생에너지 산업단지’로 토지이용계획을 변경하고 OOO발전소 건설을 위한 개발행위허가 등을 고시(문화체육관광부고시 제OOO호, 익산지방국토관리청고시 제OOO호)하였고, 2019.12.30. 기업도시 개발사업(1-2단계) 공사완료(문화체육관광부 공고 제OOO호)를 통해 OOO산업단지(산업시설용지) 내 OOO발전소 건설공사를 완료한 것으로 나타나는바,

2012.12.27. 및 2018.12.28. 개발사업시행자인 A 주식회사는 「기업도시개발 특별법」제12조에 따라 문화체육관광부장관과 국토교통부장관으로부터 기업도시 개발사업의 실시계획 승인 및 변경승인을 득함으로써 청구법인이 위 사업시행자로부터 본건토지를 취득(2019.1.31.)하기 이전에 이미 해당 사업시행자는 「기업도시개발 특별법」제13조 제1항 제14호에서 규정한 산업단지개발사업 시행자 지정 및 산업단지개발 실시계획 승인을 얻은 것으로 의제되었다고 볼 수 있는 점, 관계행정기관의 장과의 사전협의절차가 외부에 공시되지 않는 한 문화체육관광부·국토교통부가 「기업도시개발 특별법」에 따른 ‘기업도시 개발구역’을 결정ㆍ고시하였다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정ㆍ고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌다고 보는 것이 타당한 점(조심 2016지550, 2016.6.30. 같은 뜻임),

또한, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제8항에 의하면, ‘산업단지’란 신·재생에너지 설비에 따른 시설 등 산업시설용지와 이와 관련된 교육·연구·업무·지원·정보처리·유통시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거·문화·환경·공원녹지·의료·관광·체육·복지시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정·개발되는 일단(一團)의 토지를 말하는바, ‘OOO’ 개발구역 지정 및 개발계획 고시에서 주거용지·산업시설용지·상업용지·관광시설용지·공공시설용지 등으로 구분되어 개발되고 있는 점 등에 비추어, 기업도시개발구역 내 산업시설용지인 본건토지는 OOO산업단지로 지정·고시된 토지(2019.12.30. 조성 완료)로서 위 규정에 따른 ‘산업단지’ 내 토지에 해당한다고 볼 수 있다 하겠다.

3) 또한, 처분청은 본건토지가 소유자인 청구법인이 전기업 용도로 ‘직접 사용’하는 토지가 아니므로 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목에 따른 분리과세대상 토지로 볼 수 없다는 의견이나,

「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 전기업에 해당하는 용도에 ‘직접 사용’되고 있는 토지라고만 규정하고 있을 뿐 토지를 직접 사용하는 자가 그 토지를 법률상 및 사실상 소유하고 있을 것까지 그 요건으로 정하고 있지 않은 점, 「지방세법 시행령」제102조는 분리과세대상 토지와 관련하여 토지의 소유가 요건이 되는 경우 이를 명시적으로 규정하는바, 이에 비추어 토지를 이용하는 자가 직접 그 토지를 법률상 및 사실상 소유하는 경우에만 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목이 적용된다고 해석하는 것은 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석한 것에 해당되는 점(대법원 2019.4.24. 선고 2019두30638 판결, 같은 뜻임), 위 규정에서 ‘직접 사용’의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 전기업에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용 방법이 토지소유자가 스스로 그와 같은 용도에 사용하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 사용하는지 여부는 가리지 아니한다고 봄이 타당하며, 청구법인과 자회사 간에 작성된 임대차계약서에도 OOO발전사업 목적으로만 사용하도록 정하고 쟁점토지에 OOO발전시설을 설치한 점,

또한, 본건토지에 대한 재산세 부과내역을 살펴보면, 2018～2021년 분리과세대상(공유수면 매립토지로서 4년간)으로, 2022～2024년 종합합산과세대상으로, 2025년에는 분리과세대상으로 과세된 것으로 나타나는바, 2025년 분리과세대상으로 과세한 근거는 2025.5.27. 대통령령 제35544호로 개정되면서 신설된 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제12호로 확인되는데, 이는 이 건 과세근거인 「지방세법 시행령」제102조 제8항 제4호 나목 규정과 동일한 구조로 법조문이 구성되고, 2025년 과세기준일(6.1.)에도 본건토지의 이용관계가 동일함에도 ‘직접 사용’의 의미를 다르게 해석하는 것은 불합리할 뿐만 아니라 지역경제의 발전이라는 공익적인 목적으로 사용되는 토지를 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하려는 입법취지 및 과세형평에도 맞지 아니한 점 등에 비추어 위 법조문상 ‘직접 사용’의 주체를 토지소유자로 한정하여 볼 것은 아니라고 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되었으므로 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.