이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2019.9.27.부터 2022.6.30.까지 경기도 OOO에서 프랜차이즈 가맹점 본사 A를, 2021.5.24.부터 2022.8.31.까지 인천광역시 OOO에서 OOO를, 2021년부터 2023년까지는 청구인이 대표이사인 주식회사 A의 가맹점 OOO, OOO, OOO 등을 동업자들과 함께 운영하였으나, 공동사업자 형식이 아닌 각 동업자들의 개인사업자 형식으로 사업자등록을 하고 사업을 영위하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9.5부터 2024.12.19.까지 청구인에 대한 세무조사 결과, 청구인(A)이 자료상업체인 OOO(개인사업자, B)으로부터 거짓 세금계산서(총 3건으로 공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2021년 귀속 종합소득세 신고 시 가공경비를 계상하였고, OOO의 영업권을 2021.5.24. 공동사업자인 C에게 OOO원(영업권의 60% 지분 양도)에, 2022.8.16. D에게 OOO원(영업권의 40% 지분 양도)에 양도한 후 이를 기타소득으로 신고하지 않았으며, OOO 등의 위 가맹점들이 공동사업을 영위한 것으로 보아, 각 사업장별 동업자의 지분비율에 따라 소득금액을 재분배 및 재계산하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청(군산세무서장)은 이에 따라 2025.3.13. 청구인에게 종합소득세 2021년 귀속분 OOO원 및 2022년 귀속분 OOO원을, 처분청(부천세무서장)은 2025.3.7. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.14. 및 2025.5.26. 이의신청을 거쳐 2025.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 프랜차이즈 가맹 및 운영업을 하는 사업자(본사)로 가맹점관리, 가맹점 인테리어 대행 등의 구조로 사업을 운영하였고, 가맹점주의 경우, 프랜차이즈 본사로부터 인테리어 노하우 등을 제공받아 직접 공사를 진행할 수 있거나, 본사에 가맹점 인테리어 전부를 위탁하여 진행할 수 있었다.

(가) 청구인은 가맹점과 인테리어 공사계약을 진행함과 동시에 해당 인테리어 용역을 영원에게 재위탁하였고, OOO은 청구인으로부터 가맹점 인테리어 공사 노하우·디자인 등을 제공받아 인테리어 용역을 수행하였으며, 청구인은 가맹점에 인테리어 공사에 대한 세금계산서를 발행하였고, OOO으로부터 인테리어 공사 대행 용역에 대한 매입세금계산서인 쟁점세금계산서를 수취하였다.

(나) 조사당시 처분청은 OOO의 가공세금계산서 발행 행위, 세금포탈 행위 등 가공업체로 판단한 정보를 바탕으로 청구인이 수령한 매입세금계산서 전체를 가공으로 판단하였으나, 청구인은 OOO으로부터 실제 인테리어 용역을 제공받았고, OOO이 세금포탈을 위한 폭탄업체인지도 몰랐으며, 계약당시 해당 사실을 확인할 어떠한 방법도 있지 않으며, OOO이 조세포탈업체라는 이유 하나로 모든 거래사실을 부인하는 것은 부당하다.

(다) 처분청은 청구인에게 OOO이 포탈업체로 선정되었다는 사실 외 해당 거래가 부인된 가공거래라는 어떠한 증거도 제시하지 못하였으므로, 이 건 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 청구인의 종합소득세 필요경비를 부인한 처분은 부당하다.

(2) 청구인은 프랜차이즈 가맹점 브랜드 중 하나인 OOO를 직접 운영하기 위하여 2021.5.24. 개업하였고, 개업 이전인 2021.5.14. C(양수자)에게 지분 60%를 OOO원에 양도하였으며, 이후 2022.8.16. D(양수자)에게 나머지 지분 40%를 OOO원에 양도하였다.

(가) 특수관계 없는 제3자 간 지분양수도 거래에 있어서 양수도가액은 유형자산가액에 무형자산(권리금)가액을 더한 금액일 것이고, 양수자는 양도자의 보유자산에 대한 대가를 지불해야 하며, 신규 개업시에 나타나는 불확실성과 위험의 감소 등 무형자산에 대해서도 일정 금액을 지급하며 이를 통상 무형의 권리금 즉, 영업권으로 표현된다.

(나) 이러한 보유자산(사업용시설장비)은 양수인이 양도인으로부터 중고자산을 일괄 취득하는 것인바, 즉, 영업권 상당액을 계산함에 있어서는 총 지급대가(사업양수도가액)에서 보유자산(사업용시설장비)가액을 차감한 나머지 부분이 무형자산(영업권)에 해당한다 할 것이다.

(다) 위와 같은 사실에도 불구하고 처분청은 사업양수도가액 중 임차보증금 OOO원을 제외한 2021.5.14. 양도 건에 대해서는 OOO원을, 2022.8.16. 양도건에 대해서는 OOO원을 모두 영업권으로 보아 과세하였고, 청구인이 최초 지분양도시점인 2021.5.14.과 개업일의 시점이 매우 가까운 바, 초기 인테리어비용 모두 보유자산가액으로 보아야 하며, 총 지급대가 OOO원 중 보유자산가액을 차감한 나머지 가액만 영업권으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(3) 각 사업장에서 청구인 등이 실제 공동사업을 영위한 것은 인정하나, 처분청이 각 사업장의 지분비율로 당초 신고한 소득금액에서 당초 사업장에서 납부한 종합소득세 기납부세액은 지분 비율로 배분하지 않고, 청구인의 세액을 계산하였는바 이는 부당하다.

(가) 청구인은 2021년부터 2023년까지 청구인이 대표이사로 재임한 주식회사 A의 가맹브랜드 OOO, OOO, OOO 등을 실제 동업자와 함께 운영하였으나, 공동사업자 형식이 아닌 각 동업자들 명의의 개인사업자의 형식으로 운영하였다.

(나) 조사청의 조사결과에 따라 해당 사업장은 공동사업자 형식으로 운영된 것이 맞으며, 조사청은 청구인을 포함한 각 사업장별 동업자의 지분비율에 따라 소득금액을 재분배 및 재계산하면서, 해당 사업장의 소득금액은 지분비율로 나눠 배분하였으나, 당초 사업장에서 납부한 종합소득세의 기납부세액은 지분비율로 배분하지 않고 세액을 재계산하였다.

따라서,「소득세법」제87조(공동사업장에 대한 특례) 제1항 및 국심 2005중2561 판례에 따라 해당 세액을 재계산하여 고지 금액을 경정하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인(A)이 영원으로부터 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로, 청구인은 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 주의의무를 다하였다고 볼 수 없으므로 이를 부인한 것이다.

(가) OOO의 조사과정에서 확인된 내용에 대하여, OOO의 대표자 B은 실제 공사한 자료를 제출하겠다고 하였으나, 조사 종결시점까지 해명자료의 제출은 없었고, 실행위자 E(OOO 현장책임자)은 심문조서에서 여러 곳의 공사를 진행하였으나, 사업자등록을 하지 않아 OOO 명의의 세금계산서를 발급하였다고 진술한 바 있다.

(나) A의 거래처 OOO의 자료상 조사내용은 다음과 같다.

1) OOO은 2021.9.6. 개업한 이후 2021.12.31.까지 청구인을 포함한 62개 거래처에 131건 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였으나, 직원은 없었고, 매입자료는 컴퓨터 수리비용 1건 외에는 없어 실제 공사를 하였다고 보기 어렵다.

2) 대림금속 등 10개 거래처는 가공거래임을 인정하였고, ㈜B 등 27개 거래처는 실거래라고 주장하면서 견적서 외에는 실제 거래를 증명할 수 있는 자료를 제출하지 않았으며, ㈜C 등 25개 거래처는 거래사실 확인서 조차 제출하지 않았다.

3) B(OOO의 대표자)은 OOO 계좌(예금주 B, OOO)를 이용하여 매출 거래처로부터 대금을 수취하였으나, 거래처별로 매출대금의 부가가치세만을 입금하거나, 공급대가를 입금한 후 즉시 출금, 또는 대금을 입금한 사실이 없음을 확인하였다.

4) 관련인 E(OOO 현장책임자)은 본인이 사업자등록을 하지 않아 OOO 명의의 세금계산서를 발행하여 요청하면, B이 발행해주었다고 진술하는 등 OOO은 실제 용역을 제공한 사실이 없이 세금계산서를 허위로 발행한 것으로 확인된다.

(다) 청구인은 인테리어 공사 관련하여 OOO으로부터 2021.12.1.부터 2021.12.31.까지 3회에 걸쳐 세금계산서를 수취하였으나, 공사계약서는 작성하지 않았고, 견적서와 거래명세서만으로는 어느 지점의 가맹점 인테리어 공사를 하였는지 특정할 수 없다.

(라) 일반적으로 공사 전에 견적서를 수취하고 공사 완료 후 정산하여 거래명세표를 수령하여야 함에도 견적서와 거래명세표가 동일한 날짜인 2021.12.1. 작성되었으며, 청구인이 제출한 견적서의 OOO 마크(도장)는 조사과정에서 타 거래처가 제출한 견적서의 마크와 상이한 점으로 보아 신빙성이 떨어진다.

(마) 청구인은 계약 당시에 OOO이 자료상 업체라는 사실을 몰랐으며, 해당 사실을 확인 할 방법도 있지 않았다고 주장을 하나, 계약서 작성 없이 어느 매장과 관련된 공사인지 구분할 수 없는 등 정상적인 인테리어 공사에 따른 주의의무를 다했다고 보기 어렵다.

(바) 청구인은 실제 거래처가 아닌 자로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였고, 실제 공사한 업체와 관련하여 자료를 제출한다면 검토 후 경비로 반영할 수 있겠으나, 실제 공사한 업체 등에 대한 자료 제출을 하지 않았다.

(2) OOO의 시설투자비용과 관련하여 적격증빙 등을 확인할 수 없고, 계약서에도 구분하지 않아 영업권의 양도대금 전부를 기타소득으로 과세한 이 건 처분은 적법하다.

(가) 청구인은 OOO의 개업일(2021.5.24.) 이전인 2021.5.14. C에게 지분 60%를 양도하였으며, 이후 2022.8.31. D에게 지분 40%를 양도하였다.

(나) 청구인은 영업권리금에 시설투자비용까지 포함한 금액이라고 주장을 하고 있으나, 시설투자비용에 대한 적격증빙이나 재무재표로 확인되지 않고 계약서상 시설투자권리금과 영업권리금을 구분하지 않는 이상 이 항목을 구분하기가 어렵다.

(다) 청구인은 최초 지분양도시점인 2021.5.14.과 개업일의 시점이 매우 가까운 점을 토대로, 초기 인테리어비용 모두 보유 자산가액으로 보아야 한다고 주장을 하나, 인테리어 비용 및 시설장치 매입내역이 적격증빙이나 부가가치세 신고내역으로 확인이 되지 않아, 양도지분을 반영하여 수령한 영업 권리금에 필요경비 60%를 반영하여 OOO원을 청구인의 기타소득으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(3) 조사청은 조사과정에서 확보된 계약서 등을 토대로 당초 소득세 신고내용(각 동업자들 명의로 다수의 개인사업자 운영)과 달리 청구인이 지분별 공동사업을 영위한 것으로 확인하였고, 조사시 적출된 소득금액을 포함하여 계약서에 명시된 동업자간 지분비율에 따라 이를 근거로 전체 소득금액을 재분배하여 경정·고지하였다.

(가) 조사청은 소득금액 재정산 과정에서 공동사업자간 실질 정산내역이 있는 경우 기납부세액 조정 등 실질 내용을 반영하고자 관련 자료를 수차례 요청하였으나, 청구인은 정산내역이 있다고만 주장하고 이를 제출 시 추가적인 문제발생(현금 매출누락, 과다 비용 계상 등)을 우려하여 ‘월별 매출/비용 정산서 및 공동사업간 분배내역’을 제출하지 않았다.

(나) 이러한 이유로 조사청은 당초 타 사업장에서 적용된 타인 명의 기납부세액을 공동사업으로 재정산할 경우 단순히 자금원천이 공동사업에서 나왔다는 사실만으로 타인 명의 납부액을 청구인의 공제세액으로 인정할 수 없다는 의견을 수차례 청구인 측에 전달하였음에도 정산내역을 제출하지 않았고 향후 공동사업자 간 상의하여 자체 정산하겠다고만 하고 조사가 종결되었다.

(다) 이후 청구인은 공동사업자 간의 비용 정산부분이 원활하지 않자 이 건 심판청구를 통해 공동사업하여 소득을 분배받았으니 지분비율대로 기납부세액을 공제하여 달라며 조사과정에서의 사실관계·행태와 반하는 주장을 하고 있고, 공동사업자간 실질적인 정산내용에 따르지 않거나 합의 없이 청구인이 주장하는 지분비율대로만 기납부세액을 적용할 경우 청구인에게는 단순 세부담 측면에서 유리한 면이 있으나 타 공동사업자 소득세 추징 등 추가적 세무상 문제가 발생할 소지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② 영업권 양도대금 전액을 기타소득으로 보아 과세한 처분의 당부

③ 공동사업자의 지분비율에 따라 소득금액을 재분배 및 재계산하면서도 당초 사업장에서 납부한 종합소득세 기납부세액은 지분비율로 실제 배분하지 않았으므로 해당 세액을 재계산하여 경정해 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제51조[국세환급금의 충당과 환급] ⑪ 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(이하 이 항에서 "실질귀속자"라 한다)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다.

(2) 부가가치세법

제11조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 소득세법

제21조[기타소득] ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

제27조[사업소득의 필요경비의 계산] ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

제87조 [공동사업장에 대한 특례] ① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

② 제81조, 제81조의3, 제81조의4, 제81조의6 및 제81조의8부터 제81조의11까지의 규정과 「국세기본법」 제47조의5에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조 제1항 및 제168조를 적용한다.

④ 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조 제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자(출자공동사업자 해당 여부에 관한 사항을 포함한다), 약정한 손익분배비율, 대표공동사업자, 지분ㆍ출자명세, 그 밖에 필요한 사항을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(4) 소득세법 시행령

제41조[기타소득의 범위 등] ③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다.

④ 법 제21조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 점포 임차권"이란 거주자가 사업소득(기획재정부령으로 정하는 사업소득을 제외한다)이 발생하는 점포를 임차하여 점포 임차인으로서의 지위를 양도함으로써 얻는 경제적 이익(점포임차권과 함께 양도하는 다른 영업권을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인(A, 개인사업자)이 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 청구인의 사업자등록 내역은 아래 ＜표2＞와 같으며, 2020.11.3.부터 2021.6.11.까지 F이 운영한 OOO를 2021.5.14. 청구인(지분 40%), C(지분 60%)가 인수하여 개업을 하였다.

＜표1＞ 쟁점세금계산서의 내역

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＜표2＞ 청구인의 사업자등록 내역

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(2) 양도인은 청구인, 양수인은 C로 하는 사업체 양도양수 계약서에 양수인은 OOO에 대한 영업권리를 양수하는 대가로 청구인에게 OOO원을 지불하기로 하는 등의 내용이 나타나나, 시설투자비 등을 별도 구분하거나 가액을 산정한 내용은 나타나지 않는다.

(3) 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 2021년 제1기 및 제2기 OOO 부가가치세신고서상 임대료, 주류, 식자재 매입만 확인되고, 시설장치 및 고정자산 매입은 확인되지 않아, 영업권 중에서 유형자산금액을 인정하기 어렵고, 청구인이 제출한 OOO의 견적서상의 마크와, 타 거래처에서 제출한 견적서의 마크가 상의하다는 청구인이 OOO과 실제 거래를 하였다고 보기 어렵다는 의견이다.

＜표3＞ OOO의 부가가치세 신고내역

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＜청구인(A)이 제출한 견적서＞

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＜타 거래처에서 제출한 견적서＞

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(4) 이의신청시 청구인은 가맹점이 본사에 위탁한 인테리어 공사를 영원에 재위탁하였다고 주장하면서, 가맹점 OOO 대표 G, OOO 대표 H의 거래사실 확인서를 제출하였으나, 인테리어 공사와 관련하여 2020.10.5. OOO은 전자세금계산서(OOO원, 공급대가)를 디자인 OOO에서 수취, 2020.7.27. OOO도 전자세금계산서(OOO원, 공급대가)를 디자인 OOO(건설업/경미한공사)에서 수취한 내역이 확인된다.

(5) OOO에 대한 세무조사의 일부 내용을 보면, OOO(건설업/실내건축)은 2021.9.6. 개업한 이후 2021.12.31.까지 4개월간 주식회사 B 등 62개 거래처에 131건, OOO원(공급가액)의 매출세금계산서를 발급하였으나, 매입은 1건 컴퓨터 수리비 OOO원 외에는 없으며, 대표 B 외 소속 임직원이 없으나 매출처는 서울, 경기도, 전라도 등 전국적으로 분포하여 1인이 동시에 전국에 걸친 공사를 하였다고 볼 수 없고, B은 대학졸업 후 계속하여 인테리어 업종에 종사하던 자로 그동안 알게 된 인맥을 바탕으로 본인이 세금계산서 발행 행위를 주도적으로 한 것으로 판단되고, 세무조사시 의도적으로 연락을 회피하다가 2022.4.21. 갑자기 세무서에 방문하여 실제로 공사한 증거를 가지고 오겠다고 약속한 후 조사종결시까지 연락이 되지 않고, 어떠한 해명자료도 제출하지 않는 등 조사결과, OOO은 사업을 영위할만한 인적·물적 시설이 없고, 거래처에 대한 사실 확인 및 금융거래 확인 결과 실제 용역을 제공한 사실이 없이 세금계산서를 허위로 발행한 것으로 확인된다는 내용이 나타난다.

(6) 청구인은 2021년 및 2022년에 ＜표4＞·＜표5＞와 같이 OOO 등을 공동으로 사업을 영위하였으나, 그 중 1명이 사업자등록을 하여 종합소득세를 신고하였고, 처분청은 이 건 과세시 소득금액을 각 공동사업자에게 분배하면서, 기납부세액은 공동사업자 지분율만큼 공제하지 않았다는 주장을 하면서 ＜표6＞·＜표7＞과 같이 각 표의 사업장별 기본정보·신고내역·재계산 내역을 제출하였으며, OOO을 예를 들면, 사업자등록은 A가 하고, 사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 A가 종합소득세를 신고납부(결정세액 OOO원)하였으나, 조사청에서 위 사업장의 소득금액 중 청구인 지분율을 청구인의 소득금액에 합산하면서 A가 당초 납부한 종합소득세(OOO원)를 청구인의 기납부세액으로 차감하지 않았다는 주장이다.

＜표4＞ 2021년 귀속 사업자별 소득금액 분배내역

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＜표5＞ 2022년 귀속 사업자별 소득금액 분배내역

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＜표6＞ 2021년 귀속 OOO 관련 자료

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＜표7＞ 2022년 귀속 OOO 관련 자료

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또한, 청구인은 개인 계좌로 종합소득세를 납부하고, A에게 소득세를 이체하였다고 주장하면서 제출한 자료 및 OOO의 2023년 4월의 정산내역서는 아래와 같다.

＜청구인이 개인계좌로 납부한 종합소득세 내역 등＞

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＜OOO의 2023년 4월의 정산내역서 중 일부＞

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(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건데, 청구인은 OOO과 실제 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하나, OOO은 2021.9.6. 개업한 이후 4개월간 62개 거래처에 OOO원의 세금계산서를 발급하였으나 매입은 OOO원에 불과하고, OOO의 매출처 중 10개 거래처는 가공거래임을 인정하였고, 나머지 거래처도 실제 거래를 증명할 수 있는 자료를 제출하지 않았으며, 실행위자 E은 심문조서에서 사업자등록을 하지 않아 OOO 명의의 세금계산서를 발급하였다고 진술한 점, OOO의 대표 B은 실제 인테리어 공사를 한 자료를 제출하겠다고 하였으나 세무조사 종결시점까지 자료 제출은 없었고, 청구인도 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하였을 뿐 공사계약서 등도 제출하지 않았으며, 청구인이 제출한 견적서상 OOO의 마크와 타 거래처에서 제출한 견적서상 마크가 상이하여 제출된 자료를 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건데, 청구인은 영업권의 양도대금 전액이 기타소득이 아닌 영업권의 양도대금에 시설투자비용이 포함되어 있다고 주장하나, 청구인은 시설투자비용에 대한 적격증빙을 제출하거나 이 비용이 재무제표로 나타나지 않고, 청구인이 작성한 계약서상 시설투자비용에 대한 금액 구분도 되지 않아 이를 인정하기는 어려우므로, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건데, 처분청은 세무조사 시 청구인이 공동사업에 대한 분배금 및 부담한 소득세 등에 대한 자료 제출이 없었다는 의견이나, 청구인은 이 건 심판청구 시 2021년 귀속분의 OOO 외 4개 사업장 및 2022년 귀속분의 OOO 외 9개 사업장의 소득분배내역 및 각 지점의 신고·재계산 내역을 제출하였고, 추가로 OOO에 대하여 청구인이 A에게 이체한 내역, OOO에 대한 정산내역서, 청구인이 개인계좌에서 지급된 종합소득세 자료 등을 제출하였는바, 청구인이 A 등과 공동사업에 따라 공동사업자 1인 명의로 납부한 기납부세액 중 청구인의 지분상당 소득에 대한 소득세를 실제 부담하였는지, 실제 부담한 주체가 청구인인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.