이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.12.1. 경기도 성남시 OOO 토지 6,615.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상 건축물(이하 “종전건축물”이라 한다)을 취득(매매)한 후, 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 제2호 가목 및 ‘경기도 도세 감면 조례’(2021.10.6. 조례 제7176호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조 제1호 규정에 따라 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득하는 토지로 취득세의 100분의 75를 경감받고 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2025.1.31. 쟁점토지의 취득일부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 산업용 건축물(이하 “신규건축물”이라 한다)의 사용승인을 받지 못하자, 기 감면받은 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 청구법인은 2025.2.11. 유예기간 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.2.17. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.26. 이의신청을 거쳐, 2025.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 유예기간 내에 쟁점토지 지상에 산업용 건축물을 신축하기 위해 일련의 건축 과정을 꾸준히 진행하였으나, 쟁점토지에서 암반이 발견되어 당초 예정보다 약 5개월 정도의 공사지연이 발생하였으며,

산업용 건축물의 높이를 당초 8층에서 10층으로 변경함에 따라 설계과정과 심의기간이 추가 소요되어 약 3개월의 공사지연이 있었고, 코로나 상황과 우크라이나-러시아 전쟁으로 인한 건설업계 불황으로 건설인원 및 원자재 수급이 여의치 않아 약 2개월의 추가 공사지연이 있었으며, 동절기와 장마기간 섭식공사 등 기후 환경의 영향을 받는 작업들로 인해 약 1개월의 공사지연이 있었다.

이와 같이 내·외부적인 사정으로 총 11개월 간의 공사지연이 발생하였고, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이래 산업용 건축물을 신축하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 취득 당시 예측할 수 없었던 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 쟁점토지를 유예기간 내 해당용도로 사용할 수 없었다.

(2) 처분청의 의견에 대한 청구법인의 항변내용은 아래와 같다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득 전 암반에 대한 사전 조사를 하지 않았다며 암반출현은 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다는 의견을 제시하였으나, 이는 공사의 기술적인 내용을 전혀 인지하지 못한 주장이다.

청구법인의 입장에서 쟁점토지의 잔금을 납부하고 소유권을 이전받아야지만 건축 인ㆍ허가를 신청하고 지반조사를 할 수 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에는 암반출현을 예상할 수 없었다.

결국, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 감면신청을 한 후 그때부터 건축행위를 시작하고 지반조사를 진행하는 것으로, 암반의 등장은 ‘취득세 감면신청’ 이후가 될 수밖에 없는 구조이고, 청구법인과 같은 ‘소유권자들’의 입장에서는 그때부터 암반처리에 대한 계획을 세우고 이를 관할청에 신고하는 절차를 거치게 된다.

(나) 쟁점토지는 ‘경암반’ 지형으로 암반을 제거하기 위해서는 ‘발파공법’을 사용해야 하고, ‘연암반’에 비해 수십배의 폭약이 사용된다.

＜건축구조 기준 암반의 경도 관련 단위＞

따라서 당초 계획한 기간 이내에 공사를 완료하려면 ‘일반 발파공법’을 적용해야 하는데, 처분청은 주변 입주민들의 민원이 우려된다는 이유로 ‘발파유닛공법’을 적용하도록 지시하였고, 무진동 공법 적용구간도 5m에서 10m로 확대하는 등, 암반 파쇄 공기가 3∼4배 이상 소요되는 공법을 적용하도록 지시하였다.

＜성남시청의 발파공법 변경 지시＞

처분청이 지시한 ‘발파유닛공법’은 무작정 ‘폭약’을 넣는 방식이 아니라, 규격화된 유닛에 들어있는 폭약으로 발파를 진행하는 공법을 말하며, 순간 발파 충격은 효과적이어서 발파주변 암반의 ‘분쇄율’은 올라가나, 진동을 줄이고 발파 범위가 줄어들어 발파 기간이 늘어나는 공법이다.

(다) 이와 같이 청구법인은 보통의 공사기간을 예상하고 감면을 신청하였는데, 소유권을 취득한 후 건축과정에서 ‘경암반’이 발견되었고, 유예기간 이내에 준공하기 위해 ‘일반 발파공법’으로 암반을 분쇄하려 하였으나 처분청에서 주변 민원을 고려하여 무진동 구간을 늘리고 ‘발파유닛공법’으로 공법을 변경하라고 지시한바, 이러한 과정에서 발생한 공기 지연은 청구인의 의지 또는 노력으로 조절할 수 없는 유예기간 내에 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(OOO)으로서,

건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(OOO) 할 것인바,

청구법인의 경우, 쟁점토지의 취득일(2021.12.1.)부터 3년이 경과할 때까지 신규건축물 사용승인을 받지 못한 것으로 확인되므로 감면 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(2) 또한, “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것(OOO)이나, 토지 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것(OOO)인바,

청구법인은 건축공사 진행 중 예상치 못한 암반 발견, 장마, 코로나 등으로 인한 원자재 수급 부족 등으로 공사가 지연되었다고 주장하고 있으나, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 지반 조사 및 현장 확인 등을 통해 조금만 주의를 기울였다면 쟁점토지가 암반지에 해당하는지 여부에 대하여 확인할 수 있었을 것으로 보이고, 장마나 동절기 등 계절적 공사 장애요인은 청구법인이 정상적인 주의의무를 다하였다면 충분히 예측할 수 있었을 것(조심 2014지894, 2014.8.21. 참조)으로 보이며, 코로나 및 원자재 수급 부족의 사정은 청구법인 뿐만 아니라 당시에 이루어진 다른 건축공사 등에 있어서 일반적인 상황인 점(조심 2021지2404, 2022.6.20. 참조)에 비추어 보면, 이로 인한 공사 지연은 정당한 사유로 보기 어렵다.

또한, 청구법인이 쟁점토지를 감면 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지ㆍ제한이나 행정관청의 귀책사유 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이므로, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 취득 후 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청은 쟁점토지에 대한 ‘비과세감면 사후관리 조사’를 위해 2022.6.17., 2023.5.17., 2024.6.27., 2024.10.31., 쟁점토지에 현지출장을 하였으며, 처분청이 작성한 출장결과보고서에는 2025년 6월 준공예정이라고 기재되어 있다.

＜처분청 작성 출장결과 보고서 발췌＞

ㅇㅇㅇ

(나) 청구법인은 아래와 같이 쟁점토지 지상에 신규건축물 건축공사를 진행하였다.

- 2021. 12. 1. 쟁점토지 취득(매매), 취득세 신고 및 감면(쟁점토지 6,615.6㎡) 신청

- 2021. 12. 1. 건축계획설계 진행

- 2022. 3. 2. 설계사 선정 및 (증축) 설계 진행

- 2022. 5. 9. 처분청 건축과 건축허가 신청 접수

- 2022. 6. 23. 건축허가(지하3층∼지상10층)

- 2022. 7. 29. 굴토 심의신청 및 굴토심의 결과 통보

- 2022. 8. 실시설계 및 시공사 선정 절차 진행

- 2022. 9. 26. 건축물 해체공사(2022. 7. 30.∼9. 18.) 완료 신고

- 2022. 10. 19. 굴착행위 신고 수리(지반조사)

- 2022. 12. 13. 신규건축물 신축공사 도급계약

- 2022. 12. 27. 실시설계 및 시공사 선정완료

- 2023. 1. 26. 착공신고필증 교부(착공예정일자 2023.1.6.)

- 2023. 2.∼12. 굴착공사

- 2025. 2. 11. 신규건축물 준공률 약 75%로 확인(사단법인 A)

- 2025. 2. 21. 신규건축물 준공률 약 80.12%로 확인(사단법인 A)

- 2025. 8. 19. 신규건축물 사용승인

(다) 청구법인이 쟁점토지 지상 신규건축물 공사를 위해 2022.7.29. 신청한 굴토 심의신청(지반조사보고서)에 의하면 쟁점토지는 풍화암으로 덮여져 있고, 다량의 연암과 보통암으로 구성되어 있는 것으로 확인된다.

＜쟁점토지 지반조사 보고서 발췌＞

ㅇㅇㅇ

(라) 청구법인의 2022.8.8. ‘2022년 제7차 건축 소위원회 심의 조치결과서’에 따르면, 쟁점토지 암굴착공법(발파공법)은 민원을 고려한 공법으로 재검토 하도록 되어 있고, 이에 따라 무진동공법 적용구간을 확대하고, 소음진동이 적은 발파유닛공법을 적용하도록 조치된 것으로 기재되어 있다.

＜2022년 제7차 건축 소위원회 심의 조치 결과서 발췌＞

심의

번호

심의위원 검토의견

조치결과

비 고

내 용

반영

여부

3

암굴착공법(발파공법)은 민원을 고려한 공법으로 재검토 할 것

발파에 따른 민원유발을 고려하여 무진동공법 적용구간을 기존 5m에서 10m로 확대 하였으며, 소음진동이 적은 발파유닛공법을 적용하였습니다. 착공 후 실발파공법 적용시 시험 발파를 통한 소음, 진동결과 확인 후 세부 발파공법을 적용할 것을 도면에 명기하였습니다.

○

암 굴착공법 검토서

(마) 신규건축물의 도급계약서에 의하면 착공예정일은 2022.12.19.이고 준공예정일은 2025.6.30.로 기재되어 있다.

(바) ㈜B이 2024.12.에 작성하고 청구법인이 제출한 ‘지반조건 암으로 인한 추가공기 의견서’에 의하면 현 지반조건(암)에 의한 공기와 일반토사 조건의 공기를 비교할 때 공사기간이 5개월 더 소요된다는 의견을 제출하였다.

＜지반조건 암으로 인한 추가공기 의견서 발췌＞

ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후, 쟁점토지 지상에 신규건축물을 신축하기 위해 일련의 건축과정을 꾸준히 진행하였으나, 쟁점토지에서 암반이 발견되는 등 내ㆍ외부적인 사정으로 공사가 지연되었으므로 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나,

쟁점토지의 취득 이후 실시한 지반조사보고서에 의하면 쟁점토지는 풍화암으로 덮여져 있고, 다량의 연암과 보통암으로 구성되어 있는 것으로 확인되는 반면, 쟁점토지가 경암반 지형이라는 청구법인의 주장을 입증할 수 있는 자료는 제출되지 않은 점,

청구법인이 제출한 ‘지반조건 암으로 인한 추가공기 의견서’에 의하면, ㈜B은 “현 사업부지의 지반조건(암)으로 인하여 공사기간이 5개월이 추가 소요된 것은 적절”하다는 의견이 제시되었고, 청구법인 역시 청구이유서에 암반의 출현으로 당초 예정보다 약 5개월가량의 공사지연이 발생하였다고 주장하고 있는바, 설령 암반의 출현을 정당한 사유로 인정하여 이 기간을 제외하더라도 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 3년 이내에 사용승인을 받지 못한 것으로 보이는 점,

그 밖에 청구법인이 제시한 코로나19의 유행 및 장마ㆍ동절기 등의 사정은 청구법인 뿐만 아니라 당시에 이루어진 다른 건축공사 등에 있어서 일반적인 상황으로, 이를 들어 ‘그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용할 것’을 요건으로 하여 취득세 감면을 받은 청구법인에게 그 감면을 인정할 정도로 정당한 사유가 있었다고 인정하기는 어렵다고 보이는 점(조심 2021지2404, 2022.6.20., 같은 뜻임),

청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 설계변경을 함에 따라 심의기간이 추가 소요된 것이 행정관청의 귀책사유 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당하는지 입증되지 않는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2022년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지에 대해서는 100분의 60)를 각각 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 지방세를 추징한다.

2. 제1항에 따른 사업시행자가 2022년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 직접 사용하기 위하여 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2022년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 지방세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 제1항에 따른 사업시행자가 2022년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.