이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.9.9. 경기도 김포시 OOO(대도시 외 지역, 이하 “쟁점본점”이라 한다)를 본점 소재지로 하고, 서울특별시 OOO 일원에 오피스텔 및 상가 등을 신축하여 분양하는 사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)을 목적사업으로 하여 설립된 특수목적법인이다.

나. 청구법인은 2020.12.24. 서울특별시 OOO토지 2,485㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 일반세율(1천분의 40) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2025.6.18.∼2025.7.2. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점본점을 대도시(서울특별시)에 소재하는 주식회사 A(특수관계법인, 이하 “A”이라 한다)의 서울사무소로 전입하고 쟁점토지를 취득하여, 쟁점토지의 취득을「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 과밀억제권역안 취득의 중과대상(1천분의 80)으로 보아, 2025.12.10. 청구법인에게 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점개발사업을 위하여 설립된 특수목적법인(SPC)이다.

SPC는 특정한 단일 목적의 사업을 수행하기 위하여 설립된 법인으로 해당 목적사업이 종료되면 청산·해산을 전제로 하며, 자체적으로 인력·조직·사업수행 능력을 모두 보유하는 일반 법인과 달리 목적사업 수행에 필요한 업무를 PM, 신탁 등 전문성을 갖춘 주체들에게 위탁하는 구조를 취한다.

특히, 부동산개발사업과 같이 다수의 이해관계자가 참여하고 사업규모가 큰 경우 참여 주체의 책임 범위를 명확히 하고 사업과 관련된 법적·재무적 리스크를 특정 사업 단위로 한정·분산하기 위하여 특수목적법인을 설립하는 것이 일반적인 사업관행이다.

청구법인은 서울특별시 OOO일원에 오피스텔 등을 신축하여 분양하는 사업을 목적으로 A 주식회사(80%, 이하 “A”이라 한다)과 B증권 주식회사(20%, 이하 “B증권”이라 한다)가 합작설립한 특수목적법인이다.

(2) 청구법인은 취득세 중과를 회피하기 위한 목적에 따라 설립된 법인이 아니다.

A은 1988년도 설립되어 2006년 경기도 하남시(과밀억제권역)에 본점을 이전한 이후 계속하여 과밀억제권역 내 소재한 법인으로 A이 쟁점개발사업을 직접 시행하였어도「지방세법」제13조에 따르는 과밀억제권역 안 취득 등에서 규정하는 취득세 중과대상에 해당하지 않는다.

그럼에도 불구하고, A은 당시 코로나 확산 및 부동산 경기 침체로 인한 사업 리스크가 커지면서 이러한 리스크가 그룹 전체로 영향을 미칠 수 있음을 우려하여 리스크 분산을 목적으로 경영상의 판단에 따라 B증권과 합작하여 청구법인(SPC)을 설립하였을 뿐, A이 SPC를 설립하여 취득세 중과를 회피할 어떠한 조세상 이익도 존재하지 않는다.

(3) 처분청의 처분은 지방세법상 과세요건명확주의에 위배된 처분이다.

다수의 조세심판원 선결정례(조심 2016지527, 조심 2024지642 등)에서 중과세 과세요건사실에 대한 입증책임은 처분청에 있고, 객관적인 증빙을 제시하지 않는다면 대도시 내로 본점을 이전한 것으로 볼 수 없다고 판단하고 있다.

즉, 처분청은 ①청구법인의 대도시내 본점 설치시기 및 ② A 서울사무소 내 청구법인의 인적·물적 시설을 구체적으로 특정하고 ③ 해당 장소에서 청구법인의 어떠한 중추적인 의사결정이 이루어졌는지에 대하여 객관적인 자료를 통하여 입증하여야 한다.

그러나, 처분청은 위 각 사실에 대하여 아무런 객관적인 증빙을 제시하지 못한 채, A이 청구법인으로부터 적법하게 PM 계약을 체결하여 위탁받은 계약 범위 안에서 수행한 용역만을 근거로 하여 청구법인의 실체를 부인하고 이 건 취득세 등을 부과하였다.

따라서, 처분청은 청구법인이 언제 A 서울사무소에 전입하였는지에 대한 구체적인 자료를 제시하지 아니하고, 2025년 6월에 실시한 세무조사 당시 현황만을 근거로 하여 사후적 자료를 바탕으로 과거 시점(2020년 9월)의 사실을 추정하여 처분하였는바, 이는 명확한 증거 없이 추정만으로 과세요건을 구성하는 결과를 초래하므로 과세요건명확주의에 위배되는 처분이다.

(4) 청구법인의 목적사업과 관련한 주요 업무는 경기도 김포시 소재 쟁점본점에서 이루어졌다.

조세심판원(조심 2024지719, 2015지1560)은 “법인의 본점이라 함은 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다”고 판단하고 있으며, SPC 구조를 통해 이루어지는 부동산 개발사업의 경우 사업 초기 부동산 취득, 각종 전문 대리기관의 선정, 금융 조달 등이 사업 전반에 중대한 영향을 미치는 중추적인 의사결정에 해당한다.

청구법인도 이러한 사업구조에 따라서 쟁점개발사업과 관련한 주요 업무인 부동산 매매계약 인수 약정 및 금융조달, 전문대리기관의 선정 및 계약체결 등 중추적인 업무는 모두 청구법인의 김포시 소재 사무실에서 수행하였으며 이후의 세부 업무는 아래 도표와 같이 전문 용역기관과 위탁계약을 통해 수행하였다.

＜특수목적법인(SPC)의 위탁업무 체계도＞

○○○

전문 대리기관의 전문성 및 책임 범위, 계약 조건에 따라 사업 전반의 진행 방식과 결과가 달라질 수 있어 대리기관의 선정은 단순히 업무를 위탁하는 것이 아니라 사업의 구조 및 수익성에 영향을 미치는 중추적인 의사결정이다. 이에 따라, 청구법인은 아래와 같이 각 사업주체와 위탁계약을 체결함으로써 사업이 원할하게 진행될 수 있도록 관리하였다.

＜청구법인 위탁계약 체결 내역＞

○○○

(5) 청구법인은 설립시부터 현재까지 계속하여 경기도 김포시에 본점을 두고 있다.

청구법인은 설립시부터 현재까지 계속하여 경기도 김포시에 본점을 두고 있는 법인으로 설립된 이래 현재까지 본점 소재지가 경기도 김포시임이 법인등기부등본 및 사업자등록증에 나타나며 해당 기간 사업장을 이전하거나, 폐업·휴업한 사실 또한 없다.

또한, 청구법인은 쟁점사무실에서 임대차계약을 체결하여 2020년 9월부터 2025년 1월까지 임차료를 매월OOO원씩 지급하였고, 2020년∼2025년 국세와 지방세 등(법인세, 소득세 및 지방소득세, 주민세, 등록면허세 등) 또한 김포 본점을 관할하는 김포세무서와 김포시청에 신고·납부하였다.

청구법인은 설립시부터 쟁점토지를 취득하기 전까지 쟁점본점에서 쟁점개발사업과 관련한 건물 및 주차장관리, 설계용역, 개발사업프로젝트, 외부감사, 모텔하우스 임차, 소방안전관리, 홍보관 개보수공사, 해체공사 감리, PM용역계약 등에 대한 회의를 진행하였다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 쟁점본점을 대도시에 소재하는 주식회사 A의 서울사무소로 이전한 것으로 보아, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 A이 쟁점토지 및 오피스텔을 취득하기 위하여 설립한 특수목적법인이고, 청구법인은 쟁점토지의 취득부터 건물 착공까지 전반적인 시행 업무를 위수탁 계약 없이 서울특별시 송파구에 소재하고 있는 A 서울사무소에서 업무를 수행하였다.

(2) 청구법인의 계약서, 대출약정서, 감사보고서 등 제출된 서류에 A의 대표 전화번호가 기재되어 있고, 각종 중요 서류에 청구법인의 소속된 직원도 아닌 A의 실무자가 기재되어 있다.

또한, 청구법인의 소속 주요 임원(a, b)은 청구법인이 아닌 A 소속으로 급여를 수령하고 있어 A의 서울사업장에서 청구법인의 기획, 총무, 재무, 인사뿐만 아니라 중추적인 의사 결정 및 모든 지휘와 감독이 이루어져 본점 역할을 수행한 것으로 봉야 한다.

따라서, 청구법인의 의사결정은 정상적인 법인과는 달리 청구법인을 실질적으로 지배하고 있는 자에 의하여 이루어졌다고 볼 수 있고, 쟁점개발사업 관련한 업무를 수행하고 의사결정을 한 곳은 A의 서울사무소로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

다. 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변

(1) A이 수행한 업무는 정당한 PM 용역 계약에 따른 위탁업무에 해당한다.

＜쟁점개발사업의 진행 경과＞

○○○

처분청은 ① 쟁점토지 취득부터 건물 착공까지 전반적인 시행업무가 A의 서울사무소에서 이루어졌고, ② 각종 서류에 청구법인의 전화번호 및 담당자가 기재된 점을 문제 삼고 있으나, A은 정당하게 PM계약을 체결하여 위탁받은 업무를 수행하였을 뿐이다.

A은 당초 쟁점개발사업을 직접 시행하기 위하여 쟁점토지 매매계약을 체결하였으나, 경영상의 판단에 따라 B증권과 합작하여 청구법인(SPC)을 설립하였고, 그 과정에서 청구법인에게 PM 용역을 제공하기로 합의하였다.

따라서, A이 기존에 수행하던 사업을 SPC 구조로 전환하고 PM 용역을 제공하는 과정에서 담당자나 전화번호가 작성된 것은 지극히 자연스러운 업무 처리임에도 불구하고, 처분청은 정당한 PM 용역 수행 사실을 부정하고 이를 법인의 본점 기능으로 확대하여 해석하고 있는바, 이는 SPC 구조 및 PM 용역의 성격에 대해 오인한 것이다.

또한, 청구법인 설립 당시부터 A이 PM 용역을 제공하기로 B증권과 합의되어 있었고, 단지 B증권 법무팀에서 기존에 A이 진행하던 업무에 대하여는 즉시 PM 계약을 체결하는 것에 대한 반대하였으며, PM 용역 수수료에 대해서도 향후 구성될 PF 대주단과의 협의가 필요하였기 때문에 PF 대출 약정 이후에 정식으로 PM 계약을 체결하였을 뿐, A이 수행한 업무는 정당한 PM 용역계약에 따른 위탁업무에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점본점을 대도시로 전입한 후 쟁점토지를 취득한 것으로 보아, 처분청이 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인 2020.9.9. 경기도 김포시 OOO를 본점 소재지로 하고, 서울특별시 OOO일원에 오피스텔 및 상가 등을 신축하여 분양하는 사업을 목적으로 하여 설립된 특수목적법인이다.

(나) A은 1988.1.9. 토목건축공사업 및 조경공사업, 건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 경기도 하남시OOO에 본점과 서울특별시 OOO에 서울사무소를 두고 있다.

(다) 청구법인의 설립 당시 자본금은 OOO원이고, 주주 구성은 쟁점개발사업의 PM사이자 시공사인 A( 80.01%)과 대리금융기관인 B증권(19.99%)이다.

(라) A과 B증권은 2020.8.14. 쟁점개발사업과 관련하여 주주간 협약을 체결하면서, A은 PM용역(토지매매계약 체결, 합작회사의 설립 및 운영, 명도, 각종 인허가, 민원처리, 사업계약의 체결, 분양, 시공, 개발사업과 관련한 제반업무)을, B증권은 브릿지 대출 주선, PF 대출 주선, 금융자문을 담당하는 것으로 협약하였다.

(마) 청구법인의 설립 당시 본점 사무실인 경기도 김포시OOO의 임대차계약 보증금은 OOO원, 월 임차료는 OOO원이고, 2025년 1월 이전한 경기도 김포시OOO본점 사무실의 임대차계약 보증금은OOO, 월 임차료는OOO이다.

(바) 청구법인은 설립시부터 현재까지 본점 소재지가 경기도 김포시임이 법인등기부등본 및 사업자등록증에 나타나고, 해당 기간 사업장을 이전하거나, 폐업·휴업한 사실이 없고, 2020년~2025년 국세와 지방세 등(법인세, 소득세 및 지방소득세, 주민세, 등록면허세 등)을 관할하는 김포세무서와 김포시에 신고·납부하였고, 김포시 본점 소재지에서 사용한 법인카드사용내역을 제출하였으며, 쟁점본점의 임대인이 작성한 임차사실확인서를 제출하였다.

(사) 청구법인은 설립시부터 쟁점토지를 취득하기 전까지 쟁점본점에서 쟁점개발사업과 관련한 건물 및 주차장관리, 설계용역, 개발사업프로젝트, 외부감사, 모텔하우스 임차, 소방안전관리, 홍보관 개보수공사, 해체공사 감리, PM용역계약 등에 대한 회의를 진행하였다.

(아) 청구법인의 설립시부터 현재까지 등기임원은 아래와 같다.

＜청구법인 등기임원 현황＞

○○○

(자) 청구법인의 설립시 대표이사 a은 A 직원, 사내이사 c 및 감사 d은 B증권 직원으로서, 해당법인에서 급여를 지급하였다.

(차) 이에 대하여 청구법인은 A 직원이 청구법인의 대표이사를 겸직하면서 A로부터 급여를 수령하였으나, 이는 청구법인의 대표이사 지위에서 받은 것이 아니라 A 직원의 지위에서 수행한 업무에 대한 대가를 수령하였고, 청구법인은 수백억대의 대출 및 공사대금 상환, 용역비 연체, 미분양 리스크 등을 직면한 상황에서 대표이사에게 별도의 보수를 지급하지 못하였으며, 이는 법인의 유동성 위기에 따른 불가피한 경영상 판단이었다라고 주장하고 있다.

(카) A은 2020.8.20. 서울특별시 강서구OOO소재 쟁점토지를 계약금액 OOO원에 매수하기로 하는 부동산 매매계약을 체결하였고, 이후 2020.9.9. 설립된 청구법인이 2020.9.16. A으로부터 해당 부동산 매매계약을 인수하였으며, 계약인수에 대한 양수도대금은 A이 해당 부동산매매계약에 대하여 부동산 양도인에게 기지급한 계약금OOO에 OOO원을 더한OOO원이다.

(타) 청구법인은 2021사업연도~2024사업연도 감사보고서상 전화번호로 A 대표전화를 기재하였다.

(하) 청구법인은 2020.9.16. 계약인수와 동시에 주주인 A 및 B증권과 총 OOO원의 대출계약을 체결하여 계약인수에 따른 양수도대금 등을 지급하였고, 이후 2020.12.18. 해당 부동산매매계약의 잔금 등 지급을 위하여 새마을금고 등 금융기관과 총 OOO원의 대출을 약정하면서, B증권과 대리금융기관수수료약정을, OOO신탁(주)(이하 “수탁법인”이라 한다)와 부동산담보신탁계약, 자금관리대리사무계약을 각각 체결하였으며, 관련 담당자는 A 직원(이인영)으로 나타난다.

(거) 청구법인은 2020.12.24. 해당 부동산매매계약의 잔금을 지급하여 쟁점토지를 취득하는 동시에 수탁법인에 신탁등기하였다.

(너) 청구법인은 쟁점개발사업을 진행하면서 아래와 같이 각 사업주체와 위탁계약을 체결하여 사업이 원할하게 진행될 수 있도록 관리하였다.

＜청구법인 위탁계약 체결 내역＞

○○○

(더) 청구법인은 2021.8.27. 총OOO원의 본 PF 대출약정 체결을 하였고, 수탁법인은 2021.9.7. 착공신고를 하였다.

(러) 청구법인은 2021년 10월 A과 PM용역 계약을 정식으로 체결하여, 쟁점개발사업의 전반적인 업무(사업성 검토, 도급계약, 공사감독, 착공, 준공, 분양, 임대 등 사업과 관련한 업무주관·관리 등)에 대한 PM용역을 제공받고, 매월 OOO원, 총 계약금액 OOO원(VAT 별도)을 지급하기로 하였다.

(머) 처분청은 2025.6.18.∼2025.7.2. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하면서, 청구법인이 쟁점본점을 대도시(서울특별시)에 소재하는 A의 서울사무소로 전입하고 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 A의 서울사무소에 전입하였는지에 대하여 구체적인 증빙자료를 제시하지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점본점을 대도시(서울특별시)에 소재하는 A의 서울사무소로 전입하고 쟁점토지를 취득하여 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다는 의견이다.

(나)「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 ‘법인의 본점을 대도시 내로 전입’이라 함은 대도시 외에 소재한 본점의 인적·물적설비를 대도시 내로 이전하거나, 대도시 내에 새로운 인적·물적설비를 설치하고 그 장소에서 법인의 중추적인 기능을 수행하는 것을 의미한다 할 것이고, 대도시 외의 지역에서 설립된 법인이 등기부상 본점 전입등기는 하지 아니한 채 사실상 본점을 대도시 내로 전입한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적·물적설비를 갖춘 본점을 대도시 내로 전입하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것(조심 2024지719, 2025.11.19. 외 다수)이다.

(다) 이 건 취득세 등의 부과처분이 적법한 처분에 해당하기 위해서는 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 쟁점본점을 대도시에 전입하여야 하나, 다음과 같은 사정들을 고려하면, 청구법인이 쟁점본점을 대도시(서울특별시)에 소재하는 A의 서울사무소로 전입하고 쟁점토지를 취득하였음이 객관적인 자료에 의하여 입증되었다고 볼 수 없어 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 청구법인은 A과 B증권이 개발사업을 위해 합작·설립한 특수목적법인으로, 취득세 중과를 회피하기 위한 목적에 따라 설립된 법인이 아닌 것으로 보인다.

A은 당초 직접 쟁점개발사업을 시행할 계획이었으나, 당시 코로나19의 확산 및 부동산 경기 침체로 PF 시장이 경색되면서 B증권 측에서 사업리스크 관리 및 금융구조 안정화를 이유로 별도의 법인 설립을 요구함에 따라 B증권과 합작하여 청구법인(SPC)을 설립하였고, 이에 따라 주주간 협약에 따라 A은 시공 및 PM 업무를, B증권은 금융주선 및 자금 관련 업무를 각각 담당하기로 역할을 분담하여 A이 단독으로 사업 전반을 일방적으로 결정할 수 있는 구조가 아니었다.

A과 B증권은 모두 계속하여 과밀억제권역 내 법인설립된지 5년이 경과한 법인으로, 직접 쟁점토지를 취득하였어도「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정하는 취득세 중과세 대상에 해당하지 아니하므로 청구법인(SPC)를 설립함으로써 취득세 중과를 회피할 조세상 이익이 존재하지 않는다 할 것이다.

2) 처분청이 취득세 중과요건에 대한 충분한 입증을 하지 못하였다.

취득세 중과세와 관련한 과세요건사실에 대한 입증책임은 처분청에 있고, 객관적인 증빙을 제시하지 않는다면 대도시 내로 본점을 전입한 것으로 볼 수 없다고 다수의 조세심판원 선결정례에서 판단하고 있는바, 취득세가 중과되기 위해서는 청구법인이 대도시로 본점을 전입한 이후 쟁점토지를 취득하였다는 사실을 객관적인 자료를 통해 입증하여야 한다.

이 건 취득세 등의 부과처분이 적법한 처분에 해당하기 위해서는 청구법인이 2020년 9월이후 대도시 외에 소재하는 본점을 대도시로 전입한 후 쟁점토지를 취득한 것에 대하여 구체적인 전입시기와 본점의 인적·물적설비 설치 장소, 본점 설치 장소에서 수행한 업무 등을 특정하여야 하나, 처분청은 부과제척기간의 종료가 임박한 2025년 6월 세무조사를 실시하면서 위에서 열거한 취득세 중과요건에 대한 객관적인 증빙자료를 제시하지 아니하였다.

또한, 처분청이 청구법인의 본점에 대한 세무조사를 진행할 당시, 청구법인의 쟁점본점이 설령 대도시에 소재한다 하더라도 쟁점토지 취득이전부터 대도시에 소재한 사실을 입증하지 못하면「지방세법」제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 취득세 중과세대상으로 보기는 어렵다.

따라서, 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 세무조사 당시의 현황을 근거로 과거사실을 추정하여 과세하였는바, 이는 과세요건명확주의에 위배된 처분으로 보인다.

3) 청구법인은 설립시부터 현재까지 계속하여 경기도 김포시에 본점을 두고 있는 것으로 보인다.

청구법인은 김포시에 소재하는 쟁점본점을 임차하여 법인 설립시부터 매월 OOO원의 임차료를 지급하였고, 2020년～2025년 쟁점본점과 관련한 국세와 지방세를 김포 본점을 관할하는 김포세무서와 김포시청에 신고·납부하였다.

또한, 청구법인은 쟁점토지 취득 전인 2020년 11월 쟁점개발사업 관련 설계용역, 해체공사 감리, PM용역 등 용역업체를 선정하기 위한 이사회 회의를, 2020년 12월에는 대출약정, 부동산담보신탁계약 등과 관련하여 이사회 회의를 개최한 것으로 보아 청구법인은 설립 시부터 경기도 김포시에 실질적인 본점을 두고 쟁점개발사업을 영위한 것으로 보인다.

아울러, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서는 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결, 같은 뜻임)인바, 부동산개발업 등의 특성상 사업시행자인 청구법인이 사업초기에 공유사무실을 본점으로 하여 설립하고, 대표이사가 이를 상시적으로 이용하지 아니하였다 하여 이를 본점이 아니라고 단정하기도 어렵다 할 것이다.

4) 처분청이 PM사무소(A 서울사무소)을 청구법인의 본점으로 본 것은 잘못이 있다.

처분청은 청구법인의 일부 서류에 A의 정보가 기재되어 있고, 청구법인 대표이사가 청구법인으로부터 급여를 받지 않고 A로부터 지급받은 점 등을 근거로 청구법인의 본점이 대도시로 전입된 것으로 보았다.

그러나, A은 당초 쟁점개발사업을 직접 시행하기 위하여 쟁점토지 매매계약을 체결하였으나, 경영상의 판단에 따라 B증권과 합작하여 청구법인을 설립하였고, 그 과정에서 청구법인에게 PM용역을 제공하기로 합의하였으며, 그 결과 A이 기존에 수행하던 쟁점개발사업을 SPC 구조로 전환하고 PM용역을 제공하는 과정에서 각종 서류에 A 담당자나 전화번호가 작성된 것으로 이를 법인의 본점 기능으로 확대해석하는 것은 SPC 구조 및 PM용역의 성격에 대한 오인으로 보인다.

또한, 청구법인은 수백억원대의 대출 및 공사대금 상환, 용역비 연체, 미분양 리스크 등을 직면한 상황에서 대표이사에게 별도의 보수를 지급하지 못하였고, 이는 법인의 유동성 위기에 따른 불가피한 경영상 판단의 결과로서, 급여 수령의 유무와 관계 없이 대표이사로서의 법적 지위는 유효하다 할 것이다.

결국, A 직원이 청구법인의 대표이사를 겸직하면서 A로부터 급여를 수령하였으나, 이는 청구법인의 대표이사 지위에서 받은 것이 아니라 A 직원의 지위에서 수행한 업무에 대한 대가를 수령한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란「법인세법」제111조·「부가가치세법」제8조 또는「소득세법」제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과「부가가치세법 시행령」제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장