이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.9.23. 부산광역시 OOO공장용지 3,301.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 1,264,788,820원을 과세표준으로 하여 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 「부산광역시 시세 감면 조례」제6조 제1호에 따라 취득세의 75%를 경감받고, 나머지 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 그 후, 처분청은 2024.11.20. 쟁점토지에 대한 현장조사 등을 통해 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 유예기간 내에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2025.2.7. 쟁점토지에 대하여 기 경감한 취득세 취득세 OOO원, 지방교육세OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점토지를 취득하여 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물을 신축하지 못한 데에는 아래와 같이 정당한 사유가 있다 할 것임에도 처분청이 기 경감한 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.

(1) 유예기간 내에 쟁점토지에 산업용 건물을 신축하지 못한 주된 사유는 천재지변에 준하는 코로나19 등에 그 원인이 있다.

(가) 청구법인은 치약, 비누 등을 제조 공장을 신축할 목적으로 2021.3.19. 부산도시공사와 용지매매계약을 체결한 후, 주식회사 경남은행으로부터 OOO원을 차입하여 2021.9.23. 소유권이전등기를 경료하였고, 매월 OOO에 상당하는 이자를 부담하고 있으나, 2020년 3월 발생한 코로나19로 인해 경기가 위축되어 청구법인은 공장신축을 진행할 수 없어 대출이자만 부담할 수밖에 없었다.

(나) 청구법인은 코로나19 당시인 2021년말까지 매출 성장이 정체되어 공장신축을 통한 증산에는 무리가 있었다.

＜표1＞ 청구법인의 연도별 매출액 추이

(단위: 백만원)

○○○

(다) 코로나19 발병 3년 4개월만인 2023.5.11. 코로나가 종결되어 사업이 정상화됨에 따라, 청구법인은 2024.9.10. 아래 ＜표2＞와 같이 주식회사 A과 산업용 건축물을 신축하는 계약을 체결하였다.

＜표2＞ 쟁점토지상 산업용 건축물 신축 공사 계약(일부 발췌)

○○○

(2) 청구법인은 유예기간 내에 공장 신축허가 및 착공신고를 하여 쟁점토지를 산업용 건물을 신축하는 용도로 사용하였다.

(가) 청구법인은 2024.9.12. 산업용 건축물(2층) 신축허가를 받고, 2024.9.23. 착공신고를 한 후, 2025.5.27. 산업용 건축물 284.77㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)을 신축하였으며, 코로나19라는 천재지변으로 공장 신축이 지연되었을 뿐, 유예기간에 착공신고를 하는 등 쟁점토지를 정상적으로 사용하는데 노력을 다하였다.

(나) 조세심판원(조심 2023지32, 2023.12.14.)은 토지를 방치하지 아니하였고, 사용승인을 받아 공장용 건축물로 사용하고 있는 등 토지를 사용하려는 노력을 다하였으나, 부득이 유예기간 내에 공장신축을 완료하지 못한 경우는 취득세 부과를 하지 아니하도록 결정한 바 있다.

(3) 백번 양보하여 청구법인에게 취득세 감면의 정당한 사유가 없다 하더라도 가산세 및 이자상당액 부과는 취소되어야 한다.

(가) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후, 75%의 감면을 적용하여 기한내에 취득세를 신고·납부하였음에도 처분청은 과소신고가산세(10%)가 아닌 무신고가산세(20%)를 적용하였으므로 이는 부당하다.

(나) 「지방세특례제한법」제178조 제2항 및 같은 법 시행령 제123조의2 제2항 제2호는 천재지변이나 그 밖에 이에 준하는 불가피한 사유로 쟁점토지를 다른 용도로 사용한 경우에는 감면된 세액에 상당하는 이자상당액을 납부하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 이자상당액 OOO원과 해당 납부지연가산세OOO원의 부과처분은 취소되어야 한다.

(4) 처분청의 주장은 아래와 같은 이유로 부당하다.

(가) 청구법인의 매출은 2019년부터 2022년까지 일부 상승세를 보이긴 하였으나 그 폭은 제한적이며, 이는 실질적인 성장이라기보다 물가상승 등 화폐가치 하락에 따른 명목상 증가에 불과하고,

청구법인의 경기 위축과 자금 사정 악화는 전적으로 코로나19로 인한 사회·경제 전반의 침체에 기인한 것으로, 이는 조세감면요건 판단에 있어 ‘외부적 사유’로 인정되어야 할 대표적 사례에 해당한다.

(나) 청구법인은 유예기간 내에 공장 신축을 위한 계약을 체결하였으며, 이후 건축허가를 득하고 착공신고까지 완료하였음에도 청구법인의 이러한 일련의 준비 및 진행 과정을 고려하지 아니하고, 쟁점토지를 고유업무에 사용하기 위한 노력이 없었다고 단정한 것은 부당하다.

(다) 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목은 ‘토지와 건축물의 취득 목적이 산업용 건축물의 신축에 있음을 명시하고 있을 뿐’, 해당 건축물이 공장등록을 완료해야 한다는 요건을 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라,

청구법인의 쟁점공장은 치약, 비누 및 기타 세제 제조를 위한 공장으로 정상 사용되고 있으므로, 이는 당초 취득 목적과 부합한 ‘산업용 건축물의 신축 목적’ 요건을 충족한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 시점(2021.9.23.)은 코로나19 경기침체 이후로서, 청구법인은 2024년까지 매출이 계속하여 상승하고 있었고, 경기위축 및 자금 등의 사정으로 유예기간 내에 건축물을 신축하지 못한 것은 이는 법령에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 볼 수 없는 점,

청구법인은 유예기간 만료 직전에 신축허가를 받고 착공신고만 하고 공사 흔적조차 없는 사실이 처분청 현장 조사 등에 확인되는 것으로 보아 쟁점토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다한 것으로 보기 어려운 점,

청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 충분히 기울였다고 할 만한 객관적인 근거 또한 제시하지 못한 점 등에 비추어,

청구법인이 쟁점토지에 대하여 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 또한, 건축물의 신축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기 보다는 이를 위한 준비행위에 불과할 뿐만 아니라, 청구법인은 유예기간 내에 착공신고만 하였을 뿐, 공장등록도 하지 아니하였으므로, 쟁점토지를 유예기간내에 해당용도로 직접 사용한다 볼 수 없다.

(3) 따라서, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 가산세를 포함한 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 ‘환경설비 및 설계’, ‘수처리 관련 장비 제조 및 판매’ 등을 목적사업으로 하여 2000.6.21. 설립되었으며, 2023.1.9. 부산광역시 OOO에서 부산광역시OOO으로 본점을 이전하였다.

(나) 용지매매계약서 및 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2021.3.19. 부산도시공사와 OOO내에 소재한 산업시설용지(공장용지)인 쟁점토지(3,301.7㎡)에 대한 매매계약(OOO원)을 체결하여 2021.9.23. 이를 취득한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2024.9.10. 위 ＜표2＞와 같이 주식회사 A(대표)과 쟁점공장을 신축을 위한 민간건설공사 표준도급계약(공사금액 OOO원)을 체결하였으며, 2025.2.6. 아래 ＜표3＞과 같이 변경계약을 통해 계약금액과 공사기간을 변경하였다.

＜표3＞ 건설공사변경계약(발췌)

○○○

(라) 청구법인은 쟁점토지상에 쟁점공장을 신축하기 위해 2024.9.12. 건축허가, 2024.9.23. 착공신고 등을 거쳐, 2025.5.27. 쟁점공장에 대한 사용승인을 받았다.

(마) 처분청은 2024.10.11.과 2024.11.20. 쟁점토지에 대한 현장조사 등을 통해, 쟁점토지가 “산업용건축물을 착공하지 않는 잡종지 상태”임이 확인하였다.

(바) 공장등록증명서 등에 의하면, 청구법인은 2025.11.14. 아래 ＜표4＞와 같이OOO으로부터 쟁점공장에 대한 신설승인을 받은 것으로 나타난다.

＜표4＞ 공장등록 현황(발췌)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지 등에 대하여는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 그 제5항 제1호에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우” 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 위 규정에 의한 “정당한 사유”란 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 해당 용도로 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고(대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결 등, 같은 뜻임),

“정당한 사유”의 유무를 판단할 때에는 그 입법취지를 충분히 고려하면서, 산업단지 내에서 산업용 건축물등을 건축하는데 걸리는 시간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2017. 8. 18. 선고 2017두42293 판결 등, 같은 뜻임),

청구법인은 2021.9.23. 쟁점부동산을 취득한 후, 유예기간(3년)을 넘긴 2025.5.27.에 이르러서야 쟁점공장을 신축하여 사용승인을 받은 것으로 나타나는 점,

처분청은 2024.10.11.과 2024.11.20. 쟁점토지에 대한 현지출장조사 등을 통해 산업용 건축물을 착공하지 아니한 잡종지 상태에 있는 사실 등을 확인한 점,

청구법인이 주장하는 코로나 등으로 인한 공사지연의 사유는 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물을 신축하지 못한 “정당한 사유”로 보기는 어려운 점,

또한, 청구법인은 유예기간 내에 산업용 건축물을 신축하지 못하여 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생하였음에도 기한 내에 신고·납부를 이행하지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어,

청구법인이 쟁점토지 취득일부터 3년 이내에 “정당한 사유” 없이 산업용 건축물등을 신축하지 아니한 것으로 보아, 처분청이 쟁점토지에 대하여 기 경감하였던 취득세 등(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 부산광역시 시세 감면 조례

제6조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(3) 지방세기본법

제26조(천재지변 등으로 인한 기한의 연장) ① 지방자치단체의 장은 천재지변, 사변(事變), 화재(火災), 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 납세자가 이 법 또는 지방세관계법에서 규정하는 신고ㆍ신청ㆍ청구 또는 그 밖의 서류 제출ㆍ통지나 납부를 정해진 기한까지 할 수 없다고 인정되는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 직권 또는 납세자의 신청으로 그 기한을 연장할 수 있다.

제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 하고, 제4호의 가산세를 부과하는 기간은 60개월(1개월 미만은 없는 것으로 본다)을 초과할 수 없다.

1. 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세의 법정납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 일수 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.