이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.21. 경기도 파주시OOO(대도시 외 지역, 이하 “파주사업장”이라 한다)를 본점 소재지로 하고, 부동산 매매업, 부동산 분양업, 인테리어 공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2021.8.1. 서울특별시 구로구OOO(OOO, 이하 “구로사업장”이라 한다)로 본점을 이전하였고, 2021.4.30.과 2021.8.9. 서울특별시 동대문구OOO외 2필지 토지 1,717.7㎡ 및 건축물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인의 본점을 서울특별시 서초구에 소재하는 청구법인의 대표이사(a)가 운영하는 OOO병원(이하 “A병원”이라 한다)으로 보아, 쟁점부동산의 취득을「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 규정하는 대도시에 본점을 전입하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율(8%)을 적용하여, 2025.2.10. 청구법인에게 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인의 중요한 의사결정은 파주사업장 및 구로사업장에서 이루어졌다.

청구법인의 파주사업장 및 구로사업장에는 책상 등 집기뿐만 아니라, 공동으로 사용할 수 있는 컴퓨터, 프린터기, 팩스, 공유회의실 등 물적 시설과 ‘대표이사’라는 인적 설비도 존재하고 있다.

청구법인의 대표이사 a 및 b가 파주사업장 및 구로사업장으로 이동함에 있어서 고속도로와 같은 유료도로를 이용하지 않아 이동기록이 존재하지 않고, 다만, 이사회 의사록이나 주주총회 의사록에는 회의 장소가 파주사업장인 것으로 분명히 기재되어 있는바, 특별한 사정이 없는 이상 파주사업장에서 업무처리가 이루어졌다는 점을 부인할 수는 없다.

실제로 청구법인의 2020.7.29.자 이사회 의사록 및 주주총회 의사록에 의하면 당시 파주사업장에서 중요한 의사결정이 이루어졌음을 확인할 수 있다.

청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시는 개업준비의 초기사업 단계인지라 부동산 투자(매입)와 관련된 업무 외에는 일반 사무가 별로 발생하지 않았으므로, 본점으로 등록된 장소에 상주하지 아니하더라도 사업을 진행하는 데에 무리가 없었고, 청구법인이 쟁점부동산을 최초로 취득한 2021.4.30. 직후 직원을 고용한 것은 마찬가지 이유에서 비롯한 것이다.

(2) A병원에는 청구법인의 인적ㆍ물적 설비가 존재하지 않고, 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소가 위치하지도 않는다.

쟁점부동산 취득 시점에 청구법인의 임직원은 공동대표이사 2인과 직원 1인으로 구성되어 있다. 공동대표이사 b는 사실상 업무에 거의 참여하지 않았고, 주된 업무처리는 다른 공동대표이사 a에 의해 이루어졌고, 기타 잡무 처리는 파주사업장 및 구로사업장에 매일 출퇴근 한 직원 1인에 의해 이루어졌다. 처분청은 a이 한의사라는 점에 착안하여 A병원이 사실상 본점인 것으로 추정하고 있으나, a은 청구법인의 설립 이후로는 A병원에 거의 출근하지 아니하였고, 특히 처분청이 제시하는 이메일 발신일에는 출근한 사실이 없다.

(3) A병원의 직원이 청구법인의 업무를 도운 것은 쟁점부동산 취득 이후의 일이다.

처분청은 a이 운영하는 A병원의 직원이 청구법인의 인적 설비인 것처럼 주장하나, A병원 직원이 청구법인의 업무를 일부 지원하게 된 것은 2023년도에 이르러서야 이루어진 일이고, 오히려 청구법인은 쟁점부동산 취득 직후인 2021년 8월부터 소속 직원을 고용하여 업무처리를 진행하였다. 즉, 처분청은 쟁점부동산 취득 이후의 사정을 놓고서 쟁점부동산 취득 시점의 업무처리에 대해 잘못된 판단을 하고 있다.

(4) 청구법인은 주로 관계사들의 사무실에 방문하여 주된 업무처리를 하였다.

부동산 개발이라는 청구법인의 업무 특성상 주된 업무의 내용은 계약서의 작성이나 담당자 미팅 등과 같은 것인데, 그와 같은 업무 처리는 건축사무소나 건설사, 법무법인 등에 방문하는 방식으로 처리되었다. 이는 관계사의 직원들이 발급한 확인서 등에 의해 확인할 수 있다.

(5) 처분청은 등기부상 본점을 부인할 만한 아무런 사정을 제시하고 있지 못하고 있다.

회사의 본점 소재지는 「상법」 제180조 및 제170조 제5호에 따른 필요적 등기사항에 해당하여 청구법인의 경우에도 경기도 파주시 및 서울특별시 구로구가 등기부상 본점 소재지로 기재되어 있다. 그런데 상업등기에는 원칙적으로 등기된 사항이 진실하다는 사실상의 추정력이 있으므로(인천지방법원 2021.

10.

29. 선고 2021가합51248 판결, 대법원 1991.

12.

27. 선고 91다4409, 91다4416 판결 등), 이를 번복하여 다른 곳에 사실상의 본점이 있음을 이유로 과세처분을 하기 위해서는 과세관청에 의한 엄격한 입증이 필요하다. 그러나 처분청은 a이 병원을 운영하고 있다는 것 외에 아무런 사실을 제시하고 있지 못하고 있다.

(6) 처분청은 a의 진술을 거짓으로 원용하고 있다.

a은 “A병원에서 청구법인의 업무를 처리하였다”고 말하지 않았고, “업무 특성상 외부출장이 많고 주로 외부에서 업무지시를 결정(한다)”고 진술하였으며, “업무를 처리함에 있어 A병원의 직원의 도움을 받기도 하였다”는 사실을 인정하지 않고, “편의상 직원에게 집행 요청을 한 경우가 있기는 하나 이는 주로 2023년도부터” 라고 진술하였다.

청구법인은 종업원이 오피스텔 신축, 분양 업무를 한 사실이 없는 점을 자인한바 없고, 최초 직원의 경우 파주사업장에서 2달 정도 근무하다가 퇴사하였고, 다른 직원은 약 11개월 정도 파주사업장 및 구로사업장으로 출근하였다고 밝혔을 뿐임에도 처분청의 주장은 청구법인(공동대표이사 a)의 진술을 왜곡하고 있는 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 취득을 대도시에 본점을 설립하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 파주사업장 및 구로사업장은 대도시 내 법인 설립에 따른 부동산 취득 중과세를 회피하기 위하여 형식적으로 등기된 본점으로 보아야 한다.

청구법인의 파주사업장 및 구로사업장은 모두 공유형 오피스로 확인되고, 파주사업장에 대한 임대차계약서상 그 사용면적은 2평에 불과하며, 구로사업장에 대한 임대차계약서에는 사용면적도 기재되어 있지 않고 있어 청구법인이 고용한 직원이 근무 가능한 제대로 된 물적설비가 갖추어진 장소로 보기 어렵다.

공동대표이사 중 a은 자신이 원장으로 있는 A병원에서 청구법인 업무를 처리하였다는 사실과 자신의 업무를 처리함에 있어 A병원의 직원의 도움을 받기도 하였다는 사실을 인정하고 있다.

다른 공동대표이사인 b는 자신의 주소지인 서울특별시 강남구에서 파주사업장으로 이동하면서 지출한 법인카드내역 및 비용 지출내역이 존재하지 않고, 파주사업장에서 b가 청구법인에 대한 업무를 진행한 기록이 존재하지 않는다.

청구법인의 직원 채용일인 2021.5.2.부터 2021.7.14.까지 근무기간 중 파주사업장 근처에서 식비, 사무용품 구매 등 법인카드 지출내역이 존재하지 않고, 청구법인의 직원은 월 평균 6일 정도만 청구법인의 공유오피스를 방문하여 우편물을 수령하는 등 단순사무보조 업무만을 수행하였던 것으로 보인다.

(2) 청구법인의 주된 업무 및 중추적인 의사결정은 공동대표이사인 a이 A병원에서 수행하였으므로 A병원을 청구법인의 본점으로 보아야 한다.

청구법인은 설립 이후 쟁점부동산을 취득하여 오피스텔을 개발하는 사업을 영위하였고, 오피스텔 개발업무는 토지 취득, 신탁계약, 오피스텔 신축을 위한 자금 조달 및 관리, 각종 인·허가, 건설공사계약 등이 주된 영업활동으로, 청구법인의 공동대표이사 a은 이러한 주된 오피스텔 개발업무를 직접 수행하였다.

a은 이러한 업무를 수행함에 있어 B(금융대리기관, 서울시 소재), 법무법인 C(서울시 소재, 약정서 작성 및 검토), D사무소(설계 용역, 인허가), E건설(시공사)과 직접 이메일을 발송 및 수신하였는데, 그 이메일의 송수신 시간은 대표이사 a이 병원장으로 근무하는 A병원의 진료시간(09:00~17:30) 중이었다.

a은 금융대리기관인 ㈜B, 시공사인 ㈜E건설, 신탁사 겸 자금관리대리사무법인인 F신탁(주), 설계사무소인 ㈜D과 미팅이 필요할 때에는 B 및 E건설, F신탁, D의 사무실에서 진행하였다.

청구법인은 쟁점부동산에 관한 사업과 관련된 금전소비대차계약, 대출약정서 작성 등 각종 계약서 작성과 신탁사에 대한 자금 집행 요청 등 청구법인의 업무를 A병원인 A병원 직원의 도움을 받아 수행하였다고 진술하기도 하였다.

청구법인이 2021.8.6. 대주단 등 오피스텔 신축사업 관계자와 체결한 사업 및 대출약정서에도 A병원 팩스번호가 a의 연락처로 기재되어 있어, 청구법인의 목적사업과 관련된 중추적인 의사결정은 a이 주로 상주하였던 A병원에서 이루어졌다고 보아야 한다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 취득을 대도시에 본점을 설립하고 5년 이내에 대도시에 소재하는 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 대표이사가 운영하는 대도시내 요양병원을 청구법인의 본점으로 보아 쟁점부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.7.21. 파주사업장을 본점 소재지로 하고, 부동산 매매업, 부동산 분양업, 인테리어 공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2021.3.2. 대표이사가 OOO에서 공동대표이사 b, a으로 변경되었고, 2021.8.1. 구로사업장으로 본점을 이전하였다.

(나) 청구법인은 2021.4.30.과 2021.8.9. 쟁점부동산을 취득(매매)하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(다) 처분청은 청구법인의 사실상 본점을 대표이사 a이 운영하는 A병원으로 보아, 쟁점부동산의 취득을 대도시에 본점을 전입하고 5년 이내에 부동산을 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(라) 청구법인은 파주사업장 및 구로사업장을 청구법인의 본점이라고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제시하였다.

1) 청구법인은 2020.7.10. 월 임대료를 OOO원으로 하여 파주사업장을 임차하였고, 여기에는 책상과 의자가 설치된 구조로 되어 있다.

2) 청구법인은 2020.7.29. 본점 회의실에서 이사회 및 주주총회를 개최하여 쟁점 부동산의 매입과 매입에 따른 가수금 차입 및 매매계약 조건에 대한 심의를 실시하였다.

○○○

3) 청구법인은 2021.4.27. 본점 회의실에서 임시주주총회를 개최하여 대출약정서 등 체결 및 의무사항의 이행에 관한 결의를 하였다.

○○○

4) 청구법인은 2021.5.2.부터 OOO와 근로계약을 체결하였는데, 근무장소는 경기도 파주시OOO 업무의 내용은 일반 사무, 소정근로시간은 9시부터 17시까지, 근무일은 매주 월요일부터 금요일, 임금은 월급 OOO원으로 되어 있다.

○○○

5) 청구법인은 2021.7.30. 월 임대료를 OOO원으로 하여 구로사업장을 임차하였고, 여기에도 책상과 의자가 설치된 구조로 되어 있다.

6) 청구법인은 2021.7.1.부터 OOO과 근로계약을 체결하였는데, 근무장소는 경기도 파주시 OOO, 업무의 내용은 일반 사무, 소정근로시간은 9시부터 17시까지, 근무일은 매주 월요일부터 금요일, 임금은 월급 OOO원으로 되어 있다.

○○○

7) A병원은 2017.9.1. 청구법인의 공동대표이사 a에 의해 설립되었고, A병원은 요양병원으로 일반 외래진료는 하지 않으며, 병원에 소속된 의료진은 병원장 a(한의사) 및 대표원장 OOO(한의사)를 비롯하여, 순환기내과 등 담당 의사 4명과 한방내과 담당 한의사 1명으로 구성되어 있다.

(마) 처분청은 청구법인 대표이사 a이 A병원의 진료시간(평일 오전9시부터 오후 5시 30분)에 쟁점부동산에 관한 업무 메일을 주고 받아 A병원을 청구법인의 본점으로 보아야 한다는 의견이다.

＜쟁점부동산에 관한 업무메일 내용＞

○○○

(바) 이에 대하여 청구법인은 위 해당일자에 대표이사 a이 A병원에 근무한 사실이 없고 모든 진료는 한의사 OOO에 의해 이루어진 것이라고 주장하면서 건강보험료 청구내역을 제출하였다.

＜건강보험료 청구내역＞

○○○

(사) 처분청은 청구법인의 본점을 대표이사가 운영하는 A병원이라는 의견을 제시하면서, 아래와 같은 자료를 제시하였다.

1) 파주사업장의 경우 ‘성장관리권역으로 여러 세금혜택을 받을 수 있는 지역의 공유오피스’로 홍보되고 있고, 광고 게시글에 따르면 공유오피스의 운영자가 우편물을 대신 받아 바로 팩스 또는 사진촬영을 하여 전달하여주겠다는 점을 강조하고 있다.

○○○

2) 청구법인의 공동대표이사 a이 세무조사 당시 진술한 내용은 다음과 같다.

○○○

3) 청구법인이 2021.8.6. 대주단 등 오피스텔 신축사업 관계자와 체결한 사업 및 대출약정서에 A병원 팩스번호가 a의 연락처로 기재되어 있다.

○○○

4) B 주식회사, E건설 주식회사, F신탁 주식회사, 주식회사 D사사무소는 쟁점부동산 관련 OOO신축사업에 관하여 관련 미팅이 각 회사의 사무실에서 이루어졌음을 확인하는 확인서를 작성ㆍ제출하였다.

(자) 처분청은 청구법인의 본점을 대표이사(a)가 운영하는 A병원이라는 의견을 제시하였으나, 세무조사 당시(2024년 9월) A병원에 청구법인의 본점에 대한 입증자료(인적·물적설비)를 제시하지는 않았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 대표이사가 운영하는 A병원을 청구법인의 사실상 본점으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, “법인의 본점”이라 함은 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 해당 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소 중 기획, 재무, 총무 등 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소를 의미한다 할 것이고, 사실상 본점을 대도시에 설치한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 일반적으로 세금부과처분의 과세요건사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적·물적 설비를 갖춘 본점을 대도시에 설치하여 해당 법인의 사무 또는 사업을 계속하여 수행하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인이 파주사업장 및 구로사업장 인근에서 사용한 법인카드내역이나 지출내역이 존재하지 않고, 청구법인이 채용한 직원은 월 평균 6일 정도 파주사업장 및 구로사업장을 방문하여 우편물을 수령하는 등 파주사업장 및 구로사업장에서 사무보조 업무만을 수행한 것으로 보이는 점, 대표이사 a은 자신이 운영하는 A병원에서 근무시간에 쟁점부동산 개발과 관련한 자금 조달 및 관리, 건설공사계약 등과 관련한 업무를 몇 차례 이메일로 송수신한 것으로 추정되는 점, 청구법인이 2021.8.6. 대주단 등 오피스텔 신축사업 관계자와 체결한 사업 및 대출약정서에 A병원 팩스번호가 대표이사 a의 연락처로 기재되어 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 본점을 대표이사가 운영하는 A병원으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역( 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 ‘대도시’라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이조에서 “사원주거용 목적 부동산” 이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이호에서 같다] 하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립 · 설치 · 전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점 · 분사무소 설치 및 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 · 분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소 등”이라 한다)이 그 설립 · 설치 · 전입 이전에 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립 · 설치 · 전입 이후 5년 이내에 하는 업무용 · 비업무용 또는 사업용 · 비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설 · 증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종 변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조 · 「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」 · 「부가가치세법」 또는 「소득세법」 에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 업는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장