이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.12.20. 경상북도 영주시 OOO 외 토지 8필지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 하며, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후, 취득당시가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제3항에 따라 취득세 감면을 신청하여 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다.

＜표1＞ 쟁점부동산

○○○

나. 처분청은 2024.9.23. 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제1호에 따라 추징하기 위하여 과세예고통지하였고, 청구법인은 2024.10.21. 과세전적부심사를 청구하였으나 경상북도가 2024.12.17. 채택하지 아니한다는 결정을 하자, 처분청은 2024.12.27. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산 취득일부터 1년(이하 “쟁점유예기간”이라 한다) 이내에 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하였다.

(가) 청구법인은 1973.8.30. 설립된 법인으로, 「산림조합법」 제46조 제1항 제2호 나목, 다목 및 사목과 동일한 ① 조합원이 생산하는 임산물의 제조, 가공, 판매, 알선, 수출등의 사업, ② 조합원의 사업 또는 생활에 필요한 공동이용시설의 설치, 운영, 기자재의 임대사업, ③ 산림용 종묘등 임산물의 채취, 보관, 육성, 판매알선 등의 사업을 목적사업으로 한다.

(나) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후, 2022년 1월 쟁점건축물 일부 철거 및 조경수 식재 등 토지 기반 조성 공사를 실시하고, 쟁점부동산을 쟁점유예기간 내에 나무 전시 판매장(2022.3.5. ∼ 2022.4.10.), 송이ㆍ능이 수집 및 공판장(2022.9.15. ∼ 2022.10.17.)으로 사용하였다.

(다) 쟁점건축물 일부 철거 및 조경수 식재 등 토지 기반 조성 행위는 조합원의 사업에 필요한 공동이용시설(청사)의 설치에 해당하고, 나무 전시 판매장으로 사용한 행위는 산림용 종묘등 임산물의 채취, 보관, 육성, 판매알선에 해당하며, 송이ㆍ능이 수집 및 공판장으로 사용한 행위는 임산물의 제조, 가공, 판매, 알선, 수출 등의 사업에 해당하므로, 청구법인은 쟁점부동산을 “산림조합의 고유목적 사업”에 직접 사용한 것으로 볼 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점유예기간 내에 쟁점부동산을 고유업무에 사용하고자 가능한 모든 노력을 다하였으나, 보조금 사업의 특성상 유예기간 내 건축물 착공이 어려웠던 점 등을 고려하면 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정된다.

(가) 청구법인은 2022.3.29. 산림청의 보조금 공모사업인 “2023년도 산림조합특화사업”에 “임산물유통센터 조성”을 주요내용으로 하여 수요를 제출하였고, 관련 사업은 ＜표2＞와 같은 순서로 진행되었다.

＜표2＞ 2023년도 산림조합특화사업(임산물유통센터 조성) 관련 일정

○○○

(나) 청구법인은 2023.6.19., 2023.9.12. 등 처분청으로부터 “OOO 도시계획도로 개설공사”와 관련하여 주민설명회 참석 및 관계기관 협의 요청을 받았고, 임산물유통센터 조성사업이 산림청의 보조금 사업으로 진행됨에 따라 관련 법령을 따라야 하는 제한이 있었으며, 임산물유통센터의 건설은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등에 따른 개발행위허가 대상에 해당하여 1년의 짧은 유예기간 내에 임산물유통센터의 착공에 이르지 못하였다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산을 신축청사 용도로만 사용하는 것보다 임산물유통센터로 함께 사용하는 것이 청구법인의 목적 사업인 “조합원이 생산하는 임산물의 제조, 가공, 판매, 알선, 수출 등”에 더 부합하는 것으로 보았으며, 임산물유통센터 보조금 사업에 수요를 제출할 당시 쟁점부동산을 취득하였더라도 보조금 사업의 특성상 1년의 짧은 기간 내에 임산물유통센터 착공은 어려웠던 점을 종합하면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정된다.

(3) 따라서 청구법인은 쟁점유예기간 이내에 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하였고, 그렇게 볼 수 없다고 하더라도 쟁점유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되므로, 이 건 취득세 등 부과처분은 위법ㆍ부당하다.

(가) “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결, 같은 뜻임).

(나) ① 청구법인은 「산림조합법」에 따라 설립된 비영리특수법인인 점, ② 쟁점부동산 취득 후 쟁점건축물 일부 철거와 부지 조성 사업 등 쟁점유예기간 이내에 고유업무에 사용하기 위한 준비를 마친 점, ③ 나무 전시 판매장, 송이ㆍ능이 수집 및 공판장으로 고유업무에 사용한 점, ④ 임산물유통센터를 신축하는 것이 산림조합의 고유목적 사업에 더욱 부합한다고 해석할 수 있는 점, ⑤ 임산물유통센터 신축은 개발행위 허가를 받아야 할 정도로 사업의 규모가 큰 점, ⑥ 쟁점부동산 취득 후 3개월 만에 산림청의 보조금 공모사업을 신청한 점, ⑦ 쟁점유예기간 도과 전에 임산물유통센터 사업대상자로 선정되었음을 통보받아 해당 사업을 추진하기 위한 업무를 계속 수행한 점, ⑧ 쟁점유예기간 도과 후 불과 9개월만인 2023.9.12. 임산물유통센터 건축허가를 받아 2024.1.30. 착공허가를 받은 점, ⑨ 2025.3.21. 임산물유통센터 사용승인을 받아 2025.5.20. 소유권보존등기를 마친 점, ⑩ 임산물유통센터 건축은 국비ㆍ도비ㆍ시비가 지원되는 공적인 사업에 해당한다는 점 등을 종합적으로 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점유예기간 이내에 쟁점부동산을 나무 전시 판매장, 송이ㆍ능이 수집 및 공판장 등으로 사용하였으나, 이는 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(가) 「지방세특례제한법」 제14조 제3항에 따르면, 산림조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 같은 법 제178조 제1항에 따르면, 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 하고 있다.

(나) “직접 사용”은 당해 업종에 사용하기 위한 부동산이 구체적으로 당해 업종의 업무수행을 위하여 필요한 시설물로서 계속적이고 고정적으로 그 목적사업에 직접 사용하는 고정재산재적 성질을 갖는 부동산인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(조심 2016지0134, 2016.8.8., 같은 뜻임).

(다) 청구법인이 쟁점부동산을 쟁점유예기간 이내에 나무 전시 판매장(2022.3.5. ∼ 2022.4.10.), 송이ㆍ능이 수집 및 공판장(2022.9.15. ∼ 2022.10.17.)으로 사용하였지만, 이는 청구법인의 목적 사업에 일시적ㆍ임시적으로 사용한 것일 뿐이다.

(라) 청구법인은 청사를 신축할 계획으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 보이고, 청사 및 유통시설로 사용하는 것이 청구법인의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보이므로, 쟁점유예기간 이내에 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점유예기간이 경과할 때까지 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있다고 볼 수 없다.

(가) “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 산림청 보조금 사업인 “2023년도 산림조합특화사업”에 참여하기 위하여 신청서를 제출하였고, 해당 사업에 최종 선정되어 임산물유통센터를 신축하기까지 1년 이상이 걸릴 것이라는 사실을 충분히 예측할 수 있었다고 보인다.

(다) 청구법인은 쟁점유예기간이 경과한 후에야 임산물유통센터의 설계용역계약을 체결(2023.1.30.)하고 신축공사를 준비하였으며, 쟁점유예기간 만료 후 6개월이 경과한 시점에 처분청으로부터 “OOO 도시계획도로 개설공사”와 관련하여 업무협의 요청을 받았으므로(2023.6.19.) 쟁점유예기간 내에 쟁점부동산을 고유목적으로 사용하지 못한 외부적인 장애는 없었다고 보인다.

(라) 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하고(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 등 참조), 부득이한 사정에도 불구하고 최소한 취득일부터 3년 내는 착공을 하면서 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 “정당한 사유”를 주장하여야 함에도 착공 등을 하지 아니한 점 등을 미루어 볼 때 외부적인 장애나 진지한 노력이 수반된 경우의 “정당한 사유”로 보기 어렵다는 취지로 결정한 사례도 있다(조심 2022지0306, 2022.11.10., 같은 뜻임).

(마) 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 2년 10개월이 지난 시점까지도 임산물유통센터에 대한 사용승인조차 받지 아니한 점 등을 고려하면, 쟁점부동산을 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 쟁점유예기간을 경과한 것이라고 보기 어렵고, 쟁점유예기간 내에 쟁점부동산을 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 행정관청의 금지나 제한과 같은 외부적 사유뿐만 아니라 정당한 사유로 볼 만한 내부적 사유도 없어 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 취득한 날부터 1년(유예기간)이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1973.8.30. 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보등을 원활히 제공하여 지속 가능한 산림경영을 촉진하고 산림의 생산력을 증진함과 아울러 조합원이 생산한 임산물의 판로 확대 및 유통의 원활화를 통하여 조합원의 경제적, 사회적, 문화적 지위향상을 도모함을 목적으로 하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 2021.12.20. 쟁점부동산을 매매를 원인으로 취득하고 「지방세특례제한법」 제14조 제3항에 따른 산림조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면을 신청하여 같은 법 제177조의2에 따라 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다.

(다) 청구법인의 “업무용 부동산 취득 계획”에 따르면 청구법인은 쟁점토지를 “임산물유통시설 및 조합업무용 시설부지(나무시장, 임업기계전시장 등)”로, 쟁점건축물 중 456.88㎡는 멸실하고 남은 200㎡를 “임산물생산자(송이 등) 공판 대기장소 및 산림경영기술지도 상담장소”로 활용하려던 것으로 보인다.

(라) 청구법인은 쟁점부동산에서 2022.3.5. ∼ 2022.4.10., 2023.3.10. ∼ 2023.4.8. 나무 전시 판매장을 개장하고, 2022.9.15. ∼ 2022.10.17., 2023.9.15. ∼ 2023.10.15. 송이ㆍ능이 수집 및 공판장을 운영하였다.

(마) 산림청의 산림조합특화사업은 매년 공모사업으로 진행되었고, “2023년도 산림조합특화사업” 추진 일정은 다음과 같이 공지되었다.

‘22. 8월 초

공모계획 알림

‘22. 8. 20.

사업계획서 및 증빙자료 제출

‘22. 9. 24.

심사위원회 심사평가 및 선정 결과 제출

‘22. 10월 초

최종사업대상자 확정

(바) 청구법인이 참여한 “2023년도 산림조합특화사업” 관련 일정은 다음과 같이 진행되었다.

○○○

(사) 청구법인은 2023.1.30. 주식회사 AAA종합건축사사무소와 임산물유통센터 건립사업 설계용역 계약을 체결(착수일 : 2023.2.3., 완료예정일 : 2023.6.2.)하였고, 2023.5.9. 3층 건립을 위한 연면적 및 총공사비금액 증가에 따라 설계용역 완수일자를 2023.7.15.로 연장하는 변경계약을 체결하였다.

(아) 청구법인은 2023.6.19., 2023.9.12. 등 처분청으로부터 “OOO 도시계획도로 개설공사”와 관련하여 주민설명회 참석 및 관계기관 협의 요청을 받았고, 2023.10.25. 도시계획도로 개설공사와 관련하여 지방자치단체와 협의를 완료하여 설계용역 완수기한을 2023.11.3.로 연장하는 변경계약을 체결하였으며, 2024.5.29. 처분청으로부터 도시계획도로 지하매설물 관련 사전협의 요청을 받았다.

(자) 청구법인은 임산물유통센터에 대하여 2023.9.12. 건축허가를 받고, 2024.1.26. 착공신고를 하여 2024.1.30. 착공허가를 받았으며, 2025.3.21. 사용승인을 받아 2025.5.20. 소유권보존 등기를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점유예기간 이내에 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하였고, 그렇게 볼 수 없다고 하더라도 쟁점유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되므로, 이 건 취득세 등 부과처분은 위법ㆍ부당하다고 주장한다.

그러나, 쟁점건축물 철거 및 토지 기반 조성 행위만으로 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용했다고 보기 어려운 점, “직접 사용”은 계속적이고 고정적으로 그 목적사업에 사용하여야 하는바(조심 2016지0134, 2016.8.8., 조심 2024지0040, 2024.6.26., 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점부동산을 쟁점유예기간 동안 나무 전시 판매장, 송이ㆍ능이 수집 및 공판장으로 각각 1달 정도 사용한 행위는 일시적인 사용이므로 쟁점부동산을 고유업무에 계속적으로 사용하였다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후에 보조금을 지원받아 임산물유통센터를 짓기 위하여 비로소 “2023년도 산림조합특화사업”에 수요를 제출한바, 보조금을 지원받는 사업을 추진하는 과정에서 임산물유통센터 건축공사가 지연된 것은 청구법인의 경제적인 내부사정에 불과하고 건축공사에 상당한 시일이 걸릴 것이라는 사실을 충분히 예측할 수 있었던 것으로 보이는 점, “OOO 도시계획도로 개설공사”와 관련한 업무협의 요청은 쟁점유예기간 만료 후 6개월이 경과한 시점에 이루어졌기 때문에 쟁점유예기간 내 쟁점부동산을 고유목적으로 사용하지 못한 외부적인 장애는 없었던 점, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 1년 1개월이 지나 임산물유통센터 설계용역 계약을 체결하고 2년 1개월이 지나 임산물유통센터 착공허가를 받은 점 등을 고려하면, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 산림조합법

제5조(최대봉사의 원칙) ③ 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니 된다.

제46조(사업) ① 지역조합은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 한다.

2. 경제사업

나. 조합원이 생산하는 임산물의 제조ㆍ가공ㆍ판매ㆍ알선ㆍ수출 등의 사업

다. 조합원의 사업 또는 생활에 필요한 공동이용시설의 설치ㆍ운영, 기자재의 임대사업

사. 산림용 종묘(種苗) 등 임산물의 채취ㆍ보관ㆍ육성ㆍ판매ㆍ알선