이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.1. 이천시 OOO 외 2필지(OOO) 토지 4,127㎡를, 2020.7.24. 같은 OOO번지 외 1필지(OOO) 토지 49,828㎡ 및 그 지상 건축물 가～바동 14,586.39㎡를, 2021.7.4. 같은 OOO 지상 건축물 사동 6,888.22㎡를 각각 AAA교회 및 BBB교회(이하 “종전교회들”이라 한다)로부터 증여로 취득하였으며, 위 각 부동산(OOO 외 4필지 및 그 지상 건축물 일체를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 및 제2항에 따라 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세 및 2021년도부터 2024년도까지의 재산세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 사후관리를 위하여 현장 출장을 실시하였고, 그 결과 이 건 부동산 중 라동 2층 예배실 1,551.51㎡를 제외한 나머지 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 각 호 및 제2항 단서에 따라 2025.1.2. 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을, 2025.2.5. 재산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 각각 부과·고지하였다.

＜이 건 취득세 등 부과 내역＞

(단위: 원)

○○○

＜이 건 재산세 등 부과 내역＞

(단위: 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 이 건 취득세 등에 대하여는 2025.3.11. 이의신청을 거쳐 2025.6.27. 심판청구(조심 OOO)를 제기하였고, 이 건 재산세 등에 대하여는 2025.4.1. 심판청구(조심 OOO)를 각각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산은 종교교육 및 선교를 목적으로 설립된 시설로서 전적으로 종교 고유의 목적을 위하여 사용되어 왔다. OOO신학연구원은 단순한 일반 교육기관이 아니라 종교교육과 더불어 신앙인으로서의 자질·인성 및 종교적 리더십을 함양하기 위한 신학교로서, 이는 종교시설의 범위에 명백히 포함된다.

또한 OOO 청소년훈련원(OOO글로벌스쿨) 역시 선교를 목적으로 설립되어 외부인을 대상으로 한 일반 교육기관이 아니라, 청구법인 산하 교회 소속 청소년을 대상으로 선교교육과 수련을 실시하여 종교적 지도자를 육성하는 종교훈련기관이다. 따라서 해당 시설에서 사용되는 기도시설, 집회시설, 선교세미나실, 수련회장, 훈련원, 사무실, 합숙소 등은 모두 예배·기도·선교 등 종교활동 수행을 위한 공간으로서, 외형상 전형적인 예배당이 아니라 하더라도 종교 목적 달성을 위한 필수적 부대시설에 해당한다. 이를 종교 외의 용도로 사용된 것으로 볼 수 없다.

아울러 체육용지 및 부동산 내 주차장 역시 종교시설을 방문하는 종교인 및 예배 참석자들이 이용하는 필수적 부수 공간으로, 종교활동과 불가분의 관계에 있는 시설이다.

쟁점부동산은 동일 종교집단 소속 교회가 20여 년 이상 종교 목적으로만 사용해 왔으며, 청구법인으로의 명의 이전은 동일 종교집단 내 소속 기관 간 관리주체 변경에 불과할 뿐, 실제 사용실태에는 아무런 변동이 없다. 또한 해당 부동산은 단 한 평도 수익사업에 사용된 사실이 없고, 유료로 제공된 바도 없다.

그럼에도 불구하고 이 건 취득세 및 재산세 감면을 배제하고 이를 추징한 처분은 종교시설 해당 여부 및 실제 사용 실태를 오인한 위법·부당한 처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 사용현황을 보면, 해당 부동산은 신학연구원 및 청소년훈련원(학교)의 운영을 위하여 강의실, 교수연구실, 교수실, 숙소, 기숙사, 도서관, 사무처, 식당, 휴게실 등으로 사용되고 있음이 확인된다. 또한 건축물대장상 용도 역시 당초 종교집회장에서 연수원으로 변경되어 있으며, 실제 이용형태 또한 교육·연수시설의 성격을 띠고 있다. 종교목적으로 직접 사용되는 부동산으로 인정되기 위해서는 종교의식, 예배, 선교 등이 정기적·지속적으로 이루어질 수 있는 최소한의 종교시설의 요건을 갖추고, 그 시설이 종교활동에 필수불가결한 공간에 해당하여야 한다는 것이 관련 심판례 및 판례의 입장이다. 그러나 쟁점부동산은 종교의식이 이루어지는 본질적 공간이라기보다는 종교와 관련된 교육활동을 위한 시설에 해당할 뿐이므로, 이를 종교용도로 직접 사용한 것에 해당한다고 보기 어렵다.

또한 쟁점부동산에서 운영되는 학교 및 연구원은 입학헌금, 등록헌금, 기숙사 헌금 등의 명목으로 일정 금액을 정하여 납부하도록 하고 있고, 이를 납부하지 아니할 경우 시설 이용이 불가하도록 운영되고 있는 점이 확인된다. 운영예산 중 이용자 부담금이 상당한 비중을 차지하고 있는 점을 고려하면, 그 명칭이 헌금이라 하더라도 실질적으로는 시설 이용에 대한 반대급부의 성격을 가지는 것으로 보아야 한다. 대법원 또한 사용에 대한 대가적 의미가 인정되는 경우에는 그 명칭을 불문하고 유료사용에 해당한다고 판시한 바 있다. 나아가 통계청 한국표준산업분류에 따르면 비인가 대안학교는 교육서비스업에 해당하는 수익사업으로 분류되므로, 쟁점 부동산에서 이루어지는 교육사업은 「지방세특례제한법」상 수익사업에 해당한다고 봄이 타당하다.

체육용지 부분 역시 지목상 체육용지에 해당하고, 상시적으로 종교의식에 직접 사용되는 건축물의 부속토지로 보기 어렵다. 일시적으로 주차장 등으로 활용된다고 하더라도, 현실적인 이용상 체육활동 공간으로 보는 것이 합리적이므로 감면대상에 포함된다고 보기 어렵다.

한편, 청구법인은 과거 장기간 종교목적으로 사용되어 왔고 관리 주체만 변경되었을 뿐이라는 점을 들어 신의성실 원칙 위반을 주장하나, 종전 소유자에 대한 재산세 감면은 전체 면적이 아닌 일부에 한하여 제한적으로 이루어진 사실이 확인된다. 이후 청구법인이 전면 감면을 신청함에 따라 감면이 이루어졌으나, 유예기간 경과 후 현장 확인 결과 감면요건을 충족하지 아니하는 것으로 판단되어 추징에 이른 것이다. 이는 법령상 요건 충족 여부에 따른 과세행위로서 신의성실 원칙에 반한다고 보기 어렵다.

더욱이 동일 부동산 및 동일 사안에 관하여 조세심판원 결정(조심OOO) 및 대법원 판결(OOO)에서 이미 종교의 직접사용 해당성을 부인한 바 있다.

결국 쟁점부동산은 종교의식이 정기적·지속적으로 이루어지는 본질적 종교시설로 보기 어렵고, 교육·연수시설의 성격을 가지며, 이용자 부담금이 수반되는 수익사업에 사용되고 있는 점 등에 비추어 「지방세특례제한법」 제50조에서 정한 종교용도로의 직접 사용 요건을 충족한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산을 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하였는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1987.2.21. 설립허가를 받아 1987.11.12. 설립한 종교법인으로서, 등기사항전부증명서에 따르면 국내외 청소년 신앙운동 및 선도사업, 국내외 복음화 및 지도자 훈련사업 등을 목적사업으로 하고 있음이 확인된다.

(나) 청구법인은 2020.7.1., 2020.7.24., 2021.7.4. 세 차례에 걸쳐 이 건 부동산을 종전교회들로부터 각 지분 2분의 1씩 증여받아 취득하였다.

(다) 건축물대장에 따르면 이 건 부동산은 당초 문화및집회시설 및 종교시설이었으나, 2013.11.19. 교육연구시설(연수원) 및 종교시설로 용도 변경되었고, 각 동별로 대부분 교육연구시설(연수원)로, 라동(E동)은 종교시설(종교집회장)로 등재되어 있음이 확인된다.

(라) 처분청은 2021.6.25., 2021.6.28., 2024.9.9. 세 차례에 걸쳐 쟁점 부동산에 대한 현지출장을 실시하였으며, 그 결과 복명서에서 라동 2층 1,551.51㎡만 예배실로 사용되고 나머지 건축물은 OOO신학연구원 및 OOO글로벌스쿨의 강의실, 교수연구실, 행정실, 도서관, 숙소, 식당 등으로 사용되고 있다고 기재되어 있다.

＜이 건 부동산 사용현황＞

단위: ㎡

○○○

(마) OOO신학연구원은 신학부, 연구원, 해외통신연구원 등의 과정을 운영하고 있고, 매학기 등록안내문에 입학헌금 및 등록헌금 등을 납부하도록 안내하고 있으며, 서류 및 면접을 통해 수강생을 선발하고 일반 교과목도 포함되어 있는 것으로 나타난다.

(바) OOO글로벌스쿨은 비인가 대안학교 형태로 운영되고 있으며, 처분청이 제출한 2024학년도 교육과정 편성표에 따르면 전 학년이 주당 47시간으로 편성되어 영어 중심의 교과 구성과 국어·수학 기초 역량 강화, 다양한 창의적 체험활동 및 주 5시간의 채플을 포함하여 학업·활동·인성 교육을 통합적으로 운영하는 교육과정임이 확인되고, 아울러 쟁점부동산 G동 지하 1층에는 영업장 면적 376㎡ 규모의 집단급식소가 설치·운영 신고되어 2024.11.26.자로 수리된 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산이 종교시설로서 종교적 목적에만 사용되었으므로, 이 건 취득세 및 재산세 등에 대하여 감면을 배제하고 이를 추징한 처분은 위법하고 부당하다고 주장하나,

종교단체가 취득한 부동산이라 하더라도 그 부동산이 종교의식·예배·선교 등 종교의 본질적 활동에 직접 사용되는 경우에 한하여 취득세 및 재산세가 면제되며, 여기서 말하는 ‘직접 사용’이란 종교의식이 정기적·지속적으로 이루어지는 공간으로서 종교활동 수행에 필수불가결한 시설을 의미한다고 봄이 타당한 점, 처분청의 현지조사 결과에 따르면 쟁점부동산 중 라동 2층 예배실을 제외한 대부분의 건축물은 강의실·교수연구실·행정실·도서관·숙소·식당·기숙사 등으로 사용되고 있음이 확인되고, 건축물대장상 용도 또한 대부분 ‘교육연구시설(연수원)’로 등재되어 있으며 실제 운영형태 역시 학기제 운영, 교과과정 편성, 학생 선발, 시간표 구성 등 일반 교육기관과 유사한 구조를 갖추고 있는 점을 종합하면, 쟁점부동산은 종교의식이 이루어지는 본질적 공간이라기보다는 종교 관련 교육·연수 활동을 위한 시설로 보이는 점, 또한 OOO신학연구원 및 OOO글로벌스쿨은 입학헌금·등록헌금·기숙사 헌금 등의 명목으로 일정 금액을 정하여 납부하도록 하고 있는바, 그 명칭이 ‘헌금’이라 하더라도 실질이 시설 이용 및 교육 제공에 대한 반대급부라면 이는 유료사용에 해당한다고 보이는 점, 아울러 체육용지 부분 역시 상시적으로 종교의식에 직접 사용되는 건축물의 필수적 부속토지라고 보기 어렵고, 현실적 이용상 체육활동 공간으로 기능하고 있는 이상 이를 종교 목적의 직접 사용에 해당한다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 과거 장기간 종교목적으로 사용되어 왔고 관리주체만 변경되었을 뿐이라고 주장하나, 지방세 감면은 매 과세연도별로 감면요건 충족 여부를 판단하여야 하며, 사후관리 과정에서 요건을 충족하지 아니한 사실이 확인된 이상 처분청이 이를 추징한 것이 신의성실 원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산을 종교용으로 직접 사용하지 않는다고 보아 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세 (「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.