이유
1. 처분개요

가. AAA 주식회사(이하 “이 건 주식발행법인”이라 한다)의 설립 당시 청구법인과 그 특수관계인 BBB(청구법인 대표이사 CCC의 배우자)은 이 건 주식발행법인의 발행주식 OOO주 중 OOO주(45%, 청구법인 OOO주, BBB OOO주)를 소유하고 있었다.

나. 청구법인은 2022.5.11. 이 건 주식발행법인의 발행주식 OOO주를, BBB은 같은 날 OOO주(청구법인이 취득한 OOO주를 포함하여 OOO주를 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 각각 취득하여, 최초로 이 건 주식발행법인의 100%(청구법인·BBB 각 50%) 과점주주가 되었다.

다. 처분청은 청구법인과 BBB이 쟁점주식을 취득하여 최초로 이 건 주식발행법인의 100% 과점주주가 되었음에도 과점주주에 따른 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아, 2025.8.6. 청구법인에게 이 건 주식발행법인의 취득세 과세대상(경기도 평택시 OOO 외 1필지 토지)의 장부가액 OOO원 중 청구법인의 지분(50%)에 해당하는 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제15조 제2항 제3호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 주식발행법인은 2021.7.14. 상호를 AAA 주식회사로 하고, 본점소재지를 OOO로, 목적사업을 부동산 개발업 등으로 하여 설립되었다.

(2) 이 건 주식발행법인의 주주명부 등을 보면, 설립 당시 발행주식 OOO주(자본금 OOO원) 중 청구법인이 OOO주(20%)를, BBB이 OOO주(25%)를, DDD이 OOO주(45%)를, EEE이 OOO주(10%)를 각각 소유하는 것으로 나타나나, 실제로는 BBB이 2021.7.14. 이 건 주식발행법인으로부터 OOO원을 차입(가지급금)하여 그 자본금을 전부 납입하였고, BBB은 2021.10.15. 이 건 주식발행법인으로부터 차입한 OOO원을 전액 상환하였다.

(3) 청구법인은 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주를 소유하고 있는 상태에서 2022.5.11. DDD과 EEE으로부터 OOO주를 각각 취득하여 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주(50%)를 소유하게 되었고, BBB도 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주를 소유하고 있는 상태에서 같은 날 DDD으로부터 주식 OOO주를 취득하여, 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주(50%)를 소유하게 되었으며, 청구법인과 BBB은「지방세기본법」제2조 제1항 제34호에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당하므로 형식적으로 청구법인과 BBB은 최초로 이 건 주식발행법인의 100% 과점주주가 되었다.

(4) 한편, 청구법인의 대표이사 겸 BBB의 배우자인 CCC은 쟁점주식의 전 소유자인 DDD과 EEE이 납부하여야 하는 쟁점주식(OOO주)에 대한 양도소득세 OOO원(지방소득세 포함)을 대신 납부하였다.

(5) 따라서, DDD과 EEE은 이 건 주식발행법인의 임원으로 등기되기는 하였으나 실제 근무한 기간은 37일에 불과할 뿐만 아니라 BBB이 단독으로 쟁점 법인의 중요한 의사결정(부동산 매입 등)을 하였음을 볼 때, BBB이 이 건 주식발행법인의 설립 당시부터 사실상 100% 과점주주였다고 보는 것이 타당하다.

(6) 따라서, 청구법인과 BBB이 2022.5.11. 취득한 쟁점주식은 원래부터 BBB의 소유였으므로 이는 형식적 취득에 불과한 것으로 과점주주 취득세 과세대상이 아님에도 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 등 자료에 의하여 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 하며(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결), 실제 주주가 아님을 주장하는 경우 그 명의자가 명의를 도용당하였다거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 명의신탁 당시 공증된 약정서 등 객관적인 자료 등을 통해 증명하여야만 그 책임을 다하였다고 볼 수 있다(조심 2022지909, 2022.8.2.).

(2) 청구법인이 제출한 이 건 주식발행법인의 계정별 원장만으로는 BBB이 이 건 주식발행법인의 설립 당시 자본금 OOO원을 전액 납입하였다는 사실이 명확하게 입증된다고 보기는 어렵고, DDD과 EEE이 스스로 쟁점주식의 실제 소유자가 아니라고 주장하지 않고 있음을 볼 때, 쟁점주식의 소유자인 DDD과 EEE이 차명주주에 불과하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(3) 또한, 특별한 사정이 없는 한 주주명부에 기재된 자의 주주권 행사를 부인하거나 주주명부에 기재되지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수 없고, 과점주주 취득세의 과세요건 충족 여부는 주식 취득 당시를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하고, 명의를 빌리는 사람이 주주의 자격으로 실제 의결권을 행사하였는지 등의 사정에 따라 소급하여 판단할 수는 없다고 할 것이다.

(4) BBB이 이 건 주식발행법인의 토지 취득과 대출 업무 등에서 중요한 역할을 수행하였다 하더라도 이러한 사실만으로 BBB이 쟁점주식(OOO주)에 대한 실질적인 주주권을 행사하였다고 볼 수는 없으므로, 청구법인과 BBB은 2022.5.11. 쟁점주식(OOO주)을 취득하여 이 건 주식발행법인의 100% 과점주주가 되었다고 할 것인바, 처분청이 그 중 50%의 지분을 가지고 있는 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점주식을 취득하여 이 건 주식발행법인의 과점주주(100%)가 되었다고 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.28.법률 제18655호로 개정된 것)

제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. (이하 생략)

(2) 지방세법 시행령

제11조[과점주주의 취득 등] ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 이 건 주식발행법인은 2021.7.14. 상호를 AAA 주식회사로 하고, 본점소재지를 OOO, 목적사업을 부동산 개발업·시행업, 분양대행업 등으로 하여 설립되었으며, 설립 당시 주주 및 임원 현황은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 이 건 주식발행법인의 설립(2021.7.14.) 당시 주주 현황

(단위 : 주, %)

○○○

(나) 청구법인과 BBB은 이 건 주식발행법인의 주식 OOO주(청구법인 OOO주, BBB OOO주)를 소유하고 있는 상태에서 2022.5.11. 청구법인이 OOO주를, BBB이 OOO주를 취득하여, 최초로 이 건 주식발행법인의 100% 과점주주(청구법인·BBB 각 50%)가 되었다.

(다) 청구법인이 제출한 예금거래 내역서 및 양도소득세 신고서 등을 보면, 청구법인과 BBB은 쟁점주식의 매매대금(1주 당 OOO원)으로 DDD에게 OOO원을, EEE에게 OOO원을 각각 지급하였고, DDD과 EEE은 2022.5.17. 관할 세무서장에게 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세 등 OOO원을 신고한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인은 BBB이 2021.7.14. 이 건 주식발행법인으로부터 OOO원을 차입하여, 이 건 주식발행법인의 설립 당시 자본금 OOO원(OOO)을 납입한 후, 2021.10.15. 이를 전액 상환하였다는 사실과 청구법인의 대표이사 CCC이 청구법인으로부터 OOO원을 차입하여 DDD과 EEE의 양도소득세 등 OOO원을 대납하였다는 사실을 입증하기 위해 청구법인의 계정별 원장과 예금계좌 거래내역 등을 제출하였다.

(마) 또한, DDD과 EEE이 2025년 8월 작성한 확인서를 보면, DDD과 EEE은 쟁점주식의 명의 상 소유자일 뿐 그 자본금을 납입하지 않았고, 그 주주권을 행사한 사실도 없다고 기재되어 있다.

(2)「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보되 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식 등을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 BBB이 2021.7.14. 이 건 주식발행법인으로부터 OOO원을 차입하여 이 건 주식발행법인의 자본금을 전액 납입하였다고 하는데, 그 당시에는 이 건 주식발행법인의 자본금이 납입되지 않은 상태로서, 이 건 주식발행법인이 BBB에게 해당 자금을 대여하였다는 주장을 그대로 신뢰하기 어려운 점,

청구법인과 BBB이 DDD과 EEE 등에게 쟁점주식에 대한 매매금액 OOO원을 지급하고 그 양도소득세까지 대납하였다고 하면서 BBB이 이 건 주식발행법인의 설립 당시부터 쟁점주식을 소유하고있었다고 주장하는 것은 설득력이 없는 점 등에 비추어

청구법인은 DDD 등으로부터 쟁점주식 중 OOO주를 취득하여 특수관계인인 BBB과 함께 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주가 되었다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.