이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.2.19. 서울주택도시공사와 서울특별시 강서구 AAA일반산업지구 내 산업시설용지 OOO 외 5필지 29,099㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2014.12.31. OOO원에 취득한 후, 같은 날 처분청에 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 청구법인은 2023.9.25. 이 건 토지 중 서울특별시 강서구 OOO 지상에 건축물 27,039.45㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율(1천분의 28)을 적용한 후 이 건 건축물 중 업무시설 부분(중부영업지원팀이 사용하는 221.96㎡, 2.08%)을 제외한 연구시설 부분(26,817.49㎡, 97.92%)에 대하여 「지방세특례제한법」(2023.6.1. 법률 제19422호로 일부개정 된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「서울특별시 시세 감면 조례」 제13조 제1호에 따른 취득세 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2024.5.27. 이 건 건축물 현지 출장 결과, 청구법인이 당초 연구시설 부분으로 신고한 부분 중 2층 홍보관 132㎡(이하 “쟁점홍보관”이라 한다), 3층 사무실 88.69㎡(이하 “쟁점사무실”이라 한다다), 4층 VIP룸 88.85㎡(이하 “쟁점VIP룸”이라 한다) 합계 309.54㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)를 연구시설 외 목적으로 사용하고 있는 것으로 보아 지특법 제78조 제5항 제2호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2024.10.10. 쟁점면적을 업무시설로 구분하여 이 건 건축물 중 연구시설 및 업무시설 부분 전용면적을 아래 재산정한 후 그 비율에 따라 공용면적과 복리시설 면적을 안분하고, 해당 면적에 대하여 표준세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.27. 이의신청을 거쳐, 2025.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점면적은 일반적인 업무시설이 아니라 연구시설 운영에 필수적으로 수반되는 부대시설로 보아야 한다. 지특법은 산업용 건축물을 공장, 지식산업, 문화산업, 정보통신산업, 유통시설용 건축물로 규정하고 있으나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 및 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다)에서는 산업용 건축물 및 부대시설의 범위를 별도로 명확히 규정하고 있지 않다. 다만 공장 및 그 부대시설에 관한 규정만 존재하고, 실제로 지특법에서 산업용 건축물과 공장용 건축물을 혼용하고 있으며, 이는 제조업과의 차별을 해소하고 동일한 세제 혜택을 부여하기 위한 입법 목적에 따른 것이다. 이에 따라 대법원 및 행정안전부 역시 산업용 건축물을 공장용 건축물과 동일하게 해석하고 있으므로, 산업용 건축물의 부대시설 범위 역시 공장용 건축물의 부대시설 정의를 준용하는 것이 타당하다.

산업입지법 및 산업집적법 시행규칙 제2조는 공장 부대시설을 사무실, 시험·연구시설, 식당, 휴게실, 제품전시장 및 그 밖에 제조시설의 관리·지원·종업원의 복리후생에 필요한 시설 등으로 규정하고 있으며, 지특법 시행규칙 제6조 또한 수익사업용이 아닌 제조시설 지원 목적의 후생복지시설 등 부대시설을 공장의 범위에 포함하고 있다.

쟁점VIP룸은 이 건 건축물에 근무하는 임직원이 외부인과의 회의 등 업무상 필요 시 사용하는 공간이다. 연구시설 특성상 보안이 강화되어 외부인 출입이 제한되므로 별도의 접객공간이 필요하며, 특정 직원이 상주하는 것이 아니라 필요 시 자유롭게 이용되는 공용 공간이므로 연구시설 운영을 위한 필수 부대시설로 보아야 한다.

쟁점사무실 역시 연구업무를 관리·보조하는 관련 부서가 사용하는 공간으로, 연구활동의 효율성을 높이는 기능을 수행하며 다른 목적의 업무는 수행하지 않는다. 따라서 사무실 또한 연구시설의 필수 부대시설이다.

쟁점홍보관은 연구 및 실험업무의 내용과 성과를 소개·홍보하기 위한 공간으로, 이는 공장의 제품전시장과 유사한 기능을 수행한다. 따라서 홍보관 또한 연구시설과 기능적으로 연계된 필수적인 부대시설로 평가할 수 있다.

종합하면, 쟁점부분은 모두 청구법인의 연구 및 실험업무 수행을 위해 반드시 필요한 부대시설에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 산업용 건축물 감면대상이 되는 산업용 건축물과 관련하여, 지특법 및 산업집적법에서 산업용 건축물 및 부대시설의 범위를 규정하지 않고 있으므로, 감면 도입 취지를 고려할 때 공장용 건축물 부대시설의 정의를 준용하는 것이 타당하다고 주장한다.

이에 따라 쟁점사무실은 연구 관련 업무를 관리·보조하는 공간이고, 쟁점홍보관은 연구 및 실험 업무의 내용을 설명하고 성과를 홍보하기 위한 장소이며, 쟁점VIP룸은 외부인의 건축물 출입이 제한되는 상황에서 외부인과의 회의를 위해 사용하는 접객공간이므로, 이들 쟁점 부분은 연구 및 실험업무 수행에 필수적인 부대시설로서 산업용 건축물 감면대상에 해당한다고 주장한다.

산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 입법취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 경쟁력을 높이려는 데 있다. 따라서 감면대상 여부는 원칙적으로 부동산 취득 당시의 현황, 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

또한 산업용 건축물의 “용도에 직접 사용”이란, 취득자가 산업용 건축물을 직접 신·증축하여 지특법 시행령 제38조 각 호의 용도에 실제로 사용하는 것을 의미한다(행정안전부 지방세특례제도과-2405, 2024.9.25.).

먼저, 산업용 건축물 및 부대시설의 범위에 공장용 건축물·부대시설의 정의를 준용할 수 있는지 살펴보면, 지특법 제78조 제4항 및 시행령 제38조 제3호는 감면대상 산업용 건축물을 산업입지법 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과, 이에 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물로 의제하고 있다. 한편 산업입지법 제2조는 공장과 지식산업을 별도로 규정하고 있으며, 공장에 대해서는 산업집적법 제2조 제1호에서 건축물 및 부대시설의 범위를 규정하고 있다.

그런데 이 건 건축물의 건축물대장상 주용도는 연구소이고, 청구인 역시 이를 연구·실험 목적으로 사용되는 연구시설 부분에 대해 감면 신청하였다. 또한 청구인이 제출한 이의신청서에도 이 건 건축물이 인접 실험동과 유기적으로 운영되는 연구시설이라고 기재되어 있다.

이러한 사정에 비추어 보면 이 건 건축물은 산업집적법 제2조 제1호의 “공장”이 아니라 지식산업 용도의 산업용 건축물로 보아야 하므로, 공장용 건축물·부대시설의 정의를 준용해야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.

다음으로 쟁점 부분이 산업용 건축물 감면대상의 부대시설에 해당하는지 살펴보면, 쟁점사무실은 청구인의 조직 중 총무부문 소속 부동산지원팀이 사용하는 곳으로, 총무업무는 경영 전반의 관리·통제 활동에 해당한다. 이는 연구개발 활동과는 본질적으로 업무 성격이 다르다.

쟁점홍보관은 현장 사진에 따르면 연구 실적이나 연구 활동을 홍보하는 공간이 아니라, 청구인의 설립 이후 연혁과 주요 활동 등을 소개하는 장소로 사용되고 있다.

쟁점VIP룸은 현장 사진에서 상패 등 홍보물이 비치되어 있고, 일반 회의실과 달리 쇼파와 테이블이 구비되어 있으며, 층별 안내도에서도 ‘회의실’과 구분하여 별도로 “VIP Room”으로 표기되어 있다. 이는 외부인과의 회의 목적이라기보다 임원 및 관계자 등을 위한 의전용 공간으로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다.

결국, 쟁점부분은 연구개발 등 지식산업 용도에 직접 사용되는 산업용 건축물과 직접 관련된 부대시설 또는 공용시설로 보기 어렵고, 청구인이 지식산업을 영위한다는 이유만으로 해당 공간이 지식산업 용도에 직접 사용되고 있지 않음에도 산업용 건축물로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점면적은 지식산업용 건축물(연구시설)의 부대시설로서 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1976.1.6. 석유제품, 가스, 윤활기유, 윤활유 그리스, 화학제품 및 관련 제품의 제조, 수송, 저장 및 매매 및 원유 및 석유제품 등의 수출입업 등을 목적사업으로 설립한 법인으로, OOO에 본점을 두고 있다.

(나) 청구법인은 2014.2.19. 서울주택도시공사와 이 건 토지에 대한 분양계약을 체결하였고, 2017.5.31. 이 건 토지 중 서울특별시 강서구 OOO 토지 지상에 이 건 건축물을 신축하기 위한 착공을 하여, 2023.9.25. 신축하여 취득하였다.

○○○

(다) 처분청은 2024.5.27. 이 건 건축물에 현지 출장하여 사용현황을 확인함에 따라, 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 때 연구시설 사용으로 신고한 부분 중 2층 홍보관(132㎡), 3층 사무실(88.69㎡), 4층 VIP룸(88.85㎡)의 쟁점면적(309.54㎡)을 연구시설 외 목적으로 사용하고 있는 사실을 확인하였다.

○○○

(라) 청구법인은 2024.6.11. 처분청의 현장 출장 결과를 반영하여 쟁점면적을 업무시설 부분으로 재산정하고, 이에 따라 연구시설 및 업무시설 전용면적을 다시 계산한 뒤 그 비율로 공용면적과 복리시설 면적을 안분하여, 연구시설 면적을 24,697.95㎡(91.34%), 업무시설 면적을 2,341.50㎡(8.66%)로 산정한 건축물 사용현황을 처분청에 이메일로 제출하였다.

○○○

(마) 이 건축물은 전체 연면적 25,756.07㎡ 중 전용 6,676.33㎡(약 25.9%), 공용 19,079.74㎡(약 74.1%)로 구성되어 전용 면적보다 약 세 배가량 큰 공용 기능(대강당·대기실·주차장 등)이 건물 사용의 중심을 이루는 시설이다.

(바) 청구법인이 제출한 조직도 등에 따르면, 중부영업지원팀은 마케팅총괄-국내영업본부-지역본부-영업지원팀의 소속이고, 쟁점사무실을 사용하는 부동산관리팀은 전략/관리총괄-총무부문 소속인 것으로 나타난다.

(사) 우리 원 조사담당자가 2025.9.25. 청구법인 및 처분청 담당공무원과 함께 이 건 건축물에 출장하여 쟁점면적의 현황을 조사한 결과, 쟁점VIP룸은 고급스러운 가구와 차분한 색감의 인테리어가 조화를 이루어 업무와 회의가 가능한 공간으로 활용되고 있었고, 쟁점홍보관은 청구법인의 연구개발 성과·소재 기술·친환경 솔루션 등을 시각적으로 전달하여 방문객의 이해를 돕는 구조로 구성되어 있으며, 쟁점사무실은 책상과 사무용 의자가 일렬 배치된 형태로 과거 부동산관리팀이 사용했으나 부동산관리팀이 별도 공간으로 이동함에 따라 현재는 비어 있는 상태로 확인되었다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 건축물이 공장이 아닌 지식산업용 연구시설에 해당하고, 쟁점사무실·홍보관·VIP룸은 연구개발 등 지식산업 용도에 직접 사용되거나 이에 필수적으로 수반되는 부대시설로 보기 어려우므로 산업용 건축물 취득세 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나,

「지방세특례제한법」 제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제38조에 따른 산업용 건축물에 대한 취득세 감면은 산업단지 내 산업 활동 촉진과 기업의 연구·개발 및 경쟁력 강화를 지원하려는 입법 취지에 비추어 감면대상 해당 여부를 건축물의 형식적 용도나 명칭이 아니라 해당 시설이 산업용 건축물의 본래 기능 수행을 위하여 실질적으로 필요하고 기능적으로 연계되어 있는지, 즉 ‘용도에 직접 사용’되고 있는지를 기준으로 판단하여야 하며, 연구시설 역시 독립적인 산업 활동의 한 유형이므로 연구·실험 기능의 수행을 지원·보완하기 위한 관리·지원·대외 소통 기능을 수행하는 시설은 그 실질에 따라 연구시설의 부대시설로 인정될 수 있다고 보이는 점, 쟁점사무실은 청구법인의 부동산관리팀이 연면적 약 27,000㎡에 달하는 대규모 연구시설인 이 건 건축물의 유지·보수, 시설관리, 안전 및 운영지원을 전담하며 실험실·연구실 등 연구공간과 다수의 공용시설·설비의 정상적이고 안정적인 운영을 수행하던 장소로서 연구활동과 기능적으로 밀접하게 연계되어 있다고 보이는 점, 쟁점홍보관은 청구법인의 연구개발 성과와 소재 기술, 친환경 솔루션 등을 시각적으로 전시·설명하여 외부 이해관계자의 이해를 돕고 연구성과의 이전·확산 및 협력기관·투자자 등과의 기술적 공유를 수행하는 공간으로서, 그 규모가 과도하지 않고 연구시설 내부에 설치되어 연구·실험 공간과 공간적으로도 밀접하게 연계된 것으로 보이는 점, 쟁점VIP룸은 외부인의 출입이 제한되는 연구시설의 특성상 외부 관계자와의 회의·면담을 위해 마련된 접객 및 공용 회의 공간으로서 특정 임직원의 전용 사무실이 아니라 필요에 따라 연구 관련 협의 및 대외 업무에 활용되어 보안성과 전문성이 요구되는 연구시설 운영상 불가피하게 수반되는 부대시설로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점면적을 산업용 건축물 취득세 감면대상에서 제외되는 것으로 보아 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2023.5.16. 대통령령 제33470호로 일부개정 된 것)

제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 산업용 건축물등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1.∼2. (생략)

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물. 다만, 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙(2023.3.14. 행정안전부령 제384호로 일부개정 된 것)

제6조(산업단지 등 입주 공장의 범위) 영 제38조 제3호 단서에 따른 공장의 범위는 「지방세법 시행규칙」 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것으로 한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)을 포함한다.

(4) 서울특별시 시세 감면 조례(2023.3.27. 서울특별시조례 제8609호로 개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공장을 말한다.

2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다.

(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 “제조시설등”이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

(7) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제2조(공장의 범위) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호에 따른 제조업의 범위는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 따른 제조업으로 한다.

② 법 제2조 제1호에 따른 공장의 범위에 포함되는 것은 다음 각 호와 같다.

1. 제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설(물품의 가공ㆍ조립ㆍ수리시설을 포함한다. 이하 같다) 및 시험생산시설

2. 제조업을 하는 경우 그 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 부대시설로서 산업통상자원부령으로 정하는 것

3. 제조업을 하는 경우 관계 법령에 따라 설치가 의무화된 시설

4. 제1호부터 제3호까지의 시설이 설치된 공장부지. 다만, 건축물의 일부만 소유하거나 임차하여 제1호부터 제3호까지의 시설을 설치하는 경우로서 법 제16조 제2항에 따라 등록되는 공장의 경우에는 그 소유 또는 임차한 부분의 바닥면적을 공장부지로 본다.

(8) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙

제2조(부대시설의 범위) 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제2항 제2호에 따른 부대시설은 다음 각 호와 같다.

1. 사무실ㆍ창고ㆍ경비실ㆍ전망대ㆍ주차장ㆍ화장실 및 자전거보관시설

6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설

6의2. 보육시설 및 기숙사(둘 이상의 입주기업체가 공동으로 이용하는 보육시설 및 기숙사를 포함한다)

7. 식당(「식품위생법」 제2조제12호에 따른 집단급식소로서 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관이 필요하다고 인정하는 경우에는 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)ㆍ휴게실ㆍ목욕실ㆍ세탁장ㆍ의료실 및 옥외체육시설 등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설

9. 그 밖에 해당 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 필요하다고 산업통상자원부장관이 인정하는 시설