이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 미국·괌·일본의 자회사로부터 지급보증수수료 및 시스템사용료 등을 수취하고, 2025.3.24. 이와 관련하여 「법인세법」 제57조(외국 납부 세액공제 등)에 따른 세액공제가 적용되어야 한다며 남대문세무서장에게 경정청구를 하였고, 남대문세무서장은 2025.5.22. 이를 인용하면서 2019사업연도 외국법인세액을 OOO원(이하 “법인세법외국법인세액”으로 한다)으로 확인하였다.

나. 청구법인은 2025.4.29. 「지방세법」 제103조의19 제2항의 외국법인세액은 2019사업연도에 실제로 익금산입된 금액인 OOO원(이하 “청구주장외국법인세액”이라 한다)으로 보아야 한다는 내용으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.9.5. 법인세법외국법인세액을 차감대상 외국법인세액으로 보아 해당 부분만을 인용하고, 나머지 청구액 OOO원은 거부처분하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법」 제57조는 국제적 이중과세를 조정하기 위해 납세자에게 두 가지 방법을 선택적으로 허용하고 있다.

(가) 첫째는 세액공제방식으로, 이는 내국법인이 국외원천소득에 대하여 외국 정부에 납부한 법인세액(외국법인세액)을 대한민국 법인세 산출세액에서 직접 차감해주는 방식이다.

세액공제방식 적용받기 위해서는 외국에 납부한 세액을 다시 소득에 가산하여 세전(pre-tax) 기준의 국외원천소득 전체를 과세표준에 포함시켜야 하고, 즉 「법인세법」 제15조 제2항 제2호에 따른 '익금산입(gross-up)'을 하여야 하며, 이는 국외원천소득의 진정한 수익성을 기준으로 법인세 부담을 계산한 후, 외국에 이미 납부한 세금을 공제해줌으로써 이중과세를 조정하려는 취지이다.

(나) 둘째는 손금산입방식으로, 이는 외국법인세액을 세액에서 직접 공제하는 대신, 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 비용, 즉 손금으로 인정받는 방식이다.

이 방법을 선택할 경우 익금산입 절차는 필요 없으며, 외국법인세액만큼 과세소득이 줄어들어 법인세율을 곱한 금액만큼의 절세 효과를 보게 된다.

(다) 법인지방소득세는 법인세 과세표준을 그대로 가져와 과세표준으로 삼도록 설계되었는데, 내국법인이 국세 단계에서 보다 유리한 세액공제 방식을 선택하면, 익금산입된 외국법인세액만큼 법인세 과세표준이 증가하게 된다.

그리고 이 증가된 과세표준이 아무런 조정 없이 그대로 법인지방소득세의 과세표준으로 이어지게 되므로, '증가된 과세표준'을 시정하는 조치가 필요하다.

(2) 이 구조적 문제를 해결하기 위해 2020년 말 법률 개정을 통해 신설된 조항이 「지방세법」 제103조의19 제2항이다.

(가) 이 조항의 입법 취지는 지방세 차원에서 외국납부세액에 대한 처리 방식을 세액공제가 아닌 손금산입으로 강제하려는 정책적 전환이 아니라, 법인세 단계에서 세액공제방식을 선택함에 따라 발생하는 '익금산입' 효과를 지방세 단계에서 되돌리는 것으로 이해된다.

(나) 만약 입법자의 의도가 지방세 단계에서 손금산입방식만을 허용하는 것이었다면, 법인세 단계의 선택과 무관하게 모든 외국법인세액을 과세표준에서 차감하도록 규정했을 것인데, 「법인세법」 제57조에 따라 '외국 납부 세액공제를 하는 경우'에만 적용되도록 그 요건을 한정하고 있는바, 해당 조항이 세액공제방식과 연동된 익금산입이라는 특정 상황에 대한 대응하기 위한 것임을 명백히 보여주는 것이다.

(다) 따라서 「지방세법」 제103조의19 제2항은 지방세 체계가 세액공제를 불허하고 손금산입만을 허용하겠다는 취지가 아니라, 법인세 단계에서 세액공제를 선택한 납세자가 지방세 단계에서 불이익을 받지 않도록 과세표준을 합리적으로 조정해주는 장치라고 봄이 타당하다.

(라) 이와 관련하여 서울행정법원은 외국납부세액의 익금산입은 외국납부세액공제를 위한 것에 불과하므로, 법인지방소득세에서 외국납부세액 공제가 인정되지 않는 이상, 외국납부세액의 익금산입 취소가 이루어져야 함은 당연하다고 판시하였다(서울행정법원 2024.11.13. 선고 2023구단70575 판결).

(3) 「지방세법」 제103조의19 제2항에 따라 법인세 과세표준에서 청구주장외국법인세액을 차감한 금액이 법인지방소득세 과세표준이 되어야 한다.

(가) 법인세 과세표준에서 차감하는 외국법인세액을 청구주장외국법인세액으로 하는 경우와 법인세법외국법인세액으로 하는 경우를 비교하여 보면, 법인세 과세표준에서 차감하는 외국법인세액을 청구주장외국법인세액으로 하는 경우는 법인세 신고시 세액공제방식을 적용하든 손금산입방식을 적용하든 법인지방소득세 과세표준이 동일하게 산정되나, 반면 법인세 과세표준에서 차감하는 외국법인세액을 법인세법외국법인세액으로 하는 경우에는 법인세 신고시 세액공제방식을 적용한 경우와 손금산입방식을 적용한 경우의 법인지방소득세 과세표준이 다르게 산정된다.

(나) 「지방세법」은 별도의 외국납부세액공제규정을 두고 있지 아니하므로 외국납부세액공제 여부는 법인지방소득세에 영향을 미치지 않아야 하는 점을 고려할 때, 법인지방소득세 과세표준이 납세의무자의 외국납부세액공제 적용여부 선택에 따라 영향을 받는 것은 타당하지 아니하다.

나. 처분청들 의견

(1) 「지방세법」 제103조의19 제2항에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 「법인세법」 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 "외국법인세액"이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제103조의25 제3항은에서 “법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다”고 규정하고 있다.

(2) 권한 있는 기관인 남대문세무서장에서 확인한 청구법인의 외국법인세액은 OOO원이므로, 차감되어야 할 외국법인세액은 법인세법외국법인세액을 보는 것이 타당하며, 청구주장외국법인세액이 인정되어야 할 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인지방소득세 과세표준 산정시 차감하여야 하는 외국법인세액을 청구주장외국법인세액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청들이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인에 따르면, 일본자회사의 경우는 청구법인이 원천징수세를 부담한 반면, 미국 및 괌 자회사의 경우 해당 해외 자회사가 원천징수세를 부담하였다.

(나) 청구법인이 제시한 외국법인세액 세부내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 외국법인세액 세부내역(청구법인 제시)

(단위 : 원)

○○○

위 ＜표＞에서 ‘외국납부세액공제 시기’가 2019사업연도인 것(1번～10번)의 합계액이 법인세법외국법인세액(OOO원)이고, ‘원천징수일’이 2019년에 해당하는 것(6번～14번)의 합계액이 청구주장외국법인세액(OOO원)이다.

청구법인은 본 건 쟁점과 관련하여 「법인세법」상 경정청구한 내용이 모두 인용되었으므로 「법인세법」상 더 다툴 이유는 없다고 답변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제103조의19 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 「법인세법」 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다고 규정하고 있는바, 「법인세법」 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우의 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에서 같은 법에 따른 외국법인세액을 차감한 금액이며, 또한 법인지방소득세가 과세된 경우 그 과세표준이 되는 법인세가 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정이 있기 전까지는 그 지방소득세의 과세처분도 일응 유효한 것으로 보아야 한다(조심 2024지56, 2024.7.23., 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 법인지방소득세의 과세표준에서 차감할 외국법인세액이 법인세법외국법인세액이 아니라 청구주장외국법인세액이 되어야 한다는 취지로 주장하나, 남대문세무서장은 「법인세법」 제57조에 따른 외국법인세액을 법인세법외국법인세액으로 경정하였고 이에 대하여 청구법인도 별도로 다투고 있지 아니함(청구법인은 「법인세법」상 경정청구한 내용이 모두 인용되어 더 이상 다툴 필요가 없다고 답변하였음)에도 불구하고, 법인지방소득세 과세표준 산정시의 외국법인세액을 「법인세법」상 외국법인세액이 아닌 청구주장외국법인세액이 되어야 한다고 주장하는 것은 위 「지방세법」 제103조의19 제1항 및 제2항 규정 내용 등에 반하여 받아들이기 어렵다.

(다) 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 법인세법외국법인세액을 차감대상 외국법인세액으로 보아 해당 부분만을 인용하고 나머지 청구를 거부처분한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것)

제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 「법인세법」 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 "외국법인세액"이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다. 이 경우 해당 사업연도의 과세표준에 「법인세법」 제57조 제2항 단서에 따라 손금에 산입한 외국법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 이 조 제1항에 따른 금액에 가산한 이후에 전단의 규정을 적용한다.

③ 제2항 전단에 따라 차감하는 외국법인세액이 해당 사업연도의 제1항에 따른 금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 15년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.

제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니한 경우

2. 제103조의23에 따른 신고를 한 내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 「법인세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

※ 부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제13조(종전에 납부한 외국납부세액의 환급에 관한 특례) ① 2014년 1월 1일부터 2019년 12월 31일 이전까지 개시한 사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인이 종전의 「법인세법」(법률 제17652호 법인세법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다) 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택한 경우로서 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에 외국법인세액이 포함된 경우에는 이미 납부한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 계산한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과의 차액을 「지방세기본법」 제60조에 따라 환급받을 수 있다. 이 경우 외국법인세액이 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.

(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

제15조(익금의 범위) ② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.

1. 외국납부세액의 세액공제방법 : 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 "공제한도금액"이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법

2. 외국납부세액의 손금산입방법 : 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법

② 제1항 제1호를 적용할 때 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 해당 사업연도의 공제한도금액을 초과하는 경우 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제받을 수 있다.

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.