산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1997년에 신설되어 2015년 감면율 인하 등이 될 때까지 약 17년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점건축물 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2008.8.8. AAA 산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다) 사업시행자로 선정되었고, 청구법인은 2017.8.25.~2021.2.19. 이 건 산업단지 사업면적 3,796,905.5㎡ 중 1,693,453㎡를 준공(지목변경 완성 : 2017.8.25. 1공구 1,207,632.9㎡, 2019.3.25. 2-1공구 51,171.2㎡, 2021.2.19. 2-2공구 434,648.9㎡)하여 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다) 등에 따른 취득세의 60%를 경감하고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2021.7.21. 위 지목변경 취득에 대하여「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 「지방세특례제한법」”이라 한다) 쟁점규정 및 같은 법 부칙 제14조를 적용하여 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.16. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.12. 심판청구(조심 2021지5734, 이하 “관련 심판사건”이라 한다)를 제기하였고, 우리원은 2023.12.25.이를 인용하는 결정을 하였다. 라. 청구법인은 2024.11.8. 이 건 산업단지 사업면적 3,796,905.5㎡ 중 3-1공구 1,684,905.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 준공(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)한 후, 2025.1.2. 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따른 취득세의 35%를 경감하고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고ㆍ납부하였다. 마. 청구법인은 2025.4.3. 이 건 지목변경 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정 및 같은 법 부칙 제14조를 적용하여 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등을 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.29. 이를 거부하였다. 바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 청구법인은 착공 당시 관계법령인 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 합리적으로 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년「지방세법」에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었고, 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령에서 향후 지방세 감면 내용이 축소, 폐지될 것이라는 아무런 공적이 표명이 없었다. 이러한 연혁을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 이 건 지목변경 공사를 수행하였다. 처분청은 이 건 지목변경 공사 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 준공 당시 「지방세특례제한법」을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었다. 따라서 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 이 건 지목변경에 대한 간주취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다. (2) 처분청 의견에 대하여 아래와 같이 항변한다. (가) 일반적 경과조치는 조세법령 불소급주의에 대한 예외로서 납세자에게 유리한 종전 규정에 대한 납세자의 신뢰 및 기득권을 보호하기 위한 것인바, 종전 규정 시행 당시 납세의무 성립 요건인 취득행위가 이루어지지 않았다 하더라도 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위에 나아갔다면, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용하는 것이 타당할 것이다. 이 건 산업단지 개발사업은 충청북도 청주시장으로부터 하나의 사업지구로 승인받은 산업단지 조성사업이다. 이 건 산업단지 중 3-1공구의 착공일은 1공구, 2-1공구, 2-2공구와 동일하게 종전 「지방세특례제한법」이 시행되던 2014.3.25.이고, 이 건 지목변경 행위와 같이 「지방세특례제한법」이 시행된 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하므로 취득세를 면제하는 것이 타당할 것이다(조심 2020지1231, 2021.9.30., 같은 뜻임). 또한, 이 건 산업단지 중 1공구, 2-1공구, 2-2공구의 지목변경일 역시 각각 2017.8.25., 2019.3.22. 및 2021.2.19.로 모두 「지방세특례제한법」이 시행된 이후임에도 조세심판원은 관련 심판사건에 대하여 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정을 적용하는 것으로 인용결정하였으므로, 이 건 산업단지 중 그 후 준공한 3-1공구에 대한 이 건 지목변경에도 일관되게 적용되어야 할 것이다. (나) 처분청은 사유지의 경우 보상에 의한 수용을 통해 실제 취득한 시점이 과세 요건 성립의 기준이라며 충청북도 청주시 흥덕구 OOO(2017.8.28. 취득), 충청북도 청주시 흥덕구 OOO(2019. 12.24. 취득)를 예로 들고 있다. 하지만 이 건 산업단지 중 2-1공구 및 2-2공구의 토지도 청구법인이 2017년 중에 취득하였으나, 일반적 경과규정의 적용 대상으로 인정받아 취득세를 면제받았으므로 이 건 산업단지 중 3-1공구 역시 동일한 기준으로 면제받는 것이 타당할 것이다. 예를 들어 이 건 산업단지 중 2공구 충청북도 청주시 흥덕구 OOO, 충청북도 청주시 흥덕구 OOO도 취득일이 각각 2017.10.20., 2017.10.31.이지만 종전 「지방세특례제한법」의 시행기간 내에 착공하였음을 인정받아 취득세를 면제받은 사실이 있다. 따라서 이 건 산업단지 중 3-1공구 역시 토지의 취득일이 아니라 지목변경 공사의 착공일(2014.3.25.)을 고려하여 취득세를 면제하는 것이 타당할 것이다. (다) 처분청은 이 건 산업단지 중 3-1공구는 토지 취득일이 2017년 이후이며, 항공사진 등을 통해 2019년~2020년에도 착공되지 않았음이 확인되므로 이 건 심판청구에 직접 적용될 수 없다고 주장하나, 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구도 토지 취득일이 종전 「지방세특례제한법」의 시행기간 이후인 2015년 이후이며, 2015년까지도 항공사진상 아직 택지로 개발되지 않은 상태인 것은 마찬가지 상황이다. 즉 처분청 논리대로 이 건 산업단지 중 3-1공구가 2014.12.31. 이전에 토지 취득 및 개발이 되지 않아서 감면을 해 줄 수 없다는 논리라면 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구도 마찬가지 상황이라는 것이다. 그럼에도 불구하고 관련 심판사건에서 이 건 산업단지 중 1공구뿐만이 아니라 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구를 감면 인정한 것은 이 건 산업단지 전체가 하나의 사업으로서 2014.3.25.에 착공하였음을 인정하였기 때문인 것이다. 관련 심판사건에서 청구법인은 종전 「지방세특례제한법」 시행 당시 이전인 2008년도에 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 2014.12.31. 이전에 산업단지 지목변경공사를 착공하였음을 인정받은 바 있다. 이 건 산업단지 중 1내지 3공구는 지리적으로 인접하여 연결되어 있으며, 각 공구 내에는 산업, 주거, 상업 및 지원시설이 이미 입지해 있거나 향후 입지할 계획에 따라, 전체적으로 하나의 통합된 사업으로 진행되고 있다. 이 건 산업단지 중 2-1공구 및 2-2공구의 준공인가필증을 확인하더라도 이 건 산업단지 중 3-1공구의 사업시행면적이 포함되어 하나의 사업으로 인정됨을 알 수 있다. 즉 이 건 산업단지는 1공구, 2공구, 3공구로 나뉘어 있으나, 개별적인 사업이 아닌 하나의 통합된 개발계획에 따리 진행된 단일 사업이고, 2014.3.25. 착공일 이후 이 건 산업단지 중 3-1공구 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었으므로 이 건 산업단지 중 1공구, 2-1공구, 2-2공구와 동일하게 관련 심판사건과 동일한 결정을 적용하여야 할 것이다. 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 산업단지 1공구 내지 3공구가 지리적으로 인접하여 연결되어 있고, 이 건 산업단지는 1공구, 2공구, 3공구로 나뉘어 있으나 개별적인 사업이 아닌 하나의 통합된 개발계획에 따라 진행된 단일 사업이고, 2014.3.25. 착공일 이후 3-1공구 준공 시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었으므로 조세심판원의 관련 심판사건 결정에 따라 이 건 산업단지 1공구, 2-1공구, 2-2공구의 지목변경 취득세를 환급받았기 때문에 3-1공구에 대해서도 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정의 감면율(100%)를 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 산업단지 개발의 장기화로 이 건 산업단지 조성 사업의 각 공구별 사업의 시행일, 착공일 및 준공일이 다르며, 청구법인이 주장하는대로 해당 사업이 통합개발 사업이라고 할지라도 각 공구별로 착공과 취득 시기를 달리 보아야 할 것이다. 국유지 등은 사업 승인 단계에서 사용 협의가 들어가지만 사유지의 경우는 보상에 의한 수용으로 청구법인이 취득을 해야 사용을 할 수 있다. 또한 토지의 착공이란 소유권이 청구법인에게 이전되어야 가능한 부분이다. 조세심판원 결정(조심 2020지3355, 2021.6.3.)의 내용 중 “종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전 규정이 적용된다고 할 것이다”라는 내용이 있다. 이 건 심판청구가 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정의 시행 당시에 과세요건에 얼마만큼 충족하고 밀접하게 관련이 있는지를 살펴보아야 할 것이다. 충청북도 청주시 고시(OOO) ‘AAA 일반산업단지계획 변경 승인, 소하천 지정(변경) 및 소하천구역 결정(변경)’를 보면 이 건 산업단지 중 3공구 공동주택 용지 충청북도 청주시 흥덕구 OOO및 단독주택 용지 충청북도 청주시 흥덕구 OOO 예시를 살펴보면 해당 토지의 취득일이 각각 2017.8.28. 및 2019.12.24.임을 확인할 수 있다. 이 건 산업단지 3공구 일대의 토지 매입이 2017년 이후 이루어졌는데, 이를 종전 「지방세특례제한법」 시행 당시의 과세요건과 밀접한 관련이 있다고 볼 수 없으며, 조세심판원의 관련사건 심판결정에 따라 이 건 산업단지 1공구 등과 마찬가지로 착공일을 2014.3. 25.로 보아 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정을 적용 취득세 100% 감면을 적용할 수는 없다. 또한 이 건 산업단지 3-1공구의 확정 지번 중 충청북도 청주시 흥덕구 OOO 일대의 연도별 항공사진으로 착공 시기를 살펴보자면, 2019년 및 2020년에도 착공에 들어가지 않은 것을 확인할 수 있다. 아무리 일반적 경과조치에 대한 입법취지가 납세자에게 불리하게 세법이 개정 된 경우에 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 존재한다고 하여도 이는 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건이 충족이 있는 경우에 한하여 적용할 수 있다고 대법원98두13713 선고 2021.5.29. 판결에서 판시하였는바, 이 건 산업단지 중 3-1공구는 토지 취득일, 착공일이 이 건 산업단지 1공구 및 2공구와 달라 조세심판원의 관련 심판사건의 결정을 동일하게 적용할 수는 없다. 또한, 모든 납세자에게 공평하고 보편적으로 적용되는 일몰 기한의 도래에 대해서 청구법인에게 유리하게 적용할 수는 없기에 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 지목변경에 대하여 「지방세특례제한법」의 일반적 경과규정을 적용하여 종전 「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.6.12. 충청북도 청주시 흥덕구 OOO을 본점소재지로, 충청북도 청주시 흥덕구 OOO 일원 사업대상지에 산업용지, 주거단지, 상업 및 근린생활시설, 산학연구단지, 교육, 스포츠 문화복지, 공동시설용지 등의 복합산업단지의 개발, 분양과 이에 따른 부대사업의 시행과 그 관련시설의 관리 및 운영 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 청구법인의 2026.1.22. 현재 주주명부를 보면 주식회사 BBB이 30%, 충청북도 청주시장이 20%, CCC이 15%, 주식회사 DDD이 15% 등을 소유하고 있는 것으로 확인된다. (다) 처분청은 2008.8.8. 청구법인의 쟁점토지를 포함하여 아래와 같이 산업단지 지구지정(개발계획)고시를 받은 것으로 확인된다. ○○○ (라) 청구법인은 2014.12.31. 이전에 이 건 산업단지의 지목변경공사를 착공하였다고 주장하면서, 시공사인 주식회사 DDD이 처분청에 제출한 아래 착공신고서(2014.3.25. 착공)와 2014.3.18. 실시한 이 건 산업단지의 착공식 사진, 2014.3.25.~2014.12.31. 지목변경공사를 실시한 작업일보(철거공사, 벌목공사, 토공사 등), 2015.1.30. 지목변경 공사(2014.3.25.~2015.1.16.)와 관련한 기성금 OOO원을 수령하고 청구법인에게 발급한 전자세금계산서, 이 건 산업단지 조성사업의 감리회사인 주식회사 EEE이 2015.1.26. 청구법인에게 제출한 기성검사결과(2014.3.25.~2015.1.16. 건설폐기물 철거공사, 토공사 등) 공문 등을 제출하였다. ○○○ (마) 처분청은 청구법인이 쟁점토지 전체를 취득하지 않고는 이 건 지목변경 공사를 착공할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 「건축법」 제11조 제11항 등에서 지상에 건축을 하려는 경우에는 그 부속토지의 소유권이나 사용권을 건축하기 전 확보하여야 하나, 산업단지 개발은 지역산업 육성이라는 공익적 성격을 갖고 있고 대규모 면적을 대상으로 하는 사업의 특성상 모든 사업부지를 취득한 후에 개발하는 것은 실무적으로 불가능하기 때문에 산업단지의 개발사업시행자는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 제22조 제4항 등에 따라 사업대상 개발구역 토지 50% 이상의 소유권이나 사용권을 확보하면 나머지 토지를 수용하거나 사용할 수가 있도록 규정하고 있어 비록 청구법인이 이 건 지목변경 공사를 착공(2014.3.25.)할 당시 쟁점토지의 일부를 취득하지 않았다고 하여 이 건 지목변경 공사를 착공할 수가 없는 것은 아니라고 주장하고 있다. (바) 청구법인은 2017.8.25.~2021.2.19. 이 건 산업단지 중 1,693, 453㎡를 준공(지목변경 완성 : 2017.8.25. 1공구 1,207,632.9㎡, 2019. 3.25. 2-1공구 51,171.2㎡, 2021.2.19. 2-2공구 434,648.9㎡)하여 취득한 후 「지방세특례제한법」 제78조 제1항 등에 따른 취득세의 60%를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고ㆍ납부하였다. (사) 청구법인은 이 건 산업단지 중 1공구, 2-1공구 및 2-2공구 취득과 관련하여 이 건 심판청구와 동일한 쟁점으로 심판청구(OOO)를 제기하였고, 우리원은 2023.12.25. 이를 인용하는 결정을 한 것으로 확인된다. (아) 처분청은 2024.11.8. 이 건 산업단지 중 3-1공구를 포함한 쟁점토지에 대한 부분준공인가 공고를 아래와 같이 한 것으로 확인된다. ○○○ (자) 청구법인은 이 건 산업단지 사업시행계획도를 우리원에 제출하였고, 그 계획도를 보면 1공구는 이 건 산업단지를 동서로 중앙관통하여 위치하고 있고, 2-2공구는 각 1공구 양쪽 끝면에 위치하고 있으며, 2-1공구도 이 건 산업단지의 동서에 떨어져 있는 것에서 알수 있듯이 각 공구는 상호 유기적으로 융합하여 섞여있는 것으로 확인된다. ○○○ (차) 산업단지 등에 대한 취득세 감면 규정은 1995.1.1. 신설된 후 2014.12.31.까지 취득세가 면제되었고, 2015년부터 「지방세특례제한법」쟁점규정에서 취득세 35% 감면으로 감면율이 아래와 같이 축소된 것으로 확인된다. ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에서 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」쟁점규정에서 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 일반적 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전규정이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015 두42152 판결 참조)이다. (다) 처분청은 이 건 지목변경에 따른 취득에 대하여 「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여야 한다는 의견이나, 일반적 경과규정은 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 산업단지에 대한 취득세 면제 조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 이 건 산업단지의 이 건 지목변경공사를 완료할 때까지 그 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 종전「지방세특례제한법」시행 당시 이전인 2008년에 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면 종전「지방세특례제한법」이 시행되던 2014.12.31. 이전에 이 건 산업단지 조성을 위한 지목변경공사를 착공한 것으로 보이는 점, 산업입지법 제2조 제8호에서 산업단지를 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로 규정하고 있는바, 처분청은 이 건 산업단지를 하나의 사업지구로 승인ㆍ고시하였고, 이 건 산업단지에 포함된 1공구와 2공구는 사업시행자인 청구법인이 임의로 구분한 구역으로, 별개의 사업구역이 아닌 일단(一團)의 토지로서 하나의 사업 개발구역으로 보아야 하는 점, 이 건 산업단지 사업시행계획도를 보면 1공구는 이 건 산업단지를 동서로 중앙관통하여 위치하고 있고, 2-2공구는 각 1공구 양쪽 끝면에 위치하고 있으며, 2-1공구도 이 건 산업단지의 동서에 떨어져 있는 것에서 알 수 있듯이 각 공구는 상호 유기적으로 융합하여 섞여있는 것으로 보이고, 처분청의 2024.11.8. 이 건 산업단지 중 3-1공구를 포함한 쟁점토지에 대한 부분준공인가 공고에서 볼 수 있듯이 각 공구가 모두 준공되어야 이 건 산업단지 전체 사업이 준공되는 것으로 볼 수 있어 이 건 산업단지 조성을 위한 지목변경공사를 착공(2014.3.25.)할 당시에 이 건 산업단지 중 3-1공구도 착공한 것으로 보는 것이 합리적인 것으로 보이는 점, 이 건 지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 지목변경 취득은 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따른 취득세 면제대상으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. (2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다. (3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다. 가. 국가산업단지: 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지 나. 일반산업단지 : 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지 제17조(국가산업단지개발실시계획의 승인) ① 국가산업단지의 사업시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국가산업단지개발실시계획(이하 “국가단지실시계획”이라 한다)을 작성하여 국토교통부장관(공용 또는 공공용으로 사용하기 위한 방파제ㆍ호안ㆍ안벽ㆍ물양장, 그 밖에 이와 기능이 유사한 시설을 설치하는 항만건설사업에 관한 실시계획의 경우에는 해양수산부장관의 승인을 말하며, 이 경우 해양수산부장관은 국토교통부장관과 미리 협의하여야 한다. 이하 같다)의 승인을 받아야 한다. ② 국토교통부장관이 국가단지실시계획을 승인하려면 관할 시ㆍ도지사의 의견을 듣고, 관계 중앙행정기관의 장(제6조 제3항에 따른 산업단지개발계획의 협의 시 실시계획을 승인하기 전에 재협의가 필요하다는 의견을 제시한 기관으로 한정한다)과 협의하여야 한다. 제22조(토지수용) ① 사업시행자(제16조 제1항 제6호에 따른 사업시행자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)는 산업단지개발사업에 필요한 토지ㆍ건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리, 광업권, 어업권, 양식업권, 물의 사용에 관한 권리(이하 “토지등”이라 한다)를 수용하거나 사용할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때 제7조의4 제1항에 따른 산업단지의 지정ㆍ고시가 있는 때(제6조 제5항 각 호 외의 부분 단서, 제7조 제6항, 제7조의2 제6항 또는 제8조 제4항에 따라 사업시행자와 수용ㆍ사용할 토지등의 세부 목록을 산업단지가 지정된 후에 산업단지개발계획에 포함시키는 경우에는 이의 고시가 있는 때를 말한다)에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조 제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다. ③ 국토교통부장관이 지정한 산업단지의 토지등에 대한 재결(裁決)은 중앙토지수용위원회가 관장하고, 국토교통부장관 외의 자가 지정한 산업단지의 토지등에 대한 재결은 지방토지수용위원회가 관장하되, 재결의 신청은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제23조 제1항 및 같은 법 제28조 제1항에도 불구하고 산업단지개발계획에서 정하는 사업기간 내에 할 수 있다. ④ 제3항에 따른 재결의 신청은 개발구역 토지면적의 100분의 50 이상에 해당하는 토지를 확보(토지소유권을 취득하거나 토지소유자로부터 사용동의를 받은 것을 말한다)한 후에 할 수 있다. 다만, 제16조 제1항 제1호, 제2호에 해당하는 사업시행자 및 이와 공동으로 개발사업을 시행하는 자의 경우에는 그러하지 아니하다. ⑤ 제1항에 따른 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.