① 쟁점감정가액(13,787백만원)은 감정가액의 평균액으로 공시지가(11,201백만원) 123.1%에 해당하므로 쟁점토지를 원형대로 감정하지 아니하였거나 지가상승율 등을 반영하지 못하였다고 볼 근거가 미흡하고, 청구법인은 매수법인에게 쟁점토지의 일부 지분(1/2)을 매각한 반면, 매수법인은 제3자에게 쟁점토지의 전부를 매각하였는데, 공유토지는 재산권의 완전한 행사제한 등 고려시 매수법인이 쟁점토지의 전부를 매각한 가액(35,800백만원)에 1/2을 곱한 산출가액(쟁점매매사례가액, 17,900백만원)을 쟁점토지 일부 지분(1/2)의 시가로 봄은 비합리적임② 동일한 거래에 대하여 「법인세법」상 시가와 상증세법상 시가를 달리 적용하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정과 상증세법상 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 달리 적용하는 것은 상증세법령의 취지에 부합하지 않음

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 1998.7.1. 설립되어 의료사업을 영위하는 공익법인으로, 2018.8.28. 경기도 안양시 OOO 토지(OOO㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다) 지분 2분의 1을 출연받고, 2021.8.11. 주식회사 A(이하 “매수법인”이라 한다)에게 쟁점토지의 지분(2분의 1)을 감정가액인 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)에 양도하는 계약을 체결한 후, 2021.8.19. 이를 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다. 나. 중부지방국세청장은 2024.1.16.∼2024.3.18. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ① 매수법인이 2021.11.15. 제3자에게 쟁점토지의 전부를 양도한 가액(OOO원)의 2분의 1인 OOO원(이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)을 청구인이 2021.8.19.양도한 쟁점토지 지분(2분의 1)의 시가로 보아, 청구법인이 특수관계법인인 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 시가보다 저가 양도하였으므로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과하고, ② 쟁점매매사례가액과 쟁점감정가액의 차액을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제2항에 따른 공익목적사업의 용도 외에 사용한 것으로 보아, 증여세를 부과하여야 한다는 등의 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2024.5.8. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편, 2024.5.10 청구법인에게 2021.8.11. 증여분 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점감정가액은 「법인세법」상 시가에 해당하며, 쟁점거래는 경제적 합리성이 있는 거래이다. (가) 청구법인과 매수법인은 공신력 있는 감정평가기관이 평가한 감정가액의 평균액으로 매매가액을 결정하였고, 이는 「법인세법」상 시가에 해당한다. 1) 「법인세법」 제52조 제2항은 시가를 “건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 시가가 불분명한 경우에는 “감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 상증세법의 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례대로 적용하여 계산한 금액에 따른다”고 규정하고 있다. 2) 조세심판원은 이 건과 유사하게 감정가액을 부인하고 비교토지의 매매사례가액을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 사안에 대하여 “청구인이 당초 신고한 감정가액을 쟁점토지의 양도 당시 시가로 보는 것이 타당하다고 판단된다”고 판단하여 인용 결정한바 있다(국심 2007구2145, 2009.2.11.). 3) 청구법인과 매수법인은 매매계약 당시 제3자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 찾지 못하여 각자가 공신력 있는 감정평가법인에 감정을 의뢰하여 그 감정가액의 평균액으로 거래하기로 합의하고, 쟁점토지에 대한 감정평가를 의뢰하였다. 청구법인은 F에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받고, 매수법인은 B에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받아, 2개 감정가액의 평균액인 쟁점감정가액(OOO원)을 매매가액으로 하여 매매계약을 체결하였는바, 이는 「법인세법」에서 정한 시가에 해당한다. 4) 부당행위계산부인 규정은 행위 당시를 기준으로 하여 판단하여야 한다. 「법인세법」 제52조 제1항은 “특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제88조 제2항은 부당행위의 판단시점에 대하여 “행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 이를 적용한다”고 명시하고 있다. 법원도 “주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 주식매수선택권의 행사시기가 아니라 그 부여시기를 기준으로 판단하여야 할 것”이라고 판시하였는바(대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결), 그 대금을 확정 짓는 거래의 행위 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 청구법인과 매수법인은 쟁점토지의 매매대금을 확정 짓는 거래 당시 세법이 정한 시가로 거래하였고, 쟁점감정가액(OOO원)은 개별공지지가(OOO원)의 123.1%에 달하는 금액으로, 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성될 수 있는 객관적인 교환가치에 해당한다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 지분을 매각하기 위해 적극적으로 노력하였고, 그 결과 매수법인에게 쟁점감정가액으로 매각할 수밖에 없었다. 1) 청구법인이 쟁점토지의 지분을 출연받게 된 경위는 다음과 같다. 청구법인은 2018년 10월에 만기가 도래하는 금융기관 대출금(OOO원)의 만기가 연장되어 않아 부도 위기까지 갈 수 있는 절박한 상황에서, 매수법인에게 공동으로 소유하고 있는 경기도 OOO㎡(이하 “OOO 부지”라 한다)를 공동담보로 제공해달라고 요청하였으나, 매수법인은 2017.11.13. 금융기관에 OOO 부지를 공동담보로 제공하지 않겠다는 의사를 통지하였다. 이에 출연자(a, 청구법인 대표자의 모친)는 2018.8.28. 청구법인의 재무구조 개선에 도움을 주기 위해 출연자가 소유하고 있던 쟁점토지의 지분을 청구법인에 출연하게 되었다. 2) 청구법인이 쟁점토지의 지분을 매각하게 된 경위는 다음과 같다. 청구법인은 쟁점토지가 청구법인이 계획하고 있는 종합병원을 건립할 수 있는 토지도 아니고, 설령 건립한다고 하더라도 종전에 지역 주민의 민원으로 병원 건립을 포기했던 터라, 쟁점토지를 3년 이내에 매각하여 그 매각대금을 고유목적사업에 사용하여야만 출연재산에 대하여 면제받은 증여세를 추징당하지 않는다는 세무법인의 검토의견에 따라 다방면으로 매각을 검토하였다. 청구법인은 쟁점토지의 지분을 매각하기 위해 적극적으로 노력하였고, 2020년 5월에 C 주식회사로부터 쟁점토지를 일반 의료용 부지 상태(현재 상태)로 매각하는 경우 쟁점토지의 지분을 OOO원에 매입하겠다는 제안서를 받았고, 주식회사 D로부터 OOO원에 매입하겠다는 제안을 받았으나, 매수 의향자들은 안양시에서 일반병원용지의 지목변경 및 종상향 변경 등이 어렵다는 사실을 확인한 후에는 아무런 연락이 없었다. 따라서, 청구법인은 자금문제 해소를 위해 쟁점토지의 나머지 지분 1/2을 보유하고 있던 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 쟁점감정가액에 매각하고, 동 매각대금으로 매수법인이 보유하고 있던 OOO 부지의 지분 1/2을 매입하게 된 것이다. (다) 청구법인은 공유지분 정리, 금융구조 개선 등을 위해 매수법인과 실질적인 교환거래를 하여야 하는 경영상의 합리적인 목적이 있었다. 청구법인은 공유지분을 정리하여 청구법인이 OOO 부지 100%를 소유하고, 이를 통해 아래 <표1>과 같이 담보자산으로서의 적격성을 확보하여 대출한도가 늘어나고 금리를 낮출 수 있는 등 금융구조를 개선하고자 실질적인 교환거래를 한 것이다. <표1> 교환거래로 인한 금융구조 개선 효과 구 분 교환 전 (쟁점토지의 지분 50%, OOO 부지의 지분 50%) 교환 후 (OOO 부지의 지분 100%) 담보 성격 제한적 담보 (공유자 동의 필요 등) 완전 담보 (독자적 처분 가능) 금융 기관 선호도 낮 음 (취급기피 또는 금리 높음) 높 음 (1금융권 수용 가능, 금리 인하) 자금 조달력 본인 지분 범위 내 한정적 자산 전체 가치를 활용한 극대화 (라) 청구법인은 매수법인과 법적 다툼을 했던 관계로, 청구법인이 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 저가양도하여 이익을 분여할 이유가 없다. 1) 청구법인은 2018.5.16. 진료재료 납품업체를 매수법인에서 E로 변경하였고, 매수법인은 청구법인에게 진료재료를 납품하지 못하게 되어, 매출액이 급감하였다. 2) 매수법인은 청구법인에 대한 대여금(OOO원)과 물품대금(OOO원)에 대한 채권을 확보한다는 이유로 청구법인의 대출 만기연장을 어렵게 하기 위해 2018.7.23. 청구법인이 금융기관에 담보로 제공한 부동산에 대하여 가압류 신청을 하였고, 2018.8.8. 법원의 결정에 따라 부동산 가압류결정 등기를 하였다. 3) 청구법인은 금융기관으로부터 부동산 가압류등기를 말소하지 않으면 대출만기 연장심사에서 부적격 판정을 받을 수 있다는 통보를 받고, 해방공탁에 의한 가압류 집행취소를 신청할 수밖에 없었고, 2018.9.5. 법원이 해방공탁에 의한 가압류 집행취소 결정을 하여 가압류를 말소하였다. 4) 매수법인은 b과 가깝게 지내던 c 이사를 내세워 2018.9.6. 청구법인의 이사회 결의에 대한 효력 정지 등 가처분 신청을 하였으나, 법원은 2019.2.22. 기각 결정하였다. 5) 매수법인은 법원에 청구법인에 대한 대여금 및 물품대금 지급명령을 신청하여 2018.9.30. 청구법인으로부터 대여금 및 물품대금과 지연이자를 지급받았다. 6) 매수법인은 금융기관에 청구법인의 대출연장을 하지 말아달라는 취지의 내용증명을 발송하였고, 금융기관은 2018.10.5. 청구법인에게 관련 내용을 확인하는 공문을 발송하였다. 7) 앞서 살펴본 바와 같이, 청구법인은 매수법인과 지속적인 법적 다툼을 했던 관계로, 청구법인이 매수법인에게 이익을 분여할 이유가 없다. (마) 청구법인은 쟁점거래 이후에 매수법인이 쟁점토지를 쟁점매매사례가액으로 매각한 사실을 인지할 수 없었다. 청구법인은 2021.8.11. 쟁점거래 이후 매수법인과 전혀 교류가 없었고, 매수법인도 쟁점거래를 통해 쟁점토지의 지분 전부를 보유하게 되었으므로 쟁점토지를 제3자에게 매각하는 것에 대하여 청구법인과 상의할 이유가 없었기에, 청구법인은 매수법인이 2021.9.16. 쟁점토지를 제3자에게 매각한 사실을 알지 못하고 있다가, 2021년 11월경에 과거 쟁점토지의 매수의향자 중 한 명으로부터 얘기를 듣고서야 인지하게 되었다. (바) 청구법인은 매수법인에 쟁점토지의 일부 지분(1/2)을 매각한 것이고, 매수법인은 제3자에게 쟁점토지의 전부를 매각한 것이므로, 일부 지분을 매각하는 경우 가치를 제대로 인정받기 어려운 점을 감안할 때, 쟁점토지의 전부를 매각한 가액인 쟁점매매사례가액의 1/2을 쟁점토지의 일부 지분(1/2)가액으로 보는 것은 부당하다. 매수법인이 제3자에게 매각한 쟁점매매사례가액은 토지 전체를 단독으로 매각하게 되어 통제권의 프리미엄이 반영된 가액이고, 잔금을 수령하기 전에 소유권을 이전해야 하는 위험을 부담하는 특약사항이 반영된 거래가액이며, 제3자(매수자)는 전문 부동산 개발업자로 사업추진을 위한 가치가 반영된 가격이므로, 아래 <표2>와 같이 단순히 산술적으로 동 가액의 1/2을 쟁점거래의 시가로 볼 수 없다. <표2> 공유지분 양도와 전체지분 양도의 비교 구 분 공유지분 양도 전체지분(단독소유) 양도 매수자 범위 제한적임 (경매 투자자 등) 일반 수요자 및 시행사, 투자자 전체 환금성 낮음 (거래 성사까지 오랜 시간 소요) 높음 (적정 가격시 즉시 거래 가능) 협상력 매수우위 시장 매도우위 또는 동등한 협상 가능 (사) 청구법인은 쟁점토지의 지분을 출연일로부터 3년 이내에 매각하여 그 매각대금을 고유목적사업에 사용해야만 공익법인 사후관리 요건을 충족할 수 있는 상황에서 어쩔 수 없이 쟁점토지의 지분을 매각하고, 그 대금으로 매수법인이 소유한 OOO 부지를 취득하였다. 앞서 언급한 바와 같이, 출연일로부터 3년 이내에 매각하여야 공익법인의 출연재산에 대한 증여세 과세가액 불산입 규정에서 정하고 있는 사후관리 요건을 충족할 수 있는데, 청구법인으로서는 제3자인 매수희망자가 없고, 출연일로부터 3년은 임박해 오는 상황에서 안정적인 병원 운영을 위해서는 매수법인이 소유하고 있는 OOO 부지를 매입해야 했던 터라, 어쩔 수 없이 청구법인은 매수를 희망하는 매수법인에게 쟁점토지를 매각하게 되었다. (아) 법원도 부당행위계산부인 규정은 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이라는 입장이다. 법원은 “부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「법인세법 시행령」에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래 행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는 것이다”고 판시하였다(대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 판결 등 참조). (자) 처분청 의견을 반박하면 다음과 같다. 1) 처분청은 쟁점감정가액은 쟁점토지와 요건이 상이한 표준지를 기준으로 평가한 것으로 감정가액 산정이 합리적이지 않다는 의견이나, 이는 사실과 다르다. F이 감정평가에 사용한 비교표준지는 경기도 안양시 소재 약 1,400개의 전체 표준지 중에서 쟁점토지와 동일 용도지역 내에 소재하면서 이용상황 및 주변환경 등이 비슷한 19개의 표준지를 선정하고, 그 중 쟁점토지와 가장 근접한 표준지인 경기도 안양시 OOO 토지를 비교표준지로 선정한 것으로, F은 이에 시점수정 비율, 지역요인 비율, 격차율(개별요인 비율) 등을 적용하여 적법하게 평가하였다. 법원도 “당해 토지와 같은 용도지역의 표준지가 있으면 다른 특별한 사정이 없는 한 용도지역이 같은 토지를 당해 토지에 적용할 표준지로 선정함이 상당하고, 가사 그 표준지와 당해 토지의 이용상황이나 주변환경 등에 다소 상이한 점이 있다 하더라도 이러한 점은 지역요인이나 개별요인의 분석 등 품등비교에서 참작하면 된다”고 판시한바 있다(대법원 2000.12.8. 선고 99두9957 판결). 2) 처분청은 청구법인이 쟁점거래 당시 매수법인과 제3자 간의 쟁점토지 양도계획을 알고 있었다는 의견이나, 이는 단순한 추정에 불과할 뿐 처분청은 이를 뒷받침할 수 있는 근거를 제시하지 못하고 있다. 오히려 청구법인은 매수법인과 법적 다툼을 진행하는 과정에서 대립 관계에 있었기에, 경제적 이익을 공유하거나 분여할 이유가 없다. 법원도 부당행위계산부인에 관하여 적용기준이 되는 시가에 대한 주장ㆍ증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 판시하였는바, 처분청은 이를 입증할 수 있는 증거자료를 제출하여야 함에도 불구하고, 아무런 자료를 제시하지 못하고 있다. 3) 처분청은 쟁점거래의 계약일부터 잔금일까지의 기간(8일)이 짧다는 이유로 쟁점거래가 이례적인 거래라는 의견이나, 이는 청구법인과 매수법인이 각자의 필요에 의해 쟁점토지와 OOO 부지를 실질적으로 교환하는 거래를 하였기 때문이다. 청구법인은 2021.9.6.까지 쟁점토지의 지분을 매각하여 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여야 증여세 부담이 없는 것으로 인식하고 있기도 했었지만, 법제처에서 2021.3.15. 의료법인이 토지를 제3자에게 임대하는 것은 「의료법」에 위반된다고 해석하여, 「의료법」 위반을 해소하기 위하여 급박하게 쟁점토지의 지분을 매각하여야만 하는 이유도 있었다. 또한, 청구법인과 매수법인은 실질적으로 교환거래를 하였기 때문에 매매대금을 쉽게 주고받을 수 있었고, 각자가 소유하고 있는 토지 지분의 가치가 비슷하였으며, 상호 간에 매매대금 지급을 신속히 마무리하는 것이 서로에게 이익이 되었기 때문에 계약일과 잔금일의 기간은 짧을 수밖에 없었다. 4) 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 지분과 OOO 부지의 지분을 교환하는 것으로 주무관청에 허가를 득하여 거래를 하면 되었음에도 불구하고, 관련 법령을 위반하면서까지 단순 매매거래로 가장하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점토지와 OOO 부지의 매매계약서를 각각 작성하여 출연재산의 매각대금을 공익목적사업에 사용해야 한다는 세법상의 요건을 맞추어 쟁점거래의 목적 중의 하나였던 공익법인에 대한 출연재산의 사후관리 요건 충족이라는 경영상 목적을 달성하고자 하였을 뿐이다. 또한, 청구법인은 쟁점토지의 ‘기본재산 처분허가 신청서’에 OOO 부지 매입을 명확히 기재하여, 쟁점토지를 OOO 부지와 실질적으로 교환한다는 내용을 숨긴 사실이 없고, 안양시도 ‘기본재산처분 허가서’에 처분 목적을 ‘경영합리화ㆍOOO 부지 지분 매입을 통한 비용절감ㆍ운영자금 등’으로 기재하였는바, 쟁점거래가 쟁점토지와 OOO 부지의 실질적 교환거래임을 인지한 상태에서 허가한 것이다. 5) 처분청은 a가 청구법인을 끼워넣어 세금을 부담하지 않고 쟁점토지의 지분을 자녀들에게 이전하였다는 의견이나, 청구법인은 「의료법」 제48조 제3항에 따라 재산을 처분하는 경우 주무관청의 허가를 받아야 하는바, 청구법인은 이에 따라 이사회 의결을 거쳐 경기도 안양시에 처분 사유서, 처분재산의 목록, 감정평가서 등을 제출하여 안양시로부터 쟁점토지의 처분 허가를 받았다. 이와 같이 청구법인은 의료법인으로서 쟁점토지의 지분을 매각하면서 주무관청의 객관적인 검증을 받았기 때문에, 쟁점거래는 일반적인 특수관계인 간의 거래와 단순 비교할 수 없으며, 사전에 계획하여 자녀들에게 부를 이전할 여지도 없다. (2) 처분청은 설령 쟁점감정가액이 「법인세법」상 시가에 해당한다고 보더라도, 상증세법상 공익법인이 출연받은 재산을 특수관계인에게 시가보다 낮게 양도하였는지 여부는 「법인세법」상 시가가 아닌 상증세법상 시가(쟁점매매사례가액)를 기준으로 하여 증여세를 부과하여야 한다고 주장하나, 상증세법 제35조 제3항은 「법인세법」상 시가를 우선 적용하도록 규정하고 있는바, 처분청 의견은 법리를 잘못 해석한 것이다. (가) 처분청은 “공익법인이 그 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액은 상증세법 제48조 제2항 제1호의 공익목적사업 외에 사용하는 것에 해당되는 것이다”는 기획재정부 유권해석(재산세제과-806, 2010.8.25.)을 근거로 하여, 대가와 시가와의 차액에 대하여 증여세를 부과하면서, 이 때 시가라 함은 「법인세법」상 시가가 아니라 상증세법상 시가라는 의견이다. (나) 그러나, 상증세법 제35조 제1항은 “특수관계인 간에 재산을 저가 양수 또는 고가 양도한 경우 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 증여재산가액으로 한다”고 규정하면서, 제3항에서 “재산을 양수하거나 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법」 제52조(부당행위계산부인) 제2항에 따른 시가에 해당하여 그 거래에 대하여 같은 법 제52조 제1항이 적용되지 아니하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다”고 명시하고 있다. (다) 또한, 청구법인과 매수법인은 법인세 납세의무자로서, 청구법인과 매수법인의 재산 거래에 대한 시가 산정방법은 「법인세법」을 따라야 한다. 처분청의 의견대로라면, 법인 간에 「법인세법」에 따른 시가로 재산 거래를 하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않더라도, 상증세법상의 시가 산정방법을 적용하여 시가를 달리 산정하여 그 가액으로 특수관계자 간의 고저가 양수도로 인한 이익의 증여가 있는지를 별도로 검토해야 하는 불합리한 상황에 직면하게 된다. 이러한 불합리한 상황을 해결하기 위하여 상증세법 시행령 제34조의5 제8항에도 “재산 또는 용역의 시가는 「법인세법」 시행령 제89조에 따른다”고 규정하여, 법인과의 거래로 인한 증여재산가액 산정은 「법인세법」의 규정을 따르도록 정하고 있다. (라) 처분청은 이 건 증여세 과세처분의 근거 조항은 상증세법 제48조이고, 상증세법 제48조에는 시가 산정에 대한 별도의 규정이 없으므로, 상증세법의 원칙에 따라 시가를 산정하여야 한다는 의견이나, 상증세법 제48조 제3항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제39조 제2항 및 제3항에서 「법인세법」상 시가를 기준으로 출연재산가액을 산정하도록 규정한 점을 볼 때, 상증세법 제48조를 적용함에 있어서도 「법인세법」상 시가를 적용하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점거래 시점에 매수법인이 제3자에게 매도할 의향이 있었던 사실을 인지하고 있었던 것으로 추정되며, 합리적인 경제인이라면 선택하지 않을 거래 사실들이 존재하는 등 쟁점거래는 부당행위계산부인 규정 적용대상에 해당한다. (가) 청구법인은 다음과 같은 이유에서 쟁점거래 당시 이미 특수관계법인인 매수법인과 제3자 간에 매각 거래가 진행되고 있는 사실을 인지하고 있었던 것으로 추정된다. 쟁점토지는 OOO 지구단위계획에 포함된 일반의료시설 용지로, 허가 없이 다른 용도로 전용이 불가능하고, 면적이 크고 예상거래가액이 높은 공유지분에 해당하므로, 매수 시 사업성 검토 및 용도변경 가능 여부, 공유 지분별 인수의향 타진, 거래가액 확정 등 계약 확정에 상당한 기간이 소요되는 것이 일반적이다. 그러나, 쟁점거래 계약체결일과 매수법인이 제3자에게 쟁점토지를 매각하는 계약을 체결한 날의 차이는 불과 36일에 불과하여, 청구법인은 쟁점거래에 관한 계약을 체결한 당시에 매수법인과 제3자 간에 쟁점토지 거래가 진행되고 있다는 사실을 인지하고 있었던 것으로 보인다. 쟁점거래의 경우 일반적인 고가의 토지거래의 형태와 달리 계약일로부터 잔금일까지의 기간(8일)이 매우 짧아 이례적인 거래이다. 청구법인이 짧은 기간에 매각거래를 하여야 할 정당한 이유도 없는 등 쟁점거래 이후에 매수법인이 제3자에게 쟁점토지를 쟁점매매사례가액에 매각하는 것이 예정되어 있지 않았다면, 이례적인 짧은 기간으로 거래할 이유가 없다. 쟁점토지와 같이 공유지분권자가 보유하는 토지의 경우, 일괄매수가 이루어지지 않는 경우 개발 및 사용의 제한으로 인하여 토지의 활용도가 매우 낮아지게 되므로, 토지를 매수하려는 자는 공유지분권자의 토지를 함께 매수하는 것이 일반적이고 매수의향 전달도 공유지분권자 모두에게 하는 것이 일반적이다. 청구법인도 2020년부터 2021까지의 기간 동안 여러 차례에 걸쳐 매수 희망자로부터 매수법인과 공동으로 매수의향을 전달받은 사실이 있는 것으로 미루어 볼 때, 청구법인은 매수법인과 제3자 간의 쟁점토지 거래에 대해서도 쟁점매매사례가액을 조건으로 매수의향을 전달받았을 것으로 보는 것이 합리적이다. 따라서, 청구법인은 쟁점거래 당시 이미 매수법인과 제3자 간에 매각 거래가 진행되고 있는 사실을 인지하고 있었다고 보아야 한다. (나) 쟁점거래 계약체결일로부터 불과 36일 이후에 매수법인이 제3자에게 쟁점토지를 양도한 가액(쟁점매매사례가액)은 동일한 자산에 대하여 “제3자 간에 일반적으로 거래된 가격”에 해당하므로, 「법인세법」상 시가에 해당한다. 1) 법원은 “「법인세법」상 시가는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하므로, 시장성이 적은 자산의 시가는 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 거래의 실례가 있다면 이는 시가에 해당한다고 볼 수 있다”고 판시하였고(대법원 1994.12.22. 선고 93두22333 판결 참조), “저가양도 여부를 거래 당시를 기준으로 하여야 한다는 것은 거래일 당시 시가와 거래가액을 비교하여 저가양도 여부를 판단하여야 한다는 의미이고, 오로지 거래일 이전 매매사례가액만을 거래일 당시 시가로 인정하여야 한다는 의미는 아니다”고 판시하였으며(서울행정법원 2013.8.28. 선고 2013구단6964 판결 참조), “감정가액은 법령에 따른 시가가 불분명한 경우에 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있으므로 시가를 알 수 있는 경우에는 시가로 볼 수 없다”고 판시한바 있다(서울고등법원 2015.4.24. 선고 2015누20169 판결 참조). 이 건의 경우 앞서 살펴본 바와 같이, 쟁점거래 계약체결일과 쟁점매매사례가액에 대한 계약체결일은 불과 36일 차이에 불과하여, 단기간 사이 쟁점토지의 지가가 상승할 만한 특별한 사정도 존재하지 않는 이상 쟁점매매사례가액을 시가로 적용한 것은 타당한 처분이다. 또한, 「법인세법」상 감정가액은 시가가 불분명한 경우에만 적용이 가능한 것인바, 쟁점거래는 시가가 분명한 경우에 해당하므로 감정가액을 시가로 적용할 수 없다. 2) 쟁점감정가액은 쟁점토지와 요건이 상이한 표준지를 기준으로 평가한 것으로, 감정가액 산정이 합리적이지 않다. 쟁점감정가액은 공시지가기준법을 사용하여 평가하였는데, 이 경우 관련 법령 및 규정에 따라 인근지역에 있는 표준지 중에서 대상토지와 용도지역, 이용상황, 주변환경 등이 같거나 비슷한 표준지를 선정할 것으로 기준으로 하고 있다. 그러나, 청구법인이 제시한 감정평가서상 비교표준지는 아래 <표3>과 같이 쟁점토지와 같은 동에 소재하고 있는 것 외에는 다른 요건들에 확연한 차이가 있어, 비교표준지로서의 기본요건을 충족하지 못하였다. 이와 같은 차이에도 불구하고 감정평가서에는 비교표준지의 공시지가를 기준으로 여러 제반 가격형성요인 및 인근 유사 토지의 가격수준 등을 종합적으로 참작하여 쟁점토지의 가액을 평가하였다는 취지만 기재되어 있을 뿐, 이용용도, 실제 이용현황, 면적 차이 등 여러 가격산정 요인이 쟁점토지의 가액평가에 어떻게 적용되었는지에 대한 구체적인 내용이 없어, 적정한 교환가치를 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 시가로 볼 수 없다. <표3> 감정평가 세부내역 ○○○ (다) 청구법인은 합리적인 경제인이라면 선택하지 않았을 비정상적이고 이례적인 거래를 하였다. 1) 청구법인은 쟁점거래와 동시에 OOO 부지의 지분(2분의 1)을 매수법인으로부터 매입하였는데, 쟁점거래 계약일과 불과 1일 차이로 OOO 부지의 지분(2분의 1)을 매수하는 계약서를 작성하였고, 잔금일 또한 쟁점거래의 잔금일과 불과 1일 차이에 불과하다. 즉, 청구법인과 매수법인은 각각 쟁점토지의 지분과 OOO 부지의 지분을 2분의 1씩 보유한 상태에서 각각 매도와 매수를 하였으므로, 사실상 교환거래를 한 것으로 보인다. 이러한 기본재산의 교환거래의 경우는 관련 법령에 따라 쌍방 재산내역 및 가액, 교환사유, 이사회 회의록을 주무관청에 제출하여 주무관청으로부터 교환거래 허가를 득하여야 합법적으로 거래를 진행할 수 있는 것으로, 이 때 주무관청은 교환거래 사유의 타당성과 교환하는 쌍방 재산가액의 불균형 여부를 검토한 후 승인한다. 그런데 청구법인은 이러한 사실상의 교환거래를 진행하면서도 합법적인 교환거래의 절차 없이 마치 단순 매매거래인 것으로 하여 거래를 진행하였으면서도, OOO 부지의 지분 매입을 위하여 쟁점거래를 반드시 성사시켜야 했다고 주장하고 있는바, 이는 납득하기 어렵다. 만약, 청구법인의 주장과 같이 청구법인이 OOO 부지 매입이 절실하게 필요했다면, 다소 시간이 소요되더라도 청구법인이 소유하고 있던 쟁점토지의 지분과 매수법인이 보유하고 있던 OOO 부지의 지분을 교환하는 것으로 주무관청에 허가를 득하여 거래를 하면 되었음에도 불구하고, 관련 법령을 위반하면서까지 단순 매매거래로 가장하여 단기간에 특수관계인에게 양도하는 거래를 한 것은 청구법인이 쟁점거래 이후에 매수법인이 제3자에게 쟁점매매사례가액에 쟁점토지를 양도하기로 하는 거래가 예정되어 있음을 사전에 인지한 상태에서, 이를 확정하기 위하여 단기에 쟁점거래를 진행하였다고 볼 수밖에 없다. 2) 청구법인은 출연받은 쟁점토지를 출연일로부터 3년 이내에 매각하여야 하는 부득이한 사정으로 인해 저가양도하였다고 주장하나, 이는 청구인의 단순한 법령의 부지 또는 오인에서 비롯된 것으로서 저가양도를 인정할 만한 정당한 사유에 해당하지 않는다. 상증세법 제48조 제2항 제1호에 따르면, 공익법인이 출연재산을 출연받은 날로부터 3년이 넘게 고유목적사업에 직접 사용하지 않더라도 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우, 즉 그 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용하면 증여세가 부과되지 않도록 규정하고 있다. 세무컨설팅 내용에도 이러한 운용소득에 대한 내용이 포함되어 있는바, 청구법인이 상증세법상 사후관리요건을 충족하기 위해 쟁점토지의 지분을 저가로 양도하였다는 청구주장은 납세자의 법령 오인으로 인한 것으로, 저가양도를 인정할 만한 정당한 사유에 해당하지 않는다. 3) 매수법인의 공동담보 제공 거부로 인한 청구법인의 자금압박은 2018년과 2019년에 발생한 것으로, 청구법인이 자금압박의 사유로 쟁점토지의 지분을 급박하게 매각할 이유는 없다. 청구법인은 2012.11.1. OOO 부지에 대하여 매수법인의 동의를 받아서 OOO 부지를 공동담보로 하여 근저당권을 설정하고 대출을 받았다. 매수법인이 2018.12.6. 공동담보 제공을 거부하여 청구법인의 대출연장이 이루어지지 않았으나, 청구법인은 OOO 부지를 견질담보로 제공하여 대출을 계속 유지하였다. 따라서, 매수법인이 공동담보 제공을 거부하였다고 하더라도 이자율 변동만 있었을 뿐 자금문제는 없었던 것으로 보이므로, 청구법인이 쟁점토지의 지분을 급박하게 매각할 필요는 없었던 것으로 보인다. 4) 청구법인은 비영리법인으로 청산 시 모든 재산은 국가에 귀속되는 반면, 매수법인은 영리법인으로 주주에게 배당으로 지급할 수 있으므로, 청구법인이 쟁점거래를 통해 매수법인에게 이익을 분여할 충분한 이유가 있다. 청구법인은 매수법인과 2018년부터 2019년까지 법정 다툼까지 가는 대립 상태에 있었기에 청구법인이 매수법인에 이익을 분여할 이유가 없다고 주장하나, 이는 오래 전에 발생한 일이고, 2019년도에 지급명령에 대한 소 취하를 한 상태이므로, 쟁점거래 당시 두 법인의 관계는 회복된 것으로 보이며, 설령 청구법인과 매수법인 간에 갈등 및 불화가 있었다고 하더라도, 단순히 이와 같은 사유가 부당행위계산부인 규정 적용 시 고려할 사항은 아니며, 앞서 살펴본 바와 같이 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없다. 5) 청구법인이 쟁점토지의 지분을 매각한 과정을 보면, 매입의사가 있었던 업체들의 제안서만 있을 뿐 청구법인이 적극적으로 업체들과 가격협상을 한 사실, 거래가 무산된 과정, 매수법인과 거래를 하게 된 경위 등이 객관적으로 확인되지 않는다. 청구법인이 쟁점거래를 함에 있어서 거래상대방과 치열한 가격협상을 하거나, 주변 토지의 시세 등을 스스로 조사하고 검색하여 정보를 수집하고 이에 기반한 협상을 시도하는 등 고액의 부동산을 매도하는 자가 응당 취할 것으로 여겨지는 행태를 보이고 있지 않는 것은 사회통념상 합리적인 경제인으로서의 태도로 보기 어렵다. 6) 청구법인은 쟁점감정가액에 쟁점토지의 지분을 매각할 수밖에 없는 사정이 있었고, 법적 다툼이 있었던 매수법인에게 이익을 분여할 이유가 없다고 주장하나, 이는 부당행위계산부인 규정 적용 시 고려할 사항이 아니다. 또한, 청구법인의 이사장인 d가 OOO 언론사와 인터뷰한 내용에 따르면, “가족들과의 갈등이 있을 때 가장 힘들었으나, 지금 더할 나위 없이 행복하다”고 하였고, d의 부친 b은 d와 화해하여 병원 행사에 참석하고, d는 병원 홈페이지에 b의 회고록을 홍보하기로 하는 등 쟁점거래 당시 사이가 좋지 않아 이익을 분여할 이유가 없었다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. (라) 청구법인은 쟁점토지를 증여받고 다시 양도하는 과정에서 양도소득세 및 증여세 등 부동산 거래에 대한 세금을 전혀 납부하지 않은 점도 고려되어야 한다. 청구법인과 매수법인이 쟁점토지를 취득하고 양도한 흐름은 아래 <그림>과 같다. <그림> 쟁점토지의 거래 흐름도 ○○○ b은 쟁점토지의 지분을 매수법인에게 양도하면서 양도소득세 OOO원을 납부한 반면, a는 쟁점토지의 지분을 청구법인에 증여하고 청구법인은 매수법인에게 다시 양도하면서 증여세, 양도소득세를 전혀 납부하지 않았다. 즉, 청구법인을 끼워넣는 거래를 통하여 쟁점토지의 지분 거래에 대한 세금을 부담하지 않고 결과적으로 자녀들에게 쟁점토지의 지분을 이전한 것이다. b, a는 쟁점토지의 지분을 증여하기 전에도 청구법인을 위해 쟁점토지를 담보로 제공해주었고, 이를 통해 청구법인은 자금을 차입하였다. 청구법인은 자금사정이 좋지 않아 a가 어쩔 수 없이 청구법인에게 쟁점토지의 지분을 증여하였다고 주장하나, 쟁점토지를 증여함으로 인해 청구법인의 자금사정은 전혀 좋아지지 않았다. (마) 청구법인은 일부 지분을 매각하는 경우 가치를 제대로 인정받기 어려운 점을 감안할 때, 쟁점토지의 전부를 매각한 가액인 쟁점매매사례가액의 1/2을 쟁점토지의 일부 지분(1/2)가액으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유에서 합리적이지 않은 주장이다. 쟁점토지는 이전부터 용도가 제한되어 있는 의료용지였으며, 청구법인은 이전부터 지속적으로 쟁점토지의 지분을 매각하려는 의도를 가지고 매수법인과 함께 매각을 시도한 사실 등에 미루어 볼 때, 청구법인이 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 양도한 후 불과 한 달만에 매수법인의 단독 소유로 인한 통제권 프리미엄이 발생하였다는 청구법인의 주장은 상식적이지 않다. (2) 설령, 쟁점감정가액이 「법인세법」상 시가에 해당한다고 보더라도, 상증세법상 공익법인이 출연받은 재산을 특수관계인에게 시가보다 낮게 양도하였는지 여부는 「법인세법」상 시가가 아닌 상증세법상 시가를 기준으로 판단하여 증여세를 부과하여야 한다. (가) 상증세법에 따라 공익법인에게 증여세를 부과할 때는 상증세법에서 정한 시가를 기준으로 판단하여야 하는바, 상증세법상 명시적인 근거 규정도 없이 「법인세법」에 따른 시가를 기준으로 판단할 수 없다. 따라서, 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정 적용 여부와는 별개로, 공익법인이 출연받은 재산을 특수관계인에게 상증세법상 시가보다 낮게 양도한 경우에는 그 대가와 시가(상증세법상 시가)의 차액을 공익목적사업 외에 사용한 것으로 보아야 한다. 상증세법에서는 감정가액과 매매사례가액이 둘 다 존재하는 경우, 평가기준일(2021.8.11.)과 가까운 날의 거래가격을 시가로 보도록 규정하고 있는바, 쟁점매매사례가액(계약체결일 : 2021.9.16.)이 쟁점감정가액(평가서 작성일 : 2021.6.24., 2021.6.28.)보다 평가기준일에 가까운 날의 거래가격에 해당하므로, 쟁점매매사례가액이 상증세법상 시가에 해당한다. (나) 청구법인은 상증세법 제35조를 근거로 하여, 이 건 증여세를 부과함에 있어서도 「법인세법」상 시가를 적용하여야 한다고 주장하나, 이 건 증여세 과세처분의 근거 조항은 상증세법 제48조이므로, 시가 판단 시 이에 대한 개별규정이 없는 한 상증세법의 원칙에 따라 시가를 산정하는 것이 타당하다. 즉, 상증세법 제35조는 여러 증여 유형 중 해당 규정에 한하여 개별규정을 적용하는 것이며, 이를 확장해석하여 다른 증여 유형에도 동 규정을 적용하여야 한다는 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점감정가액을 부인하고 쟁점매매사례가액을 쟁점토지 지분(2분의 1)의 시가로 보아, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부 ② 공익법인인 청구법인이 출연받은 쟁점토지의 지분(2분의 1)을 특수관계인에게 저가 양도하였으므로, 시가와 매매가액의 차액을 공익목적사업의 용도 외에 사용한 것으로 보아, 증여세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 쟁점토지의 부동산등기부상 ‘소유권에 관한 사항(갑구)’ 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 등기부상 소유권에 관한 사항(갑구) 주요내용 ○○○ (나) 매수법인의 주주현황은 아래 <표5>와 같다. <표5> 매수법인의 주주현황(2020.12.31. 기준) (단위 : 주) ○○○ (다) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. 1) 청구법인은 쟁점토지를 3년 이내에 매각하여 그 매각대금을 고유목적사업에 사용하여야만 출연재산에 대하여 면제받은 증여세를 추징당하지 않는다는 세무법인의 검토의견에 따라 다방면으로 매각을 검토하였다고 주장하면서, 세무법인 G의 검토의견서를 제출하였으며, 동 의견서의 주요내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 세무법인 검토의견서(주요 내용 발췌) ○○○ 2) 청구법인은 C 주식회사의 쟁점토지 매입 제안서를 제출하였으며, 동 제안서에 따르면, C 주식회사는 쟁점토지의 매매대금을 OOO원으로 제안한 것으로 나타난다. 3) 청구법인은 쟁점토지의 지분에 대하여 F에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받고, 매수법인은 B에 감정평가를 의뢰하여 감정가액 OOO원을 제시받아, 2개 감정가액의 평균액인 쟁점감정가액(OOO원)을 매매가액으로 하여 매매계약을 체결하였다고 주장하면서, F과 B의 감정평가서를 제출하였으며, 각 감정평가서의 주요 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점토지에 대한 감정평가서 주요 내용 (단위 : 원) ○○○ 4) 청구법인은 매수법인으로부터 OOO 부지의 지분 1/2을 감정가액으로 매입하였다고 주장하면서, 매수법인이 F과 B에 의뢰하여 평가받은 감정평가서를 제출하였으며, 동 감정평가서의 주요 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> OOO 부지에 대한 감정평가서 주요 내용 (단위 : 원) ○○○ 5) 청구법인은 매수법인과 법적 다툼을 했던 관계로, 청구법인이 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 저가양도하여 이익을 분여할 이유가 없다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다. 가) 청구법인은 2018.5.9. 진료재료 납품업체를 매수법인에서 E로 변경하는 내용의 “진료재료 공급업체 변경의 건”의 품의서를 작성하였고, 2018.6.1. E과 “의료소모품 공급계약”을 체결하였다. 나) 수원지방법원 안양지원은 2018.7.11. 채권자를 매수법인으로, 채무자를 청구법인으로 하여 청구법인이 소유한 부동산(경기도 안양시 OOO 토지 및 지상 건물 외 7필지)에 대하여 가압류 결정(OOO 결정)을 하였다. 다) 청구법인은 법원의 가압류 결정(OOO 결정)에서 정한 청구금액(OOO원)을 해방공탁금으로 공탁하였고, 수원지방법원 안양지원은 2018.8.1. 가압류집행 취소 결정(OOO 결정)을 하였다. 라) 수원지방법원 안양지원은 c이 청구법인에 대하여 제기한 이사회 결의 효력정지등 가처분 사건에 대하여 2019.2.22. 기각 결정을 하였다. 마) 매수법인은 법원에 청구법인에 대한 대여금 및 물품대금 지급명령을 신청하였고, 수원지방법원 안양지원은 2018.9.28. 채권자를 매수법인으로, 채무자를 청구법인으로 하여 채무자는 채권자에게 대여금 및 물품대금(OOO원)과 지연손해금을 지급하라는 내용의 지급명령을 하였다. 6) 청구법인은 법제처에서 의료법인이 토지를 제3자에게 임대하는 것은 「의료법」에 위반된다고 해석하여, 「의료법」 위반을 해소하기 위하여 급박하게 쟁점토지를 매각할 수밖에 없었다고 주장하면서, OOO 제하 기사(2021.3.18.)를 제출하였다. 7) 법제처는 아래 <표9>와 같이 2021.3.15. 의료법인이 소유하고 있는 토지를 제3자에게 임대하는 것이 가능한지 여부에 대한 질의에 대하여 “의료법인이 소유한 기본재산인 유휴토지를 「의료법」 제49조 제1항 각 호에 해당하지 않는 사유로 제3자에게 임대하려는 경우 시ㆍ도지사는 같은 법 제48조 제3항에 따라 허가를 할 수 없다고 보아야 한다”고 유권해석한 것으로 확인된다. <표9> 법제처 유권해석 ○○○ 8) 경기도 안양시장은 2021.1.15. 청구법인에게 쟁점토지의 처분을 허가하는 내용의 “의료법인 기본재산처분(매도) 허가 통보” 공문을 발송한 것으로 확인된다. (3) 처분청은 쟁점거래 당시 청구법인과 매수법인의 사이가 좋지 않았다는 청구주장은 사실과 다르다는 의견을 제시하면서, 아래 <표10> 및 <표11>의 언론 기사와 <표12>의 청구법인 홈페이지 홍보내용을 증빙으로 제출하였다. <표10> OOO 기사(2021.9.2.) ○○○ <표11> OOO 기사(2024.11.22.) ○○○ <표12> 청구법인 홈페이지 홍보내용 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 「법인세법」 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2000.2.11. 선고 97누13184 판결, 대법원 2007.2.22.선고 2006두13909 판결, 같은 뜻임) 처분청은 매수법인이 2021.9.16. 제3자와 계약을 체결하여 쟁점토지를 양도한 가액(쟁점매매사례가액)은 동일한 자산에 대하여 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하므로 「법인세법」상 시가에 해당하고, 청구법인은 특수관계인인 매수법인과 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래를 하였으므로, 청구법인에게 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 적법하다는 의견이나, 청구법인은 공유지분 정리 및 금융구조 개선 등이 필요하다는 경영 판단에 따라 쟁점토지의 지분을 매각하기 위해 매수자를 물색하였고, 2018.8.28. 출연받은 쟁점토지를 3년 이내에 매각하여 그 매각대금을 고유목적사업에 사용하여야만 출연재산에 대하여 면제받은 증여세를 추징당하지 않는다는 세무법인의 검토의견에 따라 다방면으로 매각을 검토하였으며, 법제처에서 2021.3.15. 의료법인이 토지를 제3자에게 임대하는 것은 「의료법」에 위반된다고 해석하여 상증세법상 공익법인의 사후관리 요건 및 「의료법」 위반 소지 등이 있어, 경영상 리스크를 해소하기 위해 쟁점토지의 지분을 조속히 매각할 수밖에 없었기에, 2021.8.11. 매수법인에게 쟁점토지의 지분을 쟁점감정가액에 양도하는 계약을 체결하고 2021.8.19. 해당 지분을 양도할 수밖에 없었다는 청구주장에 수긍이 가는 점, 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 청구법인은 2018.6.1. 진료 재료 납품업체를 매수법인에서 E로 변경하는 내용의 의료소모품 공급계약을 체결하였고, 이에 청구법인과 기존 납품업체였던 매수법인 간에 갈등이 발생하여, 매수법인은 청구법인이 금융기관에 담보로 제공한 청구법인 소유의 부동산(경기도 안양시 OOO 토지 및 지상 건물 외 7필지)에 대하여 가압류 신청을 하였고, 청구법인에 대한 대여금 및 물품대금 지급명령을 신청하는 등 청구법인과 매수법인은 대립 관계에 있었던 것으로 보이는바, 청구법인이 매수법인에게 굳이 쟁점토지의 지분을 저가로 양도하여 이익을 분여할 이유가 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 매매가액 산정의 근거로 삼은 쟁점감정가액(OOO원)은 공신력 있는 2개 감정평가기관의 감정가액의 평균액으로, 공시지가(OOO원) 123.1%에 해당하는 점을 고려할 때, 2개 감정평가기관의 감정가액이 쟁점토지를 원형대로 감정하지 아니하였거나 지가상승율 등을 제대로 반영하지 못하였다고 볼 근거가 미흡하고, 청구법인은 매수법인에게 쟁점토지의 일부 지분(1/2)을 매각한 반면, 매수법인은 제3자에게 쟁점토지의 전부를 매각하였는데, 공유 토지는 재산권의 완전한 행사제한 등 불이익이 있는 점을 고려할 때, 매수법인이 쟁점토지의 전부를 매각한 가액(OOO원)에 단순히 1/2을 곱하여 산출된 가액(쟁점매매사례가액, OOO원)을 쟁점토지 일부 지분(1/2)의 시가로 보는 것은 합리적이지 않아 보이는 점 등에 비추어, 쟁점감정가액을 사회통념상 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래가격이 아니라고 보기는 어렵다. 따라서, 처분청이 이 건 거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 「법인세법 시행령」 제89조는 제1항은 시가를 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격”으로 규정하면서, 제2항에서 “시가가 불분명한 경우에는 감정가액, 상증세법 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다”고 규정하고 있고, 상증세법 시행령 제49조는 제1항에서 증여의 경우 시가를 “증여일 전 6개월부터 증여일 후 3개월까지의 기간 중 매매, 감정, 수용, 경매 또는 공매가액으로 한다”고 규정하면서, 제2항에서 “시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 증여일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액을 적용한다”고 규정하고 있다. 처분청은 “공익법인이 그 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액은 상증세법 제48조 제2항 제1호의 공익목적사업 외에 사용하는 것에 해당되는 것이다”는 기획재정부 유권해석(재산세제과-806, 2010.8.25.)을 처분 근거로 하여, 대가(쟁점감정가액)와 시가(쟁점매매사례가액)와의 차액에 대하여 증여세를 부과하였는데, 이 때 시가는 「법인세법」상 시가가 아닌 상증세법상 시가를 적용하여야 하고, 쟁점매매사례가액(계약체결일 : 2021.9.16.)이 쟁점감정가액(평가서 작성일 : 2021.6.24., 2021.6.28.)보다 평가기준일(2021.8.11.)에 가까운 날의 거래가격에 해당하므로, 쟁점매매사례가액을 시가로 보아야 한다는 의견이나, 위 기획재정부 유권해석(재산세제과-806, 2010.8.25.)은 공익법인이 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우 그 대가와 시가의 차액에 상당하는 금액은 공익목적사업 외에 사용하는 것으로 보아 상증세법 제35조의 규정을 준용하여 증여세를 부과한 것으로 보이는데, 같은 조 제1항은 “특수관계인 간에 재산을 저가 양수 또는 고가 양도한 경우 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 증여재산가액으로 한다”고 규정하면서, 같은 조 제3항에서는 “재산을 양수하거나 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법」 제52조(부당행위계산부인) 제2항에 따른 시가에 해당하여 그 거래에 대하여 같은 법 제52조 제1항이 적용되지 아니하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다”고 명시하고 있는바, 동일한 거래에 대하여 「법인세법」상 시가와 상증세법상 시가를 달리 적용하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정과 상증세법상 저가양수 또는 고가양도에 따른 이익의 증여 규정을 달리 적용하는 것은 위 법령의 취지에 부합하지 않은 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 거래를 통해 제3자에게 모델하우스 부지로 임대 중인 쟁점토지의 지분을 양도하면서 실제 의료업무에 사용되고 있는 OOO 부지의 지분을 취득하였는바, 이는 공익법인인 청구법인의 의료사업 목적에 부합하는 거래로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점감정가액과 쟁점매매사례가액과의 차액을 공익목적사업 외에 사용한 것으로 보아 청구법인에게 증여세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (단서 생략) ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략) ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (3) 상속세 및 증여세법 제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여) ① 특수관계인 간에 재산(전환사채 등 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 시가보다 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액(이하 이 항에서 “기준금액”이라 한다) 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 기준금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. ③ 재산을 양수하거나 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가에 해당하여 그 거래에 대하여 같은 법 제52조 제1항 및 「소득세법」 제101조 제1항이 적용되지 아니하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 상속세 또는 증여세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 양수일 또는 양도일의 판단 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. (단서 생략) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. (단서 생략) 1. 출연받은 재산[해당 재산을 원본으로 취득한 재산, 해당 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 발생한 소득으로 취득한 재산 및 해당 재산을 매각하고 그 매각대금(대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 취득한 재산을 포함한다. 이하 이 조에서 같다]을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우 ③ 출연받은 재산, 제2항 제3호에 따른 운용소득 및 같은 항 제4호에 따른 매각대금을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 임대차, 소비대차(消費貸借) 및 사용대차(使用貸借) 등의 방법으로 사용ㆍ수익하게 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인등이 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 출연자 및 그 친족 2. 출연자가 출연한 다른 공익법인등 3. 제1호 또는 제2호에 해당하는 자와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자 (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제39조(공익법인등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세) ② 법 제48조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “공익법인등이 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3개월 이내에 법 제48조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 사용하는 경우 1의2. 법 제48조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액을 지급하고 공익법인등이 출연받은 부동산을 사용하는 경우 가. 제32조 제3항에 따른 시가 나. 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가로서 같은 조 제1항에 따른 부당행위계산의 부인이 적용되지 아니하는 범위에 있는 금액 ③ 법 제48조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 무상으로 사용ㆍ수익하게 한 경우에는 해당 출연재산가액을 말하며, 다음 각 호의 금액 중 적은 금액보다 낮은 대가로 사용ㆍ수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액을 말한다. 1. 제32조 제3항에 따른 시가 2. 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가 (5) 의료법 제48조(설립 허가 등) ① 제33조 제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 제49조(부대사업) ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다. 1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육 2. 의료나 의학에 관한 조사 연구 3. 「노인복지법」 제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치ㆍ운영 4. 「장사 등에 관한 법률」 제29조 제1항에 따른 장례식장의 설치ㆍ운영 5. 「주차장법」 제19조 제1항에 따른 부설주차장의 설치ㆍ운영 6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발ㆍ운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업 7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업 ② 제1항 제4호ㆍ제5호 및 제7호의 부대사업을 하려는 의료법인은 타인에게 임대 또는 위탁하여 운영할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에 따라 부대사업을 하려는 의료법인은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 미리 의료기관의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다. 신고사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. (6) 의료법 시행령 제21조(재산 처분 또는 정관 변경의 허가신청) 법 제48조 제3항에 따라 의료법인이 재산 처분이나 정관 변경에 대한 허가를 받으려면 보건복지부령으로 정하는 허가신청서 및 관계 서류를 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. (단서 생략) (7) 의료법 시행규칙 제54조(기본재산의 처분허가신청) ① 영 제21조에 따라 의료법인이 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ임대 또는 교환하거나 담보로 제공(이하 “처분”이라 한다)하려는 경우에는 별지 제32호서식의 기본재산 처분허가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 처분 1개월 전에 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 이 경우 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 건물 등기사항증명서와 토지 등기사항증명서를 확인하여야 한다. 1. 이유서 2. 처분재산의 목록 및 감정평가서(교환인 경우에는 쌍방의 재산에 관한 것이어야 한다) 3. 이사회의 회의록 4. 처분의 목적, 용도, 예정금액, 방법과 처분으로 인하여 감소될 재산의 보충 방법 등을 적은 서류 5. 처분재산과 전체재산의 대비표