내용증명에서 00억원 상당의 거래가 존재하였다는 사실이 확인되고, 청구법인의 매출처에서 작성한 문서 등에 따르면 해당 생산설비가 중국공장에 도착한 사실도 확인되어 거래가 전혀 없었다고 단정하기는 어려우나 실제 납품 여부, 납품 범위 등 거래의 실질이 확인되지 아니하여 재조사 필요

이유 1.처분개요 가. 청구법인은 부산광역시 OOO에서 OOO 제조 및 유통업 등을 영위하는 법인으로 2023년경 주식회사 A(이하 “쟁점매입처”라 한다.)로부터 OOO 등을 매입 후 2023사업연도 법인세 신고시 매출원가를 OOO원으로 신고하였다. 나. 청구법인은 2025.7.7. 위 매입과 관련하여 세금계산서 미수취분 OOO원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다.)을 매출원가에 누락하였으므로 이를 추가로 손금에 산입하여 달라는 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 2025.8.11. 객관적인 증빙자료가 없다는 이유로 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.23. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점매입처에 쟁점매입금액에 대한 매입세금계산서를 수차례 발행해 줄 것을 요구하였으나 쟁점매입처는 매입세금계산서를 발행해주지 않았다. 업무와 관련하여 지출한 비용에 대해 법정지출증명서류를 수취하지 아니한 경우에도 다른 객관적인 자료에 의해 지급사실이 확인되는 경우에는 각 사업연도 소득금액 계산상 손금산입을 하여야 한다. 법정지출증명서류 수취의무는 경비지출의 투명성을 확인하기 위한 목적으로 의무불이행시 해당거래자체를 부인하여 지출금액을 손금으로 인정하지 않는다는 것이 아니라 기타의 객관적인 서류에 의해 경비지출이 인정되는 경우에는 손금으로 인정하되 증빙서류 수취 불성실 가산세가 부과되는 것이다. 이 사건 매입의 경우 쟁점매입처와의 구매계약서, 매입에 대응되는 매출 증빙(수출신고필증)과 쟁점매입처가 청구법인에게 발송한 대금지급 내용증명 등을 통해 거래정황상 충분히 거래가 있었음이 확인되는바, 쟁점매입금액은 손금으로 인정되어야 한다. (2) 청구법인이 항변한 내용은 아래와 같다. 처분청은 쟁점매입처가 내용증명을 발송한 후 청구이행절차가 없고 쟁점매입금액에 대한 객관적인 증빙자료가 없어 매출원가로 인정하기 어렵다는 의견이다. 청구법인은 중국업체로부터 쟁점매입금액과 관련된 매출대금을 받으면 쟁점매입처에 대금을 지급하려 하였으나 쟁점매입처가 납품하기로 한 기계설비가 작동이 되지 않아 해당 중국업체가 매출대금 지급을 제대로 이행하지 않아 청구법인은 막대한 손해를 입게 되었고 대금을 쟁점매입처에 지급하기 어려운 상황이다. 쟁점매입처는 청구법인에 내용증명을 발송 후에도 청구법인이 잔금 지급을 이행하지 않아 2024.3.5. 부산지방경찰청에 청구법인의 대표이사 등에 대해 사기로 고소하였고 2024.7.31. 증거 불충분으로 혐의없다는 불송치 결정을 받았다. 이 사건 수출계약은 청구법인이 직접 기계를 제작하여 납품하는 것이 아니고 외주납품(쟁점매입처) 계약으로 이익률이 높지 않으며 기계설비에 투입되는 자재명, 수량, 원가 및 노무비, 경비 및 작업내용 등은 쟁점매입처에 있으며 수출신고필증상 제조자도 쟁점매입처로 표시되어 있다. 나.처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점매입처에 2023.2.22.∼2023.5.15. 3회에 걸쳐 OOO원을 지급하였고 2023년경 쟁점매입처로부터 대급지급 관련 내용증명을 수령 후 2023.8.1. OOO원, 2023.9.12. OOO원, 2023.9.27. OOO원 합계 OOO원을 지급하였으며 세금계산서는 2023.5.31. OOO원, 2023.9.25. OOO원, 2023.12.29. OOO원 수취한 것 이외 손금으로 인정해 달라는 쟁점매입금액 OOO원에 대하여는 매입세금계산서를 수취한 사실이 없고 대금을 지급한 사실도 없다. 청구법인은 쟁점매입금액 중 OOO원은 추가설비를 매입하기로 구두계약한 것이라고 주장하나, 추가설비에 대응하는 재료비원가, 인건비, 경비지출 등 원가산정에 대한 아무런 근거가 없고, 쟁점매입처는 2023.7.21. 내용증명을 발송한 이후 청구법인으로부터 OOO원을 수취한 것 외에 물품대금청구소송 등 그 이후 청구이행 절차가 없으며, 자재명ㆍ수량ㆍ원가 및 노무비, 경비 및 작업내용 등 기계설비 원가 산정을 알 수 있는 세부 내역을 제시한바 없다. (2) 처분청의 추가 의견은 아래와 같다. 청구법인은 쟁점매입금액에 대한 증빙으로 수사기관의 불송치 결정서를 제출하였으나, 해당 불송치 결정서는 청구법인의 대표이사 등과 쟁점매입처 사이의 사기혐의 여부를 다투는 것에 불과할 뿐 쟁점매입금액을 포함하여 청구법인의 미지급금 OOO원에 대한 지급의무를 확정하는 결정 내용이 아니다. 쟁점매입처는 내용증명 발송 및 사기혐의 고소 이후 현재까지 청구법인 앞으로 미지급금 OOO원에 대한 물품대급지급 소송 등을 진행한 바 없으므로 쟁점매입금엑에 대한 지급 의무가 확정되었다고 보기 어렵다. 따라서 실제 대금이 지급된 OOO원 및 결산서상 미지급금으로 계상되어 청구법인의 지급의무가 확정된 OOO원 총합계 OOO원만 정당한 매출원가로 봄이 타당하다. 3.심리 및 판단 가. 쟁점 매출원가 산정에서 누락된 OOO원을 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정된 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. 제66조(결정 및 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 제116조(지출증명서류의 수취 및 보관) ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다. (2) 법인세법 시행령(2023.7.7. 대통령령 제33621호로 개정된 것) 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다) 24. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제79조(기업회계기준과 관행의 범위) 법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다. 1. 한국채택국제회계기준 1의2. 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제5조제1항제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준 2. 증권선물위원회가 정한 업종별회계처리준칙 3. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계규칙 4. 「상법 시행령」 제15조제3호에 따른 회계기준 5. 그 밖에 법령에 따라 제정된 회계처리기준으로서 기획재정부장관의 승인을 받은 것 (3) 법인세법 시행규칙(2023.7.3. 기획재정부령 제1003호로 개정된 것) 제10조(판매부대비용 및 회비의 범위) ① 영 제19조 제1호의2에서 “판매와 관련된 부대비용”이란 기업회계기준(영 제79조 각 호에 따른 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따라 계상한 판매 관련 부대비용을 말한다. 다.사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 처분청에 제출한 2023사업연도 법인세 경정청구 내역에 따르면 손금으로 쟁점매입금액을 추가 산입하여 OOO원을 환급하여 달라는 내용이 나타난다. <표1> 2023사업연도 법인세 경정청구 내역 ○○○ (나) 쟁점매입처의 세금계산서 발행내역에 따르면 청구법인은 2023사업연도 중 쟁점매입처로부터 총 OOO원에 대한 영세율세금계산서를 발급받았다. <표2> 쟁점매입처로부터 세금계산서 수취분 내역 ○○○ (다) 청구법인이 2023사업연도 법인세 신고시 제출한 손익계산서상 신고내용은 아래와 같다. <표3> 2023사업연도 청구법인 손익계산서 ○○○ (라) 청구법인의 2023사업연도 중 발생한 영세율 매출 신고내용은 아래와 같다. <표4> 영세율 매출 내역 ○○○ (마) 청구법인이 제출한 외화획득용 원료ㆍ기재구매확인서상 내용은 아래와 같다. <표5> 외화획득용 원료ㆍ기재구매확인서 ○○○ (바) 청구법인은 쟁점매입처에 아래와 같이 6회에 걸쳐 OOO원을 대금 결제하였고 2023사업연도말 장부상 미지급금 잔액은 OOO원으로 확인된다. <표6> 대금지급 내역 ○○○ (사) 2023.2.21. 청구법인과 B 주식회사(이하 “B”이라 한다.)는 쟁점매입처로부터 OOO 생산설비 7대를 OOO원에 구매하기로 하는 구매계약서를 체결하였는데 구매계약 내용은 아래와 같다. <표7> 구매계약서 ○○○ (아) 청구법인은 위 구매계약 외에 추가설비 관련 구매계약을 구두로 체결하였고 해당 구두계약금액이 OOO원이라고 주장하며 쟁점매입처가 청구법인에게 발송한 내용증명을 제출하였고, 내용증명상 2023.2.21. 구매계약한 OOO원과 추가설비 구매 계약한 난연제 도포설비 OOO원 합계 OOO원 중 미지급금 OOO원에 대하여 2023.7.28.까지 지급하라는 내용이 나타난다. <표8> 쟁점매입처가 청구법인 및 청구외법인에게 보낸 내용증명 ○○○ (자) 쟁점매입처는 2024.3.5. 부산경찰청에 청구법인의 대표이사 등을 사기죄로 고소(OOO)하였고 부산영도경찰서는 2024.7.31. 증거 불충분으로 불송치 결정을 하였다. (차) 2025.6.2. C 유한회사(청구법인은 이 사건의 매출처라고 주장한다.)가 작성하여 청구법인에게 발송한 “C 유한공사 설비설치 및 디버깅 연기로 인한 손실에 관한 설명 및 보상” 내용에 따르면 청구법인을 통해 쟁점매입처에서 구매한 장비가 2023년 8월 15일에 OOO 공장에 도착한 이후 쟁점매입처는 정당한 이유 없이 여러차례 장비 설치 및 디버깅 작업을 연기하여 사업 진행이 심각하게 지연되었다는 내용이 기재되어 있고, 쟁점매입처가 계약의무를 진실하게 이행하지 않았음을 청구법인에게 통보하며 쟁점매입처의 계약위반 행위로 인하여 청구법인과 쟁점매입처와 체결한 모든 계약 및 합의를 파기하는 것을 명시한다는 내용이 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점매입금액에 대해 세금계산서를 미수취하였고, 금융거래내역 등 객관적인 증빙자료 부족을 이유로 쟁점매입금액에 대해 손금으로 인정하기 어렵다는 의견이나, 이 사건에서 청구법인은 2023.2.21. 쟁점매입처와 OOO 생산설비 7대를 공급가액 OOO원에 구매하기로 하는 계약을 체결하였고, 그 계약서에는 설비대수, 납품기일, 설치장소, 시험운전 및 대금지급 방법 등이 구체적으로 기재되어 있는 점, 청구법인은 2023사업연도 중 쟁점매입처로부터 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하고, 실제로 2023.2.22.부터 2023.9.27.까지 6회에 걸쳐 합계 OOO원을 지급하였으며 2023사업연도말 장부상 미지급금 잔액 OOO원을 계상한 점, 쟁점매입처가 청구법인에게 발송한 내용증명에 따르면 당초 구매계약금액 OOO원과 추가설비 OOO원을 포함한 총 OOO원 및 그 미지급금 내역이 기재되어 있는 점, C 유한회사가 2025.6.2. 작성한 문서에 따르면 쟁점매입처로부터 구매한 장비가 2023.8.15. 중국 공장에 도착한 후 설치 및 디버깅이 지연되어 분쟁이 발생하였다고 기재되어 있어 설비의 반입 및 계약 이행이 일정 부분 진행된 정황이 나타나는 점 등에 비추어 보면, 쟁점매입금액과 관련한 거래가 전혀 존재하지 아니한다고 단정하기는 어려워 보인다. 다만, 손금의 존부 및 범위에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다 할 것이나, 청구법인이 제출한 자료에 의하여 쟁점매입금액과 관련한 거래가 존재할 가능성이 있는 이상, 단순히 세금계산서 미수취, 대금 미지급 등을 이유로 손금 인정을 배척하기보다는 쟁점매입금액과 관련하여 쟁점매입처의 실제 납품 여부, 납품 범위, 청구법인의 매출대응 여부 등 거래의 실질에 관하여 확인한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.