청구법인은 이 건 주식을 양도한 대창단조와 「지방세법 시행령」 제2조 제3항 및 제4항에서 규정한 특수관계(경영지배관계)에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 대창단조의 주식 중 49.32%만 소유하고 있어서 경영지배관계가 인정되는 지분율(50%)을 충족하지 못하고 있고, 대창단조 임원의 임면권 행사 등을 행사하였다고 볼만한 사정도 확인되지 아니하므로, 청구법인이 대창단조를 경영지배한다고 보기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2023.10.25. AAA 주식회사(이하 “AAA”라 한다)로부터 BBB 주식회사(이하 “BBB”이라 한다)의 발행주식 전부인 OOO주(이하 “이 건 주식”이라 한다)를 취득하여, BBB의 100% 과점주주가 되었다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었으나,「지방세법」(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것, 이하 같다) 제7조 제5항에서 규정하고 있는 과점주주에 따른 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 않았다고 보아, 2025.9.15. 청구법인에게 BBB의 취득세 과세대상 물건의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 대표이사인 CCC은 자녀인 DDDㆍEEE(이하 “CCC 등”이라 한다)과 공동으로 2023.10.25. 현재 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있으므로, 청구법인과 CCC 등은「지방세법 시행령」(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것, 이하 같다) 제10조의2 제1항 제3호에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당한다. (2) 청구법인과 CCC 등은 2023.10.25. 현재 AAA의 발행주식의 49.32%를 소유하면서 청구법인이 직접 또는 경제적 연관관계에 있는 CCC 등을 통해 AAA의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사(임원 임면권 행사, 사업방침의 결정)하고 있으므로, 청구법인과 AAA는「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 다목 및 제4항 제1호에서 규정하고 있는 ‘경영지배 관계’로서 특수관계인에 해당한다. (3) 청구법인이 AAA로부터 이 건 주식을 취득한 것은 특수관계인으로 이루어진 과점주주 집단의 내부거래에 해당하고, 과점주주에 대한 취득세 부과는 특정주주 1인의 주식 증가로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유하고 있는 총 주식비율의 증가를 기준으로 판단하여야 하므로(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결), 청구법인이 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었다고 하더라도 과점주주 집단으로 보면 그 증가한 지분이 없으므로 과점주주에 대한 취득세 납세의무는 성립하지 않는다고 보는 것이 타당하다. (4) 처분청은 청구법인이 이 건 주식을 취득할 당시 시행 중인「지방세법 시행령」제10조의2 제1항 제5호 및 같은 조 제2항을 적용하여, 청구법인과 그 특수관계인들이 소유하고 있는 AAA의 지분율(49.32%)이 100분의 50에 미달한다는 이유만으로 청구법인과 AAA의 이 건 주식거래를 특수관계인 간의 내부거래에 해당하지 않는다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과하였다. (5) 2023.3.14. 신설한「지방세법 시행령」제10조의2 제2항은 과점주주 취득세 부과에 있어서 ‘경영지배관계’를「지방세기본법 시행령」제10조의2 제4항 제1호 가목(법인의 발행주식의 100분의 30 이상을 출자한 경우)ㆍ나목(임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우)가 아닌 법인의 발행주식의 100분의 50 이상을 출자한 경우로만 한정하여, 과점주주의 범위를「지방세기본법 시행령」에서 정한 범위보다 축소하였다. (6) 청구법인과 그 특수관계인 등은「지방세법 시행령」제10조의2가 시행(2023.3.14.) 되기 이전부터 AAA의 최대주주(49.32%)로서, AAA의 임원(대표이사 DDD, 사내이사 CCCㆍEEE)을 임면하고, AAA의 사업방침의 결정을 하는 등 AAA의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있었고, 이 건 심판청구일 현재까지 그 지분이나 임원의 변동이 없음을 볼 때, 청구법인과 AAA는「지방세법 시행령」제10조의2 제2항의 신설에 관계 없이 그 이전부터 특수관계인에 해당한다고 보는 것이 타당하다. (7) 비록, 청구법인이 이 건 주식을 취득할 당시 시행중인「지방세법 시행령」제10조의2 제2항만을 고려한다면, 청구법인과 AAA가 ‘경영지배관계’에 해당하지 않는다고 볼 수 있는 측면이 있으나, 청구법인은 상당 기간 동안 AAA의 경영에 지배적인 영향력을 행사하여 왔는바, 이 건 주식의 취득일 현재 청구법인과 AAA는 특수관계인에 해당한다고 보는 것이 청구법인의 신뢰를 보호하는 것이다. (8) 따라서, 청구법인이 AAA로부터 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었다고 하더라도 이 건 주식의 거래는 특수관계인 간의 내부거래이고, 이 건 주식 거래로 인하여 과점주주 집단으로서 주식 비율 변동은 없다고 할 것인바, 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1)「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식을 취득함으로써「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제10조의2 제1항, 제4호, 제5호 및 제2항에서 특정 법인이 다른 법인의 발행주식의 100분의 50 이상을 소유하면서 특정 법인이 직접 또는 제4호의 관계에 있는 개인이나 법인이 다른 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 경우를 특수관계인의 하나인 ‘경영지배관계’로 규정하고 있다. (2) BBB의 주식등변동상황명세서를 보면, 청구법인, AAA 및 CCC 등은 BBB의 발행주식 100%를 보유하여 과점주주 집단에 해당하였으나, 청구법인과 CCC 등이 2018년도에 보유하고 있던 BBB의 주식을 AAA에게 양도하여, AAA가 BBB의 100% 과점주주가 되었고, 청구법인과 CCC 등은 주주의 지위를 상실하였다. (3) 청구법인은 청구법인과 CCC 등이 AAA의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로 청구법인과 AAA는「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 다목 및 제4항 제1호에서 규정하고 있는 ‘경영지배관계’로 특수관계인에 해당한다고 주장한다. (4)「지방세법 시행령」제10조의2를 2023.3.14. 신설하였는바 그 이후부터 발생하는 주식거래의 경우「지방세법 시행령」제10조의2에 따라 과점주주의 취득세 부과 여부를 판단하여야 하는바, 청구법인과 그 특수관계인들이 AAA 발행주식의 100분의 30 이상을 소유하면서 임원의 임면권을 행사하고, 사업방침 등을 결정하고 있다고 하더라도 청구법인이 소유하고 있는 AAA 주식이 그 발행주식의 100분의 50에 미달하는 이상 청구법인과 AAA는 특수관계에 해당하지 않는다 할 것이다. (5) 따라서, BBB의 주주가 아니었던 청구법인이 2023.10.25. 특수관계인에 해당하지 않는 AAA로부터 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었으므로, 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 성립하였다고 할 것인바, 처분청이「지방세법」제7조 제5항에따라 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1987.11.2. 본점소재지를 경상남도 김해시 OOO으로 하고, 목적사업을 자동차부품 및 금속제품 제조 및 가공업으로 하여 설립되었으며, CCC 등이 발행주식의 100%를 소유하고 있다. (나) AAA는 1981.2.19. 본점소재지를 경상남도 김해시 OOO로 하고, 목적사업을 단조강제품의 제조 및 가공업으로 하여 설립되었으며, 2023.10.25. 현재 주주 현황은 아래 <표>와 같다. <표2> AAA의 주주 현황 (단위 : 주, %) ○○○ (다) BBB은 1994.12.2. 본점소재지를 경상남도 김해시 OOO로 하고, 목적사업을 금속열처리업 등으로 하여 설립되었다. (라) 청구법인과 CCC 등은 AAA와 함께 BBB의 100% 과점주주였으나 2018년에 청구법인과 CCC 등이 그 소유주식을 AAA에게 양도하여, AAA가 BBB의 100% 과점주주가 되었다. (마) 청구법인은 2023.10.25. AAA로부터 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 된 후, 2023.12.6. BBB을 흡수합병 하였다. (바) 처분청은 청구법인이 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었으나 과점주주에 따른 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 않았다고 보아, 2025.9.10. 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원을 부과ㆍ고지하였다. (2)「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제3조에서 「지방세법」제7조 제5항 전단의 개정 규정은 이 법 시행 이후 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있다. 또한,「지방세법 시행령」제10조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 과점주주”란「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하 “본인”이라 한다) 1명과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다고 규정하면서, 법인 중 본인이 직접 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인(제3호)을, 개인ㆍ법인 중 해당 개인ㆍ법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인ㆍ법인(제4호)을, 법인 중 본인이 직접 또는 제4호에 해당하는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인(제5호)을 각각 특수관계인으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항 제3호부터 제5호까지에 따른 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 기준에 관하여는「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제2호를 적용하되, 이 경우 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 각각 “100분의 50”으로 본다고 규정하고 있다. (3) 취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하여야 하므로 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 과점주주에 따른 취득세납세의무는 성립하지 않는다 할 것이다(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임). (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 이 건 주식을 양도한 AAA에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로 청구법인과 AAA는「지방세기본법 시행령」제2조 제3항과 제4항에서 규정하고 있는 경영지배관계에 해당하므로 이 건 주식거래를 특수관계인 간의 내부거래로 보아야 한다고 주장하나, 과점주주에 대한 취득세 부과를 규정하고 있는「지방세법」제7조 제5항, 같은 법 시행령 제10조의2 제1항 제5호 및 제2항에서 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력을 행사하는지 여부에 대한 기준을「지방세기본법 시행령」제2조 제4항과 달리 법인의 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 출자한 경우로 한정하여 규정하고 있는데, 청구법인과 그 특수관계인들은 AAA 발행주식의 100분의 49.32를 출자하고 있으므로 청구법인과 AAA는「지방세법 시행령」제10조의2 제1항 제5호 및 제2항에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당하지 않는다. 또한, 청구법인은 2023.3.14. 법률 제19230호로「지방세법」제7조 제5항이 개정되기 전부터, AAA 발행주식의 100분의 30 이상을 소유하면서 AAA의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였으므로 이 건 주식 거래에 대하여「지방세기본법 시행령」제2조 제3항과 제4항을 적용하여 특수관계인 간의 내부거래로 보아야 한다고 주장하나, 「지방세법 부칙」제3조에서「지방세법」제7조 제5항 전단의 개정 규정은 이 법 시행(2023.3.14.) 이후 법인의 주식을 취득하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있고, 청구법인은 2023.10.25. 이 건 주식을 취득하였으므로 이에 대하여는 개정된「지방세법」제7조 제5항과 같은 법 시행령 제10조의2 제1항 제5호 및 제2항을 적용하는 것이 타당하다고 할 것이다. (5) 따라서, 청구법인은 특수관계인이 아닌 AAA로부터 이 건 주식을 취득하여 BBB의 100% 과점주주가 되었다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것) 제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다.(이하 생략) (2) 지방세법 부칙(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것) 제3조[과점주주의 부동산등 취득에 관한 적용례] 제7조 제5항 전단의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우부터 적용한다. (3) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것) 제10조의2[과점주주의 범위] ① 법 제7조 제5항 전단에서 “대통령령으로 정하는 과점주주”란「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하 “본인”이라 한다) 1명과 그의 특수관계인 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다. 3.「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제1호 가목에 따른 법인 중 본인이 직접 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 4.「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에 따른 개인ㆍ법인 중 해당 개인ㆍ법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인ㆍ법인 5.「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목에 따른 법인 중 본인이 직접 또는 제4호에 해당하는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 ② 제1항 제3호부터 제5호까지에 따른 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 기준에 관하여는「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호가목 및 같은 항 제2호를 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 각각 “100분의 50”으로 본다. (4) 지방세기본법(2023.3.14. 법률 제19229호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계 다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 (5) 지방세기본법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33327호로 개정된 것) 제2조[특수관계인의 범위] ② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다. 1. 임원과 그 밖의 사용인 3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족 ③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다. 2. 본인이 법인인 경우 가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인 나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 ④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다. 1. 영리법인인 경우 가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우