청구인이 제출한 사실확인서, 약정서 및 합의서 등의 내용을 보면, 쟁점부동산의 실소유자는 쟁점법인이 아닌 양수인으로 나타나는 점, 양수인이 청구인을 위하여 사실확인서를 거짓으로 작성할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어, 양수인이 쟁점부동산의 실소유자라는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 측면이 있음다만, 처분청은 청구인이 제출한 사실확인서 등이 임의작성이 가능하여 그 내용을 신뢰하기 어렵다는 의견을 제시하고 있고, 이 건 처분에 앞서 이와 같은 증빙들에 대하여 확인한 사실이 없어 보이는바, 쟁점부동산의 실소유자가 쟁점법인인지 양수인인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2017.12.5.부터 2020.3.30.까지 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로 등재되어 있는 자이고, 쟁점법인은 2017.12.5. 서울특별시 서초구에서 개업하여 2번의 사업장 이전 후 2020.8.30.부터 2022.1.25. 폐업 시까지 인천광역시 서구 OOO 소재에서 농수산물 도소매업을 영위하였다. 나. 쟁점법인은 2018.6.29. ‘경기도 평택시 OOO’(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여, 2018.9.4. B(이하 “양수인”라 한다)에게 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하였으나, 쟁점부동산 양도와 관련한 제세를 신고하지 않았다. 다. 처분청은 쟁점법인이 쟁점부동산의 양도 관련 부가가치세를 무신고한 것으로 보아 2018년 제2기분 부가가치세 OOO원을 2022.2.23. 결정고지하였으나, 쟁점법인은 이를 체납하였다. 라. 처분청은 해당 세액의 납세의무성립일인 2018.12.31. 현재 쟁점법인의 발행주식 100%를 보유한 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 납부지연가산세를 포함한 OOO원을 2024.12.27. 청구인에게 납부고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.16. 이의신청을 거쳐 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점거래는 재화의 공급이 아닌 계약해제에 따른 재화의 반환이다. (가) 청구인은 2020.3.17.까지 쟁점법인의 대표이사 및 주주였으나, 2020년 대표이사 사임 당시 쟁점법인의 지분을 모두 양도하였고, 청구인은 쟁점법인 운영 당시 부가가치세와 관련하여 세무상 문제점은 없는 것으로 알고 있었으며, 지분양도 시 모든 법적인 문제발생 시 청구인에게 책임이 없음을 명시하였다. (나) 쟁점법인은 2018.5.12. 양수인과 쟁점부동산의 명의이전 및 임대사업 공동수행에 관하여 합의서를 작성하고 쟁점부동산을 쟁점법인의 명의로 이전하였다. 쟁점법인은 합의서에 따라 쟁점부동산으로 대출실행 및 주택임대사업을 하려고 했으나, 약정사항인 금융기관 대출이 실행되지 못하였고, 임대계약이 성사되지 않아 사업이 중단되었다. 그래서 합의서에 따라 쟁점부동산을 실질 소유자인 양수인에게 환원하는 취지의 약정서를 작성하고 소유권을 이전하였다. (다) 해당 거래 과정에서 작성된 약정서 및 합의서를 볼 때 쟁점부동산의 양수도 거래는 소유권을 이전받았다가 다시 반환한 것이므로 재화에 대한 거래가 아니라 계약을 했다가 취소된 거래로 보아야 한다. (2) 쟁점거래가 재화의 반환이 아니라면, 사업의 포괄양도이므로 부가가치세 과세대상이 아니다. (가) 청구인은 2018년 양수인이 미군과 계약한 월세계약서를 보여주며 D 임대업을 제안하여 쟁점부동산을 매입하였으나, 매입 후 부동산으로 대출을 받아야 된다고 하여 당초 제시한 사업내용과 달라 양수인에게 동일한 금액으로 2018.9.4. 이를 다시 매각하였다. (나) 쟁점부동산은 임대사업에 사용하기 위해 매입한 건물이고, 건물 일체를 양도하였으므로 사업의 포괄양수도로 보아야 한다. 이는 부가가치세 과세대상이 아니므로, 쟁점법인에 과세될 부가가치세가 없으므로 제2차 납세의무가 발생하지 않는다. (다) 따라서 처분청이 주장하는 제2차 납세의무는 존재하지 않고, 청구인이 운영하였던 쟁점법인에 부당하게 과세된 부가가치세를 청구인에게 부과하는 것은 실질과세의 원칙, 신의성실의 원칙에 위배되므로 제2차 납세의무 지정은 취소되어야 한다. (3) 쟁점거래가 포괄양도가 아니라면, 쟁점부동산은 면세사업 목적용 고정자산이므로 면세대상이다. (가) 처분청의 설명에 따르면 쟁점법인과 양수인의 사업자등록내역에 부동산 임대업은 없는 것으로 확인된다고 하였고, 이러한 경우 쟁점법인이 쟁점부동산을 매입한 목적은 ① 임대업 등록 없이 주택임대를 위해 주택을 구입한 경우, ② 쟁점법인의 주업종인 육가공에 사용하기 위해 빌라를 구입한 경우로 볼 수 있다. (나) 두 경우 모두 면세사업을 위한 주택매입이므로 양도시에도 면세사업에 부수되는 자산의 양도로 보아야 한다. (4) 만일 쟁점거래가 과세대상에 해당한다면, 쟁점부동산 매입세액을 환급하여야 한다. (가) 만약 처분청의 의견처럼, 쟁점거래를 과세사업에 사용하던 건물을 양도한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 것이라면, 쟁점법인은 매입 시 건물분에 대한 부가가치세도 공제받아야 한다. (나) 그럼에도 불구하고 쟁점법인은 쟁점부동산 매입 시 부가가치세를 공제받지 않은 상태이고, 현재 지분양도 및 대표자의 변경으로 인해 청구인이 관련 부가가치세 환급에 대한 청구를 진행할 수 없는 상태이므로, 쟁점거래가 과세대상이라면 직권으로 매입세액을 차감하고 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (5) 청구인은 상기에서 설명하는 바와 같이 처분청이 주장하는 제2차 납부세의무가 존재하지 않는다. 청구인이 운영하였던 쟁점법인에게 잘못 부과된 부가가치세를 청구인에게 부과하는 것은 실질과세의 원칙, 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산은 등기부등본상 소유권이전 사유가 매매로 명의이전 된 것으로 확인되어 계약의 취소로 인한 반환 거래로 보기 어렵고, 청구인은 이의신청시 추가로 합의서 및 약정서를 제출하였으나 이는 임의작성이 가능한 서류로서 약정서상 작성연도가 2025.9.3.로 기재되어 있는 등 신뢰하기 어렵다. (2) 국세청 전산망을 통해 쟁점법인의 영위 업종은 농수산물 도소매업으로 확인되고 부동산 임대업 관련 업종 정정 신고내역이나 관련 수익 신고를 한 사실은 확인되지 않는다. 또한 쟁점법인과 양수인 간 사업양도양수 계약 내용이 확인되지 아니하고, 양수인의 사업자등록 이력 상 쟁점부동산과 관련된 부동산임대업 영위 사실이 없어 사업의 포괄양도 요건에 해당하지 않는다. (3) 주택의 임대에 해당하는지 여부는 임차인이 실제로 당해 건물을 사용한 객관적인 용도를 기준으로 판단하는 것으로서 쟁점부동산을 주거용으로 임대한 사실 확인할 수 없고, 쟁점법인의 주업종인 육가공 도소매업을 위하여 주택을 구입하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. (4) 쟁점법인은 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세를 무신고하였으며 쟁점부동산 매입세액에 대한 주장은 이의신청시 주장한 것으로 처분청에서는 매입세액 공제를 부인한 사실이 없다. (5) 이와 같이 청구인의 주장은 이유 없으므로 쟁점부동산의 양도를 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① (주위적 청구) 쟁점거래는 재화의 공급이 아닌 계약해제에 따른 재화의 반환이라는 청구주장의 당부 ② (예비적 청구1) 쟁점거래는 사업의 포괄양도이므로 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부 ③ (예비적 청구2) 쟁점부동산은 면세사업 목적용 고정자산이므로 부가가치세 면세대상이라는 청구주장의 당부 ④ (예비적 청구3) 쟁점거래가 과세대상에 해당한다면, 쟁점부동산 매입세액을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조【재화 공급의 특례】⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제41조【주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 면세하는 것의 범위】① 법 제26조 제1항 제12호에 따른 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 "주택"이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대로 하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다. 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외 제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때 2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는 때 (2) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (단서 생략) 4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) 제21조 【세금과 공과금의 손금불산입】다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금 (3) 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 양도】법 제10조 제9항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. 제41조【주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 면세하는 것의 범위】① 법 제26조 제1항 제12호에 따른 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 "주택"이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대로 하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다. (4) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세의 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다. 1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 제51조2【자기관리부동산투자회사 등 과세특례】③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. (5) 주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 제출한 청구인의 이의신청 결정서를 보면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점법인의 사업자등록내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점법인의 사업자등록내역 ○○○ (나) 쟁점법인의 사업자등록 정정내역은 아래 <표2>와 같은데, 개업 시부터 폐업 시까지 소재지 및 대표자 이외 사항에 대하여 사업자등록 정정 신청을 한 사실은 확인되지 않는다. <표2> 쟁점법인의 사업자등록 정정내역 ○○○ (다) 쟁점법인(주식회사 A)의 법인등기사항은 아래 <표3>과 같은데, 청구인이 사업자등록신청 시 제출한 법인등기사항에는 법인 설립 목적으로 부동산 매매 및 임대, 컨설팅업이 기재되어 있으며, 대표이사로 청구인이, 사내이사로 양수인이 등재되어 있다. <표3> 쟁점법인 등기사항전부증명서 ○○○ (라) 쟁점부동산 집합건물 등기사항전부증명서는 아래 <표4>와 같은데, 쟁점부동산은 다세대주택(면적 116.81.m²)의 1개 호실이며, 매매를 등기원인으로 2018.6.29. 건축주 C에서 쟁점법인으로, 2018.9.4. 쟁점법인에서 양수인으로 각각 소유권이 이전되었다. <표4> 쟁점부동산 등기사항전부증명서 ○○○ (마) 쟁점법인과 양수인 사이에 체결된 ‘쟁점부동산 명의 이전 및 임대사업 관련 합의서(2018.5.12.)’는 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점부동산 명의 이전 및 임대사업 관련 합의서(2018.5.12.) ○○○ (바) 청구인은 양수인과 쟁점법인 간 구두 합의에 기반한 사항을 서면으로 작성한 ‘사업협력 및 부동산 명의 이전에 관한 약정서(경위서)’를 제출하였고 그 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 사업협력 및 부동산 명의 이전에 관한 약정서 ○○○ (사) 청구인은 쟁점부동산의 실소유자가 양수인이라는 증빙으로, ‘OOO 근저당권말소’ 사건에 제출된 D 건축주 C(이하 “건축주”라 한다)의 진술서를 아래 <표7>과 같이 제출하였는데, 이에 따르면 양수인은 건축주에게 쟁점부동산을 쟁점법인에 담보로 제공하고, 쟁점법인으로부터 가공육을 공급받아 시장에 판매함으로써 공사비용을 회수할 것을 제안하였고, 건축주는 금전거래 없이 쟁점법인에 쟁점부동산을 명의이전한 것으로 나타난다. <표7> 근저당권말소 민사소송에 제출된 건축주의 진술서 ○○○ (아) 건축주와 양수인 간 체결한 담보사채대출 실행계약서는 아래 <표8>과 같은데, 청구인은 ‘쟁점부동산 또한 쟁점법인이 담보로 제공받아 지정사금융을 통해 담보사채대출을 실행하여, 건축주의 신탁대출금상환과 미지급공사비를 해소하고 쟁점부동산을 육가공시장에 담보제공하여 건축주의 D 건축조성비를 해소ㆍ이행하는데 목적이 있었다’고 주장하였다. <표8> 건축주와 양수인간 체결한 담보사채대출 실행계약서 ○○○ (자) 양수인의 사업자등록 내역(2018년 중 계속사업자)은 아래 <표9>와 같은데, 양수인이 쟁점부동산 소재지에 주거용건물임대로 사업자등록을 신청한 내역은 확인되지 않는다. <표9> 양수인의 사업자등록 내역 ○○○ (차) 2018년 중 쟁점부동산에 전입신고 된 거주 이력은 아래 <표10>과 같다. <표10> 쟁점부동산 전입신고 내역 ○○○ (카) 쟁점법인은 2018년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 않았고, 쟁점법인의 거래처인 D의 부가가치세 신고 내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> 거래처 D의 부가가치세 신고내역 ○○○ (타) D(공급자)이 쟁점법인(공급받는자)에게 쟁점부동산 관련하여 발급한 세금계산서는 아래 <표12>와 같다. <표12> D이 쟁점부동산과 관련하여 쟁점법인에 발급한 세금계산서 내역 ○○○ (2) 청구인은 양수인(B)이 작성한 아래 <표13>과 같은 확인서 사본을 제출하였다. <표13> 사실확인서(양수인 B 작성, 2025.11.14.) 일부 발췌 ○○○ (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 상 소유권이전 사유가 매매로 기재 된 것으로 확인되어 쟁점거래가 계약의 취소로 인한 반환 거래로 보기 어렵고, 청구인이 이의신청 당시 추가로 합의서 및 약정서는 임의작성이 가능한 서류로서 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 원칙적으로 부동산 등기부상 소유권이전등기가 경료되어 있는 이상 그 절차 및 원인이 정당한 것이라는 추정을 받게 되고 그것의 부당함은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있는 것이나, 등기절차가 적법하게 진행되지 아니한 것으로 의심할 만한 사정이 있음이 입증되는 경우에는 그 추정력이 깨어진다 할 것(대법원 2003.2.28. 선고 2002다46256 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인이 제출한 사실확인서, 약정서 및 합의서 등의 내용을 보면, 쟁점부동산을 쟁점법인이 취득한 시점부터 양도한 시점까지 일관되게 쟁점부동산의 실소유자는 쟁점법인이 아닌 양수인 B로 보이는 점, 만일, 처분청의 의견처럼 쟁점부동산이 실제 쟁점법인의 소유였다면, 양수인 B가 청구인을 위하여 사실확인서를 거짓으로 작성할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어, B가 쟁점부동산의 실소유자라는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 측면이 있다. 다만, 처분청은 청구인이 제출한 사실확인서, 약정서, 담보사채대출 실행계약서 및 합의서는 임의작성이 가능하여 그 내용을 신뢰하기 어렵다는 의견을 제시하고 있고, 이 건 처분에 앞서 이와 같은 증빙들에 대하여 확인한 사실이 없어 보이는바, 위와 같은 자료 등을 기초로 쟁점부동산의 실소유자가 쟁점법인인지 B인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점②ㆍ③ㆍ④는 쟁점①이 재조사로 의결되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.