쟁점비용 중 실제 명도목적으로 지출된 것으로 확인되는 비용은 ㅇㅇㅇ원으로 확인되는 점, ㅇㅇㅇ원의 경우 쟁점부동산의 인도의무를 이행하기 위해 지출하는 명도비용에 해당하므로 이를 쟁점건물에 한정된 필요경비라고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 실제 명도 목적으로 지출된 금액을 쟁점부동산의 공통 양도비용에 해당하는 것으로 보아 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액에 비례하여 안분계산한 후 쟁점건물에 해당하는 비용만을 필요경비로 공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

이유 1.처분개요 가.청구인은 2021.4.30. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상의 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도가액 OOO원(쟁점토지분 OOO원 및 쟁점건물분 OOO원)에 제3자에게 일괄 양도한 후 취득가액을 쟁점토지의 경우 환산취득가액으로하고 쟁점건물의 경우 실지거래가액으로 각각 구분하여 계산한 후 명도비 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다) 등을 필요경비로 공제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나.처분청은 청구인이 필요경비(명도비)로 공제한 쟁점비용 중 일부(OOO원)의 경우 전세보증금 반환에 따라 지급한 것으로서 이를 명도비로 인정할 수 없고, 환산취득가액으로 신고한 쟁점토지분에 해당하는 명도비를 필요경비로 공제할 수 없으므로, 쟁점부동산의 양도가액 중 쟁점건물분의 양도가액으로 안분계산한 쟁점건물분에 해당하는 명도비 OOO원만을 필요경비로 인정할 수 있는 것으로 보아 2025.6.9. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2025.8.5. 이의신청을 거쳐 2026.1.20. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점부동산을 주식회사 A에게 매도하면서 임대차계약기간이 남아있던 쟁점건물의 기존 임차인을 매매대금 잔금일까지 청구인이 퇴거시키는 조건을 특약사항에 포함하여 매매계약을 체결하였는데, 임차인들의 퇴거 과정에서 쟁점비용을 지출하게 되었다. (2) 한편 「상가건물 임대차보호법」상 임대차인이 건물(상가)에 대해 임대차계약을 한 것으로서 토지의 임대차를 포함하는 것이 아니고, 상가임대차계약에서 임차권의 대항력은 임차인이 제3자에게 건물의 임대차 관계를 주장할 수 있는 법적 효력을 뜻하는 것인바, 청구인이 임차인들에게 지급한 명도비 성격의 쟁점비용은 위 법률상 대항력을 가진 임차인의 영업권과 점유권을 반환받기 위해 지출한 비용에 해당하고, 이는 쟁점건물의 임차인에게 지급하는 보상 성격이자 쟁점건물의 점유 해제의 대가에 해당한다고 할 것이며, 쟁점부동산 매매계약 특약사항 제4호에서 ‘명도는 매도인(청구인) 책임하에 완료’하기로 한 것은 쟁점건물의 인도 불능시 발생할 수 있는 계약 해제 위험을 방지하기 위함으로서 이행 과정에서 발생한 비용은 모두 쟁점건물분 부가가치세 등과 마찬가지로 쟁점건물의 양도에 직접 결부된 비용으로 보아야 할 것이다. (3) 2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 「소득세법 시행령」제163조에서는 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용을 필요경비로 규정하고 있고, 쟁점비용의 경우 쟁점건물의 양도를 위해 지출한 필요경비이므로 처분청이 쟁점비용을 쟁점토지 및 쟁점건물로 안분하여 일부(OOO원)만을 필요경비로 공제한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점비용의 경우 「상가건물 임대차보호법」에 의해 임대차계약의 대상인 쟁점건물에 대한 임차인에게 지급된 것이므로 쟁점토지의 임대차를 포함한 것이 아닌 이상 쟁점비용 전액을 쟁점건물에 대한 양도비로 보아야 한다고 주장하나, 양도비의 경우 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 명도비인 쟁점비용 중 실제 지출된 것으로 확인되는 명도비는 OOO원으로 확인되고, 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 쟁점부동산의 매매계약상 계약 조건에 따라 지출한 비용인 쟁점비용의 경우 쟁점건물의 양도에만 귀속되는 양도비로 볼 수 없으므로, 처분청의 이 건 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 양도소득세 계산시 쟁점비용을 쟁점건물만의 필요경비로서 공제해야한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : <별지> 기재 다.사실관계 및 판단 (1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 2001.6.30. 쟁점토지를 취득한 후 2011.7.30. 쟁점토지 지상의 기존 건물을 철거하고 쟁점건물을 신축하여 이를 취득하였다. (나) 청구인은 2020.10.27. 쟁점부동산을 양도가액 합계 OOO원(쟁점토지분 OOO원, 쟁점건물분 OOO원, 쟁점건물분 부가가치세 별도)에 제3자에게 일괄 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 쟁점부동산 매매계약 특약사항 제4조에서 청구인의 책임하에 2021.4.30.까지 명도를 완료하기로 규정하였다. <표1> 쟁점부동산 매매계약 ○○○ (다) 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액의 경우 「소득세법」제100조 제2항(실제 양도가액과 안분계산한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우)에 따라 안분계산(쟁점토지분 양도가액 OOO원 및 쟁전건물분 양도가액 OOO원)하여 재산정하고, 쟁점비용(명도비) 등을 필요경비로 공제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (라) 처분청은 2025.3.18.부터 2025.4.16.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 아래 <표2>와 같이 청구인이 양도소득세 신고시 적용한 필요경비 중 일부만을 필요경비로 인정하였고, 쟁점비용 중 실제 명도비로 지출한 비용이 OOO원이며, 쟁점비용의 경우 쟁점부동산의 매매계약에 따른 인도의무를 이행하는 과정에서 지출한 비용에 해당하므로 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액으로 이를 안분한 후 환산취득가액으로 신고한 쟁점토지에 해당하는 비용분을 부인하여 이 건 부과처분을 하였다. <표2> 양도소득세 조사 종결보고서 ○○○ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점비용의 경우 상가 건물인 쟁점건물을 임차한 임차인들에게 임대차기간 종료 전 퇴거를 요청하면서 지출한 비용으로서 쟁점건물의 점유 해제에 대한 대가로 볼 수 있으므로, 쟁점비용 전체를 쟁점건물분의 양도에 대한 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제163조 제5항 제1호 라목은 ‘매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용’을 필요경비 중 하나로 규정하고 있는데, 처분청의 양도소득세 조사 결과 명도비라고 주장하는 쟁점비용 중 실제 명도 목적으로 지출된 것으로 확인되는 비용은 OOO원으로 확인되는 점, 당해 비용의 경우 쟁점부동산의 매매계약 상 인도의무를 규정한 특약사항 제4조에 따라 청구인이 쟁점건물의 임차인을 쟁점부동산 매매계약상 잔금지급일 이전에 퇴거시키면서 임차인에게 지급한 비용인바, 쟁점건물 뿐만 아니라 쟁점부동산 매매계약상 매매목적 대상인 쟁점부동산의 인도의무를 이행하기 위해 지출하는 명도비용에 해당하므로 이를 쟁점건물에 한정된 필요경비라고 인정하기 어려운 점, 청구인이 쟁점토지에 관하여 양도소득세 신고시 환산취득가액으로 신고하였고, 쟁점비용 중 OOO원을 양도비로서 실제로 지출하였다고 하더라도 쟁점부동산과 관련된 자본적 지출액 및 양도비가 환산취득가액 및 「소득세법 시행령」제163조 제6항 제1호에 따른 개산공제액보다 크지 않은 이상 이를 필요경비로 공제할 수 없다고 할 것인 점 등에 비추어, 청구인의 위 주장을 인정하기는 어려우므로 처분청이 쟁점비용 중 실제 명도 목적으로 지출된 OOO원을 쟁점부동산의 공통 양도비용에 해당하는 것으로 보아 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액에 비례하여 안분계산한 후 쟁점건물분에 해당하는 비용만을 필요경비로 공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1)소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액 2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다. 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 ⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되 경우 2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (2)소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용 ⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 토지 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다. 2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 양도당시 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시 기준시가) (3) 상가건물 임대차보호법 제2조(적용범위) ① 이 법은 상가건물(제3조 제1항에 따른 사업자등록의 대상이 되는 건물을 말한다)의 임대차(임대차 목적물의 주된 부분을 영업용으로 사용하는 경우를 포함한다)에 대하여 적용한다. 다만, 제14조의2에 따른 상가건물임대차위원회의 심의를 거쳐 대통령령으로 정하는 보증금액을 초과하는 임대차에 대하여는 그러하지 아니하다. 제3조(대항력 등) ① 임대차는 그 등기가 없는 경우에도 임차인이 건물의 인도와 「부가가치세법」 제8조, 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 신청하면 그 다음 날부터 제3자에 대하여 효력이 생긴다. ② 임차건물의 양수인(그 밖에 임대할 권리를 승계한 자를 포함한다)은 임대인의 지위를 승계한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 임대차의 목적이 된 건물이 매매 또는 경매의 목적물이 된 경우에는 「민법」 제575조 제1항ㆍ제3항 및 제578조를 준용한다. ④ 제3항의 경우에는 「민법」 제536조를 준용한다.