처분청은 2024.1.4. AAA세무서장으로부터 청구인의 종합소득세에 관한 과세자료를 통보받았음에도 이로부터 1년이 넘게 지나 국세부과제척기간의 만료까지 3개월이 채 남지 아니한 시점에 이르러서야 청구인에게 해명자료 제출을 안내(2025.3.17.)한 뒤, 과세예고통지(2025.4.1.) 및 납세고지(2025.5.14.)를 하였고, 위와 같이 과세권 행사를 장기간 지연한 것에 대한 특별한 사정이 달리 구체적, 객관적으로 입증되었다고 보기 어려움

이유 1.처분개요 가.주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 비주거용 건물 개발 및 공급업을 영위하는 법인으로, 주택건설 및 분양을 목적으로 OOO 외 OOO의 토지 및 건물을 매수하였고, 위의 부지 내 OOO 소재 건물 1층을 임차하여 ‘B’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 상호로 음식점업(커피전문점)을 영위하고 있던 청구인과 2019.5.8. ‘권리(시설) 양수ㆍ양도 계약’(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하여, 쟁점사업장에 관한 권리(시설)를 OOO원(이하 “쟁점금원”이라 한다)에 양수하기로 하였다. 나.쟁점법인은 쟁점금원을 영업권의 양도대가로 보아 60%의 필요경비를 공제하여 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 원천징수ㆍ납부하였고, 청구인은 2020.6.1. 2019년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하였다. 다.쟁점법인을 관할하는 OOO세무서장은 쟁점금원이 지급의무 없는 사례금으로서 필요경비가 없는 기타소득에 해당하는 것으로 보아 쟁점법인에게 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세에 대한 과세예고통지를 하였는데, 쟁점법인은 이에 대하여 과세전적부심사를 청구하였고, 그 결과 쟁점금원이 영업손실보상금으로서 사업소득에 해당함을 전제로 위 과세전적부심사 청구가 2023.12.13. 일부 채택되었다. 라.OOO세무서장은 2024.1.4. 처분청에게 청구인의 종합소득세에 관한 과세자료를 통보하였고, 한편 2024.1.17. 쟁점법인이 원천징수ㆍ납부한 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세를 환급하였다. 마.처분청은 2025.3.17. 청구인에게 종합소득세 해명자료 제출에 관한 안내를 하였고, 청구인이 해명자료를 제출하지 아니하자 2025.4.1. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세에 대한 과세예고통지를 하였으며, 청구인이 과세전적부심사를 청구하지 아니하자 2025.5.14. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원(과소신고가산세 및 납부지연가산세 합계 OOO원 포함)을 결정ㆍ고지하였다. 바.청구인은 이에 불복하여 2025.8.8. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 이 건 종합소득세 부과처분은 과세전적부심사청구권 등 납세자의 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다. (가) 납세자가 과세전적부심사청구권을 정상적으로 행사하기 위하여는 최소한 국세부과제척기간 만료 3개월 이전에 과세예고통지를 하여야 하고, 대법원 판결(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 등) 및 조세심판원 결정(조심 2024서5752, 2025.4.10. 등) 또한 같은 취지로 설시하고 있다. (나) 그러나 처분청은 다음 도식과 같이 OOO세무서장의 과세자료 통보 이후 약 14개월간 별다른 이유 없이 업무 처리를 미루다가, 국세부과제척기간 만료가 2개월이 채 남지 아니한 시점에 비로소 과세예고통지를 하였다. ○○○ (다) 일반인인 청구인이 자신의 상황을 파악하는 데에도 상당한 시간이 필요하고 조세전문가를 찾아 상담을 받는 등 조치를 취하려면 이 또한 상당한 시간이 필요한데, 처분청은 이러한 청구인의 상황을 무시하고 국세부과제척기간 만료로 인한 책임을 면하기 위하여 뒤늦게 과세예고통지를 행한 것이다. (라) 청구인은 이 건 종합소득세 부과처분을 받고 처분청 소속 세무공무원을 찾아가 관련 내용을 문의하였으나, 해당 세무공무원은 OOO세무서에서 통보된 내용이라 정확히 이를 알 수 없다며 OOO세무서에서 확인하라고 답변하였는바, 청구인은 일반인으로서 상황 파악조차 하지 못하여 조세전문가를 찾아가 상담을 받을 수도 없었고, 결국 과세전적부심사청구 등을 하지 못하였다. (마) 과세예고통지서 수령일(2025.4.1.)로부터 30일 이내의 마지막 날인 2025.5.1. 과세전적부심사를 청구하였더라면 처분청은 2025.6.2.까지 그 결과를 청구인에게 통보하여야 하는데 해당 날짜(2025.6.2.)는 국세부과제척기간의 만료일과 같다. (바) 처분청이 국세부과제척기간 만료일에 임박하여 과세자료를 처리한 것에 귀책사유가 없으려면 과세자료를 통보받은 즉시 청구인에게 해명기회를 제공하였어야 하나(조심 2014서103, 2024.5.14. 참조), 처분청은 OOO세무서장의 과세자료 통보(2024.1.4.) 이후 1년이 넘게 지난 2025.3.13. 청구인에게 종합소득세 해명자료 제출 안내를 하였다. (사) 처분청은 청구인에게 대면 상담을 통하여 충분한 소명 기회를 부여하였다는 의견이나, 당시 처분청 및 OOO세무서장 소속 세무공무원들은 고압적인 태도로 일관하며 청구인에게 자세한 안내나 자료를 제공하여 주지 아니하였다. (아) 처분청은 이 건 종합소득세 납부고지서가 송달된 지 얼마 지나지 않아 2025.6.10. 독촉장을 보냈고, 이후 2025.7.1. OOO 소재 청구인 소유 건물을 압류하기까지 하였다. (2) 쟁점금원은 사업소득(영업손실보상금)이 아닌 기타소득이다. (가) 청구인이 파악한 바로는 쟁점법인의 과세전적부심사 당시 쟁점법인과 OOO세무서장 사이에 쟁점금원이 기타소득에 해당한다는 사실에 대한 다툼은 없었고, 다만 60%의 필요경비가 공제되는 기타소득인지 아니면 필요경비가 없는 기타소득인지에 대한 다툼이 있었다. (나) 쟁점계약 당시(2019.5.8.)는 쟁점법인의 주택건설사업계획 승인 신청(2020년 12월경)이 있기 전으로서 쟁점사업장 소재지 등의 부지가 주택건설사업에 제공될지 여부가 확정되지 아니하였다. (다) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발 혹은 재건축의 경우 통상 사업이 승인되고 그에 따라 설립된 조합에 의하여 수용 등의 절차가 진행되면서 임차인 등에게 영업손실보상금이 지급되는데, 쟁점금원은 재개발 혹은 재건축에서 위와 같이 지급되는 영업손실보상과는 전혀 다른 방식과 절차로 지급된 것이다. (라) 만약 쟁점법인의 주택건설사업계획이 승인되지 아니하였더라면 쟁점법인은 결국 청구인으로부터 쟁점사업장에 관한 영업권을 양수한 것에 불과하게 되고, 쟁점금원은 영업권의 대가일 뿐인 것이다. (마) 「소득세법」 제21조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제41조 제4항 규정에 의하면, 임차한 점포를 운영하여 사업소득을 발생시키는 자가 그 점포의 임차인으로서의 지위를 양도하여 얻는 경제적 이익은 기타소득에 해당한다. (바) 임차인 지위 양도의 대가를 산정하는 방법은 여러 가지가 있을 수 있고 이는 당사자들이 합의로 정할 수 있으며, 그 대가에는 향후 점포 운영을 통한 예상수익액도 포함될 수 있는 것인바, 임차권 양도의 대가에 향후의 예상수익이 포함되어 있다고 하여 이를 무조건 사업소득인 영업손실보상금으로 볼 수는 없다. (사) 쟁점법인의 과세전적부심사가 일부 채택되었더라도 쟁점금원이 사업소득이라는 점은 과세전적부심사 결정의 ‘이유’ 부분에만 기재되어 있을 것이므로 그 자체로 어떠한 효력이나 구속력을 가질 수 없고, 그러한 구속력을 가지려면 최소한 과세전적부심사 단계에서 쟁점소득이 사업소득에 해당한다는 점에 대하여 심리나 증거조사 등이 진행되었어야 할 것이다. (3) 청구인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다. (가) 대법원 판결(대법원 2022.1.14. 선고 2017두41108 판결)은 납세의무를 알지 못하였음을 정당시할 수 있는 사정이 있을 경우 가산세를 부과할 수 없다고 판시하였고, 조세심판원 결정(조심 2013서1576, 2013.7.22.)은 특정 금원이 사업소득에 해당되는지 기타소득에 해당되는지 여부를 일반납세자가 구별하는 것은 그리 쉬운 것이 아니라고 설시하였다. (나) 소득세법령이 점포 임차권 양도의 대가를 기타소득으로 규정한 점, 당초 OOO세무서도 쟁점금원이 기타소득에 해당한다고 보아 쟁점법인에게 과세예고통지를 한 점, 일반인인 청구인이 쟁점금원이 성격상 사업소득인지 아니면 기타소득인지 파악하기 쉽지 아니한 점, 청구인은 쟁점법인의 원천징수분 기타소득세 원천징수ㆍ납부에 따라 세무대리인을 통하여 관련 종합소득세를 신고한 점, 그리고 쟁점금원이 사업소득인지 아니면 기타소득인지는 소득 유형의 분류에 관한 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 청구인이 쟁점금원을 기타소득으로 보아 관련 종합소득세를 신고한 데에는 이를 정당시할 수 있는 사정이 있는 것이고, 따라서 청구인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. (다) 한편 청구인은 적어도 기납부한 쟁점금원에 대하여서는 법령상 납세의무를 이행한 것이므로, 가산세의 경우 기납부세액이 공제된 종합소득세액을 기준으로 산정되어야 한다. (라) 다른 대법원 판결(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결)에 의하면, 세법해석상 견해의 대립이 있는 상황에서 과세관청이 관계자에 대한 선행처분을 하여 납세자가 이를 토대로 관련 세금을 신고ㆍ납부하였다면 대법원 판결로 세법해석상 견해의 대립이 해소되기 전까지는 납세자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것인바, 이와 유사한 이 건에서 청구인에게 또한 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것이다. (4) 쟁점세액은 청구인이 쟁점법인의 원천징수ㆍ납부를 통하여 납부한 것임에도 불구하고 이 건 종합소득세 부과처분에서 기납부세액으로 공제되지 아니하였는바, 이 건 종합소득세 부과처분은 위법ㆍ부당하다. (가) 청구인이 쟁점법인을 통하여 쟁점세액을 납부하였다는 사실은 관련 기타소득 원천징수영수증을 통하여 확인되고, 청구인은 달리 처분청 또는 OOO세무서장으로부터 쟁점금원을 환급받은 사실도 없으나, 처분청은 쟁점금원을 사업소득으로 보아 이 건 종합소득세 부과처분을 하면서 이를 청구인의 기납부세액으로 공제하지 아니하였다. (나) 쟁점금원이 사업소득인지 아니면 기타소득인지와 무관하게 청구인이 쟁점금원을 납부한 이상 이는 당연히 종합소득세에서 공제되어야 한다. (라) 만일 쟁점법인이 사실상 폐업을 하는 등 더 이상 존재하지 않게 되면 청구인을 포함한 근린생활시설 임차인들은 OOO세무서장이 쟁점법인에게 환급한 세액을 돌려받을 방법이 없게 되는바, OOO세무서장의 행정편의주의적인 조치는 납세자의 권리를 등한시한 것이다. (마) 쟁점세액이 쟁점법인에게 환급되었는지 여부와 무관하게, 청구인은 분명히 원천징수의무자의 원천징수ㆍ납부를 통하여 종합소득세를 납부하였는바, 그 납부사실이 없었던 일로 될 수는 없다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 종합소득세 부과처분은 절차적 하자가 없다. (가) 이 건 과세예고통지 당시 국세부과제척기간 만료일이 3개월 이내였으므로 청구인의 과세전적부심사가 제한되었더라도 이는 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 적법하다. (나) 처분청은 이 건 종합소득세 부과처분에 앞서 2025.3.10. 청구인에게 종합소득세 해명자료 제출을 안내하였고, 청구인은 해당 안내문 수령 후 처분청 소속 세무공무원과 4∼5회 대면 상담을 진행하며 구체적인 고지내용, 법률해석, 징수유예 및 사후구제절차 등에 관한 안내를 받는 등 사전에 소명기회를 충분히 보장받았다. (다) 처분청은 청구인이 종합소득세 해명자료 제출기한(2025.3.19.)이 경과하였음에도 해명자료를 제출하지 아니하여 그 즉시 과세예고통지를 할 수도 있었으나, 청구인이 계속적으로 추가서류 제출 및 구제절차를 알아보겠다고 하여 이러한 사정을 충분히 고려하여 주었고 그 과정에서 이 건 종합소득세 부과처분까지 시간이 다소 지체되기는 하였으나, 처분청이 이 건 종합소득세 부과처분의 절차진행을 게을리하였다거나 업무를 고의로 장기간 방치하였다고 볼 수는 없다. (라) 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우 과세전적부심사를 생략하더라도 위법하다고 볼 수 없고(대법원 2022.4.28. 선고 2022두31785 판결 참조), 과세전적부심사제도가 사전적 구제제도이기는 하나 국세부과제척기간이 임박한 경우 등에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결 참조). (마) 조세심판원이 특별한 사정 없이 과세자료를 장기간 방치하거나 과세자료 처리를 지연한 경우 절차적 하자를 인정한 바가 있으나, 이 건과 같이 고의성 없는 단순 지연처리의 경우에까지 절차적 하자를 인정한 것은 아니다. (바) 국세부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 국세부과제척기간 경과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없으며, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구 및 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. (사) 청구인은 조세심판원 결정(조심 2024서103, 2024.5.14.)을 근거로 처분청이 과세자료를 통보받은 즉시 청구인에게 해명기회를 제공하였어야 한다고 주장하나, 이는 위 사안에서의 과세관청이 과세자료를 통보받은 즉시 납세자에게 해명기회를 제공한 후 과세자료를 처리하였던 점 등을 이유로 납세자의 주장을 기각한 사례로서, 청구주장은 위 결정의 내용을 지나치게 확대해석한 것이고, 오히려 과세관청은 국세부과제척기간 내 언제든지 부과권을 행사할 수 있는 것이다. (2) 쟁점금원은 사업소득에 해당한다. (가) OOO세무서장의 과세전적부심사 결정내용에 의하면, 쟁점법인이 사업부지 내 근린생활시설 임차인들에게 지급한 금액은 실질적으로 재개발로 인하여 영위하던 사업을 하지 못하게 됨에 따라 지급한 영업에 대한 손실 및 사업장 이전 등에 따른 보상금으로 보는 것이 타당하다. (나) 또한, 「소득세법」 제24조 및 같은 법 시행령 제51조 제3항 제4호가 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 ‘사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다’고 규정하고 있는바, 쟁점금원은 사업부지 내 근린생활시설 임차인들이 사업과 관련하여 받은 영업손실보상금으로서 이는 사업소득으로 보는 것이 타당하다. (다) 쟁점법인은 과세전적부심사 청구 시 ‘사업부지 내 임차인들에게 지급한 대가를 사례금으로 보아 한 과세예고통지는 잘못된 처분으로 해당 대가는 영업손실보상금(사업소득)으로 보아야 한다’고 주장하였고, 이러한 쟁점법인의 주장은 과세전적부심사 결과 인용되었다. (3) 청구인에게는 가산세 감면의 사유가 없다. (가) 종합소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고ㆍ납부하여야 할 신고ㆍ납부 방식의 세목이고 그 신고ㆍ납부에 대한 책임은 일차적으로 납세의무자에게 있다. (나) 쟁점법인은 과세전적부심사 청구를 통하여 원천징수ㆍ납부한 원천징수분 기타소득세를 환급받았고, 환급액을 청구인에게 지급하기 위한 절차를 진행 중인 것으로 파악되는데(쟁점법인은 연락 가능한 소득자들에게 환급액을 이미 지급하였고 연락이 되지 않는 일부 소득자들에게는 환급액 지급을 위해 노력하고 있는 것으로 파악하였다), 청구인이 조금만 주의를 기울였다면 쟁점소득이 사업소득에 해당한다는 사실을 충분히 알 수 있었을 것으로 보인다. (다) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것이나(대법원 2005.1.27. 선고 2003두13632 판결 참조), 정당한 사유가 있는지는 이를 주장하는 자가 입증하여야 하고, 법령의 부지 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 참조). (4) 이 건 종합소득세 부과처분 시 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니한 것은 정당하다. (가) 원천징수의무자인 쟁점법인이 원천징수ㆍ납부한 쟁점세액을 이 건 종합소득세 부과처분 시 기납부세액으로 공제하지 아니한 것은, 쟁점법인의 과세전적부심사 결과 OOO세무서장이 쟁점법인에게 쟁점세액을 포함한 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세를 전부 환급하였기 때문이다. (나) 원천징수는 조세를 징수하는 방법의 하나로서 본래의 납세의무자(담세자)로부터 직접 조세를 징수하는 것이 아니라 납세의무자의 과세표준에 속하게 되는 소득 또는 수익이 되는 금품 등을 지급하는 자(원천징수의무자)가 소정의 방법에 의하여 계산한 조세를 납세의무자로부터 징수하여 국가에 납부하게 하는 제도이다. (다) 쟁점세액은 원천징수의무자인 쟁점법인에게 환급되어 결과적으로 납부되지 아니한 것이므로, 이 건 종합소득세 부과처분 시 이를 청구인의 기납부세액으로 보아 공제할 수 없는 것이다. (라) 대법원 판결(대법원 2025.4.24. 선고 2024다295876 판결)에 의하면 원천징수세액이 원천징수의무자 명의로 납부된 이상 그 국세환급금에 대한 권리는 원천징수의무자에게 있다고 봄이 타당한 것이므로, 원천징수세액에 대한 환급청구권은 청구인이 아닌 쟁점법인에게 있는 것이다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ① 부과제척기간이 임박하여 한 이 건 과세처분에 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자가 있는지 여부 ② 쟁점금원이 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부 ③ 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부 ④ 원천징수의무자가 원천징수ㆍ납부한 세액이 청구인에게 환급되지 아니하였으므로 이를 청구인의 기납부세액으로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : <별지> 기재 다.사실관계 및 판단 (1)이 건 과세예고통지 및 납부고지에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 답변서에 의하면, 쟁점법인은 OOO세무서장이 쟁점금원을 필요경비 없는 기타소득으로 보아 한 과세예고통지에 대하여, 쟁점금원이 사업소득에 해당한다는 주장 등을 하며 과세전적부심사를 청구하였고, OOO세무서장은 2023.12.13. 아래 <표1> 기재와 같은 이유로 쟁점금원이 사업소득에 해당한다는 쟁점법인의 청구주장을 채택하였으며(그 외의 청구는 불채택한 결과 최종적으로 일부 채택 결정이 이루어졌다), 이후 2024.1.4. 처분청에게 청구인의 종합소득세에 관한 과세자료를 통보하였다. <표1> 쟁점법인에 대한 과세전적부심사 결정의 주요 내용 ○○○ (나) 처분청은 2025.3.10. 청구인에게 일반우편으로 아래 <표2> 기재와 같은 종합소득세 해명자료 제출 안내문을 발송하였고, 국세청 전산망 조회내역에 의하면 이는 2025.3.17. 송달완료된 것으로 나타난다. <표2> 종합소득세 해명자료 제출 안내문 ○○○ (다) 처분청은 2025.3.28. 청구인에게 아래 <표3> 기재와 같은 과세예고통지서 및 첨부자료(과세예고 통지에 대한 권리구제 절차)를 발송하였고, 이는 2025.4.1. 송달완료되었다. <표3> 과세예고통지서 및 첨부자료 ○○○ (라) 처분청은 2025.5.12. 청구인에게 이 건 종합소득세 납부고지서를 발송하였고, 이는 2025.5.14. 송달완료되었다. (마) 이 건 종합소득세 경정 내역은 아래 <표4> 기재와 같다. <표4> 이 건 종합소득세 경정 내역 ○○○ (2) 쟁점법인 및 쟁점계약에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점계약의 내용은 아래 <표5> 기재와 같은바, 쟁점금원은 쟁점사업장에 대한 권리금으로 기재되어 있다. <표5> 쟁점계약 내용 ○○○ (나) 청구인 및 쟁점법인이 쟁점금원을 영업권 명목으로 장부에 계상한 사실이나 이들이 쟁점사업장에 대한 영업권의 가치를 평가한 내역은 달리 확인되지 아니한다. (다) 쟁점법인은 2019.6.13. 쟁점사업장이 소재하던 OOO 소재 건물을 매매로 취득하였다. (라) 쟁점법인은 OOO 일원 주택건설사업의 사업시행자로서, 2019.12.31. OOO구청에 주택건설사업계획에 대한 승인 신청을 하였고, 이후 2020.4.8. 아래 <표6> 기재와 같이 주택건설사업계획을 승인받았다(OOO 고시 제OOO호). <표6> 쟁점법인의 주택건설사업계획 승인 내용 ○○○ (마) 한편 쟁점사업장이 소재하던 OOO 소재 건물은 2020.5.20. 멸실되었고, 같은 날 이에 대한 건축물대장이 말소되었다. (3) 쟁점세액에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점법인과 청구인을 각각 원천징수의무자 및 소득자로 한 2019년 귀속 ‘거주자의 기타소득 원천징수영수증’의 내용은 아래 <표7> 기재와 같다. <표7> 기타소득 원천징수영수증 ○○○ (나) 청구인은 2020.6.1. 2019년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점세액을 기납부세액(원천징수분)으로 공제하였다. (다) OOO세무서장은 쟁점법인에 대한 과세전적부심사 결정에 따라 2024.1.17. 쟁점법인에게 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세 OOO원(쟁점세액이 포함된 금액이다)을 환급하였다. (라) 처분청은 쟁점법인이 OOO세무서로부터 환급받은 2019년 귀속 원전징수분 기타소득세를 소득자들에게 지급하는 중이라는 의견인데, 이에 관한 증빙자료는 달리 제시되지 아니하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 종합소득세 부과처분에 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈하는 등의 절차적 하자가 없다는 의견이나, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호는 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는데, 이는 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 후 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 규정한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 위 규정을 적용하려는 것은 아니며, 이러한 경우에도 「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 「국세기본법」상 과세전적부심사청구권을 보장한 입법취지에도 부합하지 아니하다 할 것인 점(조심 2019중3428, 2020.4.27. 외 다수, 같은 뜻임) 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세전적부심사 등 관련 절차를 이행할 시간적 여유가 거의 없으며 이를 생략하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 할 것인바(조심 2024서5752, 2025.4.10., 같은 뜻임), 처분청은 2024.1.4. OOO세무서장으로부터 청구인의 종합소득세에 관한 과세자료를 통보받았음에도 이로부터 1년이 넘게 지나 국세부과제척기간의 만료까지 3개월이 채 남지 아니한 시점에 이르러서야 청구인에게 해명자료 제출을 안내(2025.3.17.)한 뒤 과세예고통지(2025.4.1.) 및 납세고지(2025.5.14.)를 하였고, 위와 같이 과세권 행사를 장기간 지연한 것에 대한 특별한 사정이 달리 구체적ㆍ객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청의 이 건 종합소득세 부과처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해한 절차상 중대한 하자가 존재하는 것으로서 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②∼④는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없어 그 심리를 생략한다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1)국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다. 1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년) 2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다. 3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년 가. 「소득세법」 제81조의10 제1항 제4호 나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다. 1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다. 가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우 나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다. 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 ④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우 3. 「소득세법 시행령」 제118조의5 제1항에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다) (3) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다. ② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다. ③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제37조(기타소득의 필요경비 계산) ① 기타소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 다음 각 호에 따른다. 1. 제21조 제1항 제4호에 따른 승마투표권, 승자투표권, 소싸움경기투표권, 체육진흥투표권의 구매자가 받는 환급금에 대하여는 그 구매자가 구입한 적중된 투표권의 단위투표금액을 필요경비로 한다. 2. 제21조 제1항 제14호의 당첨금품등에 대하여는 그 당첨금품등의 당첨 당시에 슬롯머신등에 투입한 금액을 필요경비로 한다. ② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다. 1. 제1항이 적용되는 경우 2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나. 지상권 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다) (4) 소득세법 시행령(2025.12.30. 대통령령 제35947호로 타법개정되기 전의 것 제41조(기타소득의 범위 등) ③ 법 제21조 제1항 제7호에 따른 영업권에는 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함하되, 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도되는 영업권은 포함되지 않는다. ④ 법 제21조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 점포 임차권”이란 거주자가 사업소득(기획재정부령으로 정하는 사업소득을 제외한다)이 발생하는 점포를 임차하여 점포 임차인으로서의 지위를 양도함으로써 얻는 경제적 이익(점포임차권과 함께 양도하는 다른 영업권을 포함한다)을 말한다. 제51조(총수입금액의 계산) ③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다. 4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. (단서 생략) 제87조(기타소득의 필요경비계산) 법 제37조 제2항 제2호에서 “광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다. 1의2. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제8호의2ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.