「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인’에는 법인주주가 제외되는 것으로 보는 것이 타당한 법령해석으로 보이는 점, 청구인이 국세청의 종전해석을 신뢰하였다고 하더라도 이러한 1차 해석은 종국적인 해석이 아니므로 이에 대한 청구인의 신뢰는 는 보허가치 있는 이익으로 단정하기 어려워 단순한 기대이익에 불과해 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

이유 1.처분개요 가.청구인은 코스닥시장 상장법인 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로 재직하던 중 2021년 퇴직하였다. 나.청구인은 상장법인의 대주주의 범위를 규정하는 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호에 대한 국세청의 ‘법인의 주식을 소유하고 있는 주주1인에는 법인주주를 포함하는 것임’이라는 내용의 예규(국세청 재산-560, 2004.3.5., 이하 “종전해석”이라 한다)에 따라, 청구인의 최대주주 여부 판단시 다른 법인주주가 최대주주이고, 청구인은 최대주주에 해당하지 않는 것으로 보아 퇴직 후에도 계속 보유 중이던 쟁점법인의 주식 294,375주(지분율 1.64%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2024.7.29. 공개시장에서 매도하였다. 다.기획재정부는 2024.8.29. 종전해석과 달리 ‘개정 후 「소득세법 시행령」제154조 제4항 제1호의 주주1인에 법인주주를 포함하지 않는 것임’이라는 내용의 새로운 예규(기획재정부 금융세제과-450, 2024.8.29., 이하 “신규해석”이라 한다)를 발표하였고, 청구인은 신규해석에 따라 법인주주를 제외한 나머지 주주 중 최대주주 여부를 판단할 경우 청구인과 그 특수관계자들이 최대주주에 해당(합산 지분율 2.86%) 한다고 보아, 2025.2.20. 쟁점주식 양도에 따른 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 라.이후 청구인은 2025.3.24. 처분청에 쟁점주식의 양도소득은 종전해석에 따라 양도소득세 과세대상이 아님을 이유로 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.7.15. 이를 거부하였다. 마.청구인은 이에 불복하여 2025.8.8. 이의신청을 거쳐 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다. 2.청구인 주장 및 처분청 의견 가.청구인 주장 (1) 청구인이 쟁점주식을 매도하고 양도소득세를 신고ㆍ납부한 경위는 다음과 같다. 청구인은 2021년 쟁점법인에서 퇴임할 당시 쟁점법인의 주식 711,425주(2021년말 기준 지분율 4.0%)를 보유하였는데, 당시 「소득세법 시행령」 제157조에 따라 대주주에 해당하였고, 이에 2022년 417,050주를 장내 매도하면서 2023년 2월 양도소득세 신고 및 납부를 완료하였다. 그 결과 2023.12.31. 당시 쟁점주식 294,375주(지분율 1.64%, 시가 총액 OOO)를 보유하게 되었고, 대주주 요건 완화 목적으로 2024.1.1.부터 시행된 「소득세법 시행령」 제157조에 따른 대주주에 해당하지 않게 되었다. 청구인은 개정된 「소득세법 시행령」 제157조와 종전의 법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인에는 법인주주를 포함하는 것이라는 종전해석을 신뢰하여 최대주주 판단시 법인주주를 포함하여 고려하면 청구인은 최대주주에 해당하지 않아 대주주 지분율 요건에도 미달하므로 쟁점주식을 양도할 경우 세금이 부과되지 않을 것으로 예상하고 2024.7.29. 쟁점주식을 장내 매도하여 양도소득이 발생하였다. 그러나, 양도일의 다음 달인 2024.8.29. 기획재정부는 종전 해석과 다르게 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 “주주 1인”에 법인주주를 포함하지 않는 것으로 신규해석을 내놓았다. 새로운 해석의 취지는 최대주주 그룹 판단 시 전체주주 중 법인주주를 제외한 개인 그룹 중 가장 많은 지분을 갖고 있는 개인 그룹을 최대주주 그룹으로 보겠다는 것이다. 2023.12.31. 현재 쟁점법인의 주주구성에 따르면, 종전해석과 다른 신규해석에 따르면 쟁점법인의 최대주주인 ㈜b 등 법인주주(46.64%)를 제외시 개인주주 중에서는 청구인의 지분율이 1.64%로 최대주주에 해당한다. 또한 청구인의 특수관계인이 보유한 총 소유주식 비율과 합계는 2.86%인바, 「소득세법 시행령」 제157조 제5항 단서에 따르면 최대주주에 해당할 경우 특수관계인들이 보유한 주식도 합산하여 대주주 여부를 판단하도록 하고 있으므로, 양도일 이후의 새로운 해석에 따라 법인주주를 제외하면 청구인이 최대주주 그룹이 되기 때문에 특수관계인들의 지분을 합산한 2.86% 지분비율로 판단하면 대주주(코스닥 시장 상장주식 소유비율 100분의 2 이상)가 되는 것이다. 청구인은 세법에 관련된 전문적인 지식이 없는 사람으로, 위와 같이 양도일 이후 새로운 해석이 생기는 경우에도 이에 따라 납세의무가 발생하는 것인지 판단하기 어려웠고, 만일 납세의무가 있었는데 신고하지 아니하여 고지되는 경우 신고ㆍ납부 의무 불이행에 따른 가산세로 인해 발생하는 추가적인 재산적 피해를 우려하여 2025.2.20. 쟁점주식에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. (2) 이 사건 처분은 소급과세 금지 원칙을 위반한 것이다. 양도소득세의 성립일은 과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일인바, 청구인이 2024.7.29. 쟁점주식을 양도한 건에 대한 납세의무 성립일은 2024.7.31.이고, 신규해석의 날짜는 2024.8.29.이다. 세법해석의 기준 및 소급과세 금지 원칙(「국세기본법」 제18조 제2항)에 따라 국세를 납부할 의무가 이미 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립일 이후의 새로운 세법이나 해석에 따라 소급하여 과세하지 아니하여야 한다. 신규해석 전 이미 성립한 납세의무는 신규해석의 영향을 받지 않는다. 따라서 청구인의 납세의무 성립일 기준으로 청구인을 대주주로 보아야 하는 근거가 없으며, 대주주가 아닌 이상 상장주식에 대하여 장내 양도하고 발생된 소득에 대하여 납세의무가 없다. 과세관청 예규인 ‘국세기본법 기본통칙’ 18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)에 따르면, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이고, 예외적 사유로 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우를 두고 있다. 법인주주를 포함하여 최대주주를 판단한다는 종전해석은 법인주주를 최대주주에 포함할 것인지 포함하지 아니할 것인지 여부에 대한 규정일 뿐이므로 그 자체가 명백히 법령을 위반한 경우로 볼 수 없기 때문에 새로운 세법해석은 그 날 이후 납세의무가 성립하는 부분부터 적용하여야 한다. 적어도 신규해석의 날짜(2024.8.29.)이후에 납세의무가 성립되는 되는 2024.8.1. 양도분(납세의무 성립일 2024.8.31.)부터 새로운 해석을 적용하여야 한다. (3) 이 사건 처분은 조세법률주의 원칙을 위반한 것이다. 조세법 분야는 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의를 근간으로 하는 조세법률주의가 지배하고, 나아가 국민들로 하여금 자기의 위험부담 아래 법규를 해석하여 납세의무를 자진 신고ㆍ이행하도록 요구하고 있는 문리해석에 충실하여야 할 필요성이 절실하다. 이 사건에 적용되는 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 및 제5항에서는 “법인의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인”이라고만 규정하고 있을 뿐, 양도시점 기준 관련 법이나 시행령, 시행규칙 등 어떠한 문언에서도 최대주주를 판단함에 있어 법인주주는 제외한다는 내용은 확인되지 않는다. 통상적인 의미에서 주주라 함은 법인과 개인을 구분하지 않고 법인의 주식이나 지분을 소유한 자의 의미로 통용되기 때문에 최대주주라는 용어 역시 법인이든 개인이든 주주 또는 출자자 중 가장 많은 주식을 가지고 있는 주주를 의미한다고 봄이 사회통념상으로도 타당하다. 같은 맥락에서 아래와 같이 각 금융 관련 법률뿐만 아니라 상법에서도 최대주주에 법인주주를 포함하여 표현하고 있다. <표1> 청구인이 제시한 금융 관련 법률 및 상법 조세심판원에서도 심판청구 해당 법인의 최대 지분을 갖고 있는 법인을 최대주주라고 표현하고 있다(조심 2023지5260, 2024.3.6.). 위와 같이 세법이 아닌 다른 법 조문을 보더라도 최대주주 범위에서 법인주주를 제외하지 않고 있다. 「소득세법 시행령」 제157조에서 최대주주 관련하여 종전과 다른 신규해석이 나옴으로 인하여 조세법률주의에 따른 근거과세, 과세유지를 위하여 2025년 개정 「소득세법 시행령」 제157조에 ‘법인주주를 제외하며’라는 문구를 넣어 개정하였다. 최대주주의 범위에서 법인주주를 제외한다는 개별적 예외 규정을 새로이 설치하였다는 것은 예외 규정이 없는 문구에서는 법인주주를 포함하고 있었다는 것을 방증하고, 개정 전 법률로는 개인주주에게 과세유지 하기가 현저히 어려웠다는 것을 의미한다. 서울고등법원은 “납세자에게 불리한 세법규정의 해석 적용은 엄격하게 하여야 하고, 그 규정취지나 내용이 모호하여 의심스러울 때는 이를 납세자의 이익으로 해석하여야 한다”는 취지로 판결(서울고등법원 1982.3.3. 선고 81구535 판결, 대법원 1984.4.10. 선고 82누164판결로 확정)한바, 양도소득세 납세의무가 발생하는 대주주 해당 여부에 관한 세법해석은 납세자에게 명백히 불리한 규정이므로, 명확한 해석이 나오거나 명문화된 규정이 없었던 시점에서 최대주주의 판단은 사회통념에 입각하여 법인 주주까지 포함하는 것으로 해석함이 납세자의 이익 및 상기 대법원 판례의 법리에 부합할 것으로 생각된다. (4) 이 사건 처분은 과세의 형평과 합목적성에 비추어 부당하다. 「국세기본법」제18조 제1항의 세법 해석의 기준에 따라 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하여야 한다. 2024.1.1. 이후 시행된 대주주 요건 완화 개정안의 취지는 대주주 판단시 친족의 주식보유 비율 현황 파악이 어려워 세부담 예측가능성을 저해하므로 본인 지분율만을 기준으로 판단하게 한 것이다. 다만 최대주주의 경우에는 대주주 판단시 친족 주식 보유 비율을 합하도록 하였는데, 대주주에도 해당하지 아니하는 자가 법률에도 없었던 법인주주를 제외한다는 요건을 적용하고 그 이후에 다른 개인 그룹의 친족 주식 보유 비율까지 파악하여 본인이 최대주주인지를 판단하는 것은 현실적으로 불가능하다. 대주주의 주식 양도차익에 대한 양도소득세 과세 조항의 입법취지는 대량의 주식을 보유한 대주주 일가의 주식 명의 분산 및 그 분산된 주식의 양도를 통한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와 과세형평을 기하기 위한 목적으로 상장주식의 양도차익을 양도소득세 과세대상으로 포함하는 것이다. 다만 상장주식 양도차익에 대한 과세로 인해 장래 예상되는 자본시장에 대한 부정적 영향과 투자 위축을 줄이기 위해 정책적으로 과세범위를 조정하는 등 유연한 대응이 필요하므로, 주권상장법인의 주식을 양도한 경우 양도소득에 대하여는 대주주의 양도소득 등으로 과세대상을 제한하면서, 구체적인 과세대상에 관하여는 시행령에 위임하게 된 것인바(헌법재판소 2015.2.26. 선고 2012헌바355 결정), 위 법령의 입법목적에 비추어 볼 때도 “자본시장에 대한 부정적 영향과 투자 위축을 줄인다는 목적”과 “최대주주 판단시 법인주주를 배제해야 한다”는 해석의 연관성은 찾아보기 어렵다. (5) 이 사건 처분은 신의성실의 원칙을 위반하였다. 「국세기본법」 제15조는 “세무공무원이 직무를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다”고 규정하고 있다. 이러한 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해 표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어질 것을 요한다(대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결 등 다수). ① 앞서 살펴본 바와 같이, 과세당국은 종전해석을 통해 “소득세법 시행령 제157조 제4항의 대주주를 판단함에 있어, 특수관계인의 보유 주식을 합산해야 하는 최대주주의 경우 법인 주주까지 포함하여 최대주주에 해당하는지를 판단해야 한다”고 공적 견해를 표명하였다. ② 위와 같은 과세당국의 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 있어 납세자인 청구인의 귀책은 전혀 없고, ③ 청구인은 그 신뢰에 기하여 본인이 대주주에 해당하지 않으므로 쟁점주식의 양도시 양도소득세가 부과되지 않는다고 보아 쟁점주식을 양도하였는바, ④ 본 경정청구가 인용되지 않을 경우 이는 과세관청이 공적인 견해표명에 반하는 처분(경정 거부처분)을 함으로써 결과적으로 납세자인 청구인의 이익이 침해(양도소득세 부과)될 소지가 있으며 신의성실의 원칙에 위배된다. (6) 처분청은 2016년부터 2025년까지 대주주의 정의에 대하여 계속적인 개정이 있었고, 이 과정에서 주주 1인에서 법인주주를 제외하는 방향으로 개정이 있었다는 의견이나, 이는 타당하지 않다. 종전 「소득세법 시행령」 제157조 4항에서는 양도소득세가 과세되는 대주주에 해당되는 친족의 범위에 6촌이내 혈족 및 4촌 이내 인척을 포함하였으나 2016년 이후 시행된 「소득세법 시행령」(대통령령 제27074호, 2016.3.31.)에서는 제157조 제4항 제1호 가목 및 나목을 신설하면서 주주 1인등이 최대주주가 아닌 경우에는 직계존비속, 배우자등의 지분만 합산하여 대주주 여부를 판단하는 것으로 바뀌었을 뿐이다. 위 시행령의 개정이유에도 양도소득세 과세대상 범위를 축소하는 의미라고 기재되어 있을뿐 주주 1인등의 지분이 최대주주인지 판단할 때 법인주주를 제외하고 판단한다고 하는 문구는 찾을 수 없다. <표2> 2016.3.31. 대통령령 제27074호로 개정된 「소득세법 시행령」의 개정이유 또한 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 「소득세법 시행령」 제157조 제1항 1호에서는 가목과 나목을 규정할 때 최대주주의 아닌 자의 합산대상 지분 범위 자체를 삭제하여 결과적으로는 최대주주가 아니면 본인 지분만으로 대주주를 판단하도록 변경되었다. <표3> 2021.2.17. 대통령령 제31442로 개정된 「소득세법 시행령」 2022.12.31. 대통령령 제33207호의 개정이유에서도 최대주주가 아닌 경우 본인이 소유한 주식만을 기준으로 대주주를 판단하도록 하려는 것으로 기재되어 있을뿐이다. <표4> 2022.12.31. 제33207호의 개정이유 위와 같이 개정이유에서도 최대주주를 판단하는 주주 1인에 법인주주를 제외하려는 목적으로 개정되었다는 문구는 찾아볼 수 없으며 비슷한 취지의 맥락도 찾을 수 없다. 주주 1인의 정의에 대해서는 2025년에 주주 1인의 범위에 법인주주는 제외함이라고 개정된 것이 처음이며 그 이전까지는 주주 1인과 관계된 특수관계 있는 기타주주의 범위에 대한 규정이었으므로 연혁 전체를 살펴보더라도 시행령 문구, 개정이유 어디에서도 최대주주를 판단하는 주주 1인의 범위에서 법인주주를 제외하려는 개정이유를 찾을 수 없다. 또한 기타주주를 규정하는 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 1호의 경우 “해당 주주등이 개인인 경우에는” 이라고 규정하고 있는데 이는 문구 그대로 해당 주주 1인이 개인일 경우 그의 특수관계자 범위를 열거한 것에 불과하므로 주주 1인이 개인인 경우 관련 특수관계자들에 대해 규정한 것으로 해석해야하는 것이지 이 문구를 근거로 주주 1인은 개인주주만을 의미한다라고 하는 것은 확대해석에 불과하다. 또한 “해당 주주등이 개인인 경우에는” 이 부분은 오히려 주주 1인이 법인인 경우도 있을 수 있다는 것을 의미하는 것이다. 2025.2.28. 개정되어 대통령령 제35349호에 의해 시행된 「소득세법 시행령」제157조 제1항 제1호에서 ‘주주 또는 출자자 1인에서 법인은 제외한다’라고 삽입된 문구에 대한 개정이유에서 비로소 대주주 범위의 명확화라는 목적이 기재되었는데, 이는 오히려 그 이전에 소득세법 시행령이 입법미비였음을 인정하는 것이고 그 부분에 대한 해석이 분명하지 않을 수 있었다는 것을 반증하는 것이다. (7) 처분청은 기획재정부의 신규해석은 국세청의 종전해석을 변경한 새로운 해석에 해당하지 않는 것이라는 의견이나 이는 타당하지 않다. 종전해석과 신규해석의 문구만 보더라도, “포함”에서 “포함되지 않음”으로 변경되었는데 이를 두고 어떤 기준으로 해석해야 변경되지 않은 것으로 이해할 수 있는지 알기 어렵다. 법인주주가 최대지분을 갖고 있는 경우 각 해석에 따라 적용해 보면 최대주주 판별 결과가 판이하게 달라져 이에 따른 대주주 실질, 과세 적용기준이 전혀 달라지게 되고 이에 따라 납세자의 권리, 의무에 영향을 주기 때문에 새로운 해석 아니더라도 종전과 다른 해석으로 보아야 마땅하다. 나.처분청 의견 (1) 「국세기본법」제18조 제3항에 따른 소급과세에 해당하지 않으므로 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는다. 「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다. 즉, 새로운 해석에 의한 소급과세 금지 원칙이 적용되기 위해서는 아래 <표5>와 같이 첫째,비과세 관행이 성립되어야 하고, 둘째,이후 그 해석이나 관행에 의한 행위는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는 것이다. <표5> 비과세 관행의 성립요건 이 사건의 경우 비과세 관행이 성립되었다고 보기 어려우므로, 비과세 관행이 성립된 후 새로운 해석에 의한 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는다. (2) 신규해석은 기존의 종전해석을 변경한 새로운 해석에 해당하지 않는다. 기획재정부는 상장법인 대주주와 관련하여 법인주주 포함ㆍ제외 여부에 대하여 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 “주주 1인”에 법인주주가 포함되지 않는 것으로 회신하였다. 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인과 특수관계에 있는 자’에 대한 개정이력을 살펴보면, 2004년 국세청 해석 당시 주주 1인의 특수관계인에 대해 「국세기본법 시행령」 제20조를 준용하였고, 「국세기본법 시행령」 제20조 제12호에서 ‘주주가 법인인 경우’를 규정하고 있었으나, 2013.2.15. 「소득세법 시행령」 개정시, 주주 1인에 대한 특수관계인에 대해 「국세기본법 시행령」제1의2에 따른 특수관계인 중 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인만을 포함하여 ‘주주가 법인인 경우’(제3항 제2호)를 제외하였고, 위 특수관계인의 범위에 대한 준용 조문이 2016.3.31. 개정되어 「국세기본법 시행령」이 아닌 「법인세법 시행령」의 조문을 준용하는 것으로 개정할 때도, 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호(주주가 개인인 경우)만을 준용하는 것으로 하고 제2호(주주가 법인인 경우)는 준용하지 않은바, ‘주주가 개인인 경우’로 한정하였으며 현재까지 유지되고 있어 기존해석을 변경한 새로운 해석으로 볼 수 없다. 양도소득세가 과세되는 대주주의 범위에 대한 조문의 개정이력을 살펴 보면, 2016.3.31. 「소득세법 시행령」 개정 전에는 주주 1인과 기타주주의 소유주식 비율 합계 및 시가총액 합계가 일정 기준 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주(배우자, 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척등 및 경영지배관계에 있는 법인)를 대주주로 판정하였으나, 개정 후에는최대주주의 개념을 도입하였으며, 최대주주 해당 여부에 따라 양도소득세가 과세되는 기타주주의 범위를 달리 적용하였다. 최대주주란, 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(주주 1인등 그룹)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 그룹 중에서 최대인 경우를 말하는데, ‘2015년 간추린 개정세법’에서, ‘지분율 1% 이상인 개인주주 중 특수관계인 주식등을 합산해서 최대주식보유주(특수관계인 포함)’ 라고 설명하고 있는 것에 비추어 보면2016.3.31. 「소득세법 시행령」 개정 당시에도 주주 1인에 법인주주를 제외하고 있었다는 것을 알 수 있다. (3) 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인’에 법인주주는 포함되지 않는다. 청구인은 종전해석에 따라 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인’은 법인주주를 포함하여야 하므로, 쟁점법인의 2023년 말 기준 주주 구성에 따르면 법인주주를 포함할 경우 ㈜b가 최대주주이며, 청구인 본인 소유 주식비율이 2% 미만으로 대주주에 해당하지 않고, 법인주주 ㈜b를 제외하면 청구인은 대주주에 해당하지 않아 양도소득세 납세의무가 없다고 주장한다. 「소득세법」 제94조 제1항은 개인에게 과세되는 양도소득에 대한 조항으로 구체적 사항을 위임받은 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호는 “주주 1인”이 양도소득 과세대상인 대주주에 해당하는지 판단하는 기준을 규정한 조항이다. 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 단서 규정에서 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 「법인세법 시행령」제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 최대인 경우를 “주주 1인등”으로 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」 제43조 제8항은 해당 주주 등이 개인인 경우에는 1호를 적용하여 특수관계 있는 자의 범위를 정하고, 해당 주주 등이 법인인 경우에는 2호를 적용하여 특수관계자의 정의를 정하도록 규정하고 있어 「소득세법 시행령」 제157조 제1항에서 규정하는 주주 1인은 개인주주로 해석하여야 한다. 청구인은 쟁점법인의 최대주주는 45.17% 지분을 소유한 ㈜b라고 주장하나, 상기 법리에 따르면 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호에서 「법인세법 시행령」 제43조 제8항의 해당주주 등이 개인인 경우의 제1호만을 규정하고 해당주주 등이 법인인 경우에 제2호를 포함하지 않는 것으로 “주주 1인”에는 개인주주만 포함되는 것이 타당하다. 청구인은 쟁점주식 양도일 2024년 7월이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 2023.12.31. 현재 쟁점법인의 주식소유 비율이 2% 미만이고 시가총액이 50억 미만으로 대주주 요건에 해당하지 않으나, 「소득세법 시행령」(2022.12.31. 대통령령 제33207호로 개정된 것) 제157조 제4항 제1호에 따라 청구인과 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 그와 특수관계에 있는 c 외 4인의 쟁점법인 주식소유 비율 합계가 최대인 경우에 해당하는바, 청구인을 포함한 주주 1인등의 소유주식 비율 합계로 대주주 여부를 판단하는 것이 타당하고, 그 합계가 2.86%로 2% 이상에 해당 청구인을 포함한 주주 1인 등 모두가 대주주에 해당, 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주식 양도 당시 청구인의 최대주주 해당 여부에 있어서, 쟁점법인의 다른 법인주주를 포함하여 최대주주 해당 여부를 판단해야 하는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 2023.12.31. 현재 쟁점법인의 주주구성은 아래 <표6>과 같다. <표6> 2023.12.31. 현재 쟁점법인의 주주구성 (나) 청구인의 쟁점주식 양도에 따른 당초 2024년 귀속 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 2024년 귀속 양도소득세 신고 및 경정청구 내역 (다) 국세청의 종전해석(재산-560, 2004.3.5.)의 구체적 내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 종전해석의 구체적 내용 (라) 기획재정부(현 재정경제부) 신규해석의 구체적 내용은 아래 <표9>와 같다. <표9> 기획재정부(현 재정경제부) 신규해석의 구체적 내용 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 양도 당시 청구인의 최대주주 해당 여부에 있어서, 종전해석에 따라 쟁점법인의 다른 법인주주를 포함하여 최대주주 해당 여부를 판단해야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호(2023.12.28. 대통령령 제34061호로 개정된 것)는 그 특수관계자의 범위를 규정하는 「법인세법 시행령」제43조 제8항의 조문을 준용할시, ‘해당 주주 등이 개인인 경우’에 해당하는 제1호만을 준용할뿐, ‘해당 주주 등이 법인인 경우’에 관한 제2호의 준용을 명시적으로 배제하고 있는바, 이는 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호의 ‘주주 1인’에는 법인주주가 제외되는 것으로 보는 것이 타당한 법령해석으로 보이는 점, 「소득세법」은 개인의 소득에 대해 과세함을 목적으로 하고, 납세의무자도 거주자로 규정하고 있으므로 「소득세법」제94조 및 「소득세법 시행령」 제157조의 주식의 양도차익에 대한 과세 문제는 개인 주주만을 그 대상으로 하는 것으로 보이는 점, 청구인이 국세청의 종전해석을 신뢰하였다고 하더라도 이러한 1차 해석은 종국적인 해석이 아니므로 이에 대한 청구인의 신뢰는 보호가치 있는 이익으로 단정하기 어려워 단순한 기대이익에 불과해 보이는 점, 청구인 및 청구인과 「법인세법 시행령」제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자와의 소유주식수 비중은 전체 발행주식 중 100분의2 이상인바, 청구인과 이러한 특수관계에 있는 자들은 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호에 따른 주권상장법인의 대주주 요건에 해당하는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도소득을 양도소득세 과세대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】①세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ②국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득 가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등 1)소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 (3) 소득세법 시행령(2023.12.28. 대통령령 제34061호로 개정된 것) 제157조【주권상장법인의 대주주의 범위 등】④법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다. 1.주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “주주 1인등”이라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 장에서 “주권상장법인기타주주”라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 100분의 1 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다. 가.「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람 나.「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자 2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우의 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다. ⑤제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식의 비율 또는 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인을 대주주로 본다. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 대주주로 본다. 1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상인 경우 (4) 소득세법 시행령(2025.2.28, 대통령령 제35349호로 일부개정된 것) 제157조【주권상장법인의 대주주의 범위 등】① 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다. 1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(법인은 제외하며, 이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 장에서 "주권상장법인기타주주"라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 100분의 1 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다. 가. 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람 나. 「국세기본법 시행령」 제1조의2제3항제1호에 해당하는 자 (5) 법인세법 시행령(2023.2.28. 법률 제33265호로 개정된 것) 제43조【상여금 등의 손금불산입】⑧제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 가.친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다) 나.제2조 제8항 제1호의 관계에 있는 법인 다.해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인 라.해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인 마.다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인 2.해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조 제8항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자