①쟁점건축물의 취득 및 철거가 예배당을 신축하기 위한 것이라고 하더라도 이는 예배당 신축에 간접적으로 공여된 것일 뿐, 취득 당시부터 철거가 예정된 건축물은 취득세 면제 대상으로 보기 어려움②취득 당시 쟁점건축물이 가치가 없는 부동산이라고 보기 어렵고, 계약서상 기재된 0원을 사실상 취득가액이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 지방세법 시행령 제19조 제1항에 따라 안분하여 취득세를 산정함이 타당

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2025.7.8. 서울특별시 OOO토지 630㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상의 건축물 1,879.92㎡(근린생활시설 및 주택으로, 이하 “쟁점건축물”이라 하며, 이를 쟁점토지와 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, OOO원을 과세표준으로 하여 쟁점토지와 쟁점건축물의 시가표준액 비율로 안분하고, 쟁점토지에 대하여는 「지방세특례제한법」제50조 제1항(이하 “쟁점면제규정”이라 한다)을 적용하여 취득세를 면제하고, 쟁점건축물에 대하여는 「지방세법」제13조 제2항 및 같은 법 제13조의2 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 종교 사업에 직접 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득한 것이므로 쟁점건축물 취득에 관하여도 쟁점면제규정이 적용되어야 한다는 취지로 2025.8.13. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.9.24. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (쟁점①) 청구법인은 종교 사업에 직접 사용할 예배당을 신축하고자 계획하고 쟁점부동산을 취득하였으므로, 쟁점부동산은 쟁점면제규정의 적용대상에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점부동산 매수계약(2025.4.21.)을 하기 이전인 2025.4.17 이미 임시이사회를 개최하여, 쟁점부동산을 기본재산으로 취득하여 스크랜턴 기념교회를 신축하기로 결의하였다. (나) 청구법인은 잔금지급일(2025.7.8.)에 앞서 신속한 예배당 신축을 위해 2025.7.1. 건물 철거공사를 위한 건설공사 표준도급계약(착공 2025.7.3., 준공 2025.9.15.)을 체결하고, 처분청에 2025.6.25. 건축위원회 심의 신청서를 제출하였으며, 2025.7.29 해체공사 기간을 2025.8.6.∼2025.9.15.로 한 건축물 해체허가신청서를 제출하고, 예배당 신축을 위한 쟁점건축물 멸실을 진행하였으며, 2025.9.22. 건물을 철거하고 건축물 멸실신고서를 제출한 한편, 2025.9.23. 건축허가를 받고, 2025.12.17. 신축공사를 착공하여 현재 건축 중에 있다. (다) 조세심판원은 유예기간 내에 건물을 멸실한 이유만으로 다른 용도로 사용한 것으로 보기는 어렵다며 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다(조심 2023지1616, 2024.5.21.). (라) 교회가 인접 주택을 취득하여 멸실하고 부설주차장으로 사용하는 경우 기존 주차장의 법정규모, 부설주차장까지의 거리, 신도 수 및 신도들의 차량보유 현황 등을 고려하여 취득세 등 비과세 여부를 판단하여야 하는바(세정-399, 2006.1.31.), 쟁점건축물을 멸실한 이유가 종교용 건물을 신축하기 위하여 건축물을 멸실한 것이므로 비과세 대상으로 보아야 한다. (마) 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 즉시 건축 허가를 받고(2025.9.23), 신축공사를 착공(2025.12.17.)하여, 그 취득일로부터 3년의 유예기간 내에 면제 대상인 종교 사업용 건축물을 현재 건축 중에 있음에도 불구하고 처분청은 쟁점부동산을 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하지 아니한 잘못이 있다. (2) (쟁점②) 쟁점건축물의 가액은 계약자유의 원칙 및 실질과세원칙에 따라 계약서에 따른 금액인 0원으로 보는 것이 타당하다. (가) 쟁점부동산은 교회를 건축하기 위하여 취득하는 부동산으로 계약 이전부터 지상 건축물은 필요하지 않아 철거해야 하므로, 매도자에게 건물을 철거하여 줄 것을 요구하였으나, 매도인이 계약 전 건물철거 시 철거에 따른 철거비용과 행정절차ㆍ철거기간 등이 장기간 소요되어, 청구법인이 매수 즉시 철거를 용이하게 할 수 있도록 기존 임대차에 관한 명도 등을 잔금수령일까지 매도인이 진행(반환)하기로 하고, 건물가액을 “0”원으로 합의하여 “계약자유의 원칙”에 따라 매매계약이 체결된 계약이다. (나) 쟁점토지와 쟁점건축물을 일괄적으로 한꺼번에 취득하기로 한 계약이 아니라, 쟁점토지와 쟁점건축물을 구분하여 매매계약을 체결한 것으로, 처음부터 매매계약서에 쟁점토지에 대한 가액만 지급하기로 계약하고, 건물 가액은 “0”원으로 명백히 구분하여 매매계약 되었음에도, 시가표준액 비율로 안분 계산하여 취득세 등을 부과하는 것은 “실질과세 원칙”을 위배한 것이다. 나. 처분청 의견 (1) (쟁점①) 쟁점면제규정은 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언과 취지를 고려할 때 직접 사용의 ‘직접’은 그 용도에 직접적으로 제공되는 것을 의미하는 것이고, 간접적으로 공여되는 경우까지 포함된다고 볼 수는 없다. 쟁점건축물의 취득 및 철거가 예배당의 신축하기 위한 것이라 하더라도 이는 예배당 신축에 간접적으로 공여된 것일 뿐, 종교행위 자체에 직접 사용된 것으로 볼 수 없으므로, 취득 당시부터 철거가 예정된 쟁점건축물을 쟁점면제규정에 따른 취득세 면제대상으로 보기 어렵다(조심 2023지5002, 2024.6.25., 같은 뜻임). (2) (쟁점②) 「지방세법」제10조의3 제1항에서 부동산등을 유상거래로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제19조 제1항에서 부동산등을 한꺼번에 취득하여 각 과세물건의 취득 당시의 가액이 구분되지 않는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 각 과세물건별 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있다. 쟁점토지와 쟁점건축물을 일괄하여 취득하는 쟁점부동산의 매매거래에서 매매대금 중 그 건물 가액을 ‘0원’으로 하였다 하더라도 이를 부동산 등의 취득가격이 구분되는 경우로 보기는 어려우므로 거래대상물이 토지와 건물의 일괄계약인 경우 토지와 건물의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가액으로 보아야 한다(조심 2021지2108, 2022.6.3., 같은 뜻임). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점건축물이 철거되었다고 하더라도 그 목적이 종교시설의 신축을 위한 것이므로 쟁점면제규정 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점토지와 쟁점건축물을 일괄 취득하면서 쟁점건축물 가액을 0원으로 계약하였음에도 전체 매매가액을 쟁점토지와 쟁점건축물의 각 시가표준액으로 안분하여 취득세를 산정하는 것은 부당하다는 청구취지의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 1964.12.24. “기독교 대한감리회에 속한 모든 교회와 이 교회에서 경영하는 전도, 교육, 구호와 보육시설, 기타 사회교화 봉사사업을 위하여 필요한 토지, 건물, 설비품을 소유관리하며 필요한 재산을 공급함을 목적”으로 설립된 재단법인이다. (나) 청구법인은 2025.4.21. 쟁점부동산을 OOO원에 매입(계약금 OOO원은 계약시 지불, 잔금 OOO원은 2025.7.8. 지급)하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 해당 계약서 특약사항에서 “건물부분은 양수이후에 철거할 예정으로 토지가액은 OOO원 / 건물가액은 0원으로 한다”는 내용이 확인된다. (다) 청구법인이 2025.7.8. 쟁점부동산을 취득하고 취득세를 신고하면서 첨부한 사용계획서에 따르면, 청구법인은 쟁점부동산에 스크랜턴 기념교회(예배당)를 신축할 예정이었다. (라) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점부동산은 2025.4.21.자 매매를 등기원인으로 하여 2025.7.9. 소유권이전등기가 경료되었으며, 쟁점건축물 건물내역의 경우 지층∼4층은 근린생활시설로, 5층은 주택으로 각 확인된다. (마) 청구법인은 쟁점부동산 잔금지급일(2025.7.8.) 이전인, 2025.7.1 쟁점건축물 철거공사를 위한 도급계약을 체결하고 공사를 진행하여, 2025.9.22. 쟁점건축물을 철거하고 건축물 멸실신고서를 제출하였다. 또한 청구법인은 쟁점건축물이 멸실된 이후인 2025.9.23. 건축허가를 받고, 2025.12.17. 신축공사를 착공하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점면제규정은 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언과 취지에 비추어 직접 사용의 ‘직접’은 그 용도에 직접적으로 제공되는 것을 의미하는 것이고, 간접적으로 공여되는 경우까지 포함된다고 볼 수는 없는바, 청구법인의 경우, 쟁점건축물의 취득 및 철거가 예배당을 신축하기 위한 것이라 하더라도 이는 예배당 신축에 간접적으로 공여된 것일 뿐, 종교행위 자체에 직접 사용된 것으로 볼 수 없으므로, 취득 당시부터 철거가 예정된 쟁점건축물을 쟁점면제규정에 따른 취득세 면제대상으로 보기는 어려운 점(조심 2023지5002, 2024.6.25., 같은 뜻임), 청구법인이 제시한 선결정례(조심 2023지1616, 2024.5.21.)는 종교시설 건축물을 취득한 후 종교목적으로 사용하다가 멸실한 사안으로 종교시설이 아닌 쟁점건축물을 철거할 목적으로 취득한 후 멸실한 본 건과 사실관계가 상이하여 원용될 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 종교 사업에 직접 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였으므로 쟁점부동산은 쟁점면제규정의 적용대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건축물이 취득 당시부터 철거가 예정되어 있던 건축물로서 쟁점건축물의 가액은 계약서에 따른 금액인 0원으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 토지와 건축물은 본래 각각을 별도의 과세대상으로 하여 각각의 취득가격에 따라 취득세를 부과하는 것이 원칙인데, 이를 일괄로 취득하면서 각 물건별 취득가격이 명확히 구분되지 않는 경우라면 「지방세법 시행령」제19조 제1항에 따라 일괄취득한 가격을 각 과세물건별 시가표준액 비율로 안분하여 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 보는 것이 타당한바, 청구법인이 쟁점건축물과 쟁점토지를 일괄로 취득하면서 그 계약서상 쟁점건축물의 취득가격을 0원으로 작성하였다고 하더라도, 쟁점건축물이 그 재산가치가 인정되어 해마다 시가표준액 등에 근거하여 건축물분 재산세가 부과되어오던 부동산임을 감안하면, 쟁점건축물 취득 당시 쟁점건축물이 가치가 없는 부동산이라고 보기 어렵고, 그렇다면 계약서상 기재된 0원을 「지방세법」제10조의3 및 같은 법 시행령 제18조 제1항에 따른 사실상의 취득가격에 부합하는 가액이라고 보기도 어려운 점(조심 2022지208, 2022.11.2., 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 전체 매매가액을 쟁점토지와 쟁점건축물의 각 시가표준액으로 안분하여 취득세를 산정하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2025.12.31. 법률 제21309호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 지방세법(2025.12.31. 법률 제21308호로 개정되기 전의 것) 제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 "사실상취득가격"이라 한다)으로 한다. 1. 납세의무자 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 가. 농지 : 1천분의 30 나. 농지 외의 것 : 1천분의 40 8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호의 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서나 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득당시가액(제10조의3 및 제10조의5제3항에서 정하는 취득당시가액으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다.(계산식 생략) 가. 취득당시가액이 6억원 이하인 주택 : 1천분의 10 나. 취득당시가액이 6억원을 초과하고 9억원 이하인 주택 : 다음 계산식에 따라 산출한 세율. 이 경우 소수점이하 다섯째자리에서 반올림하여 소수점 넷째자리까지 계산한다.(계산식 생략) 다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택 : 1천분의 30 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다. 1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다. 1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율 (3) 지방세법 시행령(2025.12.31. 대통령령 제36043호로 개정되기 전의 것) 제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격"(이하 "사실상취득가격"이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 제19조(부동산등의 일괄취득) ① 부동산등을 한꺼번에 취득하여 각 과세물건의 취득 당시의 가액이 구분되지 않는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 각 과세물건별 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득 당시의 가액으로 한다.