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적법한 심판청구인지 여부 및 쟁점비용...
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심판청구
적법한 심판청구인지 여부 및 쟁점비용의 수익사업 공통손금 해당 여부조심 2026중1151생산일자 2026-04-29
AI 요약
요지
청구법인은 2019년 6월에 일반분양(수익사업) 공고를 한 사실이 확인되므로, 쟁점비용은 조합원분양(비수익사업)에 대응되는 비용에 해당하고, 쟁점비용 지출이 없더라도 정비사업에 장애가 되지 않아, 통상적으로 필요한 비용에 해당하지 않으며, 이를 공통비용으로 보는 것은 수익ㆍ비용 대응원칙에도 부합하지 않음
상세내용
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2009.6.25. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 OOO 일대(대지면적 90,897.3㎡)의 주거환경개선 정비사업을 시행할 목적으로 설립된 조합으로, 2021년 2월 조합원 분양분 1,429세대 등 총 1,884세대의 공동주택 및 상가를 준공인가 받았다.
나. 청구법인은 「법인세법」 제113조의 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분과 일반분양분 면적으로 안분하여 법인세를 신고ㆍ납부하면서, 정비사업 관련 홍보관 설치 및 관리비로 2015년부터 2019년까지 OOO원, 조합원 모집비와 광고홍보비로 2015년부터 2018년까지 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 지출하고 이를 비수익사업(조합원분양분) 개별손금으로 분류하였다.
다. 청구법인은 2025.8.27. 쟁점비용이 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적 지출 비용으로서 공통손금에 해당되므로 쟁점비용 중 수익사업인 일반분양분(25.94%)에 상당하는 OOO원을 손금에 산입하여, 2021사업연도 법인세 OOO 및 2024년 귀속 배당소득원천세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.12.12. 이를 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 조합원 모집을 통해 조합설립을 위한 필요조건(80%의 이상의 토지사용권과 15% 이상의 토지소유권 확보)을 충족시켜야만 했고, 조합원 모집을 위해서는 쟁점비용의 발생이 필수적인 바, 홍보관 설치ㆍ유지비와 홍보요원에 대한 수수료와 용역비 등은 개별손금이 아니라 공통손금으로 보는 것이 타당하다.
(가) 개별손금ㆍ공통손금의 구분은 분양원가 계산을 인과관계에 기초하여 합리적으로 배분하기 위한 것으로 개별손금(직접비)과 공통손금(간접비)으로 구분하여 전자는 직접 할당하고 후자는 비례관계를 나타내는 지표를 기준으로 안분한다.
예를 들면, 투입되는 비용 중 일반분양으로 기인해 조합이 부담하는 일반분양 주택에 대한 원시 취득세는 수익사업의 개별손금이고, 일반분양과는 무관하게 조합원을 위해 조합이 부담한 조합원 중도금 금융수수료는 비수익사업 개별손금이며, 조합원분양주택과 일반분양주택 및 일반분양상가에서 발생하는 건축비, 설계비와 감리비 등은 공통손금에 해당한다.
조합원 모집을 위해 홍보관을 설치하고, 홍보요원들이 조합원을 모집하므로 그에 따라 홍보관 설치ㆍ유지비와 홍보요원에 대한 수수료와 용역비가 발생한다. 모집된 조합원은 지역주택가입계약서와 조합업무행정용역계약서를 작성하고, 약정된 금원을 조합에 납부하면 동액은 재무제표에 자본금으로 계상되며, 조합은 조달된 금원으로 주택건설용 토지취득과 사업진행에 필요한 각종 용역비를 지급한다.
(나) 조세심판원은 “청구법인 입장에서 이주보상비를 지출하지 않고서는 조합원분양은 물론, 일반분양도 원만하게 진행할 수 없는바, 이주보상비는 재개발사업을 진행하기 위한 필수 지출로서 조합원 및 일반분양을 포함한 전체 재개발사업을 위한 공통경비로 봄이 타당한 점, 처분청은 이주보상금의 수령자가 조합원이라는 이유로, 이주보상금을 공통손금으로 인정할 수 없다는 입장이나, 조합원 해당 여부와 관계없이 지급하여야 하는 점을 감안하면 조합원 해당 여부에 따라 달리 취급하는 것은 불합리한 점 등에 비추어 청구법인이 조합원인 종교법인에게 지급한 이주보상비를 공통경비로 보아 수익사업에 대응하는 분은 손금에 산입”하도록 결정(조심 2019부3546, 2020.2.26. 참조)하였다.
(다) 또한 조세심판원은 “청구법인의 수익사업에서 결손이 발생한 사실에 대하여 다툼이 없는바, 결과적으로 수익사업에서의 소득이 비수익사업으로 유출되었다고 보기 어렵다”고 결정(조심 2023서9585, 2024.5.21. 참조)하였고, 국세청도 수익사업에서 발생한 이익이 분배되는 경우에만 배당소득으로 보고 있다(서면-2021-소득-7214, 2022.2.28., 서면-2021-소득-8054, 2022.9.2. 참조).
(2) 지역주택조합은 조합설립인가전에 주택건설대지의 50% 이상에 해당하는 토지의 사용권원을 확보한 후 조합원을 공개 모집하여야 하고(「주택법」 제11조의3), 이후 조합원 모집을 통해 조달된 자금으로 토지를 추가 취득하여 80%의 이상의 토지사용권원과 15% 이상의 토지소유권을 동시에 확보하여야 조합설립 인가가 가능하다(「주택법」 제11조 제2항).
(가) 법원은 지역주택조합 추진위원회가 조합원 모집을 포함한 조합설립 및 운영업무 위탁과 홍보 등에 관한 용역비와 관련된 매입세액은 토지와 관련된 매입세액이 아니라 공통매입세액이라고 판시하였고(OOO), 조세심판원은 취득세 과세와 관련한 비용은 주택건설에 필요한 자금을 조달하기 위한 것으로 토지의 취득원가에 포함된다고 판시하였다(조심 2021지570, 2021.12.28., 조심 2017지1082, 2018.3.29. 참조).
(나) 위 결정례는 쟁점비용에 대해 「부가가치세법」상 매입세액공제와 관련하여서는 토지와 관련된 것이 아닌 공통매입세액으로 보았고, 취득세와 관련하여서는 토지취득과 관련된 간접비용으로 본 것이라고 해석할 수 있으나, 쟁점비용을 토지의 취득원가로 보든 건축물의 취득원가로 보든 이들 비용은 비수익사업인 조합원용 주택건설과 수익사업인 일반분양용 주택 및 상가의 건설에 모두에게 사용되는 것이므로 이는 공통손금에 해당한다.
따라서 쟁점비용은 비수익사업인 조합원용 주택만을 위해 발생한 것이 아니라 일반분양용 주택과 상가의 건축 및 공급과도 관련된 것이어서 이를 공통손금으로 보는 것이 타당하므로 그에 따라 이 건 법인세와 배당소득세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) (본안전 항변) 청구법인이 2021사업연도 법인세 과세표준에 공통손금으로 반영되어야 한다고 주장하는 조합원모집비, 홍보관 설치 및 관리비는 2015년부터 2019년까지 발생한 비용으로서 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대한 경정청구는 불가하고, 이를 사실상 이월공제되는 결손금의 증액을 구하는 것으로 선해하더라도 이는 경정청구 사유에 해당하지 아니한다.
「국세기본법」 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못하는 경우에 신고한 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 대법원 2020.4.9. 선고 OOO 판결은 이월세액공제액의 증액 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2에서 정한 ‘신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당한다거나, ‘신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때’에 해당한다고 볼 수 없으므로 부적법한 경정청구에 해당한다고 판시하였다.
따라서, 이 건 심판청구는 이월공제되는 결손금의 증액을 구하는 취지의 경정청구로서 이는 부적법한 청구에 해당하고, 결손금이 발생한 사업연도의 「국세기본법」 제26조의2에 따른 부과제척기간이 만료된 경우에는 해당 사업연도의 결손금을 경정할 수 없다고 보아야 한다(기준-2018-법령해석법인-0289, 참조).
(2) 공통손금은 조합원분양(비수익사업)과 일반분양(수익사업)에 공통으로 사용되는 귀속이 불분명한 손금을 말하는 것인바, 홍보관 설치 및 관리비, 모집광고 홍보비는 비수익사업인 조합원들의 분양에 대응되는 비용으로서 개별손금에 해당한다.
(가) 청구법인은 아파트 및 상가의 분양을 위한 지역주택조합을 설립하였고, 조합원을 모집하기 위해 조합 업무대행 용역계약 등을 체결하고, 각 용역 대가를 지급하고 이를 비수익사업인 조합원분양의 개별손금으로 반영하였다.
청구법인이 제출한 신고서 및 증빙자료에 의하면 조합원 분양 절차를 완료하고, 2019년 6월 일반분양공고를 시작으로 일반분양자들을 위한 모집, 홍보 대행 용역대가로 2019~2020사업연도에 외주용역비 OOO원을 포함하여 OOO원의 비용을 지출한 후 이를 결손금에 반영하여 2021사업연도에 이월결손금을 공제한 것으로 확인된다.
청구법인은 2019.6.27. 이 건 정비사업 아파트 총 1,884세대 중 일반분양 410세대와 상가에 대한 입주자모집공고 승인을 받았고, 2021사업연도 수입금액은 일반분양 및 상가분양에 대한 수입금액을 반영하여 신고하였다.
또한, 위 일반분양 입주자 공고는 나머지 1,400여세대의 조합원을 위한 분양절차가 종료된 후 승인받는 것이 일반적이므로, 수익사업(일반분양) 이전에 발생한 쟁점비용은 비수익사업과 대응하는 개별손금으로 보는 것이 타당하다.
(나) 청구법인은 쟁점비용을 2021사업연도 수입금액에 반영하면 실제 발생한 이익이 없어 배당할 금액이 없다고 주장하나, 이는 비수익사업의 개별손금에 해당하는 쟁점비용을 수익사업과 관련된 비용이라고 보아 배당소득에 대한 원천세를 환급받으려는 것일 뿐, 쟁점비용을 공통손금으로 보지 않는 이상 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 적법한 청구인지 여부
② 쟁점비용을 수익사업에 대응하는 공통손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구법인은 아래 <표1>과 같이 홍보관 설치 및 관리비로 2015년부터 2019년까지 합계 OOO원, 조합원 모집비와 광고홍보비로 2015년부터 2018년까지 합계 OOO원을 지출하였다.
<표1> 쟁점비용 지출 내역
ㅇㅇㅇ
(나) 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고 시 2015~2019사업연도에 지출한 홍보관 설치 및 관리비, 모집광고 홍보비 등을 비수익사업(조합원 분양)의 개별손금으로 분류하여 아래 <표2>와 같이 2021사업연도 법인세 OOO원을 신고하였다.
<표2> 2021사업연도 법인세 신고 및 경정청구 내역
ㅇㅇㅇ
(다) 청구법인은 2021년 수익사업에서 발생한 이익에서 법인세 등을 공제한 잔액(이익잉여금) OOO원을 의제배당으로 보아 2024년 2월 귀속 배당소득 원천세(1,431명) 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
(라) 청구법인은 2025.8.27. 처분청에 위 <표2>와 같이 쟁점비용에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 “공통손금으로 반영한 사업연도의 제척기간이 경과하여 공통손금의 재배분을 통한 경정청구는 불가하고, 조합원 분양 개별손금으로 반영되었던 홍보관 설치ㆍ관리비 및 모집광고홍보비는 공통손금에 해당하지 않는다”는 취지로 2025.12.12. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2021사업연도 법인세 과세표준에 공통손금으로 반영되어야 한다고 주장하는 쟁점비용은 2015년부터 2019년까지 발생한 비용으로서, 부과제척기간이 경과한 사업연도에 대한 경정청구는 불가하고, 이를 사실상 이월공제되는 결손금의 증액을 구하는 것으로 선해하더라도 이는 경정청구 사유에 해당하지 아니한다는 의견이나,
어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우 그 금액은 모두 「법인세법」상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사ㆍ결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니며(OOO),
이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 국세부과제척기간이 경과하여 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 경정청구 거부처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 「법인세법」의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 것인바(OOO),
이 건의 경우 청구법인이 2015~2019사업연도에 쟁점비용을 손금으로 산입하지 아니하여 이월공제 가능한 결손금이 2021사업연도의 손익에 영향을 미치게 되는 것이므로 국세부과제척기간이 경과한 2015~2019사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다 하더라도 당해사업연도에 지출한 비용을 손금산입하는 것으로 하여 각 사업연도의 소득금액을 계산한 후 당해 사업연도에 발생한 결손금을 이후 사업연도에 이월하여 해당 사업연도의 손금산입 범위액 내에서 손금에 산입하고 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정할 수 있다고 보는 것이 타당하다 하겠다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 조합설립을 위한 조합원 모집을 목적으로 한 홍보관 설치 등 홍보비용은 목적사업을 위한 필수비용으로서 조합원 및 일반분양을 포함한 전체 재개발사업을 위한 공통경비에 해당한다고 주장하나, 어떤 비용이 「법인세법」상 손금으로 인정되기 위해서는 통상적이거나 수익관련성에 앞서 사업관련성이 전제되어야 하고 그 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것인바(OOO), 청구법인은 2019년 6월에 수익사업인 일반분양 공고를 한 사실이 확인되므로, 2015~2019사업연도에 홍보관 설치 및 모집광고 홍보비로 지출된 쟁점비용은 비수익사업인 조합원 분양에 대응되는 비용에 해당하는 보아야 할 것인 점, 청구법인이 쟁점비용을 지출하지 아니하였더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 쟁점비용을 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 보기도 어려운 점, 쟁점비용이 수익사업(일반분양)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익ㆍ비용의 대응 원칙에도 부합하지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점비용이 비수익사업인 조합원용 주택건설과 수익사업인 일반분양용 주택 및 상가의 건설에 모두에게 사용된 공통손금에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령 등
(1) 국세기본법
제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.
② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. (단서 생략)
제22조【납세의무의 확정】① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.
② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.
1. 소득세
2. 법인세
제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.
제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때
제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.
④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.
⑤ 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(「소득세법」 제1조의2 제1항 제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조 제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.
제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 생략)
(2) 국세기본법 시행령
제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
(3) 법인세법(2020.1.1. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)
제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(4) 조세특례제한법(2020.1.1. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)
제104조7【정비사업조합에 대한 과세특례】② 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.
(5) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것)
제104조의4【정비사업조합의 수익사업의 범위】법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.
(6) 법인세법(2020.1.1. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)
제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
(7) 법인세법 시행규칙
제76조【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리 하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산 하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산 한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.