① 청구법인은 쟁점①토지를 무상으로 취득하고 곧바로 신설 정비기반시설에 재편입시켰으므로, 청구법인은 쟁점①토지를 별다른 반대급부 없이 국가 등에 귀속을 조건으로 취득한 것으로 인정됨② 청구법인은 공동주택 준공 후인 이전고시일의 다음 날, 쟁점②토지를 취득하였고, 당시의 현황은 국민주택 규모 이하인 공동주택의 부속토지로 보이므로, 쟁점②토지를 농특세 비과세 대상으로 보는 것이 타당함

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO 일대 107,165.5㎡ 규모의 재건축사업을 추진하기 위해 설립된 법인으로 2022.3.23. 용도폐지 정비기반시설 토지인 서울특별시 성북구 OOO 외 42필지 15,967.5㎡(이하 “용도폐지정비기반시설”이라 한다)에 대해 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 이후 청구법인은 2024.11.8. 용도폐지정비기반시설 중 국가에 기부채납하는 신설 정비기반시설에 편입되는 토지인 서울특별시 성북구 OOO 등 6,239.4㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납된 것을 조건으로 취득한 부동산이므로 취득세 비과세 대상에 해당하고, 용도폐지정비기반시설에서 쟁점①토지를 제외한 서울특별시 성북구 OOO 등 9,728.1㎡ 중 국민주택 규모 이하 주택의 부속토지에 해당하는 9,232.9㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)는 「농어촌특별세법」 제4조 제9호에 따라 농어촌특별세가 비과세 되어야 한다는 취지로 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.2. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.13. 이의신청을 거쳐 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점①토지는 국가 등에 귀속되는 것을 조건으로 취득한 부동산에 해당하므로 취득세 비과세 대상이다. 「지방세법」 제9조 제2항은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하면서, 그 단서 및 제2호에서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에는 취득세를 부과하도록 규정하고 있다. 위 규정의 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가하여 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다(OOO). 한편, 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제97조 제2항은 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 관리청 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 사업시행자에게 무상으로 양도되도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 준공인가 통지일에 국가 등에 귀속 또는 양도된 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 도로ㆍ상하수도ㆍ공원ㆍ공용주차장ㆍ공동구 등의 공공시설 확보 및 효율적 유지ㆍ관리를 위해 국가 등에 그 관리권과 소유권을 일률적으로 귀속되도록 하기 위한 규정으로 강행규정으로 해석된다(OOO). 청구법인이 무상양여 받은 용도폐지정비기반시설 중에는 처분청에 무상 귀속되는 신설 정비기반시설과 중복되는 부분 즉, 도로, 공원 등의 신설 정비기반시설로 다시 편입되는 부분인 쟁점①토지가 포함되어 있고, 그 면적과 위치는 재정비촉진지구 지정 및 재정비촉진계획 결정고시, 재정비촉진계획 변경결정 및 지형도면 고시, 사업시행인가 및 변경인가에 걸쳐 특정되어 취득일 당시 확정되어 있었다. 따라서 쟁점①토지는 국가 등에 귀속되는 것이 확정된 상태에서 취득된 부동산에 해당하여 그 취득에는 「지방세법」 제9조 제2항 본문이 적용되고, 나아가 이 과정에서 청구법인은 쟁점①토지를 청구법인 부담으로 새로운 정비기반시설로 대체하여 처분청에 기부채납하는 역할을 하였을 뿐 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻었다고 볼 수 없으므로 비과세 대상에 해당한다(조심 2024지638, 2024.8.21. 외 다수, 참고). (2) 쟁점②토지는 국민주택규모 이하의 주거용 건물에 부수되는 토지이므로 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다. 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 제11호는 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 및 그 감면에 대해서는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제4조 제5항은 위 대통령령으로 정하는 서민주택을 「주택법」 제2조 제7호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로 규정하며, 「주택법」 제2조 제7호는 전용면적 85제곱미터를 국민주택 규모로 규정하고 있다. 청구법인이 이 사건 용도폐지정비기반시설을 취득한 날(준공인가 이후)에는 그 지상에 이미 아파트가 신축되어 있었고 그중에는 전용면적 85제곱미터 이하 세대가 포함되어 있는바, 이 사건 용도폐지정비기반시설 중 전용면적 85제곱미터 이하 세대의 대지면적 비율에 해당하는 부분의 농어촌특별세는 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 제11호에 따라 비과세되어야 한다(조심 2023지465, 2024.3.5. 외 다수, 참고). 나. 처분청 의견 (1) 「지방세법」 제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 단서로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 그 제2호에서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우를 규정하고 있으며, 도시정비법 제97조 제2항에서 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 사업시행자는 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점①토지를 면적과 위치가 확정된 상태에서 이 사건 정비사업의 준공인가통지일에 취득하였고, 이 과정에서 쟁점①토지를 청구법인 부담으로 신설 정비기반 시설로 대체하여 처분청에 무상으로 귀속하는 역할을 하였을 뿐 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻었다고 볼 수 없으므로, 쟁점①토지가 취득세 비과세대상에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 이 사건 정비사업을 시행하면서 용도폐지정비기반시설을 무상양여받은 사실이 확인되고, 도시정비법 제97조 제2항의 규정에 비추어 보면 이 사건 정비사업과 같이 용도폐지 대상 정비기반시설인 국공유지 등을 무상양여 받고, 신설 정비기반시설을 기부채납한 경우에는 반대급부가 있는 경우로 보는 것이 타당하므로(조심 2024지245, 2024.11.18., 참고), 쟁점①토지를 「지방세법」 제9조 제2항 제2호에 의한 취득세 비과세대상으로 보기 어렵다. (2) 「농어촌특별세법」 제4조에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 그 제11호에서 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택” 이란 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로서 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 사건 정비사업의 준공인가통지일에 취득한 쟁점②토지는 취득일 당시 이미 그 지상에 아파트가 신축되었고, 그 중에는 전용면적 85㎡ 이하의 세대가 포함되어 있으므로 농어촌특별세 비과세대상에 해당한다고 주장한다. 그러나 청구법인은 이 사건 정비사업의 시행자 지위에서 공동주택 등을 신축하고자 용도폐지정비기반시설을 무상 양여받은 것이지 공동주택의 부속토지를 취득한 것이 아니고, 청구법인이 공동주택 등을 신축하기 위해 용도폐지정비기반시설을 취득한 것이라는 사실은 다툼이 없는 이상 그 취득시기가 이 사건 정비사업의 준공인가통지일 이후라고 하여 이를 달리 볼 것은 아니므로, 쟁점②토지가 전용면적 85㎡ 이하 공동주택의 부속토지에 해당하므로 농어촌특별세가 취소되어야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점①토지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점②토지 중 국민주택규모 이하 주택의 부수 토지에 해당하는 부분은 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2010.4.29. 도시정비법에 따라 서울특별시 성북구 OOO 일대 107,165.5㎡의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거 안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 조합이다. (나) 이 사건 정비사업의 추진현황은 아래와 같다. <표1> 이 사건 정비사업의 추진 현황 ㅇㅇㅇ (다) 이 사건 정비사업의 관리처분계획을 인가서에 따라 확인되는 “신설 또는 폐지하는 정비기반시설의 명세”는 다음과 같다. <표2> 이 사건 정비사업 관리처분계획인가서 발췌 ㅇㅇㅇ <표3> 이 사건 정비사업 관리처분계획 변경인가서 발췌 ㅇㅇㅇ (라) 처분청이 제출한 자료에 의하면 청구법인은 용도가 폐지되는 정비기반시설인 용도폐지정비기반시설 15,967.5㎡를 무상으로 양여받고, 청구법인이 새로 설치한 정비기반시설 32,157.4㎡는 처분청에 귀속되었으며, 용도폐지정비기반시설 중 새로 설치한 정비기반시설에 편입된 쟁점①토지의 면적은 6,239.4㎡로 확인된다. (마) 처분청이 제출한 자료에 의하면 신축된 공동주택 2,029세대 중 조합원 분양 외 국민주택에 해당하는 전용면적 85㎡ 이하는 972세대(대지면적 30,564.35㎡)로서 조합원 분양 외 대지면적 32,169.54㎡의 95.01%로 확인된다. 구분 유형 세대 수 대지 면적(㎡) 건축 연면적(㎡) 면적 비율(%) 비고 조 합 원 아파트 85㎡이하 50 34,589.61 145,262.71 49.30 85㎡초과 979 3,414.54 11,043.59 3.83 소계 1,029 38,004.16 156,306.30 54.17 상가 15 364.90 1,394.07 0.48 조합원분 합계 1,044 38,369.06 157,700.36 54.65 조 합 원 외 아파트 85㎡이하 621 22,171.33 91,187.87 31.60 68.86% 85㎡초과 28 1,503.67 6,184.41 2.14 4.67% 소계 649 23,675.00 97,372.28 33.74 상가 7 147.19 562.08 0.19 0.4% 임대주택(소형) 351 8,393.0205 32,920.28 11.41 26.05% 조합분 합계 1,007 32,169.5389 130,854.64 45.35 100% 계 2,051 70,584.2 288,555 100 <표4> 전용면적 85㎡ 이하 면적 비율 (바) 청구법인은 2025.1.13. 이 사건 처분에 불복하여 서울특별시장에게 이의신청을 하였으나, 서울특별시장은 2025.4.15. 청구법인에게 지방세 이의신청 결정기간 내 미결정 통지를 하였고, 이에 청구법인은 2025.5.7. 지방세 심판청구를 제기하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 사회기반시설을 무상으로 양여받았으므로 쟁점①토지는 비과세 대상이 아니라는 의견이나, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 반대급부 없이 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 비과세하는 취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다할 것(OOO)인바, 쟁점①토지는 사업시행인가 당시부터 관리처분계획인가에 이르기까지 청구법인이 정비기반시설을 신설한 후 처분청에 기부채납 하는 것으로 그 위치와 면적이 확정되어 있었고, 2022.1.27. 준공인가에 따라 실제 처분청에게 귀속되었으므로, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 것은 그 토지를 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과한 것으로 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 용도가 폐지된 도로였던 쟁점①토지를 자신의 부담으로 새로운 도로로 대체하여 다시 기부채납하는 역할만 하였을 뿐, 그 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기 어려워 청구법인의 쟁점①토지 취득이 「지방세법」 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세가 과세되는 경우에 해당한다고 보기 어려운 점(조심 2024지638, 2024.8.21., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구법인의 쟁점①토지 취득에 대하여 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세가 적용되지 아니한다고 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점②토지를 무상양여 받을 당시 지상에 국민주택 규모의 주거용 건축물이 없었으므로 쟁점②토지는 농어촌특별세 비과세대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 준공인가일인 2022.1.27.에 공동주택용 건축물을 신축하여 취득하였고, 그 준공인가일 이후 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제5항에 따라 준공인가통지일에 용도폐지되는 정비기반시설 토지인 쟁점토지를 무상으로 취득하였다고 봄이 타당한바, 위 공동주택용 건축물 중 일부가 국민주택 규모에 해당하는 것으로 확인되는 이상, 쟁점토지 중 일부는 국민주택의 부속토지로서 농어촌특별세 비과세대상으로 보는 것이 타당(조심 2023지465, 2024.3.5. 참조)한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점②토지 전체가 농어촌특별세 비과세대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우 2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 (2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ⑤ 재개발사업의 시행에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 취득세를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 「지방세법」 제13조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 해당하는 부동산이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우 및 제3호에 따라 대통령령으로 정하는 일시적 2주택자에 해당하여 취득세를 경감받은 사람이 그 취득일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 1가구 1주택이 되지 아니한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 재개발사업의 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. (3) 도시 및 주거환경정비법(2021.8.10. 법률 제18388호로 개정된 것) 제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다. ⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다. (4) 농어촌특별세법(2021.12.21. 법률 18589호로 개정된 것) 제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면 11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세 (5) 농어촌특별세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31458호로 개정된 것) 제4조(비과세) ④ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택”이란 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다. (6) 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.