쟁점세금계산서상 공급자인 쟁점매입처은 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 발급하였으나, 쟁점용역이 청구인의 배우자인 최영주 및 최영주의 의뢰를 받은 OOOO 등에 의하여 실제로 수행되었다는 점에 대해서는 양측의 다툼이 없으므로, 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 불공제가 타당

이유 1. 처분개요 가.청구인은 2007.5.16.부터 서울특별시 강동구 OOO 건물(건물명이 ‘OOO’이고, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 임대하는 「부가가치세법」상 일반과세자이고, 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 중 상호가 ‘A’인 개인사업자(대표자는 B이고, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 쟁점건물 2층의 인테리어공사 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 공급받은 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 발급받고 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 관련한 매입세액 OOO원의 환급을 신청하였으나 처분청으로부터 이중 과세분인 OOO원의 환급을 받았다. 나.처분청은 동청주세무서장으로부터 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 내용의 과세자료를 통보받고 2025.5.26. 청구인에게 이에 관한 해명안내[이하 “쟁점해명안내(문)”라 한다]를 거쳐, 2025.8.19.∼2025.9.30. 청구인에 대한 부가가치세 조사(조세범칙조사이고, 이하 “쟁점조사”라 한다)를 실시한 결과, ①쟁점매입세금계산서가 쟁점용역의 공급 없이 수수된 것으로 보아 관련한 매입세액의 환급을 취소하고(이하 “쟁점처분1”이라 한다), ②청구인이 2020년 제2기∼2025년 제1기 중 임대수입 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만큼 매출과세표준의 신고를 누락한 것(이하 “쟁점처분2”라 한다)으로 보아, 2025.11.20.ㆍ2025.11.25. 청구인에게 <별지1> 기재와 같이 2020년 제2기∼2025년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2025.11.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1)청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점용역을 실제로 공급받은 것으로 보아 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액의 환급을 인정해야 함에도 해당 환급을 취소한 쟁점처분1은 위법ㆍ부당하다. (가)쟁점용역은 실제로 수행되었다. 쟁점매입세금계산서의 명의상 공급자인 쟁점매입처의 대표자 B은 신용불량자이고 자금조달 능력이 없어 인테리어 공사를 수행한 실적도 없어서 대형건설사에 근무하면서 시공경험이 있는 청구인의 배우자인 C에게 “C가 ‘현장소장’의 자격으로 공사자금의 조달 등 쟁점용역을 수행하면 쟁점사업장은 공사실적을 쌓고 부가가치세로 ‘B이 C의 자녀인 D에 대한 외상매출금 채무’를 우선 변제하는데 사용하였다가 추후 납부하겠다”라고 제안하면서, B의 인감도장과 통장을 주었다. C는 이에 따라 종전에 ‘옥상방수공사’를 했던 E(대표자 : F)으로부터 견적을 받아 청구인과 쟁점사업장 간에 쟁점용역의 계약서를 작성한 후 E으로 하여금 쟁점용역의 시공을 하도록 하되, 쟁점용역의 공사현장은 C가 관리하였고, 쟁점용역의 공사대금은 G의 망 G에 대한 대여금 채권을 변제받아 지급하였다(G이 망 G으로 하여금 쟁점용역의 인건비, 자재비 등을 지급하도록 하였다). 쟁점공사의 완료 후 청구인은 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 발급받고 2020.12.18. 및 2020.12.21. 3회에 걸쳐 B에게 이에 관한 공급가액 OOO원과 부가가치세 매입세액 OOO원 합계 OOO원을 송금하였으며, 이후 청구인은 처분청에 해당 매입세액의 환급을 신청했으나 부가가치세 면제분(주택분)을 제외한 OOO원만을 환급받았다. (나)쟁점매입세금계산서를 가공세금계산서로 볼 근거가 없다. 과세처분의 위법을 다투는 항고소송에서 과세관청이 과세요건 사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 그 과세처분은 위법한 처분이 된다(대법원 2013.3.28. 선고 2010두20805 판결, 같은 뜻임). 처분청은 쟁점용역의 실질수행자가 쟁점매입세금계산서에 기재된 쟁점매입처가 아니라 C라는 이유로, 청구인이 쟁점용역의 실제 수행에 관한 객관적ㆍ구체적인 증빙자료를 제출하였음에도 해당 증빙자료를 배척하였고, 오로지 동청주세무서장의 조사결과(쟁점매입처의 대표자 B을 가공세금계산서 발급에 따라 조세범으로 처벌하였다는 것)에 따라 청구인도 연좌하여 처벌할 수밖에 없다면서, 해당 조사결과와 B의 진술만을 근거로 쟁점용역이 시행되지 않은 것으로 판단하였다. 그러나 아래의 사실관계 등을 감안하면 처분청이 신뢰성 없는 B의 진술을 신뢰한 것은 부당하고, 근거 없이 청구인을 조세범으로 처벌하면서 쟁점처분1을 한 것은 근거과세원칙에 위배된다. 1)B의 진술을 신뢰할 수 없다. 앞서 제시하였듯이 B은 C의 자녀인 D에게 외상매출금 OOO원(D이 운영하는 주유소의 미지급 주유대금)이 있었고, D은 해당 채권과 관련하여 B의 부친인 H 소유의 토지를 가압류하였는데, B은 해당 외상매출금을 변제한 외관을 만들 목적으로 청구인이 B에게 송금한 쟁점매입세금계산서의 공급가액[앞서 제시하였듯이 C가 쟁점매입처를 대신하여 G에 대한 채권 변제로 쟁점용역의 대금을 선지급했으므로 해당 공급가액 상당액은 청구인(C)이 B으로부터 반환받아야 한다]을 곧바로 청구인에게 반환하지 않고 D에게 그 공급가액 중 OOO원(위 외상매출금에 이자상당액을 가산한 금액)을 송금한 후, D을 상대로 위 가압류의 해제를 구하는 민사소송을 제기하였으나 패소하였다. 이처럼 B은 쟁점용역과 관련하여 허위로 증거를 작출하고자 한 이력이 있으므로, B이 쟁점매입세금계산서와 관련하여 동청주세무서장과 처분청에게 한 진술(쟁점매입세금계산서가 가공거래로 발급되었다는 것)을 신뢰할 수 없다(B은 C에게 돌려줘야 할 쟁점매입세금계산서의 공급대가 중 OOO원을 현금으로 찾아 B의 숙모에게 맡겨두었다가, D이 위 가압류를 해제하자 위 금액을 C에게 송금하였으며, 이후 D은 위 가압류를 다시 설정하였다). 한편 C가 B에게 ‘쟁점매입세금계산서를 가공으로 수수하였다는 진술을 과세관청에 한 이유’를 묻고자 통화를 시도하였으나 하지 못하였는데, B은 카카오톡 메시지로 C에게 ‘쟁점용역의 수행을 위임하면서 맡겼던 인감도장의 반환’을 요청하였는바, 이를 통해 B이 C에게 쟁점용역을 위임하면서 관련한 계약과 자급의 집행에 필요한 I의 인감도장을 맡겼음이 뒷받침된다. 2)청구인은 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 수수할 이유가 없다. 청구인은 앞서 제시하였듯이 쟁점용역을 실제로 수행하고 B에게 쟁점매입세금계산서의 공급가액과 더불어 부가가치세인 OOO원을 전액 지급하였으나, B이 이를 납부하지 않고 개인소비에 사용하여 경제적인 이익을 챙겼을 뿐, 청구인으로서는 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 수수할 경제적 이익 또는 동기가 전혀 없었다. 3)조세범으로 처벌할 대상은 B일 뿐이다. 「조세범 처벌법」 제10조 제3항에 따르면 재화ㆍ용역이 실제 공급하거나 공급받지 않았음에도 세금계산서를 수수한 경우에만 그 발급인과 수취인을 처벌하도록 규정되어 있음에도, 실제로 쟁점용역이 공급된 쟁점매입세금계산서의 수취에 대해 해당 조항을 적용한 것은 위법ㆍ부당하다. 만약 위 조항은 쟁점매입세금계산서에 기재된 부가가치세를 송금받아 과세관청에 납부하지 않고 개인소비한 B에 대해서만 적용해야 한다. (2)쟁점조사 중 청구인의 임대사업에 관한 조사는 「국세기본법」 제81조의9 제1항의 세무조사 범위 확대 제한을 위반한 것이므로 그 조사결과를 근거로 한 쟁점처분2는 위법ㆍ부당하다. 「국세기본법」 제81조의4 제1항에서 세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하고 조사권을 남용하여서는 안 된다고 규정하고 있고, 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제1호에서 세무공무원은 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우 등을 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없도록 규정하고 있다. 처분청이 2025.5.26. 청구인에게 보낸 쟁점해명안내문에는 청구인에 대한 조사 목적이 ‘쟁점매입세금계산서를 가공으로 받은 것이 의심된다’는 것으로, 세목은 ‘부가가치세’로, 조사대상은 ‘쟁점매입처’로 각 기재되었는바, 쟁점해명안내에 따른 조사범위는 ‘매입세액의 적정성’뿐이었으나, 처분청은 청구인이 쟁점매입세금계산서와 쟁점용역의 실질과 자금흐름 등에 대하여 충실하게 소명하자, 2025.9.1. 세무조사 범위확대 통지의 공문을 청구인에게 보내서 조사범위를 5개년 동안의 임대소득 누락으로 확대하는 등 세목, 과세기간, 조사목적을 변경하였다. 그런데 위 「국세기본법」 제81조의9 및 같은 법 시행령 제63조의10에 따르면 세무조사의 기간 중 조사범위를 확대하려면 “다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우”로 인정되어야 하나, 처분청은 “청구인의 임대수입 누락이 확인되었다”라고만 할 뿐, ‘새롭게 발견된 객관적인 증거자료’의 유무 및 ‘해당 증거자료가 여러 과세기간에 걸친 탈루’에 관한 것인지 여부에 대해서는 구체적으로 제시하지 못하였으므로(처분청 내부의 범칙위원회의 승인을 받았다는 사정은 형식적인 절차일 뿐, 조사범위 확대의 위법성을 치유하는 수단이 될 수 없다), 쟁점조사 중 청구인의 임대소득 누락에 대한 부분은 위법하므로 그 조사결과를 근거로 한 쟁점처분2도 위법하다. 나. 처분청 의견 (1)쟁점용역의 공급자는 쟁점매입세금계산서에 기재된 쟁점사업장이 아니라 청구인의 배우자인 C인바, 그 매입세액은 공제ㆍ환급 대상이 아니므로 해당 환급을 취소한 쟁점처분2는 적법ㆍ정당하다. (가)쟁점매입세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되었다. 처분청은 청주세무서장의 쟁점매입처에 대한 조사결과, 쟁점조사의 결과 등을 통하여 확인된 사실관계 등을 근거로 쟁점매입세금계산서의 공급자가 쟁점매입처가 아니라, 청구인의 배우자인 C임을 확인하였는바, 쟁점매입세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되었으므로, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 따라 쟁점매입세금계산서에 기재된 공급가액의 공제를 부인(기환급세액 상당액의 고지)한 쟁점처분1은 적법ㆍ정당하다. 1)C는 B으로부터 채권의 일부를 회수하기 위하여 쟁점매입세금계산서의 수수를 통한 매입세액의 공제를 받은 것이다. B은 청주세무서장의 세무조사 기간 중인 2022.6.28. “C는 B 부모의 재산을 가압류하고 대금 지급을 연기해 주는 대신에 청구인의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행해달라고 요구하여서, C가 원하는 대로 쟁점매입처의 사업자등록을 정정하고 쟁점매입세금계산서를 발급(수정발급)하면서 거짓세금계산서를 발행하였다”는 취지로 진술하였다. C는 쟁점조사 기간 중인 2025.8.22.. 처분청에게 “쟁점용역은 사업상 잘 알고 있었고 주유소를 운영하는 망 G이 소개한 인부와 해당 인부가 직접 조달한 자재로, C 본인의 지시하에 직영공사를 한 것”이라고 하면서, “C는 B이 쟁점용역의 내용을 알지 못한 채로, B에게 C의 자녀인 D에 대한 채무를 변제한 것처럼 허위의 증빙을 만들기 위하여 쟁점매입처 명의로 세금계산서를 발급해달라고 요구하였다”라고 진술하였는바, 처분청은 B이 C에게 약점(C의 자녀인 D에게 ‘D이 영위하는 주유소에서 주유한 후 지급하지 못한 외상매입금 OOO원이 있었고, C는 B 부친 H의 인감도장과 연대보증을 받은 후 H의 토지를 가압류하였다는 것)이 있어서 C의 요구를 들어주었고, 이에 따라 B은 쟁점매입처의 상호 변경(‘A하우스’→‘A’) 및 업종 추가(주업종인 ‘토목사업’ 외에 ‘실내 인테리어 공사업’ 추가)를 한 후에 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 발급하였고, 청구인은 그 매입세액 중 부가가치세 과세분을 환급받았다고 보았다. 한편 동청주세무서장은 쟁점매입처의 대표자인 B이 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 발급하여 「조세범 처벌법」 제10조 제3항을 위반한 것에 대하여 검찰에 고발하였고(B은 검찰의 기소로 2023년 11월 벌금형의 약식재판 판결을 받아 그 이행을 하였다), 처분청은 쟁점조사 후 같은 혐의로 청구인과 실행위자 C를 검찰에 고발하였다(처분청은 청구인과 C에게 통고처분을 하였으나 이를 이행하지 않아서 해당 고발을 하였다). 2)쟁점매입처는 그 사업 내역상 쟁점용역의 수행 능력이 없다. 2019년 제2기∼2023년 제2기 중 쟁점매입처의 부가가치세 매출 및 매입 내역에 따르면, 쟁점매입처는 쟁점매입세금계산서를 수수한 2020년 제2기뿐만 아니라 사업자등록기간 중에 매입용역을 제외한 매출 내역이 거의 없고 쟁점용역에 대응하는 매입 내역도 확인되지 않았는바, 쟁점매입처가 쟁점용역을 수행한 것으로 볼 수 없었다. 3)C는 형식상 쟁점매입처에게 쟁점매입세금계산서의 공급대가를 지급한 후 돌려받았다. 처분청이 확인한 금융거래 내역 등에 따르면, 아래 <표1> 기재 및 <그림>과 같이 쟁점매입세금계산서의 공급대가인 OOO원은 청구인 명의의 예금계좌에서 3회에 걸쳐 ㉠2020.12.18. OOO원, ㉡2020.12.21. OOO원(OOO원 및 OOO원으로 나누어 입금되었다)이 B 명의의 예금계좌에 입금되었는데, 이중 ‘㉠2020.12.18.자 OOO원’은 같은 날 2회에 걸쳐 B 명의의 예금계좌에서 C의 자녀인 D 명의의 예금계좌를 거쳐, 청구인 명의의 예금계좌로 2020.12.18. OOO원, 2020.12.19. OOO원이 각 입금되었고, ‘㉡2020.12.21. OOO원’은 출금되어 B의 숙모인 K에게 맡겨졌다가, 2020.12.23. C가 주주로 있는 법인(주식회사 J)로 입금되었으며, 이러한 사실관계는 2020.12.18. 및 2020.12.21. C와 B 간의 카카오톡 메시지로 뒷받침되고, C도 위 심문조서의 작성시 위 공급대가의 흐름을 인정하였다. <표1> 쟁점매입세금계산서의 공급가액 지급에 관한 금융거래 내역 ○○○ <그림> 쟁점매입세금계산서 공급가액 지급 등의 흐름 ○○○ (2)쟁점조사 중 청구인의 임대사업에 관한 조사는 「국세기본법」 제81조의9 제1항의 세무조사 범위 확대 제한을 위반하지 않았으므로 그 조사결과를 근거로 한 쟁점처분2는 적법ㆍ정당하다. 청구인은 2025.5.26. 쟁점해명안내를 받고 처분청에게 쟁점매입세금계산서를 정상거래로 발급받았다고 소명하였는데, 처분청으로서는 쟁점매입처가 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 발급한 것에 대한 형벌이 확정된 상황에서, 그 거래상대방인 청구인에 대해서도 조세범칙조사를 해야 할 필요성이 있었다. 이에 따라 처분청은 2025.8.18. 청구인에게 조사대상 세목을 ‘부가가치세’, 조사대상 과세기간을 ‘2020.7.1.∼2020.12.31.’, 조사기간을 ‘2025.8.19.∼2025.9.30.’, 조사사유를 ‘「국세기본법」 제81조의6 제3항 제2호에 따라 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 하는 세무조사 개시통지를 하고 쟁점조사를 착수하였다. 한편 처분청은 쟁점조사의 조사대상 세목이 ‘부가가치세’인 만큼 해당 세목에 속하는 ‘청구인의 쟁점빌딩 임대사업과 관련하여 부가가치세 매출인 임대소득을 적정하게 신고하였는지 여부’를 확인할 수 있다 할 것이다. 처분청은 쟁점조사를 진행하던 중 청구인의 쟁점빌딩 임대소득 내역을 검토한 결과 세입자는 월세를 내는 것으로 신고하였음에도 청구인이 월세 없이 보증금에 대한 간주임대료만을 부가가치세 매출로 신고하였음을 확인하였고, 그 매출누락이 당초 조사대상 과세기간 외에 ‘2021년 제1기∼2025년 제1기’ 부가가치세 과세기간에도 있을 것으로 보아 적정절차(2025.9.3. 서울지방국세청 범칙위원회의 승인을 받은 것)를 거쳐, 2025.9.4. 청구인에게 조사대상 과세기간을 ‘2021.1.1.∼2025.6.30.’, 조사유형을 ‘범칙조사(자료상 등) - 세목별 조사’, 조사범위확대 사유를 ‘다른 과세기간에 대한 임대료 수입 누락의 구체적인 탈루 증거자료가 확인되어 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제1호에 따라 범위를 확대한다’는 내용의 세무조사 범위확대 통지를 하였다. 결국 조사청은 이러한 과정으로 청구인에 대한 조사(금융거래내역 확인 등), 국세청 전산자료 등을 통해 쟁점금액만큼 월세의 매출신고를 누락한 사실을 확인하였고, 이는 「국세기본법」 제81조의4, 같은 법 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제1호에 부합한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ①쟁점매입세금계산서를 공급자가 다른 세금계산서로 그 매입세액의 공제(환급)을 부인한 쟁점처분1의 당부 ②청구인이 임대사업의 부가가치세 매출과세표준을 누락한 것으로 본 쟁점처분2가 위법한 조사범위 확대에 따른 조사결과에 따른 것이어서 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지2> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가) 쟁점처분1 관련 1)청구인은 2007.5.16.부터 쟁점건물을 임대하는 「부가가치세법」상 일반과세자이고, 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점매입처로부터 쟁점용역을 공급받은 것으로 하여 쟁점매입세금계산서를 발급받고 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 관련한 매입세액 OOO원의 환급을 신청하였으나 처분청으로부터 이중 과세분인 OOO원의 환급을 받았다. 2)동청주세무서장은 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입처가 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인에게 쟁점용역을 공급하지 않고 쟁점매입세금계산서를 발급한 혐의가 있다고 보아 쟁점매입처의 대표자 B을 검찰에 고발하였고, B은 2023.11월에 약식재판에 따라 벌금형을 부과받았다. 3)처분청은 아래 <표2> 기재와 같이 2022.6.28. 동청주세무서장의 쟁점매입처 대표자 B에 대한 심문조서, 쟁점조사 당시인 2025.8.22. 청구인의 배우자인 C에 대한 심문조서, 2019년 제2기∼2023년 제2기 쟁점매입처의 부가가치세 매출ㆍ매입 내역, 2020.12.17.ㆍ2021.1.242.자 C와 B 간의 카카오톡 메신저 내용 등을 근거로 쟁점매입세금계산서의 공급자가 쟁점매입처가 아니라 C임이 확인되는바, 쟁점매입세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되었으므로, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 따라 쟁점매입세금계산서에 기재된 공급가액의 공제를 부인하여야 한다고 보아 이 건 과세처분시 쟁점처분1을 하였고, 관련한 경정결의서를 보면 처분청은 쟁점용역의 실제수행자가 C라고 보는 등 쟁점매입세금계산서의 공급자가 다른 것으로 보았으면서(공급자가 다른 위장세금계산서 수취시에는 2%의 세금계산서불성실가산세가 부과된다) 청구인이 가공세금계산서(공급자가 없는 것)를 수취한 것으로 하여 3%의 세금계산서불성실가산세를 부과하였다. <표2> 처분청의 쟁점처분1의 근거 ① 2022.6.28.자 B에 대한 심문조서(6쪽) ○○○ ②2025.8.22.자 C에 대한 심문조서(6쪽) ○○○ ③ 쟁점매입처의 부가가치세 매출ㆍ매입 내역 ○○○ ④ 2025.8.22.자 C에 대한 심문조서(12∼13쪽) ○○○ ⑤ 2020.12.17.ㆍ2021.1.24.자 C와 B 간의 카카오톡 메시지 ○○○ ⑥ 2025.8.22.자 C에 대한 심문조서(8∼9쪽) ○○○ (나) 쟁점처분2 관련 처분청은 <별지3> 기재와 같이 ①청구인이 2025.5.26. 쟁점해명안내를 받고 처분청에게 쟁점매입세금계산서를 정상거래로 발급받았다고 소명하였으나, 쟁점매입처가 쟁점매입세금계산서를 거짓으로 발급한 것에 대한 형벌이 확정된 상황에서, 그 거래상대방인 청구인에 대해서도 조세범칙조사를 해야 할 필요성이 있다고 보았고, 이에 따라 처분청은 2025.8.18. 청구인에게 조사대상 세목을 ‘부가가치세’, 조사대상 과세기간을 ‘2020.7.1.∼2020.12.31.’, 조사기간을 ‘2025.8.19.∼2025.9.30.’, 조사사유를 ‘「국세기본법」 제81조의6 제3항 제2호에 따라 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 하는 세무조사 개시통지를 하고 쟁점조사를 착수하였으며, ②쟁점조사를 진행하던 중 청구인의 쟁점빌딩 임대소득 내역을 검토한 결과 세입자는 월세를 내는 것으로 신고하였음에도 청구인이 월세 없이 보증금에 대한 간주임대료만을 부가가치세 매출로 신고하였다고 보고, 그 매출누락이 당초 조사대상 과세기간 외에 ‘2021년 제1기∼2025년 제1기’ 부가가치세 과세기간에도 있을 것으로 보아 적정절차(2025.9.3. 서울지방국세청 범칙위원회의 승인을 받은 것)를 거쳐, 2025.9.4. 청구인에게 조사대상 과세기간을 ‘2021.1.1.∼2025.6.30.’, 조사유형을 ‘범칙조사(자료상 등) - 세목별 조사’, 조사범위확대 사유를 ‘다른 과세기간에 대한 임대료 수입 누락의 구체적인 탈루 증거자료가 확인되어 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 같은 법 시행령 제63조의10 제1호에 따라 범위를 확대한다’는 내용의 세무조사 범위확대 통지를 하였으며, ③쟁점조사 당시 청구인의 2020년 제2기∼2025년 제1기 중 쟁점건물의 임대와 관련한 부가가치세 매출누락을 쟁점금액 상당액으로 하여 이 건 과세처분시 쟁점처분2를 하였다. (2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가)청구인은 쟁점매입처의 대표자 B은 신용불량자이고 자금조달 능력이 없어 인테리어 공사를 수행한 실적도 없어서 대형건설사에 근무하면서 시공경험이 있는 청구인의 배우자인 C에게 “C가 ‘현장소장’의 자격으로 공사자금의 조달 등 쟁점용역을 수행하면 쟁점사업장은 공사실적을 쌓고 부가가치세로 ‘B이 C의 자녀인 D에 대한 외상매출금 채무’를 우선 변제하는데 사용하였다가 추후 납부하겠다”라고 제안하면서, B의 인감도장과 통장을 주었다고 주장하면서, 해당 인감도장과 통장이 촬영된 사진을 제출하였다. (나)청구인은 C가 위 (가) 기재의 B의 요청에 따라 종전에 ‘옥상방수공사’를 했던 E(대표자 : F)으로부터 견적을 받아 청구인과 쟁점사업장 간의 쟁점용역의 계약서를 작성한 후 E으로 하여금 쟁점용역의 시공을 하도록 하되, 쟁점용역의 공사현장은 C가 관리하였고, 쟁점용역의 공사대금은 G의 망 G에 대한 대여금 채권을 변제받아 지급하였다고 주장하면서, 청구인의 임대사업 관련 매입장(방수공사 내역이 기재되어 있다), E의 업종(인테리어업)이 기재된 세금계산서, 쟁점용역의 계약서, C와 망 G 사이에 작성된 차용증ㆍ변제확인서ㆍ관련한 금융거래내역 등을 각 제출하였다. (다)청구인은 쟁점공사을 완료한 다음, 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 발급받고 2020.12.18. 및 2020.12.21. 3회에 걸쳐 B에게 이에 관한 공급가액 OOO원과 부가가치세 매입세액 OOO원 합계 OOO원을 송금하였으며, 이후 청구인이 처분청에 해당 매입세액의 환급을 신청했으나 부가가치세 면제분(주택분)을 제외한 OOO원만을 환급받았다고 주장하면서, 2025.10.15.자 E의 대표자 F의 확인서, 공사완료 사진 2매, 쟁점매입세금계산서 및 그 공급대가의 지급에 관한 금융거래내역을 각 제출하였다. (라)청구인은 B이 C의 자녀인 D에 대한 채무 및 이와 관련하여 D이 B의 부친인 H 소유의 토지에 대하여 가압류를 한 것이 각각 있었는데, B이 위 채무를 변제한 외관을 만들고자 쟁점매입세금계산서의 공급가액 일부를 D에게 송금한 후 D을 상대로 위 가압류의 해제를 구하는 민사소송을 제기하였으나 패소하는 등 허위의 증거를 작출한 사실이 있었다고 주장하면서, 관련한 민사소송의 결정서, 위 토지의 등기부등본을 제출하였고, B이 C에게 ‘쟁점용역의 수행을 위임하면서 맡겼던 인감도장의 반환’을 요청하였다고 주장하면서 관련한 카카오톡 메시지를 제출하였다. (3)청구인과 처분청은 2026.4.7. 개최된 조세심판관회의에 각 출석하여 당초 청구주장과 이에 대한 답변과 같은 취지의 취지로 진술하였고, 처분청은 청구인 입장에서는 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 세금계산서만 발급받았으나 쟁점매입처는 쟁점용역의 수행능력이 없고 신용불량자이어서 쟁점용역을 제공할 수 없음이 확인된 이상, 설령 쟁점용역의 공급자가 별도로 있다 하더라도 그 공급자가 불분명하므로 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 발급받은 것으로 보아야 한다는 의견을 제시하였다. (4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 청구인의 배우자인 C가 쟁점매입처의 대표자인 B의 위임을 받아 그 현장소장의 자격으로 쟁점용역을 총괄하여 수행하였으므로 쟁점매입처로부터 발급받은 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 수수한 것으로 볼 수 없으므로 그 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있는 반면에, 처분청은 청구인이 쟁점용역의 수행능력이 없는 쟁점매입처로부터 쟁점용역에 관한 쟁점매입세금계산서를 발급받은 이상 설령 쟁점용역의 공급자(공급하는 사업자)가 별도로 있다 하더라도 실물거래 없이 가공으로 그 발급을 받은 것으로 보아야 한다는 의견이다. 그런데 쟁점매입세금계산서 상 쟁점용역의 공급자인 쟁점매입처는 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 발급한 것이 사실이나, 쟁점용역이 청구인의 배우자인 C 및 C의 의뢰를 받은 E 등에 의하여 실제로 수행되었다는 점에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없으므로 쟁점매입세금계산서 상의 공급받은 자로 기재된 청구인의 입장에서는 쟁점용역을 실제로 공급받았으나 쟁점매입세금계산서에 공급자가 사실과 다르게 기재되었다 할 것이므로 처분청이 쟁점처분1을 할 때 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 따라 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로 본 것은 잘못이 없다 하겠다. 다만 처분청은 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 가공으로 발급되었음을 이유로 그 공급받은 자에 해당하는 청구인 입장에서도 그 실제 공급자가 불명확한 이상 쟁점용역을 공급받지 않는 것으로 보아 「부가가치세법」 제60조 제3항 제2호에 따라 쟁점매입세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트 상당액을 가산세로 부과하였으나, 앞서 살펴보았듯이 청구인이 쟁점용역을 실제로 공급받은 점에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼 없는 사실이라 할 것이므로 같은 항 제4호에 따라 쟁점매입세금계산서에 적힌 공급가액의 2퍼센트 상당을 가산세로 부과하는 것으로 하여 쟁점처분1의 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점해명안내시 쟁점매입세금계산서의 가공 수수 여부를 조사대상으로 하였으면서 쟁점조사시 구체적인 세금탈루에 관한 증거 없이 청구인의 임대소득 누락을 포함한 것은 조사진행 중 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되는 경우에만 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대하여 세무조사를 할 수 있도록 규정한 「국세기본법」 제81조의9 및 같은 법 시행령 제63조의10을 위반한 것이라 주장하나, 처분청이 쟁점조사 전에 청구인에게 한 쟁점해명안내는 세무조사에 해당한다고 보기 어려운 점(대법원 2021.6.10. 선고 2021두34589 판결 등, 같은 뜻임), 처분청이 <별지3> 기재와 같이 청구인에게 한 쟁점조사의 개시통지, 세무조사 범위확대 통지 등의 심리자료에 따르면 처분청은 조사청으로부터 쟁점매입세금계산서와 관련한 과세자료를 받고 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제2호 및 제81조의11 제2항에 따라 청구인의 세무탈루 혐의 등을 고려하여 부가가치세 세목만을 조사할 필요가 있다고 보아 쟁점조사를 개시한 것으로 보이고, 설령 쟁점조사의 개시통지에 관한 공문 상의 ‘조사 사유’에 위 과세자료와 관련한 것(무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시)만 기재되어 있고 ‘청구인의 임대소득 누락’이 제외되어 있다 하더라도, 쟁점조사가 부가가치세 세목별 조사로 통지되었고 실제 세목별 조사에 해당하는 이상, 같은 과세기간(쟁점매입세금계산서가 수수된 2020년 제2기)에 청구인이 영위한 임대사업의 수입금액이 적정하게 신고하였는지 여부까지를 적정하게 살펴볼 수 있다 할 것인 점(쟁점처분2에 관한 나머지 과세기간인 2021년 제1기∼2025년 제1기에 대해서는 2025.9.4.자 세무조사 범위확대 통지에 포함되었다) 등에 비추어, 쟁점조사에 하자가 있어서 쟁점조사를 통하여 확인된 쟁점금액을 청구인의 임대소득의 누락액으로 본 쟁점처분2를 위법하다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 위 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 이 건 과세처분 ○○○ ※ 쟁점처분2 관련 매출누락액 내역 ○○○ <별지2> 관련 법령 (1) 부가가치세법(2025.12.23. 법률 제21218호로 일부개정되기 전의 것) 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다. 2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. (단서 생략) 5.세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다. ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 2.재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 4.재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트 (2) 부가가치세법 시행령 제74조(매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 4.법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 제108조(가산세) ③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조 제2항 제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다. (3)국세기본법(2025.12.23. 법률 제21212호로 일부개정되기 전의 것) 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분 2.「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분 3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4.제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5.납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6.제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7.그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 2.무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다. ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다. ②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다. 1.세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우 2.조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우 3.그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다. 1.제45조의2 제3항, 「소득세법」 제156조의2 제5항 및 제156조의6 제5항, 「법인세법」 제98조의4 제5항 및 제98조의6 제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조 제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우 2.제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우 3.거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우 4.납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우 5.명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우 6.그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ④제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다. (4) 국세기본법 시행령 제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 “구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우 2.명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 (5) 조세범 처벌법 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1.「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1.「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위 ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1.「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 <별지3> 쟁점처분2에 관한 쟁점조사 내역 등 ○○○