청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 지출한 금액 중 취득세 과세표준으로 확정된 것은 대표자에 지급한 실질거래가액으로 보아야 할 것이고 이후 청구법인의 수정회계처리 등은 그 가지급금의 실제 회수 여부 등이 명확히 확인되지 않는 등 사정에 비추어 인정하기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2020.1.17. 대구광역시 달서구 OOO 토지 2,377.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 대표이사 A로부터 감정평가액인 OOO원에 취득(이하 “쟁점거래”라 한다)하는 계약을 체결하였고, 취득 후 청구법인은 감정평가액을 취득세 과세표준으로 하여 취득세를 신고ㆍ납부하였으나, 2023.1.16. 대구광역시 달서구청장은 청구법인이 쟁점토지를 OOO원에 취득하였다고 보아 취득세 부과처분을 하였으며, 청구법인은 이에 취소 소송을 제기하였으나 2025년 5월 취득세 과세표준은 OOO원으로 확정되었다(OOO). 나. 대구지방국세청장은 2024.8.25.부터 2024.11.8.까지 청구법인에 대한 2020~2023사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 대표이사 A로부터 쟁점토지를 위 확정가액인 OOO원으로 취득하였다고 보아, 2024.11.11. 당초 신고가액(OOO원)과 의 차액인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금에 산입하고 A에게 상여로 소득처분하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.1.8. 청구법인에게 2020년 귀속 소득금액변동통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.12. 이의신청을 거쳐 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점거래는 시가인 감정가액으로 이루어진 것이므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 차액을 익금에 산입하고 상여로 소득처분한 것은 위법하다. (가) 청구법인과 대표이사 A은 특수관계에 해당하므로 「형법」상 배임 및 세법상 부당행위 문제 등을 우려하여, 쟁점토지 거래 전인 2019.12.23.을 평가기준일로 하여 감정평가를 의뢰하였고, 이에 따라 평가된 감정평가액 OOO원의 가액대로 쟁점토지를 취득하는 매매계약을 체결하고 신고필증을 교부받았다. (나) 청구법인은 2020.1.17. 취득세를 신고하면서 감정평가액으로 취득세 과세표준을 신고하였고, A도 2020.3.31. 양도소득세를 신고하면서 감정평가액을 양도가액으로 신고하였으며, 비록 취득세 과세표준은 경정되었으나, 거래 당사자들의 위와 같은 법령상 신고 행위 등에 비추어 볼 때 청구법인과 A은 쟁점토지 대가를 감정평가액으로 정한 것을 알 수 있다. (다) 청구법인은 2022년 쟁점토지에 대한 취득세 세무조사 과정에서 회계처리 오류를 발견하였고, 발견 즉시 수정하였으며, 이는 동일한 자산 내에서의 계정과목 오류(토지→대여금)이므로 중대한 오류에 해당하지 않아 재무제표를 소급하여 수정하지 않은 것에 불과하고, 이러한 수정사항에 대해 외부감사인도 적정하다는 감사의견을 표명하였다. 한편, 쟁점토지의 회계처리 오류가 발생한 이유를 살펴보면, 매도인인 A이 쟁점토지를 담보로 OOO은행 등 5개 금융기관으로부터 OOO원을 차입한 상태였고, 청구법인은 쟁점토지 위에 주상복합 개발사업을 진행하고자 하였으므로 사업부지에 설정된 근저당권 해지가 필수적이었다. 이에 청구법인은 OOO원 중 OOO원은 쟁점토지의 매매대금으로 하여 A에게 지급하고, 나머지 OOO원은 A에 대한 대여금으로 회계처리했어야 하나, 신속한 근저당권 말소를 위하여 OOO은행 등에게 OOO원을 직접 상환하였으며, 회계담당자는 지급 금액 전부를 토지 취득원가로 하여 법인장부에 잘못 계상한 것이고, 더욱이 청구법인은 쟁점거래가 발생한 2020사업연도에는 외부감사대상에 해당하지 않았다. 이와 같은 자산 취득가액 오류는 실무상 흔히 발생할 수 있는 것으로 판례에서도 “이 사건 부동산에 대한 원고의 2012년도 장부상 가액 기재는 원고의 자체 사정에 따른 일시적인 회계처리의 잘못일 가능성이 있어 보이고, 2012년도 법인장부 작성 이후 2013년도 계정별 원장에는 위와 같이 이 사건 부동산의 자산 가액이 OOO원으로 수정되었던 점”이라고 판시하면서(OOO) 자산 취득가액 회계처리 오류를 인정하고 있고, ‘상장 2005년 5월호 회계처리오류에 따른 재무제표 수정’에서도 회계처리 오류의 예시로 자산 취득가액의 과대계상 오류를 들고 있다. (라) 이후 청구법인은 대여금으로 회계처리하였어야 하나 토지 취득원가로 잘못 계상한 회계처리 오류 금액을 대여금으로 회계처리 수정하면서 가지급금 인정이자를 익금에 산입하여 법인세 수정신고를 하였고, A도 인정이자 OOO원에 대하여 종합소득세 수정신고를 하였다. (2) 「지방세법」과 「법인세법」은 그 입법목적, 취지 등이 다르므로 취득세 과세표준이 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 ‘대가’와 반드시 일치한다고 볼 수 없다. (가) 취득세는 유통세의 일종으로 부동산 취득 행위를 과세객체로 하는 행위세이므로 계약의 합의해제 등이 발생하더라도 취득세 납부 의무에는 아무런 영향을 주지 않으나(OOO), 「법인세법」 및 「소득세법」에서는 양도 이후 합의해제 등이 발생한 경우 매매계약의 효력은 소급하여 상실한다(OOO)고 판시한바, 이처럼 「지방세법」과 「법인세법」은 그 입법목적과 취지 등이 서로 다르므로, 「법인세법」상 부당행위계산 부인 여부를 판단할 때 ‘대가’와 취득세 과세표준이 반드시 일치한다고 볼 수 없다. (나) 구 「지방세법」 제10조 제5항의 규정에 따르면, 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래는 시가표준액을 취득세 과세표준으로 하도록 규정되어 있는데, 취득세 과세표준은 시가표준액이 아닌 오류로 계상한 장부가액으로 경정되었다. (3) 처분청은 청구법인이 A에게 지급한 대가 OOO원 중 취득세 과세표준에서 제외된 금액인 OOO원은 대여금으로 인정하면서도, 청구법인이 대여금으로 주장하는 쟁점금액(OOO원, 감정가액과 취득세 과세표준 차이)에 대해서는 그 실질이 처분청이 대여금으로 인정한 금액과 동일함에도 불구하고 대여금으로 인정하지 않고 있다. 만약 청구법인이 대여금이라고 주장하는 금액을 대여금으로 인정하지 않고 청구법인이 A에게 이유 없이 지급한 것으로 본다면, 취득세 과세표준에서 제외된 금액에 대해서도 동일하게 처분하였어야 할 것인데, 그와 같이 처분하지 않았다. (4) 지방세 세무조사가 있었다는 사정은, 「법인세법 시행령」제106조 제4항에서 규정한 ‘그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우’라고 볼 수 없다. (가) 위 규정 제1호부터 제4호는 세무조사의 통지를 받은 경우, 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우, 세무공무원이 확인 업무에 착수한 경우, 과세자료 해명통지를 받은 경우라고 규정되어 있는데, ‘지방세 세무조사’는 위 규정 제1호부터 제4호까지의 경우와 유사하다고 볼 수 없고, 제5호는 수사기관의 수사 또는 재판과정에서 사외유출 사실이 발견된 경우인데, 지방세 세무조사가 ‘수사’라고도 볼 수 없고, 취득세 부과처분은 ‘사외유출된 사실이 발견된 경우’에도 해당하지 않는다. (나) 지방세 세무조사는 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에도 해당하지 않는바, 판례는 ① 거래 상대방에 대한 세무조사를 실시한 경우(OOO), ② 대표이사에 대한 자금출처조사를 한 경우(OOO), ③ 감사 절차 등에 따른 자금의 부정집행이 발견되어 검찰에 수사 의뢰한 경우(OOO) 등과 같이 세무조사로 연결될 것이 확실한 경우에 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우로 보고 있으며, 조세심판원도 지방세 세무조사는 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에 해당하지 않는다고 결정한 바 있다(국심 2006구3257, 2006.12.7). (다) 지방세 세무조사 결과가 국세청에 통보되는 시스템을 갖추고 있지 않을 뿐만 아니라, 이 건의 경우 지방세 세무조사는 2022년에 실시된 반면, 국세 세무조사는 이로부터 2년이 지난 2024년에 비로소 실시되었으며, 지방세 세무조사결과에 대한 불복(소송) 절차는 2025년에 확정되어 국세 세무조사 당시에는 취득세 과세표준이 확정되지 않았기 때문에 지방세 세무조사로 인하여 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알았다고 볼 수 없으므로, 이 건 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 지방세 세무조사 이후 청구법인은 회계처리 착오 사유로 쟁점토지의 장부가액을 취득세 신고 과세표준인 OOO원으로 변경하고, 나머지 OOO원은 대표이사 A에 대한 가지급금 OOO원과 A에 대한 단기채무 OOO원의 상환으로 변경하였으므로 쟁점금액의 소득처분(상여)은 정당하다. (가) 「법인세법 시행령」제106조[소득처분] 제4항에 따르면 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외 유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 유보로 할 수 있으나, 같은 법 시행령 제4항 단서 조항 제6호에 따라 청구법인은 지방세 세무조사 이후 경정이 있을 것을 미리 알고 사외 유출된 금액을 가지급금과 단기채무 상환으로 수정 회계처리하였으므로 상여로 소득처분한 것은 정당하다. (나) 지방세 세무조사 이후 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 수정 회계처리 방법을 통하여 상여처분을 피하면서 변칙적인 회계처리를 통하여 조세부담을 회피한 것으로, 수정 회계 처리한 가지급금 및 미수이자 상당액을 세무조사결과 통지일까지 회수한 사실도 없다. (다) 청구법인은 대표이사 A에 대한 상여처분을 회피하기 위하여 지방세 세무조사 이후에 수정 회계처리 하였고, 진정한 의미에서의 회수라고 할 수 없는 가지급금 등으로 계상만 하고 회수되지 않았으며, 가지급금에 대한 금전소비대차약정서를 작성한 사실도 없고, 단기채무 상환에 대한 관련 증빙 서류를 일체 제출한 사실이 없다. (2) 청구법인은 부동산 거래가 계약서 및 감정가액인 시가로 거래되었다고 주장하나, 이는 거래의 경제적 실질을 무시한 형식적인 논리에 불과하다. (가) 청구법인은 쟁점토지를 취득하면서 실질적으로 총 OOO원을 지출하였고 이후 지방세 세무조사, 조세심판원 및 대법원 판결을 거쳐 쟁점토지의 취득세 과세표준은 OOO원으로 최종 확정되었다. (나) 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정의 적용 근거가 되는 거래 가액은 형식적인 계약서상 금액이 아닌 실제로 청구법인이 특수관계인(A)에게 지급한 경제적 대가의 총액을 의미하고, 법인장부에 계상된 금액이 법원의 판단을 거쳐 취득세 과세표준으로 확정된 이상 OOO원을 청구법인이 쟁점토지에 대해 지급한 거래가액의 실질로 보아야 할 것이다. (다) 청구법인과 특수관계인인 A이 작성한 매매계약서의 금액과 양도소득세 신고 금액 OOO원은 청구법인의 실제 지출액과 상이하고, 특수관계인 간의 거래에서는 형식적인 계약서보다 실제 자금의 흐름과 사용처가 경제적 실질을 판단하는 더 중요한 기준일 것이다. (3) 「소득세법」제96조[양도가액] 제3항 제1호에 따라 A의 쟁점토지 양도가액은 「법인세법」제52조[부당행위계산부인]에 따른 시가(감정가액)로 양도소득세 경정 대상이 아니다. (가) 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 지출된 금액 OOO원을 쟁점토지 장부가액으로 계상한 것은 단순한 기장 직원의 오류였다고 주장하나, 설립 5년 차 법인이 거액의 자산 취득 시 중대한 오류를 발견하지 못하였다는 주장은 납득하기 어려우며 법원도 이를 인정하지 않았다. (나) 외부감사인의 인정은 회계 기준에 따른 형식적 적정성을 확인하는 절차일 뿐이고, 「법인세법」상 부당행위계산 부인 및 소득처분 규정의 적용을 배제할 수 있는 근거가 될 수 없다. (다) 법원, 조세심판원의 판결문 내지 결정서와 같이 청구법인이 쟁점토지를 고가매입한 사실이 확인되는 이상 2020사업연도에 토지 취득가액을 세무조정으로 수정신고하였어야 되며, 2020∼2022년 가지급금에 대한 인정이자 OOO원도 2022년 귀속 사업연도에 일괄로 미수수익으로 계상할 것이 아니라 각 귀속 사업연도에 익금산입하고 수정신고 하였어야 될 것이다. (4) 청구법인은 취득세와 법인세가 별개의 세목이므로 취득세 과세표준이 「법인세법」상 대가의 기준이 될 수 없다고 주장하나, 이는 법리 해석 착오에서 비롯된 것이다. (가) 「지방세법」제10조 제5항은 해당 거래가 특수관계 거래임을 인지하고 객관성이 떨어진다고 보아 사실상의 취득가격을 과세표준에서 배제하겠다는 의미이고, 만약 청구법인의 주장대로 「지방세법」이 부당행위계산을 제외했으므로 「법인세법」이 적용될 수 없다면 이는 「지방세법」이 국세의 적용 범위까지 규율한다는 법 체계 상 중대한 오류가 발생될 것이다. (나) 「지방세법」제10조 제5항의 제외 규정은 취득세 과세표준을 정하는 지방세의 독자적인 규정일 뿐 국세인 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정의 적용 가능성이나 정당성에 대해 아무런 영향을 미치지 않으므로, 청구법인의 주장은 법 체계에 대한 오해에서 비롯된 것으로 받아들이기 어렵다. (다) 쟁점거래에서 법원이 확정한 지출액 중 시가를 초과하는 금액은 대표이사에게 이익으로 분여된 사실이 확인되는 이상, 「법인세법」상 부당행위계산 부인을 적용하여 해당 이익을 상여로 소득처분하는 것은 조세법의 기본 원칙인 실질과세의 원칙에 가장 부합하는 정당한 처분이다. (5) 청구법인은 쟁점토지 외 토지 대금 OOO원이 가지급금으로 처분한 것과 쟁점토지 차액인 쟁점금액(OOO원)을 상여 처분한 것이 일관성이 없다고 주장하나, 이는 두 금액의 성격 차이를 무시한 주장이다. (가) 쟁점토지 외 토지 대금 OOO원은 조세심판원 및 법원 판결로 쟁점토지의 취득대가에서 제외ㆍ확정되었으므로 쟁점토지의 취득과 무관한 유출액으로 보아 가지급금으로 처분한 것이고, 쟁점토지 차액인 쟁점금액(OOO원)은 법원 판결로 쟁점토지의 취득대가 OOO원에 포함되는 것으로 확정되었으므로 시가를 초과하는 부분은 고가매입을 통한 이익분여로 보아 대표자 상여로 처분한 것이다. (나) 대법원에서 확정된 OOO원은 법인장부에 근거한 쟁점토지의 사실상 취득가액이므로 이 금액을 거래가액으로 보아 부당행위계산 여부를 판단하는 것이 실질과세원칙과 법원 판결의 구속력에 부합하므로 이 건 처분은 정당하다. (6) 청구법인은 지방세 세무조사는 「법인세법 시행령」제106조 제4항 단서 각 호의 사유에 해당하지 않으므로 경정이 있을 것을 미리 알았다고 할 수 없다고 주장하나, 2010.2.18. 「법인세법 시행령」제106조 제4항 개정 당시 통칙 사항을 법령화하면서 경정이 있을 것을 미리 알았을 것이라는 사유를 구체적으로 열거하여 개정한 사실이 있고, 개정 당시 국세 사무로 열거되지 않은 검찰ㆍ경찰 등 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외 유출된 사실이 확인된 경우 뿐만 아니라 이에 준하는 사유까지 해당 사유에 포함하여 개정한 사실이 있으며, 당시 「법인세법 시행령」개정 취지 등을 볼 때 지방세 세무조사 및 재판 과정에서 사외 유출 사실이 확인된 이상 경정이 있을 것을 미리 알았다는 사유에 포함하는 것이 타당하다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 대표이사로부터 쟁점토지를 고가에 양수하였다 하여 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조[소득처분] 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법 2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법 ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등 및 가상자산은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 ④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사의 통지를 받은 경우 2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우 5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 (3) 지방세법 제10조 [과세표준] ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다. ② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 (4) 소득세법 제96조 [양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. ③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다. 1. 「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 부동산개발업을 영위하는 사업자로, 대구광역시 달서구 OOO 외 5필지 일원에 공동주택 92세대, 오피스텔 74세대 및 근린생활시설을 신축하여 분양하는 사업을 진행하기 위하여 2020.1.17. 청구법인의 대표이사인 A로부터 쟁점토지를 취득하면서, 2019.12.23. 청구법인은 일반거래(시가 참고) 목적으로 통일감정평가법인에 쟁점토지를 감정평가 의뢰하였고, 쟁점토지의 감정평가액은 OOO원으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점토지 소유권이전등기를 마친 뒤 관할 구청에 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세ㆍ지방교육세ㆍ농어촌특별세 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하고, 대표이사 A은 2020.3.31. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. (다) 이후 청구법인은 2020.3.17. 사업시행을 위하여 A 주식회사 등과 OOO원을 대출받기로 하는 내용의 대출 약정을 체결하였고, 이 대출약정서에 따라 대주에게 토지잔금(대출 상환) 명목으로 OOO원의 자금집행을 요청하였으며, 2020.3.25. 쟁점토지 외 대구광역시 달서구 OOO 토지 및 OOO 토지에 설정된 근저당의 채권자인 각 금융기간에 대출금을 아래의 <표1>과 같이 상환하고 근저당권설정등기를 말소하였다. <표1> 대출 상환 내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 2020.3.25. 각 금융기관에 대출금을 상환하고 토지잔금(대출 상환)으로 하여 대출금 상환액을 건설용지 계정과목으로 아래의 <표2>와 같이 계상하였다. <표2> 대출금 상환액 회계처리 내역 ㅇㅇㅇ (마) 대구광역시장은 2022.9.15.부터 2022.10.4.까지 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 한 후, 쟁점토지를 OOO원에 취득하였으나 OOO원에 취득한 것으로 과소신고ㆍ납부하였다는 세무조사결과를 통지하였다. (바) 지방세 세무조사 이후 청구법인은 회계처리 착오 사유로 아래의 <표3>과 같이 쟁점토지의 장부가액을 취득세 신고 과세표준인 OOO원으로 변경하고, 나머지 OOO원은 대표자 A에 대한 가지급금 OOO원과 A에 대한 단기채무 OOO원의 상환으로 변경하였다. <표3> 건설용지 회계처리 변경 내역 ㅇㅇㅇ (사) 청구법인은 지방세 세무조사 결과에 불복하여 2023.4.7. 우리 원에 심판청구를 하였고, 우리 원은 쟁점토지 취득과 무관한 부분인 OOO 토지에 설정된 근저당권의 피담보채무액인 OOO원을 토지 취득가액에서 제외하는 것으로 결정하였으며, 이에 청구법인은 대구지방법원에 행정소송을 거쳐 2025.5.15. 대법원(OOO)에서 심리불속행 기각 최종 결정 되었다. (아) 처분청은 위와 같은 사실관계에 근거하여 청구법인이 청구법인의 대표이사 A로부터 감정가액 OOO원인 쟁점토지를 OOO원에 취득한 사실을 확인하여, 감정가액(시가)와 취득가액의 차액인 쟁점금액(OOO원)을 소득의 귀속자인 청구법인의 대표이사 A에게 상여로 소득처분하고 이 건 소득금액변동통지를 하였다. (2) 청구법인은 당초 쟁점토지를 건설용지로 OOO원에 계상하였다가, 회계처리의 착오 사유로 쟁점토지의 장부가액을 OOO원으로 변경하고, 나머지 OOO원은 대표자 A에 대한 가지급금 OOO원과 A에 대한 단기채무 OOO원의 상환으로 변경하여 사외로 유출된 금액이 없다고 주장하며, 계정별 원장을 아래와 같이 제출하였다. ㅇㅇㅇ 또한, 청구법인이 쟁점토지 감정가액보다 더 지급한 금액은 대표이사에 대한 OOO원의 채무를 상환하고, OOO원의 대여금(채권)이 발생한 것이며, 위 OOO원 중에서 대표이사가 청구법인에게 2022사업연도에 약 OOO원, 2023사업연도에 약 OOO원(OOO)을 상환하였다고 주장하며, 계좌내역을 아래 <표4>와 같이 제출하였다. <표4> 2023년 대여금 상환 내역 ㅇㅇㅇ (3) 처분청은 2026.4.1. 조세심판관회의에 출석하여, 청구법인이 수정회계처리시 OOO원의 가지급금 증가로, OOO원을 주임종단기 채무 감소로 처리하였으나, 쟁점거래 당시 주임종단기채무는 존재하지 않았다고 진술하였고, 청구법인은 이에 대하여 처분청의 진술이 맞다고 시인하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 회계처리의 착오로 쟁점토지의 취득가액이 OOO원으로 계상되었고, 쟁점금액은 대표이사의 가지급금이나 단기채무 상환으로 대체되어 사외에 유출되지 않았으므로 이 건 소득금액변동통지 처분이 부당하다 주장하나, 청구법인은 쟁점토지를 2020.1.17. 취득하면서 쟁점토지의 매수가액 및 대표이사의 채무 상환으로 금융기관에 총 OOO원을 지출하였고, 우리 원 및 법원의 판단을 거쳐 청구법인의 장부에 계상된 금액 중 OOO원이 취득세 과세표준으로 확정된 이상 이를 청구법인이 쟁점토지에 대해 대표이사 A에게 지급한 실질 거래가액으로 보아야 할 것인 점, 청구법인은 쟁점거래 이후 2년이 지난 2022년 12월경 수정 회계(가지급금 및 단기채무 상환으로 계상)처리를 하였는데, 위 단기채무는 쟁점거래 당시에는 존재하지 않았던 단기채무인 점, 수정회계 처리한 가지급금 및 미수이자 상당액을 이후 실제 회수한 사실도 명확히 확인되지 않는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.