이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 1996.1.20. OOO를 본점 소재지로, 복합운송 주선업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2022.9.13. 서울특별시 서초구 OOO 토지 및 그 지상 5층 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 취득가액 OOO원 등을 과세표준으로 하고 표준세율(4%)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2023.9.9. 청구법인의 OOO(이하 “AAA사무실”이라 한다)에서 근무하던 인원들을 이 건 부동산 중 2개 층(2층 및 3층 789.82㎡로 이하 “쟁점사무실”이라 한다)으로 이전한 후, 이는「지방세법」제13조 제2항 제1호가 취득세 중과대상으로 규정하고 있는 법인의 지점 및 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우에 해당한다고 보아, 2023.10.12. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 다. 청구법인은 2023.11.10. 쟁점사무실에서 근무하는 인원들은 본사를 지원하는 업무만 수행하고 있어, 「지방세법 시행규칙」제6조가 규정하고 있는 사무소 등에 해당하지 아니하므로, 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따른 취득세 중과대상에 해당하지 않는다고 주장하며 기 납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.12.7. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 제기한 경정청구 내용을 설명하기에 앞서, 먼저 청구법인의 조직 및 업무구조를 간략히 설명하면 다음과 같다. (가) 청구법인은 1996.1.20. 설립된 종합물류 서비스기업으로, 수출입해상, 항공, 철도, 프로젝트, 통관, 내륙운송 등 다양한 물류 서비스를 제공하고 있다. 청구법인은 「물류정책기본법」에 따라 등록된 국제물류주선업자로, 국제물류주선업이란 타인의 수요에 따라 자기의 명의와 계산으로 타인의 물류시설·장비 등을 이용하여 수출입화물의 물류를 주선하는 사업을 의미한다. 청구법인은 포워딩 업체(Freight Forwarder)로서 운송수단(선박, 항공기 등)을 직접 보유하지 않으면서도 화물 운송을 위탁한 해외무역 수출입고객(화주)을 대리하여 화주의 화물을 해상, 항공운송, 내륙운송 수단과 연결하여 목적지까지 운송서비스를 제공하고 있다. (나) 청구법인의 조직은 ① 본사 영업본부, ② 본사 영업본부의 업무를 지원하는 물류운영사업본부, ③ 인사·재무·총무 등 업무를 수행하는 경영지원본부로 나뉘어져 있고, 본사 영업본부 및 경영지원본부에는 약 170여명이, 물류운영사업본부는 약 136명이 근무중이다. <청구법인 조직도> ○○○ ‘본사 영업본부’는 고객으로부터 용역을 수주하여 계약을 체결하는 부서로, 운송지역(아시아, 중동, 유럽, 유라시아), 운송수단(해상, 항공, 철도), 운송품목 특성에 따라 세부 조직이 나뉘어져 있다. ‘물류운영사업본부’는 본사의 운송주선 업무를 지원하는 부서로서 주 업무내용은 i) 화주의 운송 일정 확인, ii) 선주, 항공사 등과 운송 일정 예약, iii) 주문(오더내역), 선하증권, 선적 매출 및 비용정산관리 등을 업무시스템에 입력, iv) 적하목록, 정정신고 등 세관신고 관리, v) 청구법인 보유 해상 컨테이너 배차·관리업무, vi) 선하증권 발송 등 우편업무를 담당하고 있다. (다) 이상과 같이 청구법인은 본사 영업본부와 물류운영사업본부가 별도로 분리되어 있으나, 두 조직이 유기적으로 결합하여 운송주선 업무를 수행하고 있다. 일반적으로 영업본부 직원 A에 물류운영사업본부 내 운영팀 직원 B가 전담으로 배정되어 하나의 운송주선 업무를 물류운영사업본부가 지원한다. 예컨대, 석유화학제품 100톤을 배를 통해 유럽으로 운송해야 할 경우, A는 해당 거래를 수주한 후, 운송일정, 운임 등을 고려하여 적합한 운송사 및 운송경로를 확정하고 목적지까지 운송이 이루어지도록 한다. 그 과정에서 B는 A의 지시를 받아 운송예약, 관련 서류 전달, 정산운임을 내부 업무시스템에 입력하는 업무 등을 수행하며, 독립적으로 거래를 수주하는 별도의 영업활동은 하지 않는다. (2) 다음으로 청구법인이 쟁점사무실 관련하여 취득세를 납부하게 된 경위를 설명하면 다음과 같다. (가) 청구법인은 2022.9.13. 이 건 부동산을 취득한 후 같은 날 소유권이전등기를 완료하고 대수선 공사를 진행하였다. (나) 이 건 부동산의 대수선 공사를 완료한 후, 2023.9.9. AAA사무실에 근무 중이었던 물류운영사업본부 인원이 모두 이전하여 쟁점사무실에서 근무를 시작하였다. (다) 청구법인은 현재 서울특별시 강남구 OOO 소재에 본점을 두어 물류운영사업본부를 제외한 본사 영업본부, 경영지원본부를 두고 있다. 이 건 부동산을 취득하기 전까지는 AAA사무실에 물류운영사업본부를 두었다가, 이 건 부동산 취득 및 대수선 후 쟁점사무실로 물류운영사업본부를 이전하게 된 것이다. (라) 청구법인은 당초 청구법인의 ‘물류운영사업본부’ 이전은 청구법인이 대도시 내에서 별도의 ‘지점 또는 주사무소’의 설립 또는 대도시 밖에서 대도시로의 전입에 해당하지 않는다고 보아 취득세 등을 납부할 의무가 없다고 판단하였으나, 처분청에서 「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과대상이라고 의견을 제시하여, 일단 취득세 등을 납부하고 바로 경정청구에 이르게 된 것이다. (3) 청구법인의 물류운영사업본부 조직은 취득세 중과대상인 “사무소등”에 해당하지 아니하므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. (가) 「지방세법」제13조 제2항 제1호는 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소”를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과대상으로 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제27조 및 시행규칙 제6조는 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소”를 “「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”를 말한다고 규정하고 있다. (다) 요컨대, 취득세 중과대상이 되기 위해서는 쟁점사무실로 이전한 청구법인의 물류운영사업본부 조직이 「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장에 해당하여야 한다. 만일 이에 해당하지 않는다면(즉 물류운영사업본부 조직이 「부가가치세법」상 본사와 별개의 등록대상 사업장이 아니라 본사 조직의 일부에 불과하다면), “지점 또는 분사무소”가 대도시 밖에서 대도시로 전입한 경우에 해당하지 아니하므로, 취득세 중과대상에 해당하지 않는 것이다. (라) 그런데, 조세심판원 선결정례의 취지 등에 비추어보면 청구법인의 물류운영사업본부 조직은 본사의 업무를 보조하는 역할만 수행할 뿐이므로,「부가가치세법」에 따른 사업장에 해당한다고 볼 수 없다. 조세심판원은 “청구법인이 임대하여 사용 중인 공간은 재고를 보관·전산관리하기 위한 목적으로 별도의 매출행위가 이루어지는 곳으로 볼 수 없으며, 타 사업장의 사업활동을 위한 것으로 보이는 점에 따라 「부가가치세법」에 따른 사업장으로 보기는 어렵다”(조심 2021전2703, 2021.11.11. 참조)고 판단하였다. 관련 국세청 예규(법규부가 2008-0035, 2008.11.20.)에서도 질의법인은 주방용 전기기기 제조업을 영위하는 법인으로, 제품의 생산 및 판매(재화의 공급 및 인도)는 본사 및 공장에서 진행할 예정인데, 상기 사업장 외의 장소에 사무실을 임차하여 업무연락 사무실을 별도로 운영하려고 예정하는 경우, 해당 사무실은 “재화를 공급(인도)하지 아니하고 단순히 본사의 지시에 의해 재화의 공급업무에 수반되는 대금의 영수 및 수주활동이나 거래처의 관리 또는 기획관리 기타 업무연락만을 수행하는 장소는 사업장이 아니다”라고 회신한 바 있다. (마) 앞에서도 살펴 본 바와 같이, 청구법인은 「물류정책기본법」에 따른 국제물류주선업자로, 청구법인이 제공하는 운송주선 용역은화주와 운송사를 주선·중개하여 운송사의 물류시설과 장비를 이용하여 목적지까지 화주의 화물이 운송될 수 있도록 하는 것을 의미한다. 이러한 운송주선에 관한 영업활동 및 주된 용역 제공은 본사 영업본부에서 전부 이루어지고 있다. 즉 본사 영업본부에서 영업활동을 통해 화주와 계약을 체결하고, 운송사를 확보하여 운임 및 운송방법, 운송경로를 확정한 후, 실제 화주로부터 화물을 전달받아 화물 운송이 실행되도록 하는 업무를 처리하고 있다. 반면, 물류운영사업본부는 운송 과정에서 본사 영업본부 직원의 지시에 따라 선적 예약, 수출입 관련 서류 전달, 대금 정산 및 내부 시스템 입력 업무를 진행하고 있고, 별도로 매출·매입 세금계산서를 발행하지 않고 있다. 즉, 쟁점사무실을 사용하고 있는 물류운영사업본부는 본사 영업본부 산하 제한된 범위 내에서 화주, 운송사와 단순 연락 업무를 수행하는 조직으로, 별도의 독립적인 운송주선 용역을 제공하는 곳에 해당하지 않는다. 이에 따라, 청구법인은 세금계산서 발행 및 수취를 오직 (영업활동을 하고 있는) 본점에서만 하고 있으며, 청구법인이 2017년 9월 서울특별시 OOO로 본점을 이전한 이후에도 본점에서만 모든 세금계산서 발급 및 수취가 이루어지고 있다. (본점 이전 이후 쟁점사무실은 물론 AAA사무실에서도 세금계산서를 발급한 사실이 없다). 부가가치세는 과세표준과 세액 신고, 납부, 사업자등록, 세금계산서의 발급 및 제출, 기타 조세협력의무 등이 사업장 단위로 이루어지고 있는바(「부가가치세법」제6조 제1항), 본점에서만 세금계산서가 발급되었다는 사실을 통하여, AAA사무실이나 쟁점사무실 모두 「부가가치세법」에 따른 등록대상 사업장에 해당하지 않음을 알 수 있다. 따라서, 물류운영사업본부가 쟁점사무실을 사용하더라도 물류운영사업본부는 본사의 업무보조 역할을 하고 있을 뿐이어서, 「부가가치세법」상 사업자등록 대상인 사업장에 해당하지 않는다. 즉 청구법인의 물류운영사업본부의 이전은 “지점 또는 분사무소”가 대도시 밖에서 대도시로 전입한 경우에 해당하지 아니하므로 취득세 중과세 대상에 해당한다고 볼 수 없다. (4) 한편, 처분청은 AAA사무실을 청구법인의 BBB지점으로 등기했던 점을 문제삼고 있으나, 이는 청구법인이 본점을 이전하는 과정에서 기존의 본점이었던 AAA사무실을 BBB지점으로 변경등기하였을 뿐이다. 청구법인은 1996년 OOO에서 법인을 설립하여, 2008년 11월 AAA사무실로 본점을 이전한 후, 건물의 여러 층을 사무실로 사용하였다. 이후 사업규모 확대로 인하여 직원 수가 증가하고, 주 영업처들에 대한 접근성이 용이한 곳으로 사무실을 이전할 필요성이 커져 2017년 9월 현재 본사 소재지인 서울특별시 OOO로 본점을 이전하였다. 다만 본사를 지원하는 물류운영사업본부는 본사로 함께 이전할 필요성이 없어 기존 AAA사무실 중 일부만 임차하여 계속 사용하였다. 기존의 본점 소재지이기도 했던 AAA사무실의 경우, 기존 주소의 본점등기를 폐쇄하는 과정에서 BBB지점으로 변경등기를 하였으나, 실제로 지점(「부가가치세법」상 등록대상 사업장)으로의 기능은 전혀 수행한 사실이 없다. 이에 따라 2017년 9월 본점을 OOO으로 이전한 이후 BBB지점 명의의 세금계산서를 단 한 차례도 발행·수취한 사실이 없으며, 지점등기 및 사업자등록을 더 이상 유지할 필요가 없어 2023년 6월 지점등기 및 사업장을 폐쇄하게 된 것이다. 나. 처분청 의견 「지방세법 시행규칙」제6조는 취득세 중과대상이 되는 사무소 등에 관하여 “「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다.”고 규정하고 있는바, 2014.1.1. 개정전 시행령은 “등록된 사업장”으로 규정하다가 2014.1.1. 안전행정부령 제48호로 개정되면서 “등록대상 사업장”으로 개정하였다. 이는 실제 「부가가치세법」제8조 등에 따른 등록대상 사업장인지 여부를 실제 등록하였는지 여부와 관계 없이 그 실질에 따라 등록대상 사업장에 해당하면 중과대상으로 보겠다는 취지로 이해된다. 그런데, 청구법인의 경우 2023.6.12. 청구법인의 BBB지점을 폐쇄등기하였으나, 이후 2023.7.1. BBB지점이 사업장에 해당함을 전제로 AAA사무실을 기준으로 주민세(사업소분)을 신고·납부해 왔던 점, AAA사무실에 근무하던 인원이 그대로 쟁점사무실로 이전하여 동일한 사무를 지속적으로 수행하고 있는 점, 따라서 청구법인이 BBB지점을 폐쇄등기한 것은 지점 이전을 위한 형식적인 준비절차에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인은 인터넷 홈페이지에서 쟁점사무실을 본점과 구분하여 별개의 사무소인 CCC사무실로 안내하고 있는 점, 본사 영업본부 및 경영지원본부 소속 직원이 170여명인데, 쟁점사무실에서 근무하고 있는 물류운영사업본부 직원이 136명으로 그 규모가 상당한 점, 청구법인의 주된 사업목적이 복합운송 주선업이고, 매출유형 및 종목도 종합물류서비스와 관련한 용역매출인 점을 종합하여 볼 때, 쟁점사무실에서 수행되는 업무가 청구법인의 주장처럼 단순히 본점 지시에 따라 보조업무를 수행하는 것에 그친다고 보기 어렵고, 종전 BBB지점이 그대로 대도시 내로 이전한 것으로서 쟁점사무실은 사실상 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소로서 취득세 중과대상이 되는 “사무소등”에 해당한다고 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점사무실은 과밀억제권역 안 취득세 중과대상인 지점에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인 등기사항증명서에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. 1) 청구법인은 1996.1.20. OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 본점 소재지를 2008.11.3. OOO로 이전하였다가, 2017.9.1. OOO으로 이전하였다. 2) 청구법인은 2017.9.1. 본점을 이전하면서, 기존에 본점으로 사용중이던 OOO에 BBB지점(AAA사무실)을 설치하였다가, 2023.6.12. 폐지한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2022.9.13. 이 건 부동산을 취득한 후, 2023.9.9. 물류운영사업본부를 쟁점사무실로 이전하였으며, 그 당시 사무분담 등에 관한 이메일 수발신 내역은 다음과 같은바, 영업부는 본점에, 운영팀은 물류운영사업본부에 배치된 것으로 나타난다. <표1> 이메일 내용 중 발췌 ○○○ (다) 청구법인은 2023.8.4. BBB지점에 대하여 OOO에게 주민세(사업소분) OOO원을 신고·납부하였다. (라) 청구법인의 홈페이지 회사소개란에는 본사, CCC사무실, DDD사무실로 구분하여 게재하고 있고, 본점 소재지의 사무실을 본사로, 이 건 부동산 소재지를 CCC사무실로 게재하고 있다. (마) 청구법인은 쟁점사무실이 사업장에 해당하는지 여부에 관하여 국세청에 질의한바, 다음과 같은 국세청 예규를 제시하였다. <국세청 예규, 부가가치세과-1316, 2023.5.19.>국세청 수신 : 청구법인 귀하 제목 : 서면질의에 대한 회신 1. 귀하가 우리청에 요청한 서면질의에 대하여 회신합니다. 2. 「부가가치세법」제6조에서 규정하는 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소를 말하는 것으로, 국제물류주선업 관련 중요하고도 본질적인 거래행위를 독자적으로 하지 아니하고 본점 사업장의 지시에 의하여 단순한 보조업무를 수행하는 장소인 경우 사업장에 해당하지 아니하나, 독자적인 거래행위 없이 본점 지시에 따라 단순히 보조업무를 수행하는 장소에 해당하는 지는 여러 가지 사실관계를 감안하여 사실판단할 사항입니다. 끝. |
1. 본점과 지점 등 2 이상의 사업장이 있는 법인사업자가 본점에서 계약을 체결하고 재화 또는 용역은 지점이 공급하는 경우 세금계산서는 재화나 용역을 실제 공급하는 사업장에서 발급한다. (2019.12.23. 신설)
2. 본점과 지점 등 2 이상의 사업장이 있는 법인사업자가 계약, 발주, 대금지급 등 거래는 해당 본점에서 이루어지고 재화 또는 용역은 지점에서 공급받는 경우 세금계산서는 본점 또는 지점 어느 쪽에서도 발급받을 수 있다. (2019.12.23. 신설)
3. 제조장과 직매장 등 2 이상의 사업장을 가진 사업자가 제조장에서 생산한 재화를 직매장 등에서 전담하여 판매함에 있어, 수송 등의 편의를 위하여 제조장에서 거래처에 직접 재화를 인도하는 경우에는 공급자를 제조장으로 하는 세금계산서를 직접 거래처에 발급하는 것이나, 이미 제조장에서 직매장 등으로 세금계산서(총괄납부사업자의 경우에는 거래명세서)를 발급한 경우에는 직매장 등에서 거래처에 세금계산서를 발급하여야 한다. |
① 제품의 판매목적이나 보관·관리를 위한 별도의 시설을 갖추지 아니하고 단순히 견본품만을 전시할 목적으로 진열시설을 갖춘 장소
② 재화 또는 용역의 공급 없이 주문만을 받는 장소
③ 물품을 판매하지 아니하고 단순히 본점의 지시에 따라 판매업무에 수반하는 상품의 수주나 대금의 영수, 신용조사 및 주문처와의 단순한 업무연락만 하는 장소
④ 사업자가 자기가 생산한 재화를 판매하지 아니하고 단순히 보관 또는 관리하는 장소
⑤ 사업자가 백화점사업자와 일반적인 또는 특정 거래조건(재고반품 및 마진율과 대금지급 등)에 의한 계약을 체결하여 백화점사업자에게 재화를 공급(납품)하고 그 공급대가는 해당 매장에서 고객에게 판매된 금액 중 일정비율에 상당하는 이윤을 차감한 금액으로 지급받기로 하는 경우 그 매장
⑥ 단체급식사업자가 인력을 파견하여 수탁사업자로 하여금 음식용역을 제공하게 하는 장소
⑦ 직접 판매행위를 하지 않고 단순히 모바일 서비스 홍보, 가입신청자 접수, 제품의 인도 등 보조적인 업무만 하는 장소
⑧ 외국법인이 국내 보세구역 내 창고에서 다수의 다른 고객을 상대로 사업을 하는 독립적인 물류업자를 통하여 물품의 보관·인도만 하고, 주문·계약 등은 국외에서 수행함에 따라 「법인세법」 제94조에 따른 장소에 해당하지 아니하는 경우 해당 보세구역 내 창고 |