청구법인은 쟁점매입처가 아닌 OO이 쟁점용역을 실제 공급하여 위장거래로 인정해야 한다고 주장하나, OO이 쟁점용역을 공급하였음을 입증할 자료를 제출하지 못하였고, 쟁점매입처의 대표가 쟁점용역의 대금을 청구법인에게 되돌려 주었다고 시인하였으므로 OO이 쟁점용역을 공급한 것으로 인정하기 어려우므로 쟁점용역의 공급대가를 귀속자가 불분명한 사외유출금액으로 보아 대표자 상여로 소득처득한 것은 타당

이유 1.처분개요 가.청구법인은 2021.7.2. 설립되어 OOO에서 전기차 충전시설 설치ㆍ운영사업을 영위 중인 업체로, 2024년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 A(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 프로그램 대여 및 마케팅 용역을 품목으로 한 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 1매를 수취하고, 위 금액을 손금으로 계상하여 2024사업연도 법인세 신고를 하였다. 나.OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.20.부터 2025.5.2.까지 쟁점매입처의 2024년 제1기～제2기 부가가치세 과세기간을 대상으로 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 쟁점세금계산서를 용역의 공급 없이 거짓으로 기재하여 발급한 세금계산서로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다. 다.처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2025.9.18. 쟁점세금계산서 관련 공급대가인 OOO원을 청구법인의 대표이사 B에 대한 상여로 소득처분하여 2024사업연도 소득금액변동통지를 하는 한편, 아래 <표1>과 같이 2025.10.23. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원[「부가가치세법」제60조 제3항 제2호의 세금계산서 불성실 가산세(3%) OOO원 포함]을 경정ㆍ고지하였다. <표1>이 건 과세처분 내역 ○○○ 라.청구법인은 이에 불복하여 2025.12.15. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1)쟁점세금계산서가 가공세금계산서라면 우선 그 사실관계와 회계처리 내용 등을 바탕으로 소득의 실질 귀속자에게 관련 공급가액과 매입세액을 소득처분함이 마땅하고 귀속자가 불분명한 경우에 한하여 대표이사에게 상여로 소득처분하여야 한다. (가)청구법인은 전기차 충전시설의 설치 및 운영을 주요 사업으로 영위하면서 전국 아파트 단지를 대상으로 영업활동을 수행하고 있는바, 청구법인은 자체 영업조직 외에도 필요에 따라 쟁점매입처와 같은 대행업체 등을 활용하여 영업활동을 전개하면서 세금계산서 수취를 통해 적격증빙을 구비하여 왔다. (나)전기차 충전영업 대행 용역의 경우 그 이행상황을 살핌에 있어 업계의 관행상 그 내용을 별도의 서면으로 주고받지 않고 입주자대표회의와 청구법인 간 관련 납품계약이 성사되면 그 공로를 살펴 용역의 이행을 인정하고 역무의 대가를 지급하는 것이고, 반대로 납품계약 체결이 무산되면 쟁점매입처의 그간 노고에 불문하고 일체의 대가를 지급하지 아니한다. (다)청구법인은 신원미상의 D이라는 자에게 전기차 충전시설 납품 영업(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 대행하도록 한 결과, 2024.12.2. C 입주자회의와 전기차 충전시설 납품 계약을 체결하게 되었다. 다만, 청구법인은 쟁점용역 공급이 완료된 이후인 2024.12.9. D의 요구에 따라 쟁점매입처와 계약을 체결하고 2024.12.12. 쟁점세금계산서를 수취한 후 2024.12.19. 공급대가 전액을 쟁점매입처 대표인 E 명의의 계좌로 송금하였는데, 이는 위에서 설명한 바와 같이 관련 납품계약 체결이 완료되고 나서야 쟁점용역 대금의 지급의무가 발생하는 업계의 관행 때문이었을 뿐 조세회피를 의도하거나 가공거래를 감추기 위한 것이 아니다. (라)이에,「국세기본법」제14조에 따르면, 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 하고 있는바, 이 건의 경우 D이 청구법인에게 쟁점용역을 실제 공급하고 쟁점매입처의 명의를 빌려 쟁점세금계산서를 발행한 위장거래에 해당함에도 불구하고, 조사청 또는 처분청은 청구법인이 쟁점매입처 대표 명의 계좌로 송금한 용역대금의 최종 귀속자에 대한 면밀한 확인없이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 단정하고 공급대가 상당액을 청구법인 대표자에게 상여로 소득처분하였으므로 이와 같은 위법한 과세처분은 취소되어야 한다. (2)「부가가치세법」제60조 제3항 제4호에 따르면 용역을 공급받고 실제로 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 2%의 가산세율을 적용하여야 하는 것인바, 이 건의 경우 입주자대표회의와 청구법인 간 전기차 충전시설 납품계약이 정상적으로 체결된 점에 비추어 필연적으로 쟁점용역 또한 정상적으로 공급되었다고 봄이 마땅하고, 설령 쟁점세금계산서가 사실과 다르다고 하더라도 이는 실제 용역을 공급한 자와 쟁점세금계산서를 발급한 자의 명의만 다른 것이므로 2%의 가산세율을 적용함이 타당하다. 나.처분청 의견 (1)이 건 쟁점매입처에 대한 세무조사 과정에서 쟁점매입처는 쟁점용역을 공급하기 위한 인적자원 및 물적시설을 보유하고 있지 아니한 점이 확인되었을 뿐만 아니라 쟁점매입처 대표인 E 또한 청구법인과의 거래사실이 없음을 시인한바 쟁점세금계산서는 가공세금계산서임이 분명하다. (가)쟁점매입처는 F 등에 등록된 상품의 노출 횟수를 증가시켜 검색순위가 상향조정 되도록 하는 소위 매크로(Macro) 프로그램을 판매하는 사업을 영위하고 있고 실제 매출 또한 이 매크로 프로그램 판매에서만 발생하고 있다. (나)조사청은 쟁점매입처의 실제 매출기록을 근거로 쟁점매입처가 청구법인에게 쟁점용역을 공급한 사실이 없음을 입증하였으며, 쟁점매입처 대표 또한 청구법인에게 가공세금계산서를 발급한 뒤 쟁점매입처 계좌로 송금받은 쟁점세금계산서 공급대가 상당액을 현금으로 출금하여 청구법인에게 반환하였다고 진술한바 있다. (다)따라서, 이 건과 같이 실제 용역공급 없이 쟁점매입처 명의 계좌에 송금된 공급대가 상당액이 현금 출금됨으로써 실질 귀속자를 분별할 수 없는 경우에는「법인세법」시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 대표자에게 상여로 소득처분 함이 마땅하다. (2)청구법인은 제3자를 통해 쟁점용역을 실제로 공급받았다고 주장 하나, 결과물(청구법인의 납품계약 성사)이 산출되고 나서야 관련 영업활동(쟁점매입처)을 실시하는 내용으로 계약서를 작성한다는 것은 경험칙상 받아들이기 어려운 점, 청구법인과 입주자대표회의 간 전기차 충전시설 납품계약이 성사되었다는 사실만으로는 쟁점용역의 실제 공급 여부를 증명하기 부족한 점, 청구법인이 입주자대표회의를 대상으로 한 쟁점용역이 필요한 사유 및 동 쟁점용역의 세부 내용에 대하여 소명하지 못하는 점, 청구법인이 실제 쟁점용역을 공급한 자에 대하여 구체적으로 밝히지 못하는 점, 쟁점매입처 대표가 쟁점세금계산서 공급대가 상당액을 현금으로 출금하여 청구법인에게 반환하였다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 용역을 공급받지 아니하고 수취한 가공세금계산서에 해당하므로 공급가액의 3% 상당의 가산세를 납부세액에 가산함이 타당하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ①쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 공급대가를 청구법인 대표자에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지의 당부 ②쟁점세금계산서에「부가가치세법」제60조 제3항 제2호가 아닌 제4호가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 (1)부가가치세법 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3.공급가액과 부가가치세액 4.작성 연월일 5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조[공제하지 아니하는 매입세액 등] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ②제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 2.예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 3.확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 4.그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우 제60조[가산세] ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트 4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트 5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 (2)법인세법 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다. ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 인건비 2. 복리후생비 3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비 4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비 5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 1. 제60조에 따른 신고 2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 (3)법인세법 시행령 제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1.익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 이 건 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)청구법인은 아래 <표2>와 같이 2024년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서를 발급하는 한편, 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 교부받아 관련 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다. <표2>청구법인의 부가가치세 신고 내역 ○○○ (나)조사청은 쟁점세금계산서를 쟁점매입처가 쟁점용역의 공급 없이 발급한 가공세금계산서로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 아래 <표3-1> 및 <표3-2>와 같이 이 건 부가가치세 등을 경정ㆍ고지하는 한편, <표4>와 같이 관련 공급대가 상당액을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 것으로 나타난다. <표3-1>2024년 제2기 부가가치세 경정 내역 ○○○ <표3-2>2024 사업연도 법인세 경정 내역 ○○○ <표4>청구법인 소득금액 변동통지 ○○○ (다)조사청은 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하고 E을「조세범 처벌법」제10조 제3항 제1호 위반 혐의로 인천지방검찰청 검사장에게 고발한바 그 내용을 요약하면 아래 <표5>와 같다. <표5>조사청의 쟁점매입처 조사결과(요약) ○○○ (라)조사청이 쟁점매입처 세무조사 시 작성한 조사종결보고서의 주요 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6>쟁점매입처 조사종결보고서(발췌) ○○○ (마)조사청이 E을 범칙행위자로 적시하여 작성한 고발서의 주요 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점매입처 고발서(발췌) ○○○ (바)청구법인은 쟁점용역 거래를 소위 위장거래라고 주장하며 <표8> 거래사실확인 문답서, <표9> 쟁점용역 계약서, <표10> 쟁점매입처 사업자등록증, 통장사본, 입금확인증을 제출한바, 아래 거래사실확인 문답서에 따르면 청구법인은 G이라는 상호의 업체에 소속된 D이 실제 쟁점용역을 공급하였다고 기재하였으나 D의 인적사항 및 쟁점용역의 실제 공급 여부를 입증할 만한 자료는 제출하지 아니한 것으로 나타난다. <표8>거래사실확인 문답서 ○○○ <표9>쟁점용역 계약서 ○○○ <표10>쟁점매입처 사업자등록증, 통장사본, 입금확인증 ○○○ (사)처분청은 쟁점세금계산서가 가공세금계산서임이 분명하다는 취지로 <표11> E의 문답서와 <표12> E 및 그의 지인인 H의 금융거래 내역을 제출한바, 그 내용을 살펴보면 E은 조사청에 출석하여 청구법인에게 실제 용역거래 없이 쟁점세금계산서를 발급한 후 쟁점매입처 계좌로 수취한 공급대가 상당액은 인출하여 되돌려 주었다고 진술하였으며, 2024.12.19. E 명의 계좌OOO로 입금된 쟁점용역 대금(OOO원)은 E 명의 타 계좌OOO 및 E의 지인 H 명의 계좌(OOO외 3)를 거쳐 OOO원 단위로 현금인출된 것으로 나타난다. <표11>쟁점매입처 대표 E 문답내용(발췌) ○○○ <표12>E 및 H 명의 계좌 거래내역(발췌) ○○○ (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대 청구법인은 D이 청구법인에게 쟁점용역을 실제 공급하고 쟁점매입처의 명의를 빌려 쟁점세금계산서를 발행한 것이므로 쟁점용역 거래를 위장거래로 인정하여 관련 공급대가 상당액을 대표자 상여처분금액에서 차감하여야 한다고 주장하나, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 공급 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 등 참조)인바, 청구법인은 D이 쟁점용역을 실제로 공급하였음을 객관적으로 입증할 자료를 제출하지 못하는 점, E이 조사청에 출석하여 쟁점용역 대금을 청구법인에게 되돌려 주었다고 시인한 점, 청구법인이 E 명의 계좌에 송금한 자금이 수일 내에 현금으로 인출되는 등 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 제출한 자료만으로는 실제로 D이 쟁점용역을 공급하고 쟁점세금계산서를 발급한 것으로 인정하기에는 부족하다고 할 것이고, 따라서 처분청이 쟁점세금계산서 관련 공급대가를 귀속자가 불분명한 사외유출 금액으로 보아 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (3)다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대 청구법인은「부가가치세법」제60조 제3항 각 호의 가산세 부과 여부를 판정함에 있어 이 건의 경우 실제 용역을 제공한 자와 쟁점세금계산서를 발급한 자의 명의만 다른 위장거래이므로「부가가치세법」제60조 제3항 제4호에 따른 2%의 가산세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 전술한 쟁점①에 대한 판단과 마찬가지로 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점매입처가 아닌 D으로부터 실제로 쟁점용역을 공급받았다고 보기에는 그 입증이 현저히 부족한 바, 처분청이 쟁점세금계산서를 청구법인이 쟁점매입처로부터 쟁점용역을 공급받지 아니하고 수취한 가공세금계산서로 보아「부가가치세법」제60조 제3항 제2호에 따른 3%의 가산세율을 적용한 처분 또한 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.