AAA는 쟁점거래 이후 피인수법인 주식을 계속 보유하며 사내이사 및 대표이사로 등재되어 쟁점거래 이전과 동일한 급여를 지급받아온 것으로 나타난데 반해, AAA가 피인수법인의 형식상 임원에 불과하다는 법적 근거 및 증빙 등이 미비한바, AAA가 쟁점거래가 속한 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 지배주주 등에 해당하여 쟁점세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO 개발, 제조 및 판매업을 영위하는 사업자로 2019.12.3. ㈜A(이하 “피인수법인”이라 한다)의 지배주주인 B 및 C(피인수법인의 대표이사이자 B의 배우자)과 기타주주로부터 피인수법인의 발행주식의 53.24%(OOO주, 거래금액 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 하고, 쟁점주식의 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 취득하였다. 나. 청구법인은 쟁점거래를 통하여 피인수법인의 주식 53.24%를 취득한데 대하여 「조세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 하고, 조세특례제한법 시행령을 “조특법 시행령”이라 한다) 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용받고자 2025.5.28. 아래 <표1>과 같이 처분청에 2019사업연도 및 2020사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 기존 지배주주 B는 지분양도 사업연도 종료일 현재 피인수법인의 기업집단 소속 계열회사의 임원으로서 지배주주등에 포함되어 쟁점세액공제의 요건을 충족하지 못한다고 보아 2025.6.25. 이를 거부하였다. <표1> 청구법인의 경정청구 내용 ○○○ 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 조특법상 쟁점세액공제 요건을 모두 충족하였으므로 쟁점주식 취득가액에 대하여 쟁점세액공제를 적용하는 것이 타당하다. (가) 조특법 제12조의4 제1항은 각 호의 요건을 충족하는 경우 취득 주식이 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도에 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있다. (나) 쟁점세액공제의 각 호의 요건은 아래 <표2>와 같고, 청구법인은 2019사업연도에 최초로 피인수법인에 대한 지분율이 기준지분율을 초과하면서, 조특법 제12조의4 제1항 각 호의 요건을 모두 충족하는 것으로 나타나는바, 기술가치 금액의 100분의 10에 대하여 세액공제를 하는 것이 타당하다. <표2> 조특법 제12조의4 제1항 쟁점세액공제 요건 충족 여부 검토 ○○○ (2) 실질과세원칙에 따라 기존 지배주주 B는 2019사업연도 종료일 현재 세법상 피인수법인의 지배주주에 해당하지 아니한다. (가) 내국법인이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주로부터 주식을 인수한 경우로서 지배주주 중 피인수법인의 임원이 지분양도 이후에도 피인수법인의 “세법상 임원”에 해당하는 경우, 인수법인의 특수관계인에 해당되어 조특법 제12조의4 제1항 제4호에 따라 쟁점세액공제 적용이 배제되는데, 이때, “세법상 임원”에 해당하는지 여부에 대하여 여러 예규 및 판례는 종사하는 직무의 실질에 따라 사실 판단하여야 하고, 이는 명목상의 직함이나 등기 여부에 관계없이 실제로 어떤 역할을 수행하고 있는지가 중요하다는 것을 의미한다. (나) 판례와 국세청의 유권해석에 의하면 「법인세법」상 임원은 「법인세법 시행령」에서 정한 직무에 종사하는 자로, 임원에 해당하는지는 여부는 실제 종사하는 직무의 실질에 따라 판단해야 한다고 답변하였고, 등기임원에 해당한다해도 종사하는 직무의 실질이 임원직무가 아닌 경우 세법상 임원에 해당되지 않는 것이라고 해석한바 있다(서면-2017-법인-1272, 2017.10.20., 서울고등법원 2013.4.25. 선고 2012누34558 판결 등). (다) B는 쟁점거래 이후에도 임원의 직위를 유지하였으나, 이는 원만한 기술이전을 지원하고자 2020년까지 고문으로 명목상 임원의 직위를 유지한 것이고, 피인수법인의 조직도를 보면 B의 직무는 마케팅본부장으로 회사의 운영 관련 자문역을 수행한 것에 불과하여 B 직무의 실질이 세법상 임원의 직무에 해당하지 아니함을 알수 있다. (라) 또한 피인수법인은 B에게 다른 임원에게 제공하였던 통신비 지원 등의 임원 복리후생 규정을 적용하지 아니하였고, B는 2020년에 진행된 신규 OOO 개발 건 등 회사의 가장 중요한 신규프로젝트 진행과 관련한 이사회에도 참석하지 아니하였는데, 이는 B가 대표이사로서의 업무집행 및 의사결정 권한이 없었기 때문이다. (마) 한편 쟁점세액공제는 인수법인이 50%를 초과하여 지분을 인수할 것을 요건으로 하면서도, 인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 경영권을 실질적으로 지배하는 경우에는 지분율이 30%를 초과하는 경우에도 세액공제 적용이 가능하도록 하여 실질적인 경영권 획득을 세액공제 적용의 중요한 요소로 규정하고 있고, 청구법인은 지분인수 직후 피인수법인의 대표자를 C에서 D으로 변경하였으며, 기존 대표이사는 C은 즉시 사임하였고, 청구법인이 피인수법인을 인수한 직후 실질 경영진은 모두 교체되어 청구법인이 피인수법인에 대한 실질적인 경영권을 확보하였다. (바) 또한 청구법인은 OOO을 통해 2018년도에 이미 OOO업계에서 매출 OOO를 기록하는 등 영어 콘텐츠 및 AI 학습관련 사업에 대한 경영 노하우가 존재하는 상황이어서 피인수법인의 기술 등 취득을 위해 쟁점주식을 인수하였을 뿐, 피인수법인의 창업자를 주요 임원으로 두어 경영을 일임할 필요성이 전혀 없었다. (사) 피인수법인의 창업자인 B와 기존 대표이사인 C은 지분 양도와 함께 피인수법인 경영에서 물러나면서 각각 성과급과 퇴직위로금을 수령하였고, B는 일정기간 피인수법인의 자문역으로 근무하기로 하여 성과급 명목으로 금전을 지급하였으나 이는 그간의 경영성과와 임원에서 제외됨에 따른 위로금 성격으로, B가 외관상 임원의 직위에서 해제된 2020년도 말에도 별도의 퇴직위로금을 지급한바 없는데, 이는 지분 양도와 함께 B는 실질적으로 임원의 직무에서 제외되었음을 의미한다. (아) B는 기존 정해진 임원 임기 3년(2018년 3월∼2021년 3월)을 채우지 못하고 2020년 12월 말 퇴직하였고, 다음 해 C 및 피인수법인의 기술개발임원이었던 F 등과 함께 OOO 기업인 ㈜G를 창업하였으며, B가 지분양도 직후 새로운 창업을 기획하였음이 다수의 언론기사에서 확인되므로 B가 지분 양도 이후에는 피인수법인에서 임원의 직무를 실질적으로 수행하지 않았음을 알수 있다. (3) 쟁점세액공제를 규정한 조특법령의 입법취지를 고려하여 B가 형식상 임원일지라도 쟁점세액공제를 배제하여서는 아니된다. (가) 쟁점세액공제는 벤처창업자 등이 투자자금을 원활히 회수할 수 있도록 지원하고 신기술의 확산을 장려하기 위해 도입된 제도인바, 「법인세법」의 지배주주 등의 범위를 준용 하고 있는 피인수법인의 지배주주 등의 범위(조특법 시행령 제11조의4 제7항)를 해석함에 있어 이러한 입법취지를 고려하여 합목적적으로 해석하여야 하고, 조특법 시행령 제11조의4 제7항의 '지배주주등'을 단순히 문언해석에 따라 법인세법 시행령 제43조 제3항을 그대로 적용하여 ‘지배주주등’의 범위에 피인수법인의 임원이 포함된다고 해석한다면, 벤처기업의 창업자 등이 주식을 전부 양도하고 신기술의 원활한 이전 등을 지원하기 위해 피인수법인의 임원으로 재직하는 경우에도 단지 피인수법인의 종업원이 아닌 임원의 지위에 있다는 이유만으로 세액공제 적용을 배제하게 되어 벤처기업의 창업자 등의 투자자금의 원활한 회수 및 신기술의 효과적 이전이라는 입법목적이 충분히 달성됨에도 세제 혜택을 받지 못하는 불합리가 발생하게 된다. (나) 기획재정부 2016년 세법개정 시 기술혁신형 중소기업의 창업자가 인수기업의 주주로 남아 기술이전을 지원하려는 취지로 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제의 요건으로서 피인수법인의 주주에 대한 주식배정을 금지하던 것을 허용하는 것으로 개정하였고, 2016.7.28. 2016년 세법개정안 보도자료를 보면 기술이전의 원활한 진행을 위해 피인수법인의 창업자가 피인수법인에서 계속 근무하는 것을 장려함에 그 목적이 있음을 알 수 있으며, 만약 창업자가 피인수법인의 임원으로 근무한다는 이유로 세액공제를 배제한다면 이는 창업자의 원활한 기술이전이라는 개정취지에도 부합하지 아니한다. <표3> 기획재정부 2016.7.28. 2016 세법개정안 문답자료(24쪽 발췌) ○○○ (다) 아울러 창업자가 피인수기업에 남아 기술이전을 지원하고자 할 때, 피인수법인의 지배주주 등의 범위에 피인수법인의 임원이 포함된다는 해석은 창업자 등이 피인수기업의 임원이 아닌 종업원의 지위에 있어야만 세액공제를 적용받을 수 있다는 결과가 되는데, 쟁점세액공제에 대한 현행 법령해석상 요건을 보면 기존법인 지배주주가 기준충족 사업연도의 종료일에 인수법인 또는 피인수법인의 임원에 해당하지 않도록 하고 있으나, 청구법인의 경우 연말인 12월에 임박하여 지분양도 거래가 발생하였고, 쟁점세액공제의 요건을 충족하기 위해서는 창업자인 B를 지분을 인수한 해당 월에 즉시 해고해야 하는 상황이 되며, 그간 창업자인 B의 피인수기업 내에서의 지위와 기여도 등을 고려할 때 피인수기업의 종업원으로 근무한다는 것은 현실적이지 않고, ‘신기술 확산의 장려’라는 입법취지를 고려할 때 해당 요건을 엄격히 적용하는 것은 비합리적인 제약이라 할 것이다. (라) 최근 유권해석을 보면 피인수법인의 대표이사가 피인수법인의 주식을 양도한 이후에도 계속 피인수법인의 임원으로 재직하여 인수법인의 특수관계인에 해당하더라도 해당 임원은 지배주주 등에 해당하지 않는다고 회신하여 쟁점세액공제 제도의 입법취지와 개정추이를 고려하여 세액공제 적용여부를 합리적으로 해석(서면-2017-법령해석법인-3366, 2018.7.11.)하였는바, 피인수법인의 지배주주 등의 범위에서 준용하고 있는 「법인세법 시행령」 제43조 제3항을 해석함에 있어 특수관계인의 범위에 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 따른 기업집단에 속하는 법인의 계열회사 임원은 제외하는 것으로 해석함이 쟁점세액공제 제도의 취지에 부합한다할 것이다. (4) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다. (가) B는 피인수법인의 경영권 인수가 연도말에 근접한 12월에 이루어졌고, 아래 <표4>와 같이 B의 주식양도에 대한 잔금은 2020년 1월 지급하여 임원의 명목상 지위를 연도말까지 유지하였으며, 지분인수 직후 피인수법인의 대표이사는 D으로 교체되면서 B가 2020.3.5.부터 2020.12.31.까지 대표이사로 등재되어 있었으나, 해당기간 동안 B와 D은 각자 대표로, 각자 대표인 경우 「상법」 제389조에 따라 대표 1인이 회사를 대표할 수 있어 B가 등기부등본에 대표이사로 등재되었던 것으로, 이를 근거로 B가 피인수법인의 임원의 직무에 종사하였다고 보아서는 아니된다 할 것이다. <표4> B, C의 위로금 등 수령내역 ○○○ (나) 「법인세법」상 실질임원에 대한 조세심판원의 선결정례를 보면 아래 <표5>와 같이 임원의 직책을 부여받았더라도 통상의 임원들이 받는 수준보다 적은 금액을 지급받으면서 실제 회사 내부에서 업무집행권이나 의사결정권이 없을 경우 임원이 아니라고 보았고, B는 아래 <표6>과 같이 2020년 개최된 주요 이사회에 참석하지 아니하였는바, 실질적인 임원에 해당하지 아니하므로, 실질과세 원칙에 따라 B는 지분양도 이후에는 피인수법인의 “세법상 임원”에 해당된다고 볼 수 없고, 2019 사업연도 종료일 현재 B와 청구법인 간에는 「법인세법 시행령」 제2조 제8항 제7호에 따른 특수관계가 성립되지 않으므로 청구법인은 쟁점세액공제 요건을 충족하였는바, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 타당하지 아니하다. <표5> 「법인세법」상 실질 임원 관련 조세심판원 선결정례 ○○○ <표6> 피인수법인의 2020년 주요 이사회 개최 현황 ○○○ 나. 처분청 의견 (1) B는 주식인수일인 2019.12.3.부터 그 사업연도 종료일인 2019.12.31. 현재 피인수법인의 지배주주등으로 청구법인의 기업집단 소속 계열회사 임원에 해당하여 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호의 청구법인의 특수관계인에 해당한다. (가) 쟁점세액공제를 규정한 조특법 제12조의4 및 같은법 시행령 제11조의4 제7항은 지배주주등의 범위에 관하여「법인세법 시행령」제43조 제3항 및 제7항을 준용하도록 하고 있는데, 동 규정에 의하면 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주를 말하고, 특수관계인은 해당 주주와 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 각 호에 해당하는 관계에 있는 자로 규정하고 있다. (나) 피인수법인의 지분 내역을 보면, 2019.12.3. 쟁점거래 전 피인수법인의 지배주주는 36.2% 지분을 보유한 B와 3.3%를 보유한 C이었으나, 쟁점거래 이후 청구법인은 피인수법인의 지분 53.24%를 보유하고 있어 출자지분이 가장 많고, B는 2019.12.3. 자기 보유주식의 일부만 매도한 결과 2019사업연도말 현재 9.01%의 주식을 보유하고 있었으며, 2020사업연도에서 2022사업연도까지 5.98%의 지분을 보유한 것으로 확인된다. (다) 또한, 피인수법인의 법인등기부등본을 보면 B는 2008.9.29.에서 2009.11.5.까지 피인수법인의 대표이사로, 2011.7.2.부터 2020.12.31.까지는 피인수법인의 사내이사로, 2020.3.5.부터 2020.12.31.까지 피인수법인의 대표이사로 등재되어 있어 청구법인의 기업집단 소속 계열회사 임원에 해당하여 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호의 청구법인의 특수관계인에 해당한다. 따라서, B는 주식인수일인 2019.12.3.부터 그 사업연도 종료일인 2019.12.31. 현재 피인수법인의 지배주주가 된 청구법인과 함께 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 것으로 판단된다. (2) B는 세법상 임원에 해당하고, 청구법인은 지배주주등에 관한 쟁점세액공제 요건을 충족하지 못하였으므로 이 건 처분은 타당하다. (가) 청구법인은 「법인세법」상 임원은 실제 종사하는 직무의 실질에 따라 임원에 해당하는지 여부를 판단해야 하고, B는 2020년까지 피인수법인의 고문으로서의 역할만 했기때문에 세법상 임원에 해당하지 않는다고 주장하나, B는 피인수법인을 창업하여 OOO인 “H”를 히트시키며 피인수법인을 성장시킨 자로, 법인등기부등본에서 확인되는 바와 같이 피인수법인에서 2011.7.2.부터 2020.12.31.까지 등기된 사내이사로서 활동하였으며, 2019.12.3. 쟁점거래 이전에는 부사장으로, 이후에는 마케팅본부장의 직위로 근무하면서 청구법인의 원활한 사업운영 및 기술지원을 위해 고문 역할을 수행하였는바, B는 단순히 법인등기부등본에 기재된 명목상의 등기 이사가 아니므로 임원의 직무를 실질적으로 수행하지 않았다는 청구법인의 주장은 받아들이기가 어렵다. (나) 청구법인은 쟁점세액공제가 벤처창업자 등이 투자자금을 원활히 회수할 수 있도록 지원하고 신기술 확산을 장려하기 위해 도입된 제도이므로 피인수법인의 지배주주등의 범위를 해석할 때 이러한 입법취지를 고려하여 합목적적으로 해석해야 한다고 주장하나, 쟁점세액공제가 신설된 이후 현재까지 몇 번의 개정이 있어 왔지만 ‘대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자가 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것’의 요건은 세액공제를 위한 기본 요건으로 현재까지 적용되고 있고, 최근 기업인수 활성화를 위해 쟁점세액공제 항목 중 “주식등의 최초 취득일 기준 피인수법인의 지배주주등이 기준 충족 사업연도 종료일 이후에 피인수법인의 임원으로 계속 근무하더라도 지분비율이 20% 미만인 경우에는 세액공제 요건을 충족”하는 것으로 개정(2025.2.28. 신고분부터 적용)이 되었는데, 이는 입법취지에 맞게 지배주주 요건을 완화한 것으로, 지배주주 요건 자체는 삭제되지 않고 여전히 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 요건으로 적용되고 있음을 알 수 있다. (다) 기획재정부의 질의회신 및 국세청의 유권해석, 조세심판원의 선결정례를 보면, 기존 피인수법인의 주주가 주식 양도 이후에도 피인수법인의 주식을 소유하고 피인수법인의 임원으로 재직하여 인수법인의 특수관계인에 해당하면 지배주주등에 해당하는 것으로 일관되게 판단하고 있는바, 청구법인이 쟁점세액공제 요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 “인수법인”이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 “피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것 2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것 가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130 나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다) 4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것 5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것 ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우 2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우 3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다. 가. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우 나. 「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우 다. 제13조 제1항 제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다) ③ 제1항 제5호 및 제2항 제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다. ④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다. ② 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다. 1. 취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업 ③ 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 「법인세법 시행령」 제2조 제5항에 따른 특수관계인을 말한다. ④ 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술가치 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다. 1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다. 2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액 가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액 나. 취득일 현재의 지분비율 ⑤ 법 제12조의4 제1항 제3호와 이 영 제4항 제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다. ⑥ 법 제12조의4 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자” 및 같은 조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등”이란 각각 피인수법인의 「법인세법 시행령」 제43조 제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다. 1. 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척 2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 ⑦ 법 제12조의4 제1항 제4호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조 제3항 및 제7항을 준용한다. ⑧ 법 제12조의4 제1항 제5호 및 같은 조 제2항 제2호에 따른 피인수법인의 사업의 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2 제7항을 준용한다. ⑨ 법 제12조의4 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4 제2항 제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다. ⑩ 법 제12조의4 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 같은 조 제1항에 따른 공제세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 1. 공제받은 사업연도 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 종료일까지의 기간 2. 1일 10만분의 25 ⑪ 법 제12조의4 제3항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 피인수법인이 파산하거나 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 보유한 자산을 처분한 경우를 말한다. ⑫ 법 제12조의4 제1항에 따라 세액공제를 받으려는 내국법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 법인세법 시행령 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다) 2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다) 나. 법 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자 4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 제43조(상여금 등의 손금불산입) ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다. (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 2. "기업집단"이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다. 가. 동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나이상의 회사의 집단 나. 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2이상의 회사의 집단 (5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조(기업집단의 범위) 법 제2조 제2호 각 목 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다. 1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(「상법」 제344조의3 제1항에 따른 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2, 제17조의5, 제17조의8 및 제18조에서 같다) 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사 다. 사실관계 및 판단 (1) 피인수법인의 현황 및 주주 지분변동 현황, 처분청의 거부처분 내용은 다음과 같다. (가) 피인수법인은 OOO 제작 및 서비스업을 영위하는 사업자로, 2018.7.29. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 벤처기업으로 인증(OOO)받았으며, 순자산가액은 OOO원이고, 청구법인은 2019.12.3. 피인수법인의 주식 OOO주(53.24%)를 OOO원에 양수하였으며, 2024.3.29. 상호룰 ㈜I으로 변경하였다. (나) 주식양수도계약 변경계약서에 의하면 양수인은 청구법인, 양도인은 B와 C이고, 피인수법인의 경영권을 양수인에게 양도하는 거래(2019.11.15. 기존 계약체결)에 대한 변경계약으로 B에 대하여 잔금 OOO원은 2020.1.7. 지급하고 나머지 대금은 2019.12.3. 또는 당사자들이 별도 합의하는 날 지급하기로 하였으며, 아래 <표7>과 같이 계약체결일 현재 피인수법인의 이사 및 감사가 모두 사임하고, 양수인이 지정하는 자를 회사의 (대표)이사 및 감사로 선임하는 회사의 주주총회 또는 이사회 결의가 이루어지도록 계약한 것으로 나타난다. <표7> 청구법인과 BㆍC과의 주식양수도계약서(일부발췌) ○○○ <표8> 쟁점거래 전ㆍ후 피인수법인의 주요 주주별 지분율 ○○○ (다) 기존 지배주주(B, C)의 연도별 피인수법인 지분 보유비율은 아래 <표9>와 같고, 피인수법인의 법인등기부등본을 보면 D은 2019.12.3. 피인수법인의 대표이사로 등기되었고, 쟁점거래시 사내이사였던 B는 2020.3.5. 대표이사로 등기되었으며, 2020.12.31. 사임한 것으로 나타난다. <표9> 기존 지배주주의 연도별 피인수법인 보유 지분율 ○○○ (라) 청구법인은 쟁점거래가 쟁점세액공제 대상에 해당한다고 보아 2019사업연도 및 2020사업연도 법인세 OOO원의 환급(법인세 환급세액 OOO원에서 농어촌특별세 감액 후 세액)을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 거부하였다. (마) 쟁점세액공제 요건 중 조특법 제12조의4 제1항 제4호 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것” 외 다른 요건 충족 사실에 관하여는 양측의 다툼이 없다. (2) 기존 지배주주 B가 세법상 임원에 해당하지 않는다며 청구법인이 제시한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 B가 피인수법인의 임원으로서 업무집행 및 의사결정 권한이 없었다는 증빙으로 위 <표6>의 주요 이사회의 의사록을 제출하였고, 제출한 4건의 의사록 모두 총 이사수 6명 중 출석이사 수는 4명이며, 출석이사에 B는 기재되어 있지 아니하나, 쟁점세액공제 요건 중 조특법 제12조의4 제1항 제4호인 2020년 이전(쟁점주식을 양도한 날인 2019.12.3.부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일인 2019.12.31.까지)의 의사록이나 의사결정권한이 없었다는 증빙자료는 제출하지 아니하였다. (나) B는 쟁점거래(2019.12.3.) 이후 원만한 기술이전을 지원하고자 명목상 임원의 직위를 유지하였다는 증빙으로 피인수법인의 조직도를 제시하였고, 쟁점거래 전 조직도에 B는 부사장이었다가, 쟁점거래 후 조직도에는 B가 마케팅본부장(자문)이라고 기재되어 있으나, 쟁점주식 양도일인 2019.12.3.부터 양도일이 속하는 사업연도의 종료일인 2019.12.31. 사이에 작성된 조직도인지는 확인되지 아니한다. <표10> 피인수법인의 조직도(일부발췌) ○○○ (다) 청구법인은 B를 주요 임원으로 두어 피인수법인의 경영을 일임할 필요성이 존재하지 않았다는 근거로 아래 <표11>의 당시 피인수법인 인수관련 기사를 제시하였다. <표11> 피인수법인 인수당시(2019.12.5.) 기사 ○○○ (라) B는 C 및 피인수법인의 기술개발임원 F 등과 함께 ㈜G를 창업하였고, 기업정보에 의하면 ㈜G는 2021년 7월 설립된 응용소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하는 중소기업으로 대표이사는 B로 나타난다. (마) 청구법인은 경영권 확보를 위한 지분 50%를 인수한 것으로 소액주주의 지분부터 인수하였기 때문에 B의 지분 모두 인수할 필요성이 없었다고 답변하였고, B는 피인수법인 퇴직 전까지 쟁점거래 이전과 동일한 급여(월 OOO원)를 지급받은 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 B의 피인수법인의 대표이사 취임과 관련하여 이사회 의사록을 제출하였고, 의사록에 의하면 아래 <표12>와 같이 B는 청구법인의 영업형편상 회사를 대표이사의 수를 더 늘릴 필요가 있다고 설명하고 대표이사로 선임하였다고 기재되어 있으며, B의 업무범위와 관련한 운영합의서 등 자료는 제출하지 아니하였다. <표12> 2020.3.5. B 대표이사 선임의 건 이사회 의사록 ○○○ (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 피인수법인의 지배주주 B가 피인수법인 지분을 양도한 이후 경영에 관여하지 않아 형식상 임원에 불과하고, 실질과세의 원칙에 따르면 세법상 임원에 해당되지 않아 B와 청구법인간 법인세법령상 특수관계가 성립되지 않으므로 쟁점주식의 취득은 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 제12조의4 제1항 각 호는 쟁점세액공제의 요건을 규정하고 있고, 그 중 제4호는 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것으로 규정하고 있으며, 조특법 시행령 제11조의4 제7항 및「법인세법 시행령」제43조 제3항 및 제7항은 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주를 말하고, 특수관계인은 해당 주주와 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 각 호에 해당하는 관계에 있는 자로 규정하고 있다. 피인수법인의 법인등기부등본에 의하면 창업자이자 지배주주인 B는 쟁점주식 양도일(2019.12.3.)부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일(2019.12.31.) 현재 법인등기부등본상 사내이사로 등재되어 있었고, 청구법인이 제시한 쟁점거래 이후 피인수법인의 조직도에 의하면, B는 마케팅본부장의 직위를 가지고 있었던 것으로 보이는바, B는 청구법인의 기업집단 소속 계열회사 임원으로 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제7호의 청구법인의 특수관계인에 해당하여 청구법인은 쟁점세액공제의 요건 중 조특법 제12조의4 제1항 제4호를 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 위 <표9>를 보면 B는 쟁점거래 이후 2021년까지 피인수법인의 주식의 지분을 계속 보유하면서 2020.3.5.∼2020.12.31. 기간 동안 피인수법인의 대표이사로 등재되어 있었고, 2020.3.5.자 이사회 의사록을 보면 B는 청구법인의 영업형편상 회사를 대표이사의 수를 더 늘릴 필요가 있어 대표이사로 선임된 것으로 보이며, 쟁점거래 이후에도 퇴직시까지 쟁점거래 이전과 동일한 급여를 지급받아온 것으로 나타나는 점, 쟁점주식을 양도한 날인 2019.12.3.부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일인 2019.12.31.까지 B가 피인수법인의 이사회에 참여하지 아니하고 실질적 임원으로 역할을 하지 않았다는 증빙자료는 전무하여 B가 형식상 임원에 불과하다고 보기 어렵고, 쟁점세액공제 요건 중 조특법 제12조의4 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제11조의4 제3항, 「법인세법 시행령」제2조 제5항 제1호 및 제40조 제1항에서 정한 ‘임원’은 문언상 대표이사 및 이사회 구성원 등을 포함하는 것으로, 청구인이 대표이사로 등재되었고 「상법」상 이사회에 참여할 권한과 의무가 있으므로 특별한 사정이 없는 이상 ‘실질적인 임원’이 아니라는 이유로 위 규정상의 임원이 아니라고 볼 법적 근거가 미비한 점(청구법인이 제시한 선결정례 등은 이 건과 쟁점 및 사실관계가 달라 이 건에 직접 적용하기에는 적절하지 않다) 등에 비추어 처분청이 B가 쟁점주식 양도일(2019.12.3.)부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일(2019.12.31.) 현재 피인수법인의 기업집단 소속 계열회사의 임원으로서 지배주주등에 포함되어 청구법인이 쟁점세액공제의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.