피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 모회사인 청구법인이 완전자회사를 흡수합병함에 있어 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 아니한 것은 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않고, 청구법인이 합병으로 쟁점피합병법인의 순자산가액 Δ0.0억원을 승계받았음에도 쟁점포합주식가액을 손금산입하는 것은 이중공제의 효과가 있어 청구주장은 받아들이기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2006.8.16. 설립된 후, 풍력발전설비의 제조 및 기술개발업을 영위하고 있는 한국거래소 주권상장법인으로, 2015년 4월경 풍력발전설비 관련 부품의 제조 및 유통을 위하여 OOO원을 출자(총 발행주식수 1,000만주, 1주당 액면가 OOO원, 지분 100%, 이하 “쟁점포합주식”이라 한다)하여 a㈜(이하 “피합병법인”이라 한다)를 설립하였고, 이때 쟁점포합주식을 장부상 투자주식으로 계상하였다. 나. 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 피합병법인이 영업손실 등으로 자본잠식됨에 따라 쟁점포합주식의 시가를 ‘OOO원’으로 평가하고 전액 손상차손으로 인식한 후 이를 손금불산입(유보)하는 세무조정을 하였다. 다. 청구법인은 2017년 10월경 ‘사업통합을 통한 경쟁력 제고와 경영효율성 극대화’를 위하여 피합병법인을 무증자 흡수합병(합병비율 1:0, 이하 “쟁점무증자합병”이라 한다)하면서 쟁점무증자합병을「법인세법」제44조 제3항의 적격합병으로 보아 쟁점포합주식에 대한 신주를 교부하지 않았고, 2017사업연도 법인세 신고 시 2016사업연도에 인식한 쟁점포합주식의 손상차손에 대한 유보잔액 OOO원을 추인하여 손금산입하고 이를 신주발행 후 소각한 것으로 보아, 동 금액을 손금불산입하는 세무조정(아래 참조)을 하였다. <2017.12.31.현재 세무조정> (단위 : 억원) 라. 이후, 청구법인은 완전모ㆍ자회사 간 무증자 합병에 따라 모회사가 보유한 자회사의 포합주식을 소멸하는 경우 그 주식의 취득가액은 손금산입이 가능하다는 재정경제부(구 기획재정부, 이하 “재정경제부”라 한다) 예규(법인세제과-344. 2022.8.29.) 및 국세청 예규(사전-2021 -법규법인-1653, 2022.9.6.) 등에 따라 2023.3.31. 쟁점무증자합병은 자본거래가 아닌 주식의 처분인 손익거래로 보아 세무상 장부가액 OOO원을 손금산입하여 2017사업연도 및 2019사업연도 법인세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였다. 마. 처분청은 청구법인이 경정청구한 내용을 검토한 결과, 다수의 대법원 판례(대법원 2014.7.24. 선고 2012두64247 판결 등) 등에 따라 이 건 쟁점무증자합병은 쟁점포합주식에 대한 신주를 교부한 후 자기주식으로 소각한 경우와 경제적 실질이 동일하므로 그 소각으로 인한 손실(감자차손)은 자본거래에 따른 것으로 손금산입 대상이 아니라고 보아, 2023.5.25. 위 경정청구를 거부하였다. 바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 쟁점무증자합병 시 합병 전에 보유하던 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부하지 아니한 것은 합병신주를 교부한 후 소각한 것으로 의제될 수 없으므로, 이를 자본거래가 아닌 손익거래로 보아, 쟁점포합주식의 장부가액 OOO원을 전액 손금산입하여야 한다. (1) 쟁점무증자합병은 합병신주를 교부한 후 소각한 것으로 의제될 수 없다. (가) 헌법 제38조와 제59조에 의하여 채택하고 있는 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정되어야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석ㆍ적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건과 부과징수절차에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다 할 것이다(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 등). (나) 조세형평주의 원칙은 조세법률주의 원칙과 대척점에 위치하는 것이 아닌 조세법률주의 원칙의 테두리 안에서 적용되어야 하는 법해석 및 적용의 대원칙이다. 따라서, 조세형평주의 원칙의 핵심 중 하나인 실질과세원칙은 제한적인 상황에서만 예외적으로 이루어져야 할 것이고, 이는 사적자치의 원칙과도 궤(軌)를 같이 한다. 한편, 대법원은 사적자치의 원칙에도 실질과세원칙을 적용하여 거래를 재구성할 수 있는 경우를 ‘조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우’로 판시(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결)하고 있는바, 이는 조세회피의 목적이 아니라면 하지 않았을 정도의 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우로 해석하는 것이 통설이다. 위와 같은 맥락에서 어떤 거래를 가정적ㆍ의제적으로 사후 재구성하는 것은 실질과세의 범위를 넘어서는 것이며, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청에서도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결). (다) 재정경제부는 무증자 합병하여 피합병법인의 주식이 모두 소멸되는 경우 그 주식의 취득가액은 손금에 산입하는 것임을 분명하게 밝히고 있고(법인세제과-344, 2022.8.29.), 국세청도 피합병법인 주주의 보유주식은 주주의 권리가 소멸된 사업연도에 손금산입이 가능한 것으로 해석(사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6. 등)하고 있다. (라) 따라서, 이 건 쟁점무증자합병 시 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부하지 않은 것에 대하여 합병신주 교부 후 소각하였다고 간주하는 것은 달리 명문하고 있지 아니하는 한 조세법률주의 원칙에 정면으로 위배되고, 이 건 쟁점무증자합병은 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 경제적 합리성이 인정되는바, 실질과세원칙을 적용하여 쟁점무증자합병에 대하여 합병신주 교부 후 감자한 것으로 재구성할 수 없으므로 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (2) 이 건 쟁점무증자합병은 사업양수도 거래와의 과세형평성을 고려하여 결정되어야 한다. 청구법인은 피합병법인을 쟁점무증자합병함에 따라 피합병법인이 소멸되고, 그의 사업을 승계한 것인바, 이는 피합병법인이 청구법인에게 사업부 전체를 무상으로 양도한 후 폐업한 것과 동일한 결과를 가져오는 거래임에도 쟁점포합주식의 세무상 장부가액을 손금산입할 수 없다면, 이는 과세형평성 원칙에 부합하지 않는다. 나. 처분청 의견 청구법인은 완전자회사인 피합병법인을 무증자방식으로 흡수합병(쟁점무증자합병)을 하면서 합병신주를 교부하지 않고 쟁점포합주식을 전부 소각하였는바, 이는 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부한 후 해당 신주를 전부 소각한 경우와 그 경제적 실질이 동일하여 자본환급의 성격인 자본거래에 해당하므로, 이 건 처분은 적법ㆍ정당하다. (1) 대법원은 완전모회사인 합병법인이 합병 전에 완전자회사인 피합병법인의 주식을 보유하다가 합병하면서 해당 주식을 전부 소각하는 경우에 그 소각으로 인한 손실은 합병차손익에 해당하고, 이는 자본거래에 따른 것으로 손금산입 대상에 해당하지 않는다고 판시(대법원 2014.7.24. 선고 2012두6247 판결)하고 있다. (2) 청구법인은 무증자 합병으로 인한 포합주식의 소멸이 주식의 처분에 해당하는 손익거래로 보아야 한다고 주장하며 제시한 재정경제부 및 국세청 예규(법인세제과-344, 사전-2021-법규법인-1653)는 완전자회사 간(자회사 A가 자회사 B를 합병) 무증자 합병 시 모회사가 보유하던 피합병법인(자회사 B)의 주식에 대해 합병에 대한 대가를 받지 못하고 전부 소멸되는 경우 해당 주식의 취득가액을 손금산입할 수 있다고 해석한 것으로 이 건과 사실관계가 다르다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 완전 모ㆍ자회사 간 무증자 합병 시 모회사가 합병 전에 투자ㆍ보유하던 자회사의 쟁점포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않고 소각한 경우, 쟁점포합주식의 취득가액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다. (2) 법인세법 제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 “주주등”이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다. 5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액 6. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주인 내국법인이 취득하는 분할대가가 그 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등에 의하여 감소된 주식만 해당한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액 ② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 합병대가 : 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액 2. 분할대가 : 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(분할등기일 현재 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액 2. 주식할인발행차금 :「상법」제417조에 따라 액면미달의 가액으로 신주를 발행하는 경우 그 미달하는 금액과 신주발행비의 합계액 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다. 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다. 4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것 ③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우 2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 (3) 법인세법 시행령 (가) 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정되기 전의 것 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액 나. 그 밖의 경우 ： 해당 자산의 시가 5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액 ⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다. 1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액 2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액 3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액 제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액 2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액 가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 “합병교부주식등”이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 “합병포합(抱合)주식등”이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다. 나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와「지방세법」제88조 제2항에 따른 법인지방소득세의 합계액 제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다. 1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정 : 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다. 2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정 : 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다. (나) 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 것 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액 ⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다. 1의3. 법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 피합병법인 합병계약서 및 주요사항보고서(회사합병결정) 등에 따르면, 청구법인은 2017년 10월경 청구법인이 100% 지분을 보유하고 있는 피합병법인을 쟁점무증자합병한 것으로 나타난다. (나) 피합병법인 감사보고서 등에 따르면, 피합병법인은 2016사업연도말 현재 순자산가액이 OOO원인 것으로 나타나고, 청구법인은 쟁점무증자합병 시 이를 승계받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2017사업연도 법인세 세무조정계산서에 따르면, 청구법인은 2017사업연도 쟁점무증자합병에 따라 쟁점포합주식 손상차손 유보잔액 OOO원을 추인하여 손금산입하고, 합병신주를 발행하자마자 소각(감자)한 것으로 보아, 손금불산입하는 세무조정을 한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 자본잠식상태인 피합병법인과의 쟁점무증자합병으로 인하여 투자자산인 쟁점포합주식의 취득가액만큼 순자산이 감소하였으므로 대체되는 자산 없이 소멸된 동 가액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 합병으로 인하여 자기주식을 취득하여 처분하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성격을 갖는 자본거래로 봄이 상당하고, 이 건과 같이 피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 모회사인 청구법인이 완전자회사인 피합병법인을 흡수합병함에 있어 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 아니한 것은 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않는 점(서울행정법원 2025.11.13. 선고 2024구합72360 판결, 같은 뜻임), 피합병법인 감사보고서 등에 따르면, 피합병법인은 2016사업연도말 현재 순자산가액이 OOO원이고, 청구법인은 쟁점무증자합병 시 이를 승계받은 것으로 나타나는바, 쟁점포합주식의 장부상 취득가액 OOO원을 손금산입하는 것은 사실상 이중공제의 부당한 효과가 있어 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.