금융감독원장의 회계감리 결과, 청구법인이 쟁점거래①매출처와 쟁점거래②매입처에 금전을 대여하고, 허위의 진단시약 납품거래를 발생시켜 매출과 매출원가를 과대계상한 것으로 나타나고, 과징금부과처분 취소소송 결과, 법원은 쟁점거래가 매출내역을 만들기 위해 형식적으로 이루어진 가공의 것임을 인정된다고 판시한 점

이유 1.처분개요 가.청구법인은 OOO를 목적으로 OOO㈜A이라는 상호로 설립, OOO 상호를 ㈜A에서 ㈜B으로 변경하고, 2019.11.7. OOO로 이전하여 계속 사업 중인 업체이다. 나.청구법인은 2017년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 C㈜와 ㈜D(이하 “쟁점거래①매입처”라고 한다)로부터 OOO 등 품목의 공급가액 합계 OOO원(각 OOO원과 OOO원)의 매입세금계산서를 수취하여 E(이하 “쟁점거래①매출처”라고 한다)에 OOO 등 품목의 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였고(이하 “쟁점거래①”이라 한다), 2017년 제2기∼2018년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 F㈜(이하 “쟁점거래②매입처”라고 하고, 쟁점거래①매입처와 함께 이하 “쟁점거래매입처”라고 한다)로부터 OOO 품목의 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수취하여 G(이하 “쟁점거래②매출처”라고 하고 하고, 쟁점거래①매출처와 함께 이하 “쟁점거래매출처”라고 한다)에 OOO 품목의 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였다(이하 “쟁점거래②”라고 하고, 쟁점거래①과 함께 이하 “쟁점거래”라고 한다). <표1>쟁점거래 관련세금계산서 및 회계처리 흐름 ○○○ <표2>쟁점거래 관련 세금계산서 수수 내역 ○○○ 다.H은 청구법인을 대상으로 회계감리를 실시하여 청구법인이 쟁점거래①매출처와 쟁점거래②매입처에 금전을 대여하고 원리금 상환 및 회계처리 방식 등을 합의한 후 2018년～2021년 동안 허위의 OOO 납품 거래를 발생시켜 매출 및 매출원가를 과대계상하고 원리금 회수를 대출채권 회수로 회계처리한 사실을 확인한 다음 I 예하 J 위원장에게 이와 같은 내용을 통보하였으며, 이에, J 위원장은 2023.5.17.「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」및「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」을 위반하였다는 이유로 청구법인에게 과징금 OOO원을 부과하였다. 라.청구법인은 위 과징금 처분에 불복하여 2023.8.25. 과징금부과처분 취소소송(OOO)을 제기하였으나 2024.8.13. 기각, 2024.9.6. OOO고등법원에 항소(OOO) 하였으나 2025.6.19. 기각, 2025.7.29. 대법원에 상소(OOO)하였으나 2025.10.16. 심리불속행 기각되었다. 마.OOO지방국세청장은 H으로부터 2023.7.20. 통보받은 회계감리 자료를 검토하여 2024.4.4. 처분청에게 쟁점거래와 관련한 가공세금계산서 수취 및 발급 혐의에 대하여 세무조사를 실시할 것을 지시하였다. 바.처분청은 2025.1.21.부터 2025.5.9.까지 청구법인의 2017년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 과세기간에 대하여 부가가치세 세무조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 쟁점거래매입처로부터 수취한 매입세금계산서와 쟁점거래매출처에 발급한 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)를 가공세금계산서로 확정하고 2025.6.5. 2017년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 사. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 이의신청을 거쳐 2025.12.19. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1)청구법인은 2017년 하반기경 자체개발 중이던 OOO 등을 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매출처에 납품하려고 시도하는 과정에서 각 매출처가 청구법인에 자금대여를 요청하자 쟁점거래①매출처에 OOO원, 쟁점거래②매입처에 OOO원을 대여(이자율 연 5%)하고, 이와 별도로 원리금 상환방식이 기재된 부속합의서(이하 “쟁점부속합의서”라고 한다)를 작성하게 되었다. (2)청구법인은 위 쟁점부속합의서에 근거하여 2017년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 회수한 원리금 OOO원(쟁점거래①매출처분 OOO원, 쟁점거래②매출처분 OOO원)을 진단시약 매출에 포함하여 회계처리한 것은 과실임을 인정하나, 쟁점거래에서 위 원리금 회수액을 제외한 부분은 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매출처로부터 부여받은 OOO 납품권에 근거한 정상적인 매출ㆍ매입 거래이다. (3)처분청은 청구법인이 코스닥시장 상장 또는 투자유치를 위하여 매출을 부풀릴 목적으로 쟁점거래를 하였다고 주장하나, 청구법인은 쟁점거래 이전인 2016년 3월부터 2017년 9월까지 네 차례에 걸쳐 이미 OOO원의 외부 투자를 유치하였을 뿐만 아니라 2018년 9월경 K로부터 OOO에 대한 OOO 승인을 받아 기술특례상장의 형태로 코스닥시장에 상장할 가능성이 매우 높았다는 점에 비추어 허위로 진단시약을 유통하여 매출을 부풀릴 하등의 이유가 없고, 혹여, 청구법인이 매출을 부풀릴 목적을 가지고 있었다면 청구법인이 실질적인 경영권을 행사하는 계열사[㈜L, ㈜M]의 제품을 유통하였을 것이지 구태여 제3자 회사의 도움을 받아 매출 거양에 큰 도움이 되지 않는 OOO 납품을 할 이유가 없는 것이다. (4)아울러, 처분청은 청구법인이 쟁점거래매입처로부터 구입한 진단시약 재고를 청구법인의 창고 등에 물리적으로 보관한 기록이 확인되지 아니하므로 쟁점거래가 가공거래라고 주장하나, OOO은 OOO이 아니라 OOO이기 때문에 전용 보관창고가 필요하지 않고 이에 청구법인은 쟁점거래매입처에서 OOO을 구입하되 이를 청구법인 창고가 아닌 쟁점거래매입처 창고에서 일시 보관하다가 청구법인의 납품시기가 도래하면 쟁점거래매입처가 직접 쟁점거래매출처로 납품하도록 함으로써 이중 배송에 따른 낭비를 최소화한 것일 뿐이다. 나.처분청 의견 (1)H이 청구법인을 대상으로 회계감리를 실시한 결과, 청구법인은 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매입처와 금전소비대차 약정을 맺은 다음 이 약정에 따른 대여금 회수와 관련하여 허위의 매출ㆍ매출이익을 계상할 것을 계획하고 쟁점부속합의서를 작성하였으며 이에 따라 쟁점거래를 정상적인 진단시약 납품 거래인 것처럼 거짓으로 회계처리한 사실을 지적받은바 있다. (2)J 위원장이 쟁점거래와 관련된 청구법인의 회계감리 지적사항을 통보받고 청구법인에게 부과한 과징금(OOO원)에 대하여 청구법인은 과징금부과처분 취소소송(OOO)을 제기하였으나, 법원은 쟁점부속합의서 내용 및 거래형태 등을 근거로 쟁점거래는 청구법인의 매출내역을 만들기 위하여 형식적으로 이루어진 것이고 위 거래에서 발생한 매출 및 매출원가 또한 가공의 것임을 인정한바 있다. (3)청구법인은 진단시약 거래를 통하여 매출을 부풀릴 동기가 없었다고 주장하나, 이 또한 위 과징금부과처분 취소소송에서 쟁점거래가 원리금을 변제하면서 형식적으로만 청구법인의 매출을 일으키기 위한 거래인 점, 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매입처의 관계자들의 진술 등과 같은 증거를 바탕으로 청구법인의 기술특례상장 등 투자유치 과정에서 청구법인이 매출을 부풀릴 동기가 전혀 없었다고는 볼 수 없다는 점이 인정된바 있다. (4)아울러, 처분청의 세무조사 결과 청구법인은 쟁점거래 대금이 쟁점거래매출처에서 입금되자 마자 원리금 상당액을 제외하고 쟁점거래매입처로 송금하는 등 쟁점부속합의서 내용에 맞게 자금흐름을 조작한 사실 및 쟁점거래와 관련하여 일반적인 의약품 도소매 업체가 수행하는 공급관리업무 등(입고ㆍ보관ㆍ출고)에 전혀 관여하지 않았음은 물론 이와 관련된 물적ㆍ인적 시설 또한 보유하고 있지 아니한 점이 확인된바, 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 수수한 세금계산서는 전부 가공세금계산서임이 분명하다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 수수한 가공의 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부 나.관련 법률 (1)부가가치세법 제9조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. 1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3.공급가액과 부가가치세액 4.작성 연월일 5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조[공제하지 아니하는 매입세액 등] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ②제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 2.예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 3.확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 4.그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 경우 제60조[가산세] ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 1.재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 2.재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 처분청이 제출한 이 건 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)청구법인 설립 이후 청구법인의 세적변경 사항은 아래 <표3>과 같고, OOO업과 관련하여 법인 설립 당시에는 OOO 재고 유통관리업무를 ㈜N에 위탁하였으나 2016.12.28. OOO에 자체 창고를 신설하여 2019.3.18.까지 운영한 것으로 나타난다. <표3>청구법인 세적변경 이력 ○○○ <표4>OOO업 허가 관련 주요 변경사항 ○○○ (나)청구법인은 2017년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표5>와 같이 관련 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다. <표5>청구법인의 부가가치세 신고 내역 ○○○ (다)청구법인을 대상으로 H OOO에서 실시한 <표6> 회계감리 지적사항에 따르면 청구법인은 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매입처에 <표7>과 같이 금전 대여시 허위 매입ㆍ매출 거래 조건의 <표8> 쟁점부속합의서를 체결하여 매출 및 매출원가를 허위계상하였고, 관련 원리금 회수시 허위계상한 매출채권의 회수로 회계처리한 것으로 나타난다. <표6>청구법인 회계감리 지적사항 ○○○ <표7-1>금전소비대차약정서(쟁점거래①매출처) ○○○ <표7-2>금전소비대차약정서(쟁점거래②매입처) ○○○ <표8-1>쟁점부속합의서(쟁점거래①매출처) ○○○ <표8-2>쟁점부속합의서(쟁점거래②매입처) ○○○ (라)처분청은 청구법인을 대상으로 2025.1.21.부터 2025.5.9.까지 부가가치세 세무조사(2025.2.28.「조세범 처벌법」제10조 위반 혐의로 조세범칙조사 전환)를 실시하여 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 2017년 제2기 과세기간부터 2020년 제1기 과세기간까지 위 <표2>와 같이 수수한 세금계산서(매출분 공급가액 총 OOO원, 매입분 공급가액 총 OOO원)를 가공세금계산서로 보아 <표9> 및 <표10>과 같이 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지한 것으로 나타난다. <표9>이 건 세무조사 결과 ○○○ <표10>이 건 과세처분 내역(상세) ○○○ (마)청구법인은 쟁점거래 중 원리금 회수분을 제외한 거래는 정상적인 OOO 납품거래이며, 쟁점거래 당시 기술특례상장 요건을 구비하였기에 굳이 허위 거래를 통한 매출 부풀리기를 할 의도가 없었다는 취지로 <표11> K로부터 OOO에 대한 OOO 승인서, <표12> 코스닥상장 주관사[O㈜] 계약서를 제출하였다. <표11>청구법인 OOO계획 승인서 ○○○ <표12>청구법인 상장추진 관련 주관사 선정 계약서(2018.11.12.) ○○○ (바)청구법인이 제기한 과징금부과처분 취소소송(OOO 심리불속행 기각판결) 판결내용을 살펴보면 쟁점부속합의서 내용 및 거래형태 등을 근거로 쟁점거래는 청구법인의 매출내역을 만들기 위하여 형식적으로 이루어진 것이고 위 거래에서 발생한 매출 및 매출원가 또한 가공의 것임을 인정하며, 관계자들의 진술 및 청구법인의 기술특례상장 등 투자유치 노력을 언급하면서 청구법인이 매출을 부풀릴 동기가 전혀 없었다고는 볼 수 없다고 판시한 것으로 나타난다. <표13> 과징금부과처분 취소소송 1심 판결문(9페이지) ○○○ (사)쟁점거래①매출처 소속 P 이사가 OOO검찰청(OOO)에 출석하여 진술한 내용에 따르면 쟁점거래①매출처는 청구법인과 거래 이전부터 쟁점거래①매입처로부터 OOO 등 OOO을 공급받고 있었고, 청구법인과 금전소비대차계약 및 쟁점부속합의서 작성 이후에도 실질적으로 쟁점거래①매입처로부터 종전과 동일한 가격으로 공급받고 있다고 진술한 것으로 나타난다. <표14> 쟁점거래①매출처 임직원 진술조서(발췌) ○○○ (아)아울러, 청구법인의 경영관리이사인 Q 이사가 처분청에 출석하여 진술한 내용에 따르면 청구법인은 쟁점거래 당시 OOO 보관창고를 보유하고 있지 아니하였을 뿐만 아니라 제품의 검수 또한 수량 확인 수준에 불과하였던 것으로 나타난다. <표15>청구법인 임직원(Q) 조세범칙조사 심문조서(발췌) ○○○ (자)처분청이 제출한 <표16> 청구법인과 쟁점거래매입처 및 쟁점거래매출처 간 수수한 세금계산서 및 거래내역 예시를 살펴보면 월별 거래마진은 쟁점부속합의서상 약정된 원리금과 일치하는 가운데, 쟁점거래와 관련하여 청구법인이 작성한 <표17> 매출 거래명세서에는 품목별 단가가 누락된 것으로 나타난다. <표16>쟁점거래 관련 세금계산서 발급 및 원리금 회수 내역(발췌) ○○○ <표17>쟁점거래 관련 거래명세서(예시) ○○○ (2)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 등 참조)이다. 이에, 청구법인은 쟁점부속합의서에 근거하여 2017년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 회수한 원리금 OOO원(쟁점거래①매출처분 OOO원, 쟁점거래②매출처분 OOO원)을 진단시약 매출에 포함하여 회계처리한 것은 과실임을 인정하나, 쟁점거래에서 위 원리금 회수액을 제외한 부분은 쟁점거래①매출처 및 쟁점거래②매출처로부터 부여받은 진단시약 납품권에 근거한 정상적인 매출ㆍ매입 거래라고 주장하나, H이 청구법인을 대상으로 회계감리를 실시한 결과 청구법인이 쟁점거래①매출처와 쟁점거래②매입처에 금전을 대여하고 원리금 상환 및 회계처리 방식 등을 합의한 후 2018년～2021년 동안 허위의 OOO 납품 거래를 발생시켜 매출 및 매출원가를 과대계상하고 원리금 회수를 대출채권 회수로 회계처리한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제기한 과징금부과처분 취소소송 판결내용에 따르면 쟁점부속합의서 내용 및 거래형태 등을 근거로 쟁점거래는 청구법인의 매출내역을 만들기 위하여 형식적으로 이루어진 것이고 위 거래에서 발생한 매출 및 매출원가 또한 가공의 것임을 인정하며, 관계자들의 진술 및 청구법인의 기술특례상장 등 투자유치 노력을 언급하면서 청구법인이 매출을 부풀릴 동기가 전혀 없었다고는 볼 수 없다고 판시한 점, 처분청의 세무조사 결과 청구법인은 쟁점거래 대금이 쟁점거래매출처에서 입금되자 마자 원리금 상당액을 제외하고 쟁점거래매입처로 송금하는 등 쟁점부속합의서 내용에 맞게 자금흐름을 조작하거나, 쟁점거래와 관련하여 일반적인 OOO 업체가 수행하는 공급관리업무 등(입고ㆍ보관ㆍ출고)에 전혀 관여하지 않았음은 물론 이와 관련된 물적ㆍ인적 시설 또한 보유하고 있지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 쟁점거래매입처로부터 수취한 매입세금계산서와 쟁점거래매출처에 발급한 매출세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.