사무처리규정은 대외적 구속력이 있는 법규명령에 해당하지 않고, 비과세관행이 있었다고 인정하기 어려우며, 쟁점법인은 부동산과다보유법인으로 ‘증여 전 사무처리규정’을 적용하더라도 쟁점주식 평가시 쟁점부동산의 감정평가가 가능함

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2024.11.30. 청구인의 아버지인 A으로부터 OOO 소재지에서 OOO를 운영하고 있는 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 증여받아 2024.12.10. 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 평가하여 2024.11.30. 증여분 증여세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.23.~2025.10.15. 기간 동안 청구인에 대한 증여세 조사를 실시한 결과, 청구인이 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식의 증여재산가액을 산정하면서 쟁점법인이 보유한 OOO 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 등을 기준시가로 평가한 사실을 확인하여 이를 감정가액으로 평가하고 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 산정하여 2025.12.1. 청구인에게 2024.11.30. 증여분 증여세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점주식을 평가하는 과정에서 상증세법 제61조 제1항 제1호와 국세청 훈령인 ‘상속세 및 증여세 사무처리규정(제2025-2618호, 2024.5.20., 이하 “증여 전 사무처리규정”이라 한다)’ 제1조의2 제16호 및 제72조를 적용하여 쟁점부동산을 기준시가로 평가하였으나, 조사청은 쟁점주식에 대한 재산 평가를 위하여 쟁점법인이 보유한 쟁점부동산을 평가함에 있어서 국세청 훈령에 의한 감정평가사업의 일환으로 외부기관인 감정평가기관에 의뢰한 감정가액을 적용함으로써 쟁점주식의 1주당 가액을 OOO원으로 산정하여 청구인에게 이 건 증여세를 결정ㆍ고지하였다. (2) 조사청은 청구인이 쟁점주식을 증여받은 날인 2024.11.30.을 기준으로 증여 전 사무처리규정 등을 적용하여 쟁점부동산을 기준시가로 평가한 것을 배제하고 증여일 이후 새롭게 고시된 ‘상속세 및 증여세 사무처리규정(제2025-2681호, 2025.6.11., 이하 “증여 후 사무처리규정”이라 한다)’ 등에 의하여 쟁점부동산을 감정가액으로 평가하였다. 증여 전 사무처리규정은 부동산 감정평가대상을 부동산과다법인이 소유한 부동산으로 한정한 반면, 증여 후 사무처리규정은 부동산과다법인을 포함한 모든 법인이 소유한 부동산으로 감정평가대상을 확대하였는바, 쟁점법인은 이 건 증여 당시 부동산과다보유법인에 해당하지 아니하여 증여 전 사무처리규정 등에 따라 쟁점부동산을 기준시가(개별공시지가)로 평가함이 타당함에도 조사청은 증여 후 사무처리규정을 적용하여 쟁점부동산을 감정평가한 것이다. 따라서 이 건 처분은 「국세기본법」 제18조에서 규정하는 소급과세금지의 원칙 등을 위반하여 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 증여세는 과세관청이 과세표준과 세액을 결정하는 때에 확정되고, 증여세는 부과과세방식의 조세로서 납세의무자에게 과세표준 및 세액의 신고의무가 있더라도 이는 과세관청에 대한 협력의무에 불과하여 조세채무 확정의 효력이 없는바, 「국세기본법」 제22조 제3항에 따라 증여세는 과세관청이 과세표준과 세액을 결정하는 때에 조세채무가 확정되므로 증여세 신고를 받은 과세관청으로서는 정당한 과세표준과 세액을 조사ㆍ결정하여야 하고, 정당한 과세표준과 세액을 결정하기 위해서는 증여대상 물건을 시가에 맞게 평가하여야 한다. (2) 상증세법은 비상장주식 평가 시 법인 보유 부동산을 시가로 평가하는 것을 원칙으로 규정하고 있다. (가) 상증세법 제60조 제1항에서 ‘증여세가 부과되는 가액은 증여일 현재 시가에 따른다’고 규정하고 있고, 제2항에서 ‘제1항에 따른 시가란 평가기준일 현재 불특정 다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액을 말하며, 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다’고 규정하고 있다. (나) 또한, 상증세법 제60조 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제49조 제1항 본문은 법 제60조 제2항에서 ‘수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것’이란 평가기간 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매 또는 공매가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다고 규정하면서, 그 단서에서 ‘평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매 등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자, 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매 등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다’고 규정하고 있고, 제2호에서 ‘해당 재산에 대하여 둘 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액’을 매매 등의 가액에 포함하고 있다. (다) ‘시가’란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 말하는 것으로, 거래가액을 증여 당시의 시가라고 할 수 있기 위해서는 객관적으로 보아 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 사정이 있어야 한다(대법원 2007.8.23. 선고 2005두5574 판결 등 참조). 즉 ‘시가’는 주관적인 요소가 배제된 객관적인 것이어야 하고, 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성되어야 하며, 그 기준시점의 재산의 구체적 현황에 따라 평가된 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 것이어야 한다. 그러나, 개별재산에 대하여 객관적인 교환가치를 정확히 측정한다는 것은 쉽지 않은 것이 현실이어서 상증세법 제60조 제2항 후단에서 ‘불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액’으로서 감정가액을 시가로 인정하고 있고, 같은 법 시행령 제49조 제1항에서 평가기준일 전 2년 또는 평가기준일 경과 후부터 법정결정기한까지의 감정가액을 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가에 포함될 수 있도록 시가의 범위를 인정한 것은 과세관청의 시가 산정의 어려움을 해결하고 증여재산 평가의 합리화를 도모함과 동시에 납세의무자에게 예측가능성을 부여하기 위한 취지이다. 따라서 조사청이 정당한 과세표준 및 세액을 조사ㆍ결정하기 위하여 감정을 의뢰하는 것은 부과과세방식의 조세에서 과세관청의 정당한 권한에 속하는 사항이고, 쟁점주식의 증여일인 2024.11.30.을 기준일로 하여 법정결정기한 내인 2025.7.25. 이루어진 이 건 감정평가에 따른 쟁점부동산의 감정가액은 상증세법 제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조의 요건을 충족하여 시가로 인정된다. (3) 조사청이 과세의 형평성을 제고하기 위하여 감정평가를 통해 증여재산에 대한 시가를 결정한 것은 소급과세에 해당하지 않는다. 과세관청은 시가평가를 통해 과세의 형평성을 제고하기 위하여 감정평가 대상을 확대하고 있다. 그동안 예산 제한과 인력수급의 한계 등에 따라 공시가격, 재산규모 등을 감안하여 2020년 소규모 빌딩에 대한 감정평가부터 시작하여 2021년 부동산 과다보유법인이 보유한 부동산에 대한 감정평가를 우선적으로 시행하였으나, 소유주(개인과 법인)에 따른 차이와 부동산의 종류와 보유비율에 따라 세부담이 달라지는 불합리성이 꾸준히 제기됨에 따라 과세관청은 과세의 형평성을 제고하고 담세력에 따른 실질과세원칙을 준수하기 위하여 국세청 훈령 제2681호에 따라 사무처리규정을 개정하면서 비상장법인의 주식평가 시 해당 법인이 보유한 부동산도 감정평가를 할 수 있도록 하였다. (4) 조세법률주의에 따라 국세는 14개의 각 세목에 대한 개별 세법으로 규정되어 있고, 법률의 위임 범위 안에서 각 세법은 시행령과 시행규칙으로 이루어져 있다. 또한, 훈령(訓令)은 상급행정청이 하급청의 권한행사를 일반적ㆍ추상적으로 지휘하기 위하여 사전에 발하는 명령으로 법률이 아니라 행정규범의 하나로서, 법적 강제력은 없으나 행정실무에 중요한 역할을 하므로, 훈령은 원칙적으로 내부적 효력만을 갖고 법규적 성질이 없다고 하더라도 행정기관의 행동지침으로 정책의 일관성과 공정성을 유지하도록 하여 일반 납세자들의 예측가능성을 높이는데 기여하고 있다. 따라서 모든 법인 보유 부동산에 대하여 감정평가를 실시한다는 취지의 증여 후 사무처리규정은 새로운 규정을 창설한 것이 아니라 재산 평가 시 구체적인 적용기준을 제공하여 과세관청의 처리 방향을 명확히 하여 법 집행에 일관성과 공정성을 유지하기 위하여 발표된 것이다. (5) 사무처리규정은 국세청 훈령으로서 법률상 위임 근거가 없는 행정기관의 내부 사무처리 준칙일 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령에 해당하지 않으므로 증여 전 사무처리규정에 근거하여 법인소유 부동산을 기준시가로 평가하였다는 청구주장은 세법상 적법한 평가로 볼 수 없고, 처분청이 법률로 규정된 상증세법과 같은 법 시행령에 따라 시가를 확인하기 위하여 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 실시한 것은 적법한 세법 집행으로 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니한다. (6) 한편, 쟁점법인의 법인세 신고서상 표준재무상태표에 의하면 쟁점법인이 보유한 부동산 가액 합계액이 해당 법인의 자산총액에서 차지하는 비율이 50%를 초과하므로, 쟁점법인은 부동산과다보유법인에 해당한다. (가) 청구인은 쟁점주식 증여일이 2024.11.30.이므로 증여 전 사무처리규정에 따라 부동산에 대한 감정평가대상은 부동산과다보유법인만을 대상으로 한다고 주장하나, 법인이 보유한 부동산 가액 합계액이 해당 법인의 자산총액에서 차지하는 비율이 50%를 초과하는 경우 부동산과다보유법인으로 간주되고, 이때 원칙적으로 법인의 장부가액을 기준으로 부동산 보유비율을 판정하며, 법인이 보유한 부동산은 토지ㆍ건물뿐만 아니라 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권 등도 모두 포함된다. (나) 쟁점법인의 표준재무상태표를 참고하여 계산한 부동산 비율은 부동산과다보유법인의 기준인 50%를 상회하여 100%에 가까운 수치를 보임에도 청구인은 쟁점법인이 증여일 현재 부동산과다보유법인이 아니라고 주장하는데 어떠한 이유에서 부동산과다보유법인이 아닌지에 대한 설명은 없다. 또한 청구인이 제출한 ‘비상장주식 등 평가서’를 확인해 보더라도 쟁점법인의 부동산 비율이 80%를 초과하므로 쟁점주식을 쟁점법인의 순자산가치로만 평가하는 것으로 신고하였다. 설령, 청구인이 쟁점주식의 증여일을 기준으로 증여 전 사무처리규정에 따라 부동산과다보유법인만 감정평가대상이라고 오인하였다고 하더라도 증여일 현재 쟁점법인의 표준재무상태표상 부동산 비율이나 청구인이 제출한 ‘비상장주식 등 평가서’ 등을 확인하였더라면 쟁점법인이 부동산과다보유법인임을 인지할 수 있었을 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 증여 후 사무처리규정을 적용하여 쟁점부동산을 감정평가한 것은 소급과세금지의 원칙 등을 위반하여 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제22조【납세의무의 확정】① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다. ② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다. 1. 소득세 2. 법인세 3. 부가가치세 4. 개별소비세 5. 주세 6. 증권거래세 7. 교육세 8. 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 9. 종합부동산세(납세의무자가 「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에 한정한다) ③ 제2항 각 호 외의 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 정부가 결정하는 때에 확정된다. (2) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙】① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. ② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다. ③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. 제61조【부동산 등의 평가】① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 토지 「부동산 공시가격에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다. 2. 건물 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 등의 평가 나. 가목 외의 주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙등】① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위 환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다. 2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조ㆍ제62조ㆍ제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장등”이라 한다) 제54조【비상장주식 등의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식 등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순가산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순가산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. 1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율 ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다) 제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2024.11.30. 아버지로부터 쟁점주식을 증여받아 이를 1주당 OOO원으로 평가하여 증여세 OOO원을 신고ㆍ납부하였으나, 조사청은 청구인에 대한 증여세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주식을 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 평가하기 위하여 아래 <표1>과 같이 쟁점주식의 순자산가액 산정 시 쟁점부동산을 기준시가로 평가한 사실을 확인하여 이를 감정평가액으로 평가하고 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 산정하여 청구인에게 아래 <표2>와 같이 이 건 증여세를 결정ㆍ고지하였다. <표1> 쟁점주식의 순자산가액 산정 내역 ○○○ <표2> 청구인의 증여세 신고 및 처분청의 결정 내역 ○○○ (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점법인은 OOO 소재지에서 OOO를 운영하고 있는 법인으로, 청구인의 아버지인 A이 2004년부터 개인사업자로 OOO를 운영하다가 2014년 충전소 부지를 현물출자하여 쟁점법인을 설립하였고, A을 포함한 최대주주 등이 100% 지분을 보유하고 있는바, 쟁점법인의 2024년 주식변동 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점법인의 주식변동 내역 ○○○ (나) 쟁점법인은 최근 3년간 결손이 발생한 것으로 나타나는바, 쟁점법인의 사업연도별 법인세 신고 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점법인의 법인세 신고 내역 ○○○ (다) 쟁점법인의 법인세 신고서에 첨부된 재무상태표상 자산 내역은 아래 <표5>와 같고, 자산총계 중 부동산의 비율은 100분의 80을 초과하는 것으로 나타난다. <표5> 쟁점법인의 재무상태표 ○○○ (라) 청구인은 쟁점주식을 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 평가하면서 쟁점부동산을 쟁점법인의 재무상태표상 금액과 상증세법상 평가액(기준시가) 중 큰 금액인 상증세법상 평가액으로 평가한 것으로 나타나는바, 청구인이 제출한 ‘비상장주식평가서’상 순자산가액 계산표의 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 비상장주식평가서상 순자산가액 계산표 ○○○ (마) 청구인이 이 건 증여세 신고 시 제출한 ‘비상장주식 등 평가서’에 따르면 쟁점법인을 부동산과다보유법인으로 보아 증여세 신고서를 작성한 것으로 나타난다. ○○○ (바) 한편, 조사청은 쟁점부동산의 시가를 확인하기 위하여 이 건 증여일(2024.11.30.)을 평가기준일로 하여 2개 감정평가법인을 통해 아래 <표7>과 같이 감정평가를 진행하여 그 평균액을 시가로 산정한 것으로 확인된다. <표7> 조사청의 감정평가 내역 ○○○ (사) 조사청은 2025.8.9. OOO지방국세청 평가심의위원회에 위 감정가액의 평균액을 쟁점부동산의 시가로 인정할 수 있는지에 대하여 심의를 의뢰하였고, 동 위원회는 2025.9.25. 다음과 같이 심의결과를 통지하였다. 신청인이 심의 의뢰한 심의대상 매매 등의 가액은 평가기준일부터 상증세법령 제49조 제2항 각 호에 해당하는 날까지의 기간 중에 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되므로 평가기준일 현재 시가로 보는 것이 타당함 (아) 그 밖에 감정평가대상 및 절차를 규정한 국세청의 상속세 및 증여세 사무처리규정은 다음과 같이 변경ㆍ고시되었다. 증여 전 사무처리규정 (제2025-2618호, 2024.5.20.) 증여 후 사무처리규정 (제2025-2681호, 2025.6.11.) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조 제1항에 따라 둘 이상의 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 비주거용 부동산 감정평가 사업의 대상은 비주거용부동산 등(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 부동산과다보유법인이 보유한 부동산 포함)으로 한다. ① 지방국세청장 또는 세무서장은 상속세 및 증여세가 부과되는 재산에 대해 시행령 제49조 제1항에 따라 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있다. 다만, 부동산 감정평가 사업의 대상은 부동산 등(법 제63조 제1항 제1호 나목에 따라 주식을 평가하는 경우로서 시행령 제54조 제2항 및 제55조 제1항의 순자산가치를 산출하기 위해 시가 평가가 필요한 부동산 등 포함)으로 한다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식의 증여재산가액을 산정함에 있어 증여 후 사무처리규정을 적용하여 쟁점부동산을 감정가액으로 평가하는 것은 소급과세금지의 원칙 등을 위반하여 부당하다고 주장하나, 「국세기본법」 제18조 제2항은 ‘국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있는바, 상속세 및 증여세 사무처리규정은 국세청 훈령으로서 법률상의 위임 근거가 없는 행정기관 내부의 사무처리 준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 볼 수 없는 점, 이를 근거로 「소득세법」상 부동산과다보유법인을 제외한 법인이 발행한 비상장주식의 증여에 대하여 증여세를 부과함에 있어 해당 법인이 보유한 부동산에 관해 공시가격으로만 그 가액을 평가하고, 감정 등을 통해 객관적인 교환가치를 조사ㆍ확인하여 과세하지는 않겠다는 과세관청의 의사가 있었다고 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청이 그와 같은 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 볼 만한 자료 역시 찾아볼 수 없으므로, 비과세 관행이 있었다고 인정하기도 어려운 점, 쟁점법인의 법인세 신고서에 첨부된 재무상태표상 자산 내역에 의하면 쟁점법인은 자산총액 중 부동산의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80을 초과할 뿐만 아니라 청구인이 이 건 증여세 신고 시 제출한 ‘비상장주식 등 평가서’에 의하면 청구인도 쟁점법인을 부동산과다보유법인으로 보아 증여세 신고서를 작성한 것으로 확인되는 등 증여 전 사무처리규정을 적용하더라도 쟁점부동산을 감정기관에 의뢰하여 평가할 수 있는 점, 비상장주식을 평가하는 경우라도 주식발행법인의 순자산가액 평가 시 당해 법인이 소유한 자산의 평가는 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가하는 것이고 감정가액도 이에 해당하므로, 증여재산이 부동산 등이 아닌 비상장주식이라 하여 쟁점부동산에 대한 평가 방법을 달리한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙 등을 위반하였다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.