청구법인이 도시개발사업의 시행자 등에 해당한다는 사실이나 쟁점토지가 도시개발사업 등에 제공된 사실은 확인되지 아니하므로, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당한다고 보기 어려움.

이유 1.처분개요 가.청구법인은 2019.9.3. 설립되어 OOO에서 부동산 개발업 등을 영위하는 법인으로, 2020.3.2. OOO 대지 18,567.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매로 취득한 뒤 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재(2020.6.1. 등) 이를 보유하였고, 처분청은 청구법인에게 쟁점토지에 관한 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다. 나.청구법인은 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하므로 이는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다고 주장하며 2025.6.2. 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지가 재산세 종합합산과세대상에 해당함을 이유로 2025.6.12. 위 경정청구를 거부하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2025.9.4. 이의신청을 거쳐, 2026.2.9. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상이 아니다. (가) 「지방세법」 제106조 제1항 제3호는 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호 가목은 도시개발사업 실시계획 고시일부터 토지공급 완료일 또는 공사완료 공고일까지 도시개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있다. (나) 쟁점토지가 소재한 이른바 OOO지구(이하 “OOO지구”라 한다)는 이미 도시개발사업 실시계획 고시가 이루어진 사업지구로, 기반시설이 설치되지 아니하여 「도시개발법」상 의미 있는 토지공급이 완료되지 아니하였고, 관련 공사완료 공고도 이루어지지 아니하였다. (다) 한편 청구법인은 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 시행자가 아니라 제3자로서 경매를 통하여 쟁점토지를 취득한 것이므로, 아직 개발이 완료되지 아니한 쟁점토지를 재산세 및 종합부동산세 종합합산과세대상으로 보는 것은 지방세법령 등의 취지에 반한다. (라) 종합부동산세는 재산세 종합합산과세대상이거나 별도합산과세대상인 토지에 대하여 부과되는 세목인바, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세요건이 처음부터 충족되지 아니한다. (2) 청구법인의 이의신청에 대한 부산지방국세청장(이하 “지방청”이라 한다)의 기각결정은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. (가) 지방청은 쟁점토지 관련 개발이 실질적으로 진행되지 아니하고 있으므로 이를 재산세 분리과세대상으로 볼 수 없다고 하였으나, 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호 가목은 분리과세 대상에 해당하는 기간을 ‘도시개발사업 실시계획 고시일부터 공사완료 공고일까지’로 규정하고 있는바, 위 규정 어디에도 개발이 실제로 진행 중인지 여부 등은 요건으로 명시되어 있지 아니하고, 오히려 입법자는 위와 같이 공사완료 공고가 있기 전까지 당해 토지를 분리과세대상으로 규정함으로써 개발이 지연 또는 중단되거나 위법한 상태에 있는 토지까지 분리과세대상에 포함될 수 있도록 설계한 것이다. (나) 지방청은 청구법인이 경매를 통하여 쟁점토지를 취득한 사실을 들어 쟁점토지를 개발사업용 토지가 아니라고 하였으나, 지방세법령 어디에도 ‘개발사업 시행자의 토지만 분리과세대상이다’라거나 ‘경매로 취득한 토지는 분리과세대상에서 제외한다’는 규정은 없는바, 청구법인이 쟁점토지를 경매로 취득하였다는 이유만으로 이를 분리과세대상에서 제외하는 것은 법령상 근거가 없는 차별적 해석이다. (다) 지방청은 쟁점토지가 재산세 부과 단계에서 분리과세대상으로 분류되지 아니하였으므로 이를 종합부동산세 종합합산과세대상으로 보아야 한다고 하였으나, 종합부동산세는 국세로서 재산세와는 독립적으로 과세요건 충족 여부를 판단할 필요가 있고, 특히 재산세 과세유형이 관할 지방자치단체의 행정적 오류 또는 착오에 기초한 경우 기계적으로 재산세에 따라 종합부동산세를 부과할 것이 아니라 과세요건 충족 여부를 재검토하여야 한다. (라) 지방청은 청구법인이 이의신청 과정에서 제시한 판례(대구지방법원 2019고합340) 및 감사원 감사결과가 이 건 종합부동산세 과세요건과 무관하다고 하였으나, 위 판례와 감사결과는 행정기관의 위법한 처분으로 인하여 정상적으로 쟁점토지의 개발이 완료되지 아니하였고 이에 관한 공사완료 공고가 이루어질 수 없는 상태라는 사실을 객관적으로 입증하는 핵심 증거이다. (마) 지방청은 청구법인의 이의신청을 기각하는 결정을 하며 실질과세의 원칙을 근거로 제시하기도 하였으나, 실질과세의 원칙은 법령에 명시된 규정을 배제할 수 있는 근거가 될 수는 없는바, 쟁점토지가 재산세 분리과세대상임이 법령상 명확한 이상 실질과세의 원칙은 적용할 수 없는 것이고, 과세관청은 ‘쟁점토지가 재산세 분리과세대상이 아니다’는 결론을 먼저 설정한 뒤 이에 맞추어 실질과세의 원칙을 적용한 것으로 보인다. (3) 처분청이 이 건 심판청구에 대하여 답변한 내용은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. (가) 처분청은 쟁점토지에 대한 「도시개발법」상 도시개발사업 이력이 없어 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 이는 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. 1) 쟁점토지는 1986년경 택지 조성을 목적으로 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따라 받은 매립면허의 대상이 된 토지이다. 2) 당시의 법령 체계상 대규모 택지 조성은 공유수면 매립과 종전의 「토지구획정리사업법」(2000.1.28. 법률 제6252호로 폐지되기 전의 것으로, 이하 같다)에 따른 사업이 유기적으로 결합되어 진행되었는바, 공유수면 매립은 토지를 생성하는 물리적 공정이고 토지구획정리는 생성된 토지에 도로 및 배수시설 등의 기반시설을 배치하는 기능적 공정으로서 OOO지구는 처음부터 주거지 조성을 목적으로 설계된 단일 사업지이므로 매립면허와 인가는 사실상 토지구획정리사업의 개시와 다름이 없다. 3) 「토지구획정리사업법」 등은 사업의 효율성을 위하여 실시계획 인가 시 공유수면 매립면허나 허가를 받은 것으로 의제하도록 규정하였는바, 이는 입법자가 공유수면 매립과 토지구획정리사업을 하나의 목적을 달성하기 위한 연계공정으로 파악하였음을 방증하는 것이고, 따라서 처분청이 쟁점토지에 관한 도시개발사업 이력이 없다고 하는 것은 사업의 출발점인 공유수면 매립이 곧 구획정리사업의 시작점이라는 사실을 간과한 것이다. 4) OOO도는 1994년경 조건부 준공인가를 하여 도로 및 상하수도 등 기반시설을 설치하도록 하였는데, 이러한 기반시설의 설치에 관한 의무는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」이 고유하게 규율하는 영역이라기보다 「토지구획정리사업법」이 규율하는 핵심적인 내용으로, 이는 두 사업이 실질적으로 결합되어 운영되었음을 입증하는 것이다. 5) 「도시개발법」은 2000년경 제정될 당시 「토지구획정리사업법」을 통합하면서 부칙을 통하여 기존 사업에 대한 세제 혜택을 보호하고자 하였는바, 만약 처분청 의견대로 전산상 ‘도시개발사업’의 명칭이 적시되지 아니하였다는 이유로 혜택을 박탈한다면 이는 법령의 통합 과정에서 발생한 행정적 공백으로 인한 피해를 국민에게 전가하는 것이다. (나) 처분청은 쟁점토지에 관하여 지구단위계획이 포함된 실시계획 고시가 없었음을 지적하였으나, 지구단위계획은 2000년 「도시개발법」 제정 당시 처음 도입된 개념으로, 1986년에 시작된 쟁점토지 관련 사업에 대하여 이를 적용하는 것은 소급입법 금지의 원칙에 반한다. (다) 처분청은 1994년 OOO도의 준공인가로 쟁점토지 관련 사업이 종료되었다는 의견이나, 위 준공인가는 상하수도 및 도로 등 기반시설 설치를 조건으로 한 조건부 인가였는바, 만일 준공 조건이 이행되지 아니하여 토지 사용이 제한되는 경우 이는 조성 중인 토지에 해당하는 것이고, 한편 OOO시장은 기반시설 미비를 이유로 쟁점토지 지상의 건축허가를 불허하고 있어 이러한 사실 자체가 토지의 공급이나 공사가 완료되지 아니하였음을 입증하는 것이다. (4) 실질과세의 원칙, 응능부담의 원칙 및 재산권 보호의 원칙 등에 비추어 보더라도 이 건 종합부동산세에 대한 경정청구는 받아들여져야 한다. (가) 쟁점토지는 실질적으로 OOO시청이 상하수도나 도로 등의 기반시설이 미비함을 이유로 개발행위와 건축허가를 원천적으로 금지하고 있는 토지로서, 이는 사실상 사용수익권이 행정청에 의하여 박탈된 것이므로, 이를 개발이 완료되어 즉시 수익 창출이 가능한 일반적인 종합합산과세대상 토지와 동일하게 취급하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다. (나) 종합부동산세는 지가 상승에 따른 이익을 환수하고 투기를 방지하는 데 목적이 있는바, 청구법인은 쟁점토지 취득 이후 택지로서의 기능을 부여받기 위해 다각도로 노력하였으나 행정청에 의한 외부적 장애로 어떠한 개발도 진행하지 못하고 있으므로, 이처럼 수익성 없는 토지에 대하여 징벌적 과세를 하는 것은 응능부담의 원칙에도 반한다. (다) 쟁점토지는 도시개발이 완료되지 아니한 토지로서 이에 대하여 종합부동산세를 부과하는 것은 납세자가 감당할 수 없는 수준의 세부담을 지우는 것으로서 헌법상 재산권 보장의 원칙에 반하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점토지의 재산세 관할 지방자치단체인 OOO시장이 처분청에게 회신한 공문 내용에 의하면, 쟁점토지에 대하여 1994년경 「공유수면 매립에 관한 법률」에 따른 준공인가만 있었을 뿐 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 이력은 없는 것으로 나타난다. (나) 그러므로 쟁점토지에 관한 도시개발사업의 시행자 및 실시계획 고시일은 존재하지 아니하고, 따라서 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호가 규정한 분리과세대상 토지에 해당하지 아니하는 것이다. (다) 청구법인이 쟁점토지와 관련한 여러 사정을 제시하고 있으나 설사 그러한 사정이 사실이라고 하더라도, 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호는 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지를 일정 기간에 한하여 분리과세대상 토지로 구분하도록 규정한 것인바, 청구법인은 「도시개발법」상 도시개발사업의 시행자에 해당하지 아니하므로 쟁점토지는 위 규정에 따른 재산세 분리과세대상에 해당한다고 보기 어렵다. (2) 한편, 「도시개발법」 제17조 제1항은 ‘도시개발사업에 관한 실시계획에는 지구단위 계획이 포함되어야 한다’고 규정하고 있는데, 청구법인이 제시한 판결문이나 감사보고서의 내용에 의하더라도, OOO지구에 대한 지구단위계획은 수립되지 아니한 것으로 나타나므로, 도시개발사업에 관한 실시계획은 작성이 완료되지 아니한 것으로서 이에 관한 고시 역시 이루어지지 아니한 것으로 보인다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부 나.관련 법령 : <별지> 기재 다.사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 등기부등본상 소유권 변동내역은 아래 <표1> 기재와 같다. ooo (나) OOO지구에 관한 형사소송 판결(OOO 판결) 및 감사원 감사보고서(OOO) 등에 적시된 사실관계에 의하면, 쟁점토지가 소재한 OOO지구는 공유수면 매립으로 조성된 토지로서, “도시계획사업 시행인가를 받아 7개 도로와 우ㆍ오수시설 설치 등을 이행한 후 토지등록을 하는 조건”으로 1994.2.28. 공유수면 매립공사에 대한 준공인가가 이루어졌으나, 매립면허권자인 삼부토건 주식회사는 장기간 위 준공인가조건을 이행하지 못하여 OOO지구가 미등기 상태로 방치되었던 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지에 관하여 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 실시계획 수립, 시행자 지정 및 공사 완료 공고 등이 있은 사실은 확인되지 아니한다. (라) 쟁점토지가 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업의 시행자에 의하여 그 토지구획정리사업에 제공된 사실이나, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자에 의하여 그 경제자유구역개발사업에 제공된 사실은 확인되지 아니한다. (2) 쟁점토지 관련 재산세 및 종합부동산세 부과에 관한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인에게 부과된 쟁점토지 관련 재산세 내역은 아래 <표2> 기재와 같다. <표2> 쟁점토지에 관한 재산세 부과내역 ooo (나) 이 건 종합부동산세 결정 내역은 아래 <표3> 기재와 같다. <표3> 이 건 종합부동산세 결정 내역 ooo (다) 청구법인은 쟁점토지가 재산세 분리과세대상에 해당하므로 이는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다고 주장하며, 2020∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 환급하여 달라는 경정청구를 2025.6.2. 제기하였으나, 처분청은 2025.6.12. 쟁점토지가 재산세 종합합산과세대상에 해당함을 이유로 위 경정청구를 거부하였다. (3) OOO시장이 처분청에게 회신한 사항은 다음과 같다. (가) 처분청은 2025.9.4. OOO시장에게 쟁점토지에 대한 재산세 과세근거를 문의하는 공문을 발송하였고, OOO시장은 2025.9.8. 이에 대하여 아래 <표4> 기재와 같이 회신하였다. ㅇ 쟁점토지에 대하여 검토한 결과, 「지방세법」 제106조가 규정한 종합합산과세대상 토지에 해당함을 알려드립니다. ㅇ 「지방세법」 제106조는 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 종합합산과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조 및 제102조는 관련 토지의 범위를 열거하고 있습니다. ㅇ 이에 근거하여 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제101조 및 제102조에 열거된 토지에 해당하지 아니하여 종합합산과세대상으로 과세되었음을 회신드립니다. <표4> OOO시장이 처분청에게 회신한 내용 (나) 이 건 이의신청 결정서에 의하면, 지방청은 이의신청 심리 과정에서 OOO시장에게 재산세 과세 관련 자료를 요청하는 공문을 발송하였고, OOO시장은 이에 대하여 아래 <표5> 기재와 같이 회신하였다. ㅇ 귀 청에서 문의하신 사항에 대한 우리 시 도시계획과 답변은 아래와 같습니다. 소재지 요청사항 답변 비고 쟁점 토지 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 이력(실시계획 고시일, 토지조성일) 「도시개발법」에 따른 도시개발 이력 없음 (부존재) 「공유수면 매립에 관한 법률」에 따라 1994년 공사준공 인가 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 시행자 이력(변경 포함) 「도시개발법」에 따른 공사 완료 공고 여부 ㅇ 우리 시에 위 토지에 대하여 재산세 불복청구된 이력 - 해당 토지에 대한 재산세 이의신청 이력은 없습니다. ㅇ 위 토지가 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호 가목에 해당하는지 - 위 토지는 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 이력이 없으므로 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호 가목에 해당하지 아니하는 것으로 의견을 회신합니다. <표5> OOO시장이 지방청에게 회신한 내용 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 「지방세법」제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호에 따른 재산세 분리과세대상에 해당하므로 이는 종합부동산세 과세대상이 아니라고 주장하나, 「지방세법」제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호는, 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는바, 청구법인이 위 열거된 도시개발사업의 시행자 등에 해당한다는 사실이나 쟁점토지가 위 열거된 도시개발사업 등에 제공된 사실은 확인되지 아니하므로, 쟁점토지는 위 규정에 따른 재산세 분리과세대상에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점토지에 대하여 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 따른 매립공사 준공인가가 있었더라도 그러한 사정만으로 쟁점토지가 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업 및 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업 등에 제공된 것으로서 「지방세법」제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호에 따른 분리과세대상 토지에 해당한다고 보기는 어려운 점, 종합부동산세는 재산세의 후행세목에 해당하는바, 쟁점토지는 종합부동산세 과세대상인 재산세 종합합산과세대상으로 분류되어 이에 대한 재산세가 부과되었고, OOO시장은 처분청 및 지방청에게 쟁점토지가 재산세 종합합산과세대상에 해당한다고 회신하기도 하였으며, 청구법인이 위와 같은 재산세 부과에 대하여 별도로 불복청구를 제기하였다거나 관할 지방자치단체인 OOO시장이 쟁점토지에 관한 재산세액을 환급한 사실도 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2026. 6. 4.