청구법인은 이미 쟁점처분에 대해 행정소송을 제기하여 각하되어 처분이 확정되었으므로 다시 불복을 제기할 수 있도록 하는 것이 법률관계를 지나치게 불안정하게 만들 여지가 있음, 우리 원 결정에도 기속력이 인정되므로 이 건 후발적 경정청구는 청구법인에 대한 기각결정(조심 2015서5138)의 기속력에 반하는 점,기판력과 기속력이 미치는 범위에 비추어 재결청이 관련 자료나 증거에 비추어 다른 판단을 할 수 없다고 보기 어려운 점 등에 바추어 경정청구 거부처분은 타당

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.10.12. OOO 제조업 등을 목적으로 설립된 법인사업자이다. 청구법인은 A 그룹의 계열회사 중 하나로서, A 그룹에는 청구법인 외에도 ㈜B(이하 “B”라고 한다), ㈜C(이하 “C”라고 한다), D(이하 “D”이라 한다) 등이 있다. 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.12.~2015.5.20. 청구법인을 포함한 A 그룹에 대해 세무조사를 실시하였고, 처분청은 위 세무조사 결과에 따라 “청구법인이 2013년부터 2014년까지 B로부터 실제 재화 또는 용역을 공급받지 않았음에도 B로부터 허위의 세금계산서를 발급받았다”라는 이유로 청구법인에 대해 2013년 제2기~2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함), 2013~2014사업연도 법인세 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 위 부가가치세 및 법인세 경정처분을 합하여 “쟁점 처분”이라 한다)을 경정ㆍ고지하였다. 다. 이에 청구법인은 불복하여 우리 원에 심판청구를 하였으나 (각하 및) 기각결정을 받았고(OOO), 행정소송을 제기하였으나 제소기간 도과로 인해 각하되어 그 판결이 확정되었다(서울행정법원 OOO). 라. 한편 B는 천안세무서장으로부터 “청구법인에게 허위로 세금계산서를 발급하였다”는 이유(이하 위 사유를 “쟁점 사유”라고 한다) 및 기타 이유(B에 대한 처분사유는 청구법인에 대한 허위 세금계산서 발급 및 기타의 사유 합계, 총 7개 사유이다)로 부가가치세 등 경정처분을 받았고, 이에 불복하여 우리 원 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하였다. 위 행정소송의 1, 2심법원은 쟁점 사유에 관하여 “B가 청구법인에 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 아니하여 처분이 위법하다”는 이유로 원고(B) 승소 판결을 하였는데(OOO), 다만 2심법원은 취소 대상 세액을 확정할 수 없다는 이유로 경정처분금액 전부를 취소하였다. 천안세무서장은 이에 상고하였으나, 대법원은 쟁점 사유에 관한 처분청의 처분은 위법하다고 판단하면서도, 취소 대상 세액을 특정하라는 취지로 2심판결을 파기ㆍ환송하였다(대법원 OOO). 이에 서울고등법원에서 다시 파기환송심이 진행되었고(서울고등법원 OOO 사건), 법원의 조정권고안에 따라 2025.3.19. 천안세무서장이 부가가치세 등을 정리하여 감액 경정하고 B는 2025.3.31. 소송을 취하하였다(이하 B가 진행한 위 소송사건 일체를 “관련 소송사건”이라 하고, 서울고등법원 OOO 사건을 “관련 파기환송심 소송사건”이라 한다). 마. 청구법인은 2025.5.15. 관련 소송사건의 결과가 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 정한 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”에 해당한다는 이유로 처분청에 쟁점 처분의 취소를 구하는 경청청구를 하였으나 처분청은 2025.7.16. 이를 거부하였다. 바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 관련 소송사건의 소송당사자가 아니라 하더라도, 청구법인은 관련 소송사건에서 사실관계가 인정되지 않는다고 본 (세액계산의 근거가 된) 행위의 직접 당사자이므로 후발적 경정청구권자에 해당한다. 「국세기본법」 제45조의2 제2항에서 말하는 후발적 경정청구 사유 같은 항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2017.9.7. 선고 2017두41740 판결 등 참조). 또한 부과처분에 대한 직접적인 판결이 아니더라도 판결의 논리필연적인 결과로 부과처분의 근거가 없어지면 후발적 경정청구 대상이 된다고 볼 수 있다(수원지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합56728 판결 참조). 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호는 후발적 경정청구에 관하여 규정하면서 그 문언상 후발적 경정청구의 주체를 제한하는 내용은 포함하고 있지 않다. 즉, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에서 그 적용대상을 ‘소송을 제기한 당사자’로 명시적으로 제한하고 있지 않으므로, 이를 임의로 납세자에게 불리한 방향으로 해석하여서는 안 될 것이다. 조세심판원도, A와 A의 아버지 등이 주주인 영리법인에 A의 아버지가 부동산을 증여하자, 과세관청이 특정법인과의 거래를 통한 이익 증여에 해당하는 것으로 보아 A에 대하여 증여세를 부과한 사안에서, A의 아버지, 영리법인이 사해행위 취소 및 원상회복 청구소송의 당사자임에도 해당 소송에서 증여세 부과처분의 근거가 된 부동산의 증여 행위가 무효라고 확정된 이상 “해당 소송의 직접 당사자가 아닌 A 역시 후발적 경정청구권자에 해당된다”고 결정한 바 있다(조심 2022서5402, 2022.11.21.). 쟁점 처분은 2013년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 사이에 “청구법인과 B 사이에 재화 또는 용역의 공급이 실제로 존재하지 않았음에도 B로부터 허위의 세금계산서를 발급받았다”는 것을 이유로 한 증액경정처분이다. 그리고 관련 소송사건에서는 쟁점 처분의 계산근거가 된 행위인 “B와 청구법인 사이에 재화와 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 B가 청구법인에 허위의 세금계산서를 발급하였다”라는 사실관계가 인정되지 않는다고 보았고, 대법원 판결에서도 위 판단이 그대로 유지되었다. (2) 관련 소송사건은 대법원 판결에 따라 확정력이 발생하였다고 볼 수 있다. 「법원조직법」 제8조는 “상급법원의 재판에 있어서의 판단은 당해 사건에 관하여 하급심을 기속한다”라고 규정하고, 「민사소송법」 제436조 제2항 후문도 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상의 판단은 하급심을 기속한다는 규정을 두고 있다. 한편 상고심에서 상고이유의 주장이 이유 없다고 판단되어 배척된 부분은 그 판결 선고와 동시에 확정력이 발생하여 그 부분에 대하여 당사자는 소송에서 더 이상 다툴 수 없고, 또한 환송받은 법원으로서도 그와 배치되는 판단을 할 수 없다(대법원 2005.10.28. 선고 2005도1247 판결, 대법원 2006.5.11. 선고 2006도920 판결, 대법원 2020.6.11. 선고 2020도2883 판결 등 참조). 관련 소송사건에서 대법원은 천안세무서장의 상고에도 불구하고, “피고가 제출한 증거만으로는 원고가 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 청구법인, D에 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 않았다고 판단한 원심 판결이 정당하다”고 판단하여 천안세무서장의 상고이유를 배척하였는바, 이는 2024.12.12. 판결 선고와 동시에 확정력이 발생하여 이에 대하여 소송 과정에서 당사자는 더 이상 다툴 수 없게 된다. 그렇다면 상고심 법원이 부가가치세 부과처분에 대하여 취소대상이 되는 세액의 범위와 관련하여 심리미진을 이유로 항소심 판결을 전부 파기하고, 천안세무서장이 관련 파기환송심 소송사건에서 조정권고에 따라 직권으로 부가가치세 부과처분을 감액경정하여 B가 소를 취하하였다 하더라도, 쟁점 처분의 계산근거가 된 행위인 “B와 청구법인 사이에 재화와 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 B가 청구법인에 허위의 세금계산서를 발급하였다”라는 사실관계가 인정되지 않는다는 법원의 판단은 이미 대법원 판결에 의해 확정된 것으로 볼 수 있다. 그렇다면 관련 소송사건이 소취하로 종료되었다 하더라도, 청구법인은 쟁점 처분에 대하여 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 기한 후발적 경정청구를 제기할 수 있다고 보아야 한다. (3) 처분청이 제시한 판례나 결정례는 이 사건에 적용하기에 적합하지 않다. (가) 대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결(제1심 서울행정법원 2012.4.5. 선고 2011구합34566 판결)의 사안은 가입비를 지급받고 회원을 모집한 후 회원의 교통위반범칙금을 대납하여 주는 내용의 범칙금 대납업을 영위하였던 자가 법령 위반 등의 사유로 더 이상 영업을 할 수 없게 되자 회원들 중 일부가 위 사업자에게 납부한 가입비의 반환을 구하는 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였고, 위 소송에서 ‘당사자 일방의 영업행위가 법률이 금지하는 업무에 해당되어 처음부터 이행이 불가능하였으므로 결국 당사자 일방과 회원들 사이의 각 회원가입계약은 효력이 없어 범칙금대납업자는 소를 제기한 회원들에게 각 가입비를 부당이득으로 반환할 의무가 있으며 범칙금대납업자가 회원들로부터 거래징수하여 납부한 부가가치세는 납세의무자인 범칙금대납업자가 과세관청으로부터 환급받을 수 있으므로 가입비 반환액에서 공제하지 아니한다’는 취지의 판결(선행판결)이 선고됨에 따라, 범칙금대납업자가 소를 제기한 회원들에게 가입비를 반환한 후 부가가치세의 환급을 청구하였는데, 국세심판원은 일부 부가가치세의 소멸시효가 완성되었다는 이유로 이를 제외한 나머지 부가가치세만을 환급하였으며, 그 이후 회원 중 일부가 또다시 범칙금대납업자를 상대로 하여 선행판결과 마찬가지로 가입비의 반환을 구하는 내용의 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였고, 선행판결과 같은 취지로 ‘범칙금대납업자는 회원들에게 가입비를 반환할 의무가 있으며, 부가가치세는 가입비 반환액에서 공제되지 않는다’는 내용의 판결이 선고되자, 범칙금대납업자가 소멸시효가 완성되었다고 하여 환급받지 못한 부가가치세에 관하여 후발적 경정청구 사유가 발생했다는 이유로 부가가치세의 감액경정 및 환급을 구하고, 관할관청이 이를 거부하자 경정청구 거부처분의 취소를 구한 사안이다. 이에 위 대법원 판결은, 사업자와 각 회원 사이의 개별적 계약관계의 효력은 개별적으로 판단되어야 하고, 일부 회원과 사업자 사이의 회원가입계약 관계가 무효라는 취지의 판결이 이루어졌다는 사정만으로, 사업자를 상대로 하여 소를 직접 제기하지 않은 회원과 사업자 사이의 회원가입계약관계까지 당연히 무효인 것으로 취급할 수는 없다는 전제에서, 직접 소를 제기하지 않은 회원과 사업자 사이의 회원가입계약관계의 효력을 부인하는 법원의 명시적 판단이 존재하지 않는 이상, 다른 회원들이 범칙금대납업자를 상대로 소를 제기하였던 쟁점판결의 내용만으로는 범칙금대납업자에게 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않은 것으로 판단한 사안이다. 그런데 이와는 달리, B의 관련 소송사건에서는, 청구법인에 대한 과세처분의 기초가 되는 사실관계인 ‘B와 청구법인 사이에 재화와 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 B가 청구법인에 허위의 세금계산서를 발급하였다’라는 점이 인정될 수 없다는 내용의 명확한 판단이 이루어졌고, 이와 같은 사실인정은 대법원에서 그대로 인정된 것이다. 위 대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결의 사안과는 달리, 이 사건에서는 청구법인이 직접 당사자인 과세처분의 기초가 된 거래행위에 관한 법원의 직접적인 판단이 존재하는 것이다. (나) 조심 2016서3310 및 조심 2023인10785 결정은 선행 사건에서 법원의 조정권고 또는 조정권고결정에 따른 과세처분의 직권취소가 이루어졌다고 할지라도, 이를 후발적 경청청구 사유에 해당한다고 보기는 어렵다는 취지로 판단한 사안이다. 그러나 관련 소송사건의 경우, 위 각 결정례와는 달리 대법원에서 과세처분의 기초가 된 거래 행위에 관한 법적 판단이 이루어진 후, 파기환송심에서 조정권고결정이 이루어짐에 따라 직권으로 부가가치세 부과처분 감액경정이 이루어지고, 이에 따라 B가 소를 취하한 사안이다. 청구법인은 법원의 조정권고나 조정권고 결정이 이루어졌다는 점을 들어 후발적 경정청구 사유가 있다고 주장하는 것이 아니라, 본 건 과세처분의 기초가 된 거래행위에 관하여 대법원의 명확한 판단이 있었기에 후발적 경정청구 사유가 있다고 주장하는 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 관련 소송사건의 소송 당사자가 아닌 거래상대방으로서 후발적 경정청구권자가 아니므로 대법원 판결 및 조정권고를 근거로 한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 타당하다. 청구법인은 청구법인의 거래상대방인 B의 판결 및 조정권고로 인해, 쟁점 처분의 근거가 된 행위가 존재하지 않게 되어 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 주장하나, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호의 취지는 ‘법원의 판결에 의하여 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정된 (후발적 사유가 있는) 경우’에 소송을 제기한 자에 한하여 후발적 경정청구의 제기가 가능한 것으로 보아야 하며, 청구법인은 그러한 소송의 당사자가 아니므로 후발적 사유에 따른 경정청구권자라고 볼 수 없다. (2) B는 관련 소송사건의 1심 판결에서 2017.10.18. 조세심판원에 직접 방문하여 적법하게 송달받은 것으로 판단되어 각하판결을 받지 않았으나, 청구법인은 청구법인이 제기한 서울행정법원 2018.6.22. 선고 2018구합50697 판결에서, 청구법인에게 2017.10.11. 심판결정서가 송달되었음에도 심판결정서를 송달받은 날부터 90일이 경과하여 소를 제기함으로써 각하판결을 받았고 그것이 확정되었다. 청구법인과 B가 서로 거래상대방으로서 동일한 사실관계 하에서 각각 다른 판결을 선고받은 것은 소송당사자가 다르기 때문이고 이는 후발적 경정청구권자도 소송당사자여야만 한다는 것을 방증한다. (3) 청구법인이 제출한 관련 파기환송심 소송사건 재판부의 조정권고를 보면 ‘우리 재판부에서 심리중인 위 사건의 신속ㆍ원만한 해결을 위하여 아래와 같은 조정을 권고합니다’라는 내용과 피고(천안세무서장)의 부과처분취소와 원고(B)의 소를 취하한다는 내용 이외에는 청구법인과 관련한 그 어떠한 정보도 기재되어 있지 아니하는바, 청구법인은 후발적 경정청구권자에 해당한다고 할 수 없다. 조정권고의 내용에 쟁점 사유에 관한 부분이 전혀 없기 때문이다. (4) 또한 위 조정권고에 따른 B의 소취하는 확정력 있는 종국판결에 해당하지 않아 「국세기본법」 법문언상 후발적 경정청구 사유에 해당되지 않으며, 청구법인은 관련 소송사건의 당사자도 아니기 때문에 2025.3.31. 소취하 사실을 알았다 하더라도 후발적 경정청구권자라 할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 거래상대방이 제기한 소송의 경과에 비추어 청구법인의 후발적 경정청구가 인용되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 제80조(결정의 효력) ① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다. ② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우 3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우 (3) 행정소송법 제8조(법적용례) ① 행정소송에 대하여는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법이 정하는 바에 의한다. ② 행정소송에 관하여 이 법에 특별한 규정이 없는 사항에 대하여는 법원조직법과 민사소송법 및 민사집행법의 규정을 준용한다. (4) 민사소송법 제216조(기판력의 객관적 범위) ① 확정판결(確定判決)은 주문에 포함된 것에 한하여 기판력(旣判力)을 가진다. ② 상계를 주장한 청구가 성립되는지 아닌지의 판단은 상계하자고 대항한 액수에 한하여 기판력을 가진다. 제436조(파기환송, 이송) ① 상고법원은 상고에 정당한 이유가 있다고 인정할 때에는 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하거나, 동등한 다른 법원에 이송하여야 한다. ② 사건을 환송받거나 이송받은 법원은 다시 변론을 거쳐 재판하여야 한다. 이 경우에는 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상 판단에 기속된다. ③ 원심판결에 관여한 판사는 제2항의 재판에 관여하지 못한다. (5) 법원조직법 제8조(상급심 재판의 기속력) 상급법원 재판에서의 판단은 해당 사건에 관하여 하급심(下級審)을 기속(羈束)한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 법인세 및 부가가치세 경정청구 내역은 아래와 같다. <표1> 청구법인의 이 사건 경정청구 내역(부가가치세) OOO <표2> 청구법인의 이 사건 경정청구 내역(법인세) OOO (2) 청구법인이 당초 쟁점 처분에 대해서 우리 원에 제기한 조세심판청구에 대한 우리 원 기각결정의 주요 내용(처분개요 및 판단부분)을 발췌하면 아래와 같다. 조심 OOO 처분개요 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.12.부터 2015.5.20.까지 청구법인, 주식회사 B(이하 “B”라 한다), 주식회사 D(이하 “D”이라 한다), E의원(C), 주식회사 C(이하 “C”라 한다), 주식회사 F(이하 “F”라 한다) 등에 대하여 세무조사를 실시하여, 청구법인 및 D이 B의 명의위장사업장에 해당한다는 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인의 매출 및 매입을 부인하고, 청구법인이 수수한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2015.6.15. 청구법인에게 부가가치세 2013년 제1기분 △OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원, 2014년 제2기분OOO원, 법인세 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 판단부분 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 2003년 제1기분 부가가치세 △OOO원에 대하여 살피건대, 과세관청의 감액경정ㆍ결정은 당초 납세의무자가 신고하여 확정된 과세표준 및 세액 중 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과하여 별개의 독립된 처분으로 보기 어렵고, 나아가 납세의무자에게 불이익한 행정행위로 보기도 어려워 「국세기본법」제55조 제1항의 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분’에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 2003년 제1기분 부가가치세 감액처분에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다. 다음으로, 2003년 제1기분 부가가치세를 제외한 나머지 과세처분에 대하여 살피건대, 청구법인은 B의 명의위장사업자가 아닌 독립된 사업자에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 판매ㆍ영업직원이 없고, 물류창고나 보관시설이 독립적으로 설치되어 있지 않으며, 관련 세금계산서 교부 및 수취, 자금관리 등을 모두 B 소속 경영지원팀에서 일괄 수행하고 있는 점, B 경영지원팀 이사인 D이 B가 예금압류를 피하고 그룹자금의 원활한 운영을 위하여 청구법인 및 D 명의로 매출하였다고 밝히고 있는 점 등에 비추어 청구법인을 B의 명의위장사업장으로 보는 것이 타당하므로 청구법인의 매출ㆍ매입을 B에게 귀속시켜 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 청구법인은 위 결정에 대해 행정소송을 제기하였으나, 소제기 기한(90일)을 도과하여 소를 제기함으로써 각하 판결을 받고 그 판결이 확정되었으며(서울행정법원 OOO), 그에 따라 우리 원의 위 결정의 기속력도 확정되었다. (3) B가 제기한 관련 소송사건의 경위 및 판결문의 내용 등은 아래와 같다. (가) 1심 판결문의 내용(일부)은 아래와 같다. 서울행정법원 OOO 쟁점 사유 관련 법원이 인정한 사실 부분 1) 원고, D, G(청구법인), C는 서울 … 사옥을 공동으로 사용하며 운영되고 있고, C의 물품 제조, 품질 관리, 가공, 물류보관 등 일부 업무는 천안시…에 위치한 공장에서 이루어지고 있다. A그룹에는 본사임원 6명, 직원 30여 명, 천안공장 직원 19명 등이 근무 중이며, 경영지원팀, 해외사업팀, 국내영업팀, 마케팅팀, 디자인팀, CS팀, 신약연구소(H) 등으로 부서가 나누어져 있는데, 각 부서별로 소속 회사가 정해져 있기는 하나 실제 업무는 회사 구분 없이 통합적으로 운영되어 왔다. 2) 원고는 A그룹에서 인수하기 전부터 상장법인이었으나 2011.11.경 매출채권 외 채권 등에 관한 거액의 손상차손이 발생하면서 상장폐지되었고, 원고 명의의 금융계좌가 압류되어 물품 판매대금 등을 지급받지 못하게 되자 2012.5.경부터 D 명의의 금융계좌(OOO)를, 2012. 11.경부터 G(청구법인) 명의의 금융계좌(OOO)를 원고의 기존 거래처들로부터 물품대금을 지급받는 용도로 사용하여 왔다. 물품대금이 위 각 계좌로 입금되면 원고는 위 돈을 선수금 등 수입으로 계상하는 것과 동시에 금융계좌 명의 회사에 대한 단기대여금이나 외상매출금으로 회계처리하고, 해당 회사는 원고로부터 같은 금액을 단기차입하거나 외상매입한 것으로 처리하며, 원고의 자금 지출이 필요한 경우 해당 회사가 거래 상대방에게 해당 금액을 대신 송금하고 원고에 대한 단기차입금이나 외상매입금을 상환한 것으로 처리하는 방식으로 자금업무를 수행하였다. 3) 그런데 원고의 거래처에서 세금계산서 발행업체와 금융계좌의 명의자가 다른 점에 대하여 의문을 갖는 등 문제가 있자, 원고는 2012년경부터 2014년경까지 원고가 D 등에게 위 물품들을 판매하고 D 등이 원고의 기존 거래처에 위 물품들을 판매하는 형태로 거래를 하였다. 원고는 다음 표 기재와 같이 D과 G(청구법인)에 세금계산서를 발행하였고, 위 업체들은 거래 상대방에게 다시 세금계산서를 발행하였다. … 쟁점 사유 관련 법원의 판단 부분 (1) 원고가 금융계좌에 대한 압류채권자들의 강제집행을 회피하기 위해 이 사건 거래 구조를 취하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고와 D, G(청구법인) 사이의 재화나 용역 공급계약의 효력을 함부로 배척할 수는 없다. 원고는 화장품 등을 소매업체들에 판매하는 영업을 영위함에 있어 ‘원고가 소매업체들에 직접 판매하는 방법’과 ‘D, G(청구법인)를 통하여 판매하는 방법’ 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 그에 관한 당사자들의 선택은 그것이 가장행위라는 등의 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다. 그런데 원고, D, G(청구법인)는 그들 사이에 작성된 거래명세표에 따라 화장품 등을 입ㆍ출고하였고, 그 거래 과정에서 발생한 부가가치세를 전부 신고ㆍ납부하였는바, 이는 원고와 D, G(청구법인) 사이의 이 사건 거래 구조가 유효하다는 전제에서 행한 것이므로, 이 사건 거래가 당사자들이 통모하여 법률행위의 효과발생을 의욕하지 아니한 가장행위에 해당한다고 볼 수 없다. (2) 이 사건 거래 구조를 시간 순으로 구성하면 ① D, G(청구법인)가 각 소매업체로부터 화장품 등의 주문을 받아서 ② 원고에게 화장품 등을 발주하면, ③ 원고가 C에 화장품 등의 제조를 발주하여 ④ 화장품 등은 “C → 원고 → D 또는 G(청구법인) → 각 소매업체”로 공급되는 것이다. 이 과정에서 D, G(청구법인)의 거래 상대방인 각 소매업체는 D, G(청구법인)와 화장품 등을 거래한다고 인식하였고, 실제 대금의 지급도 D, G(청구법인)에 하였으며 D, G(청구법인)로부터 세금계산서를 수취하였다. (3) D과 G(청구법인)에 영업조직이라고 부를 만한 것이 존재하지 않기는 하나, 특별한 영업조직이 있어야만 소매업체들에 화장품 등을 판매할 수 있다고 보기는 어렵고, D과 G(청구법인)가 기존 원고의 거래처를 대부분 승계한 점, D과 G(청구법인)가 광고비 등으로 지출한 내역이 존재하는 점, 그룹의 계열회사가 유통비용의 절감을 위하여 하나의 창고를 구획하여 사용하는 것이 지나치게 이례적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, D과 G(청구법인)가 판매영업을 하는 법인으로서의 실체가 전혀 없다거나, 원고에게서 D, G(청구법인)로의 재화의 공급이 재화의 물리적ㆍ현실적인 이동 없이 오로지 서류상으로만 이루어진 가공거래라고 단정할 수 없다. (4) 원고와 D, G(청구법인) 사이에 명시적으로 작성된 ‘공급계약서’는 존재하지 않는다. 그러나 이는 위 법인들이 A그룹에 속한 계열회사인 점, 매매계약은 불요식의 낙성계약으로서 그 성립을 위하여 계약서 등의 서면이 반드시 작성될 필요는 없는 점, 위 법인들 사이에 거래명세표 등을 통하여 공급품목, 수량, 단가, 공급가액 등에 관한 합의가 있었던 점, 원고의 계좌가 압류되어 사용할 수 없었기 때문에 D, G(청구법인)는 원고가 지정하는 업체들에 원고의 채무를 대신하여 변제하는 방법으로 원고에 대한 물품대금을 변제한 점 등을 종합하면, 적어도 법률적으로는 위 법인들 사이에 구속력 있는 합의가 성립한 것으로 볼 수 있다. 다) 소결론 그렇다면 피고 천안세무서장이 원고에 대하여 한 2012년 2기부터 2014년 2기까지의 각 부가가치세 부과처분 중 ③ 처분사유(쟁점 사유)와 관련하여 원고의 D, G(청구법인)에 대한 매출 및 매입을 부인한 부분은 위법하고, 이 사건 기록에 의하면 정당한 세액은 [별지 3] 목록 각 ‘정당한 세액’란 기재와 같다. 따라서 피고 천안세무서장이 2015.6.10. 원고에 대하여 한 [별지 2] 목록 기재 각 부가가치세 부과처분 중 [별지 3] 목록 기재 각 ‘정당한 세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다. (나) 2심 판결문의 내용(일부)은 아래와 같다. 서울고등법원 OOO 쟁점 사유 관련 법원의 판단 부분 이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는, 다음과 같이 일부 삭제하는 외에는 제1심판결 이유 중 “3. 라. 2) ③ 처분사유 관련 주장에 관한 판단” 부분 기재와 같으므로, 「행정소송법」제8조 제2항, 「민사소송법」제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. 제1심판결문 13쪽 7∼13행을 삭제한다. (취소 세액 관련 부분) (다) 3심 판결문의 내용(일부)은 아래와 같다. 대법원 OOO 쟁점 사유 관련 법원의 판단 부분 원심은 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로 원고가 재화 또는 용역을 실제로 공급하지 않았음에도 주식회사 D, 주식회사 G(청구법인)에 허위의 세금계산서를 발급하였음이 증명되지 않았다고 판단하였다. 원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심 판단에 상고이유 주장과 같이 가공세금계산서의 판단기준에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 세액 관련 법원의 판단 부분 이후 피고는 제1심에서 ③ 처분사유(쟁점 사유) 관련 원고 주장을 받아들일 경우에 대비하여 정당세액 계산 내역을 기재한 2021.11.29.자 참고서면을 제출하였다. 제1심은 이와 같이 산정된 정당세액에 기초하여 피고의 2012년 2기분부터 2014년 2기분까지 부가가치세 부과처분 중 정당세액을 초과하는 부분을 취소하는 판결을 선고하였다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심은 피고가 사실심 변론종결시까지 제출한 자료에 의하여 정당한 세액을 심리ㆍ산정할 수 있었다고 봄이 타당하다. 원심은 이 사건 처분사유 중 일부(①, ③ 처분사유)만이 위법하다고 보면서도 정당한 세액을 산출하지 아니한 채 이 사건 처분과 이 사건 소득금액변동통지 전부를 취소하였다(…). 이러한 원심판결에는 과세처준의 취소범위에 관한 법리를 오해하여 정당세액에 대한 심리를 다하지 못한 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다. 4. 결론 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. (라) 파기 환송 후 2심에서는 조정권고를 하였고 그 내용은 아래와 같으며 사건 당사자들은 이에 합의하여 피고는 관련 처분 부분을 취소하고 원고는 소를 취하하였다. 1. 피고는 2015.6.10. 원고에 대하여 한 [별지]1 ‘③ 불복세액’ 란 기재 각 부과처분 중 ‘④ 정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 2. 피고가 제1항 기재 처분을 취소하면 원고는 곧바로 이 사건 소를 취하하고, 피고는 이에 동의한다. 3. 소송총비용 가운데 10%는 원고가, 90%는 피고가 부담한다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이미 청구법인에 대한 쟁점 처분에 대해 직접 행정소송을 제기하였으나 그것이 각하되어 쟁점 처분이 확정되었으므로 이에 대해 다시 불복을 제기할 수 있도록 하는 것은 조세법률관계를 지나치게 불안정하게 만들 여지가 있는 점, 법원은 비록 당초 처분과 모순되는 확정판결이 있다고 하더라도 이미 원고가 행정소송을 제기해 기각판결이 있었다면 특별한 사정이 없는 이상 원고가 제기한 기각판결의 기판력에 따라 후발적 경정청구가 인정될 수 없다고 판시하였는바(대법원 2026.2.25.자 2025두35470 판결), 우리 원의 결정에도 기판력과 유사한 ‘기속력’이 인정되는데 청구법인의 본건 후발적 경정청구는 청구법인에 대한 조심 OOO 기각결정의 기속력에 반하여 허용되기 어려운 점, B가 제기한 관련 소송사건은 청구법인의 매입처에 관련한 것으로 청구법인의 ‘매출처’의 불복여부 등에 관한 자료는 없으므로 쟁점 처분의 전제가 된 전체 거래(청구법인의 매출 및 매입)의 효력에 대하여 법원의 확정적인 판단이 있었다고 단정하기 어려운 점, 관련 소송사건에서 법원의 판단은 거래의 사법상 효력에 관한 것이 아니라 세법적인 판단에 관한 것에 불과하므로 이와 같은 법원의 사후적 판단이 있었다고 하더라도 그 뒤에 있는 조세행정심판이나 행정소송의 판단(재결)기관이 이에 무조건적으로 구속된다고 보기는 어려운 점(즉, 청구법인의 주장과 같이 관련 소송사건의 경과가 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 보더라도, 기판력 또는 기속력이 미치는 범위에 비추어 볼 때 재결청이나 법원이 관련 자료나 증거에 비추어 다른 판단을 할 수 없다고 보긴 어렵다) 등에 비추어, 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.