청구인들은 각 과세기준일 현재 형식적 요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨.

이유 1. 처분개요 가. 청구인들은 종합부동산세 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 충청남도 천안시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각각 50%의 지분으로 보유하고 있다. 나. 청구인들은 2014.9.29. 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 신고하여 쟁점주택에 대하여 종합부동산세가 과세되지 않았다. 다. 처분청은 청구인들이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항의 합산배제 임대주택의 적용요건 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 ‘임대사업자’ 등록요건을 갖추지 못한 것으로 보아, 2025.11.4. 청구인 A에게 2021년∼2024년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원을 고지하고, 청구인 B에게 2021년∼2024년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 쟁점주택은 「종합부동산세법 시행령」 제3조의 합산배제 임대주택에 해당하여 2013.9.3. 천안세무서에 사업자등록이 되었고, 2020년 이후 충청남도 천안시장(이하 “관할 지자체장”이라 한다)에게 ‘임대사업자’ 등록을 여러 번 신청하였으나, 관할 지자체장이 쟁점주택을 아파트로 오인하여 임대사업자 등록 신청을 거부하였으므로, 청구인들에게 과실이 있지 않고 정부에 과실이 있다, 따라서, 청구인들에게 부과한 이 건 종합부동산세는 부당하므로 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주택은 청구인 B가 2013.8.14. 신축한 건설임대주택으로 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 및 제5조에 따라 ‘임대사업자’ 등록이 가능하였으나, 관할 지자체에 임대사업자 등록이 되어있지 아니하였고, 이 건 종합부동산세가 고지되자 2025.9.22. 임대사업자 등록을 하였다. (2) 청구인들은 관할 지자체장에게 임대사업자 등록을 여러 번 신청하였음에도 관할 지자체장의 과실로 임대사업자 등록이 거부되었다고 주장하나, 청구인들의 임대사업자 등록 신청내역이나, 신청에 대한 거부내역이 없고, 증빙 없이 천안시 공무원의 잘못된 안내를 받았다고 주장하고 있다. 청구인들의 주장에 따르더라도 공무원의 잘못된 민원안내는 행정청의 처분으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 청구인들은 종합부동산세 합산배제의 형식적 요건인 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록이 되지 않았으므로, 처분청이 쟁점주택을 과세대상으로 하여 이 건 종합부동산세 부과처분을 한 것은 정당하다. 3. 사실관계 및 판단 가. 쟁점 청구인들 소유의 임대주택에 관하여 지방자치단체에 임대사업자 등록이 되어있지 아니하여 합산배제 요건을 미충족한 것으로 보아 종합부동산세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제3조【과세기준일】 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제8조【과세표준】 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 ③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. (3) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용의의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다. 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택. 5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택은 청구인 B가 건설하여 2013.8.14. 사용승인이 완료된 65세대의 주택으로 건축물의 용도는 “아파트(도시형생활주택(원룸형))”로 건축물대장에 기재되어 있고, 전용면적은 20.88㎡∼41.76㎡이며, 공시가격은 OOO원이다. (나) 국세청 전산망에 의하면 2021년 ∼ 2024년 과세기준일에 청구인들의 관할 세무서 사업자등록 내역은 확인되나, 관할 지자체에 임대사업자 등록 내역은 확인되지 않는다. (다) 처분청은 ‘국세청 합산배제 임대주택 점검지시’로 청구인들의 합산배제 임대주택 신고를 검토한 결과 청구인들이 합산배제 요건을 갖추지 않은 것으로 판단하여 청구인들에게 2021년 ∼ 2024년 귀속 종합부동산세 과세처분을 하였다. (라) 청구인들이 2025.9.22. 쟁점주택에 대해 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록을 한 후 2025 귀속 종합부동산세는 합산배제 되었다. (마) 청구인들은 2020년경 관할 지자체장에게 임대사업자 등록 신청을 하였으나, 쟁점주택이 ‘아파트’에 해당한다고 하여 거부처분을 받았다고 주장하였으나 별도 증빙은 제출하지 않았다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 관할 지자체장의 과실로 쟁점주택에 대해 임대사업자 등록이 되지 않았으므로 이 건 종합부동산세는 부당하다고 주장하나, 관할 지자체장의 과실 등 임대사업자 등록 거부 사실을 입증할 수 있는 증거가 제출되지 않은 점, 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항은 합산배제 임대주택의 형식적 요건으로 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자 등록을 규정하고 있으나 청구인들은 각 과세기준일 현재 형식적 요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.