22.12.31. 개정된 개정규정은 부칙 제1조에 따라 23.1.1. 이후에 적용되므로 쟁점과세기간에 소급하여 개정규정을 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구인은 OOO 국적의 외국인으로서, 2010.4.8.부터 2017.5.5.까지 국내에서 근로를 제공하였고, 2017.5.8.부터 심판청구일 현재까지 A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 근무하고 있다. 나. 청구인은 쟁점법인에서 발생한 2019년～2022년(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 귀속 근로소득에 대하여 「소득세법」 제55조에 따른 일반세율을 적용하여 신고한 후, 2025.5.30. 2019년 귀속 종합소득세 기한후신고(이하 “쟁점기한후신고”라 한다)를 하고, 쟁점과세기간 귀속 근로소득이 「조세특례제한법」(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제18조의2 제2항(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)에 따라 외국인근로자 단일세율(19%) 적용대상에 해당한다는 사유로 2025.6.2. 처분청에 일반세율 적용 시 세액과 단일세율 적용 시 세액과의 차액에 해당하는 쟁점과세기간 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 다. 처분청은 2019년 귀속 종합소득세 경정청구는 청구기간(2025.3.10.)이 도과하였고, 쟁점개정규정은 2023.1.1.부터 적용할 수 있는 것으로 쟁점과세기간 귀속 근로소득에는 쟁점개정규정을 적용할 수 없다고 보아 2025.8.5. 경정청구 거부처분을 하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) (쟁점1) 청구인의 2019년 귀속 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 청구기한 내에 적법하게 제기되었다. (가) 청구인은 「국세기본법」 제45조의3에 따른 기한후신고를 적법하고 유효하게 이행하였다. 「소득세법」은 근로소득을 비롯한 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 다음 연도 5월 31일까지 신고하도록 규정하되(「소득세법」 제70조 제1항), ‘근로소득만 있는 자’ 등의 경우에는 같은 법 제70조에도 불구하고 “해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다(「소득세법」 제73조 제1항). 즉, 「소득세법」은 원칙적으로 종합소득금액이 있는 모든 거주자에 대하여 종합소득세 과세표준확정신고 의무를 부여하고 있으나, ‘근로소득만 있는 자’ 등의 경우에는 납세자의 편의를 위하여 종합소득세 확정신고를 하는 대신 예외적으로 연말정산으로 갈음할 수 있도록 허용하고 있을 뿐이므로, ‘근로소득만 있는 자’의 경우에도 연말정산으로 소득세 신고·납부를 종결하지 않고, 종합소득세 과세표준확정신고를 자유롭게 할 수 있다(원천세과-OOO, 2011.5.17.). 한편, 「국세기본법」 제45조의3 제1항은 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장의 결정 통지 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다”고 규정하고 있으며, 앞서 살펴본 바와 같이, ‘근로소득만 있는 자’인 청구인은 「소득세법」 제73조 제1항 특례규정에 의하여 예외적으로 허용된 바에 따라, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니하였고, 청구인은 관할 세무서장으로부터 2019년 귀속 과세표준과 세액에 대한 결정·통지를 받은 사실 또한 없다. 나아가, 아래 ＜표1＞과 같이 2006.12.30. 「국세기본법」 제45조의3이 개정되면서, 추가로 납부하여야 할 세액이 없는 경우에도 제한 없이 기한후신고가 허용되는바, 세액의 변동이 없다는 등의 이유로 기한후신고를 이행할 수 없다거나 유효하지 않다는 주장은 타당하지 않다. ＜표1＞ 「국세기본법 제45조의3」 개정 전·후 내역

「국세기본법」 제45조의3(기한후신고)
2006.12.30. 개정 전	2006.12.30. 개정 후
① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야 할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.	① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」 제15조의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

따라서, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 청구인이 제출한 2019년 귀속 쟁점기한후신고는 아무런 하자 없이 적법하고 유효하다. (나) 청구인은 「국세기본법」 제45조의2 제5항이 아닌 제1항에 따른 경정청구를 제기하였다. 「국세기본법」 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 같은 법 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자”는 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따른 과세표준 및 세액을 초과할 때 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정한다. 이처럼 같은 법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기할 수 있는 자로서, ‘기한후과세표준신고서를 제출한 자’를 열거하고 있을 뿐, 그 기한후신고에 따른 세액을 납부하였는지 여부나 신고를 확정하는 효력 등을 따로 요구하지 않는다. 앞서 살펴본 바와 같이, 청구인은 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 2019년 귀속 경정청구를 제기한 것이며, 처분청이 2019년 귀속 경정청구가 청구기한을 도과하였다는 주장의 근거로 삼고 있는 「국세기본법」 제45조의2 제5항은 본 사안과 아무런 관련이 없다. 심지어 「국세기본법」 제45조의2 제5항은 그 입법취지를 보건대, 아래＜표2＞와 같이 납세자의 편의를 위하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있는 자에 대하여도 경정청구권을 추가로 확대 인정하기 위하여 도입된 제도인바, 오히려 이 규정을 들어, 마치 근로소득만 있는 자의 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 본래의 경정청구를 제기하는 것이 불가능하다는 견해는 잘못된 해석이라고 보아야 한다. ＜표2＞ 「국세기본법」 제45조의3 개정 전·후 내역

종 전	개 정
○ 납세자가 소득세·법인세·부가가치세 등 과세표준확정신고를 한 경우에만 경정청구 가능 - 과세표준확정신고가 면제되는 납세자의 경우 경정청구 불가능	○ 경정청구권 인정 범위 확대 - 과세표준확정신고가 면제되는 다음의 자 또는 그 원천징수의무자에게 경정청구 가능 ·근로소득만 있는 자 ·퇴직소득만 있는 자 ·연금소득만 있는 자 ·원천징수되는 사업소득만 있는 자 * 분리과세소득만 있는 자는 경정청구 불인정

나아가 국세청 유권해석(법령해석과-OOO, 2021.7.26. 등)은 “연말정산된 근로소득만 있어 소득세 과세표준 확정신고를 하지 않은 원천징수대상자는 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있다”고 회신하고 있는데, 이를 반대 해석하면, 청구인과 같이 기한후신고를 통하여 소득세 과세표준 확정신고를 이행한 경우에는 법정신고기한인 2020.5.31.로부터 5년 이내에 경정청구를 제기할 수 있다고 봄이 타당하다. (2) (쟁점2) 쟁점과세기간 귀속 근로소득에 대하여 쟁점개정규정에 따른 특례세율이 적용된다고 봄이 타당하다. (가) 2014.1.1. 당시 근로를 제공한 청구인은 쟁점개정규정에 따라 2033.12.31.까지 특례세율 적용이 가능하다. 과거 외국인근로자에 대한 과세특례는 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 특례세율을 적용하도록 하였으나, 2022.12.31. 쟁점개정규정으로 개정되면서 부칙 제10조 “국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년 이내에 끝나는 과세기간”까지 특례세율을 적용(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)할 수 있도록 대상 기간이 연장되었다. 이때, ‘국내에서 최초로 근로를 제공한 날’에 대하여 기획재정부는 “2014.1.1 현재 근로를 제공하고 있는 외국인근로자의 경우 국내에서 최초로 근로를 제공한 날은 2014.1.1.”이라고 회신하였다(기획재정부 소득세제과-OOO, 2023.2.21.). 위 쟁점개정규정의 문구와 기획재정부 유권해석의 회신 내용을 종합하여 보면, 2014.1.1. 당시 B 서울지점에 근로를 제공하고 있던 청구인에 대하여 2014.1.1.부터 20년 이내에 끝나는 과세기간, 즉 2033.12.31.까지 쟁점개정규정이 적용될 수 있다고 봄이 타당하며, 그렇다면 2033.12.31. 이전인 쟁점과세기간 귀속 근로소득에 대하여도 쟁점개정규정에 따른 특례세율을 적용할 수 있다고 보아야 한다. (나) 쟁점개정규정의 적용 시기에 관하여 개별적 적용례인 쟁점 부칙규정이 일반적 적용례인 부칙 제2조보다 우선하여 적용된다. 쟁점부칙규정은 개별적 적용례로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 아니한 외국인근로자에 대하여도 쟁점개정규정을 적용한다고 규정하고 있는 반면, 같은 법률 부칙 제2조는 일반적 적용례로서 법률 제19199호로 개정된 규정은 2024.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있다. 그렇다면, 쟁점개정규정의 적용 시기를 개별적 적용례에 규정된 바에 따를 경우, 쟁점과세기간에 대하여도 특례세율 적용이 가능하다고 보아야 할 것이며, 반대로 일반적 적용례를 따를 경우에는 쟁점과세기간에 대하여는 쟁점개정규정을 적용할 수 없다고 해석될 것이다. 즉, 쟁점개정규정의 적용 시기에 관하여 개별적 적용례와 일반적 적용례 중 어느 것이 우선 적용되는지에 따라, 쟁점과세기간에 대하여 쟁점개정규정 적용이 가능한지 여부가 판가름 날 것이다. (다) 이와 관련한 법리를 살펴보면, 개별적 적용례인 쟁점부칙규정이 일반적 적용례인 부칙 제2조보다 우선하여 적용됨이 자명하다. 부칙은 본칙과 함께 법령을 구한다. 따라서, 본칙과 마찬가지로 부칙에 대하여도 대표적인 법령해석의 원칙인 특별법 우선의 원칙이 적용된다. 특별법 우선의 원칙이란, 동등한 법형식 사이에서 어떤 법령이 규정하고 있는 일반적인 사항(일반법)과 다른 특정의 경우를 한정하여 적용하는 법령(특별법)이 있는 경우에는 특별법이 일반법에 우선한다는 원칙이다. 그렇다면, 개별적 적용례와 일반적 적용례의 관계에서도, 특별법의 지위에 있는 개별적 적용례가 일반적 적용례에 우선 적용된다고 봄이 타당하다. 대법원도 개별적 적용례가 있는 경우에는 일반적 적용례에 우선적으로 적용된다는 입장을 보이고 있고(대법원 2017. 9. 21. 선고 2016두60201 판결), 이 판결에서 대법원은 ‘부칙 제2조(일반적 적용례)에서, “이 영은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.”라고 규정하고 있을 뿐, 개정 「법인세법 시행령」 제69조 제3항에 관한 개별적 적용례를 별도로 규정하고 있지 아니하다’는 점을 들어, ‘2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정된 「법인세법 시행령」 제69조 제3항은, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용되므로, 그 전의 사업연도분의 과세에 대하여는 적용되지 않는다’고 판단함으로써, 개별적 적용례가 있는 경우에는 일반적 적용례보다 우선하여 적용된다는 법리를 확인한바 있으므로, 개별적 적용례인 쟁점부칙규정이 일반적 적용례인 부칙 제2조보다 우선하여 적용되며, 이에 따라 쟁점과세기간에 대하여도 특례세율 적용이 가능하다고 보아야 한다. (3) 납세의무자에게 유리한 시혜적 소급입법은 제한 없이 허용되므로, 쟁점개정규정의 소급적용을 문제 삼을 수 없다. (가) 쟁점개정규정 및 쟁점부칙규정은 2022.12.31.에 입법되었으므로, 이보다 과거 시점인 쟁점과세기간에 대하여 그 효력이 미치도록 하는 것은 소급입법이므로 타당하지 않다는 견해가 있을 수 있으나, 국민의 재산권을 제한하는 등의 불리한 법령은 「헌법」 제13조 제2항에 따라 소급입법이 엄격하게 제한되는 반면, 새로운 법령을 소급 적용하더라도 신법이 과거에 부담하던 조세보다 세액을 경감시키는 것과 같이 납세의무자에게 유리한 시혜적인 소급입법은 제한없이 허용된다는 것이 확고한 법리이다. (나) 관련하여 헌법재판소는 ‘(신법이 피적용자에게 유리한 시혜적인) 소급입법을 할 것인지의 여부는 입법재량의 문제로서 그 판단은 일차적으로 입법기관에 맡겨져 있으며, 이와 같은 시혜적 조치를 할 것인가 하는 문제는 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 경우와는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정된다고 할 것이다’라고 판단한 바 있으며(헌법재판소 1995.12.28. 선고 95헌마196 결정), 대법원 역시도 ‘종전에는 감면신청기간이 경과한 후에는 감면신청을 하더라도 조세감면 자체가 배제되던 것을 그 경우에도 감면결정을 받으면 감면신청 이후의 기간에 대하여는 조세감면이 가능하도록 한 규정이어서 납세자에게 유리하므로 이를 위 개정 이전에 유상증자가 이루어진 이 사건에 대하여 적용하더라도 조세법률 불소급의 원칙에 반하지 아니한다’고 판시하였다(대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결). (다) 법제처 또한 ‘(해당 사안의 법령은) 입법 공백이 발생한 기간 동안 지방세의 납세의무가 성립한 자도 감면혜택을 받을 수 있도록 개정된 감면규정을 소급하여 적용하려는 것인데, 이는 해당 납세의무자에게 이익을 줄 뿐이고 그 외의 사람들에게도 손실을 주지 않는 시혜적 소급입법에 해당하므로, 소급입법이 예외적으로 허용된다’는 의견을 제시한 사례가 확인된다(의견18-OOO, 2018.12.5.). (라) 외국인근로자에게 특례세율 적용을 선택하도록 한 쟁점개정규정 역시도 납세의무자에게 유리한 시혜적인 입법이므로, 그 적용시기를 소급하여 적용하도록 하는 소급입법이 제한없이 허용되는바, 개정 규정의 소급적용을 문제 삼아서 쟁점과세기간에 대한 과세특례 적용이 불가능하다고 보는 것은 타당하지 않은 주장이다. (4) 쟁점개정규정의 취지상으로도 쟁점과세기간에 대한 과세특례 적용이 가능하다고 보아야 한다. (가) “외국인근로자에 대한 과세특례” 제도는 외국인근로자에 대한 세제 혜택을 통하여 우수한 외국 인력의 국내 유입을 촉진하기 위한 제도로 도입되었고, 그 제도적 필요성이 인정됨에 따라 적용 기간을 지속적으로 연장하면서 현재에 이르고 있다. (나) 이과 관련하여 쟁점개정규정 발의 당시 정부제출안(＜표3＞ 참조)에 대한 국회 기획재정위원회의 검토보고서(2022년 11월)에 따르면, 당초 정부안의 취지는 외국인근로자에 대한 특례세율 적용기간을 폐지하여, 외국인근로자가 영구적으로 이 사건 특례규정에 따른 특례세율을 적용받을 수 있도록 하고, 이러한 개정안이 “현재 특례적용 중이거나 이전에 특례를 받은 경우에도 적용”될 수 있도록 하는 것임이 아래와 같이 확인된다. ＜표3＞ 외국인근로자에 단일세율 특례 적용기간 폐지(정부안)

현 행	개 정 안
□ 외국인근로자에 대한 과세특례(제18조의2) ○ 적용대상 : 외국인인 임원 또는 사용인 ○ 특례내용 : 종합과세 대신 19% 단일세율 과세 선택 허용 * 비과세·감면 소득공제 및 세액공제 미적용 ○ 적용기간 : 국내 근무시작일부터 5년간 ○ 적용기간 : 2023년 12월 31일 이전에 국내에서 최초로 근로하기 시작하는 경우	□ 외국인근로자에 대한 단일세율 적용 기간 폐지 ○ (현행과 같음) ○ (현행과 같음) ○ 적용기간 : ＜삭제＞ * 현재 특례적용 중이거나 이전에 특례를 받은 경우에도 적용 ○(현행과 같음)

* 정부안 2022.9.1. 제출(의안번호 OOO) (다) 비록 국회 조세소위원회 논의를 거치면서 당초 영구적으로 적용하도록 한 적용기간을 20년으로 정하는 것으로 수정되었으나, “현재 특례적용 중이거나 이전에 특례를 받은 경우에도 적용”하고자 하는 취지까지 퇴색되었다고 보기는 어렵다. (라) 따라서, 당초 정부안이 의도한 취지와 같이 쟁점개정규정의 시행 당시를 기준으로 국내에서 최초로 근로를 제공한 날로부터 20년이 경과하지 않은 외국인근로자에 대하여 20년의 전체기간 동안 쟁점 개정규정에 따른 특례세율을 적용할 수 있다고 보아야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 2019년 귀속 경정청구가 청구기한을 도과하였는지 여부 (가) 근로소득만 있는 자의 경우에도 연말정산 시 소득세를 과다(과소)신고한 경우 종합소득세 과세표준확정신고를 할 수는 있으나, 청구인은 확정신고 기한인 2020.5.31.까지 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출하지 아니하였고, 원천징수의무자가 근로소득만 있는 당해 근로자의 연말정산을 하고 소득세를 납부하였다면 당해 근로자가 종합소득 과세표준확정신고 절차를 이행한 것과 동일한 효과가 있는 것으로 기한후신고 대상이 아니므로, 청구인은 연말정산된 근로소득만 있는 자로서 수정사항 없이 연말정산 내용과 동일한 내용으로 2025.5.30.에 제출한 쟁점기한후신고는 유효한 것으로 볼 수 없다. (나) 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 경정청구 기한은 「국세기본법」 제45조의2 제1항이 아닌 제45조의2 제5항을 적용하여야 할 것이며, 이에 따라 연말정산세액의 납부기한인 3.10.이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있으므로, 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 경정청구 기한은 2025.3.10.까지로 봄이 타당하다. (2) 쟁점개정규정을 이전 과세기간에 소급하여 적용할 수 있는지 여부 (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등), 쟁점개정규정은 소득세에 관한 규정으로 부칙 제2조의 문언에 의하면 부칙 제1조에 따른 시행일인 2023.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용됨이 명확하며, 이를 소급적용할 수 있다고 볼 만한 근거규정이 존재하지 않는다. (나) 쟁점부칙규정에서 쟁점개정규정이 법 시행일인 2023.1.1. 당시 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 않은 외국인근로자에 대해서도 이를 적용한다고 규정하고 있으나, 이는 2023년 이후 근로소득을 수취한 자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 않은 외국인근로자인 경우에도 쟁점개정규정을 적용하겠다는 것이지, 쟁점과세기간의 근로소득까지 소급하여 그 적용대상 소득으로 삼겠다는 것을 의미하는 것은 아니다. (다) 청구인은 쟁점부칙규정을 근거로 쟁점개정규정의 소급적용을 주장하고 있으나, 쟁점부칙규정은 그 문언상으로도 쟁점개정규정의 적용 과세기간을 규정한 것으로 볼 수 없으며, 법률 개정에 따라 종전 법률 부칙의 경과규정이 당연히 실효되지는 않는다는 점, 그 밖에 「조세특례제한법」의 개정연혁 등을 함께 종합해 볼 때, 부칙 제10조는 구 「조세특례제한법」 부칙(법률 제14390호, 2016.12.20.) 제10조에 따라 2018.12.31.까지만 과세특례 적용을 받았던 2014.1.1. 이전에 근무를 시작한 외국인근로자에 대하여도 쟁점개정규정을 적용하기 위한 적용대상자의 범위에 관한 규정으로 해석된다. (라) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로, 납세자에게 유리하다는 사정만으로 이를 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결). (마) 쟁점개정규정의 개정취지는 우수한 외국인근로자의 국내유입을 증대시키는 것으로 이미 근로제공이 완료된 과거 근로소득에 대하여 소급하여 과세특례를 제공하는 것은 개정취지에도 부합하지 않으며, 외국인근로자에 대해서만 근로소득세를 감면해주는 쟁점개정규정을 소급적용할 경우 내국인 근로자와의 과세형평에도 어긋난다. (3) 이상에서 살펴본 바와 같이 종합소득세 경정청구 청구기한이 도과하였다고 보아 청구인의 2019년 귀속 경정청구를 각하하고, 쟁점개정규정은 시행일인 2023.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용된다고 보아 쟁점 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 2019년 귀속 종합소득세 경정청구가 청구기한을 도과하였는지 여부 ② 쟁점개정규정은 부칙 제10조에 의해 시행일 이전 과세기간에 대하여도 소급 적용하여야 한다는 주장의 당부 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. ⑤ 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자” 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(「소득세법」 제1조의2 제1항 제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조 제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)”로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다. 제45조의3(기한후신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. (2) 소득세법 제70조(종합소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제73조(과세표준확정신고의 예외) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다. 1. 근로소득만 있는 자 (3) 조세특례제한법(법률 제19199호, 2022.12.31. 일부개정) 제18조의2(외국인근로자에 대한 과세특례) ② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 “외국인근로자”라 한다)이 2023년 12월 31일 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 국내에서 근무[대통령령으로 정하는 외국인투자기업을 제외한 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 “특수관계기업”이라 한다)에게 근로를 제공하는 경우는 제외한다]함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」 제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 부칙＜법률 제19199호, 2022.12.31.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다. 제10조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2 제2항의 개정규정은 이 법 시행 당시 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 아니한 외국인근로자에 대해서도 적용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2010년부터 심판청구일 현재까지 국내에서 근로한 것으로 나타나고, 국내 근무기간은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 청구인의 국내 근무기간 ○○○ (나) 청구인은 연말정산된 근로소득만 있으나 2025.5.30. 2019년 귀속 종합소득세에 대하여 기한후신고를 하였고, 2025.6.2. 처분청에 쟁점개정규정에 따라 쟁점과세기간 동안 외국인근로자 단일세율을 적용하여 일반세율과의 차액 OOO원(아래 ＜표5＞ 참조)에 대한 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였다. ＜표5＞ 청구인의 경정청구 내역 (단위 : 원) ○○○ (다) 외국인근로자에 대한 과세특례를 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제18조의2 제2항 본문 규정의 개정 연혁은 아래 ＜표6＞와 같다. ＜표6＞ 「조세특례제한법」 제18조의2 제2항 개정 연혁 등

개정일	시행일	법률	개정 내용	비고
2003.12.30.	2004.1.1.	7003호	- 17% 단일세율 적용	최초시행
2014.1.1.	2014.1.1.	12173호	- 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간 까지 17% 적용 (2014.12. 31. 까지만 해당) - 부칙 제59조 2014.1.1.전에 국내 근무 시작 외국인 근로자 종전규정 적용	내국인과의 형평성 도모 5년 규정 신설
2014.12.23.	2015.1.1.	12853호	- 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간 까지 17% 적용(2016.12.31.까지만 해당) - 부칙 제8조 부칙 제59조에 따라 종전 규정 적용받는 외국인근로자도 적용	일몰기한 연장
2016.12.20.	2017.1.1.	14390호	- 2018.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 19% 적용 - 부칙 제10조 ① 부칙 59조 및 부칙 8조를 적용받는 자는 개정규정에도 불구하고 2018.12.31.까지만 과세특례 적용 ② 적용기한 규정은 2014.1.1. 이후 국내에서 근무시작한 경우부터 적용	단일세율 인상(19%) 근무 시작일 기한 신설 (일몰기한 삭제) 2014.1.1. 이전 국내 근무시작 외국인 근로자는 2018.12.31.까지만 적용
2018.10.16.	2019.1.1.	15785호	- 2021.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 적용	근무 시작일 기한 연장
2021.12.28.	2022.1.1.	18634호	- 2023.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 적용	근무 시작일 기한 연장
2022.12.31.	2023.1.1.	19199호	- 2023.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 최초로 근로를 제공한 날부터 20년 이내에 끝나는 과세기간까지 19% 적용 - 부칙 제10조 이 법 시행 당시 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 아니한 외국인근로자에 대해서도 적용	적용기간 확대(20년)
2023.12.31.	2024.1.1.	19936호	- 2026.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 최초로 근로를 제공한 날부터 20년 이내에 끝나는 과세기간까지 19% 적용	근무 시작일 기한 연장

(라) 쟁점개정규정과 관련하여 기획재정부가 발간한 ‘2022 간추린 개정세법’ 관련 내용은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 기획재정부가 발간한 ‘2022 간추린 개정세법’ 일부내용

1. 외국인근로자 단일세율 특례 적용기간 확대(조특법 §18의2) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 외국인근로자 소득세 과세특례 ㅇ(내용) 19% 단일세율* 적용 *종합소득세율(6~45%) 선택 가능 - 비과세·감면 소득공제 및 세액공제는 적용하지 않음 ㅇ(적용기간) 국내 근무시작일부터 5년간 ㅇ(적용기한) 2023.12.31. □ 적용기간 확대 ㅇ(좌동) ㅇ국내 근무시작일부터 20년간 ㅇ(좌동) (2) 개정이유 ㅇ 해외 우수인력 유입 지원 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2023.1.1. 이후 발생하는 소득분부터 적용 ㅇ 2023.1.1. 현재 특례를 적용받고 있거나 이전에 특례를 적용받는 경우에도 적용

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 근로소득만 있는 자가 연말정산 이후 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 종합소득세 기한후신고가 가능하므로 쟁점기한후신고는 적법한 신고에 해당하며, 설령 쟁점기한후신고를 기한후신고가 아닌 경정청구로 보더라도 청구인은 「국세기본법」 제45조의2 제5항이 아닌 제1항의 경정청구기간을 적용받는 것이므로 이 건 경정청구는 적법한 경정청구기간 내에 제기된 것이라고 주장한다. 그러나, 청구주장과 같이 근로소득만 있는 자가 원천징수와 연말정산이 이루어진 뒤 종합소득세의 환급을 구하고자 할 때 경정청구 대신 기한후신고를 선택하여 할 수 있다고 본다면, 「국세기본법」 제45조의2 제5항이 규정한 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한(3월 10일)이 지난 후부터 5년의 경정청구기간이 경과한 시점에도 처분청의 결정통지 전까지 납세자가 계속하여 기한후신고로 마치 경정청구를 제기한 것과 같이 국세 환급을 청구할 수 있게 되어 위의 규정이 형해화 될 우려가 있고, 법정신고기한 내 종합소득세 확정신고를 한 사람은 위의 경우와 달리 기한후 환급신고를 할 수 없어 「국세기본법」 제45조의2 제1항이 규정한 법정신고기한(5월 30일)이 지난 후부터 5년의 경정청구기간을 그대로 적용받게 되어 오히려 불이익한 지위에 놓이는 불합리가 발생하는 점, 근로소득만 있는 거주자가 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 경우 연말정산에서 누락된 다른 근로소득이 있다고 하더라도 이를 무신고가 아닌 과소신고로 보는 것이 「소득세법」 제73조 제1항의 취지에 부합하는 것(대법원 2021.4.29. 선고 2020두54630 판결 등 참조)인 점 등에 비추어 연말정산을 한 근로소득만 있는 자가 단순히 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 적이 없다고 하여 기한후신고가 가능한 것으로 보기는 어렵다고 판단된다. 한편 쟁점기한후신고를 경정청구로 보더라도, 청구인은 원천징수대상자로서 「국세기본법」 제45조의2 제5항의 명시적인 적용 대상이므로 이에 따라 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한(2020.3.10.)이 지난 후 5년 이내인 2025.3.10.까지 경정청구를 제기할 수 있음에도 해당 경정청구기간을 경과한 2025.5.30. 비로소 경정청구를 제기하여 쟁점기한후신고는 부적법한 경정청구에 해당된다고 보이는 점, 이에 대한 거부통지는 민원의 회신에 해당하여 불복대상인 처분이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점개정규정 및 쟁점부칙규정에 따라 특례적용기간이 20년으로 확대되었으므로 쟁점과세기간의 근로소득에 대해 소급하여 외국인근로자에 대한 단일세율(19%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 2022.12.31. 개정된 쟁점개정규정은 부칙 제1조에 따라 2023.1.1. 이후에 적용되므로 쟁점과세기간의 근로소득에 대해 소급하여 쟁점개정규정을 적용할 수 없는 점, 쟁점부칙규정은 종전 규정에 따라 최초 근로를 제공한 날부터 5년간의 특례 적용기간이 끝난 외국인근로자들도 2023.1.1.부터 쟁점개정규정으로 확대된 기간까지 특례 적용을 받을 수 있도록 한 취지로 보이는 점(조심 2023서1037, 2024.4.30., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 부적법한 청구이거나, 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.