이유
1. 처분개요

가. OOO주식회사(이하 “이 건 위탁법인”이라 한다)는 2021.12.30. 경기도 이천시 OOO외 30필지 토지 33,266㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였고, 같은 날 청구법인에게 이 건 토지를 위탁하는 관리형 토지신탁계약을 체결하였다.

나. 청구법인은 2023.9.21. 아래 ＜표1＞과 같이 경기도 이천시 OOO외 22필지 토지 29,133㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 합병하고, 그 지목을 창고용지로 변경(이하 “쟁점지목변경”이라 한다)하였으며, 2023.10.23. 처분청에 지목변경 취득에 대하여 공사비 등 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제6조 제19호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 이 건 토지 지목변경 상세내용

○○○

다. 청구법인은 2023.9.26. 이 건 토지 지상에 지하 2층, 지상 4층, 연면적 41,562.48㎡ 규모의 창고시설용 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점지목변경과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2023.10.23. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 처분청은 2024.7.8.부터 2024.7.27.까지 사이에 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 신고·납부하면서, 장부에 기장된 사업양수도비용 중 일부(OOO원으로, 이하 “쟁점사업권비용”이라 한다)와 도급공사 비용 등을 누락하여, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점지목변경 취득세 과세표준에서 OOO원을, 쟁점건축물의 취득세 과세표준에서 OOO원을 각각 누락하여 과소신고한 것으로 보아, 2024.11.11. 청구법인에게 쟁점지목변경에 대한 취득세 등 합계 OOO원과, 쟁점건축물신축에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 쟁점지목변경에 대한 취득세 등과 합하여 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 각각 부과·고지하였다.

＜표2＞ 처분청 세무조사 결과

(단위 : 원)

○○○

마. 청구법인은 이중 쟁점사업권비용 부분에 불복하여 2025.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업권비용은 쟁점건축물을 5년간 공실없이 OOO에 임대하기로 한 권리에 대한 보상비용이다.

(가) 이 건 위탁법인은 2021.12.29. 이 건 토지 등의 매도인인 OOO주식회사(이하 “이 건 양도법인”이라 한다)와 사업양수도 계약(이하 “이 건 사업양수도 계약”이라 한다)을 체결하였다.

이 건 양도법인은 2020.5.12.부터 물류센터부지로 활용될 이 건 토지의 소유권을 확보하면서, 2021.2.12. 주식회사 OOO와 쟁점토지 지상에 준공될 쟁점건축물을 5년간 공실없이 임대하는 것을 내용으로 하는 임대차계약을 확약하였고, 2021.7.22. 처분청으로부터 쟁점건축물에 대한 건축허가까지 받은 상태였다.

(나) 이 건 위탁법인은 이 건 양도법인으로부터 관련 사업일체를 승계받기 위하여 이 건 사업양수도 계약을 체결한바, 그 계약 대상은 물류센터 사업부지인 이 건 토지에 대한 소유권이전 대가, 관련 인허가 승계대가, 이 건 건축물 신축 이후에 발생할 임대차계약의 승계대가인 쟁점사업권비용 대가로 구성된다.

(2) 쟁점사업권비용은 쟁점부동산의 취득가격에 포함되지 않는다.

(가) 사업권이란 다른 법인의 사업을 양수함에 있어서 양수하는 자산과는 별도로 그 사업에서 소유하고 있는 허가·인가 등 법률상의 특권, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득하는 것을 의미하는 것이다(대법원 2013.6.27. 선고, 2013두3641 판결, 같은 뜻임).

(나) 이 건 양도법인은 쟁점건축물 준공 이후에 5년간 약 OOO원의 임대료를 수취할 수 있는 임차인을 사전에 확보한 상태였고, 청구법인은 이를 승계하기 위하여 이 건 사업양수도계약 제5조를 통하여 임대차계약을 승계하는 경우에만 거래종결의무(양수도대금 지급)의무가 발생한다는 조건을 명시하였다.

따라서, 쟁점사업권비용은 청구법인의 물류센터 신축사업을 통한 수익실현에 결정적인 역할을 하는 임대차계약 승계에 대한 보상비용으로서, 쟁점부동산의 취득가격에 포함되지 않는 것이 타당하다.

(다) 청구법인은 사업권이라는 별개의 권리에 대한 보상성격인 쟁점사업권비용과 관련 인허가 승계대가를 합한 OOO원에 대하여, 당초 건설중인자산과 건설용지 계정으로 회계처리하였다가, 회계감사 과정에서 이를 수정분개하여 무형자산인 영업권 계정으로 최종 결산에 반영하였고, 이를 전자공시하였다.

따라서 법인장부상으로도 쟁점사업권비용은 이 건 부동산과 별개의 영업을 위한 무형의 권리에 해당하는 것임이 확인된다.

(라) 이와같이 이 건 양도법인은 쟁점토지상에서 물류사업을 추진하기 위한 실체적인 권리인 사업권이 있었다고 할 것이고, 청구법인은 쟁점사업권비용을 인수하고, 이를 활용하여 물류사업을 영위하기 위하여 이 건 부동산을 취득한 것이다.

그럼에도 불구하고, 처분청이 쟁점사업권비용을 쟁점부동산의 취득가액에 포함된다는 전제에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법 시행령」 제18조에 따르면, 사실상의 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그밖에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함(대법원 2013.1.16. 선고 2011두27773 판결, 같은 뜻임)될 뿐만 아니라, 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료, 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액 등 실제로 당해 물건의 취득 대가로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득 절차비용도 간접비용이므로 사실상의 취득가격에 포함된다 할 것이다(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5343 판결, 같은 뜻임)이다.

(2) 청구법인의 경우, 이 건 사업양수도 계약 제1조에서 그 양수도목적물을 이 건 토지의 소유권(제1호), 쟁점건축물의 신축을 위한 각종 인허가(제2호, 건축허가, 개발행위허가, 농지전용허가, 산지전용허가, 기타 인허가)로 구분하고 있고, 그 제2조에서 양수도목적물에 대한 양수도 대금을 기재하였으나, 쟁점사업권비용은 양수도목적물 및 양수도대금으로 별도로 기재된 내용이 없다.

(3) 또한 청구법인이 주장하는 주식회사 한익스프레스와의 임대차계약은 청구법인이 아닌 이 건 양도법인이 체결한 것으로서, 이는 청구법인 입장에서는 부수적인 수입에 해당할 뿐이므로, 청구법인이 향후 발생할 확정적인 수익금에 대한 대가로서 쟁점사업권비용을 양수도대금에 포함하여 지급하였다고 보기 어렵고,

청구법인의 법인장부(계정별원장)에서도 이를 건설중인 자산 및 건설용지로 기재하였을뿐, 쟁점사업권비용을 별도의 권리로 구분하여 기재한 사실이 없다.

(4) 청구법인이 주장하는 쟁점사업권비용은 총 20,738,526,108원이고, 처분청이 임대차계약서에 따라 계산한 쟁점건축물의 5년치 임대료는 아래 ＜표3＞과 같이 대략 24,157,706,798원으로 산정된다.

＜표3＞ 쟁점건축물 임대료 추정액

(단위 : 원, 평)

○○○

따라서 청구법인이 12,672평에 달하는 쟁점건축물의 5년이라는 기간동안 임대하여 발생할 이익은 약 OOO원에 불과하여, 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 가액인 OOO원에 비하면 사회통념상 상당하다고 볼 만한 대가로 볼 수 없는바, 이를 쟁점건축물과 별도의 권리에 대한 보상성격으로 지급된 비용이라고 보기 어렵다.

(5) 또한 이 건 위탁법인이 이 건 토지를 취득하면서 지급한 가격(247,790원, ㎡)은 인근의 창고용지인 경기도 이천시 OOO 외 7필지(503,536원, ㎡) 및 같은 리OOO거래가격(343,137원, ㎡)의 평균인 OOO원의 58%밖에 미치지 못하는 점 등에 비추어, 쟁점비용은 쟁점부동산의 취득가격에 포함되는 것으로 보는것이 합리적이다.

이와 같이 처분청이 쟁점사업권비용를 쟁점부동산의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점사업권비용은 쟁점부동산과는 별도의 권리에 대한 보상성격으로 지급된 것이므로, 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 전자공시자료에 의하면, 이 건 위탁법인은 2020년 11월 비주거용 건물 개발 및 부동산컨설팅업을 목적으로 설립되었고, 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 1995.6.15. 토지신탁을 수행하기 위한 건설사업, 부동산 임대업 및 판매업 등을 목적으로 설립된 사실이 나타난다.

(나) 주식회사 한익스프레스가 2021.2.4. 이 건 양도법인에게 발송한 물류센터 임차 의향서 주요내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 물류센터 임차의향서 주요내용

○○○

(다) 이 건 위탁법인과 이 건 양도법인이 2021.12.29. 체결한 이 건 사업양수도계약 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 이 건 사업양수도계약 주요내용

○○○

(라) 청구법인은 이 건 사업양수도 당시 토지 취득가액을 제외한 금액은 OOO원, 이중 쟁점사업권비용금액은OOO원으로 산정하였고, 이를 통하여 OOO원의 세전이익이 창출될 것으로 예상하였다는 등의 사실을 입증하기 위하여 다음의 서류를 제출하였다.

1) 주식회사 미래새한감정평가법인이 2021.11.16. 기준으로 이 건 토지 등 및 향후 준공할 이 건 건축물을 감정평가한 후, 국민은행에 제출한 감정평가서 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 비교방식의 가액을 산정하기 위하여 아래 ＜표7＞의 임대차계약 내용을 반영하였으며, 이 건 매도법인과 이 건 위탁법인은 이 감정평가에 근거하여 쟁점사업권비용 가치와 인허가 승계대가를 아래 ＜표8＞과 같이 OOO원으로 최종 확정한 사실이 나타난다.

＜표6＞ 감정평가서 주요내용

(단위 : 원)

○○○

＜표7＞ 감정평가액 산출근거

○○○

＜표8＞ 쟁점사업권비용 가치와 인허가 승계대가 산정

(단위 : 원)

○○○

2) 이 건 매도법인이 2024.8.14. 이 건 사업양수도계약 대금과 관련하여 작성한 확인서는 아래 ＜표9＞과 같고, 설계비부터 시세외 산림전용징수교부금까지의 합계OOO원과 한익스프레스 임차확약 및 임대차계약 OOO원으로 구분되는 것으로 나타난다.

＜표9＞ 이 건 매도법인의 확인서 주요내용

○○○

3) 청구법인이 제출한 이 건 토지 취득 당시의 사업수지표에 의하면, 청구법인이 수익(확약된 임대보증금, 임대료를 반영한 예상매각가)과 비용(이 건 토지 매입비, 건축비, 부대비용, 금융비용)을 고려한 결과 세전이익이OOO원으로 예측된 사실이 나타난다.

4) 청구법인이 이 건 사업양수도 계약과 관련하여 회계처리한 내용은 아래 ＜표10＞과 같고, 당초(2022.1.5.) 이를 건설중인자산)과 건설용지로 반영하였다가, 2023년 사업연도분에 대하여 최초로 회계감사를 받으면서 영업권으로 OOO원으로 오류수정하였고, 해당 영업권은 전자공시시스템에 아래 ＜표11＞과 같이 공시된 사실이 나타난다.

＜표10＞ 이 건 사업양수도 계약 관련 청구법인 회계처리

○○○

＜표11＞ 영업권 전자공시 내용

○○○

(마) 처분청이 제출한 세무조사 결과통지 자료에 의하면, 처분청이 쟁점사업권비용비용 OOO에 대하여 쟁점지목변경 취득세 과세표준으로OOO원을, 쟁점건축물 취득세 과세표준으로 OOO원을 포함한 사실이 나타난다.

(바) 처분청은 쟁점사업권비용 비용을 포함한다 하더라도, 이 건 위탁법인이 이 건 토지를 취득한 가격이 주변보다 저렴하므로, 쟁점사업권비용이 이 건 건축물 등의 취득가격에 포함될 뿐 별도의 권리에 대한 보상비용이 아니라는 사실을 입증하기 위하여 아래 ＜표12＞의 자료를 제출하였다.

＜표12＞ 이 건 토지 인근의 부동산 거래내용

○○○

(사) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지가 2021.12.30. 이 건 위탁법인(소유권이전), 청구법인(신탁) 명의로 소유권이전등기되었고, 쟁점건축물은 2023.10.27. 청구법인 명의로 소유권보존등기되었으며, 이후 쟁점부동산 전체가 2023.12.30. OOO자회사로 소유권이 이전되면서 신탁등기가 말소된 사실이 나타난다.

(아) 청구법인이 제출한 서류에 의하면, 임대인을 이 건 위탁법인, 임차인을 주식회사 OOO, 임대기간을 2023.8.15.부터 2028.8.14.까지, 임대보증금을 OOO원, 월 임대료를 OOO원으로 하여 임대차계약이 2021.12.29. 체결되었고, 쟁점부동산이 2023.12.6. OOO자회사에 매각되면서, 해당 임대차계약이 매수인에게 승계된 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제10조의4 제1항에서 부동산등을 원시취득하는 경우 취득당시가액은 사실상취득가격으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다고 규정하면서, 그 제3호에서 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용을 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점사업권비용은 쟁점부동산과는 별도의 권리에 대한 보상성격으로 지급된 것이므로, 쟁점부동산의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다.

그러나, 이 건 사업양수도 계약서에 의하면, 양수도 목적물 및 양수도대금은 이 건 토지의 소유권 OOO원과, 인허가 비용 OOO원으로만 구분되어 있는 점,

청구법인의 주장과 같이 쟁점사업권비용으로 OOO원이 지급되었다면, 이 건 위탁법인이 OOO원이라는 큰 금액을 양수도 대가로 지급하면서 이 건 사업양수도계약서 부속서류 등에 이러한 내용을 별도로 기재하지 않았다는 사실은 쉽게 납득하기 어려운 점,

한편 사업권이라 함은 양도법인이 이 건 사업부지에서 사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 의미하는데(조심 2023지4243, 2024.8.22., 같은 뜻임),

주식회사 OOO로부터 청구법인이 수령할 5년치 임대료는 약 OOO으로 산정되는바, 청구법인이 쟁점사업권비용으로 OOO원을 지급할 경우, 임대수익은 약 OOO원에 불과하여, 임대수익 등을 고려한 쟁점사업권에 대한 보상비용으로 OOO원을 지급하였다고 단정하기 어려워 보이고, 이 건 위탁법인이 쟁점사업권비용을 지급하지 않았다면 쟁점부동산을 취득할 수 없었을 것으로 보이는 점 등에 비추어,

쟁점사업권비용은 쟁점부동산의 취득세 과세표준에 포함되어야 할 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2023.6.9. 법률 제19430호로 개정된 것)

제10조(과세표준의 기준) 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우 취득세의 과세표준은 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)으로 한다.

제10조의4(원시취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 원시취득하는 경우 취득당시가액은 사실상취득가격으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우의 취득당시가액은 제4조에 따른 시가표준액으로 한다.

제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ① 다음 각 호의 경우 취득 당시가액은 그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상취득가격으로 한다.

1. 토지의 지목을 사실상 변경한 경우

(2) 지방세법 시행령(2023.7.7. 대통령령 제33621호로 개정된 것)

제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「문화예술진흥법」 제9조제3항에 따른 미술작품의 설치 또는 문화예술진흥기금에 출연하는 금액, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료(건축 및 토지조성공사로 수탁자가 취득하는 경우 위탁자가 수탁자에게 지급하는 신탁수수료를 포함한다)

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 “금융회사등”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수

8. 붙박이 가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제9호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용