예규·판례
쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대...
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심판청구
쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부조심 2026전1165생산일자 2026-05-26
AI 요약
요지
(2021년 귀속분) 청구법인은 2021.10.8.에 쟁점임대주택을 임대물건으로 한 사업자등록을 한 것으로 확인되어 쟁점임대주택은 종부세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제요건을 충족하지 못함. / 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022~2024년 귀속 종합부동산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
상세내용
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2013.6.7. 「법인세법」에 따라 부동산 임대업으로 사업자등록을 하였고, 2021.10.8. 충청남도 논산시장(이하 “논산시장”이라 한다)에게 OOO 소재 다가구주택(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 임대물건(장기일반민간임대주택, 10년)으로 하여 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 민간임대주택사업자등록을 하고 주택임대업을 영위하였다.
나. 청구법인은 2021.12.14. 쟁점임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고하였고, 이에 따라 처분청은 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 부과시 쟁점임대주택을 합산배제하였다.
다. 처분청은 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검 결과, 청구법인이 주택임대업으로 사업자등록되지 아니하여 쟁점임대주택이 「종합부동산세법」 (이하 “종부세법”이라 한다) 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항의 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2025.11.5. 청구법인에게 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원(아래 <표1>기재)을 각 결정ㆍ고지하였다.
<표1> 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 부과 내역
ㅇㅇㅇ
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1)청구법인은 처분청 담당공무원의 안내에 따라 논산시장으로부터 민간임대주택사업자등록증을 발급받은 후 2021년 귀속 종합부동산세 신고서와 합산배제신고서를 제출하였고, 이에 따라 처분청은 당초 고지한 2021년 귀속 종합부동산세를 취소하였으며, 쟁점임대주택을 과세표준에서 합산배제하여 2021년 귀속 종합부동산세를 결정ㆍ고지하였다.
이와 같이 세무공무원의 안내에 따른 납세자의 종합부동산세 합산배제신고와 이에 따른 과세관청의 당초 고지분(2021년 귀속)의 고지 취소 및 납세자의 무신고에 대한 용인은 과세관청의 공적인 견해 표명에 해당하고, 청구인이 처분청 담당공무원의 안내에 따라 논산시장이 발급한 주택임대사업자등록증을 첨부하여 이 건 종합부동산세 합산배제 신고한 데에 납세자의 귀책 사유가 없다.
따라서 처분청이 당초 고지한 2021년 귀속 종합부동산세를 취소하고 이로부터 4년이 경과된 2025년 11월에 이르러 이 건 종합부동산세를 결정ㆍ고지한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.
(2) 이 건 종합부동산세 부과 처분은 「국세기본법」상 실질과세 원칙 및 근거과세에 위배된다.
「국세기본법」 제14조 제1항에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 그 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제16조 제1항에서 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다고 규정하고 있다.
청구법인은 쟁점임대주택을 2014.4.10. 취득한 후 실질적으로 주택임대업을 하고 있고, 2021.10.8. 논산시장에게 쟁점임대주택을 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 하였다.
청구법인은 2014년부터 법인세신고서상 주업종코드를 701104[부동산입대업/주거용 건물 임대업(장기임대다가구주택)]로 기재하여 법인세를 신고하여 왔고, 부가가치세 신고시 제출한 부동산 임대공급가액 명세서를 살펴보면, 부동산 임대와 관련 매출 중 보증금에 관련 이자는 과세대상으로, 월세에 관한 매출은 면세사업 수입금액으로 신고하여 왔다.
쟁점임대주택은 공부상 단독주택(다가구)으로 등재되어 있고, 그 실질이 주택(원룸)에 해당하는 점 등을 종합하여 살펴볼 때 청구법인이 쟁점임대주택을 주택임대업에 사용하였음이 명백함에도 처분청이 쟁점임대주택을 합산배제대상에서 제외한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(OOO),
이러한 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」 제18조 제3항에서 규정한 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다(OOO).
청구법인의 주장처럼, 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니고, 신뢰의 대상이 될 만한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 성립하였다고 볼 수도 없으므로 합산배제대상의 요건을 충족하지 못한 쟁점임대주택에 대해 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.
(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(OOO)하는바,
종부세법 제8조에 의하여 위임된 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 합산배제 대상이 되는 임대주택의 요건으로, 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서, 과세기준일 현재 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택으로 한정하고 있고, 2008.2.22. 개정된 종부세법에서 주택임대업 사업자등록 요건을 명시적으로 규정하고 있으므로 주택임대 업종을 추가하지 않은 청구법인의 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.
또한 민간임대주택법상 임대사업자 및 「법인세법」상 주택임대업을 영위하는 사업자로 등록하게 되면 종합부동산세의 비과세 등 각종 세제 혜택을 부여받는 대신에 임대주택의 매각 제한, 임대조건의 신고, 임대주택의 관리 등 민간임대주택법상 각종 제한을 받게 되고, 민간임대주택법상의 각종 의무조항을 위반한 경우에는 임대사업자의 등록이 말소될 뿐 아니라 일정한 경우에는 형사처벌을 받는 등 관계 법령상의 각종 세제혜택과 규제를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받게 된다.
이러한 점을 종합하여 고려할 때 임대사업자 등록은 관할 행정청의 관리목적을 위한 단순한 요식행위에 불과한 것이라고는 보기 어렵다(OOO).
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법상 민간임대주택사업자로 등록되지 아니한 경우, 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부
② 「법인세법」상 주택임대업이 아닌 부동산임대업으로 사업자등록을 한 경우, 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 종합부동산세법
제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.
(2) 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정되기 전의 것)
제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.
가. 적용요건
1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것
가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액
(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 3억원
2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제 3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.
3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.
나. 제외되는 주택
2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택
(3) 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정된 것)
제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
(각 호 생략)
부 칙<2026.2.27. 대통령령 제36132호>
제2조(합산배제 임대주택에 관한 적용례) 제3조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다.
(4) 법인세법
제111조(사업자등록) ① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주등의 명세서를 제출하여야 한다.
② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
(5) 부가가치세법
제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
(6) 부가가치세법 시행령
제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 사업자등록 신청 사유
3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일
4. 그 밖의 참고 사항
(7) 민간임대주택에 관한 특별법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택〔토지를 임파하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다〕으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다
7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.
제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 삭제 <2018. 1. 16.>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택
(8) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령
제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점임대주택은 공부상 다가구주택으로 등재되어 있고, 2014.4.10. 매매를 원인으로 하여 청구법인의 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타난다.
<부동산등기부등본 중 일부>
ㅇㅇㅇ
(나) 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 2013.7.3.을 개업일로 하고, 사업장 소재지를 OOO(쟁점임대주택의 주소지)로, 주업태는 도소매업, 부업태는 부동산업(부동산개발업 및 임대업)으로 하여 처분청에 사업자등록을 한 후, 2025.8.21. 업종에 부동산업[주거용 건물 임대업(장기임대다가구주택)]을 추가하여 사업자등록변경신청한 것으로 나타난다.
(다) 임대사업자등록증을 살펴보면, 청구법인은 2021.10.8. 논산시장에게 쟁점임대주택을 장기일반민간임대주택(10년, 단독주택)으로 하여 논산시장에게 임대사업자등록(등록번호 : 2021-논산시-임대사업자-57)을 한 것으로 확인된다.
<임대사업자등록증>
ㅇㅇㅇ
(라) 청구법인은 2021.12.14. 쟁점임대주택을 합산배제대상 임대주택으로 구분하여 2021년 귀속 종합부동산세 신고서를 처분청에 제출하였다.
<2021년 귀속 종합부동산세 신고서 중 일부>
(그림 삽입을 위한 여백)
ㅇㅇㅇ
(마) 청구법인의 2021∼2024사업연도 법인세 신고서상 주업종코드는 “701104(장기임대다가구주택)”로 기재되어 있다.
(바) 민간임대주택법 시행규칙 <별지 제1호> 서식상 사업장 현황과 관련하여 기재된 주택임대업 관련 업태ㆍ종목ㆍ업종코드는 아래 <표2>와 같음.
<표2> 민간임대주택법 시행규칙 <별지 제1호> 서식 중 일부
「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록(개인사업자로 한정합니다)을 같이 하려는 경우 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제4호서식의 사업자등록 신청서(개인사업자용)를 함께 제출할 수 있습니다. 이 경우 관할 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 구청장은 함께 제출받은 사업자등록 신청서를 지체 없이 관할 세무서장에게 송부해야 합니다.
<생략>
※ 「부가가치세법 시행령」 제14조 제5항에 따라 사업장과 주소지가 동일한 사업자가 사업자등록 신청서 또는 사업자등록 정정신고서를 제출하면서 「주민등록법」에 따른 주소가 변경되면 사업장의 주소도 신고서를 제출한 것으로 봅니다.
1. 사업장 현황
업종
구분
업태
종목
업종코드
개업일
[ ]주 [ ]부
주거용 건물 임대업(고가주택임대)
701101
[ ]주 [ ]부
주거용 건물 임대업(일반주택임대)
701102
부동산업 및
임대업
[ ]주 [ ]부
주거용 건물 임대업(장기임대공동주택)
701103
[ ]주 [ ]부
주거용 건물 임대업(장기임대다가구주택)
701104
(사) “2007 간추린 개정세법 해설” 중 합산배제 임대주택의 사업자등록 요건에 관한 개정내용은 아래 <표3>과 같다.
<표3> 2007 간추린 개정세법 해설 중 일부
종 전
개 정
□ 합산배제 임대주택 사업자요건
○ 「임대주택법」 제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자등록
○ 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록
□ 합산배제 임대주택 사업자요건
<좌 동>
○ 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 주택임대 사업자등록
(2) 개정이유
- 현행 합산배제 임대주택 사업자는 주택임대사업자 등록을 할 것이 요구되나, 조문상 ‘사업자등록’이라 표기되어 있어
- 다른 업종의 사업자등록만으로 합산배제임대주택의 요건을 구비한 것으로 오인할 가능성이 있어 요건을 명확히 할 필요
(3) 적용시기 및 적용례
- 2008.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용
(아) 2026년 4월 발간된 국세청의 “2026 개정세법 해설”에 따르면, 임대주택 합산배제 임대사업자 요건 완화에 관한 개정내용은 아래와 같다.
<2026년 개정세법 해설 중 일부>
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 안내에 따라 민간임대주택법상 주택임대사업자로 등록한 후 2021년 귀속 종합부동산세 신고서를 제출하였음에도 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외한 이 건 부과처분(2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원)은 신의성실원칙에 반하는 위법한 처분이라고 주장하나,
과세대상의 누락이나 위법 또는 착오 등으로 인하여 과소부과된 세액이 있다 하더라도 처분청이 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정할 수 있는 것이고, 과세를 하지 않겠다는 처분청의 공적 견해표명이 있었다거나 이에 대한 납세자의 신뢰를 저버리고 과세처분이 이루어졌다는 등의 사정이 존재하지 않는 한 여기에 신의칙에 위배되는 위법ㆍ부당한 처분이 있었다고 보기는 어렵다 할 것인바,
청구법인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 민간임대주택법에 따른 임대사업자에 해당하지 아니하고, 종합부동산세 합산배제 대상인 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하여야 함에도, 청구법인은 이를 경과한 2021.10.8.에 쟁점임대주택을 임대물건으로 한 사업자등록을 한 것으로 확인되어 쟁점임대주택은 종부세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제요건을 충족하지 못한 점,
또한 청구법인이 제출한 자료만으로 쟁점임대주택의 과세여부에 대한 처분청의 공적견해표명이 있었다고 보기 어렵고, 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 사업자등록을 하지 못한 것에 청구법인의 귀책사유가 없다고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 「법인세법」상 주택임대업이 아닌 부동산임대업으로 사업자등록을 하여 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다는 의견이나,
쟁점임대주택은 공부상 다가구주택으로 등록되어 있고, 청구법인은 부동산임대업으로 사업자등록한 후 쟁점임대주택을 임대물건으로 하여 민간임대주택사업자(장기일반민간임대주택)로 등록한 점, 청구법인은 2021∼2024사업연도 법인세 신고시 쟁점임대주택에 대한 임대업을 영위하면서 발생한 임대소득에 대한 주업종코드를 “701104(장기임대다가구주택)”로 구분한 점, 한국표준산업분류에 따르면 부동산임대업은 그 하위 분류로 주거용 건물 임대업과 비주거용 건물임대업 등을 두고 있고, 종부세법 시행령 제3조 제1항의 합산배제 임대주택에 대한 사업자등록요건은 2026.2.27. 대통령령 제36132호로 개정되어 “「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록을 한 자”로 완화된 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점임대주택은 사업자등록을 하고 임대를 해 온 주택으로서 그 실질이 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이 타당해 보인다(조심 2026서195, 2026.3.11., 같은 뜻임).
따라서 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.