청구인이 쟁점부동산 양도가액 중 쟁점토지②와 쟁점건물에 안분한 가액은 기준시가 안분액과 30% 이상의 현저한 차이가 나고, 그와 같이 안분한 데에 감정평가 등 합리적 근거가 결여되어 있어, 처분청이 법령에 따라 쟁점부동산 각 자산별 가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 재계산 한 것에 달리 잘못이 없다고 할 것임또한 쟁점건물의 실제 용도가 주택임을 입증할 책임은 청구인에게 있으나, 공부상 용도 및 재산세 부과 현황을 번복할 만흔 근거가 불충분한 점, 청구인의 주장대로 28호실을 주거용으로 사용하였다 하더라도, 이는 건축법상 다가구주택의 세대수 요건을 초과하여 공동주택으로 분류되어 건물 전체를 하나의 주택으로 보아 비과세를 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구인의 부친인 A(2021.5.25. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다)는 2019.10.30. 서울특별시 강남구 OOO 토지 지분 25%(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은 동 6-10 토지(이하 “쟁점토지②”라 한다) 및 그 지상 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며 쟁점토지①ㆍ②와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 A 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에 OOO원에 양도하는 계약을 체결하면서 전액을 토지 매매대금으로 정하고 건물 매매대금은 없는 것으로 약정(아래 <표1> 참고)하였으며, 2020.7.29. 소유권이전등기를 완료하였다. <표1> 쟁점부동산 매매계약 내용 ㅇㅇㅇ 나. 피상속인은 양도가액 OOO원을 쟁점토지①에 OOO원, 쟁점토지②에 OOO원, 쟁점건물에 OOO원으로 각각 안분하고, 이 중 쟁점토지② 및 쟁점건물에 대하여는 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 2020.9.30. 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 서울지방국세청장은 2025.6.30. 피상속인에 대한 조사를 실시한 결과, 피상속인이 신고한 토지 및 건물의 구분 가액이 기준시가에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나, 가액 구분이 불분명한 것으로 판단하였다. 이에 「소득세법」 제100조에 따라 양도가액을 기준시가로 재안분하여 양도소득세를 경정하는 한편, 청구인을 피상속인의 연대납세의무자로 지정하여 처분청에 과세자료를 통보하였다. 라. 이에 따라 처분청은 2025.10.16. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 피상속인은 양도소득세 계산 시 오류 없이 정확한 가액을 산정하여 신고하였다. 계약서, 잔금영수증, 보증금 반환 증빙, 중개수수료 영수증 등 실제 거래를 입증할 수 있는 서류를 모두 제출하였으므로 실거래가에 따른 안분은 정당하다. (2) 쟁점건물은 건축물관리대장 등 공부상 용도와 달리, 실제 증개축을 통해 전체 28호실(860.5㎡)이 주거 시설로 사용되었다. 실질과세 원칙에 따라 쟁점건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고한 것은 적법하다. (3) 처분청이 안분 근거가 미비하다는 이유로 「소득세법」 제100조 제3항을 적용하여 양도가액을 경정한 점, 그리고 실질 사용 현황을 무시하고 공부상 용도에 따라 3층만을 주택으로 간주하여 세액을 산출한 점은 위법ㆍ부당하므로 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 토지와 건물을 일괄 양도하면서 구분 기장한 가액이 기준시가 안분가액과 30% 이상 차이가 나는 경우, 「소득세법」 제100조 제3항에 따라 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 이는 간주 규정으로서 예외 사항을 규정하고 있지 않다. 본 건 매매계약서상 건물 가액은 OOO원으로 기재되어 있고, 예정신고 시 임의로 배분한 건물가액 OOO원은 합리적 산정 근거가 없으며, 기준시가 안분액과 현저한 차이가 발생하므로 법령에 따라 기준시가로 재안분함이 타당하다. (2) 쟁점건물의 공부상 용도와 재산세 부과 현황이 일치함에도 청구인은 양도 당시 실제 용도가 주택이라는 점을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있다. 특히 양도 직전 공부대로 원상복구한 사실이 확인되고, 복구 후 주택으로 사용했다는 점에 대한 증빙이 없으며, 공부상 주택인 지상 3층 부분에 대해서만 주택분 재산세가 부과된 사실이 확인된다. 설령 청구인의 주장대로 28세대가 거주하였다면 「건축법」상 다가구주택 요건(19세대 이하)을 위반하여 공동주택에 해당하게 되므로, 건물 전체를 하나로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산 양도가액을 토지ㆍ건물의 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지1> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점부동산 매매계약은 다수의 양도인이 다수의 물건을 양수법인에게 양도한 것으로 아래 <표2>와 같이 매매계약서(아래 <그림1> 참고)상 총 매매대금 OOO원을 전액 토지 대금으로 배정하고 건물 가액은 OOO원으로 약정하였음이 확인된다. <표2> 쟁점부동산 매매계약 내용 ㅇㅇㅇ <그림1> 매매계약서 주요 내용 발췌 ㅇㅇㅇ (2) 피상속인이 양도소득세 신고 시 적용한 자산별 안분 가액에 대하여 감정평가서 등 객관적인 가액 산정 근거 자료는 제시되지 않았다. (3) 쟁점건물의 일반건축물대장상 용도는 아래 <표3>과 같이 지하 1층～지상 2층 근린생활시설, 지상 3층 주택으로 등재되어 있다. <표3> 쟁점건물의 공부상 용도 및 면적 (단위 : m2) 층수 용도 면적 지하1층 대피소 197.90 1층 대중음식점 63.73 예능계강습소 63.73 소매점 38.19 근린생활시설 32.25 일반음식점 8.82 2층 사무실 81.20 예능계강습소 58.35 태권도장 58.35 3층 주택 197.90 계 800.42 (4) 청구인은 쟁점건물을 실제 28호실로 구분하여 주택으로 사용하였다고 주장하며 호실별 임대차계약서 사본을 제출하였으나, 이외에 실제 주거 사용 여부를 확인할 수 있는 사진자료 등은 미비하고, 쟁점건물 지상 3층에 대해서만 주택분 재산세가 부과된 것으로 확인된다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도소득세 계산 시 오류 없이 정확한 가액을 산정하여 신고한 것으로 실거래가에 따른 안분은 정당하다는 주장이나, 「소득세법」 제100조 제2항은 양도차익을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 양도한 경우에는 각 구분 기장하되 가액 구분이 불분명할 때에는 기준시가 등으로 안분계산한다고 정하고 있고, 같은 조 제3항은 자산별 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이나는 경우에는 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 명시하고 있으며, 이는 반증을 허용하지 않는 간주 규정에 해당하는 바(OOO), 피상속인의 양도소득세 신고 시 쟁점부동산 양도가액 중 쟁점토지②와 쟁점건물에 안분한 가액은 기준시가 안분액과 30% 이상의 현저한 차이가 나는 것으로 그와 같이 자산별 가액을 안분한 데에 감정평가 등 합리적 근거가 결여되어 있어, 처분청이 법령에 따라 쟁점부동산 각 자산별 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 재계산 한 것에 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 한편, 청구인은 증개축을 통해 쟁점건물 전체 28호실이 주거 시설로 사용되었으므로 쟁점건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 신고한 것이 적법하다고 주장하나, 쟁점건물의 실제 용도가 주택임을 입증할 책임은 청구인에게 있으나, 공부상 용도 및 재산세 부과 현황을 번복할 만한 근거가 불충분한 점, 청구인의 주장대로 28호실을 주거용으로 사용하였다 하더라도, 이는 「건축법」상 다가구주택의 세대수 요건(19세대 이하)을 초과하여 공동주택으로 분류되므로 건물 전체를 하나의 주택으로 보아 비과세를 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 청구인의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령 (1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 다른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (4) 건축법 제2조【정의】② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다. 1. 단독주택 2. 공동주택 3.～29. 이하 생략 (5) 건축법 시행령 제3조의5【용도별 건축물의 종류】법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표1과 같다. [별표1] 용도별 건축물의 종류 1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다] 다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다. 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것 3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것 <별지2> 피상속인의 양도소득세 신고내역(2020.9.30.) ㅇㅇㅇ <별지3> 처분청의 안분 내역 ㅇㅇㅇ <별지4> 처분청의 양도소득세 경정내역 ㅇㅇㅇ