먼저, 쟁점공사비에 대하여 살피건대, 건축물대장에 의하면 쟁점부동산은 실제로 공사한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 금융거래내역에는 쟁점공사비를 지출하였다고 주장하는 금액 중 대체출금이 있는데, 처분청은 대체출금의 거래상대방을 조사하지 않은 점, 쟁점건물의 공사가 있었던 사실은 인정되나, 실제로 공사대금이 지출 여부와 구체적인 금액이 불분명해 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구인이 쟁점건물에 대한 쟁점공사비를 공사업자들에게 실제로 지급하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨다음으로, 쟁점금액에 대하여 살피건대, 쟁점금액은 쟁점부동산의 양도하기 20년 전(취득시)에 지급된 점, 쟁점부동산의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용이 아닌 임차인들에게 지불한 금액이므로 이를 자본적 지출액이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2004.5.14. 서울특별시 중구 OOO 대 164.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 목조와즙 165.29㎡(2층 영업용 건물, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 뒤, 2024.4.30. A에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하였다. 나. 청구인은 아래 <표1>과 같이 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하면서 취득가액에 명도비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을, 기타 필요경비에 쟁점건물에 대한 증축 공사비 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 자본적 지출액으로 하여, 2024.6.25. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다. <표1> 청구인의 2024년 귀속 양도소득세 신고 ㅇㅇㅇ 다. 처분청은 2024.10.2.∼2024.11.10. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 취득가액 중 쟁점금액 OOO원, 기타 필요경비 중 쟁점공사비 OOO원이 실제 지급된 사실이 확인되지 않는다고 보아, 2025.3.7. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 제출한 영수증, 견적서, 확인서 등으로 보아 쟁점건물에 대한 쟁점공사비를 지출한 사실을 확인할 수 있으므로 이는 기타필요경비로 인정되어야 한다. 쟁점부동산의 취득 당시, 쟁점건물은 목조건물로서 노후화가 심하여 사실상 가건물이었다. 청구인은 2번에 걸쳐 쟁점건물의 내력벽, 기둥, 보, 지붕틀, 주계단, 피난계단 등을 공사하면서 공사업자들로부터 간이영수증을 수취하였는데, 이는 거래사실만 확인하면 된다고 생각하였기 때문이다. 처분청은 적격증빙이 아닌 간이영수증을 수취하였고, 기재된 내용이 부족하다는 의견이지만, 기재된 내용이 부족하다는 이유만으로 거래사실 자체를 부인할 수 없고, 실제로 쟁점건물 견적서, 영수증, 확인서 등으로 보아 실제 공사한 사실을 알 수 있다. 실제로 청구인은 철거업자에게 철거비용을 지불한 뒤, 영수증을 수취하였고 청구인의 계좌에서 입금한 내역도 존재하며, 건물축대장에 의하면 쟁점건물에 대한 공사가 있었음을 알 수 있다. 또한, 건축사가 작성한 부동산 실측자료에 의하면, 실제로 공사비가 지출되었음을 알 수 있으므로 쟁점공사비는 기타필요경비로 인정되어야 한다. (2) 쟁점금액은 실제로 지출하였으므로 쟁점부동산의 취득가액에 포함되어야 한다. 「소득세법 시행령」 제163조 제3항 제3호는 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 자본적지출액에 포함하고 있는바, 부동산 취득 후 그 점유를 이전받기 위하여 지출한 명도비용은 양도자산의 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 필요경비로 인정되어야 한다(조심 2017부4707, 2017.12.26.). 청구인은 2004.5.14. 쟁점부동산을 취득한 뒤, 쟁점부동산에서 사업하고 있던 사업자 3명 중 2명(B, C)에게 쟁점부동산을 인도하는 조건으로 쟁점금액 OOO원을 지급하였고, 이는 쟁점부동산의 이용편의를 위하여 지출한 비용이므로 취득가액으로 인정되어야 한다. 청구인이 쟁점금액을 지출한 사실은 청구인의 자금흐름으로 보더라도 알 수 있고, 쟁점금액을 지출한 직후인 2004.6.30. B과 C이 폐업한 것으로 보아 청구인으로부터 쟁점금액을 지급받고 쟁점부동산에서 퇴거한 것이다. 나.처분청 의견 (1) 청구인이 제출한 간이영수증 등으로는 실제로 쟁점공사비가 지출되었다고 보기 어려우므로 쟁점공사비는 기타필요경비에서 제외되어야 한다. 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(OOO). 청구인은 쟁점공사비와 관련하여 간이영수증, 금융거래내역, 견적서 외에는 제출하지 않았는데, 각 공사업체별 증거는 아래와 같은 이유에서 신빙성이 없다. <표2> 쟁점공사비에 대한 청구인의 입증자료 ㅇㅇㅇ A(사업자등록번호 OOO)과 관련, 청구인은 간이영수증을 통해 공사대금을 실제로 지급했다는 사실이 입증된다고 주장하나, 실제로 B의 사업자등록번호는 존재하지 않는 번호이고, 간이영수증에는 사업자등록번호가 부동문자로 적혀 있었으므로 단순한 오기로 보기도 어렵다. 사업자등록번호 OOO는 쟁점공사 이후에 C이라는 상호로 개업하였는데, 청구인은 A과 2004년에 계약했다는 점에서 존재하지 않는 사업자등록번호가 적힌 간이영수증은 신뢰하기 어렵다. D에 대한 간이영수증은 사업자등록번호, 작성연월일 등 필요적 기재사항이 적혀 있지 않아 믿기 어렵고, 견적서에는 실제 공사가 있었다는 사실을 입증하는 것이 아닌 단지 견적을 받아봤다는 의미로 보아야 한다. 견적서만으로는 실제 공사가 이루어졌고, 견적서에 적힌 금액을 지급했다는 사실을 인정하기 어렵다. E에 대한 간이영수증과 관련, 청구인은 2008.1.31. E에 대금을 지급하였다고 주장하나, 위 간이영수증에는 2008년 4월이라고 기재되어 있어 대급지급일과 간이영수증 수취일까지 상당한 기간이 차이 나고, 거래상대방인 E는 청구인이 주장하는 OOO원에 대한 부가가치세를 신고한 사실도 없어 위 간이영수증만으로 거래사실을 입증할 수 없다. 또한, 청구인은 건축사사무소의 추정공사비 검토서를 제출하였으나, 이는 실제로 공사를 하였다는 사실을 입증할 수 없고, 사후에 작성된 문서로서 세법에서 정하는 방법에 해당하지도 않는다. 청구인은 쟁점공사비와 쟁점금액에 대한 증거로 금융거래내역을 제출하였으나, 청구인이 소명한 OOO원 중 대체 출금액은 OOO원이고, 나머지 OOO원은 현금 출금인데, 거래상대방에 대한 내용을 알 수 없으므로, 위 금융거래내역만으로는 쟁점공사비로 지급되었다는 사실을 입증하기 어렵고, 청구인이 첨부한 공사업자 금융증빙은 조사종결 이후 제출된 자료로, 거래상대방 및 공사업체에 대한 인적사항이 전혀 확인되지 않는다. 금융기관에서 이용고객에게 금융거래내역을 줄 때는 위ㆍ변조 방지를 위해 서류로 출력하거나 쓰기방지된 Excel 파일로 교부하는 것이 일반적임에도 청구인은 금융거래 원본이 아닌 필터링(조작)된 파일을 제출하였다는 점, 위 파일은 조사종결 이후에 제출하였다는 점에 비추어 보면 객관적인 사실을 입증하는 증빙이라고 볼 수 없다. (2) 쟁점금액은 직접 비용이 아니므로 필요경비로 인정할 수 없고, 설령 직접 비용으로 보더라도, 실제로 지급한 사실을 확인할 수 없으므로 기타필요경비에 산입할 수 없다. 청구인은 취득계약서 특약사항에 임차인의 권리금 OOO원을 인정한다고 계약하였으므로 이를 기타필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용은 필요경로 인정되나(「소득세법 시행령」 제163조 제5항 제1호 라목), 부동산을 취득하면서 부동산을 점유받기 위하여 소요된 명도비용은 소유권 확보를 위한 직접 비용이 아니므로 필요경비로 인정되지 않는다(부동산거래관리과-1220, 2010.10.4.). 판례상으로 건물소유주에게 권리금을 요구해 돈이 지불된 경우는 없으며, 취득계약서 특약사항 3의 내용은 “매수자는 임차인의 권리금 OOO원(1층 OOO원, 2층 OOO원)을 인정키로 한다”라고 기재되어 있을 뿐이다. 이는 소유자가 단순히 권리금을 보장했더라도 기존 임차인이 새로운 임차인에게 권리금을 받아도 된다는 의미이지, 소유자가 기존임차인에게 권리금을 지불할 의무가 있다는 의미는 아니다. 청구인은 철거 후 증축을 목적으로 임차인들에게 명도비를 지출하였다고 주장하나, 청구인의 주장대로 매수하면서부터 철거 및 증축할 목적이었다면 「상가건물 임대차보호법」 제10조 제1항 제7호에 따라 계약갱신 요구를 거절할 수 있었는데도 굳이 임대차계약의 연장 내지 묵시적 갱신을 할 이유는 없고, 소유자가 임차인에게 권리금을 지급하기로 보장하는 내용도 없다. 청구인은 공인중개사의 입회 하에 명도비, 임대보증금, 공과금을 정산하고 공인중개사가 작성한 영수증으로 명도비를 지급하였다고 주장하나, 공인중개사의 업무가 아닌데도 영수증을 작성하였다는 주장을 납득하기 어렵고, 처분청은 문서감정 등을 통한 사실관계 확인을 위하여 영수증 원본, 임대차계약서 및 지급사실 확인을 위한 금융거래내역 등의 증빙을 요청하였으나, 청구인은 제출하지 않았다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점공사비(OOO원)와 쟁점금액(OOO원)을 쟁점부동산의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액 2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다. 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다. ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. ⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다. ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. ⑧ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 때에는 이를 그 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 알려야 한다. ⑨ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 제94조 제1항 제3호 및 제4호에 따른 주식등의 양도차익에 대한 신고 내용의 탈루 또는 오류, 그 밖에 거래명세의 적정성을 확인할 필요가 있는 경우에는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 등 다른 법률의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자 및 그 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인에 이를 조회할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다. 3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다) 3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다) 4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용 다. 공증비용, 인지대 및 소개비 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 재정경제부령으로 정하는 비용 2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 재정경제부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. ⑥ 법 제97조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 토지 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000) 2. 건물 가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000) 3. 법 제94조 제1항 제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산 취득당시의 기준시가×7／100 4. 제1호 내지 제3호외의 자산 취득당시의 기준시가×1／100 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우 (3) 소득세법 시행규칙 제79조(양도자산의 필요경비 계산 등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다. 1. 「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용 2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용 3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비 4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액 5. 사방사업에 소요된 비용 6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 ② 영 제163조 제5항 제1호 마목에서 “재정경제부령으로 정하는 비용”이란 법 제94조 제1항 제3호에 따른 주식 등을 양도하기 위해 직접 지출한 비용으로서 다음 각 호의 비용을 말한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제58조에 따른 수수료로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용 가. 위탁매매수수료 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제6조 제8항에 따른 투자일임업을 영위하는 같은 법 제8조 제3항의 투자중개업자가 투자중개업무와 투자일임업무를 결합한 자산관리계좌를 운용해 부과하는 투자일임수수료 중 다음의 요건을 모두 갖춘 위탁매매수수료에 상당하는 비용 1) 전체 투자일임수수료를 초과하지 않을 것 2) 주식등을 온라인으로 직접 거래하는 경우에 부과하는 위탁매매수수료를 초과하지 않을 것 3) 부과기준이 약관 및 계약서에 적혀 있을 것 2. 「농어촌특별세법」 제5조 제1항 제5호에 따라 납부한 농어촌특별세 ③ 영 제163조 제5항 제2호에서 “재정경제부령으로 정하는 금융기관”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자, 「은행법」에 따른 인가를 받아 설립된 은행 및 「농업협동조합법」에 따른 농협은행을 말한다. ④ 영 제163조 제11항 제2호에서 “재정경제부령으로 정하는 방법”이란 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조 제1항에 따라 신고(「주택법」 제80조의2에 따른 주택 거래신고를 포함한다)한 실제거래가격을 관할 세무서장이 확인하는 방법을 말한다. (4) 상가건물 임대차보호법 제10조(계약갱신 요구 등) ① 임대인은 임차인이 임대차기간이 만료되기 6개월 전부터 1개월 전까지 사이에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나의 경우에는 그러하지 아니하다. 7. 임대인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 목적 건물의 전부 또는 대부분을 철거하거나 재건축하기 위하여 목적 건물의 점유를 회복할 필요가 있는 경우 가. 임대차계약 체결 당시 공사시기 및 소요기간 등을 포함한 철거 또는 재건축 계획을 임차인에게 구체적으로 고지하고 그 계획에 따르는 경우 나. 건물이 노후ㆍ훼손 또는 일부 멸실되는 등 안전사고의 우려가 있는 경우 다. 다른 법령에 따라 철거 또는 재건축이 이루어지는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2004.3.15. DㆍE으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였고, 2004.5.14. 소유권이전등기를 경료받았다. 위 매매계약 특약사항으로 ‘매수자(청구인)는 임차인의 권리금 OOO원(1층 : OOO원, 2층 OOO원)을 인정하기로 한다’고 기재되어 있다. (나) 청구인은 2024.3.25. A에게 쟁점부동산을 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였고, 2024.4.30. 소유권이전등기를 경료하였으며, 쟁점건물의 건축물대장에 의하면, ‘2004년 증축(1층), 22㎡ 판넬’, ‘2007년 옥상(증축), 벽돌/판넬’이라고 기재되어 있다. (다) 청구인은 2024.6.25. 처분청에 쟁점부동산에 대한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였는데, 취득가액에 쟁점금액 OOO원, 기타필요경비에 쟁점공사비 OOO원을 포함하여 신고하였다. 처분청은 2024.10.2.∼2024.11.10. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액 OOO원 중 쟁점금액 OOO원과 기타필요경비 OOO원 중 쟁점공사비 OOO원이 청구인이 제출한 증거만으로 청구인이 실제로 지급했다는 사실을 확인할 수 없다고 보아 쟁점금액과 쟁점공사비를 부인하였고, 환산가액을 적용하여 양도소득세를 재계산하여, 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표3> 쟁점부동산 관련 양도소득세 경정내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 쟁점공사비를 실제로 지출하였다고 주장하면서 제시한 증거자료는 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점공사비에 대한 청구인의 입증자료 ㅇㅇㅇ (마) 청구인은 2004년 6월경 쟁점부동산 야간 공사비용으로 OOO원의 영수증을 수취하였고, 작성연월일이 적혀 있지 않은 OOO원의 영수증을 수취하였으며, 위 영수증에는 ‘OOO’이라고 기재되어 있다. 처분청의 전산자료에 의하면, 청구인이 제출한 간이영수증에 적여 있는 사업자등록번호는 2004년에 존재하지 않으며, 이후 2006.6.26. C이라는 상호로 사업자등록이 되었다. (바) 청구인은 D으로부터 쟁점부동산의 보강공사에 대한 견적서를 받았는데, 공사금액을 OOO원으로 약속한다고 기재되어 있고, 청구인은 공사대금 OOO원을 지출했다고 주장하면서 D으로부터 받은 영수증을 제출하였으며, D에게 쟁점공사비 중 1차 공사대금으로 OOO원을 이체하였다고 주장하면서 금융거래내역을 제출하였다. (사) 청구인은 2007년 6월경 F로부터 ‘OOO 약 10평 증설공사대금으로 OOO원으로 합의한다’는 내용의 확인서와 OOO원의 영수증을 수취하였고, 처분청 전산자료에 의하면, E는 아래 <표5>와 같이 부가가치세를 신고하였으며, 청구인이 주장하는 2008년에 공사대금 OOO원을 신고하지 않았다. <표5> E의 부가가치세 신고내용 ㅇㅇㅇ (아) 청구인은 2024년 11월경 주식회사 A가 작성한 ‘OOO’를 제출하였는데, ‘2004년 당해 공사비를 추정한 근거가 부족’, ‘공사비로 OOO원 이상 소요되었을 것으로 예상된다’고 기재되어 있고, 주식회사 B의 추정공사비 검토서에 의하면, OOO원의 공사비가 책정될 것으로 판단된다고 기재되어 있다. (자) 처분청이 제시한 쟁점금액과 쟁점공사비의 금융거래내역은 아래 <표6>과 같이 OOO원인데, 이중 OOO원은 대체출금이고, 나머지 OOO원은 현금으로 출금되었으며, 청구인이 제출한 금융거래내역에는 거래상대방이 기재되어 있지 않다. <표6> 청구인의 금융거래내역 ㅇㅇㅇ (차) 청구인은 2004년 6월경 B에게 OOO원, CㆍFㆍG에게 OOO원을 지급하였다는 영수증을 제출하였고, 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점부동산에서 B, C은 아래 <표7>과 같이 사업을 영위하였고, 2004.6.30. 폐업하였다. <표7> B, C 사업이력 ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점공사비에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 증거만으로는 쟁점공사비가 실제로 지출되었다고 보기 어려워 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이나, 청구인이 제출한 간이영수증은 사업자등록번호가 허위로 기재되는 등 그 자체로 신뢰하기는 어려워 보이나, 건축물대장에 의하면 쟁점부동산은 2004년경 실제로 공사한 것으로 나타나고, 쟁점건물은 현재 목조건축물에서 경량철골조구조로 변경된 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 금융거래내역에는 쟁점공사비를 지출하였다고 주장하는 금액 중 대체출금(2004.5.18. OOO원, 2008.1.10. OOO원, 2008.1.31. OOO원)이 있는데, 현금출금과 달리 대체출금된 금액의 귀속과 실제로 쟁점공사비에 지출하였는지 여부를 처분청이 확인하여야 하는데도 위 대체출금의 거래상대방을 조사하지 않은 점, 쟁점건물의 공사가 있었던 사실은 인정되나, 실제로 공사대금이 지출 여부와 구체적인 금액이 불분명해 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구인이 쟁점건물에 대한 쟁점공사비를 공사업자들에게 실제로 지급하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 다음으로, 쟁점금액에 대하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있는 자본적 지출액 등은 양도소득의 발생과 관련성이 있어야 하므로 양도자산의 가액결정에 영향을 줄 수 있는 정도로 자산의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용만을 의미하는바(OOO), 쟁점금액은 쟁점부동산의 양도하기 20년 전(취득시)에 지급된 점, 쟁점부동산의 객관적 가치를 현실적으로 증가시키는 비용이 아닌 임차인들에게 지불한 금액이므로 이를 자본적 지출액이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점금액을 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.